prosedur kerja molecular docking dengan … · pilih ligan → torsion tree → choose torsion →...
Post on 27-Apr-2019
229 Views
Preview:
TRANSCRIPT
1
nadjeeb.wordpress.com
PROSEDUR KERJA MOLECULAR DOCKING DENGAN AUTODOCK VINA
1. Penyiapan Struktur Protein (Diunduh dari database PDB)
Gambar 1. Struktur Reseptor α-Estrogen
Dipisahkan antara reseptor dari ligan dan pelarut dengan
menggunakan Discovery Studio. Kemudian disimpan dalam format .pdb
dengan langkah-langkah sebagai berikut :
Buka Start → Klik Discovery Studio (yang telah diinstal) → Akan muncul
tampilan sebagai berikut :
2
nadjeeb.wordpress.com
Klik File → Open (Ctrl + O) → Pilih 2JF9 (Reseptor yang digunakan) →
Akan muncul tampilan reseptor sebagai berikut :
Kemudian pilih Scripts → Selection → Select Water Molecules → Delete
3
nadjeeb.wordpress.com
Scripts → Selection → Select Ligands → Delete → File → Save As → 2JF9.pdb
2. Penyiapan Senyawa Kimia Tumbuhan
Pengunduhan Senyawa Kimia Tumbuhan (Ligan Uji)
diunduh dari Database KNApSAcK dengan situs
http://kanaya.naist.jp/KNApSAcK/).
Setelah membuka Database KNApSAcK akan muncul tampilan
seperti diatas → kemudian Klik Core system
4
nadjeeb.wordpress.com
Muncul tampilan seperti diatas → Kemudian Klik Select by
Organism → Input Artocarpus elasticus (Nama Latin Tanaman) →
Kemudian list → akan muncul tampilan sebagai berikut :
Kemudian Klik masing-masing kode C_ID → Muncul tampilan sebagai
berikut :
5
nadjeeb.wordpress.com
Klik Icon 3D (Warna Merah) pada C_ID → Kemudian Download
Gambar 2. Database KNApSAcK
Kemudian dari format .mol dikonversi kedalam format .pdb dengan
menggunakan ArgusLab. Langkah-langkahnya sebagai berikut :
6
nadjeeb.wordpress.com
Buka Start → Klik ArgusLab (yang telah diinstal) → Akan muncul tampilan
sebagai berikut :
Pilih File → Open Kemudian pilih ligan yang ingin dikonversi → Klik 2 kali
maka ligan akan tampil seperti pada gambar berikut :
7
nadjeeb.wordpress.com
Kemudian pilih File → Save As kemudian ganti Save As Type menjadi Brookhave PDB File (*.pdb) → save.
3. Pengoptimasian makromolekul Dengan Autodock Tools a. Penambahan Atom Hidrogen
Buka Program Autodock Tools → Read Molecule → Pilih 2JF9
(Makromolekul yang digunakan) → Edit → Hydrogens → Add
8
nadjeeb.wordpress.com
Kemudian diatur konfigurasinya seperti gambar diatas lalu klik ‘OK’
b. Pengaturan grid box parameter
Pilih ‘Grid → Macromolecule → Choose → 2JF9 → Select Molecule
9
nadjeeb.wordpress.com
Save As .PDBQT
Diatur parameter grid box sesuai pada gambar, kemudian pilih File →
Close saving current
10
nadjeeb.wordpress.com
4. Pengoptimasian Ligan dengan Autodock Tools, Meliputi pengaturan Number of Avtive Torsion
Pilih Ligan → Input → Open → Pilih ligan yang digunakan → Open
Akan Muncul Warning seperti pada gambar, Klik ‘OK’
11
nadjeeb.wordpress.com
Pilih Ligan → Torsion Tree → Choose Torsion → Done
Pilih Ligan → Torsion Tree → Set Number of Active Torsion → Ketik 6 → Dismiss
12
nadjeeb.wordpress.com
Pilih Ligan → Output → Save as PDBQT
5. Docking Molecular dengan Autodock Vina
1. Ligan dan Protein (Reseptor) di copy kedalam folder Vina yang telah berisi file Vina.exe , Vina License.rtf , dan Vina_Split.exe seperti pada gambar dibawah ini :
13
nadjeeb.wordpress.com
Kemudian config file vina dalam notepad, dan disimpan dengan
nama conf.txt. Config file sesuaikan dengan pengaturan grid box
sebelumnya
Vina dijalankan dengan command prompt dengan cara :
Klik folder Vina → Tekan Shift + Klik Kanan (Akan muncul perintah seperti
pada gambar) → Pilih Open command window here
14
nadjeeb.wordpress.com
Ketik Vina (spasi) -- Config conf.txt.txt (spasi) –log log.txt kemudian Enter
Muncul Tampilan seperti pada gambar, tunggu hingga proses running mencapai 100 %
File yang berada dalam folder vina setelah proses docking akan muncul 2
folder baru yaitu “Out’ dan ‘log’
15
nadjeeb.wordpress.com
File ‘log.txt’ dibuka dengan wordpad
6. Analisis Hasil Docking molecular Vina dengan Autodock
Buka program Autodock Tools → Analyze → Open Autodock Vina
Result.
16
nadjeeb.wordpress.com
Kemudian pilih Analyze → Macromolecule → open → Pilih 2JF9.pdbqt
(Reseptor yang digunakan)
Analyze → Dockings→ Show Interactions
17
nadjeeb.wordpress.com
Save Image dalam format .JPEG
Setelah dilakukan Visualisasi dengan Autodock Tools, selanjutnya
dilakukan evaluasi data dengan melihat nilai ΔGbind , RMSD dan interaksi
antara asam amino dan residu protein.
Nilai ΔGbind yang kecil menunjukkan konformasi yang terbentuk
adalah stabil, sedangkan nilai ΔGbind yang besar menunjukkan kurang
18
nadjeeb.wordpress.com
stabilnya kompleks yang terbentuk. Adapun Nilai RMSD dikatakan baik
jika bernilai < 2 Å, nilai RMSD yang diambil adalah RMSD dari mode 1.
Contohnya sebagai berikut :
No Nama Senyawa Kimia
Perubahan
Energy Bebas
(ΔG) (kkal/mol)
Nilai
RMSD Ket
1 Tamoxifen -9.0 0.0 (+)
2 Cycloartelastoxanthone -8.7 0.0 (+)
3 Cyclocommunin -8.2 0.0 (+)
Kemudian dari hasil visualisasi dilihat interaksi antara asam amino
dengan residu protein dan kemudian dikelompokkan berdasarkan struktur
asam aminonya, yaitu ionik, polar, aromatik, dan hidrofobik seperti pada
tabel berikut :
Ligan ΔGbind Jenis Residu
Ionik Polar Aromatik Hidrofobik
Tamoxifen -9.0 Asp551 Thr347 Phe404 Trp383
Leu428 Leu387 Leu384 Leu526 Leu346 Ile424 Ala350 Met421 Met343 Gly521
Cycloartelastoxanthone
-8.7 Glu323 Lys449 Arg394
- Phe445 Trp398
Gly442 Ile326 Ile386 Pro324 Leu387
Cyclocommunin -8.2 Asp351 Thr347 Trp383
Leu384 Leu387 Ala350 Ile424
Met388 Met342 Leu525 Met421
top related