detecção genética de cardiopatias...
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10/2016
Cardiopatias Congênitas
Oferecemos o estudo genético mais completo para a avaliação de pacientes com cardiopatias congênitas:
Painel de NGS de 114 genes relacionados com as cardiopatias congênitasAnálise de variantes do número de cópias através de SNP-arraysSequenciamento de exoma completo
• As cardiopatias congênitas são a causa mais frequente de malformações congênitas em recém-nascidos e a primeira causa de morte na infância relacionada com uma malfor-mação congênita. Surgem em 8 a 14 de cada 1.000 recém-nascidos vivos. A grande maioria de cardiopatias congênitas tem uma etiologia multifatorial. Estima-se que, em 8% a 10% dos casos, a etiologia seja uma anomalia cromossômica e, em 3% a 5% dos casos, sua apresentação ocorra no contexto de uma síndrome monogênica.
• O diagnóstico molecular específico de uma síndrome genética permite o assessora-mento adequado e o início precoce do acompanhamento médico. Para a Associação Americana do Coração (AHA, na sigla em inglês) e a Academia Americana de Pediatria, as principais razões de se determinar a causa genética das cardiopatias congênitas são: 1) identificar outros órgãos e sistemas passíveis de acompanhamento médico; 2) obter informação específica sobre o prognóstico; 3) informar as famílias sobre os riscos de recorrência; e 4) identificar familiares em risco e proporcionar-lhes os estudos neces-sários, incluindo o genético.
Indicação do estudo genético:
• Pessoas com suspeita ou diagnóstico clínico de cardiopatia congênita sindrômica ou não sindrômica (de apresentação isolada). Diante de um antecedente familiar de cardiopatia congênita em que existe o risco de recorrência, sempre é preciso tentar determinar a etiologia molecular.
• Estudo familiar: familiares de pacientes com uma cardiopatia congênita sindrômica ou não sindrômica em que uma mutação causal tenha sido previamente identificada.
114 Genes
Eficácia do estudo genético:
Recomenda-se descartar inicialmente as anomalias cromossômicas (cariótipo, CGH-arrays, SNP-arrays) para melhorar a eficácia do estudo, principalmente se houver outras malformações.
O painel de NGS permite identificar mutações em alguns dos genes associados ao desenvolvimento de cardiopatias congênitas sindrômicas e não sindrômicas.
A análise com o sequenciamento de exoma completo pode ser considerada em casos em que se suspeite da causa genética para uma cardiopatia congênita sem causa molecular identificada. No entanto, o rendimento individual em relação aos nossos painéis de NGS é reduzido.
• A utilização deste painel deveria ser considerada:
No caso de uma cardiopatia congênita isolada.No caso de uma cardiopatia congênita sindrômica relacionada com genes incluídos no painel.No caso de que tenham sido descartadas outras causas de cardiopatias congênitas (por exemplo, a presença de anomalias cromossômicas) através de outro método, como SNP-arrays.
Painel
114 genesPainel de Cardiopatías Congênitas
ACTA2
ACTC1
ACVR1
ACVR2B
ACVRL1
ANKRD1
B3GAT3
BMPR2
BRAF
CBL
CFC1
CITED2
COL1A1
COL1A2
COL3A1
COL5A1
COL5A2
CREBBP
CRELD1
CHD7
DTNA
EFEMP2
EHMT1
ELN
ENG
EP300
EVC
EYA4
FBN1
FBN2
FLNA
FOXC1
FOXF1
FOXH1
FOXP1
GAA
GATA4
GATA5
GATA6
GDF1
GJA1
GJA5
HAND2
HRAS
IRX4
ISL1
JAG1
KANSL1
KCNA5
KCNJ8
KCNK3
KMT2D
KRAS
LEFTY2
MAP2K1/
MEK1
MAP2K2
MCTP2
MED12
MED13L
MFAP5
MIB1
MYBPC3
MYH11
MYH6
MYH7
MYLK
NEXN
NF1
NKX2-5
NKX2-6
NODAL
NOTCH1
NOTCH2
NOTCH3
PHP4
NRAS
PDGFRA
PITX2
PLOD1
PRKG1
PTPN11
RAF1
RASA1
RASA2
RIT1
SALL4
SHOC2
SKI
SLC2A10
SMAD1
SMAD3
SMAD4
SMAD6
SMAD9
SOS1
SOS2
SPRED1
TAB2
TBX1
TBX20
TBX5
TDGF1
TFAP2B
TGFB2
TGFB3
TGFBR1
TGFBR2
TNNI3
TNNI3K
TOPBP1
UPF3B
ZDHHC9
ZFPM2
ZIC3
Ampliação de estudo: Outros painéis que incluem os genes das cardiopatias congênitas
• Painel General de Doenças Cardiovasculares [380]
Enfoque do diagnóstico:
• No caso de uma cardiopatia congênita associada a outras malformações, é possível que se trate de uma síndrome genética. Por essa razão, é indicado o estudo de cariótipo no caso de suspeita de alterações cromossômicas. • A análise através de SNP-arrays pode detectar variantes do número de cópias (CNV) em todo o material genético, permitindo confirmar ou descartar as síndromes de microdeleção ou microduplicação — por exemplo, a deleção 22q11 (síndrome velocardio-facial), a deleção 7q11 (síndrome de Williams), etc. • O painel de NGS (sequenciamento maciço) permite estudar 114 genes relacionados com as cardiopatias congênitas, tanto em relação a algumas síndromes monogênicas, como as RASopatias e as síndromes de Holt-Oram (TBX5), de Alagille (JAG1 e NOTCH2), de CHARGE (CDH7), de Rubinstein-Taybi (CREBBP e EP300) e de Marfan (FBN1), entre outras, como em relação às mutações em genes relacionados com cardiopatias congênitas não sindrômicas ou isoladas. • Oferecemos também a possibilidade de realizar estudos de sequenciamento de exoma completo para os casos em que há a suspeita de causa genética para uma cardiopatia congênita sem causa molecular identificada. No entanto, o rendimento adicional em relação aos nossos painéis de NGS é reduzido.
• Genetics of congenital heart disease: the glass half empty. Fahed AC, Gelb BD, Seidman JG, Seidman CE. Circ Res. 2013 Feb 15; 112(4):707-20.
• Genetic basis of congenital cardiovascular malformations. Lalani SR, Belmont JW. Eur J Med Genet. 2014 Aug; 57(8):402-13.
• Este painel inclui todos os genes associados ou potencialmente associados ao desenvolvimento das doenças cardiovasculares hereditárias que possam apresentar a morte súbita como evento adverso maior. • Inclui também todos os genes relacionados com as miocardiopatias e seus diagnósticos diferenciais, as arritmias cardíacas, a aterosclerose precoce (dislipidemia) e as doenças da aorta. Igualmente, inclui genes prioritários claramente associados à doença; genes secundários, nos quais a evidência é menor; e genes candidatos, interessantes para projetos de pesquisa.• Deveria ser considerado quando se deseja realizar um estudo de todos os genes relacionados com a patologia cardiovascular, especialmente nos casos de morte súbita em que as informações clínicas ou patológicas são incompletas ou o diagnóstico não é claro.
Painel Geral de Doenças Cardiovasculares 380 genes
Histórico clínico completo
Exploração física detalhadaExames complementares
(imagem, ECG, etc.)
Malformações múltiplasNÃO SINDRÓMICASINDRÔMICA
Isolada
CariótipoCGH-arrays
FISHMLPA
Sequenciamento maciço_ PAINEL de NGS
(antecedentes familiares, prénatais, etc.)
SNP-arrays
CARDIOPATIA CONGÊNITA
Sequenciamento maciço_EXOMA COMPLETO
10/2016
1 ACMG Standards and Guidelines for constitutional cytogenomic microarray analysis, including postnatal and prenatal applications: revision 2013. South ST, Lee C,
Lamb AN, Higgins AW, Kearney HM; Working Group for the American College of Medical Genetics and Genomics Laboratory Quality Assurance Committee. Genet
Med. 2013 Nov;15(11):901-92 Professional Practice and Guidelines Committee. Array-based technology and recommendations for utilization in medical genetics practice for detection of
chromosomal abnormalities. Manning M, Hudgins L; Genet Med. 2010 Nov;12(11):742-53 Consensus statement: chromosomal microarray is a first-tier clinical diagnostic test for individuals with developmental disabilities or congenital anomalies. Miller
DT, Adam MP, Aradhya S, Biesecker LG, Brothman AR, et al. Am J Hum Genet. 2010 May 14;86(5):749-64.4 Clinical utility of array CGH for the detection of chromosomal imbalances associated with mental retardation and multiple congenital anomalies. Edelmann L,
Hirschhorn K. Ann NY Acad Sci 2009; 1151:157- 166. 5 Clinical impact of copy number variation analysis using high-resolution microarray technologies: advantages, limitations and concerns. Coughlin, C. R. II, et al.,
Genome Medicine 4:80 (2012).6 Density matters: comparison of array platforms for detection of copy-number variation and copy-neutral abnormalities. Mason-Suares H, et al. Genet Med. 2013
Sep;15(9):706-12
Mais de 290 síndromes de microdeleção e microduplicação
As análises de array permitem avaliar os ganhos ou as perdas no número de cópias de DNA em todo o material genético do paciente 1.
São consideradas um estudo de primeira linha em casos de pacientes com déficit cognitivo, autismo e/ou malfor-mações congênitas 1,2.
Indicação do estudo genético:
Indicação 1:
• É considerado um estudo de primeira linha em indivíduos avaliados no pós-natal como portadores de:
Anomalias congênitas múltiplas não específicas e/ouAtraso mental/deficiência intelectual
Vantagens 1,2:
• Analisar o DNA de quase todos os tecidos, incluindo os tecidos não cultivados.• Detectar anomalias citogenéticas não identificadas através de uma análise convencional.• Determinar pontos de ruptura em rearranjos cromossômicos.• Detectar a perda de heterozigose (só SNP-arrays).
Eficácia do estudo
Em casos de malformações congênitas múltiplas, de atraso mental e/ou de autismo, a taxa de diagnóstico é de 19% 3.
Diversos estudos demonstraram que entre 20% e 41% dos indivíduos com translocações equilibradas apresentam perdas ou ganhos de material genético nos pontos de ruptura 4.
Limitações 1:
• Não detecta rearranjos cromossômicos equilibrados (translocação equilibrada ou inversões). No entanto, pode determinar se os rearranjos apresentam perdas ou ganhos nos pontos de ruptura.• Mosaicismo de baixo grau.• Triploidias, tetraplodias ou outros níveis de poliploidias e algumas aneuploidias, como XYY.• CNV de regiões genômicas não cobertas na plataforma• O nível de detecção depende da densidade do estudo.• Não detecta mutações pontuais, expressão de genes nem análises de metilação.• Trissomia secundária em relação a uma translocação (trissomia 13 e 21).
SNP-arrays
Os estudos citogenéticos através de microarrays permitem investigar uma quantidade e uma variedade enormes de loci em comparação com as técnicas clássicas. Sua grande versatilidade e seu rendimento facilitaram sua rápida adoção no meio clínico 5.
Oferecemos serviços de citogenética molecular baseados em microarrays de alta resolução, que combinam a qualidade das sondas de genotipagem e das sondas para a detecção de variantes estruturais. Só desta maneira é possível detectar em um mesmo ensaio tanto aberrações cromossômicas não equilibradas quanto a dissomia uniparental ou a perda de heterozigose, entre outras.
Além disso, a elevada densidade das sondas de nossa plataforma (> 2,6 milhões) assegura uma grande sensibilidade (> 99%) e uma grande resolução (de até 25 kB), o que possibilita superar a defasagem existente entre as abordagens da genética molecular e a citogenética clássica 6.
Com a análise através de SNP-arrays, é possível estudar mais de 290 síndromes de microdeleção ou microduplicação.
Painel
Estudo CNV-SNP-arrays
Painéis Health in Code Todas as amostras devem vir acompanhadas do formulário de solicitação, disponível em nosso site
www.centrodegenomas.com.br . Se o pedido vier de um hospital público, a autorização do estudo por
Requerimentos e envio da amostra
Como se deve coletar a amostra?
DNA genômico: quantidade recomendável para NGS >5-10 μg (A260/280 = 1,8-1,9). Quantidade de DNA para sequenciação por Sanger >1 μg (A260/280= 1,8-1,9). É recomendado o envio refrigerado da amos-tra (4-8°C).
Saliva: utilização de kit para coleta. Enviar em temperatura ambiente. Fazer solicitação para [email protected]
Sangue periférico: 3 a 5 ml de sangue periférico em tubos com EDTA. É recomendado o envio refrigerado da amostra (4 - 8°C). Envio em temperatura am-biente quando a recepção da amostra está
Como se deve empacotar a amostra?
Embalagem tripla.
Recipiente primário: em contato direto com a amostra.
Onde Estamos
Secundário: estanque. Empacotar com material amortecedor. Exterior: dimensão mínima 100×100 mm. Rígido para as amostras de sangue e tecido.
Ao Centro de Genomas: NTO - R. Leandro Dupré, 967 - Vl. Clementino - São Paulo / SP - CEP: 04025-014
prevista em 24/48h
Enviar para o seguinte endereço:
Para onde envio a amostra?
NTO: R. Leandro Dupré, 967 - Vl. Clementino - São Paulo / SP.ADM / Posto de Coleta: R. Loefgreen 1304, 1º andar - Vl. Mariana - São Paulo / SP.
Painéis
Painéis Gerais NGS
• Doenças Cardiovasculares7
• Miocardiopatias
• Dislipidemias e Aterosclerose Precoce
• Arritmia Cardíaca
• Arritmia Ventricular e Morte Súbita sem Cardiopatia
Painéis Específicos NGS
Doenças Aórticas7
Cardiopatias Congênitas7
Doenças Mitocondriais7
• Miocardiopatia Hipertrófica
• Miocardiopatia Dilatada
• Miocardiopatia Arritmogênica
• Miocardiopatia Não-Compactada
• Miocardiopatia Restritiva
• RASopatias
• Síndrome do QT Longo
• Síndrome do QT Curto
• Taquicardia Ventricular Polimórfica Catecolaminérgica
• Síndrome de Brugada_Síndrome da Onda J
• Doença do Sistema de Condução
• Fibrilação Atrial
Telangiectasia Hemorrágica Hereditária7
• Hipertensão Pulmonar7
• Doença de Fabry7
• Amiloidose Familiar
• Hipercolesterolemia Familiar
• Hipercolesterolemia Familiar. Painel completo
• Hipertrigliceridemias Familiares Primárias
10/2016
Marfan, TAAD, Loeys-Dietz, Ehler-Danlos, Shprintzen- Goldberg, etc
Noonan, Costello, LEOPARD
• Hiperlipidemias Mistas
• Hipolipidemias
• Diabetes do adulto de apresentação juvenil (tipo MODY)
Síndrome de Rendu-Osler-Weber
Estructural
Miocardiopatias Canalopatias
Outras doenças:
Dislipidemias / Aterosclerose Precoce7
8 Tempo de resposta 6 semanas
Sequenciamento NGS / Sequenciamento Sanger
Citogenética molecular mediante arrays
Exoma clínico8 Identificação de limites de variantes estruturais e CNVs
Outros Serviços
7 Estudos sem cobertura pela acreditação ENAC
Tempo de resposta 5 semanas