[aminoacidos peptidos]
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Este material ha sido organizado por Martha Cecilia Daza Espinosa,profesora de la Universidad Industrial de Santander para el cursode Bioquímica I para la carrera de Biología.
La información fue tomada del libro:
David, L. Nelson, Michael M. Cox. Lehninger Principles of Biochemistry. 2000. Third Edition. Worth Publishers.
Amino ácidos: Clasificación
TioninaValinaSerinaTriptófanoProlinaFenilalaninaGlicinaTreoninaGlutaminaLisinaGlutámicoMetioninaCisteínaLeucinaAspartatoIsoleucinaAsparaginaHistidinaAlaninaArginina
No esencialesEsenciales
Absorción de luz ultravioleta por los aminoácidos aromáticos
Aminoácidos no comunes en la célula
Paredes celularesCólageno
Miosina
Protrombina
Elastina
Intermediarios en la síntesis de Arginina y de Urea
Unos 300 aminácidos han sido encontrados en las células.
El punto isoeléctrico (pI) es el pH al que una molécula es eléctricamente neutra. La forma en que se encuentra la molécula en el punto isoeléctrico se denomina zwitterion o forma isoeléctrica.
Punto isoeléctrico
Aminoácidos como buffers
Grupos α amino y α carboxilo, grupos -COOH y NH2 de las cadenas laterales
Efecto del ambiente químico sobre el pK de los aa
Curvas de titulación de los aminoácidos
predicen la carga de los aa
pK1 + pK R
2pI =
Curvas de titulación de los aminoácidos predicen su carga eléctrica.
pK2 + pK R
2pI =
Curvas de titulación de los aminoácidos
Enlace peptídico es un enlace amida
Péptidos y proteínas. Pentapéptido.
Serilglicilfenilalanilalanilleucina: SGFAL
Este péptido tiene un grupo amino y uno carboxilo terminal y dos grupos ionizables en la cadena lateral de los residuos E y K.
Muchas hormonas son pequños péptidos. La oxitocina (9 residuos),la bradiquidina (9 residuos) evita que los tejidos se inflamen. El factor liberador de la tirotropina (3 residuos) se sintetiza en elhipotálamo y estimula la liberación de otra hormona, la tiroxina, en la parte anterior de la glándula pituitaria.Algunos son tóxicos como al amanitina, sintetizado por algunos hongos, y otros tienen propiedades antibióticas.
Péptidos
Proteínas
Niveles de estructura en las proteínas
Extracto crudo
Separación
Salting out Diálisis
Cromatografía
Extracción y purificación de proteínas
Cromatografía en columna
Cromatografía de intercambio iónico
Grupos aniónicos
Intercambiadores catiónicos
Cromatografía de exclusión por tamaño
Cromatografía de afinidad
Las proteínas pueden ser separadas y caracterizadas por electroforesis
Las proteínas puedenser visualizadas tratando elgel con azul de Coomassieque forma complejos conlas proteínas pero no conel gel.
Determinación del PM de una proteínaSDS
Isoelectroenfoque Punto isoeléctrico de una proteína
Electroforesis bidimensional
Electroforesis bidimensional
Más de 1000 proteínas de E. coli pueden ser identificadas.
Cuantificación de proteínas, página 94
Estructura covalente de las proteínas. Estructura primaria
¿Qué hace que una proteína sea una enzima, una hormona, un anticuerpo, una proteína estructural, un receptor, un canal iónico, un canal para el flujo de agua, etc?
Proteínas con la misma secuencia provenientes de especies diferentes tienen la misma función.
¿Es la secuencia de una proteína, fija o invariante?
La estructura primaria determinará la estructura secundaria y a su vez la manera como se plegará la proteína en el espacio 3D.
La estructura 3D determina que la proteína sea funcional o no.
Insulina bovina
Humanos, cerdo, perro, conejo e insulina deesperma de ballena.
Vaca, cerdo, perro,cabra y caballo
Homología de proteínas entre especiesProteínas homólogas son proteínas que están evolutivament relacionadas.Desarrollan la misma función en diferentes especies.
Citocromo C. ~13000 Mr, 100 residuos
Aminoácidos invariantes en amarillo
Sustituciones conservativas en azul
Principales ramas delarbol evolutivo eucarioteconstruido con base en elnúmero de aa diferentes enel citcromo de especies diferentes.
Entre el caballo y la levadura hay 48 aa diferentesEntre el pollo y el pato solo 2.
Secuenciación de proteínas. Determinación de estructura primaria
1. Hidrólisis ácida. Tipo y cantidad de residuos2. Determinación del residuo Nterminal con 1,F2,4.dinitrobenceno.Método de Sanger3. Degradación de Edman. Feniltiocianato +proteína ⇾ derivado feniltioidantoina del aa + hidrólisis con HCl.
Eficiencia hasta 50 residuos.
Las proteínas largas son divididas en fragmentos pequeños y luego se aplica Edman.1. Ruptura de los puentes disulfuro con ditiotreitol o con ácido perfórmico.2. Ruptura de cadena peptídicaa) Proteasasb) Bromuro de cianógeno M
3. Secuenciación de cada péptido
4. Ordenamiento de los péptidos
5. Localización de los puentes disulfuro
Otros métodos
Espectrometría de masas
Secuenciación de proteínas. Determinación de estructura primaria
Degradación de Edman
Ruptura del enlace peptídico
Del lado carboxilo
Síntesis de péptidos