Download - ANALISIS KEKERABATAN
-
ANALISIS KEKERABATAN
-
TUJUAN Mengetahui jauh-dekatnya hubungan kekerabatan antara takson-takson (OTU=Operational Taxonomy Unit) yang diuji
-
PENDEKATANFENETIK - Berdasarkan derajat kesamaan dari ciri-ciri yang dipilih- Tanpa memperhatikan faktor evolusi - Hasilnya dalam bentuk Fenogram/Dendrogram
-
PENDEKATAN (lanjutan)Phylogenetik - Berdasarkan kesamaan ciri moyangnya- Memperhatikan faktor evolusi- Hasilnya Cladogram
-
Prinsip Kerja Analisis FenetikMenentukan Operational Taxonomy Unit (OUT)Menentukan ciri dan sifat ciri,lalu ditentukan kode numerik (choding characters)Menghitung nilai koefisien kesamaan, setiap OUT yang diujiMembuat Dendrogram=pohon kekerabatan
-
Penghitungan Nilai KoefisienNilai Koefisien KesamaanNilai koefisien Ketidaksamaan
MENUNJUKAN JARAK KEKERABATAN
-
MetodeJaccardSimple Matching Coeficient (SMC) Besarnya nilai perbandingan antara jumlah total ciri berkode sama pada dua OTU dibagi dengan jumlah total ciriDengan Rumus : Sij = a + d pDimana Sij= Nilai Koefisien kesamaan antara OTUi dan OTUj, a dan d adalah jumlah ciri berkode sama, p adalah jumlah total ciri
-
Contoh
-
Nilai Koefisien kesamaanOTU A & B = 3/5=0,6 A & C = 4/5=0,8 A & D = 2/5=0,4 B & C = 2/5=0,4 B & D = 2/5=0,4 C & D = 1/5= 0,2 Nilai Koefisien disusun ke dalam matriks
-
Matriks Nilai kesamaan
-
Clustering MethodsSingle Linkage Clustering Nilai koefisien kesamaan paling besar Complete Linkage Clustering Nilai koefisien kesamaan paling kecilAverage linkage Clustering rata-rata nilai koefisien kesamaan
-
Contoh Dendrogram