Servicio de ayuda al diagnóstico oncológico

Análisis Genómico Tumoral

PCBSH CP13 0903212

El campo de la oncología ha entrado en la era de la medicina personalizada

Theranostics: "Therapeutics" and "Diagnostics“ 1

Selección de tratamientos acompañada de biomarcadores diagnósticos, pronósticos y predictivos que permiten mejorar y personalizar los tratamientos oncológicos

La proporción de fármacos dirigidos está incrementando: actualmente ya existen más de 650 terapias orales dirigidas en desarrollo. Nuevo paradigma2,3,4,5,6,7,8 En un mismo tipo de tumor pueden existir diversas mutaciones en diferentes genes que afectan a la

progresión del tumor y a la respuesta a determinados fármacos

Diferentes tipos de tumores tienen mutaciones en común que los hacen susceptibles a los mismos tratamientos

Oncología Personalizada

EGFR Erlotinib/ Cetuximab (20% Cancer pulmón)

ALK Crizotinib (3-5% Cancer pulmón)

BRAF V600E PLX4032 (50-60% Melanoma) KRAS – Resistencia a tratamientos anti-EGFR

JAK2 V617F (50% Neoplasia mieloproliferativa)

FLT3 – Peor pronóstico LMA NPM1 – Buen pronóstico LMA

C-KIT Imatinib (50-60% Cancer gastrointestinal)

Eje

mp

los

BioSequence ofrece servicios de diagnóstico oncológico completos y coste-efectivos para ayudar al oncólogo a seleccionar la terapia adecuada para cada paciente

Colaboramos a nivel europeo con el Baylor College of Medicine’s Cancer Genetics Laboratory (CGL) , institución líder en EEUU con más de 30 años de experiencia en diagnóstico genético médico.

Objetivo: Ofrecer Soluciones

Selección de un tratamiento o ensayo clínico para el paciente en función de:

• Mutaciones

• Disponibilidad de tratamientos dirigidos o terapias estándar

• Resultados de estudios previos

• Biomarcadores pronósticos

• Preferencias del paciente

ó ó á ó ó í

Historia Clínica

Tipo de tumor

Tratamientos previos

Historia familiar

Investigaciones de laboratorio/imagen

Muestras de sangre y del tumor

Detección de mutaciones a gran escala:

BioSeq 739 BioSeq EX Microarrays Otras pruebas

Búsqueda en la base de datos y predicción de las consecuencias mutacionales

Revisión multidisciplinaria

Informe clínico

Consejo genético

Acceso al foro Cancer Tumor Board

Nuestros Servicios

Nuestros servicios están enfocados a obtener la máxima información posible en el menor tiempo con el objetivo de ayudar a mejorar los tratamientos.

Por ello, todos nuestros productos se acompañan de:

Informe clínico con el análisis e interpretación de las mutaciones (biomarcadores diagnósticos, predictivos y pronósticos)

Consejo genético por parte de nuestro equipo

Discusión de casos vía telefónica (conference call)

Acceso al foro de información de nuestro Cancer Tumor Board

Información acerca de los ensayos clínicos que se están realizando y que pueden ser más adecuados para el paciente.

Análisis genómicos realizados por el Baylor College of Medicine’s Cancer Genetics Laboratory.

BioSeq 739 analiza un panel de 46 genes y 739 mutaciones seleccionados por su relación con la mayor parte de los cánceres y terapias conocidas5,6,7,8 según los principales Centros Oncológicos y Universidades internacionales9,10,11,12.

Tecnología: ultrasecuenciación de Ion Torrent - Ion AmpliSeq™ Cancer Panel

Plazo de entrega: 8-10 días

Aplicaciones clínicas y en investigación

Permite mejorar el coste-efectividad de los tratamientos actuales y ofrece terapias dirigidas para los pacientes

Ofrece posibilidades de tratamiento a los pacientes con tumores de origen desconocido

Permite reducir costes y tiempo en los estudios con nuevos fármacos

Servicio de secuenciación con resultados adaptados a las necesidades del proyecto de investigación

BioSeq 739

Panel de genes

ABL1 CDKN2A FGFR1 IDH1 MLH1 PTEN SRC

AKT1 CSF1R FGFR2 JAK2 MPL PTPN11 STK11

ALK CTNNB1 FGFR3 JAK3 NOTCH1 RB1 TP53

APC EGFR FLT3 KDR NPM1 RET VHL

ATM ERBB2 GNAS KIT NRAS SMAD4

BRAF ERBB4 HNF1A KRAS PDGFRA SMARCB1

CDH1 FBXW7 HRAS MET PIK3CA SMO

El límite de detección es del 5% con una cobertura de 500X y del 10% con una cobertura de 200X.

Ultrasecuenciación del EXoma del tumor y del EXoma de la línea germinal del paciente

+

BioSeq 739 (ultrasecuenciación de 46 genes y 739 mutaciones)

Estudio en profundidad en el que se comparan las mutaciones del tumor con las de la línea germinal para seleccionar variaciones que por su relevancia clínica en cáncer pueden aportar una mayor información sobre el desarrollo y evolución del tumor y permiten optimizar el tratamiento del paciente.

Tecnología: ultrasecuenciación de Illumina Hi Seq + ultrasecuenciación de Ion Torrent

Plazos de entrega

a) Análisis clínico de la ultrasecuenciación: 60-80 días

b) Análisis clínico del resultado de BioSeq 739: 8-10 días

Aplicaciones clínicas y en investigación

El objetivo de BioSeq EX es ofrecer al oncólogo el máximo de información genética que sea relevante clínicamente para el paciente.

BioSeq EX

Microarrays de gran resolución diseñados para analizar cromosómicamente los tumores:

*LOH menor de 10 Mb de tamaño no se tendrá en cuenta.

**Este array no detecta LOH en muestras FFPE de más de 5 años. En este caso, es aconsejable elegir el Array 180K CGH.

Microarrays

Nombre Resolución Media Tipo de Muestra Tumor

específico Descripción

180K CGH

1Kb (exones largos) a 10 Kb

(regiones genómicas oncológicas)

en regiones diana y 20 Kb en

regiones ‘backbone’

Sangre, Medula

Ósea, FFPE,

Tejido Fresco

Congelado

Sí

Este test se puede usar para detectar CNV en diferentes

tejidos tumorales incluyendo canceres hematológicos y

tumores sólidos. Analiza >500 genes del cáncer y otros genes

relacionados.

180K CGH/SNP

1Kb (exones largos) a 10 Kb

(regiones genómicas oncológicas)

en regiones diana, y 20 Kb en

regiones ‘backbone’

Sangre, Medula

Ósea, FFPE**,

Tejido Fresco

Congelado

Sí

Este array puede detectar CNVs, pérdidas de heterocigosidad

(LOH) e isodisomias uniparentales cromosómicas o de un

segmento cromosómico (UPD). Puede usarse en diferentes

tejidos tumorales incluyendo canceres hematológicos y

tumores sólidos. Analiza >500 genes del cáncer y otros genes

relacionados.

BCM 400K CGH/SNP

1Kb (exones largos) a 10 Kb

(regiones genómicas oncológicas)

en regiones diana, y 12 Kb en

regiones ‘backbone’

Sangre, Medula

Ósea, FFPE**,

Tejido Fresco

Congelado

Sí

Diseñado por el CGL del BCM. 2,300 genes del cáncer y otros

genes relacionados, 235 miRNAs asociados con cáncer. Media

de 6 sondas/exón.

CytoScan™ HD Sensibilidad para cambios en el

número de copias >400Kb

Sangre, Medula

Ósea, Tejido

Fresco

Congelado

No Array de SNP de alta resolución. Cobertura de todo el genoma.

2,6 millones de marcadores de número de copias.

GeneChip® Human

Mapping 250K Nsp Puede detectar lesiones >300Kb.

Sangre, Medula

Ósea, FFPE,

Tejido Fresco

Congelado

No

Este array permite hacer un screening del genoma entero en

busca de anomalías graves. Sondas para 262,000 SNPs (más de

5 sondas por marcador). Evaluación LOH y UPD.

Completamos nuestros servicios con un catálogo de más de 400 pruebas genéticas para la detección de anomalías en genes relacionados con el cáncer adulto e infantil.

Test para la detección de mutaciones germinales (cáncer familiar)

Detección de mutaciones germinales en genes como APC, TP53, MEN1, MLH1, MSH2/6, RUNX1, PTEN, SDHA/C/B/D, TPMT, etc. para el diagnóstico y la vigilancia del cáncer en pacientes.

Citogenética/FISH

Detección y confirmación de alteraciones génicas y cromosómicas (amplificaciones, traslocaciones o deleciones) únicas o en función del tipo de cáncer por paneles específicos. Ejemplos:

AML FISH Panel: D8Z2, AML/ETO, MLL, PML/RARA, CBFB

NHL FISH Panel: ALK, BCL6, ATM, IGH, p53)

Test Moleculares

Detección de mutaciones somáticas únicas en genes como cKIT, AKT, EGFR, KRAS, PI3CA, etc. o de paneles genéticos específicos de cáncer, como por ejemplo:

AML Panel: FLT3 / NPM1

Anti-EGFR Therapy Panel: EGFR/KRAS/BRAF/PI3CA/ALKT

para el diagnóstico y pronóstico tumoral y la asociación a tratamientos oncológicos.

Pruebas Genéticas Complementarias

Para realizar los análisis son necesarios 500 ng de ADN de células tumorales obtenidas

mediante biopsia y una muestra de ADN germinal del paciente

Nuestras pruebas analizan todo tipo de muestra tumoral:

Sangre Sangre Leucémica Médula Ósea Láminas FFPE Bloque tumoral FFPE Tejido Fresco Congelado ADNg Otros (consultar)

BioSequence se hace cargo de la recogida y el transporte de la muestra.

Todas las pruebas se realizan en laboratorios certificados CLIA (Clinical Laboratory Improvement Act).

Procedimiento y Envío de Muestras

Comité Científico y Médico

Damià Tormo Carulla PhD, MBM

• PhD, Genética Molecular e Inmunología Rheinische Friedrich-Wilhelms Universidad de Bonn • Socio y Co-fundador de BioCapital Advisors • CEO y Co-fundador en BiOncotech Therapeutics

Iván Márquez Rodas , MD, PhD

• Oncólogo Médico • Coordinador de la Unidad Cáncer Heredofamiliar del Hospital General Universitario

Gregorio Marañón

María S. Soengas, PhD

• PhD, Centro de Biología Molecular ‘Severo Ochoa’ • Directora del Programa de Patología Molecular del CNIO • Jefa del Grupo de Melanoma del CNIO • Miembro fundador del Melanoma Research Foundation • Colaboradora en el Melanoma Roadmap del National Institutes of Health (US)

Dolores H. López Terrada, MD, PhD

• Profesora Asociada del Departamento de Patología e Inmunología del Baylor College of Medicine • Profesora Asociada del Departamento de Pediatría, Sección de Hematología-Oncología del Baylor

College of Medicine • Patóloga en el Texas Children's Hospital • Directora del Laboratorio de Oncología Molecular del Texas Children's Hospital

Datos de Contacto

BioSequence S.L.

Parque Científico Universidad de Valencia C/ Catedrático Agustín Escardino nº 9 Edificio 1 – Despacho 2.06 46980 Paterna (Valencia) - España

Persona de Contacto: Adriana Terrádez +34 627 677 637 info@bio-sequence.com www.bio-sequence.com

Plano de acceso

• Bibliografía

1. Warner, S. Diagnostics + Therapy = Theranostics. Strategy requires teamwork, partnering, and tricky regulatory maneuvering. The Scientist 18 (16): 38. (2004).

2. Dancey, J.E. et al. The Genetic Basis for Cancer Treatment Decisions. Cell 148: 409-420 (2012).

3. Beadling C. et al. Multiplex Mutation Screening by Mass Spectrometry: Evaluation of 820 Cases from a Personalized Cancer Medicine Registry. The Journal of Molecular Diagnostics 13 (5): 504-513. (2011).

4. Sharma SV, et al. Cell line-based platforms to evaluate the therapeutic efficacy of candidate anticancer agents. Nat Rev Cancer. 10(4): 241-53. (2010).

5. Thomas RK, et al. High-throughput oncogene mutation profiling in human cancer. Nat Gen 39 (3): 347-351. (2007).

6. Chen-Hsiang Yeang, et al. Combinatorial patterns of somatic gene mutations in cancer. The FASEB Journal 22: 2605-2622. (2008).

7. Pao W. The VICC Personalized Cancer Medicine Initiative. Review Symposium. Vanderbilt-Ingram Cancer Center 8th Annual Oncology & Hematology. (2011).

8. MacConaill, L.E et al. Clinical Implications of the Cancer Genome. Journal of Clinical Oncology 28 (35): 5219 – 5228. (2010).

9. Corless C. Semiconductor-based Sequencing for Cancer Diagnostics: Gamblig with Chips. Association of Molecular Pathology annual meeting 2011. [online] http://www.youtube.com/watch?v=Y0JdlHRjntI

10. Li M. Next Generation Cancer Gene Sequencing for Clinically Actionable Mutations. Association of Molecular Pathology annual meeting 2011. [online] http://www.youtube.com/watch?v=EVSwdTGlSis&feature=related

11. Li M. The Efficacy of Next Generation Sequencing for Detection of Clinically Actionable Mutations in Cancer. Advances in Genome Biology and Technology 2012. [online] http://www.youtube.com/watch?v=Kjmum3vW53s

12. Yang MH, et al. Possible differentiation of cerebral glioblastoma into pleomorphic xanthoastrocytoma: an unusual case in an infant. J Neurosurg Pediatrics 9: 517 – 523. (2012).

Bibliografía

• Artículos relacionados

– Stratton, MR, et al. The cancer genome. Nature 458 (7239): 719. (2009).

– MacConaill, L.E et al. Profiling Critical Cancer Gene Mutations in Clinical Tumor Samples. Plos One 4 (11): e7887 (2009).

– La Thangue, N. B. et al. Predictive biomarkers: a paradigm shift towards personalized cancer medicine. Nat. Rev. Clin. Oncol. 8, 587–596 (2011)

– Wong, K.M., et al. Unraveling the genetics of cancer: Genome Sequencing and Beyond. Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 12: 407-30 (2011)

– National Cancer Institute. Targeted Cancer Therapies [online] http://www.cancer.gov/cancertopics/factsheet/Therapy/targeted (2012).

– Jackson D. et al. Personalized cancer medicine—advances and socio-economic challenges. Nature Reviews Clinical Oncology 8, 735-741(2011).

– Ross, J.S. et al. Whole cancer genome sequencing by Next-Generation Methods. Am. J. Clin. Pathol. 136: 527-539 (2011).

– Leary R.J. et al. Development of Personalized Tumor Biomarkers Using Massively Parallel Sequencing. Sci Transl Med. 2 (20): 20ra14. (2010).

– Strausberg R.L. et al. Whole-genome cancer analysis as an approach to deeper understanding of tumor biology. British Journal of Cancer 102: 243-248 (2010).

– Taylor B.S. et al. Clinical cancer genomics: how soon is now? J Pathol 223: 318-326 (2011).

– Vogenberg F.R. et al. Personalized Medicine. Part I: Evolution and Development into Theranostics. P&T 35 (10). (2010).

– McDermott U. et al. High-throughput lung cancer cell line screening for genotype-correlated sensitivity to an EGFR kinase inhibitor. Methods Enzymol.438:331-41. (2008)

– Shen Yang, et al. Gene mutation patterns and their prognostic impact in a cohort of 1185 patients with acute myeloid leukemia. Blood, American Society of Hematology 118 (20): 5593-5603. (2011).

– McDermott U. et al. Identification of genotype-correlated sensitivity to selective kinase inhibitors by using high-throughput tumor cell line profiling. Proc Natl Acad Sci U S A. 104(50):19936-41. (2007).

– Jänne PA. et al. Factors underlying sensitivity of cancers to small-molecule kinase inhibitors. Nat Rev Drug Discov. 8(9):709-23. Review. (2009).

– J. van ’t Veer L, et al. Enabling personalized cancer medicine through analysis of gene-expression patterns. Nature 452 (3): 564-570. (2008).

– Dias-Santagata, et al. Rapid targeted mutational analysis of human tumours: a clinical platform to guide personalized cancer medicine EMBO Molecular Medicine 2 (5): 146–158. (2010).

– The International Cancer Genome Consortium. International network of cancer genome projects. Nature 464 (7291): 993–998. (2010).

– Barretina J. et al. The cancer cell line encyclopedia enables predictive modelling of anticancer drug sensitivity. Nature 483: 603-307. (2012).

– Mathew J. et. al. Systematic identification of genomic markers of drug sensitivity in cancer cells. Nature 483: 570-575. (2012)

Bibliografía