strutture quaternarie e cooperatività
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Strutture quaternarie e cooperatività. Quarto livello: catene polipeptidiche autonomamente strutturate interagiscono tra loro a formare un’unica supramolecola. L’interazione tra le subunità in una struttura quaternaria riduce la libertà conformazionale di ciascuna subunità. - PowerPoint PPT PresentationTRANSCRIPT
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Strutture quaternarie e cooperatività
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Quarto livello: catene polipeptidiche autonomamente strutturate interagiscono tra loro a formare un’unica supramolecola
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L’interazione tra le subunità in una struttura quaternaria riduce la libertà conformazionale di ciascuna subunità
Si formano così interruttori molecolari (trasportatori, recettori, enzimi, ecc.) REGOLAZIONE!!
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Legame dell’ossigeno all’eme• Il legame dell’ossigeno al FeII dell’eme determina
variazioni conformazionali della struttura terziaria che avvengono senza restrizioni
• La situazione sarebbe diversa in una struttura quaternaria!!
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• La struttura quaternaria impedisce le variazioni conformazionali associate al legame dell’ossigeno
• In eccesso di ossigeno, la struttura quaternaria viene forzata a raggiungere un nuovo “stato conformazionale” ad elevata affinità per l’ossigeno
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Due stati conformazionali
• Forma T: deossigenata, bassa affinità per l’ossigeno
• Forma R: ossigenata, alta affinità per l’ossigeno
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Variazione dei contatti intercatena conseguenti all’ossigenazione
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Equilibrio di legame dell’ossigeno all’Emoglobina
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Grafico di Hill
hh
h
h
n
n
LK
L
KLP
P
KLP
PLP
PLY
K
L
Y
Y h
1
KLhY
Yloglog
1log
Log [L]
Log Y
1-Y
10
Grafico di Hill
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Modelli termodinamici di cooperatività
Monod, Wyman, Changeux
Koshland
Wyman, 1964: il quadrato termodinamico
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L’effetto Bohr
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L’effetto Bohr
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L’effetto allosterico
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Il bisfosfoglicerato modifica la “soglia” necessaria a far avvenire la variazione conformazionale
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Quante Emoglobine umane?!?
5’ 3’
e g1 g2 yh d b
Embrionale Fetale Pseudogene Adulta
0
100
200Myaduplicazione genica
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Perché?
Effetto allosterico
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Esempio: il recettore del GABA
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Cooperatività ed allosteria: non solo emoglobina
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GPCRs
GPCRs
5-HT7 Receptor Muscarinic Receptor
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GPCRs
25
GPCRs
Albumins are made up bythree homologous domains
FA1
FA2
FA7
FA6
FA5
FA4
FA3
Albumins are multi-site binding proteins
Albumins are multi-site binding proteins
Ghuman et al., JBC 2005
Albumins are allosteric proteins
N-state, PDB code 1AO6
B-state, PDB code 1O9X
Albumins are allosteric proteins
Evolution of vertebrate albuminsPrimates
Mammals
Rodents
Birds
Amphibians
Lizards
SnakesFishesLampreys
Evolution of the three-domain structure
Albumin Albumin Albumin Albumin Albumin AlbuminAlbumin40 225 237 420 432 611 615 805 810 1009 1021 1202 1217 1397
Albumin AlbuminAlbumin5 185 197 377 389 575
Lampreys
Other vertebrates
Evolution of the three-domain structure