ChEMBLの話

@fmkz___

自己紹介 •  kzfm (@fmkz___) – blog.kzfmix.com – Shizuoka.py

•  Python歴は6年くらい – WAFはFlask(最近Django) – Pandas+ggplot素敵☆

ChEMBLとは

h"p://cbi-­‐society.org/home/documents/seminar/2009to12/CBI_Ikeda_511_d.pdf

インハウスにChEMBLがあるメリット☆

•  セキュリティ的に安心 – 思う存分クエリを投げられる – PPだとコンポーネントのエンドポイントいじればOKらしい

•  速いし、負荷もかけられる – 快適

•  webのインターフェースにない検索も出来る – doi使ったりblastと組み合わせたりとか

例1) ChEMBL-MMP

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•  1.3 million MMPs •  1291 proteins •  206 measurement types

•  7431 journals

h"ps://github.com/kzfm/pychembldb/blob/master/examples/mmp/recreaFon.py

D1 receptorのホモログ

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今日やること •  DBMSのインストール – 今回はPostgreSQL – ChEMBL_17のMySQLのダンプはバグっているので使用しないほうがよい

•  Pythonのインストール – pip – pychembldb

•  その他 – Flask – BioPython(blast)

はじめましょう☆ •  ChEMBL導入 – http://blog.kzfmix.com/entry/1389565991

•  pychembldb導入 – http://blog.kzfmix.com/entry/1389589262

• 

ここからはお題

Schema

化合物情報  (構造/prop)

実験情報  (アッセイ/値) ターゲット情報  

（cell/配列/種）

結合サイト  情報  

(ドメイン/位置の始めと終わり)

承認薬  情報

メカニズム/結合  情報

文献情報  (doi/Ftle)

ディレクトリリスト

参考サイト •  SQLAlchemy

–  http://docs.sqlalchemy.org/en/rel_0_9/

•  Flask –  http://flask.pocoo.org/docs/

•  Blast –  http://bonohu.jp/blog/2013/06/08/localblastinmountainlio/

–  http://motdb.dbcls.jp/?AJACS32%2Fbono#e17b6eed

•  BioPython –  http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html

お題１ •  Glycogen synthase kinase-3(GSK3)に対するアッセイの中でヒトを対象に行われたものを選ぶ

お題2 •  問題1でアッセイに供された化合物の活性値とsmilesを知りたい

お題3 •  Glycogen synthase kinase-3(GSK3)に対するアッセイの参照元のpubmed_idとジャーナル名を知りたい

お題4 •  pubmedidが15686883の文献中に記載されている化合物の重み付きQEDスコアが知りたい

お題5 •  ChEMBLのターゲット用のblastdbが欲しい、そして思う存分相同性検索がしたい

•  （ヒント）BLASTとBioPythonをインストールしましょう – http://bonohu.jp/blog/2013/06/08/localblastinmountainlio/

お題6 •  ChEMBLのウェブサービスをローカルに実装したい – https://www.ebi.ac.uk/chembl/ws

•  ここではFlaskを使ってみましょう – http://www.kzfmix.com/flaski/

答え

お題1(答)

>>> for target in chembldb.query(Target).filter_by(pref_name="Glycogen synthase kinase-3"): ... for assay in target.assays: ... if assay.assay_organism == "Homo sapiens": ... print assay.description

お題2(答)

>>> for target in chembldb.query(Target).filter_by(pref_name="Glycogen synthase kinase-3"): ... for assay in target.assays: ... if assay.assay_organism == "Homo sapiens": ... for activity in assay.activities: ... print activity.published_value, activity.compound.molecule.structure.canonical_smiles

•  forループを回す

お題3(答)

>>> for target in chembldb.query(Target).filter_by(pref_name="Glycogen synthase kinase-3"): ... for assay in target.assays: ... print assay.doc.pubmed_id, assay.doc.journal

お題4(答)

>>> for journal in chembldb.query(Doc).filter_by(pubmed_id=15686883): ... for assay in journal.assays: ... for act in assay.activities: ... print act.compound.molecule.property.qed_weighted

お題5(答) •  https://github.com/kzfm/pychembldb/blob/master/examples/blast/chemblast.py

お題6(答) •  https://github.com/kzfm/pychembldb/blob/master/examples/chemblapi/app.py