Nuestros resultados sugieren que los SNPs situados en RNAs no codificantes pueden afectar a la susceptibilidad a LLA-B y que podrían representar nuevos marcadores de susceptibilidad a LLA-B.

RESULTADOS Y DISCUSIÓN

REFERENCIAS

INTRODUCCIÓN

Se analizaron muestras de sangre de 286 pacientes con LLA-B diagnosticados en los hospitales de Cruces, Donostia, Miguel Servet y La Paz y 360 controles sanos. En total, se seleccionaron para el genotipado 348 SNPs: 213 SNPs (con frecuencia superior al 1% y bibliográficos) localizados en 206 miRNAs y 135 SNPs en15 lncRNAs. El genotipado se realizó en el CEGEN utilizando la plataforma VeraCode GoldenGate de Illumina. Se eliminaron los polimorfismos que no cumplían en controles el equilibrio de Hardy Weinberg (test de χ2). Para el estudio de asociación, se utilizó el test exacto de Fisher y regresión logística con el software R v3.1.0

MATERIAL Y MÉTODOS

La leucemia linfoblástica aguda infantil o LLA es el cáncer pediatrico más común (1). La susceptibilidad a LLA se debe a múltiples y complejos factores genéticos (2). Variantes genéticas de un solo nucleótido (SNP) han sido asociadas a la susceptibilidad a desarrollar LLA (2-4). Sin embargo, la mayoría de los estudios se han centrado en regiones codificantes, que cubren tan solo el 1,5% de nuestro genoma. Hoy en día han adquirido cada vez más relevancia los noncoding RNAs (ncRNAs), cuya función es principalmente reguladora. Los microRNAs (miRNAs) y los long noncoding RNAs (lncRNAs) son RNAs no codificantes que regulan la expresión de otros genes (Figura 1). Ambos, miRNAs y lncRNAs se han visto desregulados en pacientes con LLA (5,6), demostrando su relevancia en esta patología. Las alteraciones en los niveles de expresión de los ncRNAs o en su función pueden ser debidos a polimorfismos genéticos. De hecho, SNPs en miRNAs y lncRNAs se han asociado a diferentes tipos de cáncer (7,8). Por lo tanto, el objetivo del presente estudio fue evaluar si los polimorfismos en ncRNAs pueden contribuir a la predisposición a la LLA infantil.

CONCLUSIÓN

Gutierrez-Camino, Angela (1); García de Andoin, Nagore (2); Carboné Bañeres, Ana (3); Navajas, Aurora (4); García-Orad, África (1)

(africa.garciaorad@ehu.es)

(1) Departamento de Genética, Antropología Física y Fisiología Animal, Universidad del País Vasco/ Euskal Herriko Unibertsitatea, Bilbao, España (2) Unidad de Onco-Hematología Pediátrica, Hospital Universitario Donostia, San Sebastián, España (3) Departamento de Pediatría, Hospital Miguel Servet, Zaragoza (4)Departamento de

Oncohematología, Hospital Universitario Cruces, Bilbao, España

De un total de 348 SNPs, 11 SNPs resultaron significativamente asociados con la LLA (p<0,05). De estos 11 SNPs, 7 están localizados en miRNAs (Tabla 1) y 4 en lncRNAs (Tabla 2).

miRNAs Entre los SNPs más significativos, se encuentra el SNP rs12803915 en el mir-612, el cual resultó también significativamente asociado con la LLA en un estudio previo (9). Este SNP se encuentra en un miRNA pre-maduro, con lo que puede afectar a los niveles de expresión, eficiencia de procesamiento y estabilidad del miRNA maduro. De hecho, se ha descrito que este SNP disminuye los niveles de mir-612 en cáncer de próstata y colorrectal (10). Una de las diana potenciales de este miRNA es IKZF2, un factor de transcripción hematopoyético. Por lo tanto, este SNP podría contribuir al desarrollo de la LLA.

Figura 1: Funciones de A) miRNA s y B) lncRNAs

NUEVOS MARCADORES DE SUSCEPTIBILIDAD A LEUCEMIA LINFOBLÁSTICA AGUDA INFANTIL: RNAs NO CODIFICANTES

Abreviaciones; Odds Ratio OR; Intervalo de confianza (CI); valor p < 0,05; modelo dominante (d); modelo recesivo (r), modelo log-aditivo (l); modelo codominate (c)

Cabe destacar también las asociaciones encontradas entre el lncRNA CDKN2B-AS1 y el riesgo de la LLA. Existen evidencias de que este lncRNA regula los genes CDKN2A/B. Este locus parece ser un candidato plausible en la susceptibilidad de la leucemia (12), ya que se encuentra inactivado en varios canceres hematológicos debido a deleciones, expresión aberrante o silenciamiento epigenético. Además, se ha visto que SNPs en este gen pueden alterar sus niveles de expresión o modificar el splicing (13). Por lo tanto, la integridad de CDKN2B-AS1 podría ser necesaria para la expresión de CDKN2A/B, y por tanto, contribuir a la susceptibilidad de la LLA.

Este proyecto fue financiado por RETICS (RD12/0036/0060), UPV/EHU (UFI 11/35) y Gobierno Vasco (IT661-13, S-PE12UN060).

lncRNAs

El SNP más significativo en los lncRNAs es el SNP localizado en el lncRNA LOC728463. Este lncRNA no tiene función conocida hasta el momento, con lo cual es la primera vez que se encuentra asociado al riesgo a desarrollar cáncer.

B A

miRNA SNP Genotipo Controles

n, (%) Casos n, (%) OR (CI 95%) p

Asociado en cáncer

mir-300 rs12894467 CC CT TT

148 (45) 141 (42,9) 40 (12,2)

94 (33) 146 (51,2) 45 (15,8)

1,66 (1,20-2,31) (d)

0,002 Desconocida

mir-3144 rs68035463 CC AC AA

209 (63,7) 107 (32,6) 12 (3,7)

151 (53,4) 111 (39,2) 21 (7,4)

1,49 (1,14-1,95) (l)

0.003 Desregulado

en cáncer colorectal (11)

mir-5196 rs10406069 GG AG AA

208 (63,8) 103 (31,6) 15 (4,6)

172 (60,4) 110 (38,6)

3 (1,1)

0,22 (0,06-0,77) (r)

0,006 Desconocida

mir-4745 rs10422347 CC CT TT

283 (87,3) 40 (12,3) 1 (0,3)

222 (79,6) 54 (19,4) 3 (1,1)

1,75 (1,15-2,65) (l)

0,007 Desconocida

mir-612 rs12803915 GG AG AA

213 (65,1) 104 (31,8) 10 (3,1)

212 (74,1) 71 (24,8)

3 (1)

0,65 (0,47-0,9) (l)

0,007 Asociado a

susceptibilidad en LLA (9)

mir-3166 rs35854553 AA AT TT

232 (83,2) 44 (15,8) 3 (1,1)

236 (90,8) 24 (9,2)

0

0,5 (0,3-0,85) (d)

0,008 Desconocida

mir-5090 rs3823658 GG AG AA

238 (72,1) 89 (27) 3 (0,9)

216 (75,8) 58 (20,4) 11 (3,9)

4,04 (1,11-14,67) (c)

0,009 Desconocida

Tabla 1: SNPs más significativos en miRNAs

lncRNA SNP Genotipo Controles

n, (%) Casos n, (%) OR (CI 95%) p

Asociado en cáncer

LOC728463 rs1511695 GG AG AA

245 (74,5) 82 (24,9) 2 (0,6)

187 (65,6) 83 (26,1) 15 (5,3)

9,08 (2,06-40,1) (r)

0,0002 Desconocida

CDKN2B-AS1

rs2811712 AA AG GG

264 (80,2) 62 (18,8) 3 (0,9)

200 (70,4) 75 (26,4) 9 (3,2)

1,69 (1,21-2,36) (l)

0,001

Pronóstico en cáncer

gástrico y riesgo en

LLA (12, 13)

CDKN2B-AS1

rs3217992 GG AG AA

95 (28,9) 153 (46,5) 81 (24,6)

93 (33,2) 142 (50,7) 46 (16,1)

0,59 (0,39-0,88) (d)

0,008

Pronóstico en cáncer

gástrico y riesgo en LLA

(12, 13)

LSAMP-AS3 rs2918215 GG AG AA

270 (82,1) 54 (16,4) 5 (1,5)

206 (72,3) 70 (24,6) 9 (3,2)

1,75 (1,2-2,57) (d)

0,003

Osteosarcoma cáncer

colorrectal (14,15,16)

Tabla 2: SNPs más significativos en lncRNAs

Abreviaciones; Odd Ratio OR; Intervalo de confianza (CI); valor p < 0,05; modelo dominte (d); modelo recesivo (r), modelo log-aditivo (l); modelo codominate (c)

1. Johnston WT. et al., Cancer Epidemiol 2010;34(6):659-666.

2. Ellinghaus E, et al., Leukemia 2012;26(5):902-909.

3. Treviño LR, et al. Nat Genet 2009;41(9):1001-1005.

4. Papaemmanuil E, et al.. Nat Genet 2009;41(9):1006-1010.

5. Fank K et al., Hum Mol Genet. 2014 Feb 11

6. Zhang H. et al., PLoS One 2009;4(9):e6849

7. Ryan BH Nat Rev Cancer 2010;10(6):389-402

8. Iacobucci I. Leuk Res. 2011;35(8):1052-9

9. Gutierrez-Camino A.et al., Pediatr Res. 2014 ;75(6):767-73

10. Kin HK et al., PLoS One. 2012; 7(10): e47454

11. Hamfjord J PLoS One. 2012;7(4):e34150.

12. Sherborne AL et al., Nat Genet 2010; 42(6): 492-494

13. Zhang EB Oncotarget. 2014, 30; 5(8):2276-92

14. Pasic I et al., Cancer Res. 2010 Jan 1;70(1):160-71

15. Qui P J Transl Med. 2013 May 16;11(1):122.

16. Kresse S et al., Genes Chromosomes Cancer. 2009 Aug;48(8):679-93.