epdb Европейский белковый банк данных
Post on 22-Feb-2016
91 Views
Preview:
DESCRIPTION
TRANSCRIPT
ePDBЕвропейский белковый банк данных
Выполнила: магистрант 1 года,Авсиевич Т. И.
Сибирский федеральный университетИнститут фундаментальной биологии и биотехнологии
Кафедра биофизики
Преимущества
• Обработка 1/3 данных • As of 23 May 2012 the PDB contains 81756 entries (
latest entries, latest compounds) and EMDB contains 1364 entries (latest)
• Система Motifs and Sites
Параметры поиска
PDBePISA (Protein Interfaces, Surfaces and Assemblies)pdbe.org/pisa
Расчет:• площади поверхности белков (по отношению к растворителю)• Константы диссоциации;• Вероятность формировнаия четвертичной структуры;
• Просмотр отдельных единиц белка (олигомеры, лиганды)
PDBeFold (Structure Similarity) pdbe.org/fold
• Интерактивный сервис для сравнения белковых структур в 3D
• Например: 1sar (рибонуклеаза) со всеми структурами банка
PDBeFold (Structure Similarity) pdbe.org/fold
• Интерактивный сервис для сравнения белковых структур в 3D
• Например: 1sar (рибонуклеаза) со всеми структурами банка
Motifs and Sites pdbe.org/pdbemotif
• Быстрый и мощный поисковый инструмент, объединяющий последовательность белка, химическую структуру и 3D графику.
• PDB header search – поиск по заголовкам(ключевые слова, авторы);• Molecule binding – сборка и отображение молекул, связанных с белком• Pair bonds – отображение связей, возниющих между олекулами или их
фрагментами;• Motif binding - сравнение элементов вторичной структуры, белковых участков;• 3D Environment – показывает, какие лиганды образуют связи в данной среде
Biobar• Посковая система в панели инструментов вашего браузера по
протеомным, генетическим, функциональн и др. базам данны.Осуществляет поиск по такми базам как:• European Bioinformatics Institute (EBI), National Center for
Biotechnology Information (NCBI) and DNA Data Bank of Japan (DDBJ)
Quips
top related