chip-atlas の紹介とその連携 -...

ChIP-seqとプロテオーム：公共データをつないで使う

ChIP-Atlas の紹介とその連携

2018. 10. 05

トーゴーの日 2018

ワークショップ

九州大学大学院・医学研究院発生再生医学分野・助教

◯ 沖真弥

九州大学大学院・医学研究院医化学分野・講師

三浦史仁

国立がん研究センターがん分子修飾制御学分野・分野長

浜本隆二

RIKEN・情報基盤センター予防医療・ゲノミクス応用開発ユニット・リーダー

川路英哉JST NBDC 統合化推進プログラム「エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充」

Licensed under a Creative Commons表示4.0国際ライセンス(c)2018沖真弥（九州大学大学院医学研究院）

ChIP-Atlas: ��

注) じっさいは本ではなくWebサービスです。

↓"High'throughput"sequencing" Park PJ (2009) Nat Rev Genet

ChIP-seq: 転写因子の結合部位を同定できるChIP-seq = Chromatin Immunoprecipitation with Sequencing

ChIP-seqデータの報告件数

10,0000 20,000 30,000

As of July. 2018.

0 10000 20000 30000 40000

hg19mm9

rn6dm3ce10

sacCer3

H. sapiens (hg19)

M. musculus (mm9)

D. melanogaster (dm3)

C. elegans (ce10)

S. cerevisiae (sacCer3)

R. norvegicus (rn6)

データ処理・公開しているデータ

Sample metadata

Foxa2

データ統合・データマイニング

AlignmentPeak-call Curation

SRX330668 Ezh2 ES cells

SRX310198 Ctcf Mast cells

SRX1092953 Cebpa Liver

ID 抗原細胞

SRA (配列生データ)

４つの機能 ��

４つの機能 ��

Foxa2 遺伝子の周りに何が結合してる？

Peak Browser

Low High 1 500 1000

MACS2 score

Low High 1 500 1000

MACS2 score

Peak Browser・「なにがどこに結合するか？」がすべてわかる。・シス調節領域の特定に応用できる。

Low High 1 500 1000

MACS2 score

Peak Browser

４億peaks３万

experiments

(Human data)

(Human data)

POU5F1 の標的遺伝子は？

Target Genes

Target Genes

Fig. 3

2/18/16, 23:25ChIP-Atlas | Target genes

Page 1 of 22http://dbarchive.biosciencedbc.jp/kyushu-u/hg19/target/POU5F1.5.html

ChIP-Atlas: Target genesPotential target genes for POU5F1

Query protein: POU5F1Distance from TSS: ± 1 kb ± 5 kb ± 10 kbSort key: POU5F1 | Average Color legends

1000 750 500 250 1 0 (Values = Binding scores of MACS2 and STRING)

Download: TSV (text)Links: Movie and Document for ChIP-Atlas Target Genes

POU5F1'sTarget genes

REST ↻↻ ≫

CD99L2 ↻↻ ≫

ARHGEF38 ↻↻ ≫

STAT3 ↻↻ ≫

SMARCA2 ↻↻ ≫

SOX2 ↻↻ ≫

GIMAP5 ↻↻ ≫

DPPA5 ↻↻ ≫

MAMDC2 ↻↻ ≫

CLDN9 ↻↻ ≫

RNF219 ↻↻ ≫

PCSK1 ↻↻ ≫

TMPRSS11E ↻↻ ≫

GPRC5B ↻↻ ≫

KIAA1919 ↻↻ ≫

SNRPN ↻↻ ≫

PHC1 ↻↻ ≫

PRICKLE1 ↻↻ ≫

PIPOX ↻↻ ≫

SRRM4 ↻↻ ≫

ANKRD1 ↻↻ ≫

AHCYL2 ↻↻ ≫

NANOG ↻↻ ≫

AGO1 ↻↻ ≫

POU5F1 ↻↻ ≫

◣ POU5F1:

Averag

e

◢ SRX1300

60: B

J

◢ SRX1857

75: B

J

◢ SRX1053

369:

Embryonic

Stem Cells

◢ SRX1053

370:

Embryonic

Stem Cells

◢ SRX1053

378:

Embryonic

Stem Cells

◢ SRX1053

379:

Embryonic

Stem Cells

◢ SRX7020

68: h

ESC derive

d ectod

ermal

cells

◢ SRX7020

63: h

ESC derive

d mes

endod

ermal

cells

◢ SRX7020

64: h

ESC derive

d mes

endod

ermal

cells

◢ SRX7020

67: h

ESC derive

d mes

endod

ermal

cells

◢ SRX0115

71: h

ESC H1

◢ SRX0115

72: h

ESC H1

◢ SRX0172

76: h

ESC H1

◢ SRX1004

83: h

ESC H1

◢ SRX0210

69: h

ESC H9

◢ SRX0210

70: h

ESC H9

◢ SRX0210

71: h

ESC H9

◢ SRX2668

59: h

ESC HUES64

◢ SRX7020

65: h

ESC HUES64

◢ SRX7020

66: h

ESC HUES64

◢ SRX7020

69: h

ESC HUES64

◢ SRX5123

69: iP

S cells

◢ SRX1234

43: N

CCIT

◢ SRX1234

45: N

CCIT

◢ POU5F1:

STRING

a

b








REST ↻↻ ≫

CD99L2 ↻↻ ≫

ARHGEF38 ↻↻ ≫

STAT3 ↻↻ ≫

SMARCA2 ↻↻ ≫

SOX2 ↻↻ ≫

GIMAP5 ↻↻ ≫

DPPA5 ↻↻ ≫

MAMDC2 ↻↻ ≫

CLDN9 ↻↻ ≫

RNF219 ↻↻ ≫

PCSK1 ↻↻ ≫


GPRC5B ↻↻ ≫

KIAA1919 ↻↻ ≫

SNRPN ↻↻ ≫

PHC1 ↻↻ ≫

PRICKLE1 ↻↻ ≫

PIPOX ↻↻ ≫

SRRM4 ↻↻ ≫

ANKRD1 ↻↻ ≫

AHCYL2 ↻↻ ≫

NANOG ↻↻ ≫

AGO1 ↻↻ ≫

POU5F1 ↻↻ ≫

◣ POU5F1:

Averag

e

◢ SRX1300

60: B

J

◢ SRX1857

75: B

J

◢ SRX1053

369:

Embryonic

Stem Cells

◢ SRX1053

370:

Embryonic

Stem Cells

◢ SRX1053

378:

Embryonic

Stem Cells

◢ SRX1053

379:

Embryonic

Stem Cells

◢ SRX7020

68: h

ESC derive

d ectod

ermal

cells

◢ SRX7020

63: h

ESC derive

d mes

endod

ermal

cells

◢ SRX7020

64: h

ESC derive

d mes

endod

ermal

cells

◢ SRX7020

67: h

ESC derive

d mes

endod

ermal

cells

◢ SRX0115

71: h

ESC H1

◢ SRX0115

72: h

ESC H1

◢ SRX0172

76: h

ESC H1

◢ SRX1004

83: h

ESC H1

◢ SRX0210

69: h

ESC H9

◢ SRX0210

70: h

ESC H9

◢ SRX0210

71: h

ESC H9

◢ SRX2668

59: h

ESC HUES64

◢ SRX7020

65: h

ESC HUES64

◢ SRX7020

66: h

ESC HUES64

◢ SRX7020

69: h

ESC HUES64

◢ SRX5123

69: iP

S cells

◢ SRX1234

43: N

CCIT

◢ SRX1234

45: N

CCIT

◢ POU5F1:

STRING

MACS2 score

Non

e

1 500 1000

RPM 0 2

1kbREST

ARHGEF38

CD99L2

STAT3

SOX2

SMARCA2

NANOG POU5F1

–0.3 kb –3.8 kb +2.9kb –0.1 kb +3.7 kb +4.2 kb –0.1 kb –2.4 kb

Pluripotent cells

Pluripotent cellswith less reads

Differentiated cells

Fig. 3








REST ↻↻ ≫

CD99L2 ↻↻ ≫

ARHGEF38 ↻↻ ≫

STAT3 ↻↻ ≫

SMARCA2 ↻↻ ≫

SOX2 ↻↻ ≫

GIMAP5 ↻↻ ≫

DPPA5 ↻↻ ≫

MAMDC2 ↻↻ ≫

CLDN9 ↻↻ ≫

RNF219 ↻↻ ≫

PCSK1 ↻↻ ≫


GPRC5B ↻↻ ≫

KIAA1919 ↻↻ ≫

SNRPN ↻↻ ≫

PHC1 ↻↻ ≫

PRICKLE1 ↻↻ ≫

PIPOX ↻↻ ≫

SRRM4 ↻↻ ≫

ANKRD1 ↻↻ ≫

AHCYL2 ↻↻ ≫

NANOG ↻↻ ≫

AGO1 ↻↻ ≫

POU5F1 ↻↻ ≫

◣ POU5F1:

Averag

e

◢ SRX1300

60: B

J

◢ SRX1857

75: B

J

◢ SRX1053

369:

Embryonic

Stem Cells

◢ SRX1053

370:

Embryonic

Stem Cells

◢ SRX1053

378:

Embryonic

Stem Cells

◢ SRX1053

379:

Embryonic

Stem Cells

◢ SRX7020

68: h

ESC derive

d ectod

ermal

cells

◢ SRX7020

63: h

ESC derive

d mes

endod

ermal

cells

◢ SRX7020

64: h

ESC derive

d mes

endod

ermal

cells

◢ SRX7020

67: h

ESC derive

d mes

endod

ermal

cells

◢ SRX0115

71: h

ESC H1

◢ SRX0115

72: h

ESC H1

◢ SRX0172

76: h

ESC H1

◢ SRX1004

83: h

ESC H1

◢ SRX0210

69: h

ESC H9

◢ SRX0210

70: h

ESC H9

◢ SRX0210

71: h

ESC H9

◢ SRX2668

59: h

ESC HUES64

◢ SRX7020

65: h

ESC HUES64

◢ SRX7020

66: h

ESC HUES64

◢ SRX7020

69: h

ESC HUES64

◢ SRX5123

69: iP

S cells

◢ SRX1234

43: N

CCIT

◢ SRX1234

45: N

CCIT

◢ POU5F1:

STRING

a

b








REST ↻↻ ≫

CD99L2 ↻↻ ≫

ARHGEF38 ↻↻ ≫

STAT3 ↻↻ ≫

SMARCA2 ↻↻ ≫

SOX2 ↻↻ ≫

GIMAP5 ↻↻ ≫

DPPA5 ↻↻ ≫

MAMDC2 ↻↻ ≫

CLDN9 ↻↻ ≫

RNF219 ↻↻ ≫

PCSK1 ↻↻ ≫


GPRC5B ↻↻ ≫

KIAA1919 ↻↻ ≫

SNRPN ↻↻ ≫

PHC1 ↻↻ ≫

PRICKLE1 ↻↻ ≫

PIPOX ↻↻ ≫

SRRM4 ↻↻ ≫

ANKRD1 ↻↻ ≫

AHCYL2 ↻↻ ≫

NANOG ↻↻ ≫

AGO1 ↻↻ ≫

POU5F1 ↻↻ ≫

◣ POU5F1:

Averag

e

◢ SRX1300

60: B

J

◢ SRX1857

75: B

J

◢ SRX1053

369:

Embryonic

Stem Cells

◢ SRX1053

370:

Embryonic

Stem Cells

◢ SRX1053

378:

Embryonic

Stem Cells

◢ SRX1053

379:

Embryonic

Stem Cells

◢ SRX7020

68: h

ESC derive

d ectod

ermal

cells

◢ SRX7020

63: h

ESC derive

d mes

endod

ermal

cells

◢ SRX7020

64: h

ESC derive

d mes

endod

ermal

cells

◢ SRX7020

67: h

ESC derive

d mes

endod

ermal

cells

◢ SRX0115

71: h

ESC H1

◢ SRX0115

72: h

ESC H1

◢ SRX0172

76: h

ESC H1

◢ SRX1004

83: h

ESC H1

◢ SRX0210

69: h

ESC H9

◢ SRX0210

70: h

ESC H9

◢ SRX0210

71: h

ESC H9

◢ SRX2668

59: h

ESC HUES64

◢ SRX7020

65: h

ESC HUES64

◢ SRX7020

66: h

ESC HUES64

◢ SRX7020

69: h

ESC HUES64

◢ SRX5123

69: iP

S cells

◢ SRX1234

43: N

CCIT

◢ SRX1234

45: N

CCIT

◢ POU5F1:

STRING

MACS2 score

Non

e

1 500 1000

RPM 0 2

1kbREST

ARHGEF38

CD99L2

STAT3

SOX2

SMARCA2

NANOG POU5F1

–0.3 kb –3.8 kb +2.9kb –0.1 kb +3.7 kb +4.2 kb –0.1 kb –2.4 kb

Pluripotent cells

Pluripotent cellswith less reads

Differentiated cells

Target Genes

結合度高低

例) POU5F1 の標的遺伝子 (TSS ± 5 kb)

in silico ChIPTarget GenesNANOG STAT3 IL10

SRX021071 POU5F1 hESC H9SRX021069 POU5F1 hESC H9SRX021070 POU5F1 hESC H9SRX017276 POU5F1 hESC H1SRX011572 POU5F1 hESC H1SRX100483 POU5F1 hESC H1SRX011571 POU5F1 hESC H1SRX702067 POU5F1 hESC derived cellsSRX702069 POU5F1 hESC HUES64SRX702068 POU5F1 hESC derived cellsSRX1053379 POU5F1 Embryonic Stem CellsSRX1053370 POU5F1 Embryonic Stem CellsSRX1053378 POU5F1 Embryonic Stem CellsSRX1813578 POU5F1 iPS cellsSRX1053369 POU5F1 Embryonic Stem CellsSRX123443 POU5F1 NCCITSRX1813579 POU5F1 iPS cellsSRX123445 POU5F1 NCCITSRX266859 POU5F1 hESC HUES64SRX512369 POU5F1 iPS cellsSRX702063 POU5F1 hESC derived cellsSRX2881139 POU5F1 hESC H9SRX702065 POU5F1 hESC HUES64SRX702066 POU5F1 hESC HUES64SRX2881140 POU5F1 hESC H9SRX702064 POU5F1 hESC derived cells

ID TF Cell

NANOG と共局在する転写因子は？

Colocalization

Colocalization

POU5F1 REST

2017/06/13 10)04ChIP-Atlas | Colocalization

Page 1 of 7http://dbarchive.biosciencedbc.jp/kyushu-u/hg19/colo/NANOG.Pluripotent_stem_cell.html

ChIP-Atlas: Colocalization analysisColocalization analysis for NANOG

Query protein: NANOGCell class: Pluripotent stem cellSort key: NANOG | Average Color legends

ChIP-seq data: H-H H-M M-M H-L M-L L-L N.D. Same (Peak intensities are High, Middle or Low)

STRING data: 1000 750 500 250 0 N.D. (Values = STRING's binding scores)

Downloads: TSV (text), GML (Cytoscape)Links: Movie and Document for ChIP-Atlas Colocalization

Cell types Exp. IDsNANOG'sColocalizationpartners

iPS cells SRX512370 SOX2 ↻↻ ≫

hESC H9 SRX1047413 SOX2 ↻↻ ≫

Embryonic Stem Cells SRX1053379 POU5F1 ↻↻ ≫


hESC derived mesendodermal cells SRX702043 NANOG ↻↻ ≫


hESC HUES64 SRX702041 NANOG ↻↻ ≫







hESC H9 SRX1303985 NANOG ↻↻ ≫





hESC H9 SRX027488 SMARCA4 ↻↻ ≫

hESC H1 SRX833403 CTNNB1 ↻↻ ≫

hESC H1 SRX833420 NIPBL ↻↻ ≫

hESC H9 SRX027482 EP300 ↻↻ ≫

hESC HUES64 SRX702045 OTX2 ↻↻ ≫

hESC HUES64 SRX702069 POU5F1 ↻↻ ≫


hESC HUES64 SRX702132 TCF4 ↻↻ ≫



NCCIT SRX123445 POU5F1 ↻↻ ≫



hESC H1 SRX833401 LEF1 ↻↻ ≫


iPS cells SRX512369 POU5F1 ↻↻ ≫

hESC derived mesendodermal cells SRX684516 T ↻↻ ≫


hESC derived mesendodermal cells SRX701971 EOMES ↻↻ ≫


hESC H1 SRX011616 SOX2 ↻↻ ≫

hESC H1 SRX100390 HDAC2 ↻↻ ≫


hESC H1 SRX100587 EP300 ↻↻ ≫

hESC H1 SRX100472 TCF12 ↻↻ ≫

hESC derived mesendodermal cells SRX764809 FOXA2 ↻↻ ≫

hESC derived mesendodermal cells SRX702047 OTX2 ↻↻ ≫

hESC derived neural cells SRX1047416 SOX2 ↻↻ ≫




◣ NANOG: Ave

rage

◢ SRX7020

44: h

ESC derive

d ectod

ermal

cells

◢ SRX7020

37: h

ESC derive

d mes

endod

ermal

cells

◢ SRX7020

38: h

ESC derive

d mes

endod

ermal

cells

◢ SRX7020

42: h

ESC derive

d mes

endod

ermal

cells

◢ SRX7020

43: h

ESC derive

d mes

endod

ermal

cells

◢ SRX0116

17: h

ESC H1

◢ SRX0116

18: h

ESC H1

◢ SRX0172

77: h

ESC H1

◢ SRX1004

82: h

ESC H1

◢ SRX1303

985:

hESC H9

◢ SRX2668

62: h

ESC HUES64

◢ SRX2668

63: h

ESC HUES64

◢ SRX7020

36: h

ESC HUES64

◢ SRX7020

39: h

ESC HUES64

◢ SRX7020

40: h

ESC HUES64

◢ SRX7020

41: h

ESC HUES64

◢ NANOG: STR

ING










hESC H9 SRX1047413 SOX2 ↻↻ ≫




















hESC H9 SRX027482 EP300 ↻↻ ≫




















hESC H1 SRX100587 EP300 ↻↻ ≫

hESC H1 SRX100472 TCF12 ↻↻ ≫







◣ NANOG: Ave

rage

◢ SRX7020

44: h

ESC derive

d ectod

ermal

cells

◢ SRX7020

37: h

ESC derive

d mes

endod

ermal

cells

◢ SRX7020

38: h

ESC derive

d mes

endod

ermal

cells

◢ SRX7020

42: h

ESC derive

d mes

endod

ermal

cells

◢ SRX7020

43: h

ESC derive

d mes

endod

ermal

cells

◢ SRX0116

17: h

ESC H1

◢ SRX0116

18: h

ESC H1

◢ SRX0172

77: h

ESC H1

◢ SRX1004

82: h

ESC H1

◢ SRX1303

985:

hESC H9

◢ SRX2668

62: h

ESC HUES64

◢ SRX2668

63: h

ESC HUES64

◢ SRX7020

36: h

ESC HUES64

◢ SRX7020

39: h

ESC HUES64

◢ SRX7020

40: h

ESC HUES64

◢ SRX7020

41: h

ESC HUES64

◢ NANOG: STR

ING 2 kb

CoLocalization score1 9

None

Same SRX

STRING PPI score1 1,000500

Fig. S3

POU5F1 REST










hESC H9 SRX1047413 SOX2 ↻↻ ≫




















hESC H9 SRX027482 EP300 ↻↻ ≫




















hESC H1 SRX100587 EP300 ↻↻ ≫

hESC H1 SRX100472 TCF12 ↻↻ ≫







◣ NANOG: Ave

rage

◢ SRX7020

44: h

ESC derive

d ectod

ermal

cells

◢ SRX7020

37: h

ESC derive

d mes

endod

ermal

cells

◢ SRX7020

38: h

ESC derive

d mes

endod

ermal

cells

◢ SRX7020

42: h

ESC derive

d mes

endod

ermal

cells

◢ SRX7020

43: h

ESC derive

d mes

endod

ermal

cells

◢ SRX0116

17: h

ESC H1

◢ SRX0116

18: h

ESC H1

◢ SRX0172

77: h

ESC H1

◢ SRX1004

82: h

ESC H1

◢ SRX1303

985:

hESC H9

◢ SRX2668

62: h

ESC HUES64

◢ SRX2668

63: h

ESC HUES64

◢ SRX7020

36: h

ESC HUES64

◢ SRX7020

39: h

ESC HUES64

◢ SRX7020

40: h

ESC HUES64

◢ SRX7020

41: h

ESC HUES64

◢ NANOG: STR

ING










hESC H9 SRX1047413 SOX2 ↻↻ ≫




















hESC H9 SRX027482 EP300 ↻↻ ≫




















hESC H1 SRX100587 EP300 ↻↻ ≫

hESC H1 SRX100472 TCF12 ↻↻ ≫







◣ NANOG: Ave

rage

◢ SRX7020

44: h

ESC derive

d ectod

ermal

cells

◢ SRX7020

37: h

ESC derive

d mes

endod

ermal

cells

◢ SRX7020

38: h

ESC derive

d mes

endod

ermal

cells

◢ SRX7020

42: h

ESC derive

d mes

endod

ermal

cells

◢ SRX7020

43: h

ESC derive

d mes

endod

ermal

cells

◢ SRX0116

17: h

ESC H1

◢ SRX0116

18: h

ESC H1

◢ SRX0172

77: h

ESC H1

◢ SRX1004

82: h

ESC H1

◢ SRX1303

985:

hESC H9

◢ SRX2668

62: h

ESC HUES64

◢ SRX2668

63: h

ESC HUES64

◢ SRX7020

36: h

ESC HUES64

◢ SRX7020

39: h

ESC HUES64

◢ SRX7020

40: h

ESC HUES64

◢ SRX7020

41: h

ESC HUES64

◢ NANOG: STR

ING 2 kb

CoLocalization score1 9

None

Same SRX

STRING PPI score1 1,000500

Fig. S3

類似度高低

Colocalization

in silico ChIPColocalization例) NANOG と共局在する転写因子

SRX702043 NANOG hESC derived cellsSRX702042 NANOG hESC derived cellsSRX702041 NANOG hESC HUES64SRX702040 NANOG hESC HUES64SRX702039 NANOG hESC HUES64SRX702037 NANOG hESC derived cellsSRX702036 NANOG hESC HUES64SRX266863 NANOG hESC HUES64SRX266862 NANOG hESC HUES64SRX1303985 NANOG hESC H9SRX100482 NANOG hESC H1SRX017277 NANOG hESC H1SRX011618 NANOG hESC H1SRX011617 NANOG hESC H1SRX512370 SOX2 iPS cellsSRX1047413 SOX2 hESC H9SRX1053379 POU5F1 Embryonic Stem CellsSRX1053378 POU5F1 Embryonic Stem CellsSRX027488 SMARCA4 hESC H9SRX833403 CTNNB1 hESC H1SRX833420 NIPBL hESC H1SRX027482 EP300 hESC H9SRX702045 OTX2 hESC HUES64SRX702069 POU5F1 hESC HUES64SRX266859 POU5F1 hESC HUES64SRX702132 TCF4 hESC HUES64SRX833422 NIPBL hESC H1SRX1053369 POU5F1 Embryonic Stem CellsSRX123445 POU5F1 NCCITSRX833421 NIPBL hESC H1SRX1053370 POU5F1 Embryonic Stem CellsSRX833401 LEF1 hESC H1SRX833423 NIPBL hESC H1SRX512369 POU5F1 iPS cellsSRX684516 T hESC derived cellsSRX702052 OTX2 hESC HUES64SRX701971 EOMES hESC derived cellsSRX702053 OTX2 hESC HUES64SRX011616 SOX2 hESC H1

ID TF CellSOX2

Enrichment Analysis

自分のデータを解析できる

こんな方におすすめ

遺伝子群の上流を知りたい！

Enrichment Analysis

発現が上昇する遺伝子群

発現が低下する遺伝子群

乳がん SNP のゲノム座標

その他の SNP のゲノム座標

ゲノム座標を入れることもできるEnrichment Analysis

Enrichment Analysis の利用例

0 5 10 15

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

0 10 20 30

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

0 4 8

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

SRX371474 ESR1 BT-474 SRX1469952 ESR1 T-47D SRX371475 ESR1 BT-474 SRX371476 ESR1 MCF-7 SRX128100 TFAP2C BT-474 SRX100559 GATA3 T-47D SRX1531791 ESR1 MCF-7 SRX1961164 FOXA1 T-47D SRX1161182 NR3C1 ZR-75-1 SRX666556 HIF1A T-47D

SRX212650 STAT1 Monocytes

SRX831873 STAT5B CD8+ T cells

SRX1023792 PU.1 Macrophages













SRX100443 PU.1 GM12891

SRX682376 ERG TSU-1621MT SRX1023793 PU.1 Macrophages

SRX190187 FOXM1 GM12878

SRX117009 FLI1 NB-4

実験 ID TF Cell 0 5 10 0 10 20 0 5 10実験 ID TF Cell 実験 ID TF Cell–Log10P –Log10P –Log10P

A 乳がん B 炎症性腸疾患 C乾癬乳がん SNPs の結果炎症性腸疾患 SNPs の結果

Enrichment Analysis の利用例

解析された遺伝子群-薬剤投与で変動する遺伝子群 (Anan et al, 2018, NAR)

-若い vs 老化細胞 (Onodera et al, 2018, Aging Cell)

-がん化のステージ特異的遺伝子群 (Chatterjee et al, 2018, BCRT)

解析されたゲノム領域群-疾患と関連する SNPs (Oki et al, in preparation)

-遺伝子発現に影響する SNPs (Ishigaki et al, 2018, Nat Genet)

-ユーザの ChIP-seqデータ (Anan et al, 2018, NAR)

-進化的保存領域 (Ferris et al, 2018, Cell Rep)

Peak Browser

Target Genes Enrichment Analysis Colocalization

… …

ChIP-Atlas でできること

運営状況

ちゃんと更新しています！！

毎月更新中（1,500 件／月）

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公開

データ数（累積）

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ちゃんと使われています！！海外グループ国内グループ

Wang H 2018 J. Biol. Chem. Nishizawa Y 2018 OncotargetStudd JB 2018 Leukemia Miura I 2018 J. Psychiatr. Res.

Romero SL 2018 Sci. Rep. Misawa A 2018 Calcif. Tissue Int.Raffield LM 2018 PLoS Genet. Kawaji H 2018 BioRxivPeggion C 2018 Mol. Neurobiol. Chishima T 2018 GenesOchsner S 2018 BioRxiv Anan K 2018 NARMourad R 2018 Genome Biol. Yoshihara M 2017 Cell Rep.

Mao F 2018 NAR Umeyama T 2017 Cell Rep.Lareau CA 2018 BioRxiv Tanegashima K 2017 Genes to Cells

Kehl T 2018 Int. J. Cancer Sanosaka T 2017 Cell Rep.Kehl T 2018 Bioinformatics Onodera Y 2017 Aging Cell

Imrichova H 2018 BioRxiv Matsuda K 2017 DevelopmentFiziev P 2018 Genome Biol. Ishigaki K 2017 Nat. Genet.Ferris E 2018 Cell Rep. Sugeno N 2016 Sci. Rep.Dréos R 2018 NAR

Cui C 2018 GPBChèneby 2018 NAR

Chatterjee S 2018 BCRTBocci M 2018 AngiogenesisBaldi S 2018 BioRxiv

Åkerborg Ö 2018 BioRxivYevshin I 2017 NAR

Turrell FK 2017 Genes Dev.Naderi A 2017 Oncotarget

Kehl T 2017 NARKalender 2017 Genome Med.Guo MH 2017 PNAS

Govaere O 2017 OncogeneChen Y 2017 Genome Biol. 43 報 (as of Sep 2018)

つながれています！！

布教活動してます！！

発生生物学会発生における代謝研究会AMED 老化拠点会議トーゴーの日Keystone symposium

CSHL meeting

NGS 現場の会個性創発脳班会議ConBio 2017

日本再生医療学会

学会・シンポジウム名古屋大学東京大学大阪大学CiRA

横浜理研徳島大学国立がんセンター先端医療センター東京医科歯科大学医薬基盤研

出張講義旭川医科大学慶應義塾大学東京農業大学岩手医科大学九州工業大学

Supported by JST 統合化推進プログラム

謝辞Web UI の作製, 様々な提言大田達郎 (DBCLS)

構想, 提案塩井剛 (RIKEN)

CoLoの提供仲木竜 (東大)

データ可視化川路英哉 (RIKEN)

計算機NIG supercomputer

WABI の作製小笠原理奥田喜広 (DDBJ)

サーバ提供畠中秀樹 (NBDC)

統計解析瀬々潤 (産総研)

データ考察目野主税 (九大)

H27 年度統合化推進プログラムH29 年度統合化推進プログラム

研究費

老化メカニズムの解明・制御プロジェクト老化研究推進・支援拠点

公益信託加藤記念難病研究助成基金その他、ご協力いただいた方々

基盤研究 B (特設分野)

ChIP-Atlas をつないで使う

Peak Browser

Target Genes Colocalization

ChIP-Atlas とつないだ DB, ツール

Peak Browser データの中身

染色体 Start End 結合度抗原名細胞名chr10 71759707 71760025 461 Ctcf AML12chr10 71759797 71760092 297 Ctcf CH12chr10 71759915 71760052 138 H3K9me3 Embryonic Stem Cellschr10 79896742 79897040 185 H3K27me3 CD4-Positive T-Lymphocyteschr10 95540252 95540329 232 H3K4me3 Neuro-2achr10 110669400 110669772 255 Nanog Embryonic Stem Cellschr11 3000446 3000513 427 H3K4me3 iPS cellschr11 3001313 3002392 267 H3K4me2 iPS cellschr11 3096207 3096278 244 Rai1 Cortexchr11 34495358 34495532 913 Cebpb Hematopoietic progenitorschr11 53953995 53954137 302 Gata2 Uteruschr11 108872998 108873368 281 DNase-Seq CH12chr11 108873002 108873397 269 Nfia Brown adipocyteschr11 121843522 121843856 318 Cebpa Brown adipocyteschr11 121843543 121843856 380 Cebpb Brown adipocyteschr12 3109672 3110298 302 Rag1 B-Lymphocyteschr12 3109719 3110271 258 Sall4 Spermatogoniachr12 3109794 3110163 271 Ebf4 Olfactory Nervechr12 3109842 3110121 309 Lhx2 Olfactory Nervechr12 3109852 3110137 152 Tead4 Liver

ゲノム座標 + 抗原・細胞名

…

�説明のため少し簡略化しています

UCSC Browser との連携

共同開発：川路英哉 (RIKEN)

DBKEROとの連携

共同開発：鈴木穣 (東大)

DeepBlueとの連携

共同開発：Felipe Albrecht (MPI)

Target Genes データの中身転写因子↔標的遺伝子の対応表

…

転写因子標的遺伝子結合度SOX2 ABCB7 322SOX2 HADHB 639SOX2 HADHA 639SOX2 PYCR2 334SOX2 GIMAP5 854SOX2 PDE6D 350SOX2 COPS7B 350SOX2 ACSL5 567SOX2 RIOK2 522SOX2 RNF180 166SOX2 FNBP4 455SOX2 CGAS 771SOX2 TMEM19 572SOX2 RPE 356POU5F1 WNT5B 833POU5F1 BCL10 764POU5F1 OSBPL3 612POU5F1 CAV1 804POU5F1 SAMHD1 659POU5F1 S100Z 515


RegulatorTrailとの連携

RegulatorTrailとの連携

いつのまにか連携していた。

Colocalization データの中身転写因子↔共局在候補因子の対応表

…

転写因子類似因子細胞名類似度SOX2 POU3F2 Neural progenitor 7SOX2 SOX2 ReN-VM 1SOX2 FOXP1 OF4155 9SOX2 DYRK1A T98G 4SOX2 MYC BT168 3SOX2 MYC D54 9SOX2 SVIL SH-SY5Y 7SOX2 KDM1A SH-SY5Y 6SOX2 BRD4 Retina 8SOX2 KLF4 Glioblastoma 4SOX2 SMARCC1 BT-16 1SOX2 YY1 SK-N-SH 2SOX2 MYCN NB-1643 1SOX2 MYCN KELLY 7SOX2 MYCN NGP 9BRD4 MYCN Neuroblastoma 5BRD4 MYCN BE(2)-C 8BRD4 MYCN IMR-5 1BRD4 MYCN SK-N-BE(2) 8BRD4 GATA3 BE(2)-C 1


jPOSTとの連携（予定）

TF–TF 共局在予測

ChIP-AtlasPPI データ

jPOST

相互リンク

つなぎかたのトリセツ

沖の片想い ❤

TogoVar・DPV・TASUKE+SNP における転写因子結合

TargetMine薬剤で変動する遺伝子の上流探索

KEGGパスウェイのハブ因子の特定

RefEx・SHOGoiN・SCPortalen・FANTOM組織特異的遺伝子の上流探索

CRISPRdirectエピゲノムに基づく標的領域の候補づけ

Plant GARDEN植物ゲノムの ChIP-seq データ

chip-atlas の紹介とその連携 -...

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