pub med

1

PUBMED

Τι προσφέρει το NCBI

Πληκτρολογούμε: http://www.ncbi.nlm.nih.gov

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Τι προσφέρει το NCBI

Η Entrez είναι ένα εργαλείο για

cross-searching βάσεων

δεδομένων και περιέχει, μεταξύ

άλλων:

Επιστημονικά κείμενα

Βάσεις Αλληλλουχιών DNA και

πρωτεϊνών

Δεδομένα τριτοταγούς και

τεταρτοταγούς δομής πρωτεϊνών

Στοιχεία πληθυσμιακών μελετών

Πλήρη γονίδια και γονιδιώματα

Blast: Basic local alignment search tool

Εργαλείο έρευνας ομοιότητας αλληλουχιών,

πρωτεινικών και νουκλεοτιδικών

Πάνω από 80,000 αναζητήσεις/ημέρα

ΟΜΙΜ: Online Mendelian Inheritance In Man

Βάση που περιέχει ανθρώπινα γονίδια και γενετικές

δυσλειτουργίες

Παρουσιάζει ιδιαίτερο Ιατρικό ενδιαφέρον

Το Books είναι:

online κατάλογος βιβλίων ό οποίος επιτρέπει την

αναζήτηση σε αυτά με χρήση λέξεων-κλειδιών και την

εμφάνιση πλήρους κειμένου..

Ο TaxBrowser είναι:

Κατάλογος που περιέχει τις ταξινομικές

κατηγοριοποιήσεις όλων των οργανισμών

Ταξινομικά στοιχεία που περιλαμβάνουν και γενετικούς

κώδικες

Γονιδιώματα οργανισμών που έχουν εκλείψει

Η Structure περιέχει, μεταξύ άλλων:

Βάση με τρισδιάστατα (3-D) μοριακά μοντέλα

Εργαλεία για την οπτικοποίηση των 3-D μοντέλων

(όπως το πρόγραμμα Cn3D)

Δεδομένα από την PDB (Protein Data Bank)

Η PubMed:

Επιτρέπει το «ψάξιμο» στην Medline

Ανανεώνεται καθημερινά

Είναι προσβάσιμη μέσα από το διαδίκτυο

Μια βάση δεδομένων με επιστημονικά άρθρα, με

περισσότερες από 16Μ καταχωρήσεις (που

ξεκινούν από την δεκαετία του ’60)

Περιέχει 4.600 περιοδικά (που εκδίδονται σε

περισσότερες από 70 χώρες)

Καλύπτει όλες τις πτυχές των βιοεπιστημών.

Δεν περιέχει πλήρη κείμενα.

Τι είναι η Medline;

PubMed

Περιήγηση στην ιστοσελίδα της PubMed

Πώς θέτουμε απλά ερωτήματα

Πώς εκτελούμε πιο περίπλοκες αναζητήσεις

Πληκτρολογούμε: http://www.ncbi.nlm.nih.gov

(ή, για απευθείας σύνδεση με την PubMed,

http://www.pubmed.com)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

PubMed

Αποτελεί κομμάτι

του ευρύτερου

δικτύου

αναζήτησης της

Entrez

Abstract/Free Full Text icons

Αποθήκευση

lipocalin AND disease

(35 αποτελέσματα)

lipocalin OR disease

(1,300,000 αποτελέσματα)

lipocalin NOT disease

(350 αποτελέσματα)

1 AND 2

1 OR 2

1 NOT 2

1

1

1

2

2

2

Stopwords

Limits (όρια)

Περιορισμός της αναζήτησης κατά:

Ηλικιακή κατηγορία

Φύλο

Άνθρωπο ή ζώο

Γλώσσα δημοσίευσης

Τύπο δημοσίευσης

Ημερομηνία δημοσίευσης

Θεματική Υποκατηγορία (π.χ. καρκίνος ή OLDMEDLINE)

Αναζήτηση βάση

ενός ή

περισσότερων

συγγραφέων

Αναζήτηση βάση

ενός ή

περισσότερων

περιοδικών

Περιορισμοί στον

τύπο των κειμένων

Χρονικά όρια

αναζητούμενων

άρθρων

Επιλογή μελετών

• σε ανθρώπους ή ζώα

• σε φύλο

Επιλογή μεταξύ των πιο

διαδεδομένων γλωσσών.

Επιλογή μέσα από

συγκεκριμένες

κατηγοριοποιήσεις (AIDS,

Βιοηθική, Κλινικά περιδικά

κ.λ.π.)

Επιλογή του είδους

δημοσίευσης (review, κλινικές

έρευνες κ.λ.π.)

Ηλικιακό εύρος των ατόμων

που συμμετέχουν στις μελέτες

Παράδειγμα αναζήτησης με όρια

Να βρεθούν τα πρόσφατα reviews πάνω στον

καρκίνο του νεφρού ανθρώπων μέσης ηλικίας.

Να βρεθούν οι πρόσφατες ανασκοπήσεις πάνω στον καρκίνο του νεφρού

ανθρώπων μέσης ηλικίας.

Οι 100 πιο πρόσφατες αναζητήσεις

αποθηκεύονται.

Μπορούν να χρησιμοποιηθούν

για αναζήτηση

History

(Ιστορικό Αναζήτησεων)

Στο History περιλαμβάνονται:

Αποθηκευμένες οι αναζητήσεις

Σε χρονολογική σειρά

Δυνατότητα επανασκόπησής τους

78

OMIM

Online Mendelian Inheritance in Man

OMIM

ΟΜΙΜ: Online Mendelian Inheritance In Man

Βάση Δεδομένων που αποτελείται από ανθρώπινα γονίδια

και γενετικές δυσλειτουργίες

Σχεδόν 16.000 καταχωρήσεις.

Σχεδόν 10.000 γονίδια γνωστής αλληλουχίας

Περίπου 15.000 αυτοσωμικά και 1000 X,Y-linked

Σε τι τύπου αναζητήσεις απαντάει;

Ποια γονίδια συνδέονται με την υπέρταση; Σε ποια χρωμοσώματα βρίσκονται;

Ποια γονίδια γνωρίζουμε στο Υ χρωμόσωμα;

Τι πληροφορίες υπάρχουν για συγκεκριμένα αλληλόμορφα;

Ανάσυρε τα δεδομένα της ΟΜΙΜ για τον CFTR παράγοντα της κυστικής ίνωσης και σύνδεσε με σχετικές πρωτεϊνικές αλληλουχίες από την Entrez.

Ανάσυρε τα δεδομένα της ΟΜΙΜ για την p53 ογκοπρωτεΐνη και βρες σχετικές πληροφορίες στο LocusLink και στην Βάση Δεδομένων της p53

Καταχωρήσεις στην ΟΜΙΜ:

ΜΙΜ numbers

Κάθε καταχώρηση είναι εξαψήφια.

Το πρώτο ψηφίο σημαίνει:

1xxxxx Αυτοσωμικοί τόποι ή φαινότυποι(εγγραφές πρότερες των 15 Μαΐου, 1994)

2xxxxx Αυτοσωμικοί τόποι ή φαινότυποι (εγγραφές ύστερες των 15 Μαΐου, 1994)

3xxxxx X-linked loci or phenotypes

4xxxxx Y-linked loci or phenotypes

5xxxxx Μιτοχονδριακοί τόποι ή φαινότυποι

6xxxxx Αυτοσωμικοί τόποι ή φαινότυποι (εγγραφές ύστερες των 15 Μαΐου, 1994)


αλληλόμορφα

Αλληλόμορφα:

αριθμός ΜΙΜ+.+μοναδικός τετραψήφιος αλληλόμορφου

Αλληλόμορφα (μεταλλαγές) του παράγοντα ΙΧ (Β αιμοροφιλία):

306900.0001.

.

.

.

.

306900.0101


σύμβολα

Οι αριθμοί ΜΙΜ έπονται συμβόλων:

* γονίδιο γνωστής αλληλουχίας

# περιγραφική καταχώρηση, συνήθως φαινότυπος, δεν

αντιπροσωπεύει μοναδική θέση

+ περιγραφή γονιδίου γνωστής αλληλουχίας και φαινοτύπου

% περιγραφή γνωστού μεντελιανής κληρονομικότητας

φαινοτύπου για τον οποίο η αλληλουχία δεν είναι γνωστή

^ η καταχώρηση έχει αφαιρεθεί ή μεταφέρθηκε αλλού

απουσία συμβόλου υποδεικνύει την περιγραφή φαινοτύπου για τον οποίο η μεντελιανή κληρονομικότητα δεν έχει πλήρως αποδειχθεί

84

OMIM

Απλή αναζήτηση

Απλή αναζήτηση: AND

Απλή αναζήτηση: OR

Απλή αναζήτηση: NOT

Σύνθετες αναζητήσεις με χρήση όρων BOOLE

όρος1[πεδίο] BOOLE όρος2[πεδίο] BOOLE όρος3[πεδίο]…

Cancer, 17 (χρωμόσωμα), allerg*, …



Κενό: όλα τα πεδία

[AV] ή [VAR]: Allelic variant

[CH] ή [CHR]: Χρωμόσωμα π.χ. 11[CHR]

[GN] ή [GENE]: όνομα γονιδίου

[ID] ή [MIM]: αριθμός ΜΙΜ

[TI]: όρος στον τίτλο



AND, OR, NOT



Παράδειγμα:

deafness[TI] AND ( 11[CHR] OR 13[CHR] ) AND nonsyndromic

Προχωρημένη αναζήτηση: Index

Προχωρημένη αναζήτηση: Limits


allergy

allergies

allergic...

OMIM Gene Map

Περιέχει τις θέσεις των γονιδίων που περιέχονται στην ΟΜΙΜ

Αρχείο που ξεκινάει από το p τελομερές του χρωμοσώματος 1 μέχρι το q τελομερές του χρωμοσώματος 22 + Χ + Υ

Η Διαδικτυακή έκδοση του μπορεί να ψαχθεί με σύμβολα γονιδίων (“SOD1”), χρωμοσωμικές θέσεις (“5”, “Xq”) ή με γενετική ανωμαλία (“alzheimer”)

Αν η ακριβής θέση του γονιδίου στο χρωμόσωμα δεν είναι γνωστή, αυτό τοποθετείται στο τέλος του.

pub med

Documents