NCBI 网站介绍www.ncbi.nlm.nih.gov

National Center forBiotechnology Information

NCBI 网站简介 1988 年，美国的参议员 Claude Pepper 发起 1988 年 11月 4日通过立法建立国立生物技术信息中心

NCBI 的任务 : 建立基于计算机的信息处理的关于分子生物学，生物化学，和遗传学知识的存储和分析的自动系统。并进行先进方法的研究。

促进生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。

促进全世界范围内的生物技术信息收集的合作

NCBI 生物信息整合系统Entrez 用途

PubMed 书目文献数据 获取 GenBank, EMBL 等数据库的核酸序列； 获取 Swiss-port,PIR,PRF,PDB 等蛋白质

序列；从核酸序列翻译到蛋白质的序列； 蛋白质三维结构数据及大分子模式（ MMD

B ）等其他生物信息数据库检索 获取基因组图谱信息

因特网上检索免费 MEDLINE

一 . 历史与背景 INDEX MEDCUS MEDLARS ONLINE MEDLINE CD MEDLINE WEB

MDLINE Web (Free) 检索特点 :

MEDLINE Web (FREE) PubMed (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed) BioMedNet Evaluated Medline (http://www.bmn.com) Healthgate Medline (http://www.healthgate.com)

PubMed 数据类型：期刊论文、综述、以及

与其他数据资源链接。 特点： 1. 免费提供题录和文摘

2. 可与提供原文的网址链接 ( 部分免费获取）

3. 提供检索词自动转换匹配4. 操作简便、快捷

数据收录 MEDLINE 4300 余种生物医学期刊，内容涉及医学、

护理、牙科、兽医、健康保健系统、前临床医学等学科。这些期刊来源于美国和世界上 70 多个国家和地区。

文献量达 1 千 1 百万条记录，并回溯到1966 年。

[indexed for MEDLIEN]

In process citation 提供 MEDLINE 尚未经规范处理的

数据。 获 MeSH 词后，再加入 MEDLINE 。 记录中 [in process] 的标记。

Publisher Supplied Citations出版商直接向 PubMed 提供电子记录包括 MEDLINE 未收录的部分记录

PubMed 与 MEDLINE 的区别 收录范围广： MEDLINE 收录的部分生

命科学相关文章的非医学专业期刊（物理、天文、化学等）

收录记录新：在 MEDLINE 数据标引前的最新题录

文献类型全：提供电子原文链接（部分免费）

在检索栏中输入 : 一个或多个检索词 ( 系统默认空格为 AND 检索 ) 如： placenta growth oxygen genbacev o 著者姓名 , 姓在前 , 名在后 , 如 : smith ab 刊名，可输全称或 MEDLINE 认可的标准缩写形式如：

clin exp immunol 布尔逻辑运算式： ( 运算符须大写）如 ： Stem [ti] AND neuroscience

二 .PubMed 基本检索功能

自动转换检索词（ automatic term mapping ）

自动对照规范词表 , 期刊名表，短语，著者名索引 , 依次寻找转换

短语寻找转换 单词转换 单词在上述四个字段寻找转换 在所

有字段中转换

如：输入 stem[ti] AND neuroscience

Details 显示： (stem[ti] AND ("neurosciences"[MeS

H Terms] OR neuroscience[Text Word]))

截词检索： treat*

强迫短语检索：“ brca 1”（不再自动转换匹配和扩展检索）

自动扩展检索 系统自动对主题词、副主题词进行

扩展检索，如： 输 入 “ hypertension therapy, 系

统自动将高血压的药物治疗、饮食疗法，

三 .PubMed 的辅助检索功能 Limits （检索限制选择） 字段限制：著者、刊名、篇名、滤过（ filter

原文收藏处）等 数据输入时间：默认检索可回溯到 1966 年，

限制选择 30 天 -10 年 7 种文献类型限制： 7 种语种： 12 种子文档： (01 年新增 2 种 Space Life Sci

ences and Bioethics ）

Previw/index （检索策略预览） 浏览检索式 改变检索式 （可用检索式编号 #1 OR #

2 ） 浏览索引（ index ）

Index （索引字顺表） 选择限制字段 输入检索词（词根） 在字顺表中选择检索词 选用逻辑算符建立检索式 点击 GO

History 检索式回顾 编辑检索式 如 #3 AND child

Details 显示检索词转换匹配运算详细过程 用途： 转换、确定规范词 如： liver cancer liver neoplasms 修改检索策略

修改检索策略 1. 检索框中随时修改 2.“Limit” 、 “ Preview/index” 、 “ Hist

ory” “Details” 功能键实现。

四 . 检索结果输出 显示检索结果 保存检索结果 保存检索策略 打印检索结果

显示字段选择（ Display) Abstract report: 来源期刊、标题、著

者、著者地址、记录性质、文献类型、勘误、评论、 PMID 或 UI 、摘要。

Citation Report: 显示除上述内容外，加 MeSH 叙词、化学物质名称、资助项目号等字段。

MEDLINE Report: ( 最完整，有标识符）

显示记录选择 单一记录：著者姓名 所有记录：选格式、点按 display 选定记录 : 方框内打钩

输出格式选择（ send to ) 选中题录（或文摘）后—— Text 当前网页文本格式 用浏览器文件保存 File 所有记录文本格式 用对话框保存 Clipboad 剪贴板 允许存储 1000 条，多项检索后一起保存 Email: 通过邮件发送

保存检索策略 Details 中的 URL ，可以让检索匹配的

详细策略放入检索框，该检索页面可以存储入浏览器收藏夹。

Cubby 灰色栏中的功能按钮，存储在数据库的个人文档中。

打印检索结果 1 浏览器打印（当前显示的网页）

2 show 功能键，增加网页显示的记录数

3 保存后一起打印（ word)

五 . 获取原文及相关资源 1. 联机获取原文（文摘中超链） 2. 向 NLM 索取原文（ order) （由

图书馆出面向成员馆订购） 3. 相关文献查找（ related article) 4. 其他数据库资源（生物信息学

等）

六 . 其他检索 Mesh Database 功能： 确定规范检索词 查看词义注释、树状结构表 副主题词、扩展、主要主题词

例：欲查 SARS （严重急性呼吸窘迫症）是否有相关规范词，什么时候在系统中建立该词，有关治疗有无文献？

附加检索

引文匹配器（ Citation Matcher ） 期刊浏览器（ Journal Browser ） 临床问题（ Clinical Queries ） 临床警示（ Clinical Alert ） :

引文匹配器（ Citation Matcher ） : 输入题录信息，查找特定文献进行补

缺。 刊名要准确，缩写要标准 著者姓名大小写不敏感 如查找： Taiwan I Hsueh Hui Chih

由 Chang PY （ taiwan yi xue hui za zhi ) 撰写、 1975 发表文献的其他著者

期刊数据库（ Journal database ） :

通过输入刊名、缩写名、等浏览期刊文献。

提供电子原文的超链键。

临床问题（ Clinical Queries ） :

专门检索临床研究方法学（循证医学）文献，主要涉及治疗、诊断、病因、和预后四个分类，并提供强调选择，即敏感度（强调查全）或专指度（强调查准）。

临床警示（ Clinical Alert ） :

1991 年开始， NIH 美国卫生健康研究所不定期公布能引起死亡率和致病率升高的临床试验项目重要新闻稿。

Pubmed 习题 1 查找肾功能衰竭的饮食疗法的文献，

写出作者 Rao M 所写文献所涉及的化学物质

2 已知：第一作者是 Challis DE, 出处是 Pediatric Research,2000,47(3):309~15 。要求写出其他合著者

碱基数

原序列

核酸序列报告

蛋白质序列数据库 内容包括序列及功能信息、蛋白识别及

其他功能 SWISS-PROT （瑞士日内瓦大学）蛋白

质序列数据库 http://www.Expasy.ch

PIR 蛋白质序列信息资源库（美、德） http://www -nbrf.georgetown.edu/pir/

蛋白疏水特性图

待检序列与库存序列对排

Genoma Map viewer 的主要功能 在所感兴趣的基因区域，获得基因组序列； 已知物理或遗传图谱数据，可用显示器在该

区域中查找代表疾病基因； 用显示器查找或显示、分析基因； 开发转录模型； 寻找基因家族成员； 查找基因编码蛋白质等。

角化过度症异常基因