Семинар по генным сетям. mirob
DESCRIPTION
Слайды с пилотного семинара в высшей школе экономики. Слайд варианта динамической сети можно посмотреть здесь: http://gyazo.com/22669956269833c6eb68582ffb8f9409 http://mirob.interactome.ruTRANSCRIPT
![Page 1: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/1.jpg)
![Page 2: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/2.jpg)
“Анализ и визуализация генных сетей”
Александр Фокин
Институт Биологии Развития им. Н.К.Кольцова РАН, РНИМУ им. Н.И. Пирогова
![Page 3: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/3.jpg)
Генная сеть — группа координировано экспрессирующихся генов, их белковых
продуктов и микроРНК, контролирующих выполнение определенных функций
организма, а также механизмы взаимосвязей между собой .
Работа генной сети регулирует биохимические, физиологические и другие
процессы внутри клетки.
Кроме этого, генные сети тесно переплетены между собой и активно влияют на
работу друг друга.
![Page 4: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/4.jpg)
● NCBI gene
● PubMed Central
● Gene Onthology
● DrugBank
● dbSNP
● SNPPER
● BioGPS
● StringDB
● BioGrid
● WikiPathways
● Panter
● GeneMania
● PharmGkb
● Bio4J
● Reactome
● Biokarta
● GEO
● ArrayExpress
● Manualy Curted Data
● HPRD
● MirBase
● MirTarBase
● OMIM
● Mesh
● FDA
● NCI
● NCCN
● что вспомнил!
Использованнные инструменты и базы данных:
![Page 5: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/5.jpg)
Нужно уметь задавать правильные вопросы:
• Что и зачем мы хотим получить из огромного количества
информации?
• Как это сделать?
![Page 6: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/6.jpg)
Что пошло не так внутри клетки конкретного организма?
• биомаркеры
прогностические
диагностические
Кто виноват?
• гены-мишени/мутации
• сигнальные каскады
Как исправить?
• лекарственные препараты
• гайд-лайны
![Page 7: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/7.jpg)
Вначале была
база данных
![Page 8: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/8.jpg)
Надо бы это все визуализировать
![Page 9: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/9.jpg)
Генная сеть TP53 на GraphViz
![Page 10: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/10.jpg)
Очень много информации на одном экране.
Проблема: получается сложно и непонятно
Что делать?
![Page 11: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/11.jpg)
Создали графическую и цветовую нотацию:
![Page 12: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/12.jpg)
Опять инфохаос
![Page 13: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/13.jpg)
Связали Ген-РНК-Белок-микроРНК в единые сущности
![Page 14: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/14.jpg)
А что будет, если использовать открытые базы? данных?
![Page 15: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/15.jpg)
![Page 16: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/16.jpg)
![Page 17: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/17.jpg)
Информация об узле Информация о ребре
![Page 18: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/18.jpg)
Информация о генной сети
![Page 19: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/19.jpg)
![Page 20: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/20.jpg)
Все равно все очень сложно и непонятно.
![Page 21: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/21.jpg)
Фильтры
Планируем добавить фильтры:
● Тканевая специфичность
● Cut-off по уровням экспрессии
● По сигнальным каскадам
![Page 22: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/22.jpg)
Колоректальный рак
![Page 23: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/23.jpg)
Gene Ontology?
![Page 24: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/24.jpg)
MirOB Ontology!
![Page 25: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/25.jpg)
Cisplatin resistance gene network
![Page 26: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/26.jpg)
Антагонизм MIR34A и MIR21
![Page 27: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/27.jpg)
Кратчайший путь: PAX6 => OPTN
![Page 28: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/28.jpg)
Потенциальные пути: PAX6 => OPTN
![Page 29: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/29.jpg)
![Page 30: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/30.jpg)
Случайно уронили SNPPer
![Page 31: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/31.jpg)
Лекартсва, действующие на мишени
![Page 32: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/32.jpg)
http://omictools.com/rna-seq-c1212-p1.html
RNA-seq analysis
![Page 33: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/33.jpg)
http://omictools.com/gene-expression-array-c1210-p1.html
Gene expression microarray analysis
![Page 34: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/34.jpg)
MirOB -- инструмент анализа генных сетей
http://mirob.interactome.ru
![Page 35: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/35.jpg)
Что дальше
● Динамическая визуализация генных сетей● Градации по экспрессионным уровням на генной сети● Анализ “сырых” данных в облаке (Arrays & RNA-seq)● GWAS анализ● Имплементация основных мировых гайд-лайнов
лечения онкозаболеваний● Распределенные вычисления
Полноценный workflow от загрузки любых данных, до понятного отчета.
![Page 36: Семинар по генным сетям. Mirob](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022042518/559447701a28ab2a0d8b45ec/html5/thumbnails/36.jpg)
Александр Фокин
http://mirob.interactome.ru
+7 910 452 44 84