r in life science

R in life science~heatmap作成~YOSHIKI TOMITA

自己紹介

Yoshiki Tomita 所属：神戸大学農学部在学中、専門は作物学

趣味：語学と海外（主にアジア）をふらふらすること、最近自転車を始めた

一言：河原さんと知り合ったことがきっかけでRの勉強を始めた（初心者）。

Rでヒートマップをつくろうヒートマップ（英: Heat map）は個々の値のデータ行列を色として表現した可視化グラフの一種である。

様々な種類が存在する。

(wikipediaより)

こんなやつ→

何に使うの？行列型データの可視化

→Webページ解析（マウストラッキングetc）

→マイクロアレイ解析

heatmap関数（データセットmtcarsを例に）

mtcars : 1974年のアメリカで車種ごとに性能を比較したデータ

mpg Miles/(US) gallon

cyl Number of cylinders

disp Displacement (cu.in.)

hp Gross horsepower

drat Rear axle ratio

wt Weight (lb/1000)

qsec 1/4 mile time

vs V/S

amTransmission (0 = automatic, 1 = manual)

gear Number of forward gears

carb Number of carburetors

このデータを視覚化しわかりやすくする

データフレーム型→行列に変換

heatmap関数に入れる

scale : データを読む向き, Rowv : 行の樹形図, Colv : 列の樹形図,main : 題名, col : 色の指定

いろんな色で書いてみた

heatmap.2gplotsパッケージ中に含まれる。密度、スケールバーなどの付加情報を表示できる。

今回参考にさせていただいたブログなどバイオスタティスティクス

http://stat.biopapyrus.net/graph/heatmap.html

Panda Analysis

http://panda-nikki.hatenablog.jp/entry/20131209/1386600203

R Financial & Marketing Library

http://itbc-world.com/home/rfm/