proteos...amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek,...

128

Upload: others

Post on 14-Mar-2020

3 views

Category:

Documents


0 download

TRANSCRIPT

Page 1: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

PROTEOS (Yunanca) Birinci oumlnde gelen

PROTEİN Hayatın temel maddesi

AMİNO ASİTLERİN POLİMERLERİDİRLER

AMİNO ASİTLER

amino asitler

bullProteinlerin yapı taşlarıdırlarbullMetabolizma sırasında diğer başka maddelere doumlnuumlşebilirlerbullVuumlcudun ihtiyacı olan diğer bazı kimyasal yapıların sentezlerinde kullanılabilirler

Kan plazmasındaki protein iccedileriği 6-8 gdlamino asit iccedileriği 005 gdl

C 45-55 H6-8 O 20-25 N15-17

AMİNO ASİTLERİN SINIFLANDIRILMASI

1Molekuumlllerinde bulunan amino ve karboksilgrupları sayısına goumlre

bullMono-amino mono-karboksilik asitlerbullMono-amino di-karboksilik asitlerbullDi-amino mono-karboksilik asitlerbullDi-amino di-karboksilik asitler

2Molekuumlllerinde bulunan zincir ve halkayapılarına goumlre

bullAlifatik amino asitlerbullAromatik amino asitlerbullHeterosiklik amino asitler

3Amino asitler ccediloumlzelti haline geccediltiklerinde asit baz veyaNoumltr reaksiyon goumlstermeleri esas alınarak

bullAsidik amino asitlerbullBazik amino asitlerbullNoumltr amino asitler

2 ve 3 nuumln karışımı bir sınıflandırma şekli

1 ALİFATİK AMİNO ASİTLERANoumltral Amino asitler

B- Asidik amino asitler ve bunların amidleri

c) Bazik amino asitler

sitruumlllin

ornitin

2Aromatik Amino Asitler

3 Heterosiklik amino asitler

4 Kuumlkuumlrtluuml Amino Asitler

Amino asitlerin isimlendirilmesi ve kimyasal yapıları

D veya L tanımı amino asit lsquoin R grubuna

en uzakta bulunan asimetrik karbonrsquoun

Heteroatomunun (NH2) sağda veya solda

olmasına goumlre tanımlanır

L-Amino asit

NH2

D-Amino asit

Amino Asitlerin dipol yapıları

Amino asitler amfoter elektrolitlerdir ccediloumlzeltinin Hiyonu konsantrasyonuna goumlre asit ya da baz olarakfonksiyon goumlruumlrler Bu nitelikleri karbonil gruplarınınproton verebilmebuna karşın amino gruplarınınproton alabilme yeteneğinden kazanılır

Her amino asit kendilerine oumlzguuml bir pH noktasında eşit sayıdapozitif ve negatif yuumlke sahiptir Amino asitlerin yuumlksuumlz formdabulundukları bu pH değerlerine izoelektrik nokta adı verilir

Amino asitlerin izoelektrik noktaları aşağıdaki formuumllle hesaplanır

İzoelektrik nokta (ıp)=pKa+pKb

2

pKa= Asit grubunun pK değeri Ccediloumlzeltiye asit ilavesindeamino asit bir baz gibi hareket ederpK değeri karboksilgrubunun negatif logaritmasıdır ve karboksil grubunun50rsquosinin dissosiye olduğu pH değerine eşittir

pKb= Baz grubunun pK değeriCcediloumlzeltiye baz ilavesindeamino asit bir asit gibi hareket ederpK değeri aminogrubunun dissasiasyon sabitesinin negatif logaritmasıdırve NH3 grubunun 50rsquosinin dissosiye olduğu pHdeğerine eşittir

Amino asitlerin fiziksel oumlzellikleri

1 Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Amino asitler suda asitlerde alkalilerde kolayetanolde az ccediloumlzuumlnuumlrler

2 Ccediloumlzuumlnme noktaları

Amino asitlerin ccediloumlzuumlnme noktaları genelde yuumlksektir 200 Crsquonin uumlstuumlndedir

3 Tadları

Bazı amino asitler oumlrn Loumlysin tatsızdır İzoloumlysin arjiningibi bazı amino asitler de acıdır Amino asitlerin gerikalan ccediloğunluğu ise tatlıdır

4 Amfolit yapıları

Amino asitler amin grubu ile birlikte karboksil grubu dataşıdıkları iccedilin aynı zamanda hem asit hem de bazdırlarCOOH grupları alkali ortamlarda H iyonları vererek COO-

(karboksilat anyonu) ve H+ iyonlarına dissosiye olur NH2

grupları ise asit ortamda H iyonlarını alır ve pozitif yuumlkluumlNH3 gruplarına değişir

İzoelektik noktalarında ise H iyonları COOHgrubundan NH2 grubuna geccedilerler Yani bir aminoasit molekuumlluumlnde COOH grubu H iyonunu verdiğiiccedilin negatif yuumlk taşıyan bir COO- grubu bu Hrsquoi aldığıiccedilin yuumlkuuml pozitif olan NH3 grubu ile yan yana bulunur

Hem pozitif hem de negatif yuumlk taşıyan iyonlara zwitterion denirZwitterion oluşturabilen maddelere de amfolit adı verilir

Glisin haricinde tuumlm amino asitler alfa-karbon atomlarına 4 farklı grup bağlandığı iccedilin optik aktiftirler

5Optik Aktiviteleri

En basit amino asit glisin olarak bilinir Yan zinciri yoktur Bu nedenle asimetrik karbon atomu iccedilermez

ALLOFORM

Bir amino asit ikinci bir asimetrik karbona sahipse

(Treonin ve Izoloysin) D ve L formunun tekrar iki ayrı

izomeri ortaya ccedilıkar bunlara da ALLOFORM denir

CH3

CHO H

C

COOH

NH2H

D-Treonin

CH3

C

C

COOH

OHH

H NH2

D-Allotreonin

Amino Asitlerin Kimyasal Oumlzellikleri

A) Amino gruplarının reaksiyonları

1 Alkol ile inaktivasyonu2 Soumlrensen titrasyonu3 Aromatik asitlere bağlanması4 Betain reaksiyonu5 Karbamino asit reaksiyonu6 Ninhidrin reaksiyonu7 Nitrik asit reaksiyonu8 Uumlramin asit reaksiyonu9 Diketopiperazin oluşumu10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

1 Amino grubunun alkol ile inaktivasyonuSulu ortamlarda amino grubu H iyonu bağlayarak pozitif yuumlkluumlNH3+ grubuna değişebilir Alkolluuml ortamlarda ise amino

grupları NH3+ gruplarına değişemez İşte bu olaya amino

gruplarının Alkol ile inaktivasyonu denirAmino asitler alkolluuml ortamlarda amfoter elektrolitler olmayıpasittirler

R-NH2 + H++OH- R-NH3+ +OH-

Amino asitler noumltral veya hafif alkalik ccediloumlzeltilerde form aldehitile reaksiyona girerek 1 veya 2 molekuumll form aldehit elektrikselyuumlk taşımayan amino grubu ile birleşir ve bu şekilde mono- veyadimetilol tuumlrevleri meydana getirirlerBundan sonra karboksil grubu standart alkali ile titre edilebilirkullanılan alkali miktarı mevcut karboksil grubu miktarınıgoumlsterir Bir amino asit ccediloumlzeltisinde bulunan karboksil grubununbu şekilde tayin edilmesi youmlntemine soumlrensen titrasyonu denirsoumlrensen bu tepkimeyi bir ccediloumlzeltide bulunan amino asitmiktarının saptanmasında kullanmıştır

R-CH-COO- + CH2OR-CH-COO- + CH2O R-CH-COO-

NH2Amino asit formaldehit H-N-CH2OH

HOH2C-N-CH2OHMonometilol aa

Dimetilol aa

2 Soumlrensen titrasyonu

3-Amino grubunun aromatik asitlerle bağlanması

C-Cl+H2N-CH2-COOH C-NH-CH2-COOH+HCl

OO

Benzoil kloruumlrglisin

Benzoilglisin(Hippurik asit)

OumlnemibullAmino asitlerin aromatik asitlerle birleşmesi sonundaccediloumlzuumlnmeyen maddeler oluşurbullBoumlylece zararlı maddelerin organizmadan atılması sağlanırbullBoumlyle bir reaksiyon uumlruumlnuuml olan hippurik asit ot yiyenhayvanlarda uumlreden sonra idrarla atılan en oumlnemli azotlumaddedir

4- Betain Reaksiyonu

Amino asitler zwitter iyon durumunda iken NH3+ grubundaki

3 Hrsquonin yerine 3 CH3 grubu geccedilmekle betainler oluşur

H3N+ - CH2- COO- (H3C)3N

+ - CH2- COO-

GlikokolGlikokol betain

OumlNEMİ Betainler bir zwitterionrsquodur

5 Karbamino asit reaksiyonu

Bu reaksiyonda amino asitlerin amino gruplarına CO2 bağlanarakkarbamino asitlerrsquoi meydana getirir

R- CH-COOH + CO2 R-CH-COOH

NH2 HN - COOH

Amino asit Karbamino asit

OumlNEMİ Hemoglobin CO2 ile karbamino asit oluşturur ve buşekilde CO2rsquoin dokulardan akciğerlere taşınmasını sağlar

6Ninhidrin reaksiyonu

Ninhidrin amino asit ile reaksiyona girerse NH3 ve CO2 serbesthale geccediler Bir aldehit oluşur ve ninhidrinin indirgenmiş biccedilimimeydana gelir

İndirgenmiş ninhidrin reaksiyonda serbest hale geccedilen NH3İle birlikte başka bir ninhidrin ile reaksiyona girer veReaksiyon sonunda mavi renkli bir madde oluşur

OumlNEMİ Amino asitler iccedilin oumlnemli bir nitel tayin youmlntemidirBu tepkime serbest amino gruplarının hepsi ile meydanagelebilir Bu nedenle de amino asitler peptidler ve proteinlerbu tepkimeye olumlu yanıt verirler

Ninhidrin+ Amino asit CO2 Reduumlkte ninhidrin+aldehit+amonyak

Ninhidrin+amonyak+reduumlkte ninhidrin Mavi menekşeRenkli kompleks

+ 3H2O

7 Nitrik asit reaksiyonu

Amino asitler nitrik asit ile reaksiyona girerlerse amino gruplarınınazotu nitrik asitin azotu gibi serbest element haline geccedilerDiğer taraftan amino grubunun yerine OH grubu girer

R-CH-COOH + N-OH R-CH-COOH

NH2O OH+N2+H2O

Amino asit Nitrik asit

Oksi asit+azot+su

OumlNEMİ Her bir amino grubuna karşın 1 mol azot serbest kaldığından amino gruplarının miktarını saptamakta yararlanılır

8 Uumlramin asit reaksiyonu

Amino asitlerin amino gruplarına bir uumlre molekuumlluuml eklenirseuumlramin asitleri meydana gelir

R-CH-COOH + H2N-C-NH2 NH3+R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

NH2 OAmino asit uumlre amonyak

Uumlramin asidiUumlramin asidndeki amino grubu ile karboksil grubu arasındanBir molekuumll suyun ayrılması ile hidantoinler oluşur

R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

R-CH C=O

NH C=ONH

Uumlramin asiti hidantoin

OumlNEMİ Uumlramin asitleri suda guumlccedil ccediloumlzuumlnuumlrler ve iyi billurlaşırlarBu nedenle amino asitlerin tanısında kullanılır

9 Diketopiperazin oluşumu

Amino asitlerin etil esterleri iki amino asit grubunu taşıyananhidrid halka yapılarını oluşturmak uumlzere kondanse olurlarSonuccedilta diketopiperazin meydana gelir

R-CH-C-O-C2H5 + H2N-C-R 2C2H5OH+R-C-C-N-C-R

NH2

O H

C=OC2H5O- HN C=O

diketopiperazin

10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

Amino asitlerin amino grupları karboksil grupları vevarsa ndashSH grupları Cu++ Co++ Mn++ Fe++ vs gibibir ccedilok ağır metal iyonları ile kompleks şelatlaroluştururlar

Bu oumlzellikten dolayı metal zehirlenmeleri durumunda antidotolarak proteinler kullanılır Bu amaccedilla yumurta akı ve suumltgibi protein ccediloumlzeltileri iccedilirilir Zehirlenmeyi yaratan metal buproteinle birleşerek etkisiz hale getirilir

Amino asitlerin karboksil gruplarının reaksiyonları

1 Tuz Oluşumu2 Esterleşme3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 2: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

AMİNO ASİTLER

amino asitler

bullProteinlerin yapı taşlarıdırlarbullMetabolizma sırasında diğer başka maddelere doumlnuumlşebilirlerbullVuumlcudun ihtiyacı olan diğer bazı kimyasal yapıların sentezlerinde kullanılabilirler

Kan plazmasındaki protein iccedileriği 6-8 gdlamino asit iccedileriği 005 gdl

C 45-55 H6-8 O 20-25 N15-17

AMİNO ASİTLERİN SINIFLANDIRILMASI

1Molekuumlllerinde bulunan amino ve karboksilgrupları sayısına goumlre

bullMono-amino mono-karboksilik asitlerbullMono-amino di-karboksilik asitlerbullDi-amino mono-karboksilik asitlerbullDi-amino di-karboksilik asitler

2Molekuumlllerinde bulunan zincir ve halkayapılarına goumlre

bullAlifatik amino asitlerbullAromatik amino asitlerbullHeterosiklik amino asitler

3Amino asitler ccediloumlzelti haline geccediltiklerinde asit baz veyaNoumltr reaksiyon goumlstermeleri esas alınarak

bullAsidik amino asitlerbullBazik amino asitlerbullNoumltr amino asitler

2 ve 3 nuumln karışımı bir sınıflandırma şekli

1 ALİFATİK AMİNO ASİTLERANoumltral Amino asitler

B- Asidik amino asitler ve bunların amidleri

c) Bazik amino asitler

sitruumlllin

ornitin

2Aromatik Amino Asitler

3 Heterosiklik amino asitler

4 Kuumlkuumlrtluuml Amino Asitler

Amino asitlerin isimlendirilmesi ve kimyasal yapıları

D veya L tanımı amino asit lsquoin R grubuna

en uzakta bulunan asimetrik karbonrsquoun

Heteroatomunun (NH2) sağda veya solda

olmasına goumlre tanımlanır

L-Amino asit

NH2

D-Amino asit

Amino Asitlerin dipol yapıları

Amino asitler amfoter elektrolitlerdir ccediloumlzeltinin Hiyonu konsantrasyonuna goumlre asit ya da baz olarakfonksiyon goumlruumlrler Bu nitelikleri karbonil gruplarınınproton verebilmebuna karşın amino gruplarınınproton alabilme yeteneğinden kazanılır

Her amino asit kendilerine oumlzguuml bir pH noktasında eşit sayıdapozitif ve negatif yuumlke sahiptir Amino asitlerin yuumlksuumlz formdabulundukları bu pH değerlerine izoelektrik nokta adı verilir

Amino asitlerin izoelektrik noktaları aşağıdaki formuumllle hesaplanır

İzoelektrik nokta (ıp)=pKa+pKb

2

pKa= Asit grubunun pK değeri Ccediloumlzeltiye asit ilavesindeamino asit bir baz gibi hareket ederpK değeri karboksilgrubunun negatif logaritmasıdır ve karboksil grubunun50rsquosinin dissosiye olduğu pH değerine eşittir

pKb= Baz grubunun pK değeriCcediloumlzeltiye baz ilavesindeamino asit bir asit gibi hareket ederpK değeri aminogrubunun dissasiasyon sabitesinin negatif logaritmasıdırve NH3 grubunun 50rsquosinin dissosiye olduğu pHdeğerine eşittir

Amino asitlerin fiziksel oumlzellikleri

1 Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Amino asitler suda asitlerde alkalilerde kolayetanolde az ccediloumlzuumlnuumlrler

2 Ccediloumlzuumlnme noktaları

Amino asitlerin ccediloumlzuumlnme noktaları genelde yuumlksektir 200 Crsquonin uumlstuumlndedir

3 Tadları

Bazı amino asitler oumlrn Loumlysin tatsızdır İzoloumlysin arjiningibi bazı amino asitler de acıdır Amino asitlerin gerikalan ccediloğunluğu ise tatlıdır

4 Amfolit yapıları

Amino asitler amin grubu ile birlikte karboksil grubu dataşıdıkları iccedilin aynı zamanda hem asit hem de bazdırlarCOOH grupları alkali ortamlarda H iyonları vererek COO-

(karboksilat anyonu) ve H+ iyonlarına dissosiye olur NH2

grupları ise asit ortamda H iyonlarını alır ve pozitif yuumlkluumlNH3 gruplarına değişir

İzoelektik noktalarında ise H iyonları COOHgrubundan NH2 grubuna geccedilerler Yani bir aminoasit molekuumlluumlnde COOH grubu H iyonunu verdiğiiccedilin negatif yuumlk taşıyan bir COO- grubu bu Hrsquoi aldığıiccedilin yuumlkuuml pozitif olan NH3 grubu ile yan yana bulunur

Hem pozitif hem de negatif yuumlk taşıyan iyonlara zwitterion denirZwitterion oluşturabilen maddelere de amfolit adı verilir

Glisin haricinde tuumlm amino asitler alfa-karbon atomlarına 4 farklı grup bağlandığı iccedilin optik aktiftirler

5Optik Aktiviteleri

En basit amino asit glisin olarak bilinir Yan zinciri yoktur Bu nedenle asimetrik karbon atomu iccedilermez

ALLOFORM

Bir amino asit ikinci bir asimetrik karbona sahipse

(Treonin ve Izoloysin) D ve L formunun tekrar iki ayrı

izomeri ortaya ccedilıkar bunlara da ALLOFORM denir

CH3

CHO H

C

COOH

NH2H

D-Treonin

CH3

C

C

COOH

OHH

H NH2

D-Allotreonin

Amino Asitlerin Kimyasal Oumlzellikleri

A) Amino gruplarının reaksiyonları

1 Alkol ile inaktivasyonu2 Soumlrensen titrasyonu3 Aromatik asitlere bağlanması4 Betain reaksiyonu5 Karbamino asit reaksiyonu6 Ninhidrin reaksiyonu7 Nitrik asit reaksiyonu8 Uumlramin asit reaksiyonu9 Diketopiperazin oluşumu10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

1 Amino grubunun alkol ile inaktivasyonuSulu ortamlarda amino grubu H iyonu bağlayarak pozitif yuumlkluumlNH3+ grubuna değişebilir Alkolluuml ortamlarda ise amino

grupları NH3+ gruplarına değişemez İşte bu olaya amino

gruplarının Alkol ile inaktivasyonu denirAmino asitler alkolluuml ortamlarda amfoter elektrolitler olmayıpasittirler

R-NH2 + H++OH- R-NH3+ +OH-

Amino asitler noumltral veya hafif alkalik ccediloumlzeltilerde form aldehitile reaksiyona girerek 1 veya 2 molekuumll form aldehit elektrikselyuumlk taşımayan amino grubu ile birleşir ve bu şekilde mono- veyadimetilol tuumlrevleri meydana getirirlerBundan sonra karboksil grubu standart alkali ile titre edilebilirkullanılan alkali miktarı mevcut karboksil grubu miktarınıgoumlsterir Bir amino asit ccediloumlzeltisinde bulunan karboksil grubununbu şekilde tayin edilmesi youmlntemine soumlrensen titrasyonu denirsoumlrensen bu tepkimeyi bir ccediloumlzeltide bulunan amino asitmiktarının saptanmasında kullanmıştır

R-CH-COO- + CH2OR-CH-COO- + CH2O R-CH-COO-

NH2Amino asit formaldehit H-N-CH2OH

HOH2C-N-CH2OHMonometilol aa

Dimetilol aa

2 Soumlrensen titrasyonu

3-Amino grubunun aromatik asitlerle bağlanması

C-Cl+H2N-CH2-COOH C-NH-CH2-COOH+HCl

OO

Benzoil kloruumlrglisin

Benzoilglisin(Hippurik asit)

OumlnemibullAmino asitlerin aromatik asitlerle birleşmesi sonundaccediloumlzuumlnmeyen maddeler oluşurbullBoumlylece zararlı maddelerin organizmadan atılması sağlanırbullBoumlyle bir reaksiyon uumlruumlnuuml olan hippurik asit ot yiyenhayvanlarda uumlreden sonra idrarla atılan en oumlnemli azotlumaddedir

4- Betain Reaksiyonu

Amino asitler zwitter iyon durumunda iken NH3+ grubundaki

3 Hrsquonin yerine 3 CH3 grubu geccedilmekle betainler oluşur

H3N+ - CH2- COO- (H3C)3N

+ - CH2- COO-

GlikokolGlikokol betain

OumlNEMİ Betainler bir zwitterionrsquodur

5 Karbamino asit reaksiyonu

Bu reaksiyonda amino asitlerin amino gruplarına CO2 bağlanarakkarbamino asitlerrsquoi meydana getirir

R- CH-COOH + CO2 R-CH-COOH

NH2 HN - COOH

Amino asit Karbamino asit

OumlNEMİ Hemoglobin CO2 ile karbamino asit oluşturur ve buşekilde CO2rsquoin dokulardan akciğerlere taşınmasını sağlar

6Ninhidrin reaksiyonu

Ninhidrin amino asit ile reaksiyona girerse NH3 ve CO2 serbesthale geccediler Bir aldehit oluşur ve ninhidrinin indirgenmiş biccedilimimeydana gelir

İndirgenmiş ninhidrin reaksiyonda serbest hale geccedilen NH3İle birlikte başka bir ninhidrin ile reaksiyona girer veReaksiyon sonunda mavi renkli bir madde oluşur

OumlNEMİ Amino asitler iccedilin oumlnemli bir nitel tayin youmlntemidirBu tepkime serbest amino gruplarının hepsi ile meydanagelebilir Bu nedenle de amino asitler peptidler ve proteinlerbu tepkimeye olumlu yanıt verirler

Ninhidrin+ Amino asit CO2 Reduumlkte ninhidrin+aldehit+amonyak

Ninhidrin+amonyak+reduumlkte ninhidrin Mavi menekşeRenkli kompleks

+ 3H2O

7 Nitrik asit reaksiyonu

Amino asitler nitrik asit ile reaksiyona girerlerse amino gruplarınınazotu nitrik asitin azotu gibi serbest element haline geccedilerDiğer taraftan amino grubunun yerine OH grubu girer

R-CH-COOH + N-OH R-CH-COOH

NH2O OH+N2+H2O

Amino asit Nitrik asit

Oksi asit+azot+su

OumlNEMİ Her bir amino grubuna karşın 1 mol azot serbest kaldığından amino gruplarının miktarını saptamakta yararlanılır

8 Uumlramin asit reaksiyonu

Amino asitlerin amino gruplarına bir uumlre molekuumlluuml eklenirseuumlramin asitleri meydana gelir

R-CH-COOH + H2N-C-NH2 NH3+R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

NH2 OAmino asit uumlre amonyak

Uumlramin asidiUumlramin asidndeki amino grubu ile karboksil grubu arasındanBir molekuumll suyun ayrılması ile hidantoinler oluşur

R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

R-CH C=O

NH C=ONH

Uumlramin asiti hidantoin

OumlNEMİ Uumlramin asitleri suda guumlccedil ccediloumlzuumlnuumlrler ve iyi billurlaşırlarBu nedenle amino asitlerin tanısında kullanılır

9 Diketopiperazin oluşumu

Amino asitlerin etil esterleri iki amino asit grubunu taşıyananhidrid halka yapılarını oluşturmak uumlzere kondanse olurlarSonuccedilta diketopiperazin meydana gelir

R-CH-C-O-C2H5 + H2N-C-R 2C2H5OH+R-C-C-N-C-R

NH2

O H

C=OC2H5O- HN C=O

diketopiperazin

10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

Amino asitlerin amino grupları karboksil grupları vevarsa ndashSH grupları Cu++ Co++ Mn++ Fe++ vs gibibir ccedilok ağır metal iyonları ile kompleks şelatlaroluştururlar

Bu oumlzellikten dolayı metal zehirlenmeleri durumunda antidotolarak proteinler kullanılır Bu amaccedilla yumurta akı ve suumltgibi protein ccediloumlzeltileri iccedilirilir Zehirlenmeyi yaratan metal buproteinle birleşerek etkisiz hale getirilir

Amino asitlerin karboksil gruplarının reaksiyonları

1 Tuz Oluşumu2 Esterleşme3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 3: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

C 45-55 H6-8 O 20-25 N15-17

AMİNO ASİTLERİN SINIFLANDIRILMASI

1Molekuumlllerinde bulunan amino ve karboksilgrupları sayısına goumlre

bullMono-amino mono-karboksilik asitlerbullMono-amino di-karboksilik asitlerbullDi-amino mono-karboksilik asitlerbullDi-amino di-karboksilik asitler

2Molekuumlllerinde bulunan zincir ve halkayapılarına goumlre

bullAlifatik amino asitlerbullAromatik amino asitlerbullHeterosiklik amino asitler

3Amino asitler ccediloumlzelti haline geccediltiklerinde asit baz veyaNoumltr reaksiyon goumlstermeleri esas alınarak

bullAsidik amino asitlerbullBazik amino asitlerbullNoumltr amino asitler

2 ve 3 nuumln karışımı bir sınıflandırma şekli

1 ALİFATİK AMİNO ASİTLERANoumltral Amino asitler

B- Asidik amino asitler ve bunların amidleri

c) Bazik amino asitler

sitruumlllin

ornitin

2Aromatik Amino Asitler

3 Heterosiklik amino asitler

4 Kuumlkuumlrtluuml Amino Asitler

Amino asitlerin isimlendirilmesi ve kimyasal yapıları

D veya L tanımı amino asit lsquoin R grubuna

en uzakta bulunan asimetrik karbonrsquoun

Heteroatomunun (NH2) sağda veya solda

olmasına goumlre tanımlanır

L-Amino asit

NH2

D-Amino asit

Amino Asitlerin dipol yapıları

Amino asitler amfoter elektrolitlerdir ccediloumlzeltinin Hiyonu konsantrasyonuna goumlre asit ya da baz olarakfonksiyon goumlruumlrler Bu nitelikleri karbonil gruplarınınproton verebilmebuna karşın amino gruplarınınproton alabilme yeteneğinden kazanılır

Her amino asit kendilerine oumlzguuml bir pH noktasında eşit sayıdapozitif ve negatif yuumlke sahiptir Amino asitlerin yuumlksuumlz formdabulundukları bu pH değerlerine izoelektrik nokta adı verilir

Amino asitlerin izoelektrik noktaları aşağıdaki formuumllle hesaplanır

İzoelektrik nokta (ıp)=pKa+pKb

2

pKa= Asit grubunun pK değeri Ccediloumlzeltiye asit ilavesindeamino asit bir baz gibi hareket ederpK değeri karboksilgrubunun negatif logaritmasıdır ve karboksil grubunun50rsquosinin dissosiye olduğu pH değerine eşittir

pKb= Baz grubunun pK değeriCcediloumlzeltiye baz ilavesindeamino asit bir asit gibi hareket ederpK değeri aminogrubunun dissasiasyon sabitesinin negatif logaritmasıdırve NH3 grubunun 50rsquosinin dissosiye olduğu pHdeğerine eşittir

Amino asitlerin fiziksel oumlzellikleri

1 Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Amino asitler suda asitlerde alkalilerde kolayetanolde az ccediloumlzuumlnuumlrler

2 Ccediloumlzuumlnme noktaları

Amino asitlerin ccediloumlzuumlnme noktaları genelde yuumlksektir 200 Crsquonin uumlstuumlndedir

3 Tadları

Bazı amino asitler oumlrn Loumlysin tatsızdır İzoloumlysin arjiningibi bazı amino asitler de acıdır Amino asitlerin gerikalan ccediloğunluğu ise tatlıdır

4 Amfolit yapıları

Amino asitler amin grubu ile birlikte karboksil grubu dataşıdıkları iccedilin aynı zamanda hem asit hem de bazdırlarCOOH grupları alkali ortamlarda H iyonları vererek COO-

(karboksilat anyonu) ve H+ iyonlarına dissosiye olur NH2

grupları ise asit ortamda H iyonlarını alır ve pozitif yuumlkluumlNH3 gruplarına değişir

İzoelektik noktalarında ise H iyonları COOHgrubundan NH2 grubuna geccedilerler Yani bir aminoasit molekuumlluumlnde COOH grubu H iyonunu verdiğiiccedilin negatif yuumlk taşıyan bir COO- grubu bu Hrsquoi aldığıiccedilin yuumlkuuml pozitif olan NH3 grubu ile yan yana bulunur

Hem pozitif hem de negatif yuumlk taşıyan iyonlara zwitterion denirZwitterion oluşturabilen maddelere de amfolit adı verilir

Glisin haricinde tuumlm amino asitler alfa-karbon atomlarına 4 farklı grup bağlandığı iccedilin optik aktiftirler

5Optik Aktiviteleri

En basit amino asit glisin olarak bilinir Yan zinciri yoktur Bu nedenle asimetrik karbon atomu iccedilermez

ALLOFORM

Bir amino asit ikinci bir asimetrik karbona sahipse

(Treonin ve Izoloysin) D ve L formunun tekrar iki ayrı

izomeri ortaya ccedilıkar bunlara da ALLOFORM denir

CH3

CHO H

C

COOH

NH2H

D-Treonin

CH3

C

C

COOH

OHH

H NH2

D-Allotreonin

Amino Asitlerin Kimyasal Oumlzellikleri

A) Amino gruplarının reaksiyonları

1 Alkol ile inaktivasyonu2 Soumlrensen titrasyonu3 Aromatik asitlere bağlanması4 Betain reaksiyonu5 Karbamino asit reaksiyonu6 Ninhidrin reaksiyonu7 Nitrik asit reaksiyonu8 Uumlramin asit reaksiyonu9 Diketopiperazin oluşumu10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

1 Amino grubunun alkol ile inaktivasyonuSulu ortamlarda amino grubu H iyonu bağlayarak pozitif yuumlkluumlNH3+ grubuna değişebilir Alkolluuml ortamlarda ise amino

grupları NH3+ gruplarına değişemez İşte bu olaya amino

gruplarının Alkol ile inaktivasyonu denirAmino asitler alkolluuml ortamlarda amfoter elektrolitler olmayıpasittirler

R-NH2 + H++OH- R-NH3+ +OH-

Amino asitler noumltral veya hafif alkalik ccediloumlzeltilerde form aldehitile reaksiyona girerek 1 veya 2 molekuumll form aldehit elektrikselyuumlk taşımayan amino grubu ile birleşir ve bu şekilde mono- veyadimetilol tuumlrevleri meydana getirirlerBundan sonra karboksil grubu standart alkali ile titre edilebilirkullanılan alkali miktarı mevcut karboksil grubu miktarınıgoumlsterir Bir amino asit ccediloumlzeltisinde bulunan karboksil grubununbu şekilde tayin edilmesi youmlntemine soumlrensen titrasyonu denirsoumlrensen bu tepkimeyi bir ccediloumlzeltide bulunan amino asitmiktarının saptanmasında kullanmıştır

R-CH-COO- + CH2OR-CH-COO- + CH2O R-CH-COO-

NH2Amino asit formaldehit H-N-CH2OH

HOH2C-N-CH2OHMonometilol aa

Dimetilol aa

2 Soumlrensen titrasyonu

3-Amino grubunun aromatik asitlerle bağlanması

C-Cl+H2N-CH2-COOH C-NH-CH2-COOH+HCl

OO

Benzoil kloruumlrglisin

Benzoilglisin(Hippurik asit)

OumlnemibullAmino asitlerin aromatik asitlerle birleşmesi sonundaccediloumlzuumlnmeyen maddeler oluşurbullBoumlylece zararlı maddelerin organizmadan atılması sağlanırbullBoumlyle bir reaksiyon uumlruumlnuuml olan hippurik asit ot yiyenhayvanlarda uumlreden sonra idrarla atılan en oumlnemli azotlumaddedir

4- Betain Reaksiyonu

Amino asitler zwitter iyon durumunda iken NH3+ grubundaki

3 Hrsquonin yerine 3 CH3 grubu geccedilmekle betainler oluşur

H3N+ - CH2- COO- (H3C)3N

+ - CH2- COO-

GlikokolGlikokol betain

OumlNEMİ Betainler bir zwitterionrsquodur

5 Karbamino asit reaksiyonu

Bu reaksiyonda amino asitlerin amino gruplarına CO2 bağlanarakkarbamino asitlerrsquoi meydana getirir

R- CH-COOH + CO2 R-CH-COOH

NH2 HN - COOH

Amino asit Karbamino asit

OumlNEMİ Hemoglobin CO2 ile karbamino asit oluşturur ve buşekilde CO2rsquoin dokulardan akciğerlere taşınmasını sağlar

6Ninhidrin reaksiyonu

Ninhidrin amino asit ile reaksiyona girerse NH3 ve CO2 serbesthale geccediler Bir aldehit oluşur ve ninhidrinin indirgenmiş biccedilimimeydana gelir

İndirgenmiş ninhidrin reaksiyonda serbest hale geccedilen NH3İle birlikte başka bir ninhidrin ile reaksiyona girer veReaksiyon sonunda mavi renkli bir madde oluşur

OumlNEMİ Amino asitler iccedilin oumlnemli bir nitel tayin youmlntemidirBu tepkime serbest amino gruplarının hepsi ile meydanagelebilir Bu nedenle de amino asitler peptidler ve proteinlerbu tepkimeye olumlu yanıt verirler

Ninhidrin+ Amino asit CO2 Reduumlkte ninhidrin+aldehit+amonyak

Ninhidrin+amonyak+reduumlkte ninhidrin Mavi menekşeRenkli kompleks

+ 3H2O

7 Nitrik asit reaksiyonu

Amino asitler nitrik asit ile reaksiyona girerlerse amino gruplarınınazotu nitrik asitin azotu gibi serbest element haline geccedilerDiğer taraftan amino grubunun yerine OH grubu girer

R-CH-COOH + N-OH R-CH-COOH

NH2O OH+N2+H2O

Amino asit Nitrik asit

Oksi asit+azot+su

OumlNEMİ Her bir amino grubuna karşın 1 mol azot serbest kaldığından amino gruplarının miktarını saptamakta yararlanılır

8 Uumlramin asit reaksiyonu

Amino asitlerin amino gruplarına bir uumlre molekuumlluuml eklenirseuumlramin asitleri meydana gelir

R-CH-COOH + H2N-C-NH2 NH3+R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

NH2 OAmino asit uumlre amonyak

Uumlramin asidiUumlramin asidndeki amino grubu ile karboksil grubu arasındanBir molekuumll suyun ayrılması ile hidantoinler oluşur

R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

R-CH C=O

NH C=ONH

Uumlramin asiti hidantoin

OumlNEMİ Uumlramin asitleri suda guumlccedil ccediloumlzuumlnuumlrler ve iyi billurlaşırlarBu nedenle amino asitlerin tanısında kullanılır

9 Diketopiperazin oluşumu

Amino asitlerin etil esterleri iki amino asit grubunu taşıyananhidrid halka yapılarını oluşturmak uumlzere kondanse olurlarSonuccedilta diketopiperazin meydana gelir

R-CH-C-O-C2H5 + H2N-C-R 2C2H5OH+R-C-C-N-C-R

NH2

O H

C=OC2H5O- HN C=O

diketopiperazin

10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

Amino asitlerin amino grupları karboksil grupları vevarsa ndashSH grupları Cu++ Co++ Mn++ Fe++ vs gibibir ccedilok ağır metal iyonları ile kompleks şelatlaroluştururlar

Bu oumlzellikten dolayı metal zehirlenmeleri durumunda antidotolarak proteinler kullanılır Bu amaccedilla yumurta akı ve suumltgibi protein ccediloumlzeltileri iccedilirilir Zehirlenmeyi yaratan metal buproteinle birleşerek etkisiz hale getirilir

Amino asitlerin karboksil gruplarının reaksiyonları

1 Tuz Oluşumu2 Esterleşme3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 4: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

AMİNO ASİTLERİN SINIFLANDIRILMASI

1Molekuumlllerinde bulunan amino ve karboksilgrupları sayısına goumlre

bullMono-amino mono-karboksilik asitlerbullMono-amino di-karboksilik asitlerbullDi-amino mono-karboksilik asitlerbullDi-amino di-karboksilik asitler

2Molekuumlllerinde bulunan zincir ve halkayapılarına goumlre

bullAlifatik amino asitlerbullAromatik amino asitlerbullHeterosiklik amino asitler

3Amino asitler ccediloumlzelti haline geccediltiklerinde asit baz veyaNoumltr reaksiyon goumlstermeleri esas alınarak

bullAsidik amino asitlerbullBazik amino asitlerbullNoumltr amino asitler

2 ve 3 nuumln karışımı bir sınıflandırma şekli

1 ALİFATİK AMİNO ASİTLERANoumltral Amino asitler

B- Asidik amino asitler ve bunların amidleri

c) Bazik amino asitler

sitruumlllin

ornitin

2Aromatik Amino Asitler

3 Heterosiklik amino asitler

4 Kuumlkuumlrtluuml Amino Asitler

Amino asitlerin isimlendirilmesi ve kimyasal yapıları

D veya L tanımı amino asit lsquoin R grubuna

en uzakta bulunan asimetrik karbonrsquoun

Heteroatomunun (NH2) sağda veya solda

olmasına goumlre tanımlanır

L-Amino asit

NH2

D-Amino asit

Amino Asitlerin dipol yapıları

Amino asitler amfoter elektrolitlerdir ccediloumlzeltinin Hiyonu konsantrasyonuna goumlre asit ya da baz olarakfonksiyon goumlruumlrler Bu nitelikleri karbonil gruplarınınproton verebilmebuna karşın amino gruplarınınproton alabilme yeteneğinden kazanılır

Her amino asit kendilerine oumlzguuml bir pH noktasında eşit sayıdapozitif ve negatif yuumlke sahiptir Amino asitlerin yuumlksuumlz formdabulundukları bu pH değerlerine izoelektrik nokta adı verilir

Amino asitlerin izoelektrik noktaları aşağıdaki formuumllle hesaplanır

İzoelektrik nokta (ıp)=pKa+pKb

2

pKa= Asit grubunun pK değeri Ccediloumlzeltiye asit ilavesindeamino asit bir baz gibi hareket ederpK değeri karboksilgrubunun negatif logaritmasıdır ve karboksil grubunun50rsquosinin dissosiye olduğu pH değerine eşittir

pKb= Baz grubunun pK değeriCcediloumlzeltiye baz ilavesindeamino asit bir asit gibi hareket ederpK değeri aminogrubunun dissasiasyon sabitesinin negatif logaritmasıdırve NH3 grubunun 50rsquosinin dissosiye olduğu pHdeğerine eşittir

Amino asitlerin fiziksel oumlzellikleri

1 Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Amino asitler suda asitlerde alkalilerde kolayetanolde az ccediloumlzuumlnuumlrler

2 Ccediloumlzuumlnme noktaları

Amino asitlerin ccediloumlzuumlnme noktaları genelde yuumlksektir 200 Crsquonin uumlstuumlndedir

3 Tadları

Bazı amino asitler oumlrn Loumlysin tatsızdır İzoloumlysin arjiningibi bazı amino asitler de acıdır Amino asitlerin gerikalan ccediloğunluğu ise tatlıdır

4 Amfolit yapıları

Amino asitler amin grubu ile birlikte karboksil grubu dataşıdıkları iccedilin aynı zamanda hem asit hem de bazdırlarCOOH grupları alkali ortamlarda H iyonları vererek COO-

(karboksilat anyonu) ve H+ iyonlarına dissosiye olur NH2

grupları ise asit ortamda H iyonlarını alır ve pozitif yuumlkluumlNH3 gruplarına değişir

İzoelektik noktalarında ise H iyonları COOHgrubundan NH2 grubuna geccedilerler Yani bir aminoasit molekuumlluumlnde COOH grubu H iyonunu verdiğiiccedilin negatif yuumlk taşıyan bir COO- grubu bu Hrsquoi aldığıiccedilin yuumlkuuml pozitif olan NH3 grubu ile yan yana bulunur

Hem pozitif hem de negatif yuumlk taşıyan iyonlara zwitterion denirZwitterion oluşturabilen maddelere de amfolit adı verilir

Glisin haricinde tuumlm amino asitler alfa-karbon atomlarına 4 farklı grup bağlandığı iccedilin optik aktiftirler

5Optik Aktiviteleri

En basit amino asit glisin olarak bilinir Yan zinciri yoktur Bu nedenle asimetrik karbon atomu iccedilermez

ALLOFORM

Bir amino asit ikinci bir asimetrik karbona sahipse

(Treonin ve Izoloysin) D ve L formunun tekrar iki ayrı

izomeri ortaya ccedilıkar bunlara da ALLOFORM denir

CH3

CHO H

C

COOH

NH2H

D-Treonin

CH3

C

C

COOH

OHH

H NH2

D-Allotreonin

Amino Asitlerin Kimyasal Oumlzellikleri

A) Amino gruplarının reaksiyonları

1 Alkol ile inaktivasyonu2 Soumlrensen titrasyonu3 Aromatik asitlere bağlanması4 Betain reaksiyonu5 Karbamino asit reaksiyonu6 Ninhidrin reaksiyonu7 Nitrik asit reaksiyonu8 Uumlramin asit reaksiyonu9 Diketopiperazin oluşumu10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

1 Amino grubunun alkol ile inaktivasyonuSulu ortamlarda amino grubu H iyonu bağlayarak pozitif yuumlkluumlNH3+ grubuna değişebilir Alkolluuml ortamlarda ise amino

grupları NH3+ gruplarına değişemez İşte bu olaya amino

gruplarının Alkol ile inaktivasyonu denirAmino asitler alkolluuml ortamlarda amfoter elektrolitler olmayıpasittirler

R-NH2 + H++OH- R-NH3+ +OH-

Amino asitler noumltral veya hafif alkalik ccediloumlzeltilerde form aldehitile reaksiyona girerek 1 veya 2 molekuumll form aldehit elektrikselyuumlk taşımayan amino grubu ile birleşir ve bu şekilde mono- veyadimetilol tuumlrevleri meydana getirirlerBundan sonra karboksil grubu standart alkali ile titre edilebilirkullanılan alkali miktarı mevcut karboksil grubu miktarınıgoumlsterir Bir amino asit ccediloumlzeltisinde bulunan karboksil grubununbu şekilde tayin edilmesi youmlntemine soumlrensen titrasyonu denirsoumlrensen bu tepkimeyi bir ccediloumlzeltide bulunan amino asitmiktarının saptanmasında kullanmıştır

R-CH-COO- + CH2OR-CH-COO- + CH2O R-CH-COO-

NH2Amino asit formaldehit H-N-CH2OH

HOH2C-N-CH2OHMonometilol aa

Dimetilol aa

2 Soumlrensen titrasyonu

3-Amino grubunun aromatik asitlerle bağlanması

C-Cl+H2N-CH2-COOH C-NH-CH2-COOH+HCl

OO

Benzoil kloruumlrglisin

Benzoilglisin(Hippurik asit)

OumlnemibullAmino asitlerin aromatik asitlerle birleşmesi sonundaccediloumlzuumlnmeyen maddeler oluşurbullBoumlylece zararlı maddelerin organizmadan atılması sağlanırbullBoumlyle bir reaksiyon uumlruumlnuuml olan hippurik asit ot yiyenhayvanlarda uumlreden sonra idrarla atılan en oumlnemli azotlumaddedir

4- Betain Reaksiyonu

Amino asitler zwitter iyon durumunda iken NH3+ grubundaki

3 Hrsquonin yerine 3 CH3 grubu geccedilmekle betainler oluşur

H3N+ - CH2- COO- (H3C)3N

+ - CH2- COO-

GlikokolGlikokol betain

OumlNEMİ Betainler bir zwitterionrsquodur

5 Karbamino asit reaksiyonu

Bu reaksiyonda amino asitlerin amino gruplarına CO2 bağlanarakkarbamino asitlerrsquoi meydana getirir

R- CH-COOH + CO2 R-CH-COOH

NH2 HN - COOH

Amino asit Karbamino asit

OumlNEMİ Hemoglobin CO2 ile karbamino asit oluşturur ve buşekilde CO2rsquoin dokulardan akciğerlere taşınmasını sağlar

6Ninhidrin reaksiyonu

Ninhidrin amino asit ile reaksiyona girerse NH3 ve CO2 serbesthale geccediler Bir aldehit oluşur ve ninhidrinin indirgenmiş biccedilimimeydana gelir

İndirgenmiş ninhidrin reaksiyonda serbest hale geccedilen NH3İle birlikte başka bir ninhidrin ile reaksiyona girer veReaksiyon sonunda mavi renkli bir madde oluşur

OumlNEMİ Amino asitler iccedilin oumlnemli bir nitel tayin youmlntemidirBu tepkime serbest amino gruplarının hepsi ile meydanagelebilir Bu nedenle de amino asitler peptidler ve proteinlerbu tepkimeye olumlu yanıt verirler

Ninhidrin+ Amino asit CO2 Reduumlkte ninhidrin+aldehit+amonyak

Ninhidrin+amonyak+reduumlkte ninhidrin Mavi menekşeRenkli kompleks

+ 3H2O

7 Nitrik asit reaksiyonu

Amino asitler nitrik asit ile reaksiyona girerlerse amino gruplarınınazotu nitrik asitin azotu gibi serbest element haline geccedilerDiğer taraftan amino grubunun yerine OH grubu girer

R-CH-COOH + N-OH R-CH-COOH

NH2O OH+N2+H2O

Amino asit Nitrik asit

Oksi asit+azot+su

OumlNEMİ Her bir amino grubuna karşın 1 mol azot serbest kaldığından amino gruplarının miktarını saptamakta yararlanılır

8 Uumlramin asit reaksiyonu

Amino asitlerin amino gruplarına bir uumlre molekuumlluuml eklenirseuumlramin asitleri meydana gelir

R-CH-COOH + H2N-C-NH2 NH3+R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

NH2 OAmino asit uumlre amonyak

Uumlramin asidiUumlramin asidndeki amino grubu ile karboksil grubu arasındanBir molekuumll suyun ayrılması ile hidantoinler oluşur

R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

R-CH C=O

NH C=ONH

Uumlramin asiti hidantoin

OumlNEMİ Uumlramin asitleri suda guumlccedil ccediloumlzuumlnuumlrler ve iyi billurlaşırlarBu nedenle amino asitlerin tanısında kullanılır

9 Diketopiperazin oluşumu

Amino asitlerin etil esterleri iki amino asit grubunu taşıyananhidrid halka yapılarını oluşturmak uumlzere kondanse olurlarSonuccedilta diketopiperazin meydana gelir

R-CH-C-O-C2H5 + H2N-C-R 2C2H5OH+R-C-C-N-C-R

NH2

O H

C=OC2H5O- HN C=O

diketopiperazin

10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

Amino asitlerin amino grupları karboksil grupları vevarsa ndashSH grupları Cu++ Co++ Mn++ Fe++ vs gibibir ccedilok ağır metal iyonları ile kompleks şelatlaroluştururlar

Bu oumlzellikten dolayı metal zehirlenmeleri durumunda antidotolarak proteinler kullanılır Bu amaccedilla yumurta akı ve suumltgibi protein ccediloumlzeltileri iccedilirilir Zehirlenmeyi yaratan metal buproteinle birleşerek etkisiz hale getirilir

Amino asitlerin karboksil gruplarının reaksiyonları

1 Tuz Oluşumu2 Esterleşme3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 5: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

2Molekuumlllerinde bulunan zincir ve halkayapılarına goumlre

bullAlifatik amino asitlerbullAromatik amino asitlerbullHeterosiklik amino asitler

3Amino asitler ccediloumlzelti haline geccediltiklerinde asit baz veyaNoumltr reaksiyon goumlstermeleri esas alınarak

bullAsidik amino asitlerbullBazik amino asitlerbullNoumltr amino asitler

2 ve 3 nuumln karışımı bir sınıflandırma şekli

1 ALİFATİK AMİNO ASİTLERANoumltral Amino asitler

B- Asidik amino asitler ve bunların amidleri

c) Bazik amino asitler

sitruumlllin

ornitin

2Aromatik Amino Asitler

3 Heterosiklik amino asitler

4 Kuumlkuumlrtluuml Amino Asitler

Amino asitlerin isimlendirilmesi ve kimyasal yapıları

D veya L tanımı amino asit lsquoin R grubuna

en uzakta bulunan asimetrik karbonrsquoun

Heteroatomunun (NH2) sağda veya solda

olmasına goumlre tanımlanır

L-Amino asit

NH2

D-Amino asit

Amino Asitlerin dipol yapıları

Amino asitler amfoter elektrolitlerdir ccediloumlzeltinin Hiyonu konsantrasyonuna goumlre asit ya da baz olarakfonksiyon goumlruumlrler Bu nitelikleri karbonil gruplarınınproton verebilmebuna karşın amino gruplarınınproton alabilme yeteneğinden kazanılır

Her amino asit kendilerine oumlzguuml bir pH noktasında eşit sayıdapozitif ve negatif yuumlke sahiptir Amino asitlerin yuumlksuumlz formdabulundukları bu pH değerlerine izoelektrik nokta adı verilir

Amino asitlerin izoelektrik noktaları aşağıdaki formuumllle hesaplanır

İzoelektrik nokta (ıp)=pKa+pKb

2

pKa= Asit grubunun pK değeri Ccediloumlzeltiye asit ilavesindeamino asit bir baz gibi hareket ederpK değeri karboksilgrubunun negatif logaritmasıdır ve karboksil grubunun50rsquosinin dissosiye olduğu pH değerine eşittir

pKb= Baz grubunun pK değeriCcediloumlzeltiye baz ilavesindeamino asit bir asit gibi hareket ederpK değeri aminogrubunun dissasiasyon sabitesinin negatif logaritmasıdırve NH3 grubunun 50rsquosinin dissosiye olduğu pHdeğerine eşittir

Amino asitlerin fiziksel oumlzellikleri

1 Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Amino asitler suda asitlerde alkalilerde kolayetanolde az ccediloumlzuumlnuumlrler

2 Ccediloumlzuumlnme noktaları

Amino asitlerin ccediloumlzuumlnme noktaları genelde yuumlksektir 200 Crsquonin uumlstuumlndedir

3 Tadları

Bazı amino asitler oumlrn Loumlysin tatsızdır İzoloumlysin arjiningibi bazı amino asitler de acıdır Amino asitlerin gerikalan ccediloğunluğu ise tatlıdır

4 Amfolit yapıları

Amino asitler amin grubu ile birlikte karboksil grubu dataşıdıkları iccedilin aynı zamanda hem asit hem de bazdırlarCOOH grupları alkali ortamlarda H iyonları vererek COO-

(karboksilat anyonu) ve H+ iyonlarına dissosiye olur NH2

grupları ise asit ortamda H iyonlarını alır ve pozitif yuumlkluumlNH3 gruplarına değişir

İzoelektik noktalarında ise H iyonları COOHgrubundan NH2 grubuna geccedilerler Yani bir aminoasit molekuumlluumlnde COOH grubu H iyonunu verdiğiiccedilin negatif yuumlk taşıyan bir COO- grubu bu Hrsquoi aldığıiccedilin yuumlkuuml pozitif olan NH3 grubu ile yan yana bulunur

Hem pozitif hem de negatif yuumlk taşıyan iyonlara zwitterion denirZwitterion oluşturabilen maddelere de amfolit adı verilir

Glisin haricinde tuumlm amino asitler alfa-karbon atomlarına 4 farklı grup bağlandığı iccedilin optik aktiftirler

5Optik Aktiviteleri

En basit amino asit glisin olarak bilinir Yan zinciri yoktur Bu nedenle asimetrik karbon atomu iccedilermez

ALLOFORM

Bir amino asit ikinci bir asimetrik karbona sahipse

(Treonin ve Izoloysin) D ve L formunun tekrar iki ayrı

izomeri ortaya ccedilıkar bunlara da ALLOFORM denir

CH3

CHO H

C

COOH

NH2H

D-Treonin

CH3

C

C

COOH

OHH

H NH2

D-Allotreonin

Amino Asitlerin Kimyasal Oumlzellikleri

A) Amino gruplarının reaksiyonları

1 Alkol ile inaktivasyonu2 Soumlrensen titrasyonu3 Aromatik asitlere bağlanması4 Betain reaksiyonu5 Karbamino asit reaksiyonu6 Ninhidrin reaksiyonu7 Nitrik asit reaksiyonu8 Uumlramin asit reaksiyonu9 Diketopiperazin oluşumu10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

1 Amino grubunun alkol ile inaktivasyonuSulu ortamlarda amino grubu H iyonu bağlayarak pozitif yuumlkluumlNH3+ grubuna değişebilir Alkolluuml ortamlarda ise amino

grupları NH3+ gruplarına değişemez İşte bu olaya amino

gruplarının Alkol ile inaktivasyonu denirAmino asitler alkolluuml ortamlarda amfoter elektrolitler olmayıpasittirler

R-NH2 + H++OH- R-NH3+ +OH-

Amino asitler noumltral veya hafif alkalik ccediloumlzeltilerde form aldehitile reaksiyona girerek 1 veya 2 molekuumll form aldehit elektrikselyuumlk taşımayan amino grubu ile birleşir ve bu şekilde mono- veyadimetilol tuumlrevleri meydana getirirlerBundan sonra karboksil grubu standart alkali ile titre edilebilirkullanılan alkali miktarı mevcut karboksil grubu miktarınıgoumlsterir Bir amino asit ccediloumlzeltisinde bulunan karboksil grubununbu şekilde tayin edilmesi youmlntemine soumlrensen titrasyonu denirsoumlrensen bu tepkimeyi bir ccediloumlzeltide bulunan amino asitmiktarının saptanmasında kullanmıştır

R-CH-COO- + CH2OR-CH-COO- + CH2O R-CH-COO-

NH2Amino asit formaldehit H-N-CH2OH

HOH2C-N-CH2OHMonometilol aa

Dimetilol aa

2 Soumlrensen titrasyonu

3-Amino grubunun aromatik asitlerle bağlanması

C-Cl+H2N-CH2-COOH C-NH-CH2-COOH+HCl

OO

Benzoil kloruumlrglisin

Benzoilglisin(Hippurik asit)

OumlnemibullAmino asitlerin aromatik asitlerle birleşmesi sonundaccediloumlzuumlnmeyen maddeler oluşurbullBoumlylece zararlı maddelerin organizmadan atılması sağlanırbullBoumlyle bir reaksiyon uumlruumlnuuml olan hippurik asit ot yiyenhayvanlarda uumlreden sonra idrarla atılan en oumlnemli azotlumaddedir

4- Betain Reaksiyonu

Amino asitler zwitter iyon durumunda iken NH3+ grubundaki

3 Hrsquonin yerine 3 CH3 grubu geccedilmekle betainler oluşur

H3N+ - CH2- COO- (H3C)3N

+ - CH2- COO-

GlikokolGlikokol betain

OumlNEMİ Betainler bir zwitterionrsquodur

5 Karbamino asit reaksiyonu

Bu reaksiyonda amino asitlerin amino gruplarına CO2 bağlanarakkarbamino asitlerrsquoi meydana getirir

R- CH-COOH + CO2 R-CH-COOH

NH2 HN - COOH

Amino asit Karbamino asit

OumlNEMİ Hemoglobin CO2 ile karbamino asit oluşturur ve buşekilde CO2rsquoin dokulardan akciğerlere taşınmasını sağlar

6Ninhidrin reaksiyonu

Ninhidrin amino asit ile reaksiyona girerse NH3 ve CO2 serbesthale geccediler Bir aldehit oluşur ve ninhidrinin indirgenmiş biccedilimimeydana gelir

İndirgenmiş ninhidrin reaksiyonda serbest hale geccedilen NH3İle birlikte başka bir ninhidrin ile reaksiyona girer veReaksiyon sonunda mavi renkli bir madde oluşur

OumlNEMİ Amino asitler iccedilin oumlnemli bir nitel tayin youmlntemidirBu tepkime serbest amino gruplarının hepsi ile meydanagelebilir Bu nedenle de amino asitler peptidler ve proteinlerbu tepkimeye olumlu yanıt verirler

Ninhidrin+ Amino asit CO2 Reduumlkte ninhidrin+aldehit+amonyak

Ninhidrin+amonyak+reduumlkte ninhidrin Mavi menekşeRenkli kompleks

+ 3H2O

7 Nitrik asit reaksiyonu

Amino asitler nitrik asit ile reaksiyona girerlerse amino gruplarınınazotu nitrik asitin azotu gibi serbest element haline geccedilerDiğer taraftan amino grubunun yerine OH grubu girer

R-CH-COOH + N-OH R-CH-COOH

NH2O OH+N2+H2O

Amino asit Nitrik asit

Oksi asit+azot+su

OumlNEMİ Her bir amino grubuna karşın 1 mol azot serbest kaldığından amino gruplarının miktarını saptamakta yararlanılır

8 Uumlramin asit reaksiyonu

Amino asitlerin amino gruplarına bir uumlre molekuumlluuml eklenirseuumlramin asitleri meydana gelir

R-CH-COOH + H2N-C-NH2 NH3+R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

NH2 OAmino asit uumlre amonyak

Uumlramin asidiUumlramin asidndeki amino grubu ile karboksil grubu arasındanBir molekuumll suyun ayrılması ile hidantoinler oluşur

R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

R-CH C=O

NH C=ONH

Uumlramin asiti hidantoin

OumlNEMİ Uumlramin asitleri suda guumlccedil ccediloumlzuumlnuumlrler ve iyi billurlaşırlarBu nedenle amino asitlerin tanısında kullanılır

9 Diketopiperazin oluşumu

Amino asitlerin etil esterleri iki amino asit grubunu taşıyananhidrid halka yapılarını oluşturmak uumlzere kondanse olurlarSonuccedilta diketopiperazin meydana gelir

R-CH-C-O-C2H5 + H2N-C-R 2C2H5OH+R-C-C-N-C-R

NH2

O H

C=OC2H5O- HN C=O

diketopiperazin

10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

Amino asitlerin amino grupları karboksil grupları vevarsa ndashSH grupları Cu++ Co++ Mn++ Fe++ vs gibibir ccedilok ağır metal iyonları ile kompleks şelatlaroluştururlar

Bu oumlzellikten dolayı metal zehirlenmeleri durumunda antidotolarak proteinler kullanılır Bu amaccedilla yumurta akı ve suumltgibi protein ccediloumlzeltileri iccedilirilir Zehirlenmeyi yaratan metal buproteinle birleşerek etkisiz hale getirilir

Amino asitlerin karboksil gruplarının reaksiyonları

1 Tuz Oluşumu2 Esterleşme3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 6: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

2 ve 3 nuumln karışımı bir sınıflandırma şekli

1 ALİFATİK AMİNO ASİTLERANoumltral Amino asitler

B- Asidik amino asitler ve bunların amidleri

c) Bazik amino asitler

sitruumlllin

ornitin

2Aromatik Amino Asitler

3 Heterosiklik amino asitler

4 Kuumlkuumlrtluuml Amino Asitler

Amino asitlerin isimlendirilmesi ve kimyasal yapıları

D veya L tanımı amino asit lsquoin R grubuna

en uzakta bulunan asimetrik karbonrsquoun

Heteroatomunun (NH2) sağda veya solda

olmasına goumlre tanımlanır

L-Amino asit

NH2

D-Amino asit

Amino Asitlerin dipol yapıları

Amino asitler amfoter elektrolitlerdir ccediloumlzeltinin Hiyonu konsantrasyonuna goumlre asit ya da baz olarakfonksiyon goumlruumlrler Bu nitelikleri karbonil gruplarınınproton verebilmebuna karşın amino gruplarınınproton alabilme yeteneğinden kazanılır

Her amino asit kendilerine oumlzguuml bir pH noktasında eşit sayıdapozitif ve negatif yuumlke sahiptir Amino asitlerin yuumlksuumlz formdabulundukları bu pH değerlerine izoelektrik nokta adı verilir

Amino asitlerin izoelektrik noktaları aşağıdaki formuumllle hesaplanır

İzoelektrik nokta (ıp)=pKa+pKb

2

pKa= Asit grubunun pK değeri Ccediloumlzeltiye asit ilavesindeamino asit bir baz gibi hareket ederpK değeri karboksilgrubunun negatif logaritmasıdır ve karboksil grubunun50rsquosinin dissosiye olduğu pH değerine eşittir

pKb= Baz grubunun pK değeriCcediloumlzeltiye baz ilavesindeamino asit bir asit gibi hareket ederpK değeri aminogrubunun dissasiasyon sabitesinin negatif logaritmasıdırve NH3 grubunun 50rsquosinin dissosiye olduğu pHdeğerine eşittir

Amino asitlerin fiziksel oumlzellikleri

1 Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Amino asitler suda asitlerde alkalilerde kolayetanolde az ccediloumlzuumlnuumlrler

2 Ccediloumlzuumlnme noktaları

Amino asitlerin ccediloumlzuumlnme noktaları genelde yuumlksektir 200 Crsquonin uumlstuumlndedir

3 Tadları

Bazı amino asitler oumlrn Loumlysin tatsızdır İzoloumlysin arjiningibi bazı amino asitler de acıdır Amino asitlerin gerikalan ccediloğunluğu ise tatlıdır

4 Amfolit yapıları

Amino asitler amin grubu ile birlikte karboksil grubu dataşıdıkları iccedilin aynı zamanda hem asit hem de bazdırlarCOOH grupları alkali ortamlarda H iyonları vererek COO-

(karboksilat anyonu) ve H+ iyonlarına dissosiye olur NH2

grupları ise asit ortamda H iyonlarını alır ve pozitif yuumlkluumlNH3 gruplarına değişir

İzoelektik noktalarında ise H iyonları COOHgrubundan NH2 grubuna geccedilerler Yani bir aminoasit molekuumlluumlnde COOH grubu H iyonunu verdiğiiccedilin negatif yuumlk taşıyan bir COO- grubu bu Hrsquoi aldığıiccedilin yuumlkuuml pozitif olan NH3 grubu ile yan yana bulunur

Hem pozitif hem de negatif yuumlk taşıyan iyonlara zwitterion denirZwitterion oluşturabilen maddelere de amfolit adı verilir

Glisin haricinde tuumlm amino asitler alfa-karbon atomlarına 4 farklı grup bağlandığı iccedilin optik aktiftirler

5Optik Aktiviteleri

En basit amino asit glisin olarak bilinir Yan zinciri yoktur Bu nedenle asimetrik karbon atomu iccedilermez

ALLOFORM

Bir amino asit ikinci bir asimetrik karbona sahipse

(Treonin ve Izoloysin) D ve L formunun tekrar iki ayrı

izomeri ortaya ccedilıkar bunlara da ALLOFORM denir

CH3

CHO H

C

COOH

NH2H

D-Treonin

CH3

C

C

COOH

OHH

H NH2

D-Allotreonin

Amino Asitlerin Kimyasal Oumlzellikleri

A) Amino gruplarının reaksiyonları

1 Alkol ile inaktivasyonu2 Soumlrensen titrasyonu3 Aromatik asitlere bağlanması4 Betain reaksiyonu5 Karbamino asit reaksiyonu6 Ninhidrin reaksiyonu7 Nitrik asit reaksiyonu8 Uumlramin asit reaksiyonu9 Diketopiperazin oluşumu10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

1 Amino grubunun alkol ile inaktivasyonuSulu ortamlarda amino grubu H iyonu bağlayarak pozitif yuumlkluumlNH3+ grubuna değişebilir Alkolluuml ortamlarda ise amino

grupları NH3+ gruplarına değişemez İşte bu olaya amino

gruplarının Alkol ile inaktivasyonu denirAmino asitler alkolluuml ortamlarda amfoter elektrolitler olmayıpasittirler

R-NH2 + H++OH- R-NH3+ +OH-

Amino asitler noumltral veya hafif alkalik ccediloumlzeltilerde form aldehitile reaksiyona girerek 1 veya 2 molekuumll form aldehit elektrikselyuumlk taşımayan amino grubu ile birleşir ve bu şekilde mono- veyadimetilol tuumlrevleri meydana getirirlerBundan sonra karboksil grubu standart alkali ile titre edilebilirkullanılan alkali miktarı mevcut karboksil grubu miktarınıgoumlsterir Bir amino asit ccediloumlzeltisinde bulunan karboksil grubununbu şekilde tayin edilmesi youmlntemine soumlrensen titrasyonu denirsoumlrensen bu tepkimeyi bir ccediloumlzeltide bulunan amino asitmiktarının saptanmasında kullanmıştır

R-CH-COO- + CH2OR-CH-COO- + CH2O R-CH-COO-

NH2Amino asit formaldehit H-N-CH2OH

HOH2C-N-CH2OHMonometilol aa

Dimetilol aa

2 Soumlrensen titrasyonu

3-Amino grubunun aromatik asitlerle bağlanması

C-Cl+H2N-CH2-COOH C-NH-CH2-COOH+HCl

OO

Benzoil kloruumlrglisin

Benzoilglisin(Hippurik asit)

OumlnemibullAmino asitlerin aromatik asitlerle birleşmesi sonundaccediloumlzuumlnmeyen maddeler oluşurbullBoumlylece zararlı maddelerin organizmadan atılması sağlanırbullBoumlyle bir reaksiyon uumlruumlnuuml olan hippurik asit ot yiyenhayvanlarda uumlreden sonra idrarla atılan en oumlnemli azotlumaddedir

4- Betain Reaksiyonu

Amino asitler zwitter iyon durumunda iken NH3+ grubundaki

3 Hrsquonin yerine 3 CH3 grubu geccedilmekle betainler oluşur

H3N+ - CH2- COO- (H3C)3N

+ - CH2- COO-

GlikokolGlikokol betain

OumlNEMİ Betainler bir zwitterionrsquodur

5 Karbamino asit reaksiyonu

Bu reaksiyonda amino asitlerin amino gruplarına CO2 bağlanarakkarbamino asitlerrsquoi meydana getirir

R- CH-COOH + CO2 R-CH-COOH

NH2 HN - COOH

Amino asit Karbamino asit

OumlNEMİ Hemoglobin CO2 ile karbamino asit oluşturur ve buşekilde CO2rsquoin dokulardan akciğerlere taşınmasını sağlar

6Ninhidrin reaksiyonu

Ninhidrin amino asit ile reaksiyona girerse NH3 ve CO2 serbesthale geccediler Bir aldehit oluşur ve ninhidrinin indirgenmiş biccedilimimeydana gelir

İndirgenmiş ninhidrin reaksiyonda serbest hale geccedilen NH3İle birlikte başka bir ninhidrin ile reaksiyona girer veReaksiyon sonunda mavi renkli bir madde oluşur

OumlNEMİ Amino asitler iccedilin oumlnemli bir nitel tayin youmlntemidirBu tepkime serbest amino gruplarının hepsi ile meydanagelebilir Bu nedenle de amino asitler peptidler ve proteinlerbu tepkimeye olumlu yanıt verirler

Ninhidrin+ Amino asit CO2 Reduumlkte ninhidrin+aldehit+amonyak

Ninhidrin+amonyak+reduumlkte ninhidrin Mavi menekşeRenkli kompleks

+ 3H2O

7 Nitrik asit reaksiyonu

Amino asitler nitrik asit ile reaksiyona girerlerse amino gruplarınınazotu nitrik asitin azotu gibi serbest element haline geccedilerDiğer taraftan amino grubunun yerine OH grubu girer

R-CH-COOH + N-OH R-CH-COOH

NH2O OH+N2+H2O

Amino asit Nitrik asit

Oksi asit+azot+su

OumlNEMİ Her bir amino grubuna karşın 1 mol azot serbest kaldığından amino gruplarının miktarını saptamakta yararlanılır

8 Uumlramin asit reaksiyonu

Amino asitlerin amino gruplarına bir uumlre molekuumlluuml eklenirseuumlramin asitleri meydana gelir

R-CH-COOH + H2N-C-NH2 NH3+R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

NH2 OAmino asit uumlre amonyak

Uumlramin asidiUumlramin asidndeki amino grubu ile karboksil grubu arasındanBir molekuumll suyun ayrılması ile hidantoinler oluşur

R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

R-CH C=O

NH C=ONH

Uumlramin asiti hidantoin

OumlNEMİ Uumlramin asitleri suda guumlccedil ccediloumlzuumlnuumlrler ve iyi billurlaşırlarBu nedenle amino asitlerin tanısında kullanılır

9 Diketopiperazin oluşumu

Amino asitlerin etil esterleri iki amino asit grubunu taşıyananhidrid halka yapılarını oluşturmak uumlzere kondanse olurlarSonuccedilta diketopiperazin meydana gelir

R-CH-C-O-C2H5 + H2N-C-R 2C2H5OH+R-C-C-N-C-R

NH2

O H

C=OC2H5O- HN C=O

diketopiperazin

10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

Amino asitlerin amino grupları karboksil grupları vevarsa ndashSH grupları Cu++ Co++ Mn++ Fe++ vs gibibir ccedilok ağır metal iyonları ile kompleks şelatlaroluştururlar

Bu oumlzellikten dolayı metal zehirlenmeleri durumunda antidotolarak proteinler kullanılır Bu amaccedilla yumurta akı ve suumltgibi protein ccediloumlzeltileri iccedilirilir Zehirlenmeyi yaratan metal buproteinle birleşerek etkisiz hale getirilir

Amino asitlerin karboksil gruplarının reaksiyonları

1 Tuz Oluşumu2 Esterleşme3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 7: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

B- Asidik amino asitler ve bunların amidleri

c) Bazik amino asitler

sitruumlllin

ornitin

2Aromatik Amino Asitler

3 Heterosiklik amino asitler

4 Kuumlkuumlrtluuml Amino Asitler

Amino asitlerin isimlendirilmesi ve kimyasal yapıları

D veya L tanımı amino asit lsquoin R grubuna

en uzakta bulunan asimetrik karbonrsquoun

Heteroatomunun (NH2) sağda veya solda

olmasına goumlre tanımlanır

L-Amino asit

NH2

D-Amino asit

Amino Asitlerin dipol yapıları

Amino asitler amfoter elektrolitlerdir ccediloumlzeltinin Hiyonu konsantrasyonuna goumlre asit ya da baz olarakfonksiyon goumlruumlrler Bu nitelikleri karbonil gruplarınınproton verebilmebuna karşın amino gruplarınınproton alabilme yeteneğinden kazanılır

Her amino asit kendilerine oumlzguuml bir pH noktasında eşit sayıdapozitif ve negatif yuumlke sahiptir Amino asitlerin yuumlksuumlz formdabulundukları bu pH değerlerine izoelektrik nokta adı verilir

Amino asitlerin izoelektrik noktaları aşağıdaki formuumllle hesaplanır

İzoelektrik nokta (ıp)=pKa+pKb

2

pKa= Asit grubunun pK değeri Ccediloumlzeltiye asit ilavesindeamino asit bir baz gibi hareket ederpK değeri karboksilgrubunun negatif logaritmasıdır ve karboksil grubunun50rsquosinin dissosiye olduğu pH değerine eşittir

pKb= Baz grubunun pK değeriCcediloumlzeltiye baz ilavesindeamino asit bir asit gibi hareket ederpK değeri aminogrubunun dissasiasyon sabitesinin negatif logaritmasıdırve NH3 grubunun 50rsquosinin dissosiye olduğu pHdeğerine eşittir

Amino asitlerin fiziksel oumlzellikleri

1 Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Amino asitler suda asitlerde alkalilerde kolayetanolde az ccediloumlzuumlnuumlrler

2 Ccediloumlzuumlnme noktaları

Amino asitlerin ccediloumlzuumlnme noktaları genelde yuumlksektir 200 Crsquonin uumlstuumlndedir

3 Tadları

Bazı amino asitler oumlrn Loumlysin tatsızdır İzoloumlysin arjiningibi bazı amino asitler de acıdır Amino asitlerin gerikalan ccediloğunluğu ise tatlıdır

4 Amfolit yapıları

Amino asitler amin grubu ile birlikte karboksil grubu dataşıdıkları iccedilin aynı zamanda hem asit hem de bazdırlarCOOH grupları alkali ortamlarda H iyonları vererek COO-

(karboksilat anyonu) ve H+ iyonlarına dissosiye olur NH2

grupları ise asit ortamda H iyonlarını alır ve pozitif yuumlkluumlNH3 gruplarına değişir

İzoelektik noktalarında ise H iyonları COOHgrubundan NH2 grubuna geccedilerler Yani bir aminoasit molekuumlluumlnde COOH grubu H iyonunu verdiğiiccedilin negatif yuumlk taşıyan bir COO- grubu bu Hrsquoi aldığıiccedilin yuumlkuuml pozitif olan NH3 grubu ile yan yana bulunur

Hem pozitif hem de negatif yuumlk taşıyan iyonlara zwitterion denirZwitterion oluşturabilen maddelere de amfolit adı verilir

Glisin haricinde tuumlm amino asitler alfa-karbon atomlarına 4 farklı grup bağlandığı iccedilin optik aktiftirler

5Optik Aktiviteleri

En basit amino asit glisin olarak bilinir Yan zinciri yoktur Bu nedenle asimetrik karbon atomu iccedilermez

ALLOFORM

Bir amino asit ikinci bir asimetrik karbona sahipse

(Treonin ve Izoloysin) D ve L formunun tekrar iki ayrı

izomeri ortaya ccedilıkar bunlara da ALLOFORM denir

CH3

CHO H

C

COOH

NH2H

D-Treonin

CH3

C

C

COOH

OHH

H NH2

D-Allotreonin

Amino Asitlerin Kimyasal Oumlzellikleri

A) Amino gruplarının reaksiyonları

1 Alkol ile inaktivasyonu2 Soumlrensen titrasyonu3 Aromatik asitlere bağlanması4 Betain reaksiyonu5 Karbamino asit reaksiyonu6 Ninhidrin reaksiyonu7 Nitrik asit reaksiyonu8 Uumlramin asit reaksiyonu9 Diketopiperazin oluşumu10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

1 Amino grubunun alkol ile inaktivasyonuSulu ortamlarda amino grubu H iyonu bağlayarak pozitif yuumlkluumlNH3+ grubuna değişebilir Alkolluuml ortamlarda ise amino

grupları NH3+ gruplarına değişemez İşte bu olaya amino

gruplarının Alkol ile inaktivasyonu denirAmino asitler alkolluuml ortamlarda amfoter elektrolitler olmayıpasittirler

R-NH2 + H++OH- R-NH3+ +OH-

Amino asitler noumltral veya hafif alkalik ccediloumlzeltilerde form aldehitile reaksiyona girerek 1 veya 2 molekuumll form aldehit elektrikselyuumlk taşımayan amino grubu ile birleşir ve bu şekilde mono- veyadimetilol tuumlrevleri meydana getirirlerBundan sonra karboksil grubu standart alkali ile titre edilebilirkullanılan alkali miktarı mevcut karboksil grubu miktarınıgoumlsterir Bir amino asit ccediloumlzeltisinde bulunan karboksil grubununbu şekilde tayin edilmesi youmlntemine soumlrensen titrasyonu denirsoumlrensen bu tepkimeyi bir ccediloumlzeltide bulunan amino asitmiktarının saptanmasında kullanmıştır

R-CH-COO- + CH2OR-CH-COO- + CH2O R-CH-COO-

NH2Amino asit formaldehit H-N-CH2OH

HOH2C-N-CH2OHMonometilol aa

Dimetilol aa

2 Soumlrensen titrasyonu

3-Amino grubunun aromatik asitlerle bağlanması

C-Cl+H2N-CH2-COOH C-NH-CH2-COOH+HCl

OO

Benzoil kloruumlrglisin

Benzoilglisin(Hippurik asit)

OumlnemibullAmino asitlerin aromatik asitlerle birleşmesi sonundaccediloumlzuumlnmeyen maddeler oluşurbullBoumlylece zararlı maddelerin organizmadan atılması sağlanırbullBoumlyle bir reaksiyon uumlruumlnuuml olan hippurik asit ot yiyenhayvanlarda uumlreden sonra idrarla atılan en oumlnemli azotlumaddedir

4- Betain Reaksiyonu

Amino asitler zwitter iyon durumunda iken NH3+ grubundaki

3 Hrsquonin yerine 3 CH3 grubu geccedilmekle betainler oluşur

H3N+ - CH2- COO- (H3C)3N

+ - CH2- COO-

GlikokolGlikokol betain

OumlNEMİ Betainler bir zwitterionrsquodur

5 Karbamino asit reaksiyonu

Bu reaksiyonda amino asitlerin amino gruplarına CO2 bağlanarakkarbamino asitlerrsquoi meydana getirir

R- CH-COOH + CO2 R-CH-COOH

NH2 HN - COOH

Amino asit Karbamino asit

OumlNEMİ Hemoglobin CO2 ile karbamino asit oluşturur ve buşekilde CO2rsquoin dokulardan akciğerlere taşınmasını sağlar

6Ninhidrin reaksiyonu

Ninhidrin amino asit ile reaksiyona girerse NH3 ve CO2 serbesthale geccediler Bir aldehit oluşur ve ninhidrinin indirgenmiş biccedilimimeydana gelir

İndirgenmiş ninhidrin reaksiyonda serbest hale geccedilen NH3İle birlikte başka bir ninhidrin ile reaksiyona girer veReaksiyon sonunda mavi renkli bir madde oluşur

OumlNEMİ Amino asitler iccedilin oumlnemli bir nitel tayin youmlntemidirBu tepkime serbest amino gruplarının hepsi ile meydanagelebilir Bu nedenle de amino asitler peptidler ve proteinlerbu tepkimeye olumlu yanıt verirler

Ninhidrin+ Amino asit CO2 Reduumlkte ninhidrin+aldehit+amonyak

Ninhidrin+amonyak+reduumlkte ninhidrin Mavi menekşeRenkli kompleks

+ 3H2O

7 Nitrik asit reaksiyonu

Amino asitler nitrik asit ile reaksiyona girerlerse amino gruplarınınazotu nitrik asitin azotu gibi serbest element haline geccedilerDiğer taraftan amino grubunun yerine OH grubu girer

R-CH-COOH + N-OH R-CH-COOH

NH2O OH+N2+H2O

Amino asit Nitrik asit

Oksi asit+azot+su

OumlNEMİ Her bir amino grubuna karşın 1 mol azot serbest kaldığından amino gruplarının miktarını saptamakta yararlanılır

8 Uumlramin asit reaksiyonu

Amino asitlerin amino gruplarına bir uumlre molekuumlluuml eklenirseuumlramin asitleri meydana gelir

R-CH-COOH + H2N-C-NH2 NH3+R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

NH2 OAmino asit uumlre amonyak

Uumlramin asidiUumlramin asidndeki amino grubu ile karboksil grubu arasındanBir molekuumll suyun ayrılması ile hidantoinler oluşur

R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

R-CH C=O

NH C=ONH

Uumlramin asiti hidantoin

OumlNEMİ Uumlramin asitleri suda guumlccedil ccediloumlzuumlnuumlrler ve iyi billurlaşırlarBu nedenle amino asitlerin tanısında kullanılır

9 Diketopiperazin oluşumu

Amino asitlerin etil esterleri iki amino asit grubunu taşıyananhidrid halka yapılarını oluşturmak uumlzere kondanse olurlarSonuccedilta diketopiperazin meydana gelir

R-CH-C-O-C2H5 + H2N-C-R 2C2H5OH+R-C-C-N-C-R

NH2

O H

C=OC2H5O- HN C=O

diketopiperazin

10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

Amino asitlerin amino grupları karboksil grupları vevarsa ndashSH grupları Cu++ Co++ Mn++ Fe++ vs gibibir ccedilok ağır metal iyonları ile kompleks şelatlaroluştururlar

Bu oumlzellikten dolayı metal zehirlenmeleri durumunda antidotolarak proteinler kullanılır Bu amaccedilla yumurta akı ve suumltgibi protein ccediloumlzeltileri iccedilirilir Zehirlenmeyi yaratan metal buproteinle birleşerek etkisiz hale getirilir

Amino asitlerin karboksil gruplarının reaksiyonları

1 Tuz Oluşumu2 Esterleşme3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 8: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

c) Bazik amino asitler

sitruumlllin

ornitin

2Aromatik Amino Asitler

3 Heterosiklik amino asitler

4 Kuumlkuumlrtluuml Amino Asitler

Amino asitlerin isimlendirilmesi ve kimyasal yapıları

D veya L tanımı amino asit lsquoin R grubuna

en uzakta bulunan asimetrik karbonrsquoun

Heteroatomunun (NH2) sağda veya solda

olmasına goumlre tanımlanır

L-Amino asit

NH2

D-Amino asit

Amino Asitlerin dipol yapıları

Amino asitler amfoter elektrolitlerdir ccediloumlzeltinin Hiyonu konsantrasyonuna goumlre asit ya da baz olarakfonksiyon goumlruumlrler Bu nitelikleri karbonil gruplarınınproton verebilmebuna karşın amino gruplarınınproton alabilme yeteneğinden kazanılır

Her amino asit kendilerine oumlzguuml bir pH noktasında eşit sayıdapozitif ve negatif yuumlke sahiptir Amino asitlerin yuumlksuumlz formdabulundukları bu pH değerlerine izoelektrik nokta adı verilir

Amino asitlerin izoelektrik noktaları aşağıdaki formuumllle hesaplanır

İzoelektrik nokta (ıp)=pKa+pKb

2

pKa= Asit grubunun pK değeri Ccediloumlzeltiye asit ilavesindeamino asit bir baz gibi hareket ederpK değeri karboksilgrubunun negatif logaritmasıdır ve karboksil grubunun50rsquosinin dissosiye olduğu pH değerine eşittir

pKb= Baz grubunun pK değeriCcediloumlzeltiye baz ilavesindeamino asit bir asit gibi hareket ederpK değeri aminogrubunun dissasiasyon sabitesinin negatif logaritmasıdırve NH3 grubunun 50rsquosinin dissosiye olduğu pHdeğerine eşittir

Amino asitlerin fiziksel oumlzellikleri

1 Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Amino asitler suda asitlerde alkalilerde kolayetanolde az ccediloumlzuumlnuumlrler

2 Ccediloumlzuumlnme noktaları

Amino asitlerin ccediloumlzuumlnme noktaları genelde yuumlksektir 200 Crsquonin uumlstuumlndedir

3 Tadları

Bazı amino asitler oumlrn Loumlysin tatsızdır İzoloumlysin arjiningibi bazı amino asitler de acıdır Amino asitlerin gerikalan ccediloğunluğu ise tatlıdır

4 Amfolit yapıları

Amino asitler amin grubu ile birlikte karboksil grubu dataşıdıkları iccedilin aynı zamanda hem asit hem de bazdırlarCOOH grupları alkali ortamlarda H iyonları vererek COO-

(karboksilat anyonu) ve H+ iyonlarına dissosiye olur NH2

grupları ise asit ortamda H iyonlarını alır ve pozitif yuumlkluumlNH3 gruplarına değişir

İzoelektik noktalarında ise H iyonları COOHgrubundan NH2 grubuna geccedilerler Yani bir aminoasit molekuumlluumlnde COOH grubu H iyonunu verdiğiiccedilin negatif yuumlk taşıyan bir COO- grubu bu Hrsquoi aldığıiccedilin yuumlkuuml pozitif olan NH3 grubu ile yan yana bulunur

Hem pozitif hem de negatif yuumlk taşıyan iyonlara zwitterion denirZwitterion oluşturabilen maddelere de amfolit adı verilir

Glisin haricinde tuumlm amino asitler alfa-karbon atomlarına 4 farklı grup bağlandığı iccedilin optik aktiftirler

5Optik Aktiviteleri

En basit amino asit glisin olarak bilinir Yan zinciri yoktur Bu nedenle asimetrik karbon atomu iccedilermez

ALLOFORM

Bir amino asit ikinci bir asimetrik karbona sahipse

(Treonin ve Izoloysin) D ve L formunun tekrar iki ayrı

izomeri ortaya ccedilıkar bunlara da ALLOFORM denir

CH3

CHO H

C

COOH

NH2H

D-Treonin

CH3

C

C

COOH

OHH

H NH2

D-Allotreonin

Amino Asitlerin Kimyasal Oumlzellikleri

A) Amino gruplarının reaksiyonları

1 Alkol ile inaktivasyonu2 Soumlrensen titrasyonu3 Aromatik asitlere bağlanması4 Betain reaksiyonu5 Karbamino asit reaksiyonu6 Ninhidrin reaksiyonu7 Nitrik asit reaksiyonu8 Uumlramin asit reaksiyonu9 Diketopiperazin oluşumu10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

1 Amino grubunun alkol ile inaktivasyonuSulu ortamlarda amino grubu H iyonu bağlayarak pozitif yuumlkluumlNH3+ grubuna değişebilir Alkolluuml ortamlarda ise amino

grupları NH3+ gruplarına değişemez İşte bu olaya amino

gruplarının Alkol ile inaktivasyonu denirAmino asitler alkolluuml ortamlarda amfoter elektrolitler olmayıpasittirler

R-NH2 + H++OH- R-NH3+ +OH-

Amino asitler noumltral veya hafif alkalik ccediloumlzeltilerde form aldehitile reaksiyona girerek 1 veya 2 molekuumll form aldehit elektrikselyuumlk taşımayan amino grubu ile birleşir ve bu şekilde mono- veyadimetilol tuumlrevleri meydana getirirlerBundan sonra karboksil grubu standart alkali ile titre edilebilirkullanılan alkali miktarı mevcut karboksil grubu miktarınıgoumlsterir Bir amino asit ccediloumlzeltisinde bulunan karboksil grubununbu şekilde tayin edilmesi youmlntemine soumlrensen titrasyonu denirsoumlrensen bu tepkimeyi bir ccediloumlzeltide bulunan amino asitmiktarının saptanmasında kullanmıştır

R-CH-COO- + CH2OR-CH-COO- + CH2O R-CH-COO-

NH2Amino asit formaldehit H-N-CH2OH

HOH2C-N-CH2OHMonometilol aa

Dimetilol aa

2 Soumlrensen titrasyonu

3-Amino grubunun aromatik asitlerle bağlanması

C-Cl+H2N-CH2-COOH C-NH-CH2-COOH+HCl

OO

Benzoil kloruumlrglisin

Benzoilglisin(Hippurik asit)

OumlnemibullAmino asitlerin aromatik asitlerle birleşmesi sonundaccediloumlzuumlnmeyen maddeler oluşurbullBoumlylece zararlı maddelerin organizmadan atılması sağlanırbullBoumlyle bir reaksiyon uumlruumlnuuml olan hippurik asit ot yiyenhayvanlarda uumlreden sonra idrarla atılan en oumlnemli azotlumaddedir

4- Betain Reaksiyonu

Amino asitler zwitter iyon durumunda iken NH3+ grubundaki

3 Hrsquonin yerine 3 CH3 grubu geccedilmekle betainler oluşur

H3N+ - CH2- COO- (H3C)3N

+ - CH2- COO-

GlikokolGlikokol betain

OumlNEMİ Betainler bir zwitterionrsquodur

5 Karbamino asit reaksiyonu

Bu reaksiyonda amino asitlerin amino gruplarına CO2 bağlanarakkarbamino asitlerrsquoi meydana getirir

R- CH-COOH + CO2 R-CH-COOH

NH2 HN - COOH

Amino asit Karbamino asit

OumlNEMİ Hemoglobin CO2 ile karbamino asit oluşturur ve buşekilde CO2rsquoin dokulardan akciğerlere taşınmasını sağlar

6Ninhidrin reaksiyonu

Ninhidrin amino asit ile reaksiyona girerse NH3 ve CO2 serbesthale geccediler Bir aldehit oluşur ve ninhidrinin indirgenmiş biccedilimimeydana gelir

İndirgenmiş ninhidrin reaksiyonda serbest hale geccedilen NH3İle birlikte başka bir ninhidrin ile reaksiyona girer veReaksiyon sonunda mavi renkli bir madde oluşur

OumlNEMİ Amino asitler iccedilin oumlnemli bir nitel tayin youmlntemidirBu tepkime serbest amino gruplarının hepsi ile meydanagelebilir Bu nedenle de amino asitler peptidler ve proteinlerbu tepkimeye olumlu yanıt verirler

Ninhidrin+ Amino asit CO2 Reduumlkte ninhidrin+aldehit+amonyak

Ninhidrin+amonyak+reduumlkte ninhidrin Mavi menekşeRenkli kompleks

+ 3H2O

7 Nitrik asit reaksiyonu

Amino asitler nitrik asit ile reaksiyona girerlerse amino gruplarınınazotu nitrik asitin azotu gibi serbest element haline geccedilerDiğer taraftan amino grubunun yerine OH grubu girer

R-CH-COOH + N-OH R-CH-COOH

NH2O OH+N2+H2O

Amino asit Nitrik asit

Oksi asit+azot+su

OumlNEMİ Her bir amino grubuna karşın 1 mol azot serbest kaldığından amino gruplarının miktarını saptamakta yararlanılır

8 Uumlramin asit reaksiyonu

Amino asitlerin amino gruplarına bir uumlre molekuumlluuml eklenirseuumlramin asitleri meydana gelir

R-CH-COOH + H2N-C-NH2 NH3+R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

NH2 OAmino asit uumlre amonyak

Uumlramin asidiUumlramin asidndeki amino grubu ile karboksil grubu arasındanBir molekuumll suyun ayrılması ile hidantoinler oluşur

R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

R-CH C=O

NH C=ONH

Uumlramin asiti hidantoin

OumlNEMİ Uumlramin asitleri suda guumlccedil ccediloumlzuumlnuumlrler ve iyi billurlaşırlarBu nedenle amino asitlerin tanısında kullanılır

9 Diketopiperazin oluşumu

Amino asitlerin etil esterleri iki amino asit grubunu taşıyananhidrid halka yapılarını oluşturmak uumlzere kondanse olurlarSonuccedilta diketopiperazin meydana gelir

R-CH-C-O-C2H5 + H2N-C-R 2C2H5OH+R-C-C-N-C-R

NH2

O H

C=OC2H5O- HN C=O

diketopiperazin

10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

Amino asitlerin amino grupları karboksil grupları vevarsa ndashSH grupları Cu++ Co++ Mn++ Fe++ vs gibibir ccedilok ağır metal iyonları ile kompleks şelatlaroluştururlar

Bu oumlzellikten dolayı metal zehirlenmeleri durumunda antidotolarak proteinler kullanılır Bu amaccedilla yumurta akı ve suumltgibi protein ccediloumlzeltileri iccedilirilir Zehirlenmeyi yaratan metal buproteinle birleşerek etkisiz hale getirilir

Amino asitlerin karboksil gruplarının reaksiyonları

1 Tuz Oluşumu2 Esterleşme3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 9: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

2Aromatik Amino Asitler

3 Heterosiklik amino asitler

4 Kuumlkuumlrtluuml Amino Asitler

Amino asitlerin isimlendirilmesi ve kimyasal yapıları

D veya L tanımı amino asit lsquoin R grubuna

en uzakta bulunan asimetrik karbonrsquoun

Heteroatomunun (NH2) sağda veya solda

olmasına goumlre tanımlanır

L-Amino asit

NH2

D-Amino asit

Amino Asitlerin dipol yapıları

Amino asitler amfoter elektrolitlerdir ccediloumlzeltinin Hiyonu konsantrasyonuna goumlre asit ya da baz olarakfonksiyon goumlruumlrler Bu nitelikleri karbonil gruplarınınproton verebilmebuna karşın amino gruplarınınproton alabilme yeteneğinden kazanılır

Her amino asit kendilerine oumlzguuml bir pH noktasında eşit sayıdapozitif ve negatif yuumlke sahiptir Amino asitlerin yuumlksuumlz formdabulundukları bu pH değerlerine izoelektrik nokta adı verilir

Amino asitlerin izoelektrik noktaları aşağıdaki formuumllle hesaplanır

İzoelektrik nokta (ıp)=pKa+pKb

2

pKa= Asit grubunun pK değeri Ccediloumlzeltiye asit ilavesindeamino asit bir baz gibi hareket ederpK değeri karboksilgrubunun negatif logaritmasıdır ve karboksil grubunun50rsquosinin dissosiye olduğu pH değerine eşittir

pKb= Baz grubunun pK değeriCcediloumlzeltiye baz ilavesindeamino asit bir asit gibi hareket ederpK değeri aminogrubunun dissasiasyon sabitesinin negatif logaritmasıdırve NH3 grubunun 50rsquosinin dissosiye olduğu pHdeğerine eşittir

Amino asitlerin fiziksel oumlzellikleri

1 Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Amino asitler suda asitlerde alkalilerde kolayetanolde az ccediloumlzuumlnuumlrler

2 Ccediloumlzuumlnme noktaları

Amino asitlerin ccediloumlzuumlnme noktaları genelde yuumlksektir 200 Crsquonin uumlstuumlndedir

3 Tadları

Bazı amino asitler oumlrn Loumlysin tatsızdır İzoloumlysin arjiningibi bazı amino asitler de acıdır Amino asitlerin gerikalan ccediloğunluğu ise tatlıdır

4 Amfolit yapıları

Amino asitler amin grubu ile birlikte karboksil grubu dataşıdıkları iccedilin aynı zamanda hem asit hem de bazdırlarCOOH grupları alkali ortamlarda H iyonları vererek COO-

(karboksilat anyonu) ve H+ iyonlarına dissosiye olur NH2

grupları ise asit ortamda H iyonlarını alır ve pozitif yuumlkluumlNH3 gruplarına değişir

İzoelektik noktalarında ise H iyonları COOHgrubundan NH2 grubuna geccedilerler Yani bir aminoasit molekuumlluumlnde COOH grubu H iyonunu verdiğiiccedilin negatif yuumlk taşıyan bir COO- grubu bu Hrsquoi aldığıiccedilin yuumlkuuml pozitif olan NH3 grubu ile yan yana bulunur

Hem pozitif hem de negatif yuumlk taşıyan iyonlara zwitterion denirZwitterion oluşturabilen maddelere de amfolit adı verilir

Glisin haricinde tuumlm amino asitler alfa-karbon atomlarına 4 farklı grup bağlandığı iccedilin optik aktiftirler

5Optik Aktiviteleri

En basit amino asit glisin olarak bilinir Yan zinciri yoktur Bu nedenle asimetrik karbon atomu iccedilermez

ALLOFORM

Bir amino asit ikinci bir asimetrik karbona sahipse

(Treonin ve Izoloysin) D ve L formunun tekrar iki ayrı

izomeri ortaya ccedilıkar bunlara da ALLOFORM denir

CH3

CHO H

C

COOH

NH2H

D-Treonin

CH3

C

C

COOH

OHH

H NH2

D-Allotreonin

Amino Asitlerin Kimyasal Oumlzellikleri

A) Amino gruplarının reaksiyonları

1 Alkol ile inaktivasyonu2 Soumlrensen titrasyonu3 Aromatik asitlere bağlanması4 Betain reaksiyonu5 Karbamino asit reaksiyonu6 Ninhidrin reaksiyonu7 Nitrik asit reaksiyonu8 Uumlramin asit reaksiyonu9 Diketopiperazin oluşumu10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

1 Amino grubunun alkol ile inaktivasyonuSulu ortamlarda amino grubu H iyonu bağlayarak pozitif yuumlkluumlNH3+ grubuna değişebilir Alkolluuml ortamlarda ise amino

grupları NH3+ gruplarına değişemez İşte bu olaya amino

gruplarının Alkol ile inaktivasyonu denirAmino asitler alkolluuml ortamlarda amfoter elektrolitler olmayıpasittirler

R-NH2 + H++OH- R-NH3+ +OH-

Amino asitler noumltral veya hafif alkalik ccediloumlzeltilerde form aldehitile reaksiyona girerek 1 veya 2 molekuumll form aldehit elektrikselyuumlk taşımayan amino grubu ile birleşir ve bu şekilde mono- veyadimetilol tuumlrevleri meydana getirirlerBundan sonra karboksil grubu standart alkali ile titre edilebilirkullanılan alkali miktarı mevcut karboksil grubu miktarınıgoumlsterir Bir amino asit ccediloumlzeltisinde bulunan karboksil grubununbu şekilde tayin edilmesi youmlntemine soumlrensen titrasyonu denirsoumlrensen bu tepkimeyi bir ccediloumlzeltide bulunan amino asitmiktarının saptanmasında kullanmıştır

R-CH-COO- + CH2OR-CH-COO- + CH2O R-CH-COO-

NH2Amino asit formaldehit H-N-CH2OH

HOH2C-N-CH2OHMonometilol aa

Dimetilol aa

2 Soumlrensen titrasyonu

3-Amino grubunun aromatik asitlerle bağlanması

C-Cl+H2N-CH2-COOH C-NH-CH2-COOH+HCl

OO

Benzoil kloruumlrglisin

Benzoilglisin(Hippurik asit)

OumlnemibullAmino asitlerin aromatik asitlerle birleşmesi sonundaccediloumlzuumlnmeyen maddeler oluşurbullBoumlylece zararlı maddelerin organizmadan atılması sağlanırbullBoumlyle bir reaksiyon uumlruumlnuuml olan hippurik asit ot yiyenhayvanlarda uumlreden sonra idrarla atılan en oumlnemli azotlumaddedir

4- Betain Reaksiyonu

Amino asitler zwitter iyon durumunda iken NH3+ grubundaki

3 Hrsquonin yerine 3 CH3 grubu geccedilmekle betainler oluşur

H3N+ - CH2- COO- (H3C)3N

+ - CH2- COO-

GlikokolGlikokol betain

OumlNEMİ Betainler bir zwitterionrsquodur

5 Karbamino asit reaksiyonu

Bu reaksiyonda amino asitlerin amino gruplarına CO2 bağlanarakkarbamino asitlerrsquoi meydana getirir

R- CH-COOH + CO2 R-CH-COOH

NH2 HN - COOH

Amino asit Karbamino asit

OumlNEMİ Hemoglobin CO2 ile karbamino asit oluşturur ve buşekilde CO2rsquoin dokulardan akciğerlere taşınmasını sağlar

6Ninhidrin reaksiyonu

Ninhidrin amino asit ile reaksiyona girerse NH3 ve CO2 serbesthale geccediler Bir aldehit oluşur ve ninhidrinin indirgenmiş biccedilimimeydana gelir

İndirgenmiş ninhidrin reaksiyonda serbest hale geccedilen NH3İle birlikte başka bir ninhidrin ile reaksiyona girer veReaksiyon sonunda mavi renkli bir madde oluşur

OumlNEMİ Amino asitler iccedilin oumlnemli bir nitel tayin youmlntemidirBu tepkime serbest amino gruplarının hepsi ile meydanagelebilir Bu nedenle de amino asitler peptidler ve proteinlerbu tepkimeye olumlu yanıt verirler

Ninhidrin+ Amino asit CO2 Reduumlkte ninhidrin+aldehit+amonyak

Ninhidrin+amonyak+reduumlkte ninhidrin Mavi menekşeRenkli kompleks

+ 3H2O

7 Nitrik asit reaksiyonu

Amino asitler nitrik asit ile reaksiyona girerlerse amino gruplarınınazotu nitrik asitin azotu gibi serbest element haline geccedilerDiğer taraftan amino grubunun yerine OH grubu girer

R-CH-COOH + N-OH R-CH-COOH

NH2O OH+N2+H2O

Amino asit Nitrik asit

Oksi asit+azot+su

OumlNEMİ Her bir amino grubuna karşın 1 mol azot serbest kaldığından amino gruplarının miktarını saptamakta yararlanılır

8 Uumlramin asit reaksiyonu

Amino asitlerin amino gruplarına bir uumlre molekuumlluuml eklenirseuumlramin asitleri meydana gelir

R-CH-COOH + H2N-C-NH2 NH3+R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

NH2 OAmino asit uumlre amonyak

Uumlramin asidiUumlramin asidndeki amino grubu ile karboksil grubu arasındanBir molekuumll suyun ayrılması ile hidantoinler oluşur

R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

R-CH C=O

NH C=ONH

Uumlramin asiti hidantoin

OumlNEMİ Uumlramin asitleri suda guumlccedil ccediloumlzuumlnuumlrler ve iyi billurlaşırlarBu nedenle amino asitlerin tanısında kullanılır

9 Diketopiperazin oluşumu

Amino asitlerin etil esterleri iki amino asit grubunu taşıyananhidrid halka yapılarını oluşturmak uumlzere kondanse olurlarSonuccedilta diketopiperazin meydana gelir

R-CH-C-O-C2H5 + H2N-C-R 2C2H5OH+R-C-C-N-C-R

NH2

O H

C=OC2H5O- HN C=O

diketopiperazin

10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

Amino asitlerin amino grupları karboksil grupları vevarsa ndashSH grupları Cu++ Co++ Mn++ Fe++ vs gibibir ccedilok ağır metal iyonları ile kompleks şelatlaroluştururlar

Bu oumlzellikten dolayı metal zehirlenmeleri durumunda antidotolarak proteinler kullanılır Bu amaccedilla yumurta akı ve suumltgibi protein ccediloumlzeltileri iccedilirilir Zehirlenmeyi yaratan metal buproteinle birleşerek etkisiz hale getirilir

Amino asitlerin karboksil gruplarının reaksiyonları

1 Tuz Oluşumu2 Esterleşme3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 10: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

3 Heterosiklik amino asitler

4 Kuumlkuumlrtluuml Amino Asitler

Amino asitlerin isimlendirilmesi ve kimyasal yapıları

D veya L tanımı amino asit lsquoin R grubuna

en uzakta bulunan asimetrik karbonrsquoun

Heteroatomunun (NH2) sağda veya solda

olmasına goumlre tanımlanır

L-Amino asit

NH2

D-Amino asit

Amino Asitlerin dipol yapıları

Amino asitler amfoter elektrolitlerdir ccediloumlzeltinin Hiyonu konsantrasyonuna goumlre asit ya da baz olarakfonksiyon goumlruumlrler Bu nitelikleri karbonil gruplarınınproton verebilmebuna karşın amino gruplarınınproton alabilme yeteneğinden kazanılır

Her amino asit kendilerine oumlzguuml bir pH noktasında eşit sayıdapozitif ve negatif yuumlke sahiptir Amino asitlerin yuumlksuumlz formdabulundukları bu pH değerlerine izoelektrik nokta adı verilir

Amino asitlerin izoelektrik noktaları aşağıdaki formuumllle hesaplanır

İzoelektrik nokta (ıp)=pKa+pKb

2

pKa= Asit grubunun pK değeri Ccediloumlzeltiye asit ilavesindeamino asit bir baz gibi hareket ederpK değeri karboksilgrubunun negatif logaritmasıdır ve karboksil grubunun50rsquosinin dissosiye olduğu pH değerine eşittir

pKb= Baz grubunun pK değeriCcediloumlzeltiye baz ilavesindeamino asit bir asit gibi hareket ederpK değeri aminogrubunun dissasiasyon sabitesinin negatif logaritmasıdırve NH3 grubunun 50rsquosinin dissosiye olduğu pHdeğerine eşittir

Amino asitlerin fiziksel oumlzellikleri

1 Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Amino asitler suda asitlerde alkalilerde kolayetanolde az ccediloumlzuumlnuumlrler

2 Ccediloumlzuumlnme noktaları

Amino asitlerin ccediloumlzuumlnme noktaları genelde yuumlksektir 200 Crsquonin uumlstuumlndedir

3 Tadları

Bazı amino asitler oumlrn Loumlysin tatsızdır İzoloumlysin arjiningibi bazı amino asitler de acıdır Amino asitlerin gerikalan ccediloğunluğu ise tatlıdır

4 Amfolit yapıları

Amino asitler amin grubu ile birlikte karboksil grubu dataşıdıkları iccedilin aynı zamanda hem asit hem de bazdırlarCOOH grupları alkali ortamlarda H iyonları vererek COO-

(karboksilat anyonu) ve H+ iyonlarına dissosiye olur NH2

grupları ise asit ortamda H iyonlarını alır ve pozitif yuumlkluumlNH3 gruplarına değişir

İzoelektik noktalarında ise H iyonları COOHgrubundan NH2 grubuna geccedilerler Yani bir aminoasit molekuumlluumlnde COOH grubu H iyonunu verdiğiiccedilin negatif yuumlk taşıyan bir COO- grubu bu Hrsquoi aldığıiccedilin yuumlkuuml pozitif olan NH3 grubu ile yan yana bulunur

Hem pozitif hem de negatif yuumlk taşıyan iyonlara zwitterion denirZwitterion oluşturabilen maddelere de amfolit adı verilir

Glisin haricinde tuumlm amino asitler alfa-karbon atomlarına 4 farklı grup bağlandığı iccedilin optik aktiftirler

5Optik Aktiviteleri

En basit amino asit glisin olarak bilinir Yan zinciri yoktur Bu nedenle asimetrik karbon atomu iccedilermez

ALLOFORM

Bir amino asit ikinci bir asimetrik karbona sahipse

(Treonin ve Izoloysin) D ve L formunun tekrar iki ayrı

izomeri ortaya ccedilıkar bunlara da ALLOFORM denir

CH3

CHO H

C

COOH

NH2H

D-Treonin

CH3

C

C

COOH

OHH

H NH2

D-Allotreonin

Amino Asitlerin Kimyasal Oumlzellikleri

A) Amino gruplarının reaksiyonları

1 Alkol ile inaktivasyonu2 Soumlrensen titrasyonu3 Aromatik asitlere bağlanması4 Betain reaksiyonu5 Karbamino asit reaksiyonu6 Ninhidrin reaksiyonu7 Nitrik asit reaksiyonu8 Uumlramin asit reaksiyonu9 Diketopiperazin oluşumu10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

1 Amino grubunun alkol ile inaktivasyonuSulu ortamlarda amino grubu H iyonu bağlayarak pozitif yuumlkluumlNH3+ grubuna değişebilir Alkolluuml ortamlarda ise amino

grupları NH3+ gruplarına değişemez İşte bu olaya amino

gruplarının Alkol ile inaktivasyonu denirAmino asitler alkolluuml ortamlarda amfoter elektrolitler olmayıpasittirler

R-NH2 + H++OH- R-NH3+ +OH-

Amino asitler noumltral veya hafif alkalik ccediloumlzeltilerde form aldehitile reaksiyona girerek 1 veya 2 molekuumll form aldehit elektrikselyuumlk taşımayan amino grubu ile birleşir ve bu şekilde mono- veyadimetilol tuumlrevleri meydana getirirlerBundan sonra karboksil grubu standart alkali ile titre edilebilirkullanılan alkali miktarı mevcut karboksil grubu miktarınıgoumlsterir Bir amino asit ccediloumlzeltisinde bulunan karboksil grubununbu şekilde tayin edilmesi youmlntemine soumlrensen titrasyonu denirsoumlrensen bu tepkimeyi bir ccediloumlzeltide bulunan amino asitmiktarının saptanmasında kullanmıştır

R-CH-COO- + CH2OR-CH-COO- + CH2O R-CH-COO-

NH2Amino asit formaldehit H-N-CH2OH

HOH2C-N-CH2OHMonometilol aa

Dimetilol aa

2 Soumlrensen titrasyonu

3-Amino grubunun aromatik asitlerle bağlanması

C-Cl+H2N-CH2-COOH C-NH-CH2-COOH+HCl

OO

Benzoil kloruumlrglisin

Benzoilglisin(Hippurik asit)

OumlnemibullAmino asitlerin aromatik asitlerle birleşmesi sonundaccediloumlzuumlnmeyen maddeler oluşurbullBoumlylece zararlı maddelerin organizmadan atılması sağlanırbullBoumlyle bir reaksiyon uumlruumlnuuml olan hippurik asit ot yiyenhayvanlarda uumlreden sonra idrarla atılan en oumlnemli azotlumaddedir

4- Betain Reaksiyonu

Amino asitler zwitter iyon durumunda iken NH3+ grubundaki

3 Hrsquonin yerine 3 CH3 grubu geccedilmekle betainler oluşur

H3N+ - CH2- COO- (H3C)3N

+ - CH2- COO-

GlikokolGlikokol betain

OumlNEMİ Betainler bir zwitterionrsquodur

5 Karbamino asit reaksiyonu

Bu reaksiyonda amino asitlerin amino gruplarına CO2 bağlanarakkarbamino asitlerrsquoi meydana getirir

R- CH-COOH + CO2 R-CH-COOH

NH2 HN - COOH

Amino asit Karbamino asit

OumlNEMİ Hemoglobin CO2 ile karbamino asit oluşturur ve buşekilde CO2rsquoin dokulardan akciğerlere taşınmasını sağlar

6Ninhidrin reaksiyonu

Ninhidrin amino asit ile reaksiyona girerse NH3 ve CO2 serbesthale geccediler Bir aldehit oluşur ve ninhidrinin indirgenmiş biccedilimimeydana gelir

İndirgenmiş ninhidrin reaksiyonda serbest hale geccedilen NH3İle birlikte başka bir ninhidrin ile reaksiyona girer veReaksiyon sonunda mavi renkli bir madde oluşur

OumlNEMİ Amino asitler iccedilin oumlnemli bir nitel tayin youmlntemidirBu tepkime serbest amino gruplarının hepsi ile meydanagelebilir Bu nedenle de amino asitler peptidler ve proteinlerbu tepkimeye olumlu yanıt verirler

Ninhidrin+ Amino asit CO2 Reduumlkte ninhidrin+aldehit+amonyak

Ninhidrin+amonyak+reduumlkte ninhidrin Mavi menekşeRenkli kompleks

+ 3H2O

7 Nitrik asit reaksiyonu

Amino asitler nitrik asit ile reaksiyona girerlerse amino gruplarınınazotu nitrik asitin azotu gibi serbest element haline geccedilerDiğer taraftan amino grubunun yerine OH grubu girer

R-CH-COOH + N-OH R-CH-COOH

NH2O OH+N2+H2O

Amino asit Nitrik asit

Oksi asit+azot+su

OumlNEMİ Her bir amino grubuna karşın 1 mol azot serbest kaldığından amino gruplarının miktarını saptamakta yararlanılır

8 Uumlramin asit reaksiyonu

Amino asitlerin amino gruplarına bir uumlre molekuumlluuml eklenirseuumlramin asitleri meydana gelir

R-CH-COOH + H2N-C-NH2 NH3+R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

NH2 OAmino asit uumlre amonyak

Uumlramin asidiUumlramin asidndeki amino grubu ile karboksil grubu arasındanBir molekuumll suyun ayrılması ile hidantoinler oluşur

R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

R-CH C=O

NH C=ONH

Uumlramin asiti hidantoin

OumlNEMİ Uumlramin asitleri suda guumlccedil ccediloumlzuumlnuumlrler ve iyi billurlaşırlarBu nedenle amino asitlerin tanısında kullanılır

9 Diketopiperazin oluşumu

Amino asitlerin etil esterleri iki amino asit grubunu taşıyananhidrid halka yapılarını oluşturmak uumlzere kondanse olurlarSonuccedilta diketopiperazin meydana gelir

R-CH-C-O-C2H5 + H2N-C-R 2C2H5OH+R-C-C-N-C-R

NH2

O H

C=OC2H5O- HN C=O

diketopiperazin

10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

Amino asitlerin amino grupları karboksil grupları vevarsa ndashSH grupları Cu++ Co++ Mn++ Fe++ vs gibibir ccedilok ağır metal iyonları ile kompleks şelatlaroluştururlar

Bu oumlzellikten dolayı metal zehirlenmeleri durumunda antidotolarak proteinler kullanılır Bu amaccedilla yumurta akı ve suumltgibi protein ccediloumlzeltileri iccedilirilir Zehirlenmeyi yaratan metal buproteinle birleşerek etkisiz hale getirilir

Amino asitlerin karboksil gruplarının reaksiyonları

1 Tuz Oluşumu2 Esterleşme3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 11: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

4 Kuumlkuumlrtluuml Amino Asitler

Amino asitlerin isimlendirilmesi ve kimyasal yapıları

D veya L tanımı amino asit lsquoin R grubuna

en uzakta bulunan asimetrik karbonrsquoun

Heteroatomunun (NH2) sağda veya solda

olmasına goumlre tanımlanır

L-Amino asit

NH2

D-Amino asit

Amino Asitlerin dipol yapıları

Amino asitler amfoter elektrolitlerdir ccediloumlzeltinin Hiyonu konsantrasyonuna goumlre asit ya da baz olarakfonksiyon goumlruumlrler Bu nitelikleri karbonil gruplarınınproton verebilmebuna karşın amino gruplarınınproton alabilme yeteneğinden kazanılır

Her amino asit kendilerine oumlzguuml bir pH noktasında eşit sayıdapozitif ve negatif yuumlke sahiptir Amino asitlerin yuumlksuumlz formdabulundukları bu pH değerlerine izoelektrik nokta adı verilir

Amino asitlerin izoelektrik noktaları aşağıdaki formuumllle hesaplanır

İzoelektrik nokta (ıp)=pKa+pKb

2

pKa= Asit grubunun pK değeri Ccediloumlzeltiye asit ilavesindeamino asit bir baz gibi hareket ederpK değeri karboksilgrubunun negatif logaritmasıdır ve karboksil grubunun50rsquosinin dissosiye olduğu pH değerine eşittir

pKb= Baz grubunun pK değeriCcediloumlzeltiye baz ilavesindeamino asit bir asit gibi hareket ederpK değeri aminogrubunun dissasiasyon sabitesinin negatif logaritmasıdırve NH3 grubunun 50rsquosinin dissosiye olduğu pHdeğerine eşittir

Amino asitlerin fiziksel oumlzellikleri

1 Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Amino asitler suda asitlerde alkalilerde kolayetanolde az ccediloumlzuumlnuumlrler

2 Ccediloumlzuumlnme noktaları

Amino asitlerin ccediloumlzuumlnme noktaları genelde yuumlksektir 200 Crsquonin uumlstuumlndedir

3 Tadları

Bazı amino asitler oumlrn Loumlysin tatsızdır İzoloumlysin arjiningibi bazı amino asitler de acıdır Amino asitlerin gerikalan ccediloğunluğu ise tatlıdır

4 Amfolit yapıları

Amino asitler amin grubu ile birlikte karboksil grubu dataşıdıkları iccedilin aynı zamanda hem asit hem de bazdırlarCOOH grupları alkali ortamlarda H iyonları vererek COO-

(karboksilat anyonu) ve H+ iyonlarına dissosiye olur NH2

grupları ise asit ortamda H iyonlarını alır ve pozitif yuumlkluumlNH3 gruplarına değişir

İzoelektik noktalarında ise H iyonları COOHgrubundan NH2 grubuna geccedilerler Yani bir aminoasit molekuumlluumlnde COOH grubu H iyonunu verdiğiiccedilin negatif yuumlk taşıyan bir COO- grubu bu Hrsquoi aldığıiccedilin yuumlkuuml pozitif olan NH3 grubu ile yan yana bulunur

Hem pozitif hem de negatif yuumlk taşıyan iyonlara zwitterion denirZwitterion oluşturabilen maddelere de amfolit adı verilir

Glisin haricinde tuumlm amino asitler alfa-karbon atomlarına 4 farklı grup bağlandığı iccedilin optik aktiftirler

5Optik Aktiviteleri

En basit amino asit glisin olarak bilinir Yan zinciri yoktur Bu nedenle asimetrik karbon atomu iccedilermez

ALLOFORM

Bir amino asit ikinci bir asimetrik karbona sahipse

(Treonin ve Izoloysin) D ve L formunun tekrar iki ayrı

izomeri ortaya ccedilıkar bunlara da ALLOFORM denir

CH3

CHO H

C

COOH

NH2H

D-Treonin

CH3

C

C

COOH

OHH

H NH2

D-Allotreonin

Amino Asitlerin Kimyasal Oumlzellikleri

A) Amino gruplarının reaksiyonları

1 Alkol ile inaktivasyonu2 Soumlrensen titrasyonu3 Aromatik asitlere bağlanması4 Betain reaksiyonu5 Karbamino asit reaksiyonu6 Ninhidrin reaksiyonu7 Nitrik asit reaksiyonu8 Uumlramin asit reaksiyonu9 Diketopiperazin oluşumu10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

1 Amino grubunun alkol ile inaktivasyonuSulu ortamlarda amino grubu H iyonu bağlayarak pozitif yuumlkluumlNH3+ grubuna değişebilir Alkolluuml ortamlarda ise amino

grupları NH3+ gruplarına değişemez İşte bu olaya amino

gruplarının Alkol ile inaktivasyonu denirAmino asitler alkolluuml ortamlarda amfoter elektrolitler olmayıpasittirler

R-NH2 + H++OH- R-NH3+ +OH-

Amino asitler noumltral veya hafif alkalik ccediloumlzeltilerde form aldehitile reaksiyona girerek 1 veya 2 molekuumll form aldehit elektrikselyuumlk taşımayan amino grubu ile birleşir ve bu şekilde mono- veyadimetilol tuumlrevleri meydana getirirlerBundan sonra karboksil grubu standart alkali ile titre edilebilirkullanılan alkali miktarı mevcut karboksil grubu miktarınıgoumlsterir Bir amino asit ccediloumlzeltisinde bulunan karboksil grubununbu şekilde tayin edilmesi youmlntemine soumlrensen titrasyonu denirsoumlrensen bu tepkimeyi bir ccediloumlzeltide bulunan amino asitmiktarının saptanmasında kullanmıştır

R-CH-COO- + CH2OR-CH-COO- + CH2O R-CH-COO-

NH2Amino asit formaldehit H-N-CH2OH

HOH2C-N-CH2OHMonometilol aa

Dimetilol aa

2 Soumlrensen titrasyonu

3-Amino grubunun aromatik asitlerle bağlanması

C-Cl+H2N-CH2-COOH C-NH-CH2-COOH+HCl

OO

Benzoil kloruumlrglisin

Benzoilglisin(Hippurik asit)

OumlnemibullAmino asitlerin aromatik asitlerle birleşmesi sonundaccediloumlzuumlnmeyen maddeler oluşurbullBoumlylece zararlı maddelerin organizmadan atılması sağlanırbullBoumlyle bir reaksiyon uumlruumlnuuml olan hippurik asit ot yiyenhayvanlarda uumlreden sonra idrarla atılan en oumlnemli azotlumaddedir

4- Betain Reaksiyonu

Amino asitler zwitter iyon durumunda iken NH3+ grubundaki

3 Hrsquonin yerine 3 CH3 grubu geccedilmekle betainler oluşur

H3N+ - CH2- COO- (H3C)3N

+ - CH2- COO-

GlikokolGlikokol betain

OumlNEMİ Betainler bir zwitterionrsquodur

5 Karbamino asit reaksiyonu

Bu reaksiyonda amino asitlerin amino gruplarına CO2 bağlanarakkarbamino asitlerrsquoi meydana getirir

R- CH-COOH + CO2 R-CH-COOH

NH2 HN - COOH

Amino asit Karbamino asit

OumlNEMİ Hemoglobin CO2 ile karbamino asit oluşturur ve buşekilde CO2rsquoin dokulardan akciğerlere taşınmasını sağlar

6Ninhidrin reaksiyonu

Ninhidrin amino asit ile reaksiyona girerse NH3 ve CO2 serbesthale geccediler Bir aldehit oluşur ve ninhidrinin indirgenmiş biccedilimimeydana gelir

İndirgenmiş ninhidrin reaksiyonda serbest hale geccedilen NH3İle birlikte başka bir ninhidrin ile reaksiyona girer veReaksiyon sonunda mavi renkli bir madde oluşur

OumlNEMİ Amino asitler iccedilin oumlnemli bir nitel tayin youmlntemidirBu tepkime serbest amino gruplarının hepsi ile meydanagelebilir Bu nedenle de amino asitler peptidler ve proteinlerbu tepkimeye olumlu yanıt verirler

Ninhidrin+ Amino asit CO2 Reduumlkte ninhidrin+aldehit+amonyak

Ninhidrin+amonyak+reduumlkte ninhidrin Mavi menekşeRenkli kompleks

+ 3H2O

7 Nitrik asit reaksiyonu

Amino asitler nitrik asit ile reaksiyona girerlerse amino gruplarınınazotu nitrik asitin azotu gibi serbest element haline geccedilerDiğer taraftan amino grubunun yerine OH grubu girer

R-CH-COOH + N-OH R-CH-COOH

NH2O OH+N2+H2O

Amino asit Nitrik asit

Oksi asit+azot+su

OumlNEMİ Her bir amino grubuna karşın 1 mol azot serbest kaldığından amino gruplarının miktarını saptamakta yararlanılır

8 Uumlramin asit reaksiyonu

Amino asitlerin amino gruplarına bir uumlre molekuumlluuml eklenirseuumlramin asitleri meydana gelir

R-CH-COOH + H2N-C-NH2 NH3+R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

NH2 OAmino asit uumlre amonyak

Uumlramin asidiUumlramin asidndeki amino grubu ile karboksil grubu arasındanBir molekuumll suyun ayrılması ile hidantoinler oluşur

R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

R-CH C=O

NH C=ONH

Uumlramin asiti hidantoin

OumlNEMİ Uumlramin asitleri suda guumlccedil ccediloumlzuumlnuumlrler ve iyi billurlaşırlarBu nedenle amino asitlerin tanısında kullanılır

9 Diketopiperazin oluşumu

Amino asitlerin etil esterleri iki amino asit grubunu taşıyananhidrid halka yapılarını oluşturmak uumlzere kondanse olurlarSonuccedilta diketopiperazin meydana gelir

R-CH-C-O-C2H5 + H2N-C-R 2C2H5OH+R-C-C-N-C-R

NH2

O H

C=OC2H5O- HN C=O

diketopiperazin

10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

Amino asitlerin amino grupları karboksil grupları vevarsa ndashSH grupları Cu++ Co++ Mn++ Fe++ vs gibibir ccedilok ağır metal iyonları ile kompleks şelatlaroluştururlar

Bu oumlzellikten dolayı metal zehirlenmeleri durumunda antidotolarak proteinler kullanılır Bu amaccedilla yumurta akı ve suumltgibi protein ccediloumlzeltileri iccedilirilir Zehirlenmeyi yaratan metal buproteinle birleşerek etkisiz hale getirilir

Amino asitlerin karboksil gruplarının reaksiyonları

1 Tuz Oluşumu2 Esterleşme3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 12: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Amino asitlerin isimlendirilmesi ve kimyasal yapıları

D veya L tanımı amino asit lsquoin R grubuna

en uzakta bulunan asimetrik karbonrsquoun

Heteroatomunun (NH2) sağda veya solda

olmasına goumlre tanımlanır

L-Amino asit

NH2

D-Amino asit

Amino Asitlerin dipol yapıları

Amino asitler amfoter elektrolitlerdir ccediloumlzeltinin Hiyonu konsantrasyonuna goumlre asit ya da baz olarakfonksiyon goumlruumlrler Bu nitelikleri karbonil gruplarınınproton verebilmebuna karşın amino gruplarınınproton alabilme yeteneğinden kazanılır

Her amino asit kendilerine oumlzguuml bir pH noktasında eşit sayıdapozitif ve negatif yuumlke sahiptir Amino asitlerin yuumlksuumlz formdabulundukları bu pH değerlerine izoelektrik nokta adı verilir

Amino asitlerin izoelektrik noktaları aşağıdaki formuumllle hesaplanır

İzoelektrik nokta (ıp)=pKa+pKb

2

pKa= Asit grubunun pK değeri Ccediloumlzeltiye asit ilavesindeamino asit bir baz gibi hareket ederpK değeri karboksilgrubunun negatif logaritmasıdır ve karboksil grubunun50rsquosinin dissosiye olduğu pH değerine eşittir

pKb= Baz grubunun pK değeriCcediloumlzeltiye baz ilavesindeamino asit bir asit gibi hareket ederpK değeri aminogrubunun dissasiasyon sabitesinin negatif logaritmasıdırve NH3 grubunun 50rsquosinin dissosiye olduğu pHdeğerine eşittir

Amino asitlerin fiziksel oumlzellikleri

1 Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Amino asitler suda asitlerde alkalilerde kolayetanolde az ccediloumlzuumlnuumlrler

2 Ccediloumlzuumlnme noktaları

Amino asitlerin ccediloumlzuumlnme noktaları genelde yuumlksektir 200 Crsquonin uumlstuumlndedir

3 Tadları

Bazı amino asitler oumlrn Loumlysin tatsızdır İzoloumlysin arjiningibi bazı amino asitler de acıdır Amino asitlerin gerikalan ccediloğunluğu ise tatlıdır

4 Amfolit yapıları

Amino asitler amin grubu ile birlikte karboksil grubu dataşıdıkları iccedilin aynı zamanda hem asit hem de bazdırlarCOOH grupları alkali ortamlarda H iyonları vererek COO-

(karboksilat anyonu) ve H+ iyonlarına dissosiye olur NH2

grupları ise asit ortamda H iyonlarını alır ve pozitif yuumlkluumlNH3 gruplarına değişir

İzoelektik noktalarında ise H iyonları COOHgrubundan NH2 grubuna geccedilerler Yani bir aminoasit molekuumlluumlnde COOH grubu H iyonunu verdiğiiccedilin negatif yuumlk taşıyan bir COO- grubu bu Hrsquoi aldığıiccedilin yuumlkuuml pozitif olan NH3 grubu ile yan yana bulunur

Hem pozitif hem de negatif yuumlk taşıyan iyonlara zwitterion denirZwitterion oluşturabilen maddelere de amfolit adı verilir

Glisin haricinde tuumlm amino asitler alfa-karbon atomlarına 4 farklı grup bağlandığı iccedilin optik aktiftirler

5Optik Aktiviteleri

En basit amino asit glisin olarak bilinir Yan zinciri yoktur Bu nedenle asimetrik karbon atomu iccedilermez

ALLOFORM

Bir amino asit ikinci bir asimetrik karbona sahipse

(Treonin ve Izoloysin) D ve L formunun tekrar iki ayrı

izomeri ortaya ccedilıkar bunlara da ALLOFORM denir

CH3

CHO H

C

COOH

NH2H

D-Treonin

CH3

C

C

COOH

OHH

H NH2

D-Allotreonin

Amino Asitlerin Kimyasal Oumlzellikleri

A) Amino gruplarının reaksiyonları

1 Alkol ile inaktivasyonu2 Soumlrensen titrasyonu3 Aromatik asitlere bağlanması4 Betain reaksiyonu5 Karbamino asit reaksiyonu6 Ninhidrin reaksiyonu7 Nitrik asit reaksiyonu8 Uumlramin asit reaksiyonu9 Diketopiperazin oluşumu10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

1 Amino grubunun alkol ile inaktivasyonuSulu ortamlarda amino grubu H iyonu bağlayarak pozitif yuumlkluumlNH3+ grubuna değişebilir Alkolluuml ortamlarda ise amino

grupları NH3+ gruplarına değişemez İşte bu olaya amino

gruplarının Alkol ile inaktivasyonu denirAmino asitler alkolluuml ortamlarda amfoter elektrolitler olmayıpasittirler

R-NH2 + H++OH- R-NH3+ +OH-

Amino asitler noumltral veya hafif alkalik ccediloumlzeltilerde form aldehitile reaksiyona girerek 1 veya 2 molekuumll form aldehit elektrikselyuumlk taşımayan amino grubu ile birleşir ve bu şekilde mono- veyadimetilol tuumlrevleri meydana getirirlerBundan sonra karboksil grubu standart alkali ile titre edilebilirkullanılan alkali miktarı mevcut karboksil grubu miktarınıgoumlsterir Bir amino asit ccediloumlzeltisinde bulunan karboksil grubununbu şekilde tayin edilmesi youmlntemine soumlrensen titrasyonu denirsoumlrensen bu tepkimeyi bir ccediloumlzeltide bulunan amino asitmiktarının saptanmasında kullanmıştır

R-CH-COO- + CH2OR-CH-COO- + CH2O R-CH-COO-

NH2Amino asit formaldehit H-N-CH2OH

HOH2C-N-CH2OHMonometilol aa

Dimetilol aa

2 Soumlrensen titrasyonu

3-Amino grubunun aromatik asitlerle bağlanması

C-Cl+H2N-CH2-COOH C-NH-CH2-COOH+HCl

OO

Benzoil kloruumlrglisin

Benzoilglisin(Hippurik asit)

OumlnemibullAmino asitlerin aromatik asitlerle birleşmesi sonundaccediloumlzuumlnmeyen maddeler oluşurbullBoumlylece zararlı maddelerin organizmadan atılması sağlanırbullBoumlyle bir reaksiyon uumlruumlnuuml olan hippurik asit ot yiyenhayvanlarda uumlreden sonra idrarla atılan en oumlnemli azotlumaddedir

4- Betain Reaksiyonu

Amino asitler zwitter iyon durumunda iken NH3+ grubundaki

3 Hrsquonin yerine 3 CH3 grubu geccedilmekle betainler oluşur

H3N+ - CH2- COO- (H3C)3N

+ - CH2- COO-

GlikokolGlikokol betain

OumlNEMİ Betainler bir zwitterionrsquodur

5 Karbamino asit reaksiyonu

Bu reaksiyonda amino asitlerin amino gruplarına CO2 bağlanarakkarbamino asitlerrsquoi meydana getirir

R- CH-COOH + CO2 R-CH-COOH

NH2 HN - COOH

Amino asit Karbamino asit

OumlNEMİ Hemoglobin CO2 ile karbamino asit oluşturur ve buşekilde CO2rsquoin dokulardan akciğerlere taşınmasını sağlar

6Ninhidrin reaksiyonu

Ninhidrin amino asit ile reaksiyona girerse NH3 ve CO2 serbesthale geccediler Bir aldehit oluşur ve ninhidrinin indirgenmiş biccedilimimeydana gelir

İndirgenmiş ninhidrin reaksiyonda serbest hale geccedilen NH3İle birlikte başka bir ninhidrin ile reaksiyona girer veReaksiyon sonunda mavi renkli bir madde oluşur

OumlNEMİ Amino asitler iccedilin oumlnemli bir nitel tayin youmlntemidirBu tepkime serbest amino gruplarının hepsi ile meydanagelebilir Bu nedenle de amino asitler peptidler ve proteinlerbu tepkimeye olumlu yanıt verirler

Ninhidrin+ Amino asit CO2 Reduumlkte ninhidrin+aldehit+amonyak

Ninhidrin+amonyak+reduumlkte ninhidrin Mavi menekşeRenkli kompleks

+ 3H2O

7 Nitrik asit reaksiyonu

Amino asitler nitrik asit ile reaksiyona girerlerse amino gruplarınınazotu nitrik asitin azotu gibi serbest element haline geccedilerDiğer taraftan amino grubunun yerine OH grubu girer

R-CH-COOH + N-OH R-CH-COOH

NH2O OH+N2+H2O

Amino asit Nitrik asit

Oksi asit+azot+su

OumlNEMİ Her bir amino grubuna karşın 1 mol azot serbest kaldığından amino gruplarının miktarını saptamakta yararlanılır

8 Uumlramin asit reaksiyonu

Amino asitlerin amino gruplarına bir uumlre molekuumlluuml eklenirseuumlramin asitleri meydana gelir

R-CH-COOH + H2N-C-NH2 NH3+R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

NH2 OAmino asit uumlre amonyak

Uumlramin asidiUumlramin asidndeki amino grubu ile karboksil grubu arasındanBir molekuumll suyun ayrılması ile hidantoinler oluşur

R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

R-CH C=O

NH C=ONH

Uumlramin asiti hidantoin

OumlNEMİ Uumlramin asitleri suda guumlccedil ccediloumlzuumlnuumlrler ve iyi billurlaşırlarBu nedenle amino asitlerin tanısında kullanılır

9 Diketopiperazin oluşumu

Amino asitlerin etil esterleri iki amino asit grubunu taşıyananhidrid halka yapılarını oluşturmak uumlzere kondanse olurlarSonuccedilta diketopiperazin meydana gelir

R-CH-C-O-C2H5 + H2N-C-R 2C2H5OH+R-C-C-N-C-R

NH2

O H

C=OC2H5O- HN C=O

diketopiperazin

10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

Amino asitlerin amino grupları karboksil grupları vevarsa ndashSH grupları Cu++ Co++ Mn++ Fe++ vs gibibir ccedilok ağır metal iyonları ile kompleks şelatlaroluştururlar

Bu oumlzellikten dolayı metal zehirlenmeleri durumunda antidotolarak proteinler kullanılır Bu amaccedilla yumurta akı ve suumltgibi protein ccediloumlzeltileri iccedilirilir Zehirlenmeyi yaratan metal buproteinle birleşerek etkisiz hale getirilir

Amino asitlerin karboksil gruplarının reaksiyonları

1 Tuz Oluşumu2 Esterleşme3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 13: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Amino Asitlerin dipol yapıları

Amino asitler amfoter elektrolitlerdir ccediloumlzeltinin Hiyonu konsantrasyonuna goumlre asit ya da baz olarakfonksiyon goumlruumlrler Bu nitelikleri karbonil gruplarınınproton verebilmebuna karşın amino gruplarınınproton alabilme yeteneğinden kazanılır

Her amino asit kendilerine oumlzguuml bir pH noktasında eşit sayıdapozitif ve negatif yuumlke sahiptir Amino asitlerin yuumlksuumlz formdabulundukları bu pH değerlerine izoelektrik nokta adı verilir

Amino asitlerin izoelektrik noktaları aşağıdaki formuumllle hesaplanır

İzoelektrik nokta (ıp)=pKa+pKb

2

pKa= Asit grubunun pK değeri Ccediloumlzeltiye asit ilavesindeamino asit bir baz gibi hareket ederpK değeri karboksilgrubunun negatif logaritmasıdır ve karboksil grubunun50rsquosinin dissosiye olduğu pH değerine eşittir

pKb= Baz grubunun pK değeriCcediloumlzeltiye baz ilavesindeamino asit bir asit gibi hareket ederpK değeri aminogrubunun dissasiasyon sabitesinin negatif logaritmasıdırve NH3 grubunun 50rsquosinin dissosiye olduğu pHdeğerine eşittir

Amino asitlerin fiziksel oumlzellikleri

1 Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Amino asitler suda asitlerde alkalilerde kolayetanolde az ccediloumlzuumlnuumlrler

2 Ccediloumlzuumlnme noktaları

Amino asitlerin ccediloumlzuumlnme noktaları genelde yuumlksektir 200 Crsquonin uumlstuumlndedir

3 Tadları

Bazı amino asitler oumlrn Loumlysin tatsızdır İzoloumlysin arjiningibi bazı amino asitler de acıdır Amino asitlerin gerikalan ccediloğunluğu ise tatlıdır

4 Amfolit yapıları

Amino asitler amin grubu ile birlikte karboksil grubu dataşıdıkları iccedilin aynı zamanda hem asit hem de bazdırlarCOOH grupları alkali ortamlarda H iyonları vererek COO-

(karboksilat anyonu) ve H+ iyonlarına dissosiye olur NH2

grupları ise asit ortamda H iyonlarını alır ve pozitif yuumlkluumlNH3 gruplarına değişir

İzoelektik noktalarında ise H iyonları COOHgrubundan NH2 grubuna geccedilerler Yani bir aminoasit molekuumlluumlnde COOH grubu H iyonunu verdiğiiccedilin negatif yuumlk taşıyan bir COO- grubu bu Hrsquoi aldığıiccedilin yuumlkuuml pozitif olan NH3 grubu ile yan yana bulunur

Hem pozitif hem de negatif yuumlk taşıyan iyonlara zwitterion denirZwitterion oluşturabilen maddelere de amfolit adı verilir

Glisin haricinde tuumlm amino asitler alfa-karbon atomlarına 4 farklı grup bağlandığı iccedilin optik aktiftirler

5Optik Aktiviteleri

En basit amino asit glisin olarak bilinir Yan zinciri yoktur Bu nedenle asimetrik karbon atomu iccedilermez

ALLOFORM

Bir amino asit ikinci bir asimetrik karbona sahipse

(Treonin ve Izoloysin) D ve L formunun tekrar iki ayrı

izomeri ortaya ccedilıkar bunlara da ALLOFORM denir

CH3

CHO H

C

COOH

NH2H

D-Treonin

CH3

C

C

COOH

OHH

H NH2

D-Allotreonin

Amino Asitlerin Kimyasal Oumlzellikleri

A) Amino gruplarının reaksiyonları

1 Alkol ile inaktivasyonu2 Soumlrensen titrasyonu3 Aromatik asitlere bağlanması4 Betain reaksiyonu5 Karbamino asit reaksiyonu6 Ninhidrin reaksiyonu7 Nitrik asit reaksiyonu8 Uumlramin asit reaksiyonu9 Diketopiperazin oluşumu10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

1 Amino grubunun alkol ile inaktivasyonuSulu ortamlarda amino grubu H iyonu bağlayarak pozitif yuumlkluumlNH3+ grubuna değişebilir Alkolluuml ortamlarda ise amino

grupları NH3+ gruplarına değişemez İşte bu olaya amino

gruplarının Alkol ile inaktivasyonu denirAmino asitler alkolluuml ortamlarda amfoter elektrolitler olmayıpasittirler

R-NH2 + H++OH- R-NH3+ +OH-

Amino asitler noumltral veya hafif alkalik ccediloumlzeltilerde form aldehitile reaksiyona girerek 1 veya 2 molekuumll form aldehit elektrikselyuumlk taşımayan amino grubu ile birleşir ve bu şekilde mono- veyadimetilol tuumlrevleri meydana getirirlerBundan sonra karboksil grubu standart alkali ile titre edilebilirkullanılan alkali miktarı mevcut karboksil grubu miktarınıgoumlsterir Bir amino asit ccediloumlzeltisinde bulunan karboksil grubununbu şekilde tayin edilmesi youmlntemine soumlrensen titrasyonu denirsoumlrensen bu tepkimeyi bir ccediloumlzeltide bulunan amino asitmiktarının saptanmasında kullanmıştır

R-CH-COO- + CH2OR-CH-COO- + CH2O R-CH-COO-

NH2Amino asit formaldehit H-N-CH2OH

HOH2C-N-CH2OHMonometilol aa

Dimetilol aa

2 Soumlrensen titrasyonu

3-Amino grubunun aromatik asitlerle bağlanması

C-Cl+H2N-CH2-COOH C-NH-CH2-COOH+HCl

OO

Benzoil kloruumlrglisin

Benzoilglisin(Hippurik asit)

OumlnemibullAmino asitlerin aromatik asitlerle birleşmesi sonundaccediloumlzuumlnmeyen maddeler oluşurbullBoumlylece zararlı maddelerin organizmadan atılması sağlanırbullBoumlyle bir reaksiyon uumlruumlnuuml olan hippurik asit ot yiyenhayvanlarda uumlreden sonra idrarla atılan en oumlnemli azotlumaddedir

4- Betain Reaksiyonu

Amino asitler zwitter iyon durumunda iken NH3+ grubundaki

3 Hrsquonin yerine 3 CH3 grubu geccedilmekle betainler oluşur

H3N+ - CH2- COO- (H3C)3N

+ - CH2- COO-

GlikokolGlikokol betain

OumlNEMİ Betainler bir zwitterionrsquodur

5 Karbamino asit reaksiyonu

Bu reaksiyonda amino asitlerin amino gruplarına CO2 bağlanarakkarbamino asitlerrsquoi meydana getirir

R- CH-COOH + CO2 R-CH-COOH

NH2 HN - COOH

Amino asit Karbamino asit

OumlNEMİ Hemoglobin CO2 ile karbamino asit oluşturur ve buşekilde CO2rsquoin dokulardan akciğerlere taşınmasını sağlar

6Ninhidrin reaksiyonu

Ninhidrin amino asit ile reaksiyona girerse NH3 ve CO2 serbesthale geccediler Bir aldehit oluşur ve ninhidrinin indirgenmiş biccedilimimeydana gelir

İndirgenmiş ninhidrin reaksiyonda serbest hale geccedilen NH3İle birlikte başka bir ninhidrin ile reaksiyona girer veReaksiyon sonunda mavi renkli bir madde oluşur

OumlNEMİ Amino asitler iccedilin oumlnemli bir nitel tayin youmlntemidirBu tepkime serbest amino gruplarının hepsi ile meydanagelebilir Bu nedenle de amino asitler peptidler ve proteinlerbu tepkimeye olumlu yanıt verirler

Ninhidrin+ Amino asit CO2 Reduumlkte ninhidrin+aldehit+amonyak

Ninhidrin+amonyak+reduumlkte ninhidrin Mavi menekşeRenkli kompleks

+ 3H2O

7 Nitrik asit reaksiyonu

Amino asitler nitrik asit ile reaksiyona girerlerse amino gruplarınınazotu nitrik asitin azotu gibi serbest element haline geccedilerDiğer taraftan amino grubunun yerine OH grubu girer

R-CH-COOH + N-OH R-CH-COOH

NH2O OH+N2+H2O

Amino asit Nitrik asit

Oksi asit+azot+su

OumlNEMİ Her bir amino grubuna karşın 1 mol azot serbest kaldığından amino gruplarının miktarını saptamakta yararlanılır

8 Uumlramin asit reaksiyonu

Amino asitlerin amino gruplarına bir uumlre molekuumlluuml eklenirseuumlramin asitleri meydana gelir

R-CH-COOH + H2N-C-NH2 NH3+R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

NH2 OAmino asit uumlre amonyak

Uumlramin asidiUumlramin asidndeki amino grubu ile karboksil grubu arasındanBir molekuumll suyun ayrılması ile hidantoinler oluşur

R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

R-CH C=O

NH C=ONH

Uumlramin asiti hidantoin

OumlNEMİ Uumlramin asitleri suda guumlccedil ccediloumlzuumlnuumlrler ve iyi billurlaşırlarBu nedenle amino asitlerin tanısında kullanılır

9 Diketopiperazin oluşumu

Amino asitlerin etil esterleri iki amino asit grubunu taşıyananhidrid halka yapılarını oluşturmak uumlzere kondanse olurlarSonuccedilta diketopiperazin meydana gelir

R-CH-C-O-C2H5 + H2N-C-R 2C2H5OH+R-C-C-N-C-R

NH2

O H

C=OC2H5O- HN C=O

diketopiperazin

10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

Amino asitlerin amino grupları karboksil grupları vevarsa ndashSH grupları Cu++ Co++ Mn++ Fe++ vs gibibir ccedilok ağır metal iyonları ile kompleks şelatlaroluştururlar

Bu oumlzellikten dolayı metal zehirlenmeleri durumunda antidotolarak proteinler kullanılır Bu amaccedilla yumurta akı ve suumltgibi protein ccediloumlzeltileri iccedilirilir Zehirlenmeyi yaratan metal buproteinle birleşerek etkisiz hale getirilir

Amino asitlerin karboksil gruplarının reaksiyonları

1 Tuz Oluşumu2 Esterleşme3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 14: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Her amino asit kendilerine oumlzguuml bir pH noktasında eşit sayıdapozitif ve negatif yuumlke sahiptir Amino asitlerin yuumlksuumlz formdabulundukları bu pH değerlerine izoelektrik nokta adı verilir

Amino asitlerin izoelektrik noktaları aşağıdaki formuumllle hesaplanır

İzoelektrik nokta (ıp)=pKa+pKb

2

pKa= Asit grubunun pK değeri Ccediloumlzeltiye asit ilavesindeamino asit bir baz gibi hareket ederpK değeri karboksilgrubunun negatif logaritmasıdır ve karboksil grubunun50rsquosinin dissosiye olduğu pH değerine eşittir

pKb= Baz grubunun pK değeriCcediloumlzeltiye baz ilavesindeamino asit bir asit gibi hareket ederpK değeri aminogrubunun dissasiasyon sabitesinin negatif logaritmasıdırve NH3 grubunun 50rsquosinin dissosiye olduğu pHdeğerine eşittir

Amino asitlerin fiziksel oumlzellikleri

1 Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Amino asitler suda asitlerde alkalilerde kolayetanolde az ccediloumlzuumlnuumlrler

2 Ccediloumlzuumlnme noktaları

Amino asitlerin ccediloumlzuumlnme noktaları genelde yuumlksektir 200 Crsquonin uumlstuumlndedir

3 Tadları

Bazı amino asitler oumlrn Loumlysin tatsızdır İzoloumlysin arjiningibi bazı amino asitler de acıdır Amino asitlerin gerikalan ccediloğunluğu ise tatlıdır

4 Amfolit yapıları

Amino asitler amin grubu ile birlikte karboksil grubu dataşıdıkları iccedilin aynı zamanda hem asit hem de bazdırlarCOOH grupları alkali ortamlarda H iyonları vererek COO-

(karboksilat anyonu) ve H+ iyonlarına dissosiye olur NH2

grupları ise asit ortamda H iyonlarını alır ve pozitif yuumlkluumlNH3 gruplarına değişir

İzoelektik noktalarında ise H iyonları COOHgrubundan NH2 grubuna geccedilerler Yani bir aminoasit molekuumlluumlnde COOH grubu H iyonunu verdiğiiccedilin negatif yuumlk taşıyan bir COO- grubu bu Hrsquoi aldığıiccedilin yuumlkuuml pozitif olan NH3 grubu ile yan yana bulunur

Hem pozitif hem de negatif yuumlk taşıyan iyonlara zwitterion denirZwitterion oluşturabilen maddelere de amfolit adı verilir

Glisin haricinde tuumlm amino asitler alfa-karbon atomlarına 4 farklı grup bağlandığı iccedilin optik aktiftirler

5Optik Aktiviteleri

En basit amino asit glisin olarak bilinir Yan zinciri yoktur Bu nedenle asimetrik karbon atomu iccedilermez

ALLOFORM

Bir amino asit ikinci bir asimetrik karbona sahipse

(Treonin ve Izoloysin) D ve L formunun tekrar iki ayrı

izomeri ortaya ccedilıkar bunlara da ALLOFORM denir

CH3

CHO H

C

COOH

NH2H

D-Treonin

CH3

C

C

COOH

OHH

H NH2

D-Allotreonin

Amino Asitlerin Kimyasal Oumlzellikleri

A) Amino gruplarının reaksiyonları

1 Alkol ile inaktivasyonu2 Soumlrensen titrasyonu3 Aromatik asitlere bağlanması4 Betain reaksiyonu5 Karbamino asit reaksiyonu6 Ninhidrin reaksiyonu7 Nitrik asit reaksiyonu8 Uumlramin asit reaksiyonu9 Diketopiperazin oluşumu10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

1 Amino grubunun alkol ile inaktivasyonuSulu ortamlarda amino grubu H iyonu bağlayarak pozitif yuumlkluumlNH3+ grubuna değişebilir Alkolluuml ortamlarda ise amino

grupları NH3+ gruplarına değişemez İşte bu olaya amino

gruplarının Alkol ile inaktivasyonu denirAmino asitler alkolluuml ortamlarda amfoter elektrolitler olmayıpasittirler

R-NH2 + H++OH- R-NH3+ +OH-

Amino asitler noumltral veya hafif alkalik ccediloumlzeltilerde form aldehitile reaksiyona girerek 1 veya 2 molekuumll form aldehit elektrikselyuumlk taşımayan amino grubu ile birleşir ve bu şekilde mono- veyadimetilol tuumlrevleri meydana getirirlerBundan sonra karboksil grubu standart alkali ile titre edilebilirkullanılan alkali miktarı mevcut karboksil grubu miktarınıgoumlsterir Bir amino asit ccediloumlzeltisinde bulunan karboksil grubununbu şekilde tayin edilmesi youmlntemine soumlrensen titrasyonu denirsoumlrensen bu tepkimeyi bir ccediloumlzeltide bulunan amino asitmiktarının saptanmasında kullanmıştır

R-CH-COO- + CH2OR-CH-COO- + CH2O R-CH-COO-

NH2Amino asit formaldehit H-N-CH2OH

HOH2C-N-CH2OHMonometilol aa

Dimetilol aa

2 Soumlrensen titrasyonu

3-Amino grubunun aromatik asitlerle bağlanması

C-Cl+H2N-CH2-COOH C-NH-CH2-COOH+HCl

OO

Benzoil kloruumlrglisin

Benzoilglisin(Hippurik asit)

OumlnemibullAmino asitlerin aromatik asitlerle birleşmesi sonundaccediloumlzuumlnmeyen maddeler oluşurbullBoumlylece zararlı maddelerin organizmadan atılması sağlanırbullBoumlyle bir reaksiyon uumlruumlnuuml olan hippurik asit ot yiyenhayvanlarda uumlreden sonra idrarla atılan en oumlnemli azotlumaddedir

4- Betain Reaksiyonu

Amino asitler zwitter iyon durumunda iken NH3+ grubundaki

3 Hrsquonin yerine 3 CH3 grubu geccedilmekle betainler oluşur

H3N+ - CH2- COO- (H3C)3N

+ - CH2- COO-

GlikokolGlikokol betain

OumlNEMİ Betainler bir zwitterionrsquodur

5 Karbamino asit reaksiyonu

Bu reaksiyonda amino asitlerin amino gruplarına CO2 bağlanarakkarbamino asitlerrsquoi meydana getirir

R- CH-COOH + CO2 R-CH-COOH

NH2 HN - COOH

Amino asit Karbamino asit

OumlNEMİ Hemoglobin CO2 ile karbamino asit oluşturur ve buşekilde CO2rsquoin dokulardan akciğerlere taşınmasını sağlar

6Ninhidrin reaksiyonu

Ninhidrin amino asit ile reaksiyona girerse NH3 ve CO2 serbesthale geccediler Bir aldehit oluşur ve ninhidrinin indirgenmiş biccedilimimeydana gelir

İndirgenmiş ninhidrin reaksiyonda serbest hale geccedilen NH3İle birlikte başka bir ninhidrin ile reaksiyona girer veReaksiyon sonunda mavi renkli bir madde oluşur

OumlNEMİ Amino asitler iccedilin oumlnemli bir nitel tayin youmlntemidirBu tepkime serbest amino gruplarının hepsi ile meydanagelebilir Bu nedenle de amino asitler peptidler ve proteinlerbu tepkimeye olumlu yanıt verirler

Ninhidrin+ Amino asit CO2 Reduumlkte ninhidrin+aldehit+amonyak

Ninhidrin+amonyak+reduumlkte ninhidrin Mavi menekşeRenkli kompleks

+ 3H2O

7 Nitrik asit reaksiyonu

Amino asitler nitrik asit ile reaksiyona girerlerse amino gruplarınınazotu nitrik asitin azotu gibi serbest element haline geccedilerDiğer taraftan amino grubunun yerine OH grubu girer

R-CH-COOH + N-OH R-CH-COOH

NH2O OH+N2+H2O

Amino asit Nitrik asit

Oksi asit+azot+su

OumlNEMİ Her bir amino grubuna karşın 1 mol azot serbest kaldığından amino gruplarının miktarını saptamakta yararlanılır

8 Uumlramin asit reaksiyonu

Amino asitlerin amino gruplarına bir uumlre molekuumlluuml eklenirseuumlramin asitleri meydana gelir

R-CH-COOH + H2N-C-NH2 NH3+R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

NH2 OAmino asit uumlre amonyak

Uumlramin asidiUumlramin asidndeki amino grubu ile karboksil grubu arasındanBir molekuumll suyun ayrılması ile hidantoinler oluşur

R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

R-CH C=O

NH C=ONH

Uumlramin asiti hidantoin

OumlNEMİ Uumlramin asitleri suda guumlccedil ccediloumlzuumlnuumlrler ve iyi billurlaşırlarBu nedenle amino asitlerin tanısında kullanılır

9 Diketopiperazin oluşumu

Amino asitlerin etil esterleri iki amino asit grubunu taşıyananhidrid halka yapılarını oluşturmak uumlzere kondanse olurlarSonuccedilta diketopiperazin meydana gelir

R-CH-C-O-C2H5 + H2N-C-R 2C2H5OH+R-C-C-N-C-R

NH2

O H

C=OC2H5O- HN C=O

diketopiperazin

10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

Amino asitlerin amino grupları karboksil grupları vevarsa ndashSH grupları Cu++ Co++ Mn++ Fe++ vs gibibir ccedilok ağır metal iyonları ile kompleks şelatlaroluştururlar

Bu oumlzellikten dolayı metal zehirlenmeleri durumunda antidotolarak proteinler kullanılır Bu amaccedilla yumurta akı ve suumltgibi protein ccediloumlzeltileri iccedilirilir Zehirlenmeyi yaratan metal buproteinle birleşerek etkisiz hale getirilir

Amino asitlerin karboksil gruplarının reaksiyonları

1 Tuz Oluşumu2 Esterleşme3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 15: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Amino asitlerin izoelektrik noktaları aşağıdaki formuumllle hesaplanır

İzoelektrik nokta (ıp)=pKa+pKb

2

pKa= Asit grubunun pK değeri Ccediloumlzeltiye asit ilavesindeamino asit bir baz gibi hareket ederpK değeri karboksilgrubunun negatif logaritmasıdır ve karboksil grubunun50rsquosinin dissosiye olduğu pH değerine eşittir

pKb= Baz grubunun pK değeriCcediloumlzeltiye baz ilavesindeamino asit bir asit gibi hareket ederpK değeri aminogrubunun dissasiasyon sabitesinin negatif logaritmasıdırve NH3 grubunun 50rsquosinin dissosiye olduğu pHdeğerine eşittir

Amino asitlerin fiziksel oumlzellikleri

1 Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Amino asitler suda asitlerde alkalilerde kolayetanolde az ccediloumlzuumlnuumlrler

2 Ccediloumlzuumlnme noktaları

Amino asitlerin ccediloumlzuumlnme noktaları genelde yuumlksektir 200 Crsquonin uumlstuumlndedir

3 Tadları

Bazı amino asitler oumlrn Loumlysin tatsızdır İzoloumlysin arjiningibi bazı amino asitler de acıdır Amino asitlerin gerikalan ccediloğunluğu ise tatlıdır

4 Amfolit yapıları

Amino asitler amin grubu ile birlikte karboksil grubu dataşıdıkları iccedilin aynı zamanda hem asit hem de bazdırlarCOOH grupları alkali ortamlarda H iyonları vererek COO-

(karboksilat anyonu) ve H+ iyonlarına dissosiye olur NH2

grupları ise asit ortamda H iyonlarını alır ve pozitif yuumlkluumlNH3 gruplarına değişir

İzoelektik noktalarında ise H iyonları COOHgrubundan NH2 grubuna geccedilerler Yani bir aminoasit molekuumlluumlnde COOH grubu H iyonunu verdiğiiccedilin negatif yuumlk taşıyan bir COO- grubu bu Hrsquoi aldığıiccedilin yuumlkuuml pozitif olan NH3 grubu ile yan yana bulunur

Hem pozitif hem de negatif yuumlk taşıyan iyonlara zwitterion denirZwitterion oluşturabilen maddelere de amfolit adı verilir

Glisin haricinde tuumlm amino asitler alfa-karbon atomlarına 4 farklı grup bağlandığı iccedilin optik aktiftirler

5Optik Aktiviteleri

En basit amino asit glisin olarak bilinir Yan zinciri yoktur Bu nedenle asimetrik karbon atomu iccedilermez

ALLOFORM

Bir amino asit ikinci bir asimetrik karbona sahipse

(Treonin ve Izoloysin) D ve L formunun tekrar iki ayrı

izomeri ortaya ccedilıkar bunlara da ALLOFORM denir

CH3

CHO H

C

COOH

NH2H

D-Treonin

CH3

C

C

COOH

OHH

H NH2

D-Allotreonin

Amino Asitlerin Kimyasal Oumlzellikleri

A) Amino gruplarının reaksiyonları

1 Alkol ile inaktivasyonu2 Soumlrensen titrasyonu3 Aromatik asitlere bağlanması4 Betain reaksiyonu5 Karbamino asit reaksiyonu6 Ninhidrin reaksiyonu7 Nitrik asit reaksiyonu8 Uumlramin asit reaksiyonu9 Diketopiperazin oluşumu10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

1 Amino grubunun alkol ile inaktivasyonuSulu ortamlarda amino grubu H iyonu bağlayarak pozitif yuumlkluumlNH3+ grubuna değişebilir Alkolluuml ortamlarda ise amino

grupları NH3+ gruplarına değişemez İşte bu olaya amino

gruplarının Alkol ile inaktivasyonu denirAmino asitler alkolluuml ortamlarda amfoter elektrolitler olmayıpasittirler

R-NH2 + H++OH- R-NH3+ +OH-

Amino asitler noumltral veya hafif alkalik ccediloumlzeltilerde form aldehitile reaksiyona girerek 1 veya 2 molekuumll form aldehit elektrikselyuumlk taşımayan amino grubu ile birleşir ve bu şekilde mono- veyadimetilol tuumlrevleri meydana getirirlerBundan sonra karboksil grubu standart alkali ile titre edilebilirkullanılan alkali miktarı mevcut karboksil grubu miktarınıgoumlsterir Bir amino asit ccediloumlzeltisinde bulunan karboksil grubununbu şekilde tayin edilmesi youmlntemine soumlrensen titrasyonu denirsoumlrensen bu tepkimeyi bir ccediloumlzeltide bulunan amino asitmiktarının saptanmasında kullanmıştır

R-CH-COO- + CH2OR-CH-COO- + CH2O R-CH-COO-

NH2Amino asit formaldehit H-N-CH2OH

HOH2C-N-CH2OHMonometilol aa

Dimetilol aa

2 Soumlrensen titrasyonu

3-Amino grubunun aromatik asitlerle bağlanması

C-Cl+H2N-CH2-COOH C-NH-CH2-COOH+HCl

OO

Benzoil kloruumlrglisin

Benzoilglisin(Hippurik asit)

OumlnemibullAmino asitlerin aromatik asitlerle birleşmesi sonundaccediloumlzuumlnmeyen maddeler oluşurbullBoumlylece zararlı maddelerin organizmadan atılması sağlanırbullBoumlyle bir reaksiyon uumlruumlnuuml olan hippurik asit ot yiyenhayvanlarda uumlreden sonra idrarla atılan en oumlnemli azotlumaddedir

4- Betain Reaksiyonu

Amino asitler zwitter iyon durumunda iken NH3+ grubundaki

3 Hrsquonin yerine 3 CH3 grubu geccedilmekle betainler oluşur

H3N+ - CH2- COO- (H3C)3N

+ - CH2- COO-

GlikokolGlikokol betain

OumlNEMİ Betainler bir zwitterionrsquodur

5 Karbamino asit reaksiyonu

Bu reaksiyonda amino asitlerin amino gruplarına CO2 bağlanarakkarbamino asitlerrsquoi meydana getirir

R- CH-COOH + CO2 R-CH-COOH

NH2 HN - COOH

Amino asit Karbamino asit

OumlNEMİ Hemoglobin CO2 ile karbamino asit oluşturur ve buşekilde CO2rsquoin dokulardan akciğerlere taşınmasını sağlar

6Ninhidrin reaksiyonu

Ninhidrin amino asit ile reaksiyona girerse NH3 ve CO2 serbesthale geccediler Bir aldehit oluşur ve ninhidrinin indirgenmiş biccedilimimeydana gelir

İndirgenmiş ninhidrin reaksiyonda serbest hale geccedilen NH3İle birlikte başka bir ninhidrin ile reaksiyona girer veReaksiyon sonunda mavi renkli bir madde oluşur

OumlNEMİ Amino asitler iccedilin oumlnemli bir nitel tayin youmlntemidirBu tepkime serbest amino gruplarının hepsi ile meydanagelebilir Bu nedenle de amino asitler peptidler ve proteinlerbu tepkimeye olumlu yanıt verirler

Ninhidrin+ Amino asit CO2 Reduumlkte ninhidrin+aldehit+amonyak

Ninhidrin+amonyak+reduumlkte ninhidrin Mavi menekşeRenkli kompleks

+ 3H2O

7 Nitrik asit reaksiyonu

Amino asitler nitrik asit ile reaksiyona girerlerse amino gruplarınınazotu nitrik asitin azotu gibi serbest element haline geccedilerDiğer taraftan amino grubunun yerine OH grubu girer

R-CH-COOH + N-OH R-CH-COOH

NH2O OH+N2+H2O

Amino asit Nitrik asit

Oksi asit+azot+su

OumlNEMİ Her bir amino grubuna karşın 1 mol azot serbest kaldığından amino gruplarının miktarını saptamakta yararlanılır

8 Uumlramin asit reaksiyonu

Amino asitlerin amino gruplarına bir uumlre molekuumlluuml eklenirseuumlramin asitleri meydana gelir

R-CH-COOH + H2N-C-NH2 NH3+R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

NH2 OAmino asit uumlre amonyak

Uumlramin asidiUumlramin asidndeki amino grubu ile karboksil grubu arasındanBir molekuumll suyun ayrılması ile hidantoinler oluşur

R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

R-CH C=O

NH C=ONH

Uumlramin asiti hidantoin

OumlNEMİ Uumlramin asitleri suda guumlccedil ccediloumlzuumlnuumlrler ve iyi billurlaşırlarBu nedenle amino asitlerin tanısında kullanılır

9 Diketopiperazin oluşumu

Amino asitlerin etil esterleri iki amino asit grubunu taşıyananhidrid halka yapılarını oluşturmak uumlzere kondanse olurlarSonuccedilta diketopiperazin meydana gelir

R-CH-C-O-C2H5 + H2N-C-R 2C2H5OH+R-C-C-N-C-R

NH2

O H

C=OC2H5O- HN C=O

diketopiperazin

10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

Amino asitlerin amino grupları karboksil grupları vevarsa ndashSH grupları Cu++ Co++ Mn++ Fe++ vs gibibir ccedilok ağır metal iyonları ile kompleks şelatlaroluştururlar

Bu oumlzellikten dolayı metal zehirlenmeleri durumunda antidotolarak proteinler kullanılır Bu amaccedilla yumurta akı ve suumltgibi protein ccediloumlzeltileri iccedilirilir Zehirlenmeyi yaratan metal buproteinle birleşerek etkisiz hale getirilir

Amino asitlerin karboksil gruplarının reaksiyonları

1 Tuz Oluşumu2 Esterleşme3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 16: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Amino asitlerin fiziksel oumlzellikleri

1 Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Amino asitler suda asitlerde alkalilerde kolayetanolde az ccediloumlzuumlnuumlrler

2 Ccediloumlzuumlnme noktaları

Amino asitlerin ccediloumlzuumlnme noktaları genelde yuumlksektir 200 Crsquonin uumlstuumlndedir

3 Tadları

Bazı amino asitler oumlrn Loumlysin tatsızdır İzoloumlysin arjiningibi bazı amino asitler de acıdır Amino asitlerin gerikalan ccediloğunluğu ise tatlıdır

4 Amfolit yapıları

Amino asitler amin grubu ile birlikte karboksil grubu dataşıdıkları iccedilin aynı zamanda hem asit hem de bazdırlarCOOH grupları alkali ortamlarda H iyonları vererek COO-

(karboksilat anyonu) ve H+ iyonlarına dissosiye olur NH2

grupları ise asit ortamda H iyonlarını alır ve pozitif yuumlkluumlNH3 gruplarına değişir

İzoelektik noktalarında ise H iyonları COOHgrubundan NH2 grubuna geccedilerler Yani bir aminoasit molekuumlluumlnde COOH grubu H iyonunu verdiğiiccedilin negatif yuumlk taşıyan bir COO- grubu bu Hrsquoi aldığıiccedilin yuumlkuuml pozitif olan NH3 grubu ile yan yana bulunur

Hem pozitif hem de negatif yuumlk taşıyan iyonlara zwitterion denirZwitterion oluşturabilen maddelere de amfolit adı verilir

Glisin haricinde tuumlm amino asitler alfa-karbon atomlarına 4 farklı grup bağlandığı iccedilin optik aktiftirler

5Optik Aktiviteleri

En basit amino asit glisin olarak bilinir Yan zinciri yoktur Bu nedenle asimetrik karbon atomu iccedilermez

ALLOFORM

Bir amino asit ikinci bir asimetrik karbona sahipse

(Treonin ve Izoloysin) D ve L formunun tekrar iki ayrı

izomeri ortaya ccedilıkar bunlara da ALLOFORM denir

CH3

CHO H

C

COOH

NH2H

D-Treonin

CH3

C

C

COOH

OHH

H NH2

D-Allotreonin

Amino Asitlerin Kimyasal Oumlzellikleri

A) Amino gruplarının reaksiyonları

1 Alkol ile inaktivasyonu2 Soumlrensen titrasyonu3 Aromatik asitlere bağlanması4 Betain reaksiyonu5 Karbamino asit reaksiyonu6 Ninhidrin reaksiyonu7 Nitrik asit reaksiyonu8 Uumlramin asit reaksiyonu9 Diketopiperazin oluşumu10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

1 Amino grubunun alkol ile inaktivasyonuSulu ortamlarda amino grubu H iyonu bağlayarak pozitif yuumlkluumlNH3+ grubuna değişebilir Alkolluuml ortamlarda ise amino

grupları NH3+ gruplarına değişemez İşte bu olaya amino

gruplarının Alkol ile inaktivasyonu denirAmino asitler alkolluuml ortamlarda amfoter elektrolitler olmayıpasittirler

R-NH2 + H++OH- R-NH3+ +OH-

Amino asitler noumltral veya hafif alkalik ccediloumlzeltilerde form aldehitile reaksiyona girerek 1 veya 2 molekuumll form aldehit elektrikselyuumlk taşımayan amino grubu ile birleşir ve bu şekilde mono- veyadimetilol tuumlrevleri meydana getirirlerBundan sonra karboksil grubu standart alkali ile titre edilebilirkullanılan alkali miktarı mevcut karboksil grubu miktarınıgoumlsterir Bir amino asit ccediloumlzeltisinde bulunan karboksil grubununbu şekilde tayin edilmesi youmlntemine soumlrensen titrasyonu denirsoumlrensen bu tepkimeyi bir ccediloumlzeltide bulunan amino asitmiktarının saptanmasında kullanmıştır

R-CH-COO- + CH2OR-CH-COO- + CH2O R-CH-COO-

NH2Amino asit formaldehit H-N-CH2OH

HOH2C-N-CH2OHMonometilol aa

Dimetilol aa

2 Soumlrensen titrasyonu

3-Amino grubunun aromatik asitlerle bağlanması

C-Cl+H2N-CH2-COOH C-NH-CH2-COOH+HCl

OO

Benzoil kloruumlrglisin

Benzoilglisin(Hippurik asit)

OumlnemibullAmino asitlerin aromatik asitlerle birleşmesi sonundaccediloumlzuumlnmeyen maddeler oluşurbullBoumlylece zararlı maddelerin organizmadan atılması sağlanırbullBoumlyle bir reaksiyon uumlruumlnuuml olan hippurik asit ot yiyenhayvanlarda uumlreden sonra idrarla atılan en oumlnemli azotlumaddedir

4- Betain Reaksiyonu

Amino asitler zwitter iyon durumunda iken NH3+ grubundaki

3 Hrsquonin yerine 3 CH3 grubu geccedilmekle betainler oluşur

H3N+ - CH2- COO- (H3C)3N

+ - CH2- COO-

GlikokolGlikokol betain

OumlNEMİ Betainler bir zwitterionrsquodur

5 Karbamino asit reaksiyonu

Bu reaksiyonda amino asitlerin amino gruplarına CO2 bağlanarakkarbamino asitlerrsquoi meydana getirir

R- CH-COOH + CO2 R-CH-COOH

NH2 HN - COOH

Amino asit Karbamino asit

OumlNEMİ Hemoglobin CO2 ile karbamino asit oluşturur ve buşekilde CO2rsquoin dokulardan akciğerlere taşınmasını sağlar

6Ninhidrin reaksiyonu

Ninhidrin amino asit ile reaksiyona girerse NH3 ve CO2 serbesthale geccediler Bir aldehit oluşur ve ninhidrinin indirgenmiş biccedilimimeydana gelir

İndirgenmiş ninhidrin reaksiyonda serbest hale geccedilen NH3İle birlikte başka bir ninhidrin ile reaksiyona girer veReaksiyon sonunda mavi renkli bir madde oluşur

OumlNEMİ Amino asitler iccedilin oumlnemli bir nitel tayin youmlntemidirBu tepkime serbest amino gruplarının hepsi ile meydanagelebilir Bu nedenle de amino asitler peptidler ve proteinlerbu tepkimeye olumlu yanıt verirler

Ninhidrin+ Amino asit CO2 Reduumlkte ninhidrin+aldehit+amonyak

Ninhidrin+amonyak+reduumlkte ninhidrin Mavi menekşeRenkli kompleks

+ 3H2O

7 Nitrik asit reaksiyonu

Amino asitler nitrik asit ile reaksiyona girerlerse amino gruplarınınazotu nitrik asitin azotu gibi serbest element haline geccedilerDiğer taraftan amino grubunun yerine OH grubu girer

R-CH-COOH + N-OH R-CH-COOH

NH2O OH+N2+H2O

Amino asit Nitrik asit

Oksi asit+azot+su

OumlNEMİ Her bir amino grubuna karşın 1 mol azot serbest kaldığından amino gruplarının miktarını saptamakta yararlanılır

8 Uumlramin asit reaksiyonu

Amino asitlerin amino gruplarına bir uumlre molekuumlluuml eklenirseuumlramin asitleri meydana gelir

R-CH-COOH + H2N-C-NH2 NH3+R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

NH2 OAmino asit uumlre amonyak

Uumlramin asidiUumlramin asidndeki amino grubu ile karboksil grubu arasındanBir molekuumll suyun ayrılması ile hidantoinler oluşur

R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

R-CH C=O

NH C=ONH

Uumlramin asiti hidantoin

OumlNEMİ Uumlramin asitleri suda guumlccedil ccediloumlzuumlnuumlrler ve iyi billurlaşırlarBu nedenle amino asitlerin tanısında kullanılır

9 Diketopiperazin oluşumu

Amino asitlerin etil esterleri iki amino asit grubunu taşıyananhidrid halka yapılarını oluşturmak uumlzere kondanse olurlarSonuccedilta diketopiperazin meydana gelir

R-CH-C-O-C2H5 + H2N-C-R 2C2H5OH+R-C-C-N-C-R

NH2

O H

C=OC2H5O- HN C=O

diketopiperazin

10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

Amino asitlerin amino grupları karboksil grupları vevarsa ndashSH grupları Cu++ Co++ Mn++ Fe++ vs gibibir ccedilok ağır metal iyonları ile kompleks şelatlaroluştururlar

Bu oumlzellikten dolayı metal zehirlenmeleri durumunda antidotolarak proteinler kullanılır Bu amaccedilla yumurta akı ve suumltgibi protein ccediloumlzeltileri iccedilirilir Zehirlenmeyi yaratan metal buproteinle birleşerek etkisiz hale getirilir

Amino asitlerin karboksil gruplarının reaksiyonları

1 Tuz Oluşumu2 Esterleşme3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 17: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

3 Tadları

Bazı amino asitler oumlrn Loumlysin tatsızdır İzoloumlysin arjiningibi bazı amino asitler de acıdır Amino asitlerin gerikalan ccediloğunluğu ise tatlıdır

4 Amfolit yapıları

Amino asitler amin grubu ile birlikte karboksil grubu dataşıdıkları iccedilin aynı zamanda hem asit hem de bazdırlarCOOH grupları alkali ortamlarda H iyonları vererek COO-

(karboksilat anyonu) ve H+ iyonlarına dissosiye olur NH2

grupları ise asit ortamda H iyonlarını alır ve pozitif yuumlkluumlNH3 gruplarına değişir

İzoelektik noktalarında ise H iyonları COOHgrubundan NH2 grubuna geccedilerler Yani bir aminoasit molekuumlluumlnde COOH grubu H iyonunu verdiğiiccedilin negatif yuumlk taşıyan bir COO- grubu bu Hrsquoi aldığıiccedilin yuumlkuuml pozitif olan NH3 grubu ile yan yana bulunur

Hem pozitif hem de negatif yuumlk taşıyan iyonlara zwitterion denirZwitterion oluşturabilen maddelere de amfolit adı verilir

Glisin haricinde tuumlm amino asitler alfa-karbon atomlarına 4 farklı grup bağlandığı iccedilin optik aktiftirler

5Optik Aktiviteleri

En basit amino asit glisin olarak bilinir Yan zinciri yoktur Bu nedenle asimetrik karbon atomu iccedilermez

ALLOFORM

Bir amino asit ikinci bir asimetrik karbona sahipse

(Treonin ve Izoloysin) D ve L formunun tekrar iki ayrı

izomeri ortaya ccedilıkar bunlara da ALLOFORM denir

CH3

CHO H

C

COOH

NH2H

D-Treonin

CH3

C

C

COOH

OHH

H NH2

D-Allotreonin

Amino Asitlerin Kimyasal Oumlzellikleri

A) Amino gruplarının reaksiyonları

1 Alkol ile inaktivasyonu2 Soumlrensen titrasyonu3 Aromatik asitlere bağlanması4 Betain reaksiyonu5 Karbamino asit reaksiyonu6 Ninhidrin reaksiyonu7 Nitrik asit reaksiyonu8 Uumlramin asit reaksiyonu9 Diketopiperazin oluşumu10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

1 Amino grubunun alkol ile inaktivasyonuSulu ortamlarda amino grubu H iyonu bağlayarak pozitif yuumlkluumlNH3+ grubuna değişebilir Alkolluuml ortamlarda ise amino

grupları NH3+ gruplarına değişemez İşte bu olaya amino

gruplarının Alkol ile inaktivasyonu denirAmino asitler alkolluuml ortamlarda amfoter elektrolitler olmayıpasittirler

R-NH2 + H++OH- R-NH3+ +OH-

Amino asitler noumltral veya hafif alkalik ccediloumlzeltilerde form aldehitile reaksiyona girerek 1 veya 2 molekuumll form aldehit elektrikselyuumlk taşımayan amino grubu ile birleşir ve bu şekilde mono- veyadimetilol tuumlrevleri meydana getirirlerBundan sonra karboksil grubu standart alkali ile titre edilebilirkullanılan alkali miktarı mevcut karboksil grubu miktarınıgoumlsterir Bir amino asit ccediloumlzeltisinde bulunan karboksil grubununbu şekilde tayin edilmesi youmlntemine soumlrensen titrasyonu denirsoumlrensen bu tepkimeyi bir ccediloumlzeltide bulunan amino asitmiktarının saptanmasında kullanmıştır

R-CH-COO- + CH2OR-CH-COO- + CH2O R-CH-COO-

NH2Amino asit formaldehit H-N-CH2OH

HOH2C-N-CH2OHMonometilol aa

Dimetilol aa

2 Soumlrensen titrasyonu

3-Amino grubunun aromatik asitlerle bağlanması

C-Cl+H2N-CH2-COOH C-NH-CH2-COOH+HCl

OO

Benzoil kloruumlrglisin

Benzoilglisin(Hippurik asit)

OumlnemibullAmino asitlerin aromatik asitlerle birleşmesi sonundaccediloumlzuumlnmeyen maddeler oluşurbullBoumlylece zararlı maddelerin organizmadan atılması sağlanırbullBoumlyle bir reaksiyon uumlruumlnuuml olan hippurik asit ot yiyenhayvanlarda uumlreden sonra idrarla atılan en oumlnemli azotlumaddedir

4- Betain Reaksiyonu

Amino asitler zwitter iyon durumunda iken NH3+ grubundaki

3 Hrsquonin yerine 3 CH3 grubu geccedilmekle betainler oluşur

H3N+ - CH2- COO- (H3C)3N

+ - CH2- COO-

GlikokolGlikokol betain

OumlNEMİ Betainler bir zwitterionrsquodur

5 Karbamino asit reaksiyonu

Bu reaksiyonda amino asitlerin amino gruplarına CO2 bağlanarakkarbamino asitlerrsquoi meydana getirir

R- CH-COOH + CO2 R-CH-COOH

NH2 HN - COOH

Amino asit Karbamino asit

OumlNEMİ Hemoglobin CO2 ile karbamino asit oluşturur ve buşekilde CO2rsquoin dokulardan akciğerlere taşınmasını sağlar

6Ninhidrin reaksiyonu

Ninhidrin amino asit ile reaksiyona girerse NH3 ve CO2 serbesthale geccediler Bir aldehit oluşur ve ninhidrinin indirgenmiş biccedilimimeydana gelir

İndirgenmiş ninhidrin reaksiyonda serbest hale geccedilen NH3İle birlikte başka bir ninhidrin ile reaksiyona girer veReaksiyon sonunda mavi renkli bir madde oluşur

OumlNEMİ Amino asitler iccedilin oumlnemli bir nitel tayin youmlntemidirBu tepkime serbest amino gruplarının hepsi ile meydanagelebilir Bu nedenle de amino asitler peptidler ve proteinlerbu tepkimeye olumlu yanıt verirler

Ninhidrin+ Amino asit CO2 Reduumlkte ninhidrin+aldehit+amonyak

Ninhidrin+amonyak+reduumlkte ninhidrin Mavi menekşeRenkli kompleks

+ 3H2O

7 Nitrik asit reaksiyonu

Amino asitler nitrik asit ile reaksiyona girerlerse amino gruplarınınazotu nitrik asitin azotu gibi serbest element haline geccedilerDiğer taraftan amino grubunun yerine OH grubu girer

R-CH-COOH + N-OH R-CH-COOH

NH2O OH+N2+H2O

Amino asit Nitrik asit

Oksi asit+azot+su

OumlNEMİ Her bir amino grubuna karşın 1 mol azot serbest kaldığından amino gruplarının miktarını saptamakta yararlanılır

8 Uumlramin asit reaksiyonu

Amino asitlerin amino gruplarına bir uumlre molekuumlluuml eklenirseuumlramin asitleri meydana gelir

R-CH-COOH + H2N-C-NH2 NH3+R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

NH2 OAmino asit uumlre amonyak

Uumlramin asidiUumlramin asidndeki amino grubu ile karboksil grubu arasındanBir molekuumll suyun ayrılması ile hidantoinler oluşur

R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

R-CH C=O

NH C=ONH

Uumlramin asiti hidantoin

OumlNEMİ Uumlramin asitleri suda guumlccedil ccediloumlzuumlnuumlrler ve iyi billurlaşırlarBu nedenle amino asitlerin tanısında kullanılır

9 Diketopiperazin oluşumu

Amino asitlerin etil esterleri iki amino asit grubunu taşıyananhidrid halka yapılarını oluşturmak uumlzere kondanse olurlarSonuccedilta diketopiperazin meydana gelir

R-CH-C-O-C2H5 + H2N-C-R 2C2H5OH+R-C-C-N-C-R

NH2

O H

C=OC2H5O- HN C=O

diketopiperazin

10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

Amino asitlerin amino grupları karboksil grupları vevarsa ndashSH grupları Cu++ Co++ Mn++ Fe++ vs gibibir ccedilok ağır metal iyonları ile kompleks şelatlaroluştururlar

Bu oumlzellikten dolayı metal zehirlenmeleri durumunda antidotolarak proteinler kullanılır Bu amaccedilla yumurta akı ve suumltgibi protein ccediloumlzeltileri iccedilirilir Zehirlenmeyi yaratan metal buproteinle birleşerek etkisiz hale getirilir

Amino asitlerin karboksil gruplarının reaksiyonları

1 Tuz Oluşumu2 Esterleşme3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 18: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

İzoelektik noktalarında ise H iyonları COOHgrubundan NH2 grubuna geccedilerler Yani bir aminoasit molekuumlluumlnde COOH grubu H iyonunu verdiğiiccedilin negatif yuumlk taşıyan bir COO- grubu bu Hrsquoi aldığıiccedilin yuumlkuuml pozitif olan NH3 grubu ile yan yana bulunur

Hem pozitif hem de negatif yuumlk taşıyan iyonlara zwitterion denirZwitterion oluşturabilen maddelere de amfolit adı verilir

Glisin haricinde tuumlm amino asitler alfa-karbon atomlarına 4 farklı grup bağlandığı iccedilin optik aktiftirler

5Optik Aktiviteleri

En basit amino asit glisin olarak bilinir Yan zinciri yoktur Bu nedenle asimetrik karbon atomu iccedilermez

ALLOFORM

Bir amino asit ikinci bir asimetrik karbona sahipse

(Treonin ve Izoloysin) D ve L formunun tekrar iki ayrı

izomeri ortaya ccedilıkar bunlara da ALLOFORM denir

CH3

CHO H

C

COOH

NH2H

D-Treonin

CH3

C

C

COOH

OHH

H NH2

D-Allotreonin

Amino Asitlerin Kimyasal Oumlzellikleri

A) Amino gruplarının reaksiyonları

1 Alkol ile inaktivasyonu2 Soumlrensen titrasyonu3 Aromatik asitlere bağlanması4 Betain reaksiyonu5 Karbamino asit reaksiyonu6 Ninhidrin reaksiyonu7 Nitrik asit reaksiyonu8 Uumlramin asit reaksiyonu9 Diketopiperazin oluşumu10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

1 Amino grubunun alkol ile inaktivasyonuSulu ortamlarda amino grubu H iyonu bağlayarak pozitif yuumlkluumlNH3+ grubuna değişebilir Alkolluuml ortamlarda ise amino

grupları NH3+ gruplarına değişemez İşte bu olaya amino

gruplarının Alkol ile inaktivasyonu denirAmino asitler alkolluuml ortamlarda amfoter elektrolitler olmayıpasittirler

R-NH2 + H++OH- R-NH3+ +OH-

Amino asitler noumltral veya hafif alkalik ccediloumlzeltilerde form aldehitile reaksiyona girerek 1 veya 2 molekuumll form aldehit elektrikselyuumlk taşımayan amino grubu ile birleşir ve bu şekilde mono- veyadimetilol tuumlrevleri meydana getirirlerBundan sonra karboksil grubu standart alkali ile titre edilebilirkullanılan alkali miktarı mevcut karboksil grubu miktarınıgoumlsterir Bir amino asit ccediloumlzeltisinde bulunan karboksil grubununbu şekilde tayin edilmesi youmlntemine soumlrensen titrasyonu denirsoumlrensen bu tepkimeyi bir ccediloumlzeltide bulunan amino asitmiktarının saptanmasında kullanmıştır

R-CH-COO- + CH2OR-CH-COO- + CH2O R-CH-COO-

NH2Amino asit formaldehit H-N-CH2OH

HOH2C-N-CH2OHMonometilol aa

Dimetilol aa

2 Soumlrensen titrasyonu

3-Amino grubunun aromatik asitlerle bağlanması

C-Cl+H2N-CH2-COOH C-NH-CH2-COOH+HCl

OO

Benzoil kloruumlrglisin

Benzoilglisin(Hippurik asit)

OumlnemibullAmino asitlerin aromatik asitlerle birleşmesi sonundaccediloumlzuumlnmeyen maddeler oluşurbullBoumlylece zararlı maddelerin organizmadan atılması sağlanırbullBoumlyle bir reaksiyon uumlruumlnuuml olan hippurik asit ot yiyenhayvanlarda uumlreden sonra idrarla atılan en oumlnemli azotlumaddedir

4- Betain Reaksiyonu

Amino asitler zwitter iyon durumunda iken NH3+ grubundaki

3 Hrsquonin yerine 3 CH3 grubu geccedilmekle betainler oluşur

H3N+ - CH2- COO- (H3C)3N

+ - CH2- COO-

GlikokolGlikokol betain

OumlNEMİ Betainler bir zwitterionrsquodur

5 Karbamino asit reaksiyonu

Bu reaksiyonda amino asitlerin amino gruplarına CO2 bağlanarakkarbamino asitlerrsquoi meydana getirir

R- CH-COOH + CO2 R-CH-COOH

NH2 HN - COOH

Amino asit Karbamino asit

OumlNEMİ Hemoglobin CO2 ile karbamino asit oluşturur ve buşekilde CO2rsquoin dokulardan akciğerlere taşınmasını sağlar

6Ninhidrin reaksiyonu

Ninhidrin amino asit ile reaksiyona girerse NH3 ve CO2 serbesthale geccediler Bir aldehit oluşur ve ninhidrinin indirgenmiş biccedilimimeydana gelir

İndirgenmiş ninhidrin reaksiyonda serbest hale geccedilen NH3İle birlikte başka bir ninhidrin ile reaksiyona girer veReaksiyon sonunda mavi renkli bir madde oluşur

OumlNEMİ Amino asitler iccedilin oumlnemli bir nitel tayin youmlntemidirBu tepkime serbest amino gruplarının hepsi ile meydanagelebilir Bu nedenle de amino asitler peptidler ve proteinlerbu tepkimeye olumlu yanıt verirler

Ninhidrin+ Amino asit CO2 Reduumlkte ninhidrin+aldehit+amonyak

Ninhidrin+amonyak+reduumlkte ninhidrin Mavi menekşeRenkli kompleks

+ 3H2O

7 Nitrik asit reaksiyonu

Amino asitler nitrik asit ile reaksiyona girerlerse amino gruplarınınazotu nitrik asitin azotu gibi serbest element haline geccedilerDiğer taraftan amino grubunun yerine OH grubu girer

R-CH-COOH + N-OH R-CH-COOH

NH2O OH+N2+H2O

Amino asit Nitrik asit

Oksi asit+azot+su

OumlNEMİ Her bir amino grubuna karşın 1 mol azot serbest kaldığından amino gruplarının miktarını saptamakta yararlanılır

8 Uumlramin asit reaksiyonu

Amino asitlerin amino gruplarına bir uumlre molekuumlluuml eklenirseuumlramin asitleri meydana gelir

R-CH-COOH + H2N-C-NH2 NH3+R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

NH2 OAmino asit uumlre amonyak

Uumlramin asidiUumlramin asidndeki amino grubu ile karboksil grubu arasındanBir molekuumll suyun ayrılması ile hidantoinler oluşur

R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

R-CH C=O

NH C=ONH

Uumlramin asiti hidantoin

OumlNEMİ Uumlramin asitleri suda guumlccedil ccediloumlzuumlnuumlrler ve iyi billurlaşırlarBu nedenle amino asitlerin tanısında kullanılır

9 Diketopiperazin oluşumu

Amino asitlerin etil esterleri iki amino asit grubunu taşıyananhidrid halka yapılarını oluşturmak uumlzere kondanse olurlarSonuccedilta diketopiperazin meydana gelir

R-CH-C-O-C2H5 + H2N-C-R 2C2H5OH+R-C-C-N-C-R

NH2

O H

C=OC2H5O- HN C=O

diketopiperazin

10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

Amino asitlerin amino grupları karboksil grupları vevarsa ndashSH grupları Cu++ Co++ Mn++ Fe++ vs gibibir ccedilok ağır metal iyonları ile kompleks şelatlaroluştururlar

Bu oumlzellikten dolayı metal zehirlenmeleri durumunda antidotolarak proteinler kullanılır Bu amaccedilla yumurta akı ve suumltgibi protein ccediloumlzeltileri iccedilirilir Zehirlenmeyi yaratan metal buproteinle birleşerek etkisiz hale getirilir

Amino asitlerin karboksil gruplarının reaksiyonları

1 Tuz Oluşumu2 Esterleşme3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 19: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Glisin haricinde tuumlm amino asitler alfa-karbon atomlarına 4 farklı grup bağlandığı iccedilin optik aktiftirler

5Optik Aktiviteleri

En basit amino asit glisin olarak bilinir Yan zinciri yoktur Bu nedenle asimetrik karbon atomu iccedilermez

ALLOFORM

Bir amino asit ikinci bir asimetrik karbona sahipse

(Treonin ve Izoloysin) D ve L formunun tekrar iki ayrı

izomeri ortaya ccedilıkar bunlara da ALLOFORM denir

CH3

CHO H

C

COOH

NH2H

D-Treonin

CH3

C

C

COOH

OHH

H NH2

D-Allotreonin

Amino Asitlerin Kimyasal Oumlzellikleri

A) Amino gruplarının reaksiyonları

1 Alkol ile inaktivasyonu2 Soumlrensen titrasyonu3 Aromatik asitlere bağlanması4 Betain reaksiyonu5 Karbamino asit reaksiyonu6 Ninhidrin reaksiyonu7 Nitrik asit reaksiyonu8 Uumlramin asit reaksiyonu9 Diketopiperazin oluşumu10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

1 Amino grubunun alkol ile inaktivasyonuSulu ortamlarda amino grubu H iyonu bağlayarak pozitif yuumlkluumlNH3+ grubuna değişebilir Alkolluuml ortamlarda ise amino

grupları NH3+ gruplarına değişemez İşte bu olaya amino

gruplarının Alkol ile inaktivasyonu denirAmino asitler alkolluuml ortamlarda amfoter elektrolitler olmayıpasittirler

R-NH2 + H++OH- R-NH3+ +OH-

Amino asitler noumltral veya hafif alkalik ccediloumlzeltilerde form aldehitile reaksiyona girerek 1 veya 2 molekuumll form aldehit elektrikselyuumlk taşımayan amino grubu ile birleşir ve bu şekilde mono- veyadimetilol tuumlrevleri meydana getirirlerBundan sonra karboksil grubu standart alkali ile titre edilebilirkullanılan alkali miktarı mevcut karboksil grubu miktarınıgoumlsterir Bir amino asit ccediloumlzeltisinde bulunan karboksil grubununbu şekilde tayin edilmesi youmlntemine soumlrensen titrasyonu denirsoumlrensen bu tepkimeyi bir ccediloumlzeltide bulunan amino asitmiktarının saptanmasında kullanmıştır

R-CH-COO- + CH2OR-CH-COO- + CH2O R-CH-COO-

NH2Amino asit formaldehit H-N-CH2OH

HOH2C-N-CH2OHMonometilol aa

Dimetilol aa

2 Soumlrensen titrasyonu

3-Amino grubunun aromatik asitlerle bağlanması

C-Cl+H2N-CH2-COOH C-NH-CH2-COOH+HCl

OO

Benzoil kloruumlrglisin

Benzoilglisin(Hippurik asit)

OumlnemibullAmino asitlerin aromatik asitlerle birleşmesi sonundaccediloumlzuumlnmeyen maddeler oluşurbullBoumlylece zararlı maddelerin organizmadan atılması sağlanırbullBoumlyle bir reaksiyon uumlruumlnuuml olan hippurik asit ot yiyenhayvanlarda uumlreden sonra idrarla atılan en oumlnemli azotlumaddedir

4- Betain Reaksiyonu

Amino asitler zwitter iyon durumunda iken NH3+ grubundaki

3 Hrsquonin yerine 3 CH3 grubu geccedilmekle betainler oluşur

H3N+ - CH2- COO- (H3C)3N

+ - CH2- COO-

GlikokolGlikokol betain

OumlNEMİ Betainler bir zwitterionrsquodur

5 Karbamino asit reaksiyonu

Bu reaksiyonda amino asitlerin amino gruplarına CO2 bağlanarakkarbamino asitlerrsquoi meydana getirir

R- CH-COOH + CO2 R-CH-COOH

NH2 HN - COOH

Amino asit Karbamino asit

OumlNEMİ Hemoglobin CO2 ile karbamino asit oluşturur ve buşekilde CO2rsquoin dokulardan akciğerlere taşınmasını sağlar

6Ninhidrin reaksiyonu

Ninhidrin amino asit ile reaksiyona girerse NH3 ve CO2 serbesthale geccediler Bir aldehit oluşur ve ninhidrinin indirgenmiş biccedilimimeydana gelir

İndirgenmiş ninhidrin reaksiyonda serbest hale geccedilen NH3İle birlikte başka bir ninhidrin ile reaksiyona girer veReaksiyon sonunda mavi renkli bir madde oluşur

OumlNEMİ Amino asitler iccedilin oumlnemli bir nitel tayin youmlntemidirBu tepkime serbest amino gruplarının hepsi ile meydanagelebilir Bu nedenle de amino asitler peptidler ve proteinlerbu tepkimeye olumlu yanıt verirler

Ninhidrin+ Amino asit CO2 Reduumlkte ninhidrin+aldehit+amonyak

Ninhidrin+amonyak+reduumlkte ninhidrin Mavi menekşeRenkli kompleks

+ 3H2O

7 Nitrik asit reaksiyonu

Amino asitler nitrik asit ile reaksiyona girerlerse amino gruplarınınazotu nitrik asitin azotu gibi serbest element haline geccedilerDiğer taraftan amino grubunun yerine OH grubu girer

R-CH-COOH + N-OH R-CH-COOH

NH2O OH+N2+H2O

Amino asit Nitrik asit

Oksi asit+azot+su

OumlNEMİ Her bir amino grubuna karşın 1 mol azot serbest kaldığından amino gruplarının miktarını saptamakta yararlanılır

8 Uumlramin asit reaksiyonu

Amino asitlerin amino gruplarına bir uumlre molekuumlluuml eklenirseuumlramin asitleri meydana gelir

R-CH-COOH + H2N-C-NH2 NH3+R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

NH2 OAmino asit uumlre amonyak

Uumlramin asidiUumlramin asidndeki amino grubu ile karboksil grubu arasındanBir molekuumll suyun ayrılması ile hidantoinler oluşur

R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

R-CH C=O

NH C=ONH

Uumlramin asiti hidantoin

OumlNEMİ Uumlramin asitleri suda guumlccedil ccediloumlzuumlnuumlrler ve iyi billurlaşırlarBu nedenle amino asitlerin tanısında kullanılır

9 Diketopiperazin oluşumu

Amino asitlerin etil esterleri iki amino asit grubunu taşıyananhidrid halka yapılarını oluşturmak uumlzere kondanse olurlarSonuccedilta diketopiperazin meydana gelir

R-CH-C-O-C2H5 + H2N-C-R 2C2H5OH+R-C-C-N-C-R

NH2

O H

C=OC2H5O- HN C=O

diketopiperazin

10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

Amino asitlerin amino grupları karboksil grupları vevarsa ndashSH grupları Cu++ Co++ Mn++ Fe++ vs gibibir ccedilok ağır metal iyonları ile kompleks şelatlaroluştururlar

Bu oumlzellikten dolayı metal zehirlenmeleri durumunda antidotolarak proteinler kullanılır Bu amaccedilla yumurta akı ve suumltgibi protein ccediloumlzeltileri iccedilirilir Zehirlenmeyi yaratan metal buproteinle birleşerek etkisiz hale getirilir

Amino asitlerin karboksil gruplarının reaksiyonları

1 Tuz Oluşumu2 Esterleşme3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 20: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

En basit amino asit glisin olarak bilinir Yan zinciri yoktur Bu nedenle asimetrik karbon atomu iccedilermez

ALLOFORM

Bir amino asit ikinci bir asimetrik karbona sahipse

(Treonin ve Izoloysin) D ve L formunun tekrar iki ayrı

izomeri ortaya ccedilıkar bunlara da ALLOFORM denir

CH3

CHO H

C

COOH

NH2H

D-Treonin

CH3

C

C

COOH

OHH

H NH2

D-Allotreonin

Amino Asitlerin Kimyasal Oumlzellikleri

A) Amino gruplarının reaksiyonları

1 Alkol ile inaktivasyonu2 Soumlrensen titrasyonu3 Aromatik asitlere bağlanması4 Betain reaksiyonu5 Karbamino asit reaksiyonu6 Ninhidrin reaksiyonu7 Nitrik asit reaksiyonu8 Uumlramin asit reaksiyonu9 Diketopiperazin oluşumu10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

1 Amino grubunun alkol ile inaktivasyonuSulu ortamlarda amino grubu H iyonu bağlayarak pozitif yuumlkluumlNH3+ grubuna değişebilir Alkolluuml ortamlarda ise amino

grupları NH3+ gruplarına değişemez İşte bu olaya amino

gruplarının Alkol ile inaktivasyonu denirAmino asitler alkolluuml ortamlarda amfoter elektrolitler olmayıpasittirler

R-NH2 + H++OH- R-NH3+ +OH-

Amino asitler noumltral veya hafif alkalik ccediloumlzeltilerde form aldehitile reaksiyona girerek 1 veya 2 molekuumll form aldehit elektrikselyuumlk taşımayan amino grubu ile birleşir ve bu şekilde mono- veyadimetilol tuumlrevleri meydana getirirlerBundan sonra karboksil grubu standart alkali ile titre edilebilirkullanılan alkali miktarı mevcut karboksil grubu miktarınıgoumlsterir Bir amino asit ccediloumlzeltisinde bulunan karboksil grubununbu şekilde tayin edilmesi youmlntemine soumlrensen titrasyonu denirsoumlrensen bu tepkimeyi bir ccediloumlzeltide bulunan amino asitmiktarının saptanmasında kullanmıştır

R-CH-COO- + CH2OR-CH-COO- + CH2O R-CH-COO-

NH2Amino asit formaldehit H-N-CH2OH

HOH2C-N-CH2OHMonometilol aa

Dimetilol aa

2 Soumlrensen titrasyonu

3-Amino grubunun aromatik asitlerle bağlanması

C-Cl+H2N-CH2-COOH C-NH-CH2-COOH+HCl

OO

Benzoil kloruumlrglisin

Benzoilglisin(Hippurik asit)

OumlnemibullAmino asitlerin aromatik asitlerle birleşmesi sonundaccediloumlzuumlnmeyen maddeler oluşurbullBoumlylece zararlı maddelerin organizmadan atılması sağlanırbullBoumlyle bir reaksiyon uumlruumlnuuml olan hippurik asit ot yiyenhayvanlarda uumlreden sonra idrarla atılan en oumlnemli azotlumaddedir

4- Betain Reaksiyonu

Amino asitler zwitter iyon durumunda iken NH3+ grubundaki

3 Hrsquonin yerine 3 CH3 grubu geccedilmekle betainler oluşur

H3N+ - CH2- COO- (H3C)3N

+ - CH2- COO-

GlikokolGlikokol betain

OumlNEMİ Betainler bir zwitterionrsquodur

5 Karbamino asit reaksiyonu

Bu reaksiyonda amino asitlerin amino gruplarına CO2 bağlanarakkarbamino asitlerrsquoi meydana getirir

R- CH-COOH + CO2 R-CH-COOH

NH2 HN - COOH

Amino asit Karbamino asit

OumlNEMİ Hemoglobin CO2 ile karbamino asit oluşturur ve buşekilde CO2rsquoin dokulardan akciğerlere taşınmasını sağlar

6Ninhidrin reaksiyonu

Ninhidrin amino asit ile reaksiyona girerse NH3 ve CO2 serbesthale geccediler Bir aldehit oluşur ve ninhidrinin indirgenmiş biccedilimimeydana gelir

İndirgenmiş ninhidrin reaksiyonda serbest hale geccedilen NH3İle birlikte başka bir ninhidrin ile reaksiyona girer veReaksiyon sonunda mavi renkli bir madde oluşur

OumlNEMİ Amino asitler iccedilin oumlnemli bir nitel tayin youmlntemidirBu tepkime serbest amino gruplarının hepsi ile meydanagelebilir Bu nedenle de amino asitler peptidler ve proteinlerbu tepkimeye olumlu yanıt verirler

Ninhidrin+ Amino asit CO2 Reduumlkte ninhidrin+aldehit+amonyak

Ninhidrin+amonyak+reduumlkte ninhidrin Mavi menekşeRenkli kompleks

+ 3H2O

7 Nitrik asit reaksiyonu

Amino asitler nitrik asit ile reaksiyona girerlerse amino gruplarınınazotu nitrik asitin azotu gibi serbest element haline geccedilerDiğer taraftan amino grubunun yerine OH grubu girer

R-CH-COOH + N-OH R-CH-COOH

NH2O OH+N2+H2O

Amino asit Nitrik asit

Oksi asit+azot+su

OumlNEMİ Her bir amino grubuna karşın 1 mol azot serbest kaldığından amino gruplarının miktarını saptamakta yararlanılır

8 Uumlramin asit reaksiyonu

Amino asitlerin amino gruplarına bir uumlre molekuumlluuml eklenirseuumlramin asitleri meydana gelir

R-CH-COOH + H2N-C-NH2 NH3+R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

NH2 OAmino asit uumlre amonyak

Uumlramin asidiUumlramin asidndeki amino grubu ile karboksil grubu arasındanBir molekuumll suyun ayrılması ile hidantoinler oluşur

R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

R-CH C=O

NH C=ONH

Uumlramin asiti hidantoin

OumlNEMİ Uumlramin asitleri suda guumlccedil ccediloumlzuumlnuumlrler ve iyi billurlaşırlarBu nedenle amino asitlerin tanısında kullanılır

9 Diketopiperazin oluşumu

Amino asitlerin etil esterleri iki amino asit grubunu taşıyananhidrid halka yapılarını oluşturmak uumlzere kondanse olurlarSonuccedilta diketopiperazin meydana gelir

R-CH-C-O-C2H5 + H2N-C-R 2C2H5OH+R-C-C-N-C-R

NH2

O H

C=OC2H5O- HN C=O

diketopiperazin

10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

Amino asitlerin amino grupları karboksil grupları vevarsa ndashSH grupları Cu++ Co++ Mn++ Fe++ vs gibibir ccedilok ağır metal iyonları ile kompleks şelatlaroluştururlar

Bu oumlzellikten dolayı metal zehirlenmeleri durumunda antidotolarak proteinler kullanılır Bu amaccedilla yumurta akı ve suumltgibi protein ccediloumlzeltileri iccedilirilir Zehirlenmeyi yaratan metal buproteinle birleşerek etkisiz hale getirilir

Amino asitlerin karboksil gruplarının reaksiyonları

1 Tuz Oluşumu2 Esterleşme3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 21: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

ALLOFORM

Bir amino asit ikinci bir asimetrik karbona sahipse

(Treonin ve Izoloysin) D ve L formunun tekrar iki ayrı

izomeri ortaya ccedilıkar bunlara da ALLOFORM denir

CH3

CHO H

C

COOH

NH2H

D-Treonin

CH3

C

C

COOH

OHH

H NH2

D-Allotreonin

Amino Asitlerin Kimyasal Oumlzellikleri

A) Amino gruplarının reaksiyonları

1 Alkol ile inaktivasyonu2 Soumlrensen titrasyonu3 Aromatik asitlere bağlanması4 Betain reaksiyonu5 Karbamino asit reaksiyonu6 Ninhidrin reaksiyonu7 Nitrik asit reaksiyonu8 Uumlramin asit reaksiyonu9 Diketopiperazin oluşumu10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

1 Amino grubunun alkol ile inaktivasyonuSulu ortamlarda amino grubu H iyonu bağlayarak pozitif yuumlkluumlNH3+ grubuna değişebilir Alkolluuml ortamlarda ise amino

grupları NH3+ gruplarına değişemez İşte bu olaya amino

gruplarının Alkol ile inaktivasyonu denirAmino asitler alkolluuml ortamlarda amfoter elektrolitler olmayıpasittirler

R-NH2 + H++OH- R-NH3+ +OH-

Amino asitler noumltral veya hafif alkalik ccediloumlzeltilerde form aldehitile reaksiyona girerek 1 veya 2 molekuumll form aldehit elektrikselyuumlk taşımayan amino grubu ile birleşir ve bu şekilde mono- veyadimetilol tuumlrevleri meydana getirirlerBundan sonra karboksil grubu standart alkali ile titre edilebilirkullanılan alkali miktarı mevcut karboksil grubu miktarınıgoumlsterir Bir amino asit ccediloumlzeltisinde bulunan karboksil grubununbu şekilde tayin edilmesi youmlntemine soumlrensen titrasyonu denirsoumlrensen bu tepkimeyi bir ccediloumlzeltide bulunan amino asitmiktarının saptanmasında kullanmıştır

R-CH-COO- + CH2OR-CH-COO- + CH2O R-CH-COO-

NH2Amino asit formaldehit H-N-CH2OH

HOH2C-N-CH2OHMonometilol aa

Dimetilol aa

2 Soumlrensen titrasyonu

3-Amino grubunun aromatik asitlerle bağlanması

C-Cl+H2N-CH2-COOH C-NH-CH2-COOH+HCl

OO

Benzoil kloruumlrglisin

Benzoilglisin(Hippurik asit)

OumlnemibullAmino asitlerin aromatik asitlerle birleşmesi sonundaccediloumlzuumlnmeyen maddeler oluşurbullBoumlylece zararlı maddelerin organizmadan atılması sağlanırbullBoumlyle bir reaksiyon uumlruumlnuuml olan hippurik asit ot yiyenhayvanlarda uumlreden sonra idrarla atılan en oumlnemli azotlumaddedir

4- Betain Reaksiyonu

Amino asitler zwitter iyon durumunda iken NH3+ grubundaki

3 Hrsquonin yerine 3 CH3 grubu geccedilmekle betainler oluşur

H3N+ - CH2- COO- (H3C)3N

+ - CH2- COO-

GlikokolGlikokol betain

OumlNEMİ Betainler bir zwitterionrsquodur

5 Karbamino asit reaksiyonu

Bu reaksiyonda amino asitlerin amino gruplarına CO2 bağlanarakkarbamino asitlerrsquoi meydana getirir

R- CH-COOH + CO2 R-CH-COOH

NH2 HN - COOH

Amino asit Karbamino asit

OumlNEMİ Hemoglobin CO2 ile karbamino asit oluşturur ve buşekilde CO2rsquoin dokulardan akciğerlere taşınmasını sağlar

6Ninhidrin reaksiyonu

Ninhidrin amino asit ile reaksiyona girerse NH3 ve CO2 serbesthale geccediler Bir aldehit oluşur ve ninhidrinin indirgenmiş biccedilimimeydana gelir

İndirgenmiş ninhidrin reaksiyonda serbest hale geccedilen NH3İle birlikte başka bir ninhidrin ile reaksiyona girer veReaksiyon sonunda mavi renkli bir madde oluşur

OumlNEMİ Amino asitler iccedilin oumlnemli bir nitel tayin youmlntemidirBu tepkime serbest amino gruplarının hepsi ile meydanagelebilir Bu nedenle de amino asitler peptidler ve proteinlerbu tepkimeye olumlu yanıt verirler

Ninhidrin+ Amino asit CO2 Reduumlkte ninhidrin+aldehit+amonyak

Ninhidrin+amonyak+reduumlkte ninhidrin Mavi menekşeRenkli kompleks

+ 3H2O

7 Nitrik asit reaksiyonu

Amino asitler nitrik asit ile reaksiyona girerlerse amino gruplarınınazotu nitrik asitin azotu gibi serbest element haline geccedilerDiğer taraftan amino grubunun yerine OH grubu girer

R-CH-COOH + N-OH R-CH-COOH

NH2O OH+N2+H2O

Amino asit Nitrik asit

Oksi asit+azot+su

OumlNEMİ Her bir amino grubuna karşın 1 mol azot serbest kaldığından amino gruplarının miktarını saptamakta yararlanılır

8 Uumlramin asit reaksiyonu

Amino asitlerin amino gruplarına bir uumlre molekuumlluuml eklenirseuumlramin asitleri meydana gelir

R-CH-COOH + H2N-C-NH2 NH3+R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

NH2 OAmino asit uumlre amonyak

Uumlramin asidiUumlramin asidndeki amino grubu ile karboksil grubu arasındanBir molekuumll suyun ayrılması ile hidantoinler oluşur

R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

R-CH C=O

NH C=ONH

Uumlramin asiti hidantoin

OumlNEMİ Uumlramin asitleri suda guumlccedil ccediloumlzuumlnuumlrler ve iyi billurlaşırlarBu nedenle amino asitlerin tanısında kullanılır

9 Diketopiperazin oluşumu

Amino asitlerin etil esterleri iki amino asit grubunu taşıyananhidrid halka yapılarını oluşturmak uumlzere kondanse olurlarSonuccedilta diketopiperazin meydana gelir

R-CH-C-O-C2H5 + H2N-C-R 2C2H5OH+R-C-C-N-C-R

NH2

O H

C=OC2H5O- HN C=O

diketopiperazin

10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

Amino asitlerin amino grupları karboksil grupları vevarsa ndashSH grupları Cu++ Co++ Mn++ Fe++ vs gibibir ccedilok ağır metal iyonları ile kompleks şelatlaroluştururlar

Bu oumlzellikten dolayı metal zehirlenmeleri durumunda antidotolarak proteinler kullanılır Bu amaccedilla yumurta akı ve suumltgibi protein ccediloumlzeltileri iccedilirilir Zehirlenmeyi yaratan metal buproteinle birleşerek etkisiz hale getirilir

Amino asitlerin karboksil gruplarının reaksiyonları

1 Tuz Oluşumu2 Esterleşme3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 22: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Amino Asitlerin Kimyasal Oumlzellikleri

A) Amino gruplarının reaksiyonları

1 Alkol ile inaktivasyonu2 Soumlrensen titrasyonu3 Aromatik asitlere bağlanması4 Betain reaksiyonu5 Karbamino asit reaksiyonu6 Ninhidrin reaksiyonu7 Nitrik asit reaksiyonu8 Uumlramin asit reaksiyonu9 Diketopiperazin oluşumu10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

1 Amino grubunun alkol ile inaktivasyonuSulu ortamlarda amino grubu H iyonu bağlayarak pozitif yuumlkluumlNH3+ grubuna değişebilir Alkolluuml ortamlarda ise amino

grupları NH3+ gruplarına değişemez İşte bu olaya amino

gruplarının Alkol ile inaktivasyonu denirAmino asitler alkolluuml ortamlarda amfoter elektrolitler olmayıpasittirler

R-NH2 + H++OH- R-NH3+ +OH-

Amino asitler noumltral veya hafif alkalik ccediloumlzeltilerde form aldehitile reaksiyona girerek 1 veya 2 molekuumll form aldehit elektrikselyuumlk taşımayan amino grubu ile birleşir ve bu şekilde mono- veyadimetilol tuumlrevleri meydana getirirlerBundan sonra karboksil grubu standart alkali ile titre edilebilirkullanılan alkali miktarı mevcut karboksil grubu miktarınıgoumlsterir Bir amino asit ccediloumlzeltisinde bulunan karboksil grubununbu şekilde tayin edilmesi youmlntemine soumlrensen titrasyonu denirsoumlrensen bu tepkimeyi bir ccediloumlzeltide bulunan amino asitmiktarının saptanmasında kullanmıştır

R-CH-COO- + CH2OR-CH-COO- + CH2O R-CH-COO-

NH2Amino asit formaldehit H-N-CH2OH

HOH2C-N-CH2OHMonometilol aa

Dimetilol aa

2 Soumlrensen titrasyonu

3-Amino grubunun aromatik asitlerle bağlanması

C-Cl+H2N-CH2-COOH C-NH-CH2-COOH+HCl

OO

Benzoil kloruumlrglisin

Benzoilglisin(Hippurik asit)

OumlnemibullAmino asitlerin aromatik asitlerle birleşmesi sonundaccediloumlzuumlnmeyen maddeler oluşurbullBoumlylece zararlı maddelerin organizmadan atılması sağlanırbullBoumlyle bir reaksiyon uumlruumlnuuml olan hippurik asit ot yiyenhayvanlarda uumlreden sonra idrarla atılan en oumlnemli azotlumaddedir

4- Betain Reaksiyonu

Amino asitler zwitter iyon durumunda iken NH3+ grubundaki

3 Hrsquonin yerine 3 CH3 grubu geccedilmekle betainler oluşur

H3N+ - CH2- COO- (H3C)3N

+ - CH2- COO-

GlikokolGlikokol betain

OumlNEMİ Betainler bir zwitterionrsquodur

5 Karbamino asit reaksiyonu

Bu reaksiyonda amino asitlerin amino gruplarına CO2 bağlanarakkarbamino asitlerrsquoi meydana getirir

R- CH-COOH + CO2 R-CH-COOH

NH2 HN - COOH

Amino asit Karbamino asit

OumlNEMİ Hemoglobin CO2 ile karbamino asit oluşturur ve buşekilde CO2rsquoin dokulardan akciğerlere taşınmasını sağlar

6Ninhidrin reaksiyonu

Ninhidrin amino asit ile reaksiyona girerse NH3 ve CO2 serbesthale geccediler Bir aldehit oluşur ve ninhidrinin indirgenmiş biccedilimimeydana gelir

İndirgenmiş ninhidrin reaksiyonda serbest hale geccedilen NH3İle birlikte başka bir ninhidrin ile reaksiyona girer veReaksiyon sonunda mavi renkli bir madde oluşur

OumlNEMİ Amino asitler iccedilin oumlnemli bir nitel tayin youmlntemidirBu tepkime serbest amino gruplarının hepsi ile meydanagelebilir Bu nedenle de amino asitler peptidler ve proteinlerbu tepkimeye olumlu yanıt verirler

Ninhidrin+ Amino asit CO2 Reduumlkte ninhidrin+aldehit+amonyak

Ninhidrin+amonyak+reduumlkte ninhidrin Mavi menekşeRenkli kompleks

+ 3H2O

7 Nitrik asit reaksiyonu

Amino asitler nitrik asit ile reaksiyona girerlerse amino gruplarınınazotu nitrik asitin azotu gibi serbest element haline geccedilerDiğer taraftan amino grubunun yerine OH grubu girer

R-CH-COOH + N-OH R-CH-COOH

NH2O OH+N2+H2O

Amino asit Nitrik asit

Oksi asit+azot+su

OumlNEMİ Her bir amino grubuna karşın 1 mol azot serbest kaldığından amino gruplarının miktarını saptamakta yararlanılır

8 Uumlramin asit reaksiyonu

Amino asitlerin amino gruplarına bir uumlre molekuumlluuml eklenirseuumlramin asitleri meydana gelir

R-CH-COOH + H2N-C-NH2 NH3+R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

NH2 OAmino asit uumlre amonyak

Uumlramin asidiUumlramin asidndeki amino grubu ile karboksil grubu arasındanBir molekuumll suyun ayrılması ile hidantoinler oluşur

R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

R-CH C=O

NH C=ONH

Uumlramin asiti hidantoin

OumlNEMİ Uumlramin asitleri suda guumlccedil ccediloumlzuumlnuumlrler ve iyi billurlaşırlarBu nedenle amino asitlerin tanısında kullanılır

9 Diketopiperazin oluşumu

Amino asitlerin etil esterleri iki amino asit grubunu taşıyananhidrid halka yapılarını oluşturmak uumlzere kondanse olurlarSonuccedilta diketopiperazin meydana gelir

R-CH-C-O-C2H5 + H2N-C-R 2C2H5OH+R-C-C-N-C-R

NH2

O H

C=OC2H5O- HN C=O

diketopiperazin

10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

Amino asitlerin amino grupları karboksil grupları vevarsa ndashSH grupları Cu++ Co++ Mn++ Fe++ vs gibibir ccedilok ağır metal iyonları ile kompleks şelatlaroluştururlar

Bu oumlzellikten dolayı metal zehirlenmeleri durumunda antidotolarak proteinler kullanılır Bu amaccedilla yumurta akı ve suumltgibi protein ccediloumlzeltileri iccedilirilir Zehirlenmeyi yaratan metal buproteinle birleşerek etkisiz hale getirilir

Amino asitlerin karboksil gruplarının reaksiyonları

1 Tuz Oluşumu2 Esterleşme3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 23: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

1 Amino grubunun alkol ile inaktivasyonuSulu ortamlarda amino grubu H iyonu bağlayarak pozitif yuumlkluumlNH3+ grubuna değişebilir Alkolluuml ortamlarda ise amino

grupları NH3+ gruplarına değişemez İşte bu olaya amino

gruplarının Alkol ile inaktivasyonu denirAmino asitler alkolluuml ortamlarda amfoter elektrolitler olmayıpasittirler

R-NH2 + H++OH- R-NH3+ +OH-

Amino asitler noumltral veya hafif alkalik ccediloumlzeltilerde form aldehitile reaksiyona girerek 1 veya 2 molekuumll form aldehit elektrikselyuumlk taşımayan amino grubu ile birleşir ve bu şekilde mono- veyadimetilol tuumlrevleri meydana getirirlerBundan sonra karboksil grubu standart alkali ile titre edilebilirkullanılan alkali miktarı mevcut karboksil grubu miktarınıgoumlsterir Bir amino asit ccediloumlzeltisinde bulunan karboksil grubununbu şekilde tayin edilmesi youmlntemine soumlrensen titrasyonu denirsoumlrensen bu tepkimeyi bir ccediloumlzeltide bulunan amino asitmiktarının saptanmasında kullanmıştır

R-CH-COO- + CH2OR-CH-COO- + CH2O R-CH-COO-

NH2Amino asit formaldehit H-N-CH2OH

HOH2C-N-CH2OHMonometilol aa

Dimetilol aa

2 Soumlrensen titrasyonu

3-Amino grubunun aromatik asitlerle bağlanması

C-Cl+H2N-CH2-COOH C-NH-CH2-COOH+HCl

OO

Benzoil kloruumlrglisin

Benzoilglisin(Hippurik asit)

OumlnemibullAmino asitlerin aromatik asitlerle birleşmesi sonundaccediloumlzuumlnmeyen maddeler oluşurbullBoumlylece zararlı maddelerin organizmadan atılması sağlanırbullBoumlyle bir reaksiyon uumlruumlnuuml olan hippurik asit ot yiyenhayvanlarda uumlreden sonra idrarla atılan en oumlnemli azotlumaddedir

4- Betain Reaksiyonu

Amino asitler zwitter iyon durumunda iken NH3+ grubundaki

3 Hrsquonin yerine 3 CH3 grubu geccedilmekle betainler oluşur

H3N+ - CH2- COO- (H3C)3N

+ - CH2- COO-

GlikokolGlikokol betain

OumlNEMİ Betainler bir zwitterionrsquodur

5 Karbamino asit reaksiyonu

Bu reaksiyonda amino asitlerin amino gruplarına CO2 bağlanarakkarbamino asitlerrsquoi meydana getirir

R- CH-COOH + CO2 R-CH-COOH

NH2 HN - COOH

Amino asit Karbamino asit

OumlNEMİ Hemoglobin CO2 ile karbamino asit oluşturur ve buşekilde CO2rsquoin dokulardan akciğerlere taşınmasını sağlar

6Ninhidrin reaksiyonu

Ninhidrin amino asit ile reaksiyona girerse NH3 ve CO2 serbesthale geccediler Bir aldehit oluşur ve ninhidrinin indirgenmiş biccedilimimeydana gelir

İndirgenmiş ninhidrin reaksiyonda serbest hale geccedilen NH3İle birlikte başka bir ninhidrin ile reaksiyona girer veReaksiyon sonunda mavi renkli bir madde oluşur

OumlNEMİ Amino asitler iccedilin oumlnemli bir nitel tayin youmlntemidirBu tepkime serbest amino gruplarının hepsi ile meydanagelebilir Bu nedenle de amino asitler peptidler ve proteinlerbu tepkimeye olumlu yanıt verirler

Ninhidrin+ Amino asit CO2 Reduumlkte ninhidrin+aldehit+amonyak

Ninhidrin+amonyak+reduumlkte ninhidrin Mavi menekşeRenkli kompleks

+ 3H2O

7 Nitrik asit reaksiyonu

Amino asitler nitrik asit ile reaksiyona girerlerse amino gruplarınınazotu nitrik asitin azotu gibi serbest element haline geccedilerDiğer taraftan amino grubunun yerine OH grubu girer

R-CH-COOH + N-OH R-CH-COOH

NH2O OH+N2+H2O

Amino asit Nitrik asit

Oksi asit+azot+su

OumlNEMİ Her bir amino grubuna karşın 1 mol azot serbest kaldığından amino gruplarının miktarını saptamakta yararlanılır

8 Uumlramin asit reaksiyonu

Amino asitlerin amino gruplarına bir uumlre molekuumlluuml eklenirseuumlramin asitleri meydana gelir

R-CH-COOH + H2N-C-NH2 NH3+R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

NH2 OAmino asit uumlre amonyak

Uumlramin asidiUumlramin asidndeki amino grubu ile karboksil grubu arasındanBir molekuumll suyun ayrılması ile hidantoinler oluşur

R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

R-CH C=O

NH C=ONH

Uumlramin asiti hidantoin

OumlNEMİ Uumlramin asitleri suda guumlccedil ccediloumlzuumlnuumlrler ve iyi billurlaşırlarBu nedenle amino asitlerin tanısında kullanılır

9 Diketopiperazin oluşumu

Amino asitlerin etil esterleri iki amino asit grubunu taşıyananhidrid halka yapılarını oluşturmak uumlzere kondanse olurlarSonuccedilta diketopiperazin meydana gelir

R-CH-C-O-C2H5 + H2N-C-R 2C2H5OH+R-C-C-N-C-R

NH2

O H

C=OC2H5O- HN C=O

diketopiperazin

10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

Amino asitlerin amino grupları karboksil grupları vevarsa ndashSH grupları Cu++ Co++ Mn++ Fe++ vs gibibir ccedilok ağır metal iyonları ile kompleks şelatlaroluştururlar

Bu oumlzellikten dolayı metal zehirlenmeleri durumunda antidotolarak proteinler kullanılır Bu amaccedilla yumurta akı ve suumltgibi protein ccediloumlzeltileri iccedilirilir Zehirlenmeyi yaratan metal buproteinle birleşerek etkisiz hale getirilir

Amino asitlerin karboksil gruplarının reaksiyonları

1 Tuz Oluşumu2 Esterleşme3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 24: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Amino asitler noumltral veya hafif alkalik ccediloumlzeltilerde form aldehitile reaksiyona girerek 1 veya 2 molekuumll form aldehit elektrikselyuumlk taşımayan amino grubu ile birleşir ve bu şekilde mono- veyadimetilol tuumlrevleri meydana getirirlerBundan sonra karboksil grubu standart alkali ile titre edilebilirkullanılan alkali miktarı mevcut karboksil grubu miktarınıgoumlsterir Bir amino asit ccediloumlzeltisinde bulunan karboksil grubununbu şekilde tayin edilmesi youmlntemine soumlrensen titrasyonu denirsoumlrensen bu tepkimeyi bir ccediloumlzeltide bulunan amino asitmiktarının saptanmasında kullanmıştır

R-CH-COO- + CH2OR-CH-COO- + CH2O R-CH-COO-

NH2Amino asit formaldehit H-N-CH2OH

HOH2C-N-CH2OHMonometilol aa

Dimetilol aa

2 Soumlrensen titrasyonu

3-Amino grubunun aromatik asitlerle bağlanması

C-Cl+H2N-CH2-COOH C-NH-CH2-COOH+HCl

OO

Benzoil kloruumlrglisin

Benzoilglisin(Hippurik asit)

OumlnemibullAmino asitlerin aromatik asitlerle birleşmesi sonundaccediloumlzuumlnmeyen maddeler oluşurbullBoumlylece zararlı maddelerin organizmadan atılması sağlanırbullBoumlyle bir reaksiyon uumlruumlnuuml olan hippurik asit ot yiyenhayvanlarda uumlreden sonra idrarla atılan en oumlnemli azotlumaddedir

4- Betain Reaksiyonu

Amino asitler zwitter iyon durumunda iken NH3+ grubundaki

3 Hrsquonin yerine 3 CH3 grubu geccedilmekle betainler oluşur

H3N+ - CH2- COO- (H3C)3N

+ - CH2- COO-

GlikokolGlikokol betain

OumlNEMİ Betainler bir zwitterionrsquodur

5 Karbamino asit reaksiyonu

Bu reaksiyonda amino asitlerin amino gruplarına CO2 bağlanarakkarbamino asitlerrsquoi meydana getirir

R- CH-COOH + CO2 R-CH-COOH

NH2 HN - COOH

Amino asit Karbamino asit

OumlNEMİ Hemoglobin CO2 ile karbamino asit oluşturur ve buşekilde CO2rsquoin dokulardan akciğerlere taşınmasını sağlar

6Ninhidrin reaksiyonu

Ninhidrin amino asit ile reaksiyona girerse NH3 ve CO2 serbesthale geccediler Bir aldehit oluşur ve ninhidrinin indirgenmiş biccedilimimeydana gelir

İndirgenmiş ninhidrin reaksiyonda serbest hale geccedilen NH3İle birlikte başka bir ninhidrin ile reaksiyona girer veReaksiyon sonunda mavi renkli bir madde oluşur

OumlNEMİ Amino asitler iccedilin oumlnemli bir nitel tayin youmlntemidirBu tepkime serbest amino gruplarının hepsi ile meydanagelebilir Bu nedenle de amino asitler peptidler ve proteinlerbu tepkimeye olumlu yanıt verirler

Ninhidrin+ Amino asit CO2 Reduumlkte ninhidrin+aldehit+amonyak

Ninhidrin+amonyak+reduumlkte ninhidrin Mavi menekşeRenkli kompleks

+ 3H2O

7 Nitrik asit reaksiyonu

Amino asitler nitrik asit ile reaksiyona girerlerse amino gruplarınınazotu nitrik asitin azotu gibi serbest element haline geccedilerDiğer taraftan amino grubunun yerine OH grubu girer

R-CH-COOH + N-OH R-CH-COOH

NH2O OH+N2+H2O

Amino asit Nitrik asit

Oksi asit+azot+su

OumlNEMİ Her bir amino grubuna karşın 1 mol azot serbest kaldığından amino gruplarının miktarını saptamakta yararlanılır

8 Uumlramin asit reaksiyonu

Amino asitlerin amino gruplarına bir uumlre molekuumlluuml eklenirseuumlramin asitleri meydana gelir

R-CH-COOH + H2N-C-NH2 NH3+R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

NH2 OAmino asit uumlre amonyak

Uumlramin asidiUumlramin asidndeki amino grubu ile karboksil grubu arasındanBir molekuumll suyun ayrılması ile hidantoinler oluşur

R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

R-CH C=O

NH C=ONH

Uumlramin asiti hidantoin

OumlNEMİ Uumlramin asitleri suda guumlccedil ccediloumlzuumlnuumlrler ve iyi billurlaşırlarBu nedenle amino asitlerin tanısında kullanılır

9 Diketopiperazin oluşumu

Amino asitlerin etil esterleri iki amino asit grubunu taşıyananhidrid halka yapılarını oluşturmak uumlzere kondanse olurlarSonuccedilta diketopiperazin meydana gelir

R-CH-C-O-C2H5 + H2N-C-R 2C2H5OH+R-C-C-N-C-R

NH2

O H

C=OC2H5O- HN C=O

diketopiperazin

10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

Amino asitlerin amino grupları karboksil grupları vevarsa ndashSH grupları Cu++ Co++ Mn++ Fe++ vs gibibir ccedilok ağır metal iyonları ile kompleks şelatlaroluştururlar

Bu oumlzellikten dolayı metal zehirlenmeleri durumunda antidotolarak proteinler kullanılır Bu amaccedilla yumurta akı ve suumltgibi protein ccediloumlzeltileri iccedilirilir Zehirlenmeyi yaratan metal buproteinle birleşerek etkisiz hale getirilir

Amino asitlerin karboksil gruplarının reaksiyonları

1 Tuz Oluşumu2 Esterleşme3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 25: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

3-Amino grubunun aromatik asitlerle bağlanması

C-Cl+H2N-CH2-COOH C-NH-CH2-COOH+HCl

OO

Benzoil kloruumlrglisin

Benzoilglisin(Hippurik asit)

OumlnemibullAmino asitlerin aromatik asitlerle birleşmesi sonundaccediloumlzuumlnmeyen maddeler oluşurbullBoumlylece zararlı maddelerin organizmadan atılması sağlanırbullBoumlyle bir reaksiyon uumlruumlnuuml olan hippurik asit ot yiyenhayvanlarda uumlreden sonra idrarla atılan en oumlnemli azotlumaddedir

4- Betain Reaksiyonu

Amino asitler zwitter iyon durumunda iken NH3+ grubundaki

3 Hrsquonin yerine 3 CH3 grubu geccedilmekle betainler oluşur

H3N+ - CH2- COO- (H3C)3N

+ - CH2- COO-

GlikokolGlikokol betain

OumlNEMİ Betainler bir zwitterionrsquodur

5 Karbamino asit reaksiyonu

Bu reaksiyonda amino asitlerin amino gruplarına CO2 bağlanarakkarbamino asitlerrsquoi meydana getirir

R- CH-COOH + CO2 R-CH-COOH

NH2 HN - COOH

Amino asit Karbamino asit

OumlNEMİ Hemoglobin CO2 ile karbamino asit oluşturur ve buşekilde CO2rsquoin dokulardan akciğerlere taşınmasını sağlar

6Ninhidrin reaksiyonu

Ninhidrin amino asit ile reaksiyona girerse NH3 ve CO2 serbesthale geccediler Bir aldehit oluşur ve ninhidrinin indirgenmiş biccedilimimeydana gelir

İndirgenmiş ninhidrin reaksiyonda serbest hale geccedilen NH3İle birlikte başka bir ninhidrin ile reaksiyona girer veReaksiyon sonunda mavi renkli bir madde oluşur

OumlNEMİ Amino asitler iccedilin oumlnemli bir nitel tayin youmlntemidirBu tepkime serbest amino gruplarının hepsi ile meydanagelebilir Bu nedenle de amino asitler peptidler ve proteinlerbu tepkimeye olumlu yanıt verirler

Ninhidrin+ Amino asit CO2 Reduumlkte ninhidrin+aldehit+amonyak

Ninhidrin+amonyak+reduumlkte ninhidrin Mavi menekşeRenkli kompleks

+ 3H2O

7 Nitrik asit reaksiyonu

Amino asitler nitrik asit ile reaksiyona girerlerse amino gruplarınınazotu nitrik asitin azotu gibi serbest element haline geccedilerDiğer taraftan amino grubunun yerine OH grubu girer

R-CH-COOH + N-OH R-CH-COOH

NH2O OH+N2+H2O

Amino asit Nitrik asit

Oksi asit+azot+su

OumlNEMİ Her bir amino grubuna karşın 1 mol azot serbest kaldığından amino gruplarının miktarını saptamakta yararlanılır

8 Uumlramin asit reaksiyonu

Amino asitlerin amino gruplarına bir uumlre molekuumlluuml eklenirseuumlramin asitleri meydana gelir

R-CH-COOH + H2N-C-NH2 NH3+R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

NH2 OAmino asit uumlre amonyak

Uumlramin asidiUumlramin asidndeki amino grubu ile karboksil grubu arasındanBir molekuumll suyun ayrılması ile hidantoinler oluşur

R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

R-CH C=O

NH C=ONH

Uumlramin asiti hidantoin

OumlNEMİ Uumlramin asitleri suda guumlccedil ccediloumlzuumlnuumlrler ve iyi billurlaşırlarBu nedenle amino asitlerin tanısında kullanılır

9 Diketopiperazin oluşumu

Amino asitlerin etil esterleri iki amino asit grubunu taşıyananhidrid halka yapılarını oluşturmak uumlzere kondanse olurlarSonuccedilta diketopiperazin meydana gelir

R-CH-C-O-C2H5 + H2N-C-R 2C2H5OH+R-C-C-N-C-R

NH2

O H

C=OC2H5O- HN C=O

diketopiperazin

10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

Amino asitlerin amino grupları karboksil grupları vevarsa ndashSH grupları Cu++ Co++ Mn++ Fe++ vs gibibir ccedilok ağır metal iyonları ile kompleks şelatlaroluştururlar

Bu oumlzellikten dolayı metal zehirlenmeleri durumunda antidotolarak proteinler kullanılır Bu amaccedilla yumurta akı ve suumltgibi protein ccediloumlzeltileri iccedilirilir Zehirlenmeyi yaratan metal buproteinle birleşerek etkisiz hale getirilir

Amino asitlerin karboksil gruplarının reaksiyonları

1 Tuz Oluşumu2 Esterleşme3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 26: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

4- Betain Reaksiyonu

Amino asitler zwitter iyon durumunda iken NH3+ grubundaki

3 Hrsquonin yerine 3 CH3 grubu geccedilmekle betainler oluşur

H3N+ - CH2- COO- (H3C)3N

+ - CH2- COO-

GlikokolGlikokol betain

OumlNEMİ Betainler bir zwitterionrsquodur

5 Karbamino asit reaksiyonu

Bu reaksiyonda amino asitlerin amino gruplarına CO2 bağlanarakkarbamino asitlerrsquoi meydana getirir

R- CH-COOH + CO2 R-CH-COOH

NH2 HN - COOH

Amino asit Karbamino asit

OumlNEMİ Hemoglobin CO2 ile karbamino asit oluşturur ve buşekilde CO2rsquoin dokulardan akciğerlere taşınmasını sağlar

6Ninhidrin reaksiyonu

Ninhidrin amino asit ile reaksiyona girerse NH3 ve CO2 serbesthale geccediler Bir aldehit oluşur ve ninhidrinin indirgenmiş biccedilimimeydana gelir

İndirgenmiş ninhidrin reaksiyonda serbest hale geccedilen NH3İle birlikte başka bir ninhidrin ile reaksiyona girer veReaksiyon sonunda mavi renkli bir madde oluşur

OumlNEMİ Amino asitler iccedilin oumlnemli bir nitel tayin youmlntemidirBu tepkime serbest amino gruplarının hepsi ile meydanagelebilir Bu nedenle de amino asitler peptidler ve proteinlerbu tepkimeye olumlu yanıt verirler

Ninhidrin+ Amino asit CO2 Reduumlkte ninhidrin+aldehit+amonyak

Ninhidrin+amonyak+reduumlkte ninhidrin Mavi menekşeRenkli kompleks

+ 3H2O

7 Nitrik asit reaksiyonu

Amino asitler nitrik asit ile reaksiyona girerlerse amino gruplarınınazotu nitrik asitin azotu gibi serbest element haline geccedilerDiğer taraftan amino grubunun yerine OH grubu girer

R-CH-COOH + N-OH R-CH-COOH

NH2O OH+N2+H2O

Amino asit Nitrik asit

Oksi asit+azot+su

OumlNEMİ Her bir amino grubuna karşın 1 mol azot serbest kaldığından amino gruplarının miktarını saptamakta yararlanılır

8 Uumlramin asit reaksiyonu

Amino asitlerin amino gruplarına bir uumlre molekuumlluuml eklenirseuumlramin asitleri meydana gelir

R-CH-COOH + H2N-C-NH2 NH3+R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

NH2 OAmino asit uumlre amonyak

Uumlramin asidiUumlramin asidndeki amino grubu ile karboksil grubu arasındanBir molekuumll suyun ayrılması ile hidantoinler oluşur

R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

R-CH C=O

NH C=ONH

Uumlramin asiti hidantoin

OumlNEMİ Uumlramin asitleri suda guumlccedil ccediloumlzuumlnuumlrler ve iyi billurlaşırlarBu nedenle amino asitlerin tanısında kullanılır

9 Diketopiperazin oluşumu

Amino asitlerin etil esterleri iki amino asit grubunu taşıyananhidrid halka yapılarını oluşturmak uumlzere kondanse olurlarSonuccedilta diketopiperazin meydana gelir

R-CH-C-O-C2H5 + H2N-C-R 2C2H5OH+R-C-C-N-C-R

NH2

O H

C=OC2H5O- HN C=O

diketopiperazin

10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

Amino asitlerin amino grupları karboksil grupları vevarsa ndashSH grupları Cu++ Co++ Mn++ Fe++ vs gibibir ccedilok ağır metal iyonları ile kompleks şelatlaroluştururlar

Bu oumlzellikten dolayı metal zehirlenmeleri durumunda antidotolarak proteinler kullanılır Bu amaccedilla yumurta akı ve suumltgibi protein ccediloumlzeltileri iccedilirilir Zehirlenmeyi yaratan metal buproteinle birleşerek etkisiz hale getirilir

Amino asitlerin karboksil gruplarının reaksiyonları

1 Tuz Oluşumu2 Esterleşme3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 27: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

5 Karbamino asit reaksiyonu

Bu reaksiyonda amino asitlerin amino gruplarına CO2 bağlanarakkarbamino asitlerrsquoi meydana getirir

R- CH-COOH + CO2 R-CH-COOH

NH2 HN - COOH

Amino asit Karbamino asit

OumlNEMİ Hemoglobin CO2 ile karbamino asit oluşturur ve buşekilde CO2rsquoin dokulardan akciğerlere taşınmasını sağlar

6Ninhidrin reaksiyonu

Ninhidrin amino asit ile reaksiyona girerse NH3 ve CO2 serbesthale geccediler Bir aldehit oluşur ve ninhidrinin indirgenmiş biccedilimimeydana gelir

İndirgenmiş ninhidrin reaksiyonda serbest hale geccedilen NH3İle birlikte başka bir ninhidrin ile reaksiyona girer veReaksiyon sonunda mavi renkli bir madde oluşur

OumlNEMİ Amino asitler iccedilin oumlnemli bir nitel tayin youmlntemidirBu tepkime serbest amino gruplarının hepsi ile meydanagelebilir Bu nedenle de amino asitler peptidler ve proteinlerbu tepkimeye olumlu yanıt verirler

Ninhidrin+ Amino asit CO2 Reduumlkte ninhidrin+aldehit+amonyak

Ninhidrin+amonyak+reduumlkte ninhidrin Mavi menekşeRenkli kompleks

+ 3H2O

7 Nitrik asit reaksiyonu

Amino asitler nitrik asit ile reaksiyona girerlerse amino gruplarınınazotu nitrik asitin azotu gibi serbest element haline geccedilerDiğer taraftan amino grubunun yerine OH grubu girer

R-CH-COOH + N-OH R-CH-COOH

NH2O OH+N2+H2O

Amino asit Nitrik asit

Oksi asit+azot+su

OumlNEMİ Her bir amino grubuna karşın 1 mol azot serbest kaldığından amino gruplarının miktarını saptamakta yararlanılır

8 Uumlramin asit reaksiyonu

Amino asitlerin amino gruplarına bir uumlre molekuumlluuml eklenirseuumlramin asitleri meydana gelir

R-CH-COOH + H2N-C-NH2 NH3+R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

NH2 OAmino asit uumlre amonyak

Uumlramin asidiUumlramin asidndeki amino grubu ile karboksil grubu arasındanBir molekuumll suyun ayrılması ile hidantoinler oluşur

R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

R-CH C=O

NH C=ONH

Uumlramin asiti hidantoin

OumlNEMİ Uumlramin asitleri suda guumlccedil ccediloumlzuumlnuumlrler ve iyi billurlaşırlarBu nedenle amino asitlerin tanısında kullanılır

9 Diketopiperazin oluşumu

Amino asitlerin etil esterleri iki amino asit grubunu taşıyananhidrid halka yapılarını oluşturmak uumlzere kondanse olurlarSonuccedilta diketopiperazin meydana gelir

R-CH-C-O-C2H5 + H2N-C-R 2C2H5OH+R-C-C-N-C-R

NH2

O H

C=OC2H5O- HN C=O

diketopiperazin

10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

Amino asitlerin amino grupları karboksil grupları vevarsa ndashSH grupları Cu++ Co++ Mn++ Fe++ vs gibibir ccedilok ağır metal iyonları ile kompleks şelatlaroluştururlar

Bu oumlzellikten dolayı metal zehirlenmeleri durumunda antidotolarak proteinler kullanılır Bu amaccedilla yumurta akı ve suumltgibi protein ccediloumlzeltileri iccedilirilir Zehirlenmeyi yaratan metal buproteinle birleşerek etkisiz hale getirilir

Amino asitlerin karboksil gruplarının reaksiyonları

1 Tuz Oluşumu2 Esterleşme3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 28: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

6Ninhidrin reaksiyonu

Ninhidrin amino asit ile reaksiyona girerse NH3 ve CO2 serbesthale geccediler Bir aldehit oluşur ve ninhidrinin indirgenmiş biccedilimimeydana gelir

İndirgenmiş ninhidrin reaksiyonda serbest hale geccedilen NH3İle birlikte başka bir ninhidrin ile reaksiyona girer veReaksiyon sonunda mavi renkli bir madde oluşur

OumlNEMİ Amino asitler iccedilin oumlnemli bir nitel tayin youmlntemidirBu tepkime serbest amino gruplarının hepsi ile meydanagelebilir Bu nedenle de amino asitler peptidler ve proteinlerbu tepkimeye olumlu yanıt verirler

Ninhidrin+ Amino asit CO2 Reduumlkte ninhidrin+aldehit+amonyak

Ninhidrin+amonyak+reduumlkte ninhidrin Mavi menekşeRenkli kompleks

+ 3H2O

7 Nitrik asit reaksiyonu

Amino asitler nitrik asit ile reaksiyona girerlerse amino gruplarınınazotu nitrik asitin azotu gibi serbest element haline geccedilerDiğer taraftan amino grubunun yerine OH grubu girer

R-CH-COOH + N-OH R-CH-COOH

NH2O OH+N2+H2O

Amino asit Nitrik asit

Oksi asit+azot+su

OumlNEMİ Her bir amino grubuna karşın 1 mol azot serbest kaldığından amino gruplarının miktarını saptamakta yararlanılır

8 Uumlramin asit reaksiyonu

Amino asitlerin amino gruplarına bir uumlre molekuumlluuml eklenirseuumlramin asitleri meydana gelir

R-CH-COOH + H2N-C-NH2 NH3+R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

NH2 OAmino asit uumlre amonyak

Uumlramin asidiUumlramin asidndeki amino grubu ile karboksil grubu arasındanBir molekuumll suyun ayrılması ile hidantoinler oluşur

R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

R-CH C=O

NH C=ONH

Uumlramin asiti hidantoin

OumlNEMİ Uumlramin asitleri suda guumlccedil ccediloumlzuumlnuumlrler ve iyi billurlaşırlarBu nedenle amino asitlerin tanısında kullanılır

9 Diketopiperazin oluşumu

Amino asitlerin etil esterleri iki amino asit grubunu taşıyananhidrid halka yapılarını oluşturmak uumlzere kondanse olurlarSonuccedilta diketopiperazin meydana gelir

R-CH-C-O-C2H5 + H2N-C-R 2C2H5OH+R-C-C-N-C-R

NH2

O H

C=OC2H5O- HN C=O

diketopiperazin

10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

Amino asitlerin amino grupları karboksil grupları vevarsa ndashSH grupları Cu++ Co++ Mn++ Fe++ vs gibibir ccedilok ağır metal iyonları ile kompleks şelatlaroluştururlar

Bu oumlzellikten dolayı metal zehirlenmeleri durumunda antidotolarak proteinler kullanılır Bu amaccedilla yumurta akı ve suumltgibi protein ccediloumlzeltileri iccedilirilir Zehirlenmeyi yaratan metal buproteinle birleşerek etkisiz hale getirilir

Amino asitlerin karboksil gruplarının reaksiyonları

1 Tuz Oluşumu2 Esterleşme3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 29: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

7 Nitrik asit reaksiyonu

Amino asitler nitrik asit ile reaksiyona girerlerse amino gruplarınınazotu nitrik asitin azotu gibi serbest element haline geccedilerDiğer taraftan amino grubunun yerine OH grubu girer

R-CH-COOH + N-OH R-CH-COOH

NH2O OH+N2+H2O

Amino asit Nitrik asit

Oksi asit+azot+su

OumlNEMİ Her bir amino grubuna karşın 1 mol azot serbest kaldığından amino gruplarının miktarını saptamakta yararlanılır

8 Uumlramin asit reaksiyonu

Amino asitlerin amino gruplarına bir uumlre molekuumlluuml eklenirseuumlramin asitleri meydana gelir

R-CH-COOH + H2N-C-NH2 NH3+R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

NH2 OAmino asit uumlre amonyak

Uumlramin asidiUumlramin asidndeki amino grubu ile karboksil grubu arasındanBir molekuumll suyun ayrılması ile hidantoinler oluşur

R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

R-CH C=O

NH C=ONH

Uumlramin asiti hidantoin

OumlNEMİ Uumlramin asitleri suda guumlccedil ccediloumlzuumlnuumlrler ve iyi billurlaşırlarBu nedenle amino asitlerin tanısında kullanılır

9 Diketopiperazin oluşumu

Amino asitlerin etil esterleri iki amino asit grubunu taşıyananhidrid halka yapılarını oluşturmak uumlzere kondanse olurlarSonuccedilta diketopiperazin meydana gelir

R-CH-C-O-C2H5 + H2N-C-R 2C2H5OH+R-C-C-N-C-R

NH2

O H

C=OC2H5O- HN C=O

diketopiperazin

10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

Amino asitlerin amino grupları karboksil grupları vevarsa ndashSH grupları Cu++ Co++ Mn++ Fe++ vs gibibir ccedilok ağır metal iyonları ile kompleks şelatlaroluştururlar

Bu oumlzellikten dolayı metal zehirlenmeleri durumunda antidotolarak proteinler kullanılır Bu amaccedilla yumurta akı ve suumltgibi protein ccediloumlzeltileri iccedilirilir Zehirlenmeyi yaratan metal buproteinle birleşerek etkisiz hale getirilir

Amino asitlerin karboksil gruplarının reaksiyonları

1 Tuz Oluşumu2 Esterleşme3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 30: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

8 Uumlramin asit reaksiyonu

Amino asitlerin amino gruplarına bir uumlre molekuumlluuml eklenirseuumlramin asitleri meydana gelir

R-CH-COOH + H2N-C-NH2 NH3+R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

NH2 OAmino asit uumlre amonyak

Uumlramin asidiUumlramin asidndeki amino grubu ile karboksil grubu arasındanBir molekuumll suyun ayrılması ile hidantoinler oluşur

R-CH-COOH

HN-C-NH2

O

R-CH C=O

NH C=ONH

Uumlramin asiti hidantoin

OumlNEMİ Uumlramin asitleri suda guumlccedil ccediloumlzuumlnuumlrler ve iyi billurlaşırlarBu nedenle amino asitlerin tanısında kullanılır

9 Diketopiperazin oluşumu

Amino asitlerin etil esterleri iki amino asit grubunu taşıyananhidrid halka yapılarını oluşturmak uumlzere kondanse olurlarSonuccedilta diketopiperazin meydana gelir

R-CH-C-O-C2H5 + H2N-C-R 2C2H5OH+R-C-C-N-C-R

NH2

O H

C=OC2H5O- HN C=O

diketopiperazin

10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

Amino asitlerin amino grupları karboksil grupları vevarsa ndashSH grupları Cu++ Co++ Mn++ Fe++ vs gibibir ccedilok ağır metal iyonları ile kompleks şelatlaroluştururlar

Bu oumlzellikten dolayı metal zehirlenmeleri durumunda antidotolarak proteinler kullanılır Bu amaccedilla yumurta akı ve suumltgibi protein ccediloumlzeltileri iccedilirilir Zehirlenmeyi yaratan metal buproteinle birleşerek etkisiz hale getirilir

Amino asitlerin karboksil gruplarının reaksiyonları

1 Tuz Oluşumu2 Esterleşme3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 31: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

9 Diketopiperazin oluşumu

Amino asitlerin etil esterleri iki amino asit grubunu taşıyananhidrid halka yapılarını oluşturmak uumlzere kondanse olurlarSonuccedilta diketopiperazin meydana gelir

R-CH-C-O-C2H5 + H2N-C-R 2C2H5OH+R-C-C-N-C-R

NH2

O H

C=OC2H5O- HN C=O

diketopiperazin

10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

Amino asitlerin amino grupları karboksil grupları vevarsa ndashSH grupları Cu++ Co++ Mn++ Fe++ vs gibibir ccedilok ağır metal iyonları ile kompleks şelatlaroluştururlar

Bu oumlzellikten dolayı metal zehirlenmeleri durumunda antidotolarak proteinler kullanılır Bu amaccedilla yumurta akı ve suumltgibi protein ccediloumlzeltileri iccedilirilir Zehirlenmeyi yaratan metal buproteinle birleşerek etkisiz hale getirilir

Amino asitlerin karboksil gruplarının reaksiyonları

1 Tuz Oluşumu2 Esterleşme3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 32: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

10 Amino asitlerin metal iyonları ile şelatlanması

Amino asitlerin amino grupları karboksil grupları vevarsa ndashSH grupları Cu++ Co++ Mn++ Fe++ vs gibibir ccedilok ağır metal iyonları ile kompleks şelatlaroluştururlar

Bu oumlzellikten dolayı metal zehirlenmeleri durumunda antidotolarak proteinler kullanılır Bu amaccedilla yumurta akı ve suumltgibi protein ccediloumlzeltileri iccedilirilir Zehirlenmeyi yaratan metal buproteinle birleşerek etkisiz hale getirilir

Amino asitlerin karboksil gruplarının reaksiyonları

1 Tuz Oluşumu2 Esterleşme3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 33: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Amino asitlerin karboksil gruplarının reaksiyonları

1 Tuz Oluşumu2 Esterleşme3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 34: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

1 Tuz Oluşumu

Amino asitlerin ağır metallerle oluşturduğu tuzların bazıları kolay kristalize olurlar

OumlNEMİ Amino asitlerin saf olarak elde edilmesinde kullanılır

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 35: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

2Esterleşme

Amino asitler alkol ile susuz hidroklorik asit eşliğinde reaksiyonagirerlerse esterlerini meydana getiriler

R-C-COO-

NH3+

H

+ HCl R-C-COOH

NH3Cl

H

+ HO-R R-C-COOR+H2O

NH3Cl

Zwitterion aa Amino asit hidrokloruumlr Ester hidrokloruumlr

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 36: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

3 Amino asitlerin dekarboksilasyonu

Amino asit molekuumlluumlnden karbondioksidin ayrılmasına verilen addır

R-CH-COOH R-CH2+CO2

NH2 NH2

Amino asit Amin

Amino asit molekuumlluumlnden CO2 ayrılması ile aminler oluşur

HistidinLizinOrnitinTrozintriptofan

HistaminKadaverinPutressinTiramintriptamin

OumlNEMİ dekarboksilasyon anaerob mikroorgın etkisiyle olurBağırsaktaki kokuşma uumlruumlnleri buna oumlrnektir

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 37: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

R-grup Amino

asit

reaksiyn Oluşan renk

Tepkime adı

fenil Tirozin

Fenil alanin

Civa nitrat veHNO3 ile ısıtma

kırmızı Millon tepkimesi

Fenil

imidazol

Tirozin

Fenil alanin

histidin

Alkalik ortda suumllfanilik asit Nahipoklorit

kırmızı pauly

guanidin arjinin Alkalik ortda alfa-naftol Nahipoklorit

kırmızı Sakaguchi

Serbest SH sistein Seyreltik NH4OH de ccediloumlzeltilmiş Na nitroprossid

kırmızı nitroprussid

R GRUPLARI İle ilgili reaksiyonlar

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 38: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

indol triptofan H2SO4 de ccediloumlzeltilmiş p-dimetilaminobenzaldehitle işlemde

pembe Ehrlich

Halkalı aa

Fenil alanin

triptofan

HNO3

Isıtılınca

Alkali ilavesinde

Beyaz tortu

Sarı

turuncu

ksantoprotein

indol triptofan Gliyoksiklik asitle işlemden sonra H2SO4

tabakalndırma

Menekşe halka

Hopkins Cole

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 39: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Esansiyel amino asitler

Organizmalar tarafından sentez edilemeyen ve besinlerle dışarıdan

alınmaları gerekli olan amino asitlere esansiyel (eksojen ) amino asitler

denir Vuumlcutta sentez edilebilen ve dışarıdan besinlerle alınmaları şart

olmayan amino asitlere de esansiyel olmayan amino asitler (endojen)

denir

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 40: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

İnsanlarda esansiyel aaler

Lizin

Triptofan

Fenilalanin

Loumlysin

İzoloumlysin

Treonin

Metiyonin

Valin

Koumlpek sıccedilan ve domuzlarda bunlara ek olarak histidin ve arjinin

Tavuklarda da bunlara ek olarak histidin arjinin glisin ve glutamik

asit esansiyeldir

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 41: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

PEPTİT BAĞLARI

Peptid bağları kurulurken

Amino asitlerden birinin karboksil grubu

ile diğerinin amino grubu yan yana gelirler

ve aralarından bir molekuumll su vererek

peptid bağını kurarlar

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 42: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

bullbirccedilok aa Peptid bağı ile bağlanırsa sırasıyladi tri tetra penta vb peptidler oluşur

bull10rsquodan az aa Birbiriyle bağlanırsa oluşanpeptide genel olarak oligopeptid adı verilir

bull10rsquodan fazla aa İccedileren peptidlere polipeptidler1002den fazla aa Kapsayan peptidleremakropeptidler adı verilir

bullİsimlendirme karboksil grubu peptid bağınakatılan aain ismini sonuna ndashil eki getirilir

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 43: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Peptid sentezi

bullOldukccedila basit yapıda peptidlerin hormon ya dadoku hormonları olarak oumlnemli rol oynamalarıve ilaccedil enduumlstrisinde buumlyuumlk ilgi goumlrmelerinedeniyle peptidlerin saf kimyasal sentezleribuumlyuumlk ilgi toplamaktadır

bullPeptid sentezinde temel ilke karboksilgrubunun bir tuumlrevi ile bir aain aminogrubunun reaksiyonuna sokulmasıdır

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 44: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Doğal peptidler

bullDoğal olarak bulunan oligopeptidlerin ve

polipeptidlerin varlığı bilinir Bunlardan buumlyuumlk bir

kısmı da protein parccedilalanma uumlruumlnlerinden

oluşurlar ve

enzim oumln maddelerinin aktivasyonundan

kollajenin olgunlaşmasından ya da

fibrinojenin fibrine doumlnuumlşmesinden koumlken alırlar

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 45: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

bullBirccedilok peptid oumlnemli fizyolojik fonksiyonlara

sahiptir

1- Oumlzellikle hormon etkisine sahip olan

peptidler buumlyuumlk oumlnem taşırlar

2- Doku hormonları olarak tanımlanan hormon

benzeri maddeler vardır (kinin anjiotensin)

3- MSSrsquonde bulunan ve endorfin ya da

enkefalin adı verilen beyinde oumlnemli goumlrevler

yapan peptidler vardır

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 46: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Proteinlerin biyosentezi

bullYuumlksek yapılı canlılarda ccediloğu peptidler buumlyuumlkpolipeptid zincirlerinin parccedilalanmasından koumlkenalırlar

bullBirccedilok protein inaktif halden aktif halegeccedilerken (Oumlrn enzimler hormonlar) parccedilalanırve kuumlccediluumlluumlrler Bu sırada peptidler accedilığa ccedilıkar

bullBu oluşum prensibi yanında aktive edilmiş asittuumlrevlerinin di tripeptid oluşturması gibi ikincibir biyosentez yolu da vardır

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 47: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Peptid hormonlarından bazıları

bullParathormon (paratiropid bezi) Ca+2

mobilizasyonu

bullKalsitonin (Troid bezi) Ca+2 duumlzeyinin duumlşuumlruumllmesi

bullİnsulin (Pankreas) Kan şekeri duumlşuumlruumllmesi

bullGlukagon (Pankreas) Kan şekeri yuumlkseltilmesi

bullOksitosin (neurohipofiz) uterus kontraksiyonları

bullSomatotropin (STH) (adenohipohiz) metabolizma

ve buumlyuumlme

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 48: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

bullKortikotropin (ACTH) (Adenohipofiz) Boumlbrek uumlstuuml bezi

kabuğu stimuumllasyonu

bullTyrotropin (TRH) (adenohipofiz) troid bezis

timuumllasyonu

bullFollikuumll stimuumlle edici hormon (FSH)(adenohipofiz)

yumurta huumlcresi olgunlaşmasının stimuumllasyonu

bullProlaktin(adenohipofiz)suumlt bezlerinin stimuumllasyonu

bullLutropin (LH) (adenohipofiz) seksuumlel hormon

uumlretiminin stimuumllasyonu

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 49: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

bullRelaksin(Ovaryum) symphisis pelvisin gevşetilmesi

bullEritropoetin(boumlbrekler) eritrositlerin olgunlaşması

bullTimozin(Timus) lenfoid huumlcrelerin proliferasyonu vedeğişimi

bullVazopressin (ADH)(neurohipofiz) diuumlrezinengellenmesi

bullMelanotropin (MSH)(pars intermedia) melanoforlarıngenişlemesi

bullChorion gonadotropin (HCG) (plasenta) LH etkisi

bullLipotropin (LPH) (Adenohipofiz) lipoliz

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 50: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Proteinler

bullAmino asitlerin peptid bağlarıyla birbirine oumlzel dizilimlerle

bullbağlanmasıyla oluşan ve bir ccedilok değişik fonksiyona sahip organik bileşiklerdir

bullBileşimlerinde C 50 O 25 N 16 H 7 bulunur bazı amino

bull asitlerde 1 suumllfuumlrde goumlruumllebilir

Molekuumll ağırlıkları 5000rsquoden 40 milyona kadar değişebilmektedir

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 51: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

bullHuumlcre yapıtaşını oluşturmaları

bullHareketi sağlayan kontraktil elementlerin

ve enzimlerin yapısının proteinlerden

kurulu olmasının yanı sıra

bullbirccedilok hormonun protein yapısında

olması

bullproteinlerin kanda birccedilok maddenin

taşınmasını sağlaması youmlnuumlnden

proteinler oumlnemlidir

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 52: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

bull Globuler ya da spheroproteinler

bull Fibriler ya da Skleroproteinler

bullProteidler

bullProteinler ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri formları kimyasal

iccedilerikleri ve varsa protein olmayan kısımlarına

goumlre sınıflandırılırlar

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 53: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

GLOBULER PROTEİNbullEnzimler ve hormonlar

bullYuvarlak ya da elipsoid bir form

bullAlbumin ve globulin

bullSuda ya da tuzlu su ccediloumlzeltisinde

zayıf asitlerde ve bazlarda

ccediloumlzuumlnuumlrler

Zein (Mısır) ve gliadin (buğday)

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 54: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Histonlar

Bazik proteinlerdir

Yapılarında arjinin vardır

Triptofan ve tirozin yoktur

Denatuumlre edilemezler

Protaminler

Tahıl proteinleri

Glutamik asit ve prolinden zengin

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 55: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

FİBRİLER PROTEİNLER

bullİpliksi yapıları ile karakteristik

bullCcedilapın uzunluğa oranı 130 ya da

daha fazla olduğu uzun elipsoid

forma sahiptirler

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 56: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Kollagen Yapısı

bullHayvanlarda ccedilok yaygın bulunur

bullSuda seyreltik asit ve alkalilerde

Ccediloumlzuumlnmez

bull30 luk glisin 12-14 hidroksiprolin

12 lik hidroksilizin iccedilerir

Helix yapısındaki 3 peptit zinciri 28 A boyunda bir suumlperhelix

formunda birbirlerine sarılmışlardır

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 57: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Elastin

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 58: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

KERATİN Saccedilların (yuumlnlerin) ve boynuzumsu

maddelerinin (tırnakboynuz)

iccedilerdiği proteindir

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 59: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Bu tuumlr proteinler prostetik grubunun kimyasal niteliğine goumlre proteidler

1-glikoproteinler (prostetik grubu karbonhidrat)

2-Nuumlkleoproteinler (nuumlkasit)

3-Lipoproteinler (lipid)

4-Kromoproteinler (kromojenler)

5-metalloproteinler (metaller)

6-hemoproteinler (hem)

7-Fosfoproteinler (fosfor)

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 60: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Proteinlerin nitelikleri

1-Amfolit Oumlzellikleri Bir proteinin yapısındaki serbest asidik ve bazik

grupların sayısı protein yapısında yer alan asidik ya da bazik amino asit

sayılarınca belirlenir Bu tuumlr grupların varlığı proteine amfolit niteliği

kazandırır ve proteinler ccediloumlzeltinin pHrsquosına bağımlı olarak bir asidik

(katyon) ya da bazik (anyon) nitelik taşırlar Anyonik ve katyonik

grupların sayılarının eşit olduğu yani protein yuumlkuumlnuumln sıfır olduğu

ccediloumlzeltinin pH değerine protein molekuumlluumlnuumln izoelektrik pHrsquosı adı verilir

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 61: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

2-Tampon Oumlzellikleri

Glikoproteinlerde ve proteoglikanlarda anyonik ve katyonik gruplar

yanısıra yapıdaki neurominik asit oumlrnekleri (ve fosfat oumlrnekleri) ya da

karboksil ve suumllfat gruplarının net yuumlkleri molekuumlluumln izoelektrik

noktasını etkiler Bu nitelikleri ile proteinler tampon etkisine sahiptirler

Fakat kanın ya da vuumlcut sıvılarının pH değerlerinde serbest asidik ve

bazik gruplar histidinin imidazol grubundan daha ccedilok tampon niteliği

goumlsterirler

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 62: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

3-Proteinlerin Ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri

Proteinlerin ccediloumlzuumlnuumlrluumlkleri bir yandan amino asit iccedileriklerine molekuumllağırlıklarına ve molekuumll formunadiğer yandan ccediloumlzeltinin tuumlruumlne pHdeğerine ve kullanılan elektrolitin konsantrasyon ve niteliklerinebağımlıdırBelirli bir elektrolit ve H+ iyonu konsantrasyonunda her proteinkarakteristik bir ccediloumlzuumlnuumlrluumlğe sahiptirDipol nitelikteki proteinlerde noumltral tuzların verilmesinde molekuumll iccediliccedilekim guumlccedilleri azaltıldığından ccediloumlzuumlnuumlrluumlk kolaylaştırılır ya dagerccedilekleştirilir

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 63: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Protein karışımını oluşturan komponentler farklı tuzkonsantrasyonlarında ccediloumlkelirler (prot karışımlarının ayrımlanması) Buamaccedilla ccediloğunlukla iyi ccediloumlzuumlnen ve kuvvetli hidratize edilen amonyumsuumllfat kullanılırProteinler kuvvetli asitler (perklorik asit triklorasetika sit pikrik asitsuumllfasalisilik asit) invert sabunlar ağırmetaller (CuSO4 Zn(OH)2)organik ccediloumlzuumlcuumller (etanol aseeton) ilavesinde de ccediloumlkelirlerAyrıca sulu bir protein ccediloumlzeltisi 70 0Crsquonin uumlzerinde ısıtılırsa proteinlerccediloumlkelirler ya da denatuumlre olurlar

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 64: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

DENATUumlRASYON

Bir proteinin ccediloumlzuumlnuumlr formdan ccediloumlzuumlnmez forma geccedilişi denatuumlrasyon

olayı ile bağlantılıdır

Denatuumlrasyonda proteinin duumlzenli yapısı (2il ve 3uumll) değişir ya da

tuumlmuumlyle ortadan kalkar

Ccediloumlzuumlnuumlrluumlk yanında protein kristalize olma yeteneğini ve aktivitesini

kaybeder

Denatuumlre olmuş proteinler proteolitik enzimler tarafından kolaylıkla

parccedilalanabilirler

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 65: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Denatuumlrasyon doğal yapının bozulmasıdır Doğal yapının

bozulması iccedilin de protein molekuumlluumlnuumln birtakım etkenlere

maruz kalması gerekmektedir Denatuumlrasyon olayının olması

iccedilin peptid bağlarının ccediloumlzuumllmesi şart değildir Protein

molekuumlluumlnuumln katlarının accedilılması ve değişik bir biccedilimde tekrar

katlanması yani 2 ve 3 yapılardaki değişiklikler de protein

molekuumlluumlnuumln niteliklerini değiştirir 3 yapının bozulması geri

doumlnebilir bir denatuumlrasyon olduğu halde 2 yapının bozulduğu

durumlarda oluşan denatuumlrasyonun geriye doumlnuumlşuuml yoktur

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 66: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Proteinlerin doğal yapısının

bozulmasıdır

Denatuumlrasyon nedenleri

bullAsit de bekletme (pH4 )

bullAlkalirsquode bekletme(pH10

bullEtonolde ccediloumlzme

bullIsı (50-60ordmC )

bullKonsantre uumlre ccediloumlzeltisi

bullUV ışınları

bullX ışınları

bullKuvvetli ccedilalkalama

bullDondurup ccediloumlzmr

bullYuumlksek basınccedil

)

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 67: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Bazı durumlarda denatuumlrasyon etkeni ortadan kaldırılabilirse

Protein molekuumlluuml tekrar eski formunu ve biyolojik aktivitesini

Kazanabilir ki bu olaya RENATUumlRASYON denir

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 68: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Protein Molekuumlluumlnuumln YapısıbullPrimer Yapı (Amino asit sekansı)

bullİkincil yapı (Zincir konformasyonu)

bullUumlccediluumlncuumll yapı (tersiyer yapı)

bullDoumlrduumlncuumll yapı (kuarterner yapı)

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 69: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

PRİMER YAPI

Amino asitlerin molekuumll iccedilindeki dizilim sıraları

-Molekuumll başlangıcında yer alan amino asit serbest bir amino

zincir sonunda yer alan amino asitte serbest karboksil grubuna

sahiptir

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 70: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

PRİMER YAPI

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 71: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

SEKONDER YAPIAlfa heliks yapısı

Peptid zincirinin bir eksen

etrafında helezon şeklinde

kıvrılmasıyla meydana

Gelir

Beta-heliks yapısı

İki veya daha fazla sayıda

polipeptid zincirinin H

bağları ile birbirine bir-

leşmesiyle meydana gelen

yapı

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 72: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

TERSİYER YAPI

bullHidrojen koumlpruumlsuuml bağları

bullDisuumllfid bağları

bullİyonik ilşkiler

bullHidrofob bağlar

Uumlccediluumlncuumll yapı bu tuumlr bağlar

aracılığı ile oluşturulan

protein molekuumlluumlnuumln

uumlccedil boyutlu asimetrik

yapısıdır

Bu bağlar sayesinde protein molekuumlluuml kendi etrafında katlanır

Kıvrılır ve elipsoid ya da globuumller bir yapı kazanır

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 73: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Uumlccediluumlncuumll yapı oumlzellikle proteinlerin fonksiyonel niteliklerini

yerine getirebilmeleri accedilısından buumlyuumlk oumlnem taşır

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 74: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Primer- sekunder-tersiyer

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 75: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Globuler protein şeklinde katlanmış peptid zincirleri sık sık

daha buumlyuumlk yapılı agregatlar halinde bir araya gelirler Bir

araya gelmiş bu toplu yapıya doumlrduumlncuumll yapı denir

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 76: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Primer-sekonder-tersiyer-quarter yapı

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 77: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

KROMOPROTEİNLER

Prostetik grubu porfirinler gibi renkli maddeler olan konjuge proteinlerdir

Hemoglobin ve solunum enzimleri katalaz enzimi prostetik grubu olan proteinlerdir

Flavoproteidlerin prostetik grubu riboflavin Siyah saccedil ve yuumlnde bulunan proteinli

maddelerin prostetik grubu melanin Hem maddesini prostetik grup olarak taşıyan

kromoproteinlere hemoproteidler adı verilir Hem maddesi genelde Fe taşıyan porfirin

kompleksidir

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 78: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

PORFİRİNLER

Porfirinlerin ilk ve basit temel maddesi pirol halkasıdır

Eğer bir pirol halkasına propiyonik asit asetik asit veya metil etil hidroksi etil vinil gibi yan zincirler eklenirse porfobilinojen denen yapı meydana gelir

4 pirol halkası =CH- koumlpruumlleri ile birbirine bağlanarak porfirinleri oluşturur

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 79: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Hemoglobin

Prostetik grup olarak ldquohemrdquo taşıyan bir kromoproteindir

4 hem grubunun birbirine paralel bir şekilde ve peptid zincirine dik olarak globinle bağlanmalarıyla oluşurlar

Molekuumll ağırlığı 68000

Ana karnındaki yavruda hemoglobin başlıca karaciğerde sentez edilir ve yetişkinlerin kemik iliğinde sentezlenen hemoglobinden farklıdır

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 80: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Histidin youmlnuumlnden zengindir ve kanda fazla bulunması nedeniyle iyi bir tampondur

En oumlnemli goumlrevi oksihemoglobin oluşturmak suretiyle akciğerlerde atmosferik oksijen ile birleşerek oksijeni dokulara taşımaktır

Hemoglobindeki 4 hem grubundan her biri 1 molekuumll oksijen bağlayabilir

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 81: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Hemoglobin+CO2=karbaminohemoglobin

Hemoglobin+CO=karboksihemoglobin

Hemoglobin+oksitleyici

maddeler=methemoglobin

Hemoglobin+siyanuumlr=siyan hemoglobin

Hemoglobin+H2S=sufhemoglobin

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 82: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Myoglobin

Hemoglobin molekuumlluumlnuumln frac14rsquouuml buumlyuumlkluumlğuumlndedir

Molekuumll ağırlığı 17000

Prostetik grubu bir hem maddesi

Goumlrevi Hemoglobinin dokulara getirdiği oksijeni tutmak

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 83: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

SAFRA RENKLİ MADDELERİ

Eritrositlerin parccedilalanma uumlruumlnleri oldukları iccedilin safra asitlerinin kaynağı olarak eritrositler goumlsterilir

Eritrositler 125 guumln sonra yıkılır Porfirin halkası accedilılır ve 1 bir CH (metin) grubuna ait C atomu ayrılır 4 pirol halkası iccedileren accedilık bir zincir= safra renkli maddelerdir

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 84: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Safra renkli maddeler Bilen (Proto)maddesinden tuumlremiş olduğu kabul edilir

Hemoglobinin parccedilalanmasında ilk basamakta meydan gelen safra renkli maddesi biliverdindir

Biliverdindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan metin gruplarından birisinin metilen grubuna oksitlenmesiyle (reduumlklenmesiyle) bilirubin meydana gelir

Bilirubindeki vinil gruplarının etil grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubin oluşur

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 85: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Mezobilirubindeki porfobilinojen halkalarını bağlayan diğer 2 metin (CH) grubunun da metilen grubuna (CH2) reduumlklenmesiyle mezobilirubinojen meydana gelir

Sterkobilinojen mezobilirubinojendeki 2 yan porfobilinojen halkalarına yani 1 ve 11 norsquolu halkalara 2rsquoşer H girmesiyle oluşur

Klinik biyokimyada mezobilirubinojen ve sterkobilinojene bilinojenler veya urobilinojenler denir

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 86: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Gerek mezobiliruniojende gerekse sterkobilinojende merkezde mevcut uumlretilen CH2 grubunun H kaybetmek suretiyle oksitlenerek yani metin (CH) grubuna ccedilevrilmesiyle mezobilirubinojenden uumlrobilin sterkobilinojenden de sterkobilin meydana gelir (her ikisi de dışkıdan izole)

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 87: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Safra renkli maddelerinin oumlzellikleri

Mezobilinojen ve sterkobilinojen renksizdir

Uumlrobilin ve sterkobilin sarı renktedir

Mezobilirubin ve bilirubin portakal sarısı renktedir

Biliverdin mavimsi yeşil renktedir

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 88: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

SARILIK

Safra renkli maddelerinden olan bilirubinin

plazmada toplanmasına bilirubinemi

idrarla ccedilıkarılmasına bilirubinuri

deri ve mukozada toplanarak bu dokuları boyaması haline sarılık (ikterus)adı verilir

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 89: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Hemolitik sarılık

Eritrosit parccedilalanmasının arttığı durumlarda (dış parazitlerin toksinlerinden vb) birdenbire oluşan fazla bilirubinin karaciğer tarafından safra kanalına salgılamaya yetişememesi sonucu kanda birikmesiyle oluşur

Serum karaciğer fonktestleri normal

İdrar urobilinojen artmıştır

Dışkı koyu renkli sterkobilinojen ve urobilinojen artmıştır

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 90: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Hepatoselluumller sarılık

Bilirubinin karaciğer huumlcrelerinden alınıp safra kanallarına atılamaması

Nedenleri hepatit zehirlenmeler

Serum karaciğer fonksiyon testleri bozulur

İdrar Urobilinojen goumlruumlluumlr

Dışkı accedilık renklidir

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 91: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Mekanik sarılık (retensiyon sarılığı)

Safra yollarının yangı taş parazit veya ur gibi nedenlerle tıkanması ve safranın karaciğer huumlcrelerinde ve dokularda toplanması

Serumda direkt bilirubin ve indirekt bilirubin artar

İdrarda bilirubin bulunur

Dışkı renksizdir

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 92: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

NUumlKLEİK ASİTLER

Kalıtsal nitelikleri olan genleri taşıyan ve protein sentezinde anahtar oumlzellik goumlsteren maddelerdir

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 93: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Nuumlkleik asitlerin oumlnemi

Nuumlkleoproteinler kalıtım yolu ile doğrudan ilgilidir

Nuumlkleoproteinler kromatinin temel maddesi olmaları nedeni ile huumlcre boumlluumlnmesinde uumlremesinde ve kalıtsal faktoumlrlerin naklinde rol oynarlar

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 94: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Huumlcrede youmlnetici molekuumll olarak goumlrev yaparlar Yapılarındaki 5 C lu şekere goumlre ikiye ayrılırlar Deoksiriboz şekeri olana DNA riboz şekeri olana RNA denir Nuumlkleotid denilen birimlerden meydana gelmişlerdir Nuumlkleotid fosfat(H3PO4) 5 C lu şeker ve azotlu organik bazdan oluşur Nuumlkleotidler isimlerini taşıdıkları organik baza goumlre alırlar

Organik bazlarİki ccedileşittir

1PuumlrinlerCcedilift halkalıdırlar Adenin ve guanin bu gruptadır

2PirimidinlerTek halkalıdırlar Sitozin timin ve urasil

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 95: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Nukleosidler Pirimidin (TC) veya puumlrin bazlarından (AG) birisi ile pentoz şekeri (2-deoksi-D-riboz) birleşerek nukleosidleri meydana getirirler

Nukleosidler de fosfat molekuumllleri ile birleşerek nukleotidleri oluştururlar

Yan yana bulunan nukleotidler (monomer) birbirleri ile fosfodiester bağları ile birleşerek polinukleotid zincirlerini (polimer) oluştururlar

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 96: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Biyolojik youmlnden oumlnemli serbest nuumlkleotidlerKoenzimler

AMP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ADP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar)

ATP (Flavinli enzimlerin yapısına katılırlar kimyasal reaksiyonların enerji kaynağıdır)

NAD (Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

NADP(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FMN(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

FAD(Biyolojik oksidasyonlarda rol oynarlar)

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 97: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

UDP-G

Koenzim A

GMP

CMP

UMP

TMP

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 98: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

DNArsquonın (Deoksiribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Oumlkaryotlarda ccedilekirdek mitokondri ve kloroplastta prokaryotlarda ise sitoplazmada bulunur

Merdiven şeklinde iki sarmal iplikten oluşur(Watson-Crick modeli)

Genetik haberi taşır ve replikasyon (eşleşme) yeteneğine sahiptir

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 99: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Huumlcre boumlluumlnmesinde genetik unsurlar tamamıyla ve değiştirilmeksizin yavruya verilir Yeni bir DNA molekuumlluumlnuumln meydana gelmesi (DNA replikasyonu) iccedilin ccedilift sarmalın yani 3 yapının bozulup 2 yapının meydana gelmesi gerekir Bu şekilde ayrılan DNA şeritleri yeni oluşacak DNA şeritleri iccedilin adeta bir kalıp meydana getirir Bu kalıp karşısında ancak ve sadece bu şeridin kendisinden ayrıldığı eş şeridin yapısına benzer bir DNA şeridi oluşabilir Ccediluumlnkuuml kalıp olarak adlandırdığımız DNA şeridi iccedilerisinde yer alan Nrsquolu bazlar ancak kendi sırasına uygun Nrsquolu bazlar ile eşleşebilir

DNA molekuumlluumlnde birbiri uumlzerinde yer alan 3 Nrsquolu baz bir amino asidi kodlar ve buna kodon adı verilir

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 100: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

DNArsquonın yapısıMetabolizmayı buumlyuumlmeyi boumlluumlnmeyi ve kalıtsal

karakterlerin aktarılmasını sağlarAdenin timin guanin ve sitozin bazlarından oluşurKendini eşleyebilir (replikasyon) Eşlenmeye DNA

nın iki ipliğide katılır Ortanda bulunan uygun nuumlkleotidleri kullanarak yeni karşı diziyi tamamlar

Replikasyon sırasındaki hata DNArsquonın tek ipliğinde ise sonraki eşlemelerde onarılabilir iki ipliğinde ve karşılıklı boumllgelerinde ise onarılamaz

Nuumlkleotidleri oluşturan şeker ve bazlar birbirine glikozit bağı ile bağlanırlar Nuumlkleotidler ise fosfodiester bağı ile birbirine bağlanırlar

Adenin timinle guanin sitozinle eşleşirAdenin sayısı timin guanin sayısı sitozin sayısına eşittir

AT=1 ve GC=1 olduğuna goumlre A+GT+C=1olur

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 101: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

DNA nın iki zincirini zayıf hidrojen bağları bir arada tutar Adenin ve timin arasında 2 guanin ve sitozin arasında 3 tane zayıf H bağı bulunur

Sentezlenmesini sağlayan enzim DNA polimeraz hidrolizini sağlayan enzim Deoksiribonuumlkleaz (DNAaz) dır

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 102: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

GenBir polipeptidin sentezinden sorumlu en kuumlccediluumlk DNA parccedilasıdır

Bir bireyin kalıtsal yapısını oluşturan alt birimlerin basitten karmaşığa doğru sıralanışı şoumlyledirOrganik baz-Nuumlkleotid-Uumlccedilluuml şifre-Gen-Nuumlkleik asit-Kromozom

DNArsquonın oumlzelliğini veren nuumlkleotidlerin diziliş sırası ccedileşidi ve sayısıdır

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 103: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Huumlcre iccedilinde DNArsquonın konumu

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 104: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

MutasyonDNA nın eşlenmesi sırasında nuumlkleotit sırasında ve yapısında goumlruumllen değişmelerdir Uumlreme huumlcrelerinin oluşumu sırasında gerccedilekleşirse kalıtsaldır

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 105: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

RNArsquonın (Ribonuumlkleik asit) oumlzellikleri

Ccedilekirdekte ve sitoplazmada serbest halde bulunur

Tek nuumlkleotid dizisinden oluşmuşturOrganik bazları adenin guanin sitozin ve urasil

dirProtein sentezinde translasyon kısmında goumlrev

alırKendini eşleyemez DNA tarafından sentezlenirSentezlenmesini sağlayan enzim RNA

polimeraz hidrolizini sağlayan enzim ribonuumlkleaz(RNAaz) dır

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 106: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

RNA CcedileşitleriYaptıkları goumlreve goumlre uumlccedil ccedileşit RNA vardır

a)mRNA(mesenger RNA)Ccedilekirdekte DNA nın anlamlı ipliğinden sentezlenir Protein sentezinde kalıp olarak iş goumlruumlrDNArsquodaki genetik haberi ribozomlarda protein sentezinin meydana geldiği yere taşır

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 107: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

b)tRNA(transfer RNA)Goumlrevi huumlcre iccedilindeki aminoasitleri tanımak ve bunları ribozomlara taşımaktır Her aminoasitin tRNA sı oumlzel olduğundan her huumlcrede 20 ccedileşit tRNA vardır

c)rRNA(Ribozomal RNA)Ribozomların yapısına katılır

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 108: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

KodonBir aminoasit iccedilin mRNArsquoda yan yana gelen uumlccedil nuumlkleotidin meydana getirdiği şifredir

Antikodon tRNA nın mRNA kodonlarına uygun gelen her biri bir aminoasit taşıyan uumlccedilluuml nuumlkleotit grubudur

1 aminoasit=1 kodon=3 nuumlkleotit

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 109: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

PROTEİN SENTEZİProtein ccedileşitliliği yapısındaki aminoasitlerin sayı

sıra ve ccedileşidine bağlıdırHuumlcredeki proteinlerin sentezinden DNA molekuumlluuml

sorumludurDNA molekuumlluuml uumlzerindeki nuumlkleotid sıraları

aminoasitlerin proteindeki sırasını verirDNA molekuumlluuml uumlzerindeki ard arda gelen 3

nuumlkleotid 1 aminoasit iccedilin şifre demektirProtein sentezi iccedilin gerekli şifre DNA tarafından

mRNA ya aktarılır mRNA bu bilgileri ribozomlara goumltuumlruumlr

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 110: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

tRNA larda uygun aminoasitleri alarak ribozomlara gelir

tRNA nın antikodonu ile mRNA nın kodonu uygun ise aminoasitler aralarında peptit bağı oluşturarak polipeptit zinciri meydana gelir(mRNA daki mesaj bitene kadar devam eder)

AUG-Başlangıccedil kodonu

UAAUAGUGA-Bitiş kodonları

Protein sentezi tamamlandığında mRNA ribozomdan ayrılır mRNA ve tRNA enzimler gibi tekrar tekrar kullanılabilirler

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir

Page 111: PROTEOS...Amino asitler nötralveya hafif alkalik çözeltilerdeform aldehit ile reaksiyona girerek, 1 veya 2 molekülform aldehit, elektriksel yüktaşımayanamino grubu ile birleşirve

Transkripsiyon (yazılma)DNA dan mRNA ya şifre aktarımı

Translasyon (okuma)mRNA ya uygun tRNA antikodonunun karşı karşıya gelmesi

Protein sentezinde aktif goumlrev sırasıDNA-mRNA-Ribozom-tRNA-Aminoasit

Bir gen bir enzim hipoteziHer enzimin sentezinden sorumlu bir gen vardır

Replikasyon sırasındaki mutasyonlar kalıtsal olmasına rağmen transkripsiyon ve translasyon sırasındaki hatalar kalıtsal değildir