ipython notebook を使おう @fmkz___

自己紹介 •  @kzfm – 製薬会社の研究員(最近インフラ周りばかり) – pythonをメインに使っています

•  Shizuoka.pyは一年ぶりですｗ

•  最近workdaysとかdateutilとかの営業日計算的なライブラリと仲良くしてますｗ

IPYTHONのすすめ

IPythonとは •  python interactiveの拡張 •  補完とかヘルプとか便利になってる •  matplotlibとの親和性が高い – numpy + scipyとも

•  でもOS X(10.7-)だとインストールが大変 – ScipySuperpackを使おう – http://fonnesbeck.github.com/ScipySuperpack/

コード補完

TABを押す

help(イントロスペクション) •  methodの後に?をつける

shellを叩く •  !ではじめる

その他の機能 •  ?を叩くとヘルプ

IPYTHON NOTEBOOK

IPython notebookとは •  先程のIpythonをウェブブラウザで実行できようにしたもの

•  対話的な操作の結果を記録として残せる

なにがいいの？ •  webブラウザの機能が使える – 実行後の画像や、表(Pandas)の表示 – 数式の表示 – Markdown記法での文の挿入

•  再現できる計算環境 – Rstudioのような統計解析環境とはまたちょっと違う

•  共有できるノートブック – Gitで管理、Githubでシェア

なにがいいの？（続き） •  解析結果を他のフォーマットで保存できる – pdf,html,rst

•  Cellという単位で操作できるところ – 作業を一塊の単位にできる

•  magic commands – %とか%%で始まるやつ、便利

magic commands •  グラフを挿入したり、ベンチマークをとったりできる

demo •  ふじのくにオープンデータカタログを使って適当な分析をしてみて、それをgitで管理しつつ、Gihub経由でシェアするようなデモを

•  http://nbviewer.ipython.org/github/kzfm/shizuokapy4/blob/master/example.ipynb

詳しくは •  http://ipython-books.github.io/cookbook/#part-i-advanced-high-performance-interactive-computing

OpenEyeなんかも積極的 •  ipython notebookで解析プロセスをシェアするのがこれからの一つの方向性かなと

SureChEMBL iPython Notebook Tutorial

•  http://nbviewer.ipython.org/github/rdkit/UGM_2014/blob/master/Notebooks/Vardenafil.ipynb

•  公共の特許化合物データから候補化合物を探索するためのチュートリアル