OsiriX es un programa de código abierto escrito por Antoine Rosset, M.D., que transforma un

Apple Macintosh en una estación de trabajo PACS DICOM para procesar y visualizar imágenes

médicas.

OsiriX esta distribuido bajo licencia GNU General Public License y su código esta disponible para

todos.

Contenido

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1 Introducción

2 OsiriX ¿cómo?

3 Referencia de los menus OsiriX

4 Enlaces externos

[editar]Introducción

1. Acerca de OsiriX

2. Especificaciones de OsiriX

3. Requerimientos de sistema para correr OsiriX

4. Bajar e instalar OsiriX

[editar]OsiriX ¿cómo?

1. Importar imágenes DICOM dentro de OsiriX

2. Configurar ventanas OsiriX

3. Abrir varias series a la vez

4. Ver varias series a la vez

5. Administrar una base de datos OsiriX local

6. Fusionar imágenes

7. Abrir imágenes que no sean DICOM y peliculas

8. Exportar imágenes DICOM

9. Utilizar el visualizador 4-D

10. Reconstrucción multi-planar (MPR)

11. Reconstrucción 3-D

12. Utilizar OsiriX como una estación PACS

13. Utilizar 2-D thick slabs

14. Combinaciones de teclas

15. Acelerar OsiriX

16. Utilizar Plugins de OsiriX

[editar]Referencia de los menus OsiriX

1. OsiriX

2. File

3. Edit

4. Format

5. 2D Viewer

6. 3D Viewer

7. ROI

8. Plugins

9. Window

10. Help

11. OsiriX es un programa de manejo de imagen dedicado a imágenes DICOM (".dcm" /

extensión ".DCM") creadas por equipos médicos (MRI, CT, PET, PET-CT, ...) y

microscopio confocal (formatos LSM y BioRAD-PIC). Puede leer igualmente varios

formatos de archivos : TIFF (8,16, 32 bits), JPEG, PDF, AVI, MPEG y Quicktime. Es

totalmente compatible con el estándar DICOM para comunicación y archivo de imagen.

OsiriX es capaz de recibir imágenes transferidas mediante el protocolo de comunicación

DICOM desde cualquier PACS o modalidad de imagen médica (STORE SCP - Service

Class Provider, STORE SCU - Service Class User, y Query/Retrieve) .

12. OsiriX fue diseñado especificamente para la navegación y visualización de imágenes

multimodalidad y multidimensionales: Visualizador 2D, Visualizador 3D, Visualizador 4D

(series 3D con dimensión temporal, por ejemplo: Cardiac-CT) y Visualizador 5D (series 3D

con dimensiones temporal y funcional, por ejemplo: Cardio-PET-CT). El visualizador 3D

permite todos los modos modernos de renderización: Reconstrucción multiplanar (MPR),

Renderización de Superficie, Renderizacaión de Volumen y Proyección de Intensidad

Máxima (MIP). Todos estos modos aceptan datos 4D y pueden producir una fusión de

imágenes entre dos series diferentes (por ejemplo: PET-CT).

13. Osirix es a su vez una estación PACS DICOM de visualización y renderización de imagen

médica para búsqueda científica médica (radiología y imaginología nuclear), imagenología

funcional, imagenología 3D, microscopio confocal y imagenología molecular.

14. Osirix esta construido según una arquitectura integralmente expandible por plug-ins que

permite aumentar las funcionalidades de OsiriX para tus requerimientos personales! Esta

arquitectura de plug-ins te da acceso al poderoso entorno de interfaces Cocoa con el

lenguaje fácil, orientado objeto y dinámico Objective-C.

Funcionalidades del programa al día de hoy

Soporte de archivos DICOM

* Leer y escribir todo tipo de archivos DICOM (mono-cuadro, multi-

cuadros)

* Leer y visualizar el nuevo formato MRI/CT multi-cuadro (grupo 5200)

* JPEG Lossy, JPEG Lossless, JPEG2000, RLE

* Monochrome1, Monochrome2, RGB, YBR, Planar, Paletas, ...

* Soporte de píxeles de tamaño no cuadrado.

* 8, 12, 16 bits.

* Escribir archivos DICOM 'SC' (captura secundaria) desde cualquier

reconstrucción 2D/3D.

* Leer y visualizar todos los meta-datos del encabezado DICOM

* Leer y escribir DICOM CD/DVD (soporte DICOMDIR)

* Exportar archivos DICOM a TIFF, JPEG, Quicktime, RAW, DICOM, PACS

soporte de red DICOM

* Usuario de servicios de almacenamiento (STORE-SCU, DICOM Send)

* Proveedor de almacenamiento (STORE-SCP, DICOM Listener)

* Usuario de servicio consultar/recibir (Query and Retrieve de un

estudio desde un servidor PACS)

Soporte de archivos No-DICOM

* Archivos LSM de Zeiss (8, 16, 32 bits) (Microscopía Confocal)

* Archivos BioRadPIC (8, 16, 32 bits) (Microscopía Confocal)

* TIFF (8, 12, 16, 32 bits)

* ANALYZE (8, 12, 16, 32 bits)

* PNG, JPEG, PDF (multi-páginas), Quicktime, AVI, MPEG, MPEG4

Visualizador 2D

* Barra de herramientas configurable

* Interpolación Bicúbica

* Corte compuesto para CT multi-cortes y MRI (Mean, MIP, Rendereo de

Volumen)

* ROIs (Regiones de Interés): Polígonos, Círculos, Pen, Rectangulos,

Punto, ...

* Raton con botones multipes y rueda soportados

* CLUT modificables (Tablas de conversión a espectro colorido)

* Filtros de convolución 3x3 and 5x5 modificables (filtros para hueso,

...)

* 4D Viewer for Cardiac-CT and other temporal series

* fusión de imagen para estudios PET-CT con porcentaje de ajuste de

fusión modificable

* Substracción de imagen para XA

* Soporte con plugins de funcionalidades externas

Post-Proceso 3D

* MPR (Reconstrucción Multiplanar) con Corte Compuesto (Mean, MIP,

Renderizacion de Volumen)

* MIP (Proyección de Intensidad Máxima)

* Renderizacion de Volumem

* Renderizacion de Superficie

* Visión Estéreo con lentes Rojo/Azul

* Exportar cualquier imagen 3D a Quicktime, Quicktime VR, TIFF, JPEG

* Todas las ventanas 3D soportan 'Fusión de Imagen' para examenes PET-

CT y 'modo 4D' para CT-Cardiaco.

Optimización

* extra potenciado por Altivec (Motor Vectorial) (hasta 8-10 veces más

rápido)

* optimizado para G5 (para las mejores performancias con procesadores

G5)

* Multi-tarea

* Lectura Asincrónica

* Puede utilizar Multiples procesadores si están disponibles.

* Basado sobre la biblioteca vImage (Altivec & Multi-Tarea)

* OpenGL para ventanas 2D y todas ventanas 3D

* Acceleración por procesador gráfico de la tarjeta vídeo

* X-Grid (Posibilidad de compartir tareas entre varias computadoras)

Evolución & Busqueda científica

* OsiriX tiene una arquitectura dinámica integralmente extensible con

plugins

* Se accede a los píxeles directamente en formato 32-bits float para

las imágenes en escalas de grises o en formato ARGB para las imágenes

color

* Es posible crear y modificar ventanas

* Es posible acceder a todo el framework Cocoa

* Es posible crear y modificar ventanas OpenGL

* Más rápido que IDL, Más fácil que ImageJ !

Basado sobre componentes de Código Abierto

* Cocoa (OpenStep, GNUStep, NextStep)

* VTK (Visualization Toolkit)

* ITK (Insight Toolkit)

* PixelMed (David Clunie)

* Papyrus 3.0 (Digital Imaging Unit)

* DICOM Offis

* OpenGL

* XML-Expat

* LibTIFF

* Jasper

* LibJPEG

Arquitectura Open-Source

MacOS X 10.3 o más alto. (Usted necesita 10.3 porque utilizamos la biblioteca vImage.)

Una computadora G3, G4 o G5 Macintosh (G5 altamente recomendado para 3D!)

Para obtener el mejor funcionamiento:

512MB de RAM si usted planea abrir más de 300 imágenes (CT y MRI clásicos).

1GB de RAM si usted planea abrir más de 800 imágenes (multi-corte CT, PET-CT).

2GB de RAM si usted planea abrir más de 1500 imágenes (multi-corte PET-CT).

4GB de RAM si usted planea abrir más de 3000 imágenes (CT cardiaco con el visualizador

4D).

OsiriX ¿cómo?

Importar imágenes DICOM adentro de OsiriXHay dos maneras de importar imágenes DICOM adentro de OsiriX:

1) Vía red: Si usted trabaja en un entorno con PACS, es la forma más fácil de importar imágenes

DICOM adentro de OsiriX. OsiriX es un “DICOM Listener”. Significa que puede quedar escuchando

un puerto ethernet y recibir pasivamente (sin interacción del usuario) imágenes DICOM. Las

imágenes están mandadas desde una estación de trabajo PACS hacia una computadora Mac con

OsiriX corriendo. OsiriX y la estación de trabajo PACS precisan ser previamente configuradas :

Asignar un titulo AET y un número de puerto a OsiriX en el panel de preferencias “Preferences”.

Después pedir a su simpático administrador de PACS de configurar el PACS. El "DICOM Listener"

funciona sólo si OsiriX esta activo!

Archivo:OsiriXListenerSetup2.jpg

panel “Preferences” para configurar el “DICOM Listener”

2) Vía media local: si usted tiene archivos DICOM adentro de su disco duro, o tiene un CD-Rom

DICOM, basta con tan solo cliquear sobre el botón “Import” de la ventana “Local database”.

Después, usted esta invitado a seleccionar o archivos o carpetas de archivos DICOM. Varios

archivos y/o carpetas se seleccionan a la vez cuando usted mantiene la tecla "shift" apretada y

cliquea cada uno de los items. Es también posible arrastrar-soltar (“drag-and-drop”) archivos

diretamente desde el escritorio hacia la ventana “Local Database”.

Configurar ventanas OsiriXOsiriX brinda muchas funcionalidades y a veces se revela cómodo ajustar el interface gráfico (GUI)

para un uso específico. Todas las ventanas de OsiriX son ajustables. Se puede modificar la

ocurencia o no de las herramientas en la barra. Seleccionar “Customize Toolbar” desde los menues

“2D Viewer” o “3D Viewer". Usted puede también cliquear directamente en la barra de herramienta

mientras apreta la tecla ‘ctrl’. El panel de ajuste “Customize” se abrirá. Pues sencillamente arrastre

y suelte “drag-and-drop” cualquiera herramienta desde este panel hacía la barra de herramientas.

Administrar una base de datos OsiriX localDos conceptos acerca de su base de datos local son importantes de entender:

1. Si usted recibe imágenes con el "DICOM listener", ellas están almacenadas dentro de la

carpeta “DATABASE”, ubicada adentro de la carpeta “OsiriX Data” en su carpeta

“Documents”. OsiriX administra estos archivos. Lo que implica que si usted los borra

desde la ventana “Local Database”, Osirix va a borrar estos archivos definitivamente.

2. Si usted importa sus archivos con el botón “Import” o desde la línea de menu, OsiriX puede

o registrar un vínculo hacia estos archivos o copiar ellos adentro de la carpeta

“DATABASE”. Esto significa que si usted borra estos archivos desde la ventana “Local

Database”, OsiriX va o borrar los vínculos a estos archivos o borrar los archivos from la

carpeta “DATABASE”.

OsiriX conserva la información de todas las imágenes en el archivo “DATA.DAT”. Este archivo se

encuentra en la carpeta “OsiriX Data”.

Este archivo puede ser borrado. No contiene datos importantes, pero solo vínculos hacia archivos

DICOM.

Usted puede reconstruir la base de datos en todos momentos. Esto va a borrar el archivo

DATA.DAT y reconstruir uno nuevo. Sencillamente selecciona Rebuild Database desde el

menu File. Esta función va a escanear otra vez todos los archivos listados en la ventana “Local

Database”, borrar de la lista todas las referencias a archivos no disponibles y agregar todos los

archivos disponibles en la carpeta “DATABASE” (que fueron recibidos desde el PACS a través de

la red).

Usted puede cambiar el comportamiento de la base de datos desde el panel de "Preferences".

“DATABASE” carpeta que contiene los archivos DICOM ‘locales’.

“INCOMING” carpeta que contiene archivos temporarios recibidos por el "DICOM listener".

“TEMP” carpeta que contiene archivos durante las operaciones de conversión. El contenido de

esta carpeta esta borrado cuando usted sale de OsiriX.

“ROIs” carpeta que almacena los ROIs (regiones de interés) de las imágenes DICOM.

Fusionar imágenesOsiriX sabe fusionar imágenes. Usted puede superponer cualquier serie sobre cualquier otro : solamente abrir los 2 series a superponer y luego arrastrar soltar “drag-and-drop” el icono de titulo de ventana de un serie arriba la otra ventana:

El icono de ventana esta ubicado a la izquiera del nombre de ventana

Fusión entre series CT y PET.

Usted puede controlar la intensidad de fusión con el cursor “Fusion Percentage” de la barra de

herramientas. Si cierre uno de los dos series, la fusión parará. Si usted modifica el primer serie

(CLUT, zoom,rotación, ...), las modificaciones estarán también aplicadas al segundo serie.

la fusión de imágenes esta disponible también para reconstrucciones 2D y 3D, lo que implica que

usted puede aprovechar de la fusión de imágenes en conjunto con MPR, rendereo de volumen,

etc...

Fusión de imágenes en la ventana 3D MPR

Fusión de imágenes en la ventana 3D MIP

Abrir imágenes que no sean DICOM y peliculasOsiriX acepta imágenes y películas no DICOM. Significa que usted puede manejar cualquier

imagen o secuencia de imágenes con OsiriX como si fuesen imágenes DICOM. Usted puede re-

exportar ellas como TIFF o en formatos Quicktime

una película Quicktime abierta en OsiriX

Exportar imágenes DICOMCon OsiriX usted puede exportar sus imágenes DICOM como TIFF, JPEG, RAW, imagen DICOM o

como una secuencia Quicktime. Le permite capturar unas imágenes seleccionadas en un formato

que podrá llevar dentro, por ejemplo, de presentaciones PowerPoint o Keynote, o importar dentro

de un documento Microsoft Word.

Para exportar una única imagen, usted puede o "apple-copiarla" (Comando-C) para copiarla al

"Clipboard", o seleccionar Export desde el menu 2D Viewer. La linea de menu Export abre un

submenu que permite especificar el formato particular (TIFF, JPEG etc.). Con las preferencias por

defecto, OsiriX exportará la imagen como aparece en pantalla-- mismos tamaño, zoom, rotación,

mismos centro y ancho de ventana, etc. Usted puede encontrar el tamaño exacto de la imagen en

el ángulo superior izquierdo de la ventana:

El tamaño de la imagen exportada será de 1266 x 709

El mismo principio rige las secuencias de imágenes. Seleccionar Export to Quicktime desde el submenu Export, o cliquear sobre el botón Quicktime de la barra de herramientas. Con "Export to Quicktime", usted puede exportar la fusión de imágenes de la ventana "4D viewer", en caso que estos modos esten activados:

Seleccionar cual 'dimensión' usted quiere exportar

Usted puede cambiar también el modo de compresión y la velocidad de la secuencia. Recomandamos la compresión JPEG para obtener mejor calidad.

Modificar el modo de compresión y la velocidad de secuencia (cuadros por segundo)

Las preferencias suelen ser modificadas para que cuando una imagen esta exportada, dicha imagen guarde su tamaño original. Esta opción se encuentra en la sección "Viewers" del panel dePreferences... (menu OsiriX). Si esta opción esta abilitada, entoncés una matriz de CT 512 por 512 será exportada como una imagen 512 por 512. Además, solamente la imagen esta exportada, sin los carácteres como por ejemplo el nombre del paciente. Es frecuentemente la elección correcta para capturar imágenes para presentaciones.

Utilizar el visualizador 4-DOsiriX brinda un visualizador 4D. Usted puede cargar varios series de un estudio que esta

capturado en forma dinámica. Por ejemplo, series reconstruidas multifase desde un cardio CT

pueden estar cargadas para revisarlas en modo CINE. Sencillamente selecciona todos los series

desde la ventana de “Local Database” y luego cliquea “4D viewer”. Todos series estarán cargados

en una misma ventana. Usted puede navegar y revisar en una forma 'dinámica' cuando usted usa

la función “4D player” desde la barra de herramientas.

Seleccionar varios series y luego cliquear sobre el icono “4D viewer”.

La función “4D player” desde la barra de herramientas'

La función “4D player” esta disponible igualmente en la ventana de reconstrucción MPR.

Reconstrucción multi-planar (MPR)OsiriX brinda 2 modos diferentes de MPR: un modo clásico MPR 2D y un visualizador MPR 3D

ortogonal.

a) MPR 2D clásico

La ventana MPR 2D

Este visualizador MPR 2D permite crear un corte MPR en cualquier posición del volumen 3D: Ubica

su punto de interés dentro de la vista A. Desplazar el centro de las líneas cliqueando/arrastrando el

cuadrito rojo. Luego cambiar la rotación del corte cliqueando en la línea azul o la roja (rotación X y

Y). La línea azul corresponde a la imagen del corte final (vista C) y la línea roja corresponde a la

vista perpendicular (vista B) de la vista A.

(Este modo MPR requiere mucha potencia de microprocesador. No puede preprocesar imágenes y

todas imágenes están rendereadas con interpolación cubica.)

b) MPR ortogonal 3D

3D orthogonal MPR mode

Este modo le permite presentar representación 3D del volumen con cortes MPR 3D ortogonales. Usted puede cambiar la posición de los cortes ortogonales usando los 3 cursores situados en la barra de herramientas :

Posiciones de cortes ortogonalesEsconder o mostrar cortes cliqueando adentro de los cuadritos "check boxes".

Reconstrucción 3-DOsiriX tiene 3 modulos de reconstrucción 3D:

1) Proyección de Intensidad Máxima (MIP)

Reconstrucción 3D MIP

Esta reconstrucción usa una técnica de ‘ray-tracing’ para identificar cual pixel tiene la intensidad

máxima en cada rayo. Esta técnica es práctica para el rendereo 3D de MRIs o CTs, y CTs de

huesos.

2) Rendereo de Volumen

Rendereo de volumen 3D

Esta reconstrucción usa una técnica de ‘ray-tracing’ para aplicar tranparencia/opacidad a cada

píxel dependiendo de su posición y de su intensidad. Esta técnica produce buenas imágenes de

tejidos blandos para MRI y CT. Es de hecho la técnica 3D más usada y producirá las mejores

imágenes en varias esituaciones.

3) Rendereo de Superficie

Rendereo de Superficie 3D

Esta reconstrucción produce superficies basados en curvas de intensidad “iso-contour” definidas

por el usuario. Esta técnica es útil para endoscopia virtual y CTs de huesos. El usuario puede

definir 2 tipos de superficies a renderear.

Utilizar OsiriX como una estación PACSSI ! Usted puede usar OsiriX como una estación de PACS ! No necesita comprar costosas licencias

de estaciones PACS ! Ahorra su dinero y compra en lugar de licencias una computadora

Macintosh !

Basta configurar sus modalidades DICOM para que manden automaticamente los estudios a su

computadora OsiriX : configurar el titulo AET y número de puerto en OsiriX (ver Importar imágenes

DICOM adentro de OsiriX).

Utilizar 2-D thick slabsOsiriX soporta un mode cortes compuestos "2D thick slab" en el visualizador 2D. Este modo es

muy interesante si usted trabaja con CT multi-cortes. Va a facilitar una navegación más fluida a

través de series gigantescos.

El modo "Thick slab" esta controlado desde la barra de herramientas:

Controlador Thick Slab

Tres modos son disponibles:

Mean: todos los cortes son sumados y el valor mediano esta computado.

Maximum Intensity: El valor máximo de todos los pixeles de misma ubicación esta guardado .

Minimum Intensity: El valor mínimo de todos los pixeles de misma ubicación esta guardado.

Usted controla el número de cortes por grupo con el cursor. Usted puede ver la información relativa

al "thick slab" en el ángulo inferior izquierdo de la ventana:

Las imágenes 1 a 9 están presentadas agrupadas, y el espesor total es de 27 mm.

Combinaciones de teclasLas funcionalidades a continuación ayudan una rápida y eficaz interpretación de las imágenes:

ajuste de centro y ancho de ventana

traslación

zoom

rotación

navegación dentro de los series

medidas

regiones de interés

Los pequeños iconos siguientes en la barra de herramientas representan estas funciones basicas:

Para usar estas funciones, solo cliquear el icono correspondiente.

Para ahorrar tiempo, usted puede también teclar una de las siguientes combinación de teclas y/o

ratón:

a) Ráton + tecla

Usted puede cambiar la funcion actual de su ratón usando las combinaciones siguientes:

Option + Click = ajuste del centro/ancho de ventana

Apple + Click = Traslación

Ctrl + Click = Zoom

Apple + Option + Click = Rotación

b) Ráton con 3 botones + rueda

Recomandamos que usted use un ráton multibotones con rueda. Usted podrá navegar en

forma más eficiente que con el uso de un ratón con un solo botón.

botón izquierdo = función actualmente seleccionada

Right button = zoom

Wheel = navegación adentro de los series

c) Jog-wheel

OsiriX es compatible con estos nuevos "jog-wheel" devices de Contour Design

(http://www.contourdesign.com/ ). OsiriX sabe aprovechar a lo máximo estos equipos para

navegar rápidamente en 5 dimensiones.

Acelerar OsiriXOsiriX tiene dos limitantes: memoria y potencia del procesador.

1) Memoria:

OsiriX requiere mucha memoria si usted intenta abrir muchas imágenes a la vez! Si OsiriX

no tiene suficientemente memoria, Mac OS X va a crear memoria adiciona en modo

“memoria virtual” (VM) : va a utilizar su disco duro como memoria... Pero la VM es

aproximamente 1000 veces más lenta que la RAM!! Usted verá el problema... A

continuación viene la formula para calcular la cantidad de memoria que precisa

exclusivamente para las imágenes de Osirix: usted tiene que definir la cantidad de

imágenes que quiere revisar y trabajar en una misma sesión, y luego hacer el cálculo

siguiente:

Memoria necesaria = Alto X Ancho X Número de imágenes x 4 / 1048576

Por ejemplo: 512 x 512 x 100 x 4 / 1048576 = 100 MB de RAM para 100 imágenes CT

Eso significa que necesitará como mínimo 100 MB de RAM solamente para sus 100

imágenes CT. Mac OS X precisa además 256 MB para trabajar "normalmente”. Entoncés,

usted precisará como mínimo 256 + 100 MB = 356 MB para evitar el modo de memoria

virtual.

2) Potencia del procesador:

OsiriX precisa una alta capacidad de procesamiento para las reconstrucciones 3D: MIP y

Rendereo de Volumen. OsiriX es una aplicación multitarea que es capaz aprovechar cada

uno de los procesadores disponibles en su computadora. Si usted quiere la mejor

performance, le conviene comprar un G5 biprocesador!

Otra solución consista en organizar un "cluster" de computadoras con la Apple X-Grid

/tecnología MPI. Abrir y instalar el paquete. Usted necesita después instalar el plugin

“OsiriX plugin”: copiarlo en la carpeta “Plug-ins” de la carpeta “Xgrid” ubicada en su carpeta

"Library". Más información acerca de esta tecnología vendrá en las próximas versiones.

Otra solución consiste en el uso de la tarjeta gráfica PCI VolumePRO de TeraRecon. Esta

solución esta actualmente en fase de testeo para hacer que OsiriX corra más veloz que

una estación Vitrea3D ! Todas reconstrucciones 3D en OsiriX están basadas en VTK, y

VTK soporta 100% la tarjeta gráfica VolumePRO...

Utilizar Plugins de OsiriXLos plug-ins actualmente disponibles a esta dirección incluyen:

Filtros de Imagen

Invert & Web browser

Duplicate

Fill Gaps

T2 Fit Map

Herramientas de regiones de interés

ROI Enhancement

ROI Creation

Ejection Fraction Calculation

Pixel Normalization

Filtros de Fusion

CT Angio Subtraction

Ratio T2 Map

Otros Filtros

OpenGL