bioinformatics course - lesson 2
DESCRIPTION
TRANSCRIPT
organizace dat
archive / origbin / programsdata / storageresultspic / figures / graphsdocws / tmp / working
oldhelpperl
project (electronic) notebook / notes
to-do / changes
README
bezpečnost dat
přístupnost vs bezpečnostpoužitelnost ochrana
heslahttpssshpgp (gpg)
(šifrovaný souborový systém)
zálohy, verzechecklistformáty souborůtištěné kopie
typy souborů
● obrázky:vektorové
svg (standart vector graphics)coreldraw, adobe illustrator
bitmapy (barevná hloubka - color depth)tiff, png, gif (komprese bez ztráty kvality)jpg (komprese se ztrátou kvality)
● dokumenty:txt, html, rtf (rich text format), pdf (portable document format)
● data:xml (extended markup language)
síťová komunikace
high level protocol
low level protocol
tcp/ipnetbui
httpftpssh
ports802023
ports802023
client / serverp2p
WWW
● URL: Unique Resource Locator● HTML: Hyper Text Markup Language● XML: eXtensible Markup Language
http://www.w3.org/XML
protocol://computer:port/dir/document#position
http://bio.img.cas.cz/index.html#prfuk
social bookmarking
social bookmarking
výhody:● oproti “web spiderům” (google,
yahoo) jsou stránky anotovány lidmi, kteří rozumějí jejich obsahu
● automatický ranking systém● tagy nejsou stanoveny rigidně
zvnějšku● seskupování uživatelů s podobnými
zájmy
social bookmarking
nevýhody:● z hlediska vyhledávání tag systém
neobsahuje definovaný slovník● tagy nemají hierarchické uspořádání● absence systematičnosti a někdy i
logiky
co se hodí jednomu,nemusí vyhovovat druhému
del.icio.us
del.icio.us
del.icio.us
organizace odborné literatury
● http://www.citeulike.org● http://www.conotea.org
každý problém vyžadujespecifické nástroje
citeulike
citeulike
citeulike
citeulike
databáze
SQL: Structured Query Language
● MySQL http://www.mysql.org● Postgres http://www.postgresql.org
● Access● Oracle http://www.oracle.com
databáze - princip
databáze
tabulka
záznam
datový typ
datové typy
● integer(M)● float(M,D)● char(M), varchar(M)● date, time● text, blob● set, enum● boolean
datové typy
problémy se záznamem dat
jména autorů:● John B. Smith● J. B. Smith● JB Smith● Smith, John B● Smith, JB● Smith JB● Smith J B
problémy se záznamem dat
jména autorů:● John B. Smith● J. B. Smith● JB Smith● Smith, John B● Smith, JB● Smith JB● Smith J B
řešení● striktní datové
typy● definovaný
slovník
relační databáze
databáze článků:
hledejte efektní a elegantní řešení
relační databáze
● časopis (VARCHAR)● název článku (TEXT)● rok vydání (DATE)● …
● autor (?)● keyword (?)
relační databáze
id journal title year rest
INTEGER VARCHAR(20) TEXT DATE TEXT
relační databáze
id journal title year rest
INTEGER VARCHAR(20) TEXT DATE TEXT
aid id name
INTEGER INTEGER VARCHAR(20)
kid id keyword
INTEGER INTEGER VARCHAR(20)
relační databáze
relační databáze
relační databáze
online help
firefox toolbar
firefox toolbar
firefox toolbar
firefox toolbar
firefox toolbar
firefox toolbar
