Лекция 1Основные современные методы геномики

24 октября 2013 года

История секвенирования ДНК: метод Максама-Гилберта,

метод Сэнгера

Алан МаксамВальтер Гилберт 1976-1977 Гаравардский университет, США

Фредерик Сэнгер 1977 Гарвардский университет, США

Основные геномные проекты прошлого и настоящего.

Геном человека- 2000 год.Геном мыши- 2003 годГеном картошки – 2010 год

Геном 1000 людейРаковый геном Геномы всех видов

26 июня 2000 г. - Клинтон и Блэробъявили о завершении проектаГеном Человека. Подготовка«проекта» текста генома заняладесять лет, и потребоваламеждународного сотрудничества состороны Китая, Франции, Германии,Японии, Великобритании и США

Крэйг Вентер, президент частной компании и Фрэнсис Коллинз изNIH поделили признание за«секвенирование генома человека», на расшифровку которого было потрачено 10 лет и 6 миллиардов долларов

РАСШИФРОВКА ГЕНОМА ЧЕЛОВЕКА

Современные технологии секвенирования ДНК: 454 Roche, Illumina GA,• Roche- пиросеквенирование• Иллюмина- секвенирование за счет синтеза• СОЛИД- секвенирование за счет лигирования.

• Домашнее задание- разобраться в технологии пиросеквенирования и секвенирования через лигирование.• Ключевые слова- 454 technology; SOLiD technology.

Основные параметры зарождающихся новейших технологий секвенирования.

Методы нового секвенирования:Ion Personal Genome Machine (PGM)

Производительность - 100 млн. нуклеотидов/запускдлина чтения – 200 нуклеотидовдлительность рабочего цикла - 2 часастоимость реактивов около 1 тыс евро

Поверхностно усиленная Рамановская спектрометрия для мономолекулярного сиквенса ДНК

Центр «Биоинженерия» РАН

Курчатовский институт Биофак МГУ

Общая производительность 600 миллиардов нуклеотидов в месяц

Стоимость 1000 нуклеотидов на приборе SOLiD4 или Illumina GAIIxравна 1 копейке

Быстро снижающаяся стоимость секвенирования открывает новые возможности

По закону Мура количество транзисторов на плате удваивается каждые два года: стоимость вычислений падает в два раза каждые два года.

Стоимость секвенирования генома уменьшается быстрее стоимости компьютерных вычислений.

Источник: Broad Institute