klasifikační systémy a nomenklatury v...

Nature Inspired Technology G r o u p

Klasifikační systémy a nomenklatury

v medicíněInformační a komunikační technologie ve zdravotnictví

2008/2009


Typy informace

Data = konkrétní informace

výsledky vyšetření biosignály – v čase proměnné obrazová informace ukládána v různých klinických modulech IS

Znalosti = abstraktní modely světa

zobecnění dat Literatura rozvoj systému pro zpracování znalostí vymezení znalostí, klasifikace, formální popis

Interpretace

modely lidského myšlení, logické odvozování,

pravděpodobnostní rozhodování, systémy umělé inteligence


Lékařská data – škály

Měření = prvku souboru se přiřazuje právě jedna hodnota příslušné škály (stupnice)

Kategorická (nominální) škála

slovní, kvalitativní data zvl. pr. alternativní (0/1)

Diskrétní (ordinální) škála

Spojitá (intervalová) škála

„Škálování“ – přiřazujeme jevům číselné hodnoty, které nelze přímo měřit

Metoda srovnání (párové, nejlepší objekt) Metoda stejných intervalu


Normálnost dat

Problém normálnosti

Častost – řídkost Co je „zdraví“ Jak poznáme, je-li jedinec zdráv

Popisné koncepce normálnosti

Častost, průměrnost V praxi 2x směrodatná odchylka nebo 95% populace

Hodnotící koncepce normálnosti

Přiměřené zdraví / zdatnost optimální zdraví / zdatnost (odstupňovaný model)

Normální rozmezí (referenční interval)

Variabilita analytická a biologická

Individuální norma zdraví


Variabilita dat Srovnatelnost měření

Správnost (validita) Přesnost

(Analytická) variabilita s jakou chybou jsme schopní daný parametr stanovit při opakovaném

vyšetřovaní. Je podkladem pro aktuální klinické rozhodování při použití daného parametru

Biologická variabilita

Inter-individuální ukazuje procentuální změny v hodnotě parametru měřeného u toho

stejného jedince opakovaně po několik dní za sebou Je podkladem pro aktuální klinické rozhodování při použití daného

parametru intra-individuální

ukazuje procentuální změny v hodnotě parametru měřeného u více jedinců několik dní za sebou.

Je podkladem pro stanovení referenčních rozsahů


Lékařský pojem a termín

Pojem

Zobecnění objektu, vlastností a dějůDefiniceNázev = TermínKlasifikace

Vztahy příbuzných pojmu

Názvy pojmu

Terminologie včetně synonymNomenklatura v utříděných systémech


Lékařský pojem a termín

Pojem je zobecnění objektů našeho zájmu a to:

Konkrétních předmětů (pacient, orgánů, histolog. struktury) Vlastností (cyanóza, nauzea), Dějů (biochemické vyšetření, progrese vyšetření)

Pojem je dán současně abstrakcí a generalizací, kde pak:

Klasifikace - řeší vztahy mezi příbuznými pojmy Definice - přesná formulace významu pojmu Název (termín) - pojem pojmenovává

Terminologie-souhrn všech názvů pro danou oblast(lékařský jazyk, synonyma)

snaha používat jediný výraz: synonyma


Definice a terminologie

Definice – typy:

Analytické, syntetické, korektivní

Pragmatické hledisko

Přiměřenost, reálnost

Sémantické hledisko

Nominální, klasická (aristotelská), kontextová, genetická, negativní

Syntaktické hledisko

Terminologie

Lékařský jazyk (přirozený x formální) Synonyma

Systémovost

Přesnost

Úspornost (zkracování)

Funkčnost (užívanost, nosnost)


Klasifikace

Hierarchie

Vztahy souřadnost, nad/podřazenost, zjemnění, ortogonalita Hierarchie generická (rod ,druh) / partitivní (celek, část) Klasifikace v jedné dimenzi / ve více dimenzích/ složený kód (SNOMED)

Systémy klasifikace diagnóz

Mezinárodní klasifikace nemocí a příčin smrti (ICD) ICD-O, TNM, DSM III, Endoskopická nomenklatura

Systémy klasifikace procedur

Klasifikace ICPM Klasifikace VZP Národní číselník laboratorních položek

Komplexní klasifikační systémy

SNOMED, UMLS


Formalizace problému

Prostředky:

Množiny Logická notace Matematika a statistika Procedurální popis Algoritmizace

Deklarativní popis

Báze znalostí – úplnost, nespornost, relativnost

Znalostní pravidla

Terapeutická, „dávkování“, diagnostická Nezbytný symptom, postačující symptom, přispívající symptom


Příklad synonyma

Seznam synonym pro jedno jediné onemocnění:

Anafylaktoidní purpura

Nejčastější primární dětský zánět cévHenoch-Schönlein purpuraPurpura DEBRÉ-LAMY Esenciální atrombocytopenická purpura (Schultze) Heberdenův-Willianův syndrom Kapilaro toxická purpura (Frank) Peliosis rheumaticaPurpura allergicaPurpura anaphylactica (Glanzmann)


Aspekty pro volby optimálních termínů

Ze stávajících synonym

SYSTÉMOVOST

PŘESNOST

ÚSPORNOST

FUNKČNOST


SYSTÉMOVOST

Prvořadý požadavek (z hlediska volby synonym),

Teprve pak získává terminologie (soubor odborných výrazů) vlastnosti nomenklatury (utříděného terminologického systému)

Prostředky pro vyjádření příslušnosti k systému v medicíně jsou

koncovky (především): itis = zánět, patie = chronický neurčený stav, osa = chronické

nezánětlivé onemocnění, aza = enzym, om nádor, áza enzym… Jde vesměs o české formy latinských/řeckých názvů, s možností

jejich skloňování v české větě!

Příklad: Mezinárodnípřed-, přípona - LYMFOgranulOMEponymum - MorbusHodgkin X


SYSTÉMOVOST

Prostředky pro vyjádření systémové příslušnosti vmedicíně:

Formou složených výrazů:Vztah „rod - druh – podskupina“ vyjadřován přívlastkem

shodným (akutní krvácení)Vztah „část – celek“ prezentován přívlastkem neshodným (kůra nadledvinky, trn obratle) či obráceným slovosledem

(příklopka hrtanová)Koncovkami u jednoslovných termínů stejného základu

základu:Vztah „příčina příčina-následek“ ( embolizace – embolie)

U antonym má přednost lexikální negace (infekční – neinfekčnía nikoliv – mikrobiální (neinfekční)


PŘESNOST

Druhý nejdůležitější požadavek na jednoznačnost a obsažnost slovního vyjádření.

Plurivalentní -mnohoznačné slovo, např. „operace“ znamená nejen prováděný výkon , ale i vlastní činnost – operování.

Základní vlastnost odborného termínu oproti slovům běžnéhojazyka je jeho kontextová nezávislost. Tím se zvyšuje přesnostpopisu reality

Příklady

Adherentní (zevní) vlastnost pojmu –Anafylaktoidní purpura Inherentní (vnitřní) vlastnost - Imunnívaskulitis X

Doporučení:

Dávat přednost spíše znakům adherentním (jsou názornější)


ÚSPORNOST

Požadavek daný nezbytnou stručností komunikace = praktickápotřeba ze strany uživatelů.

Sousloví v češtině

50% odborných termínů ze 2 slov, z 15% ze 3 slov a z 5% ze 4 a více slov. Jednotlivá slova mají svá přesně určená místa, nelze je nahradit synonymy. Jde často i o částečnou definici pojmu (chronické srdeční selhání, akutní infarkt

myokardu, snímkování ze štítu, hladina krevního cukru).

Funkčnější je vždy obecně složené slovo než složený výraz.

Příklad:

Složené slovo – Imunodefekt Složený výraz – Imunodeficitní stav X

Kratší podobu mohou získat sousloví vypuštěných slov – elipsou (cekum, komoce, dura apod.) Jsou často na pomezí slangu


ÚSPORNOST

Zkracování:

nejúspornější forma slovního vyjádření pojmu: Zkratky hláskové –iniciálové (EKG, EEG, MNR, CT, RTG) Značky -obvykle symbolu (Kg, m)

Slabičné Zkrácené části slov (echo)

Uplatnění: hlavně v psaném projevu

Při slovní řečové adaptaci mají slangovou formu (RS – roztroušená skleróza – ereska)


FUNKČNOST

Užívanost

Termín musí být „živý“ – univerzálně využitelný včetně svézevní grafické podoby. Ne vždy jsou v souladu se spisovnými normami – praxe ukazuje, že jsou ale postupně jazykem asimilovány i do slovníků.

Slova s přeneseným významem často velmi přesně a názorněcharakterizují pojem (tzv. významová průzračnost).

Jedná se obvykle o metafory, jež se ale významověneutralizovaly, takže nepůsobí nežádoucí asociace

Příklad:

Metaforie Přirození„zabíječi „ … namísto kódového označení CD7T – lymfocyty


FUNKČNOST

Nosnost Termín musí být „nosný“ – umožnit tvorbu odvozených slov - zejména

adjektiv a sloves ze substantiv. Obecně nosnější jsou slova mezinárodního původu.

Příklad:

Mikroskop –mikroskopie –mikroskopický To české slovo „drobnohled „ neumožňuje, proto postupně archaizuje.

Morfologie Vypouštění nefunkčních hlásek (nevyjadřují znaky pojmu, plní jen

formální úlohu (thrombocyt –trombocyt, phenylketonurie –fenylketonurie.

Používání počešťujících hlásek (c –k: Chloramphenicol –chloramfenikol, s –z: katalasa –kataláza).


Klasifikační systémy a nomenklatury v medicíně

Mezinárodní klasifikace nemocí (MKN) pro zpracování údajů o

Zdravotním stavu Nemocnosti Úmrtnosti Prevenci – apod.

Nejen ve zdravotnictví nutná klasifikace nemocí, která musízahrnovat

Nemoci Úrazy Otravy komplikace léčebné péče stavy způsobené zevními příčinami Vrozené a získané vady Přidružené zdravotní problémy kontakty osob se zdravotnickými službami bez nemoci nebo subjektivní

stížnosti.


MKN a ICD

Mezin. klasifikace nemocí a příčin smrti – MKN

http://www.uzis.cz/cz/mkn/uvod.htm

ICD –International Classification of Diseases.

http://www.who.int/classifications/icd/en/

Pod záštitou WHO (Svět. zdravotnické organizace)

je každých cca 10 let přepracována.

Nedostatek: nevhodná pro další kódování komplexní lék. informace (chybípojmy pro příznaky a terapii).

Současná 10. revize je řešena alfanumericky

místo 1.číslice je nyní písmeno latinské abecedy další místa jsou číslice dekadické soustavy Takto všechny nemoci tříděny do 21. skupin s více základními položkami.


Podvojná (duální) klasifikace

Podvojná (duální) klasifikace má dva kódy.

Jeden obsahuje informaci o základním chorobném procesu a jeoznačen křížkem (†).

Je uveden v té části klasifikace, ve které je onemocnění zařazenopodle zásad MKN, tj. podle základní nemoci.

Druhý kód, který obsahuje informaci o lokalizovaném projevu(manifestaci) či komplikaci je označen (*).

Je uveden v kapitole, která se vztahuje na tu orgánovou soustavu,kterou postihuje lokalizovaný projev nebo komplikace.

Příklad:, 2. aplikace ICD – Ve skupině B jsou kupř. zařazenyinfekce dle typu infekčního agens, ve skupině I jsou pak srdečníonemocnění.

Přínos: Lze dohledat v rámci obou uvedených skupin – aspektů.


ICD příklad 1:

B37 – Kandidóza - candidiasis

.0 Kandidovástomatitida .1 Plicní kandidóza .2 Kandidóza kůže a nehtů .3+Kandidóza vulvya pochvy (N77.1*) .4+Kandidóza jiných močových a pohlavních lokalizací .5+ Kandidovámeningitida (G02.1*) .6+ Kandidováendokarditida (139.8*) .7 Kandidová septikémie .8 Kandidóza jiných lokalizací .9 Kandidóza, NS


ICD příklad 2:

I 39* Zánět srdeční nitroblány - endokarditis při nemocechzařazených jinde

Patří sem postižení endokardu při:

kandidové infekci ( B37 . 6 +) gonokokové infekci ( A54 . 8 +) revmatoidní artritidě ( MO5 . 3 +)

.0 * Nemoci dvojcípé chlopně

.1 * Onemocnění aortální chlopně

.2 * Onemocnění trojcípé chlopně

.3 * Onemocnění pulmonální chlopně

.4 * Mnohočetná onemocnění chlopní

.5 * Endokarditis neurčené chlopně


Komplexní klasifikační systémy

Systém SNOMED ( systemizovaná nomenklatura medicíny) umožňuje popis jakékoliv situace v medicíněpomocí 6 úrovní:

T - Topografie

M - Morfologie,

E - Etiologie,

F - Funkce,

P - Procedura,

S - Syndrom

a 5 - místným kódem (hexadecimální kód 0-9, A-F)


SNOMED Příklad

V ledvině je absces stafylokokového původu projevující se bolestía vyvolávající sepsi, pro který je provedena nefrotomie. Stav jepopsán jako konjunkce kódů pro ledvinu,abscedující záněty,stafylokoka, bolest, chirurgickou incizi a sepsi:

Topografie – ledvina – T 71000

Morfologie – absces – M 41710

Etiologie – Staphylococcus – E 24400

Funkce – bolest – F 82600

Procedura – nefrotomie – P 10000

Syndrom – sepse – S 00800

T 71000^M 41710^E 24400^F 82600^P 10000^S 00800


Unified Medical Language System

Projekt US National Library of Medicine - tři základní části Metathesaurus

Slovník, sestavený z více než 100 různých informačních zdrojů (SNOMED,ICD10...)

Termíny jsou seskupeny, resp. začleněny do jednotlivých „Pojmů“ (Concept)

Každý pojem má unikátní „Concept ID“

Pokud příslušný informační zdroj obsahuje relace,spojující pojem s jinými pojmy(is_a, is_part_of), jsou tyto relace v Metathesauru zachovány

Semantic Network

Pokus o ontologii postavenou nad pojmy Metathesauru

135 sémantických typů, 54 relací

SPECIALIST Lexicon

Syntaktický, morfologický a ortografický slovník anglickýchbiomedicínských termínů (pro nástroje pro porozumění textu).


Příklad aplikace s IS

Existují záznamy signálů, které by bylo dobré uchovávat v nějakéintegrovanější formě

Co ještě chceme uchovávat:

chceme ukládat záznamy chceme ukládat některé údaje o pacientovy chceme ukládat osobní a rodinou anamnézu chceme ukládat medikaci chceme ukládat údaje a výsledky laboratorních vyšetření chceme pracovat se signálem

Nechceme pouze uchovávat

Předpokládáme do budoucna možnost data miningu



Pro uchování informací volíme databázi

Je potřeba zvolit aplikační a databázovou platformu

V našem případě

Aplikační platforma – JavaDatabázová platforma – Oracle

Nyní je potřeba vytvořit ER diagram databáze

Je zřejmé, že musíme definovat v partitivní hierarchii

Sestavme si seznam možných entity a jejich vazeb



Možné entity

Pacient – id., jméno, příjmení, pohlaví, datum narození(předpoklad šifrování)

Pat_info – jeden pacient může mít více informací a mění sePat_diag – jeden pacient může mít více diagnózPat_meds - jeden pacient může mít více medikacíMeasurement – základní jednotka vyšetření, pacient může mít

x vyšetřeníResults – jedno vyšetření muže mít několik výstupů ne něj

navazuje několik detailních entitLaboratory – výsledky laboratoře

Číselníky

Diagnoses, Medication, Professions, Point_types, Parameters



Jako úložiště dat zvolíme databázi



Máme problém – chceme ukládat signály ze dvou různých zdrojů

Máme tedy dva různé formáty souborů

Možné řešení

model bude přistupovat k vybranému souboru a sjednocovat načtená data



Práce s číselníkem

PřidávatUbíratUpravovat

Pozor na integritu

klasifikační systémy a nomenklatury v...

Documents