GPGPU 高速化ソリューションのご案内

① ハードウェアを選ぶ

☞ GPGPUエントリーワークステーション

■EvoHG1 (最小構成/SIPなし)

CPU：Intel Xeon W3520 (2.66GHz)Mem：6GB (2GB ×3)HDD：500GB ×２GPU：NVIDIA GeForce GTX 470OS：Cent0S 5.3 x86_64

単体価格 (税込)：￥298,000SIP [CUDA環境構築済] 価格 (税込)：￥374,850

② CUDA対応アプリを使う

☞ CUDA対応アプリケーションの計算環境構築をおこないます！

■ご依頼事例

・分子動力学(MD)計算用アプリ・流体計算用アプリ・構造解析用アプリなど

[対応可能要件］OS：Linux (ディストリビューション問わず)開発言語：C/C++、FortranGPGPUコーディング：CUDA

③ CUDAで高速化する

☞ ご自作のアプリケーションをCUDAで高速化します！

■サービス内容

✓性能プロファイリング✓GPGPU化可能性の検討✓評価用プロトタイプの作成✓評価用プロトタイプの性能評価✓評価用プロトタイプの提供※

④ 無料お試しサービスに申し込む

☞ GPUの効果を確認したい方におすすめします！

アカデミック価格 (税込) ：￥198,000～※その他アプリケーションの対応状況は、各ソフトウェアベンダーにお問い合わせください。

アカデミック価格 (税込)：￥98,000～※コーディング内容によって価格が変わります。詳細は当社スタッフまでお問い合わせください。

￥0※評価期間には制限があります。詳細は当社スタッフまでお問い合わせください。

先着20名

お問合せは03-3599-3652まで

■対応アプリケーション (2010年4月現在)

[分子力学と量子科学]ACE MD (近日提供),AMBER,Big DFT (近日提供),GROMACS,GROMOS (近日提供),HOOMD,LAMMPS,NAMD,TeraChem (QC),VMD

[バイオインフォマティクス]CUDA-BLASTP,CUDA-EC.CUDA-MEME,CUDASW++(Smith-Waterman),GPU-HMMER,MUMmerGPU

《お客様の自作コード》

2010/6/7 更新

HPCシステムズ株式会社 www.hpc.co.jp〒135-8073 東京都江東区青海2-4-32 タイム24ビル 10F北

① ハードウェアを選ぶ

EvoHG1（水冷システム/Tesla 搭載可能） EvoHG2（タワー型ワークステーション/Tesla ４基搭載可能）

・GPGPU用エントリーワークステーション

・水冷による静音性確保

・GTX285を標準搭載

・Tesla C2050搭載可能

・GPGPU用アドバンスモデル

・Tesla C1060を最大4基まで搭載可能

・Tesla C2050搭載可能

・1Uラックマウントシステム

・Tesla C1060を最大2基まで搭載可能

・Tesla C2050搭載可能

オプション

・ PGI Accelerator Workstation(ノードロック・シングルユーザ用サポート1年付) …… ¥103.530(教育機関)

￥220,395(一般・官公庁）・ インテル®コンパイラースイート

(Linux版/プロフェッショナルエディション) ……………￥59,900(アカデミック)¥175,300(商用)

・モニタ [ 24型LCDワイドモニタ (E2420HD) ] …………¥38,000・UPS（1500VA）………………………………………………¥158,000

単体価格 (税込)：￥298,000 単体価格 (税込)：￥1,880,000

単体価格 (税込)：￥1,298,000

EvoHG3（1Uラックマウントシステム/Tesla ２基搭載可能）

[構成例]CPU：Intel Xeon W3520 (2.66GHz)Mem：6GB (2GB ×3)HDD：500GB ×２GPU：NVIDIA GeForce GTX 470OS：Cent0S 5.3 x86_64

[構成例]CPU：Intel Xeon X5570 (2.93GHz) ×2Mem：24GB (4GB ×6)HDD：1TB ×２GPU：NVIDIA Tesla C1060 ×4OS：Cent0S 5.3 x86_64

[構成例]CPU：Intel Xeon E5540 (2.53GHz) ×2Mem：12GB (2GB ×6)HDD：1TBGPU：NVIDIA Tesla M1060 ×2OS：Cent0S 5.3 x86_64

《用語解説》

・GPU…3Dグラフィックスの表示に必要な計算処理を行なう半導体チップ。グラフィックカード。

・GPGPU… General Purpose computing on GPUの略。GPUを汎用計算に利用する技術。

・Tesla… GeForceやQuadroをベースに開発されたNVIDIA社のGPGPU専用チップ。

・CUDA…NVIDIA社が提供するGPU向けC言語統合開発環境。コンパイラやライブラリ等から構成されている。

2010/6/7 更新

② CUDA対応アプリを使う

☞ CUDA対応アプリケーションの計算環境構築をおこないます！

動作確認、高速化の体感CUDA対応アプリのセットアップOS,コンパイラ,CUDAのセットアップ

STEP 1 STEP 2 STEP 3

STEP 1 OS,コンパイラ,CUDAをセットアップします。

STEP 2 CUDA対応アプリケーションをセットアップします。

STEP 3 アプリケーションの動作確認と高速化を体感していただきます。

備考CUDA対応アプリケーション (2010年4月現在)：[分子力学と量子科学]ACE MD (近日提供),AMBER,Big DFT (近日提供),GROMACS,GROMOS (近日提供),HOOMD,LAMMPS,NAMD,TeraChem (QC),VMD[バイオインフォマティクス]CUDA-BLASTP,CUDA-EC.CUDA-MEME,CUDASW++(Smith-Waterman),GPU-HMMER,MUMmerGPU

※その他アプリケーションの対応状況は、各ソフトウェアベンダーにお問い合わせください。

アカデミック価格 (税込) ：￥198,000～

■GPGPU対応版NAMDベンチマーク

分子動力学コードNAMDホームページで公開されているコードを評価いたしました。インプット：DNA (92,224atom)

0

50

100

150

200

Xeon®E5520 2.26GHz x1コア

Xeon®E5520 2.26GHzx1コア + Tesla ™C1060

実行時間

[sec

] x6.37高速化

2010/6/7 更新

成果物の受け渡し・バイナリコード・ソースコード（要相談）

GPGPUコーディング

③ CUDAで高速化する

OpenMPによる並列化コーディング⇒ GPGPU化可能性の検討

STEP 4

ソースコードのお預かり・自作コード⇒ 性能プロファイリング

STEP 1 STEP 2 STEP 3

☞ ご自作のアプリケーションをCUDAで高速化します！

STEP 1 ソースコード※１をお預かりします。

STEP 2 OpenMPによる並列化コーディングをします。

STEP 3 CUDAによる並列化コーディングをします。

STEP 4 成果物※２をお渡しします。

注意事項

※1 ソースコードをお預かりする前に機密保持契約を締結できます。自作コードに加えて、サンプルインプットファイル（数分～数時間で終了するもの） 、

プログラムの背景や仕様を理解する助けとなる資料、外部ライブラリ（必要時） 等の情報をご提供ください。ご依頼時にメールまたは電話による打ち合わせ

を行います。

※2 成果物はバイナリコードで販売いたします。ソースコードを希望される方はご相談ください。

アカデミック価格 (税込)：￥98,000～※コーディング内容によって価格が変わります。詳細は当社スタッフまでお問い合わせください。

[対応可能要件］OS：Linux (ディストリビューション問わず) 開発言語：C/C++、Fortran GPGPUコーディング：CUDA

■ 最新ニュース

「粒子法計算が高速化、1億粒子1万ステップで約10日」 詳細はこちら☞ http://topsecret.hpc.co.jp

■ ご依頼事例

A大学様/MD計算

高速化前：12833 sec.高速化後：（OpenMP）2052 sec. (6.25倍)（Tesla C1060 ×2）

Float 198 sec. (64.65倍)Double 994 sec. (12.92倍)

（Tesla C2050 ×1）Float 未測定Double 3494 sec. (29.10倍)

[ベンチマーク環境]GPU：Tesla C1060 ×2 および Tesla C2050 ×1

B大学様/乱流計算

高速化前：33772 sec.高速化後：（OpenMP）17922 sec. (1.88倍) （Tesla C1060 ×1）

Float 未測定Double 5398 sec. (6.26倍)

（Tesla C2050 ×1）Float 未測定Double 3479 sec. (8.71倍)

[ベンチマーク環境]GPU：Tesla C1060 ×1 および Tesla C2050 ×1

C研究所様/MD計算

高速化前：32878 sec.高速化後：（OpenMP）9875 sec. (3.36倍) （Tesla C1060 ×1）

Float 4496 sec. (7.31倍)Double 10926 sec. (3.01倍)

（Tesla C2050 ×1）Float 2769 sec. (11.87倍)Double 3494 sec. (9.41倍)

[ベンチマーク環境]GPU：Tesla C1060 ×1 および Tesla C2050 ×1

2010/6/7 更新

成果物の受け渡し・使用期限付きバイナリコード

(評価用プロトタイプ)

④ 無料お試しサービスに申込む

☞ GPUの効果を無料で確認したい方におすすめします！

GPGPUコーディングOpenMPによる並列化コーディング⇒ GPGPU化可能性の検討

STEP 4

ソースコードのお預かり・自作コード⇒ 性能プロファイリング

STEP 1 STEP 2 STEP 3

STEP 1 ソースコード※１をお預かりします。

STEP 2 OpenMPによる並列化コーディングをします。

STEP 3 CUDAによる並列化コーディングをします。

STEP 4 成果物 (使用期限付きバイナリコード) ※２をお渡しします。

注意事項

※1 ソースコードをお預かりする前に機密保持契約を締結できます。自作コードに加えて、サンプルインプットファイル（数分～数時間で終了するもの） 、

プログラムの背景や仕様を理解する助けとなる資料、外部ライブラリ（必要時） 等の情報をご提供ください。ご依頼時にメールまたは電話による打ち合わせ

を行います。

※2 成果物は使用期限付きバイナリコード（評価用プロトタイプ）でお渡しします。GPUの効果を30日間無償でお試しいただけます。

￥0

[対応可能要件］OS：Linux (ディストリビューション問わず) 開発言語：C/C++、Fortran GPGPUコーディング：CUDA

30da y s

先着20名

2010/6/7 更新

HPCシステムズ ハイパフォーマンスコンピューティングソリューション

HPCシステムズ株式会社 www.hpc.co.jp

・本社 営業本部（〒135-8073 東京都江東区青海2-4-32 タイム24ビル10F北）

・神戸ポートアイランド営業所（〒650-0047 兵庫県神戸市中央区港島南町5丁目5番2号 神戸国際ビジネスセンター(KIBC) 6F 652-1）

・京都営業所（〒605-0061 京都市東山区白川筋三条下ル梅宮町485番地5 パークハウス108）

・匝瑳工場（〒289-3181 千葉県匝瑳市野手174-1）

・台湾開発センター（5F, No.1, Alley 6, Lane 235, Boa Chaio Road, Hsin Tien City, Taipei Taiwan, R.O.C. 〈台北縣新店市寶橋路235巷6弄1號5樓〉） 青海本社/タイム24ビル10F北 匝瑳工場/千葉県匝瑳市

量子科学計算 第一原理電子状態計算 分子動力学計算 気象解析 数式・統計処理

Gaussian09

GAMESS

Molpro

Molcas

CRYSTAL

VASP

Wien2k

PHASE

Dirac

OpenMX

Amber

GROMACS

DL_POLY

AutoDock

WRF

MM5

MATLAB

R

構造解析 流体解析 樹脂流動解析 マルチフィジックス 電磁界解析

ANSYS

ABAQUS

Marc

MSC.Nastran

LS-DYNA

RADIOSS

FLUENT

STAR-CD

STAR-CCM+

ANSYS-CFX

Phoenics

Moldex3D COMSOL Multiphysics

Femtet

HFSS

Maxwell 3D

各種アプリケーションが安定して性能を発揮できるように、弊社システムではOS、ディスクI/O、ネットワークなどを最適化しています。また、ISV各社との協力により動作検証を実施しているほかホームページで最新のベンチマークテスト結果を掲載しています。

詳細はこちら☞ http://www.hpc.co.jp/software.html

☞ 取扱アプリケーション一覧

HPCシステムズ株式会社 www.hpc.co.jp〒135-8073 東京都江東区青海2-4-32 タイム24ビル 10F北 お問合せは03-3599-3652まで

2010/6/7 更新