プロテオーム研究のデータジャーナル Journal of Proteome Data and Methods

創刊に向けて

広報担当理事　河野　信（東京大学）日本プロテオーム学会

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プロテオームとその歴史

◆ 生体を構成するタンパク質（プロテイン）の総体（-ome）

◆ 二次元電気泳動　→　質量分析計による網羅的解析

◆ 田中耕一らの発見による

◆ 2001年 国際的組織 Human Proteome Organization (HUPO) 発足

◆ 2002年 日本側対応機関として日本ヒトプロテオーム機構 JHUPO 発足

◆ 2009年 日本プロテオーム学会に改名（HUPOの対応機関は継続）

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プロテオーム学会の概要

◆ 会員数

• 1245名（2019年1月4日現在）＋366名（会費未払い）

• 理事26名

• 評議会なし、専任事務局なし、事務機能の外部委託なし

◆ 事業

• 年会の開催（年1回）

• 学会通信の発行（不定期）

• 日本語雑誌「Proteome Letters」の発行（年2回）

• 英文誌「Journal of Proteome Data and Methods」の発行（創刊）

• HUPO, AOHUPO の日本側対応機関

今回のコンサル対象

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年会予稿集および学会誌

◆ 日本プロテオーム学会大会要旨集

• JHUPO 第1回大会（2003年）からすべて掲載

◆ Proteome Letters（日本プロテオーム学会誌）

• 2016年創刊、オンラインのみ、2018年より J-STAGE 搭載

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プロテオーム分野の先行雑誌

W W W . M C P O N L I N E . O R G

F E B R U A R Y 2 0 1 9

MOLECULAR & CELLULAR

PROTEOMICS

by guest on February 22, 2019http://w

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.mcponline.org/

Dow

nloaded from

Molecular Cellular Proteomics American Society for Biochemistry and Molecular Biology IF: 5.236

Journal of Proteome Research ACS Publication IF: 3.950

Proteomics Wiley IF: 3.532

Journal of Proteomics EuPA (Elsevier) IF: 3.722

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プロテオーム分野でのデータ共有の現状

◆ ProteomeXchange Consortium の誕生（2006年）

• PRIDE (European Bioinformatics Institute, UK)• PeptideAtlas/PASSEL (Institute for Systems Biology, USA)• MassIVE (University of California San Diego, USA)• jPOST (jPOST project, Japan)• iProX (Beijing Proteome Research Center, China)• Panorama Public (University of Washington, USA)

◆ 雑誌によるプロテオームデータ登録の義務化

• Molecular Cellular Proteomics• Journal of Proteome Research• Nature 姉妹誌／Science 姉妹誌

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jPOST プロジェクト

◆ jPOST (Japan ProteOme STandard Repository/Database)• 2015年よりJST・バイオサイエンスデータベースセンターの支援を

受けてプロジェクト開始

• 研究者の生データ・解析データを受け入れるリポジトリ（jPOSTrepo）

• 受け入れた生データを統一基準で解析する再解析ワークフロー

• 再解析データを格納し表示するデータベース（jPOSTdb）

◆ 運用している中での問題点

• メタデータがちゃんとついてない！

➢ 再解析できない！

➢ データジャーナルを作ることに（メタデータ記述へのインセンティブ）

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準備したドキュメント

◆ 創刊に最低限必要なドキュメントを用意した

◆ Journal Publishing Plan

◆ Instructions to Authors (ITA)

◆ Guide to Reviewers (GTR)

◆ Ethics Policies

◆ License to Publish form

◆ FAQ

◆ INLEXIO社からテンプレートをいただき、データジャーナル用に修正

したものを送付 → リバイズ → 修正・送付 → リバイズ

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出版スケジュール

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コンサルティング経過・内容

◆ 3/20 J-stage セミナー参加、コンサルティング参加意思表明（河野）

◆ 4/24 インタビュー（河野）

◆ 5/21 JSTから採択通知

◆ 5/29 JST様とミーティング（河野、奥田）

◆ 6/26 INLEXIO社とウェブミーティング（河野、奥田、石濱）

◆ 7/10 コンセプトシートをINLEXIO社に送付（河野）

◆ 7/31 INLEXIO社よりPublishing Plan初稿受け取り

◆ 8/8 JST様とミーティング（河野、奥田、石濱）

◆ 8/13 キックオフミーティング（河野、奥田）

◆ 8/22 JST様とミーティング、INLEXIO社に出版スケジュール送付（河野）

◆ 9/20 INLEXIO社にPublishing Plan第2版送付（河野）

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コンサルティング経過・内容

◆ 10/18 JST様とミーティング（河野）

◆ 10/29 INLEXIO社にITA, GTR提出

◆ 11/15 INLEXIO社とウェブミーティング（河野、奥田、石濱）

◆ 2/5 INLEXIO社にEthics Policies, License to Publish form, FAQ送付

◆ 2/14 INLEXIO社にITA, GTR第2版送付◆ 現在、各種文書修正中◆ 3/15 J-Stage セミナー

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JPDM の構成と基本方針

◆ 構成

◆ Data Descriptors

◆ Protocols

◆ Data Processing Notes

◆ Reviews

◆ 基本方針

◆ 完全オープンアクセス

◆ 著作権は著者に帰属（一部例外あり）

◆ ライセンスはCC-BY

◆ オンラインのみ、アクセプト次第随時発行（号の概念なし）

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実施体制

◆ 編集体制

• Editor-in-Chief: 石濱泰（京都大学、JProS会長、jPOST代表）

• 編集事務局：奥田修二郎（新潟大学）、河野信（東京大学）

• Associate Editors: 松本雅記（九州大学）、五斗進（情報・システム研

究機構）、荒木令江（熊本大学）、杉山直幸（京都大学）

◆ Editorial Board• Juan Antonio Vizcaino (European Bioinformatics Institute, UK)• Eric Deutsch (Institute for Systems Biology, USA)• Nuno Bandeira (University of California San Diego, USA)• Yunping Zhu (Beijing Proteome Research Center, China)• 他、海外計11名（協会会長、インフォ）、国内26名（JProS理事）

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理事会での反応

◆ 懸念事項

• ヒューマンリソースの問題

• たくさん投稿されたらどうする？

• 二重投稿にならないか

• どのように査読すればよいのか

• 会員へのメリットは何か？

• 時期尚早である（もっと議論して進めるべき）

◆ 肯定的意見

• 日本プロテオーム学会のプレゼンスを国際的に示す良い機会である

• データジャーナルは、各国のプロテオームデータベースやプロテオ

ーム研究者にとって有益なものとなる

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コンサルを受けての個人的感想

◆ 良かった点

• 出版全般に対するアドバイスをもらえた

• 文章の雛形をもらえた

• 英語を見てもらえる

• しかも出版の専門家

• 締切があることで作業が進む

◆ 大変だった点

• すべての文章は結局ひとりで作ったので大変

• 理事の理解を得るのが大変

• 特にデータジャーナルである点

今後の予定

◆ タイムライン• 4月～　サイト公開、プレスリリース？、投稿受付開始• 5月～6月　最初の論文のレビュー• 6月～7月　最初の論文の公開準備• 9月　HUPO 国際会議に合わせて創刊

◆ 中期目標• 年間50報（jPOSTへの登録が2018年で約150データセット）• PlanS への対応• PubMed, DOAJ への搭載、Impact Factor の付与を目指す

4月　 5月　 6月　 7月　 8月　 9月　10月　11月　12月　

投稿受付開始 論文公開準備

JPDM 創刊

HUPOJProS

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謝辞

◆ 国立研究開発法人　科学技術振興機構

知識基盤情報部　研究成果情報グループ

◆ INLEXIO社 Dr. Dugald McGlashan, Dr. Caroline Hadley