JBONインターフェースWG報告

矢原　徹一九州大学大学院理学研究院

検討経過 2009 年 4 月 15 日：第一回 WG （東大駒場）

九大：矢原 東大：伊藤元己、神保宇嗣、柴崎亮介、長井正彦、大手信人 国環研：松永恒雄、真板英一、小川安紀子 遺伝研：菅原秀明 森林総研：阿部真 農環研：楠本良延、岩崎亘典 JAXA: 磯口修 JAMSTEC: 山本啓之 環境省：阪口法明、鈴木真野 自然研：鋤柄直純、米田政明 産総研：岩男弘毅（ by Skype ）

2009 年 4 月 16 日： JBON Portal 打ち合わせ（東大駒場） 矢原、伊藤、神保

ワークショップ 2日間の議論も考慮に入れて提案

第一回WG議題

GEO BONに関する経過説明 GEOSS-AP symposiumの報告 検討事項

情報交換：どんなシステムが利用可能か？ ニーズの検討：どんなデータを見たいか？ 実行計画： JBON Portalをどう作るか？

どんなシステムが利用可能か？ GBIF ： http://www.gbif.org/

日本サイト： http://bio.tokyo.jst.go.jp/GBIF/gbif/japanese/ 日本ポータル： http://gbif.ddbj.nig.ac.jp/

DDBJ ： http://www.ddbj.nig.ac.jp/index-j.html JaLTER ： http://www.jalter.org/

ILTER に準拠： EML によりメタデータ管理 RuLIS ： http://gbif.ddbj.nig.ac.jp/pdf/2006/nokanken_yamamoto.

pdf GEO GRID ： http://www.gtrc.aist.go.jp/project_geo

GBIFと ILTER

GBIFは標準化されたデータベース Darwin Core 形式でデータが入力される 階層的 IDでデータが管理される

データ自体を検索・ダウンロード可能 ILTERはメタデータ（データ属性を記述するデータ）をサポート データ形式はさまざま（表形式、画像など）

メタデータは EML（ xmlのメタデータ形式）で標準化 データは階層的 IDを持たない

データ自体を検索・ダウンロードすることに制約あり

GBIFと ILTERの違いの背景

GBIF：分類学者の関心に依拠 分布記録（標本または観察記録）に焦点 個体や個体群の状態記録は（最初は）扱わない

状態記録を扱えるように拡張は可能 しかし、状態変量（たとえば個体数）の定義、調査努力、など生態学的に重要な情報を自由に記述できない

ILTER：生態学者の関心に依拠 特定のプロットでのさまざまな記録に焦点 状態変量はとても標準化できないので、メタデータの標準化だけを考える

GBIF Darwin Core

必須項目 DateLastModified ：レコードの最終更新日 InstitutionCode ：機関コード　例： QDAI CollectionCode ：各機関内の収集品別 ID 　例： YAKUDATA CatalogNumber ：収集品内のレコード別 ID 　例： 33967 ScientificName ： 学名

非必須項目 BasisOfRecord ： レコードの種類の略称

(O) 観察、 (S) 標本、 (L) 生物種 、 (G) 遺伝資源 YearIdentified, MonthIdentified, DayIdentified Longitude, Latitude Sex ：性別 ほか　　項目を拡張することは可能

GBIFポータルの分布図作成機能作図例：ススキ（ Miscanthus sinensis ）の検索結果北米東部に広く帰化していることがわかる

ITER EML

メタデータの水準を 5段階に設定 １： Identification（最低限の情報） ２： Discovery（１＋地域・分類群・時間） ３： Evaluation（２＋方法・属性概要など） ４： Access（３＋データへのアクセス法） ５： Integration（４＋属性詳細）

ITER EML Identification

Title:データ名　屋久島植物分布データベース Creator：作成者　矢原徹一 Contact：連絡先　九州大学生態科学研究室 Publisher：出版元　出版されていることが前提 Publication Date：出版日 Keywords：キーワード Abstract：要旨 Dataset/distribution (i.e. URL for dataset

information)：データのありか（ウェブサイトなど）

メタデータを科研費 DBのように検索できれば良い

検索ツールとして Google Earth を活用 緯度・経度がタグとなるデータは メタデータを地図上に表示

水質、森林プロット、魚、などカテゴリー別に KMLファイルを作成

種名がタグとなるデータ GBIFに依拠して DB化

Darwin Core を拡張 個体数、減少要因などの状態変量を追加

EMLを部分利用 データセットの属性情報を蓄積

Data paper に対応 短期入力目標を特定

Data paper

生態学会大規模長期専門委員会で検討中 類似モデル：Molecular Ecology Resources

当初はマイクロサテライトのプライマー発表に特化したジャーナル

Ecological Researchの投稿種目を新設 いずれは” Ecological Research Resources”に 1-2ページでデータベースの概要を紹介 URLを記載 被引用度がWeb of Scienceで評価される

Global Earth Observation Grid

産業技術総合研究所グリッド技術研究センター　ウェブサイト　より

Global Earth Observation Grid

ある地域で観察された事象が、全体的傾向なのか、局所的な傾向なのかを的確に評価するため、農業生態系における多様な生物生息地の変動を地域～国土スケールで効果的にモニタリングし、種、生態系、景観の各レベルにわたる詳細なデータを、体系的、効果的に収集・蓄積・利用するためのフレーム。

農業景観に関する調査・情報システム農業景観に関する調査・情報システム RuLRuLISIS RuLIS ： Rural Landscape Information System

RuLISRuLIS の目的の目的

RuLISRuLIS の特徴の特徴● 全国農業生態系区分と、詳細モニタリング地区の２段階● ３次メッシュ体系による各種データの統合と、解析単位の組替　　・国土数値情報、メッシュ気候値、自然環境基礎調査などとの統合が可能　　・行政区、流域界などの利用、グリッド単位の結合（ 1x1 、 3x3 、 10x10など）

● 各種データ（メッシュ、ポリゴン、ポイント）を地理情報で結合　　・ほ場図（農法、整備）や植生図（ポリゴン）、生物分布（ポイント）などを結合

調査・情報システム調査・情報システム RuLISRuLIS のフレームのフレーム

＊ RuLISRural Landscape Information System

全国の農村景観（農業生態系）を類型化（ 60タイプ）

関東地方（利根川流域）の水田景観で生態系をモニタリング

１

２

風土による景観、生物相の違いを考慮した調査・解析を行う

広域データと詳細データの結びつけと、生態系の変化の解析を行う

地形、土壌、気象、植生等の自然立地条件や農業立地条件を利用した農業生態系の類型化（３次メッシュ単位） 農業生態系の分類

・全国の農業生態系を60のクラスに分類＊この地図はレベル３で表示

64666768

legend

利根川流域における６つのクラス● 6-e 内陸部の水田景観● 6-f 下流域低地水田景観● 6-g 下流域台地谷津田景観● 6-h 下流域台地市街地景観

地形、土壌、気象、植生等の自然立地条件や農業立地条件を利用した農業生態系の類型化（３次メッシュ単位）

地形、土壌、気象、植生等の自然立地条件や農業立地条件を利用した農業生態系の類型化（３次メッシュ単位） 農業生態系の分類

・全国の農業生態系を60のクラスに分類＊この地図はレベル３で表示

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利根川流域における６つのクラス● 6-e 内陸部の水田景観● 6-f 下流域低地水田景観● 6-g 下流域台地谷津田景観● 6-h 下流域台地市街地景観

利根川流域におけるモニタリング地点

legendMonitoring Sites

モニタリング地点における土地被覆分類等の調査手順の汎用化、サンプルプロットにおける調査手順の汎用化等、調査システムの確立

生態系に関するデータの収集1.土地被覆の現況状況2.土地被覆の変化の把握3.地区内の植生把握4.希少種の分布5.外来種の分布

current land cover

既存の植生調査データ等の収集利根川流域におけるモニタリング地点

legendMonitoring Sites

モニタリング地点における土地被覆分類等の調査手順の汎用化、サンプルプロットにおける調査手順の汎用化等、調査システムの確立

生態系に関するデータの収集1.土地被覆の現況状況2.土地被覆の変化の把握3.地区内の植生把握4.希少種の分布5.外来種の分布

current land cover

既存の植生調査データ等の収集

モニタリング地点における土地被覆分類等の調査手順の汎用化、サンプルプロットにおける調査手順の汎用化等、調査システムの確立

生態系に関するデータの収集1.土地被覆の現況状況2.土地被覆の変化の把握3.地区内の植生把握4.希少種の分布5.外来種の分布

current land cover

生態系に関するデータの収集1.土地被覆の現況状況2.土地被覆の変化の把握3.地区内の植生把握4.希少種の分布5.外来種の分布

current land covercurrent land cover

既存の植生調査データ等の収集

JBON Portal：データベース統合の要

JaLTER

DDBJ RuLIS

GEO Grid

GBIF

JBON

GBIF を生態データ用に拡張しJaLTER との I/F を構築

GBIF を生態データ用に拡張しJaLTER との I/F を構築

地上データとリモセンデータとの I/Fを構築地上データとリモセンデータとの I/Fを構築

生物多様性に関するあらゆるデータベースを連結生物多様性に関するあらゆるデータベースを連結

JBON Portal の段階的構築

まずすぐにできることから始める データベースのリンクサイト 評価ツールのリンクサイト 調査マニュアルのリンクサイト

3月プレコンファレンスまでの目標を決める GBIF Darwin Core の拡張 日本の絶滅危惧種分布データベース 保護管理区分のデジタル化　など・・・提案募集

COP10までの目標：アジアへの拡張 その後の展開を考えておく

日本の絶滅危惧種分布データベース

環境省 RDBデータ Location: グリッドまたは GPS情報 状態変量：個体数、減少要因

河川水辺の国勢調査データ Location: 河川名＋地点名（ GPS情報に変換可） 状態変量：有無、画像 非生物情報：水質、横断測量データなど

田んぼの生き物調査データ 森林のデータ 博物館標本データ（入力がかなり進んでいる） その他：個人所有のデータ

非公開種データはパスワードで管理

短期目標：他の可能性

アジアの標準植生図 日本の保護管理区分データベース

自然公園各種管理区分 国有林各種管理区分

シカ柵データベース 植物形質データベース 他のアイデア募集

提案した人は仲間を集めて実行しよう

データ提供と利用のインセンティブ 日浦提案

データペーパー 科研費、推進費などでデータ登録義務化 メタ解析の共著者 強制収容型データ入力キャンプ

小池提案 ER論文の基データを電子化（義務化） 未発表データ市場をつくる

データはあるがアイデアがない人とアイデアはあるがデータがない人の縁組支援

歴史的データをニーズを持つ人が協力して電子化

矢原提案：目標を設定して協力

森林 DB春の学校＊入力戦隊イレルンジャー

データベース作成に対する科研費