SNP による大規模 LD マッピング

川口 喬久　川上 弘人　山田 亮　関根 章博　　　中村 祐輔　山本 一彦　角田 達彦

理化学研究所　遺伝子多型研究センター

2000 年春から開始 遺伝子領域を中心に 100,926SNP を配置 ケースコントロール解析でスクリーニング 連鎖不平衡解析による LD マッピング PADI4 (1p r.r=2.00), SLC22A4 (5q r.r=1.98),

FCRL3 (1p r.r=2.15) を同定（ *FCRL3 は 19 日 SS(16:30 ～ ) ）

SNP および LD ブロックによる、全遺伝子のカバーの度合いを報告

ミレニアムプロジェクト

LD マッピングの原理

snp snp snp snp snp snp

組み換えが一様であれば、マーカーが検出できる範囲もまた一様

真の疾患ローカス

snp snp snp snp snp snp

すべての隣接する塩基間で連鎖が平衡に達していれば、 SNPはマーカーにはなりえない

組み換えが多く発生した箇所

SNPがマーカーとして機能しうる範囲

snp snp snp snp snp snp

実際には、組み換えが多かった部位は局在している

LD マッピングの手順

SNP

遺伝子

A C G TG G G T

A C C G T T C C T G G C CG G G T C G C G A C T A GA G C T C G C G A C G C GA C G G C G G G T G T A C

A C G T T C C A A C AG G T C G C G T C G AA C T C G C G T A C C

ハプロタイプ&htSNP

ブロック

遺伝子中心配置

SNP

ブロック

遺伝子

A C G TG G T CA C T C

A C G TG G T CA C T CA G G C

A C G C T G G G C Aハプロタイプ

A C G C G G T GA C T C

遺伝子、 SNP の推移

Gene

dbSNP

20052000 2001 2002 2003 2004

2.5m

5.0m

10m

7.5m

10k

20k

40k

30k

50k

プロジェクトスタート

>1000 万 SNPs

27,283Genes

遺伝子のカバー率

SNP もしくは block によって、一部でも検証された遺伝子の数

12,890 （ 60.9% ） 遺伝子あたりの SNP 数および密

度5.0±6.4 個 / 遺伝子0.2±0.3 個 /kb

常染色体総遺伝子数：21,153

SNPでカバー

Blockでカバー

カバーされず

4,509

8,381

8,263 12,89

0

LD マッピングの結果 ブロックを構成する SNP 数 5.6±6.5 個 ブロック数およびブロック平均長　　 7,875 個、 28.1±69.6 ｋｂ ブロックあたりのハプロタイプ（ >5%) 数

2.6±1.0 個 ブロックあたりの htSNP 数　 1.6±0.9 個

A C G TG G T CA C T C

A C G TG G T CA C T CA G G C

A C G C T G G G C A

A C G C G G T GA C T C

全染色体への分布

まとめ

100,926 個の SNP を使って常染色体のスクリーニングおよび LD マッピングをおこなった

約 60 ％の遺伝子は SNP もしくはブロックによって解析された

これまでの解析で PADI4, SLC22A4, FCRL3を報告した

謝辞 臨床施設

東京大学病院アレルギー･リウマチ内科日本医科大学附属病院リウマチ科行岡病院･ ( 独 ) 相模原病院･松原メイフラワー病院･

( 独 ) 大阪南病院･鳥取大学整形外科･県立山梨中央病院 遺伝子多型研究センター

関節リウマチ研究チーム 鈴木　亜香里（ PADI4） 徳廣　臣哉 (SLC22A4) 高地　雄太 (FCRL3)

情報解析研究チーム 高橋　篤