swiss-prot – одна из первых баз данных белковых...
Post on 21-Dec-2015
224 views
TRANSCRIPT
![Page 1: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/1.jpg)
Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold
standard” белковой аннотации.Аннотация выполнена вручную группой
профессиональных экспертов на основе экспериментальной информации,
описанной в научных статьях.
Организована в 1986 году – SIB+EBI+PIR+GU = prof. Amos Bairoch
На сегодняшний день – Release 56.2 - 398181 последовательностей
Анализ белковых последовательностей: Swiss-Prot
![Page 2: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/2.jpg)
UniProt DB
UniProt = Swiss-Prot + TrEMBL (Translated EMBL sequence database)
TrEMBL – Release 39.2 - 6534543 sequences
![Page 3: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/3.jpg)
Поиск белка в Swiss-Prot (по названию)
![Page 4: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/4.jpg)
Advances search
![Page 5: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/5.jpg)
Результаты
![Page 6: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/6.jpg)
Выборка гомологичных белков
![Page 7: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/7.jpg)
Сохранить в FASTA формате
![Page 8: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/8.jpg)
Стандартная запись Swiss-Prot
![Page 9: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/9.jpg)
Стандартные поля: entry, name, origin
Название записи, уникальный идентификатор (ID), предыдущие идентификаторы соответствующей записи, даты первой и последней модификаций, распространенное название белка и его синонимы (EC номер для ферментов), название гена, организм и его таксономия, уровень подтверждения
![Page 10: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/10.jpg)
NiceZyme (ферменты)
![Page 11: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/11.jpg)
Taxonomy Browser
![Page 12: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/12.jpg)
Ссылки на статьи, использованные для аннотации
![Page 13: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/13.jpg)
Комментарии
![Page 14: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/14.jpg)
Продолжение
![Page 15: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/15.jpg)
Возможные разделы Комментариев
![Page 16: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/16.jpg)
Cross-References
![Page 17: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/17.jpg)
Cross-References
регистрация
![Page 18: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/18.jpg)
3D-Structure (список структур)
![Page 19: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/19.jpg)
Reactome
![Page 20: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/20.jpg)
Полиморфизмы
![Page 21: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/21.jpg)
2D GEL+ курсор
![Page 22: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/22.jpg)
Cross-References
![Page 23: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/23.jpg)
GO terms
Определение термина, синонимы, родительские (Hierarchy) и дочерние термины, ключевые слова, дата последней модификации
![Page 24: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/24.jpg)
Cross-References, Keywords
![Page 25: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/25.jpg)
KEGG
![Page 26: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/26.jpg)
KEGG (pathway viewer)
![Page 27: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/27.jpg)
DrugBank
![Page 28: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/28.jpg)
Keywords
![Page 29: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/29.jpg)
Словарь ключевых слов
![Page 30: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/30.jpg)
Feature Table
![Page 31: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/31.jpg)
Координаты в Feature table
![Page 32: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/32.jpg)
Feature table, продолжение
![Page 33: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/33.jpg)
Feature Table, продолжение
Только экспериментальные
![Page 34: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/34.jpg)
Feature Table viewer(Sequence Element viewer)
![Page 35: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/35.jpg)
Feature aligner
Можно построить множественное выравнивание подмножества этих элементов (ClustalW) или скопировать их в FASTA формате
![Page 36: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/36.jpg)
Sequence
![Page 37: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/37.jpg)
Sequence, продолжение
![Page 38: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/38.jpg)
FASTA format
Программа FASTA (1988, WR Pearson & DJ Lipman):>(the definition line)_уникальный_ID + короткое описаниеПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ БЕЛКА (ИЛИ ДНК) В ОДНОБУКВЕННОМ КОДЕ
RAW format – без definition line
![Page 39: Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard” белковой аннотации. Аннотация](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022062320/56649d595503460f94a399c3/html5/thumbnails/39.jpg)
NiceProt view