I.Bendaharawan SebagaiPemotong/Pemungut PajakBerdasarkan Keputusan Menteri Keuangan, Bendaharawan Pemerintah, yaitu Bendaharawan dan Pejabat yang melakukan pembayaran yang dananya berasal dari APBN/APBD, ditetapkan sebagai Pemungut:

-Pajak Pertambahan Nilai (PPN)Dasar Hukum:

Pasal 1 angka 27 UU PPN Pemungut Pajak Pertambahan Nilai adalah bendahara pemerintah, badan, atau instansi pemerintah yang ditunjuk oleh Menteri Keuangan untuk memungut, menyetor, dan melaporkan pajak yang terutang oleh Pengusaha Kena Pajak atas penyerahan Barang Kena Pajak dan/atau penyerahan Jasa Kena Pajak kepada bendahara pemerintah, badan, atau instansi pemerintah tersebut

-Pajak Penghasilan (PPh) Pasal 22Dasar Hukum:

Pasal 22 ayat (1) UU PPh Menteri Keuangan dapat menetapkan bendahara pemerintah untuk memungut pajak sehubungan dengan pembayaran atas penyerahan barang

-PPh Pasal 21/26Dasar Hukum :

Pasal 21 ayat (1) huruf b UU PPh Pemotongan pajak atas penghasilan sehubungan dengan pekerjaan, jasa, atau kegiatan dengan nama dan dalam bentuk apa pun yang diterima atau diperoleh Wajib Pajak orang pribadi dalam negeri, wajib dilakukan oleh bendahara pemerintah yang membayar gaji, upah, honorarium, tunjangan, dan pembayaran lain, sehubungan dengan pekerjaan, jasa, atau kegiatan

Bendahara pemerintah termasuk bendahara Pemerintah Pusat, Pemerintah Daerah, instansi atau lembaga pemerintah, lembagalembaga negara lainnya dan Kedutaan Besar Republik Indonesia di luar negeri yang membayar gaji, upah, tunjangan, honorarium, dan pembayaran lain sehubungan dengan pekerjaan, jasa, atau kegiatan.

Termasuk juga dalam pengertian bendahara adalah pemegang kas dan pejabat lain yang menjalankan fungsi yang sama

-Pasal 23/26Dasar Hukum :

Pasal 23 ayat (1) huruf c dan Pasal 26 ayat (1)

sebagaimana ketentuan yang berlaku umum.

II.Ketentuan Umum dan Tata Cara PerpajakanPendaftaran dan PenghapusanBendaharawan Pemerintah yang mengelola dana yang bersumber dari APBN/APBD harus mendaftarkan diri sebagai Wajib Pajak pada Kantor Pelayanan Pajak yang wilayah kerjanya meliputi domisili instansi tempat Bendaharawan tersebut berada.

Persyaratan untuk mendaftarkan diri sebagai WP adalah:

- Mengisi dan menandatangani formulir pendaftaran

- Fotocopy kartu identitas (KTP, SIM, Paspor )

- Fotocopy SK Penunjukan sebagai Bendahara

Dalam hal terjadi mutasi pegawai yang mengakibatkan bendahara yang bersangkutan diganti oleh pegawai lain, tidak perlu mendaftarkan NPWP baru, tetapi memberitahukan kepada KPP dengan melampirkan:

- Fotocopy kartu identitas (KTP, SIM, Paspor) Bendahara baru

- Fotocopy SK Penunjukan sebagai Bendahara yang baru

Apabila Bendaharawan yang telah terdaftar sebagai Wajib Pajak tersebut ternyata institusinya bubar, terjadi perubahan organisasi atau proyeknya telah selesai, maka dimintakan penghapusan NPWP dengan mengajukan permohonan yang dilampiri dokumen-dokumen pendukungnya.

III.Kewajiban Bendaharawan atas PPhBendaharawan berkewajiban untuk:

- memotong PPh Pasal 21 atas pembayaran gaji/honor

- memotong PPh Pasal 22 atas pengadaan barang

- memotong PPh Pasal 23 atas pengadaan jasa

- memotong PPh Pasal 26 atas imbalan jasa, pekerjaan, dan kegiatan yang

diterima Wajib Pajak luar negeri

Bendaharawan tidak melakukan pemotongan PPh Pasal 22 atas:

- pembayaran yang jumlahnya paling banyak Rp 1.000.000,00 (satu juta rupiah) dan tidak merupakan pembayaran yang terpecah-pecah;

- pembayaran untuk pembelian bahan bakar minyak, listrik, gas, air minum/PDAM dan benda-benda pos;

- pembayaran/pencairan dana Jaring Pengaman Sosial (JPS) oleh Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN);

IV.Kewajiban Bendaharawan atas PPN&PPnBMAtas pengadaan Barang Kena Pajak dan Jasa Kena Pajak, bendaharawan wajib memungut PPN & PPnBM.

Bendaharawan tidak melakukan pemungutan PPN & PPnBM atas:

1. Pembayaran yang tidak melebihi Rp. 1.000.000,- termasuk PPN dan PPnBM

2. Untuk Pembebasan Tanah

3. Pembayaran atas BKP/JKP yang menurut ketentuan perundang-undangan mendapat fasilitas PPN Tidak Dipungut atau Dibebaskan

4. BBM dan Non-BBM oleh PERTAMINA

5. Rekening Telepon

6. Jasa Angkutan Udara yang diserahkan perusahaan penerbangan

7. Untuk penyerahan BKP/JKP yang menurut ketentuan perundang-undangan tidak dikenakan PPN

Barang dan Jasa yang mendapat fasilitas Dibebaskan adalah:

- BKP Tertentu dan JKP Tertentu (PP 146/2000 sebagaimana telah diubah dengan PP 38/2003)

- BKP Strategis (PP 12/2001 sebagaimana telah diubah dengan PP31/2007)

- Beberapa BKP yang dibebaskan dari Bea Masuk (231/KMK.03/2001 sebagaimana telah diubah dengan 616/PMK.03/2004)

V.Petunjuk Pembayaran Gaji/HonorSecara umum, pada saat bendaharawan melakukan pembayaran berupa gaji/honor harus dilihat terlebih dahulu sumber dana dan kemudian penerima penghasilan tersebut

Sumber dana dapat bersumber dari:

- APBN/APBD

- Non APBN/APBD

Penerima Penghasilan terdiri atas

- Pejabat Negara/PNS/ABRI

- Non Pejabat Negara/PNS/ABRI

Apabila sumber dananya berasal dari selain APBN/APBD, maka perlakuannya adalah ketentuanpemungutan/pemotongan yang berlaku umum. Penghasilan berupa honorarium, uang sidang, uang hadir uang lembur, Imbalan Prestasi kerja dan imbalan lain dengan nama apapun yang sumber dananya berasal dari APBN/APBD, maka tata caranya adalah sebagaimana diatur dalam PP 45 Tahun 1994.

Apabila penerima penghasilan tersebut Non Pejabat Negara/PNS/ABRI, maka tata cara pemotongan/ pemungutan adalah tata cara yang berlaku umum (Perdirjen Pajak No.31/PJ/2009 yang telah diubah terakhir dengan PER-57/PJ/2009), sedangkan apabila dibayarkan kepada Pejabat Negara/PNS/ABRI, berlaku ketentuan khusus (PP 45/1994).

Atas Penghasilan yang diberikan kepada Pejabat Negara/PNS/ABRI yang dananya berasal dari APBN/D dilakukan pemotongan yang bersifat final dengan tarif 15% kecuali bagi PNS golongan II/d ke bawah atau ABRI berpangkat Pembantu Letnan Satu ke bawah, tidak dilakukan pemotongan PPh.

VI.Petunjuk Pengadaan BarangKewajiban perpajakan bagi Bendaharawan atas pengadaan barang adalah:

- Pemotongan PPh Pasal 22 (tarif 1,5%)

- Pemungutan PPN dan PPnBM

VII.Petunjuk Pengadaan JasaKewajiban perpajakan bagi Bendaharawan atas pengadaan jasa adalah:

- Pemotongan PPh Pasal 23/26

- Pemungutan PPN

Perlu diperhatikan bahwa, atas pengadaan jasa tidak dilakukan pemotongan PPh Pasal 22 melainkan pemotongan PPh Pasal 23/26 dengan tarif sesuai ketentuan yang berlaku tergantung jenis jasanya (UU PPh Pasal 23 dan PMK-244/PMK.03/2008).

VIII.Petunjuk Pengadaan Barang danJasa Atas Proyek yang DananyaBerasal dari Hibah / Pinjaman Luar NegeriProyek yang dibiayai dengan hibah atau pinjaman luar negeri mendapat perlakuan khusus yaitu:

- PPN & PPnBM Tidak Dipungut

- PPh Ditanggung Pemerintah

- Terhadap proyek yang hanya sebagian dibiayai dengan hibah atau pinjaman luar negeri, maka PPN & PPnBM Tidak Dipungut dan PPh Ditanggung Pemerintah hanya atas bagian yang dibiayai hibah/pinjaman luar negeri.