カスタムプライマー信頼の品質を迅速にお届けします。最高の実験のためのカスタムプライマー

カスタムプライマー

●………納期と配送

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カスタマーサービスとテクニカルサポート

【目次】 C

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はじめに

オーダーサポートとテクニカルサポート

納期と配送 …………………… 1修飾と標識 …………………… 3品質および精製 …………………… 5分析書（C of A） …………………… 6出荷形態 …………………… 7カスタムプライマーのご注文にあたって ………………… 8カスタムプライマーについての Q&A …………………… 9

はじめにインビトロジェンのカスタムプライマーは、製造は勿論のこと受注からお客様の手元に届くまで一貫したシステムにより管理されております。その製品管理は ISO9001規格に準拠しております。一連の合成から出荷までのプロセスはコンピューターにより管理されており、最短の時間でお客様の手元に届くシステムを構築しております。

特徴

● 当 社 の カ ス タ ム プ ラ イ マ ー は β -Cyanoethyl phosphoramidite法を用いて高効率な合成を行っております。合成のシステムはコンピューターで制御しており、縮合収率をモニターすることにより管理されております。

● 製品のデータについても管理しており、製品分析書には注文毎に数量、分子量、吸光度、配列及び Tm値が記載されております。

製造

● 当社の合成システムは信頼される品質のため、Parallel Array Synthesis と呼ばれる独自のシステムを運用してクロスコンタミネーションやヒューマンエラーを極力抑えたものとなっております。● 短時間で効率よく脱保護が出来るシステムを用いており高品質の製品をいち早くお届けすることができる工程を採用しています。● 独自の乾燥システムを用いて試料を乾燥させており、実験に供する際に通常の乾燥品と比較して、容易に溶解する事が出来ます。

「プライマーを出荷してもサービスは終わりません」ご注文の前にも、合成完了の後にも、常に万全のサポートを心掛けています

ご相談やご質問がございましたら、いつでもお気軽にお問い合わせください。

● 当社のテクニカルサポートがカスタムプライマーについての学術的なご質問をお受けいたします。● 納期の詳細などについてのご質問には、当社のオーダーサポートがお答えさせていただきます。● そのほかにも、当社のカスタムプライマーにご満足いただけなかった場合など、サービスにご不満がございましたら何でもご連絡ください。

……製品の学術的なご質問：テクニカルサポート

　　Tel：0120-477-392 / Fax：0120-477-120……納期：オーダーサポート

　　Tel：03-6832-6980 / Fax：03-6832-9585……メールでのお問い合わせ：

　　jpprimerorder@invitrogen.com……製品webページ：

　　www.lifetechnologies.com/primers

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納期について　 当社カスタムプライマーの国産品に関する納期は下記をご参照下さい。（海外生産品の納期についてはWebページをご参照もしくはオーダーサポートまでお問い合わせください）

● 44塩基以下のプライマーなら即日生産・翌日出荷（脱塩／修飾なしに限ります）

● 合成の終了した品質保証済みのカスタムプライマーは宅配便にて直送します。

● 20:00（web）、16:00（mail）、14:00（FAX）までにご注文いただいた時の予定表です。例えば、上表で 1の場合、ご注文の翌日に弊社を出荷いたします。　（金曜日受注分 50/200nmol脱塩のみ土曜日出荷）● US：海外生産品で、納期は 2～ 4週間となります。　 * ：本数によっては納期調整がありますのでご了承ください。　－：お取り扱いいたしておりません。● 液体濃度：50nmolスケール＝ 100μM、200nmolスケール＝ 500μM、1000nmolスケール＝ 2500μM（TE溶解）● 合成したプライマーが品質検査に不合格の場合は、再合成を行うため出荷が遅れますのでご了承ください。● 多数本を同時にご注文いただいた場合、納品日を相談させていただく場合がございますのでご了承ください。● 1μmolスケールあるいは、HPLC精製あるいは、81塩基以上のプライマー等につきましては、記載の納期より時間がかかる場合がございます。　あらかじめご了承ください。● 再合成とならない限り、ご注文のプライマーはまとめて出荷しております。出荷予定日の異なるプライマーが一つのご注文の中に混在する時は、最も出荷予定日の遅いプライマーにあわせて出荷いたしますのでご了承ください。出荷予定日ごとの分納をご希望の場合は、ご注文時にその旨ご連絡をお願いいたします。

● 金曜日に出荷する場合は、月曜日にお届けするよう手配しております。土曜日のお届けをご希望の場合は、ご注文時にその旨ご連絡をお願いいたします。● 一部の地域あるいは交通事情により、出荷日の翌日に納品できない場合がございます。● 土曜、日曜、祝祭日は営業しておりません。● ご注文いただいたプライマーの配列情報は秘密厳守いたします。●日数は受注後出荷までの営業日の日数です（例えば１日と表記されている場合、受注日の翌営業日の出荷となります）。●合成スケールは合成に使用する基質の量を表すものであり最終生成物の収量を保証するものではありませんのでご了承ください。●プライマー製品の仕様、価格及び納期は予告なく変更される場合がございますのでご了承ください。● Sオリゴ以外の修飾を含む S-オリゴの納期は：修飾品の納期＋1日、とさせていただいております。●チオール修飾の脱塩及びｶｰﾄﾘｯｼﾞ精製品は末端に、分解を防ぐための保護基が付加された状態でご納品します。●チオール修飾のHPLC精製品のみ、不純物が少なく安定性が高いため、保護基が外された状態でご納品します。● Alexaには以下の種類が選択できます：Alexa　350, 405, 430, 488, 514, 532, 546, 555, 568, 594, 633, 647, 660, 680, 700, 750※３’修飾のカートリッジ精製品は 55mer以下のみの対応となります。※※３’修飾の脱塩精製品は 80mer以下のみの対応となります。

納期と配送

表 1　出荷予定表一覧（2014年 9月 4日現在）

合成スケール（nmol）

精製度 塩基長 （mer） 修飾無し

修飾塩基 5'末端標識 3'末端標識

イノシンウラシル S-オリゴ

リン酸化アミノ化ビオチン化

HEX、TET、FAM、フルオレセイン

ROX、TAMRA、

TexasRedeAlexa* チオール化

ビオチン化、リン酸

アミノ化 チオール化

40N STD　（脱塩） 7<=n<=30 1 - - - - - - - - - -

50N

脱塩

7<=n<=30 1 2 3 2 2 - - - 4 4 -31<=n<=44 1 2 3 2 2 - - - 4 4 -45<=n<=80 2 2 3 2 2 - - - 4 4 -

81<=n<=100 3 4 4 4 4 - - - 4 4 -

カートリッジ7<=n<=44 1 2 4 - 2 - - - 5 5 -

45<=n<=80 2 2 4 - 2 - - - 5※ 5※ -HPLC 10<=n<=55 5 6 6 6 6 - 10 - 6 6 -PAGE 7<=n<=100 US US US US US - - - US US -

200N

脱塩

7<=n<=30 1 2 3 2 2 - - 4 4 4 -31<=n<=44 1 2 3 2 2 - - 4 4 4 -45<=n<=80 2 2 3 2 2 - - 4 4 4 -

81<=n<=100 3 4 4 4 4 - - 5 4 4 -

カートリッジ

7<=n<=44 1 2 4 - 2 - - 5 5 5 -45<=n<=80 2 2 4 - 2 - - 5 5※ 5※ -

81<=n<=100 4 5 5 - 5 - - - - - -HPLC 7<=n<=55 5 6 6 6 6 10 10 10 6 6 10PAGE 7<=n<=100 US US US US US - - US US US -

1000N

脱塩 7<=n<=100 4 5 4 5 5 - - 5 5※※ - -カートリッジ 7<=n<=100 4 5 4 - 5 - - 6 5※ - -

HPLC 7<=n<=55 5 6 6 6 6 10 10 10 6 - -PAGE 7<=n<=100 US US US US US - - US US - -

受注締め切り時間：

ご注文の方法により、締め切り時間が異なりますのでご注意ください。

　　●Webにてご注文の場合 20：00*　　● Emailにてご注文の場合 16：00　　● FAXにてご注文の場合 14：00ただし、31塩基～ 44塩基までで翌日出荷をご希望の際には、Webおよび Emailが 16：00、FAXは 14：00が受注締め切りの時間となりますので、ご了承ください。　　　　　　　　　　　　　　　　　　

*19:00が受注締切となる条件がありますので詳しくはWebページをご参照ください。

　以下の表 1に通常の出荷予定日を示しました。納品日のご確認にご利用ください。次ページには曜日別の納期をご案内しておりますので、併せてご確認ください。なお、これらの予定表は当社ホームページからもご覧いただけます。出荷予定日は予告なしに変更になる場合があります。予めご了承ください。

納期についてのご質問はオーダーサポートまでお問い合わせください。また、やむを得ない事情によりご注文の納期が遅れる場合には、事前に当社より

ご連絡いたします。

●………修飾と標識

●………納期と配送

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翌日配送サービスについて（44塩基までの脱塩・修飾なしのプライマー）

　インビトロジェンでは、お客さまの実験をスムーズに進めていただくために、44塩基までの脱塩・修飾なしのプライマーについては、翌日配送を行っております。配列をデザイン後、そのプライマーを使用した実験が翌朝から可能になります。是非、インビトロジェンカスタムプライマーでスピーディーな実験計画をお立てください。（但し、地域によりましては翌日中にご納品ができないエリアもございますので、予めご了承ください）

製品内容 オーダー方法 当日受注分最終締め切り時間

① 30塩基脱塩、非修飾製品

FAX 　14：00　まで

Email 16：00　まで

Web 20：00　まで

② 31～ 44塩基以下、脱塩、非修飾製品

FAX 14：00　まで

Web/Email 16：00　まで

その他の国内生産プライマーの曜日別納期について（44塩基までのカートリッジ精製・修飾なしのプライマー／ 45～ 80塩基までの脱塩・修飾なし及びカートリッジ精製・修飾なしのプライマー）

44塩基までの脱塩、修飾なしのプライマー以外の国内生産プライマーの曜日別納期は以下の通りとなります。こちらの曜日別納期に関しては、全国共通です。また、Webは 20：00まで、Emailは 16：00、FAXは 14：00が受注締め切り時間となっております。

北海道

青森

福島新潟富山石川

秋田 岩手山形

栃木埼玉東京

群馬福井滋賀京都

山梨愛知奈良大阪鳥取岡山

島根山口広島福岡

沖縄鹿児島

大分

宮崎 香川徳島

愛媛高知

神奈川和歌山

宮城

茨城

千葉

長野岐阜

静岡三重

兵庫

熊本

佐賀

長崎

地域1地域2地域3地域4

受注日出荷日納品日

月曜日火曜日火曜日

火曜日水曜日水曜日

水曜日木曜日木曜日

木曜日金曜日金曜日

金曜日土曜日月曜日（※1）

受注日出荷日納品日

月曜日火曜日水曜日

火曜日水曜日木曜日

水曜日木曜日金曜日

木曜日金曜日月曜日（※2）

金曜日土曜日月曜日（※3）

※1　ご希望により土曜日配送もできます。

※2　ご希望により土曜日配送もできます。　　※3　ご希望により日曜日配送もできます。

地域1：　　ご注文日の翌日　午前着

地域3・4：　　ご注文日の翌日　午後着

注意：翌日配送を行っていないエリアもございます。　　　詳細は当社Webページにてご確認ください。

地域2：　　ご注文日の翌々日　午前着（31～44塩基、脱塩、非修飾製品の場合）

地域2：　　ご注文日の翌日　午前着*

* Webオーダーで14:00までにご注文いただいた場合（30塩基まで、脱塩、非修飾製品）

受注日出荷日納品日

備考

月曜日火曜日水曜日

火曜日水曜日木曜日

水曜日木曜日金曜日

木曜日金曜日月曜日

金曜日月曜日火曜日

月曜日水曜日木曜日

火曜日木曜日金曜日

水曜日金曜日月曜日

木曜日月曜日火曜日

金曜日火曜日水曜日

受注日出荷日納品日

備考

44塩基までのカートリッジ精製・修飾なしのプライマー45～80塩基までの脱塩・修飾なし及びカートリッジ精製・修飾なしのプライマー

ご希望により土曜日配送もできます

ご希望により土曜日配送もできます

●………修飾と標識

●………納期と配送

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修飾と標識について　当社の標識及び修飾品について表 1-1～ 1-3に示しました。製品の中には海外生産品もありますことにご留意ください。表にない修飾品につきましては、お気軽にご相談ください。　ミックス塩基や S-オリゴ（Phosphorothiioate）の合成も承っております。表 2（IUB Code）をご参照の上、ご注文ください。

修飾と標識

表1-2　Fluorescent Dye Modifications (Japan, 5'-position※)

Dye AbsorptionMaximum (nm)

Molar EmissionMaximum (nm)

Extinction Coefficient(cm-1M-1)

FAMFluoresceinHEXTETTAMRARHODAMINETEXAS RED®

Alexa Fluor® 488Alexa Fluor® 532Alexa Fluor® 546Alexa Fluor® 555Alexa Fluor® 594Alexa Fluor® 647Alexa Fluor® 660Alexa Fluor® 750

494494535522565572583490532556555590650663749

517520553538580596603519553573565617655690755

20,96031,50031,58016,25532,30092,000

136,00071,00081,000

104,000150,000

73,000239,000132,000240,000

表1-1　Generic modificaions

Modification Name AbsorptionMaximum (nm)

EmissionMaximum (nm)

Extinction Coefficient(OD/mole) At 260nm

5'-positionAmineR (Primary)BiotinPhosphateThiolAldehydeInternalDeoxy InosineDeoxy Uridine5-Methyl Dexycytidine3'-positionBiotin

n/an/an/an/an/a

267262277

n/a

n/an/an/an/an/a

n/an/an/a

n/a

n/an/an/an/an/a

7700101006000

n/a

※3'末端の標識については、対応できる場合もございますのでご相談ください。

●………品質および精製

●………修飾と標識

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表1-3　Fluorescent Dye Modifications (USA, 5'-position※)

Dye AbsorptionMaximum (nm)

Molar EmissionMaximum (nm)

Extinction Coefficient(cm-1M-1)

BODIPY® FLBODIPY® 530/550BODIPY® 493/503BODIPY® 558/569BODIPY® 564/570BODIPY® 576/589BODIPY® 581/591BODIPY® FL-XBODIPY® TR-XBODIPY® TMRBODIPY® R6GBODIPY® R6G-XBODIPY® 630/650BODIPY® 650/665CASCADE BLUE® DyeMARINA BLUE® DyeOREGON GREEN® 500OREGON GREEN® 514OREGON GREEN® 488OREGON GREEN® 488-XPACIFIC BLUETM DyeRHODAMINE GREENTM DyeRHODOL GREENTM DyeRHODAMINE GREENTM -XRHODAMINE REDTM -XTEXAS RED®

502534500559563575581504588544528529625651400362499506495494416504496503560595

510551509568569588591510616570547547640660420459519526521517451532523528580615

82,00077,00079,00097,000

142,00083,000

136,00085,00068,00056,00070,00073,000

101,000100,00028,00019,00078,00085,00076,00084,00036,00078,00063,00074,000

129,00080,000

※3'末端の標識については、対応できる場合もございますのでご相談ください。

表2　IUB code

DeoxyadenineDeoxycytosineDeoxyguanidineThymidineDeoxyuridineDeoxyinosinedA-PhosphorothioatedC-PhosphorothioatedG-PhosphorothioateT-PhosphorothioatedA+dC+dGdA+dC+dG+TdA+T+dGT+dC+dGdA+T+dCdA+TdC+dGT+dGdA+dCdC+TdA+dG

ACGTUIFOEZVNDBHWSKMYR

BASE IUB code

●………品質および精製

●………修飾と標識

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品質　製造に使用する原材料は信頼の置けるサプライヤーより供給を受け、その品質の検証を行ってから使用しています。　合成工程では全製品の工程をモニターすることにより管理しています。また、合成・精製工程を終了後、統計的にサンプリングを行い、キャピラリー電気泳動もしくはMALDI TOF MSによる品質の検定を行い管理しています。

精製　使用する用途、目的により実験に用いるカスタムプライマーの純度は異なります。当社では 4種の精製グレードをご用意しています。

脱塩　一般的な PCRに使用する場合は、脱塩をお薦めします。

カートリッジ精製（OPC精製）　特殊な PCRでは比較的長鎖で純度の高いプライマーが必要となります。PCR失敗のリスクを抑えるため、カートリッジ精製をお薦めします。カートリッジ精製は脱塩では除去が出来ていない不完全鎖長 DNAを逆相クロマトグラフィーカートリッジで簡易精製する方法です。

HPLC精製　HPLC精製は紫外吸光でモニタリングを行いながら、精密にクラマトグラフィーで精製する方法です。カートリッジ精製では分離が難しい溶出特性が近似した微量混合物（不完全鎖長 DNAなど）の除去が可能です。溶出プログラムは完全長 DNAを分離するために最適化されたものを用い、高純度のプライマーを提供します。

PAGE精製　HPLC精製は鎖長が 50~60merまでは純度が高く、また高収率で目的とする鎖長の DNAを分取することが可能ですが、鎖長が 60mer以上になると分解能が低下し不完全鎖長 DNAの分離が困難となってきます。　鎖長 56mer以上の高純度のプライマー精製には PAGE精製をお薦めします。

品質および精製

●………分析書（C of A

）／出荷形態

●………品質および精製／分析書（C of A

）

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分析書（C of A）について　出荷されるカスタムプライマーには、分析書が添付されます。実験にお役立てください。

分析書（C of A）

表3　用途別精製ガイド

用途 推奨の精製グレード及び説明・解説

一般的なPCR

特殊PCR

一般的なPCRにはスタンダードグレードを推奨いたします。

サイクルシーケンシング この用途にはスタンダードグレードが適しております。

アンチセンス アンチセンスの用途には一般的にHPLC精製が最も多く使用されています。

アイソサーマルシーケンシング この用途にはすべてのグレードのカスタムプライマーが使用できます。

クローニング、50塩基までのプライマー HPLC精製をお奨めいたします。クローニング、50塩基以上のプライマー PAGE精製をお奨めいたします。

蛍光シーケンシングこの用途にはすべてのグレードのカスタムプライマーを使用できます。（但し、未標識の不完全長DNAが除去されるようにカートリッジ精製以上のグレードをお奨めいたします。）

RT-PCR用の一本鎖cDNA合成一般にライブラリー構築のための一本鎖 cDNA合成用プライマーは、5'-末端に制限エンドヌクレアーゼクローニング部位を含む配列を有しています。カートリッジ精製以上（カートリッジ精製、HPLC精製、PAGE精製のいずれか）の精製グレードをお奨めいたします。

クローニングアダプターの生成クローニングを効率的に行うためには完全長DNAの純度が高いプライマーを用いる事をお奨めいたします。HPLC精製またはPAGE精製をお奨めいたします。アダプターが短い場合はカートリッジ精製の使用も可能です。

ゲルシフト解析ゲルシフト解析ではDNAフラグメントの均質的な集団が得られることから、カートリッジ精製以上（カートリッジ精製、HPLC精製、PAGE精製のいずれか）を使用することをお奨めいたします。

制限エンドヌクレアーゼ部位、RNAポリメラーゼプロモータなどの重要な配列を含むプライマーを用いるPCR

カートリッジ精製、または、HPLC精製、PAGE精製が適しております。プライマーは3'→5'方向に合成されますが、5'-配列のn-xプライマー（不完全長DNA）が全て、または一部失われることがあります。PCR前に組み込みたい配列を失ったPCR産物が生成される可能性を抑えるために、完全長DNAの純度が高いプライマーを用いる事をお奨めいたします。

部位特異的突然変異誘導

特に意図する突然変異がプライマーの5'-末端に接近している場合、カートリッジ精製以上（カートリッジ精製、HPLC精製、PAGE精製のいずれか）において高効率で突然変異クローンが得られる傾向があります。スタンダードグレードではお望みの突然変異が見られても、一部の野生型の親クローンがキャリーオーバーする傾向があります。

カートリッジ精製以上（カートリッジ精製、HPLC精製、PAGE精製のいずれか）をお奨めいたします。

AFLP解析 Amplification Restriction Fragment Polymorphism (AFLP)解析にはすべてのグレードのカスタムプライマーが使用できます。

●………分析書（C of A

）／出荷形態

●………品質および精製／分析書（C of A

）

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出荷形態について　当社では、乾燥品または液体品＊1で出荷しております。容器の指定＊2、濃度＊3や溶解する溶液＊4等のご要望がございましたら、ご相談ください。

*1:通常、10mM TE Buffer (pH 8)に溶解します。*2: 2mLチューブまたは 96穴ディープウェルプレートの 2種の容器を用意しておりますが、お客様ご指定の容器による出荷も可能ですのでご相談ください。

*3:濃度は 100μM（50 nmoleスケール）、500μM（200nmoleスケール）、2500μM（1μmoleスケール）からお選びいただけます。ご希望の濃度にも調製が可能ですのでご相談ください。

*4: TE buffer以外の水溶液にも対応が可能ですのでご相談ください。

出荷形態

動性値について　一般に合成 DNAは、分光光度計などを用いて吸光度より定量を行います。合成されたプライマーのモル吸光度（E260）とモル濃度、Tm値などの物性値は以下の式により求めることが出来ます。

プライマーのモル吸光度係数E260 = (A x 15.3)+(C x 7.4)+(G x 11.8)+(T x 9.3)+(U x 10.1)+(I x 12.25)+(N x 10.95)+(B x 9.5)+(D x 12.1)+(H x 10.7)+(K x 10.6)+(M x 11.4)+(R x 13.6)+(S x 9.6)+(V x 11.5)+(W x 12.3)+(X x 11.0)+(Y x 8.35)

プライマーの分子量Mw =[{(A x 313.2)+(C x 289.2)+(G x 328.2)+(T x 304.2)+(U x 290.2)+(I x 252)+(N x 309)+(B x307.5)+(D x 315.5)+(H x 302.2)+(K x 316.7)+(M x 301.2)+(R x 321.2)+(S x 309.2)+(V x 310.5)+(W x 308.7)+(X x 309.0)+(Yx 296.7)} - 62]+1

GC%%GC =[G+C+S+0.5(N+X+M+Y+K+R)+0.67(B+V)+0.33(H+D)]/ Total Number of Bases

1OD当たりの量mg/ O.D.= Mw/ E260

Tｍ値当社の Tm値は GC含有率に基づいた下記の計算式で算出しています。1）10 bases 以上の場合基本式：　Tm (Salt concentration) (> 10 bases)=81.5+16.6(Log [Molar Na+]+41(%GC)-675/ DNA Length　塩濃度が 1 M (Annealing) の場合：　Tm (1M Salt Solution for Annealing) (> 10 bases)= 81.5+41(%GC)-[675/ DNA Length]塩濃度が 0.05 M (PCR) の場合 :　Tm (0.05M Salt Solution for Annealing) (> 10 bases)= 59.9+41(%GC)-[675/ DNA Length]2）10 bases 以下の場合　Tm(_10 bases)= [{%GC x all bases} x4]-[{(1.00-%GC)x DNA Lengthx2}　（E260：DNA鎖のモル吸光度係数；Mw：DNA鎖の分子量；%GC： GC含量；Tm: Tm値）　ホルムアミド含有 Bufferを使用する場合は式より 65x(%form amide)を差し引いて補正してください。

●………カスタムプライマーについてのQ&A

●………カスタムプライマーのご注文にあたって

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カスタムプライマーのご注文　当社では、以下の 3種類のご注文方法をご用意いたしております。　　1．Webでのオンライン注文：www.lifetechnologies.com　　2．E-mailでのメール注文：jpprimerorder＠invitrogen.com　　3．FAX注文：専用の FAX注文用紙をご利用ください。FAX：03-6832-9585

1．Webでのオンライン注文　　インビトロジェンでは、カスタムプライマーのご注文方法として簡単・便利で安心なWebオーダーをお奨めしています。

　Webオーダーの利点：　● 20：00まで注文をお受けしています。（Faxオーダーは 14：00、E-mailオーダーは 16:00までとなります）　● 簡単な「ドロップダウン」リストからオプションを選択し入力することができます。　● ボタン 1つで大量のチューブオーダーもご注文いただけます。　● 多種類の組み合わせでも、一度にご注文が可能です。　● ご注文後すぐに、お客様に受注と工程が正確に処理されたことをお知らせします。　● 注文履歴（wwwを介して当社に注文されたカスタムプライマー注文のオンライン記録）が利用できます。　● 注文履歴より、出荷済プライマーの配送伝票番号をもとに、配送状況の確認ができます。　● プライバシーと安全性を確保するため、転送前にすべての注文データを暗号化します。

オンラインからのWebオーダーご注文方法　当社Webページにマニュアルをご用意していますので、こちらをご参照ください。　www.lifetechnologies.com/primers

カスタムプライマーのご注文にあたって

2．E-mailからのご注文E-mailオーダーご注文方法適切にご注文をお受けするために、当社指定のフォーマットをご利用ください。当社Webサイトより専用の注文フォーマット作成ファイルをダウンロードし、こちらから注文フォーマットを作成しご注文いただくことができます。E-mailでのご注文は jpprimerorder＠invitrogen.comでお受けいたします。

→ WEB オーダーマニュアル

●………カスタムプライマーについてのQ&A

●………カスタムプライマーのご注文にあたって

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カスタムプライマー Q：合成効率とは何ですか？

A：合成効率は DNA合成機の CPG担体上で、伸張する DNA鎖に新たな塩基を付加する効率を示す値です。当社で採用しているβ -Cyanoethyl phosphoramidite法は、合成効率が良く縮合収率は光学的定量法で測定した場合 100%~98%となりますが、一般に化学反応で収率が 100%となる反応はごく稀であり、この点を考慮すると実際の合成効率は 99%が上限となります。このため、各縮合段階において、1%の未反応物が産生されることになり、不完全鎖長 DNAが合成物に含まれる要因となります。合成の際に不完全鎖長 DNAの産生を如何にして抑えるかと精製操作により不完全鎖長 DNAを除去するかが課題となります。

Q：合成効率とはそんなに重要なのですか？A：表に合成効率が 99%の場合と 98%の場合を示しました。初期の段階では最終鎖長 DNAの理論的収率の差は僅かですが、鎖長が長くなるに従い理論的収率に大きな差が認められます。最終産物量を多く得るために合成効率の管理が重要となります。

表4　合成効率

Length1

102050708090

99% couplingMain Products (%)

9991.3582.6261.1149.9845.2040.88

98% couplingMain Products (%)

9883.3768.1237.1624.8120.2716.56

Q：どれ位の量が得られますか？A：合成 DNA（プライマー）の鎖長と収量の相関関係を表 5に示します。条件は 50 nmoleスケールで、合成効率 98%、回収率 100%、GC含量 50%を想定しています。

表5　合成DNA（プライマー）の鎖長と収量合成鎖長

10~2020~3030~4040~5050~60

予想されるO.D.値4~77~9

9~101010

予想されるnmole数32~4027~3222~2718~2215~18

表6　20塩基以上の合成DNAのカスタムプライマーの最低収量O.D. UInits Number of Reactions Quantity of DNA Scale of Synthesis

PCR primers~ Maximum length=100 bases

PCR primers (RP)~ Maximum length=100 bases

Cloning Primers (HPLC)~ Maximum length=50 bases

52050

21025

315

1,000~5,000 PCR Reactions4,000~20,000 PCR Reactions

20,000~100,000 PCR Reactions

400~2,000 PCR Reactions2,000~10,000 PCR Reactions5,000~25,000 PCR Reactions

600~3,000 PCR Reactions3,000~15,000 PCR Reactions

165µg of DNA660µg of DNA

1.65mg of DNA

66µg of DNA330µg of DNA

1.65mg of DNA

99µg of DNA495µg of DNA

50 nmole200 nmole

1µmole

50 nmole200 nmole

1µmole

200 nmole1µmole

Q：どれくらいの長さの DNAまで注文できますか？A：一般に合成効率の安定性は合成スタート時の合成スケールと関係があり、目的鎖長の上限により合成スケールの変更が必要となります。上限の目安としては、50nmoleスケールでは 80mer迄となります。81mer以上の DNAが必要な場合は 200nmoleスケール以上での合成をご依頼下さい。100mer以上の合成も承りますが、その場合にはお問い合わせ下さい。

カスタムプライマーについての Q&A

Q：なぜ、精製は必要なのですか？A：合成後の産物には不完全鎖長 DNAがある割合で混入しています。この不完全鎖長 DNAが実験に影響する場合があるた め、用途によりましては精製により不完全鎖長 DNAを除去する必要があります。

Q：届いたプライマーはどれ位保存できますか？A：プライマーの保存期間の指標として下記の表をご参考ください。特に蛍光標識されたプライマーは遮光し繰り返しの凍結融解を避け、必要に応じて凍結前に分注することをお奨めします。

表7　プライマーの保存期間

乾燥品

液体品

保存温度-20℃-20℃4℃

保存期間1年

6ヶ月＊一週間以内＊＊

＊10µMを超える濃度で保存した場合＊＊加水分解を避けるため、室温または4℃で保存した場合は水ではなく　 TE bufferで溶解することをお奨めします。

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