targeted next-generation sequencing

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Targeted next-generation sequencing Ultrasecuenciación en cardiopatías familiares Health in Code - NGS: “La información es la clave”

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Page 1: Targeted next-generation sequencing

Targeted next-generation sequencingUltrasecuenciación en cardiopatías familiares

Health in Code - NGS: “La información es la clave”

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¿Qué es la NGS?La “Next-Generation Sequencing” o ultrasecuencia-ción masiva permite la miniaturización de la secuen-cia de reacciones químicas individuales superando la escalabilidad limitada de la secuenciación de Sanger. Esto se consigue mediante una secuenciación para-lela masiva.

Permite el estudio de gran cantidad de genes o in-cluso del exoma completo (las regiones codificantes de proteínas del genoma humano) a un costo mucho más bajo.

¿Sustituye la NGS a la secuenciación tradicional por el método de Sanger?Existen zonas del genoma dificiles de estudiar me-diante NGS, por lo que seguirá utilizándose el méto-do Sanger.

Además se sigue utilizando para confirmar los hallaz-gos de NGS.

¿Qué es la “TargetedNext-Generation Sequencing”Se dirige el estudio a aquellos genes que nos intere-san, por ejemplo a aquellos que se han relacionado con miocardiopatías o con canalopatías.

¿Por qué estudiar varios genes?Muchas cardiopatías familiares pueden estar causa-das por mutaciones en varios genes: la MCH puede deberse a mutaciones en más de 30 genes o el SQTL a mutaciones en más de 15 genes. Además existen muchos fenotipos solapados.

Retos de la NGSEl estudio de un paciente con NGS detecta miles de variantes genéticas que deben de ser analizadas para conocer su patogenicidad (programas bioinformá-ticos, bases de datos, etc.). Esta interpretación es compleja y requiere combinar el conocimiento (básico y clínico) de expertos en las enfermedades estudia-das.

¿Por qué trabajar con Health in code-NGS?Somos expertos en cardiopatías familiares.

Disponemos de bases de datos únicas que recogen toda la información clínica publicada sobre las car-diopatías familiares (más de 62.000 individuos, más de 16.000 variantes en la actualidad) e información procedente de la investigación de nuestros grupos colaboradores. Son fundamentales para filtrar las va-riantes detectadas por NGS, siendo pieza fundamen-tal en los algoritmos diagnósticos en NGS, ayudando

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al clínico a focalizar la atención en aquellas variantes realmente patogénicas.

Nuestro equipo y red de expertos internacional ayu-dan al clínico a la hora interpretar el estudio y en el manejo clínico del paciente.

¿Qué ofrece Health in code-NGS?Estudiamos todos los genes que se relacionan con las cardiopatías familiares (miocardiopatías, canalo-patías, otros síndromes con afectación cardiovascu-lar, etc.).

Se ofrecen paneles completos para el estudio de las cardiopatías familiares.

El informe clínico: el principal valor diferencial de nuestra compañía. Health in Code proporciona un informe detallado con todos los datos clínicos rele-vantes existentes sobre las mutaciones detectadas. Esta información ha sido evaluada por expertos en la enfermedad e incluye la descripción de todas las familias con casos publicados sobre cada mutación junto con información procedente de nuestra inves-tigación, así como la información existente sobre

estudios in vitro y modelos animales de las diferen-tes mutaciones. La calidad e implicaciones de esta información son evaluadas por nuestros expertos que proporcionan los datos esenciales para su aplicación práctica y nuestras recomendaciones para el manejo clínico del paciente. Health in Code no sustituye al médico en la decisión clínica, sino que le proporciona las herramientas necesarias para tomar las mejores decisiones en base al conocimiento disponible sobre cada mutación.

La interpretación del estudioEl estudio incluye el “screening” de los genes relacio-nados con las patologías estudiadas y la secuencia-ción (por Sanger) de las regiones con baja cobertura en los genes responsables del fenotipo del paciente.

La interpretación del estudio ha de tener en cuen-ta la probabilidad pretest de identificar mutaciones relacionadas con la enfermedad en los genes eva-luados. Por ello, el análisis ha de ser más profundo y detallado en los genes con mayor asociación con la enfermedad. En el resto de los genes incluidos en el panel, el análisis se centrará en aquellas variantes que muestren alta probabilidad de ser patogénicas.

Miocardiopatías

Miocardiopatía dilatada 78 genes

Miocardiopatía hipertrófica 55 genes

Miocardiopatía no compactada 23 genes

Miocardiopatía arritmogénica 14 genes

Síndrome cardio-facio-cutáneo (Noonan, Costello, Leopard, etc.) 10 genes

Canalopatías

Síndrome de QT largo 22 genes

Síndrome de QT corto 8 genes

Taquicardia ventricular catecolaminérgica polimórfica 7 genes

Síndrome de Brugada 17 genes

Onda J 17 genes

Enfermedad del sistema de conducción 18 genes

Fibrilación auricular (investigación) 14 genes

Otras

Enfermedades cardíacas congénitas 16 genes

Hipertensión pulmonar 9 genes

Hipercolesterolemia familiar 6 genes

Miopatía esquelética 28 genes

Síndrome de Marfan, síndrome de Loeys-Dietz, TAAD, síndrome de Ehlers-Danlos, síndrome de Shprintzen-Golberg, etc…

Muerte súbita con “autopsia blanca”

Panel de Cardiopatías

familiares195 genes

Panel de Aorta30 genesPanel de

Muerte súbita195 genes

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Tipo de muestra

• ADN genómico: 10 microgramos. Recomendamos envío entre 4-8ºC. Si se envía a temperatura ambiente la entrega debe realizarse en un plazo de 24/48 horas.

• Sangre periférica: De 5 a 10 ml de sangre periférica del paciente recogidos en tubos con EDTA. Recomendamos envío entre 4-8ºC. Si se envía a temperatura ambiente la entrega debe realizarse en un plazo de 24/48 horas.

• Saliva: Recogida con el “Kit de Oragene DNA Self-Collection” (el kit puede ser suministrado por nuestro Laboratorio). Envío a temperatura ambiente.

• Tejidos congelados: Enviar en contenedor refrigerado ó en contenedor congelado (-18°C)

• Tejidos frescos: Enviar en suero fisiológico refrigerado.

Solicitud del estudio

Rellene el formulario de “Solicitud de Estudio Genético NGS” ó “Solicitud de Estudio Genético Sanger” que encontrará en el área de descarga de documentos de nuestra web (www.healthincode.com) y adjunte copia cumplimentada del formulario correspondiente junto a su muestra.

Preparación y envío de muestras

Empaquete la muestra de acuerdo con el sistema de embalaje/envasado triple siguiendo los estándares de la Organización Mundial de la Salud (OMS) y de la Asocia-ción Internacional de Transporte Aéreo (IATA) detallados en el área de descarga de documentos de nuestra web (www.healthincode.com).

Si no dispone de embalaje adecuado consulte con nues-tro equipo a través de administració[email protected] o en el teléfono 881 600 003.

Programe el envío para que la recepción de la muestra se realice de lunes a jueves de 8:00-15:00 evitando períodos festivos. Remita el paquete a la siguiente dirección:

HEALTH IN CODE S. L.(Att. LABORATORIO)Instituto de Ciencias de la Salud.Hospital Marítimo de OzaEdificio O Fortín. As Xubias s/n.A Coruña 15006. España.

Ante cualquier duda o aclaración, por favor contacte con nuestro equipo: • Teléfono: 881 600 003• Fax: 981 167 093• Mail: [email protected]

Edificio O Fortín.Hospital Marítimo de OzaAs Xubias, s/n.15006 - A Coruña (España)T.: +34 881 600 003F.: +34 981 167 [email protected]

Procedimiento para el envío de muestras

02-2013