Commented Master Tender Document

D8 QUESTECO

Phiên bản : 1Ngày :9 tháng 7 năm 2013Tác giả : Martin Adam

Vui lòng gửi những bổ sung hoặc chỉnh sửa trực tiếp tới địa chỉ email: martin.adam@bruker-axs.de

Định nghĩa:USP: Những điểm có lợi cho việc bán hàng (phần cứng, phần mềm) của Bruker AXS

AC: Tiêu chuẩn đánh giá (sản xuất, bảo hành, hoặc tương tự). Đảm bảo rằng luôn kèm theo những tính năng này như là đại diện cho những khả năng độc nhất nơi mà một vài hoặc tất cả các đối thủ luôn cạnh tranh

Màu cam cám chỉ Agilent

Màu xanh da trời ám chỉ Rigaku

1. Các ứng dụngCác ứng dụng được đưa ra sẽ được thiết kế cụ thể cho nhiễu xạ đơn tinh thể(SC-XRD). Hệ thống sẽ chứng minh khả năng của nó qua việc thu thập dữ liệu, xử lý và xây dựng cấu trúc để chất lượng công bố trên các mẫu tiêu chuẩn khoáng chất, các vật liệu bán dẫn, vô cơ, hữu cơ, hữu cơ kim loại, và siêu phân tử, các hợp chất. Hệ thống bao gồm, nhiễu xạ kế tia X, các thiết bị ngoại vi và phần mềm thu thập, xử lý, và công bố dữ liệu sẽ được chứng minh trong mô hình tinh thể học, việc xử lý của các mẫu hấp thụ mạnh, xác định mật độ điện tích, xác định cấu trúc tuyệt đối, thu thập dữ liệu và và tích hợp trên các mẫu bột trong mao quản. Giải pháp cũg có thể xử lý thành công các cấu trúc khó tinh thể học, ví dụ như các mẫu đa from systematically or randomly twinned species.

2. Tổng quanThiết bị phải phải được cung cấp như là một hệ có đầy đủ chức năng, hoàn thiện và được cài đặt với các tùy chọn đào tạo tại nhà máy. Thiết bị nên chứa hoàn toàn các khối điện tử, bộ phận phát tia X và bộ đo góc trong 1 thiết bị. Ưa thích hơn, hệ thống được đặt trên các bánh xe để có thể dễ dàng di chuyển thiết bị và cho phép truy cập vào tất cả các hướng của thiết bị tới các thiết bị truy nhập. Buồng an toàn sẽ có 1 khoảng truy nhập lớn để đảm bảo sẽ không có giới hạn liên quan nào trong việc di chuyển của thiết bị. Tất cả các thiết bị điện tử điều khiển cho các thiết bị nhiệt độ thấp tùy chọn có thể chứa bên trong hệ thống để sử dụng không gian của phòng thí nghiệm với hiệu năng tối đa. Nó cũng có thể hoạt động cạnh thiết bị hoặc điều khiển từ xa thông qua mạng internet. Hệ thống được hỗ trợ mạng dựa trên (internet, e.g. WebEx) chuẩn đoán và bảo dưỡng từ xa.

Thông tin:

Kích thước của D8 QUEST: 187 x 130 x 114 cm và D8 VENTURE: 202 x 168 x 129 cm

Agilent: Wheels should be a lock-out.

Rigaku

3. An toànHệ thống được trang bị với một buồng an toàn với các tín hiệu nhìn thấy được cho các trạng thái liên động và phải được tuân thủ các yêu cầu nghiêm ngặt nhất trên thế giới liên quan đến an toàn máy móc (ví dụ bảo vệ với các phần di chuyển), tan toàn tia X, an toàn điện, và tương thích điện trường. Về cụ thể cửa chớp tia X sẽ được khóa liên động với cửa như vậy cửa sập của thiết bị có thể được mở nếu chỉ khi tất cả các tấm chắn an toàn được ở đúng vị trí.

Hệ thống phải đẩy đủ theo tiêu chuẩn CE bao gồm nhưng không giới hạn với AC

o Chỉ thị máy móc (2006/42/EC)o Thiết bị điện (2006/95/EC)o Khả năng tương thích điện từ trường (2004/108/EC)

Hệ thống sẽ được đăng ký với các nhà chức trách địa phương nếu đưuọc yêu cầu bởi chính quyền nhà nước.

Related sales literature:

MACHINERY SAFETY DOC-H90-EXS004

4. Nguồn tia XNguồn tia X nên phù hợp với các quy định an toàn nghiêm ngặt nhất thế giới . Một yếu tố quyết định cho việc đạt được tiêu chuẩn này là một màn trập chính cho ống phát tia X. Nguồn phát tia X có công suất nhỏ nhất là 1000 watt, với công nghệ tần số trung bình hiện đại không bao gồm bình chứa dầu lớn bên ngoài, cho độ tin cậy tối đa và tối thiểu nhiệt tạo ra. Không có bộ làm mát bằng nước bên ngoài nào cần cho cả hệ thống. Dòng của nguồn phát tia X sẽ từ 2 tới 60 mA, độ ổn định +- 0.01% tại +-10% biên độ dao động, và điện áp nguồn phát X-ray 20 tới 50 kV, độ ổn định +-0.01% tại +-10% biên độ dao động. Việc thiết lập kV và mA có thể thay đổi liên tục được với các thiết bị đo hiển thị số. Bộ nguồn phát tia X sẽ bao gồm bộ vi xử lý với tự động khởi động và đốt cháy cho các ống phát tia X mới và tự

động hạ thế khi hệ thống ở chế độ chờ để đảm bảo tuổi thọ tối đa của ống phát. Ở chế độ nghỉ, năng lượng tiêu thụ sẽ không vượt quá 100W (20 kV, 5 mA).USP

Nguồn phải có "chứng nhận hợp chuẩn" do Viện Đo lường Quốc gia Đức (PTB) liên quan đến an toàn tia X với. Tài liệu phải được bao gồm USP, AC.

Ghi chú:

Phiên bản với bộ làm mát bằng nước bên ngoài của bộ phận phát tia X cũng sẵn có.

Agilent đẩy mạnh việc có một nguồn phát làm mát bằng nước ở trong Xcalibur. Tuy nhiên, sự “tăng cường” ống yêu cầu phần làm mát bên ngoài. CCD của chúng đòi hỏi làm mát bằng nước bên ngoài và các ống liên quan tới nó. Bởi vì PHOTON 50 là một đầu dò làm mát bằng không khí, nó không yêu cầu nước làm mát. Sự thiếu vắng nước sẽ làm giàm sức căng của đầu dò, khi nó được chuyển vào tay theta và giảm thiểu sai sót.

Agilent không có chứng nhận hợp chuẩn của Đức liên quan đến phụ kiện ống phát tia X hoặc sự an toàn tia Xn cho bất kỳ nhiễu xạ kế nào, tính đến 12/2012.

Rigaku không có chứng nhận hợp chuẩn của Đức liên quan đến phụ kiện ống phát tia X hoặc sự an toàn tia X cho bất kỳ nhiễu xạ kế nào tính đến 12/2012.

5. Đường truyền quang và sự chiếu sáng mẫuCho sự ổn định tối đa, hệ thống sẽ kết hợp một đường truyền quang gắn trực tiếp lên bộ đo góc. Đường truyền tín hiệu sẽ được sản xuất với khe hở nhỏ nhất để đảm bảo sự dễ dàng và ổ định khi căn chỉnh của toàn bộ hệ thống. Cho các kết quả chính xác nhất một khái niệm downstream, liên quan tới việc căn chỉnh đường chuyền với tâm của bộ đo góc trong bước căn chỉnh cuối cùng sẽ được tham chiếu dựa theo các giải pháp có căn chỉnh theo bộ đo góc. Thêm vào đó, đường truyền phải được thiết kế càng gọn nhẹ càng tốt, bởi vì đường truyền ngắn sẽ có cường độ cao tại vị trí của mẫu.

Với việc chiếu sáng mẫu một độ chói cao, cường độ cao nguồn sáng trắng (nguồn sáng ưa thích LED) sẽ được cung cấp. Khi mà sự phơi sáng của mẫu quá lâu làm giảm chất lượng ảnh kính hiển vi và nguồn sẽ có thể mờ điều khiển từ xa.

Chú ý:

Nguồn phát của Bruker được gắn vào bộ đo góc cho độ ổn định tối đa, không như các bộ đo góc được cấp với các tấm ảnh, bộ đo góc ở đây và đầu dò được gắn tách biệt nhau với độ căn chỉnh cho việc ổn định tối thiểu.

Agilent is also offering a downstream alignment. Do đó việc tranh luận chủ yếu với Rigaku. Độ ổn định của Agilent dường như hơi kém. Ở các phiên bản SW mới nhất họ thu thập ảnh tham chiếu sau mỗi 50 lần phơi sáng. (xấp xỉ 1 lần trong 1 giờ).

Ngoài RAPID II và DualSource RAPID II Rigaku đang căn chỉnh các thiết bị của họ với nguồn X-ray như đã làm 30 năm trước với các nguồn tia X với các máy ảnh phim. Điều này tăng lực quán tính yêu cầu dẫn đến căn chỉnh tệ và các lỗi phát sinh lớn hơn ví dụ: Các chỉ số mạng. Thêm vào đó, căn chỉnh làm tăng sự thay đổi của những chuyển động không mong muốn tại giá trị góc 2theta cao.

6. Ống phát tia XỐng phát tia X cung cấp cho nguồn sẽ là loại có bia làm bằng Mô lít đen. Ống gốm được ưa thích hơn ống thủy tinh bởi vì sự cải thiện của vị trí điểm tiêu cự. Ống gốm với bia bằng đồng cũng sẵn có. Ceramic tubes are preferred over glass tubes due to their improved focal spot positioning. Copper target fine focus ceramic tubes also shall be available.

Agilen cung cấp ống phát của bên thứ 3 (General Electric)

Rigaku không có ống phát bằng gốm.

7. Bộ tạo chùm tia đơn sắcĐể đạt được cường độ cao nhất từ nguồn phát, hệ thống phải được trang bị với một phụ kiện quang học cho việc tạo ra tia K anpha đơn sắc. Với độ linh hoạt thực nghiệm toàn vẹn, một chùm tia đồng nhất để tắm được với nhiều kích thước tinh thể dải từ nhỏ hơn 100 micron lên tới 600 micron được yêu cầu.

8. Tia chuẩn trựcHệ thống phải được trang bị với một bộ chuẩn trực thiết kết độc lập cho việc kết hợp các nguồn quang học khác. Các phần tia không được che chắn phải được tối thiểu cả về các lý do an toàn, và điều quan trọng hơn là tán xạ không khí. Các bộ chuẩn trực tạo ra chùm tia dạng tròn và dễ dàng thay thế. Do khả năng của chúng có thể gây ra sự chồng chéo thậm chí với các ô đơn vị khá nhỏ cho các hệ kết hợp với khe sáng được dựa trên sự chuẩn trực sẽ bị loại bỏ.

9. Chặn chùm tiaHệ thống phải được trang bị với một bộ chặn chùm tia dễ dàng thay thế. Việc chặn chùm tia nên được tính đến đường truyền quang của hệ thống bởi phần mềm. USP. Kích thước của bộ chặn chùm tia phải phù hợp với kích thước của chùm tia nhằm tránh các khu vực không cần thiết phải che chắn.

10.Bộ đo gócBộ đo góc phải có một cơ chế truyền động và bánh răng tự do USP không có các phụ kiện lắp vào sẽ có dải góc là 360° với góc omega và 2theta. Hệ thống sử dụng cấu hình mở có độ chính xác cao. Bộ đo góc sẽ được trang bị với động cơ bước với bộ mã hóa quang học cho tốc độ quét tối đa và chính xác vị trí. Để có được chất lượng dữ liệu tốt nhất, độ lặp lại của góc omega và 2theta nên ít nhất là 0.0002 độ USP. Tốc độ của bộ đo góc có thể điều chỉnh được từ 0 và 1200 độ/phút howcj tốt hơn để đảm bảo độ chính xác cao nhất và giảm thiểu thời gian.

Hệ thống sẽ được tranh bị cánh tay đo của góc 2theta cho phép truy nhập ở góc cao và do đó có dữ liệu độ phân dải cao. Hệ thống sẽ thực hiện bất kỳ nỗ lực để tránh va chạm. Khoảng cách giữa các khu vưc có thể truy cập được 1 cách vật lý bởi phần cứng nhưng bị chặn do sự giới hạn của phần mềm càng nhỏ càng tốt trong khi đảm bảo việc vận hành an toàn với một quãng đường linh hoạt được ưa thích.

Các nhà thầu được khuyến khích cung cấp 1 bảng với tốc dộ cao nhất/nhỏ nhất, các dải góc, độ chính xác, độ lặp lại của mỗi 1 trục.

Do bộ đo góc là 1 phần quan trọng của toàn bộ hệ thống, nó sẽ được bảo hành với thời gian bổ sung ít n hất là 3 năm USP

Chú ý:

Bruker cam kết 10 năm bảo hành cho bộ đo góc. Chúng tôi có rất ít thông tin tình báo về khả năng của các bộ đo góc của đối thủ cạnh tranh. Yêu cầu cuối cùng sẽ giúp thu thập thông tin chính thức hơn.

Agilent rất miễn cưỡng trong việc cung cấp thông số của bộ đo góc như độ chính xác và khả năng lặp lại hoặc cung cấp số lặp lại cũng như độ chính xác. Với kích thước chùm tia nhỏ hơn, các thông số bộ đo góc ngày càng trở nên quan trọng hơn.

Rigaku rất miễn cưỡng trong việc cung cấp thông số của bộ đo góc như độ chính xác, khả năng lặp lại . Với kích thước chùm tia nhỏ hơn, các thông số bộ đo góc ngày càng trở nên quan trọng hơn.

Các bài giảng kinh doanh liên quan

Chú ý kỹ thật của bộ đo góc SC-XRD 9 sử dụng trong nhiễu xạ đơn tinh thể.

11.Bàn soi mẫuĐể hiệu quả và đơn giản cho việc thu thập dữ liệu sao cho sự cản trở là nhỏ nhất và dải quét rộng. Bàn soi mẫu chi với 3 vòng tròn cố định sẽ được gắn trên bộ đo góc. Để thu thập dữ liệu trong tất cả các phần của không gian đối xứng càng hiệu quả càng tốt, một thiết bị sử dụng 1 góc magical với góc định danh là 54.7 độ được tham chiếu. Thiết bị sẽ hỗ trợ 1 góc phi 360 độ và có thể di chuyển dưới tia tới từ bộ chuẩn trực tại bất kỳ góc nào cho việc thu thập dữ liệu đầy đủ. Độ chính xác sẽ phải tốt hơn 0.03 độ với độ lặp lại tốt hơn bởi ít nhất bởi 1 độ lớn. Vùng giao cắt của các trục khoảng 7 micron hoặc tốt hơn. Để cho phép thời gian phơi sáng dài và định vị nhanh chóng thiết bị mặt khác tốc độ quét có thể điều chỉnh được từ 0 tới 1500 độ/phút và độ chính xác là 0.005 độ (góc omega và 2theta) và 0.025 độ (phi) hoặc tốt hơn. Độ lặp lại sẽ là 0.0002 độ (omega và 2theta) và 0.001 độ (phi) tại giá trị nhỏ nhất. USP

Chú ý:

Di chuyển mẫu dưới tia tới từ bộ chuẩn trực là thiết kết độc nhất của Bruker’s FIXED-CHI và KAPPA. Tất cả các bộ đo góc sử dụng một phần tư bệ đỡ hoặc

khối kapa không thể di chuyển dưới chùm tia tới từ bộ chuẩn trực, yêu cầu đầu dò phải chờ nhiều lần trong quá trình thu thập dữ liệu để xoay bàn mẫu.

Agilent không thể đưa ra giải pháp cố định của chi. Đây là thông số kỹ thuật quan trọng. This holds even more, nếu như khách hàng tươn lai có thể tranh luận về việc “dễ dàng bảo trì, ít động cơ hơn sẽ ít nguy cơ cho việc hỏng động cơ”

http://www.chem.agilent.com/en-US/promotions/Pages/GV1000.aspx?cid=7100

Rigaku được cho là có bệ mẫu chi cố định AFC-10. (http://www.rigaku.com/products/smc/xtalab200 as of July 2nd, 2013) Tuy nhiên, không có chi tiết nào được cung cấp.

12.DetectorHệ thống nên được trang bị đầy đủ một đầu dò điện tử. Cho việc thu thập dữ liệu có hiệu quả và chất lượng cao với vùng hoạt động của đầu dò nên là 5.0 x 9.8 cm2

hoặc tốt hơn. Đầu dò không được có khoảng trống giữa các sen sơ và các vùng mù. Đầu dò với tỷ lệ cô (trước/sau) càng nhỏ càng tốt bởi vì các đầu dò sẽ đạt được độ nhạy cao nhất và độ phân giải không gian cao. Trong trường hợp một cài đặt với một sợi thủy tinh quang học được đưa ra, tỷ lệ phóng đại của the magnification ratio of the applied taper should be stated. To maximize system’s data collection efficiency the technique offered should not require coincidence or correlation measurements (so-called double correlation). For optimized performance, such as spot separation for long axis or twinned samples at shortest crystal-detector distances, the detector should employ a scintillator screen with a point-spread function matching the pixel size of the sensor. Preferably, the detector should execute all necessary corrections on-board and provide fully corrected data. Units requiring external devices for data correction will be rejected. To avoid external cooling devices and minimize physical tension on the system the detector should be completely air-cooled. Preferably, the detector shall not require regular maintenance and feature low power sensors.

The detector shouldn’t be prone the signal-blurring effect (blooming) seen for high intense reflections with some detector technologies and the sensor must therefore have intrinsic anti-blooming capability as verified by the manufacturer of the sensor. A detector which can be operated in a shutterless data collection mode,maximizing data quality while minimizing shutter jitter will be preferred.

In case the detector incorporates a scintillator, this component should be custom-designed for the energy offered. The detector should have a detective quantum efficiency(DQE)≥80%. The spatial resolution of the detector should be 100 micron (FWHM) or better to ensure best separation of closely spaced spots from large unit cell, multiple crystal samples and for powder samples in capillary.

A rate meter routine to automatically sum up and display pixels in center of detector for alignment shall be provided.

Related sales literature:

CMOS Detectors Unique Performance Benefits of the PHOTON 100 CMOS Active Pixel SensorDOC-T86-EXS010

Note:

Due to its unique design embedding a scintillator optimized for home laboratory wavelengths the PHOTON 50 detector is the only CMOS detector offered on the market with high sensitivity usable for both: soft radiation, such as Cu, and hard radiation, such as Mo and Ag. The Dectris Pilatus detector was designed for synchrotrons to satisfy structural biology demands and is optimized for energies < 8 keV. In CCDs coupled to tapers offered by other suppliers, demagnification leads to a loss of up to 80% of the signal and introduces spatial distortion and blurring from the glass fibers (which are slightly twisted in the glass pulling process). The CMOS sensor used in the PHOTON 50 is twotimes larger than the conventional Kodak 2K CCD chip used by other vendors. Lacking a fiber optical taper minimizes distortion leading to more accurate positional data information and

hence more accurate unit cell parameters and bonding geometry. Bruker is offering a 3-year warranty for the PHOTON 50.

Đàu đò Atlas CCD của Agilent lớn hơn PHOTON 50 liên quan tới kích thước và khu vực hoạt động. Tuy nhiên, is requires a 1:2 reduction taper, losing 80% of the reflection intensity in the taper. The rarely sold EOS detector can’t compete. The taper ration of 1:1.3 results in a loss of 63% “only”.

Rigaku has given up on CCDs and almost exclusively offers Dectris’ Pilatus 200 third party detector with a 5% blind area. This detector is offered as “noise-free”, which it is not. This can be seen in a flood field experiement with a relatively low count rate. Additonally, the Pilatus 200 suffers from dead-time effects for high count rates and a signal loss due to blind areas within each pixel. The design of the Pilatus 200 is 10 years old. Dectris is already working on a replacement system.

13.Detector mountThe detector shall be mounted on a manually adjustable track. For highest experimental flexibility, i.e. measuring small unit cell samples as efficient as possible, while being able to avoid overlapping reflections from twinned or long unit cell samples, the crystal detector distance shall be adjustable between 35and 240 mm. The actual detector position shall be transferred automatically to the system’s control software to minimize errors.

The Atlas has to be operated at a larger DX sample to detector distance; 55 mm is the minimum DX on the Agilent goniometer we have seen. Recent tender replies indicate 35 mm as well.

With curved image plates offered by Rigaku, there is no possibility to move DX at all – the radius of curvature is fixed. Thus, rejection of systems without a movable detector will lock-out the RAPID II Imaging plate system.

14.Integrated MicroscopeThe system is required to include a color video microscope to magnify the crystal, to capture screen frames of the sample, and to measure and index crystal faces, coupled with provided software for the required motion video. For numerical absorption correction the software should allow the indexing of crystal faces by interactive use of video pictures or movies of the crystal investigated.

15.Small accessoriesThe system shall be delivered with a highly precise XYZ-goniometer head fully compliant with the IUCr standards.

16.Quality - GeneralAt installation, the instrument must pass a documented acceptance test based on an established instrument verification procedure, demonstrating proper instrument alignment at a level which is currently state-of-the-art in Single Crystal X-ray diffraction. Preferably, the factory acceptance test used for all CMOS instruments employs a sulfonium ylid test crystal. The crystal to be provided with the instrument shall have been used for the factory tests. Upon installation, this crystal shall be used in out laboratory to repeat the crystal set-up, data collection, and structure solution per manufacturer’s system test procedures. The following parameters shall be satisfied:

Unit cell constants must satisfy the equation:

standard deviation of a/ length of a < 0.0003

After structure solution and refinement the R figure of merit must be less than 3.0% for Mo and less than 4.5% for Cu. The goodness of fit must be less than 1.50. AC

17.SOFTWAREThe software suite provided with the system shall consist of a complete suite of well tested and user proven routines for the collection and integration of CMOS frame data on single crystals, and for solving, refining and displaying single crystal structures. The software package should comprise of a user friendly interface with extensive graphical feedback, on-line help and shall be available for high power personal computers (PC) running Windows7™ or Linux USP.

Note:

Remove Linux or Windows 7 option respectively, whenever appropriate. We’d prefer to reduce the number of Linux systems to a minimum.

Agilent can’t offer Linux support.

Rigaku can’t offer Linux support.

The software shall allow remote access to the instrument including diffractometer, goniometer and X-ray generator functions to setup the experiment, view data as collected, process the data and solve and refine the structures remotely or off-line. Preferably, the use of third party remote desktop software for the remote connection should be avoided. USP

Note:

APEX2 connects via a TCP/IP to BIS running on the instrument’s controller PC.

Agilent can only provide access to the instrument’s PC via remote desktop software.

Rigaku can only provide access to the instrument’s PC via remote desktop software.

The measurement software shall have a graphical instrument representation for real-time display of the current instrument configuration based on component recognition, real-time validation, conflict detection, and path planning. USP.

While the system is under warranty software updates should be made available for download to users free of charge three to four times per year.

The software provided shall be able to diagnose twinned and split crystals and to index twins by visual separation of the reciprocal lattice components and by automated indexing using full and difference vector algorithms. The software shall be able to handle the reflection array as two or more subsets with separate orientation matrix for each component in order to compare the set of matrices and to determine the twinning law or the non-crystallographic rotation in split crystals. The software provided shall conveniently support all further data acquisition and data processing, data scaling steps, including a proper absorption correction. Tenderers are encouraged to provide examples for properly absorption corrected multi domain samples and state how many domains the package can handle at a time. USP

Note:

Throughout the entire package APEX2 supports eight domains.

Agilent can only work with 4 twins at a time (according to www.x-rayman.co.uk by pmueller » 13 Jul 2010). 6 domains are not unusual. So, one can’t use CrysAlis for data-indexing and integration of these 6 twin components.

Rigaku’s TwinSolve can only handle 2 domains only.

Related sales literature:

Application Note SCD 375 Pseudo Merohedral Twinning: How to Treat a Six-fold Twin, DOC-A86-EXS002

The system shall include two proven absorption correction routines: one for numerical face indexing, and the second employing semi-empirical methods using direction cosines. It should be possible to combine both routines in particular for very highly absorbing compounds. The software shall apply an incident beam correction and a diffracted beam correction for reflections on the same frame. The software shall incorporate algorithms routines (e.g. those from Blessing) to give statistically correct sigma values for each reflection; automatically apply corrections such as for detector geometry, crystal orientation particularly in capillaries, and crystal decay. The software shall check for internal consistency based on the Laue class and shall be able to properly down weight outliers.

The data collection segment shall provide the following features at minimum:

Crystal screening via initial one minute rotation frame and consecutive tools for frame analysis such as: display of 3D reflection profiles, rocking curves, zoom up to pixel level, circle cursor for determination of the resolution, display of background counts and integrated intensities on reflection level.

Automatic collection of multiple frames suitable to determine unit cell in narrow frame mode which provides the best centroids of reflections and hence the best unit cell parameters, or selection of wide frame indexing followed by unit cell refinement after data collection.

Fast and reliable automated unit cell determination using phi, omega or phi/chi scans based on auto-indexing routines featuring full vector and difference vector algorithms. Furthermore, the selection of conventional reduced primitive cell and assignment of indices to reflections, including ability to handle twinned crystals is required.

Automatic calculation of least-squares orientation matrix and unit cell parameters, with nonlinear least-squares fit to account for errors in the crystal centering.

Automatic Bravais lattice determination to display possible higher symmetry unit cells and select best choice.

Ability to take oriented photographs about specified direct or reciprocal axes, exploiting the full kappa goniostat capability, and with selectable overlay of predicted reflection positions.

Ability to collect, integrate and merge data with detector at multiple settings of 2theta (on-axis and off-axis, 2theta-swing).

Automatically repeated collection of frames possessing very strong reflections applying either shorter exposure time per frame or inserting a proper absorber material.

Automated corrections for spatial and intensity calibrations. Calculation of unit cell parameters based on all available reflections after data

collection, if desired. Contain a reciprocal space display for examination and manipulation of

reflection arrays, which allows removing spurious reflection for better indexing; detection of twinning and separation of twin domains for subsequent indexing; Automated and interactive determination of modulation q-vectors from commensurate or incommensurate samples and subsequent data integration and scaling.

Facilitate the determination of rotation angles or twin laws between domains by comparing unit cells

The data collection planner shall include the ability to plan for covering a user-defined area of reciprocal space, and allow the user to specify overall data collection time, data completeness and data multiplicity (redundancy).

The data integration software shall use a 3D-algorithm and be able to operate as a background task to process each frame as received from the instrument. For optimum signal-to-background and best unit cell parameters narrow frames capability, slicing each reflection in 5 to 7 frames using a frame width as small as 0.1 degree rotation per frame to get best reflection centroid information is essential, while for a maximize data collection efficiency the capability to collect and integrate data in wide frame mode with a several degrees rotation per frame is important. The package offered should be able to handle both types of data sets on the same high quality level.

The output shall include scaling, output of statistics, merged or unmerged reduced data, and calculation of direction cosines for absorption correction.

Pseudo Precession images shall be generated from data collection frames, to enable detection and investigation of twinning, superstructures, modulated structures, and diffuse scattering.

The software for data scaling and absorption correction shall be based on the intensities of symmetry-related reflections measured at different angular settings. Overlapping reflections from multiple-domain samples shall not be rejected but properly processed and kept in the data set. Processing of modulated structure data ready for further processing (e.g. in JANA) shall be possible. The system shall include output data files directly compatible for input to SHELX software, including direction cosines for reflection data.

The structure solution and refinement software, such as SHELXTL, provided shall include the following features:

Valid for all space groups in all orientations with automatic space group determination.

Instructions in simple free format. Ability to display weighted and color-coded reciprocal lattices, similar to

Precession photographs, and to display contoured Patterson sections. Direct methods with negative quartets, phase annealing from random starting

sets, partial structure recycling and interpretation of pseudo symmetric and twinned structures.

Full matrix least-squares refinement for up to 1200 full matrix parameters, and blocked or conjugate gradient refinement up to 5000 atoms. Minimization to be based on F2-refinement, with output of crystallographic R factors for F and F2.

Least squares refinement to include refinement of merohedral and other twins, rigid groups, isotropic extinction and powder diffraction data, geometric positioning and constrained refinement of hydrogen atoms, and disordered groups refined with restrains; automatic constraints for atoms in special positions constraints and restraints to be applied from known structures.

Automatic interpretation of heavy atom Patterson maps and computer-aided interpretation of pseudo symmetric structures and twinned structures, plus

rotation/translation search for oriented fragments or single atoms based on combined Patterson search and direct methods and packing.

Ability to display and plot molecules, up to 10,000 simultaneously, with thermal ellipsoids, space filling models, packing and polymeric structures, and 3D real-time rotation of a wire model.

Routines for the automatic creation of tables with crystal data, experimental parameters, refinement results as well as atomic positions and displacement parameters, bond lengths and angles in pm or Å from standard CIF files shall be provided. Theoretical diffraction data shall be calculated from atomic coordinates and space group, and used to simulate and plot powder diffraction patterns. A HTML report for a complete, easy-to-read overview of the results obtained shall be easily accessible. Preferably, the report includes an applet, which allows off-site readers a detailed analysis of the structure with respect to configuration including bonding geometry, torsion angles and packing in the crystal (e.g. Jmol).

The program should have the ability to read and convert Protein Data Bank coordinates to compatible format.

A pipeline, automating the entire work-flow from crystal quality evaluation to data processing and scaling, structure solution, refinement and structure check for organic and coordination compounds shall be included. The routine shall automatically check for major crystallographic pitfalls and avoid these. It shall call established structure solution modules, such as SHELX, automatically to solve the structures, and automatically employ multiple methods for structure solution if the default method is not successful. Atom assignment and verification shall utilize a data base of known structures from organic and metal-organic chemistry.

Info:

The Bruker suite includes unique software to solve and refine protein structures. The system has proven capability to screen protein crystals and collect, integrate and scale data on protein crystals. Software is further able to solve protein structures by ab initio methods in SAD phasing, to locate heavy atom positions,

and to trace main protein chains in software which is currently not available to the general public. The proprietary software includes a structure determination method for resolution enhancement by dual-space refinement. This new method remarkably adds 0.2 A to 0.3 A to the resolution of the data, when solving structures of crystals that diffract originally to about 1.8 Angstrom resolution or better.

Agilent by default runs in an automated mode similar to XPRESSO. The software pretends to be hard-working, although results often are very poor. For structure assignment AutoChem is offered, which is a clone of AUTOSTRUCTURE.

Rigaku claims to have SM-Auto and SM-Expert. Very little information is provided on its capabilities.

Tools required for system alignment shall be included with the system.

18.Computer for Instrument Control and Data ProcessingThe computer system delivered with the system shall be dedicated and have minimum specification as follows: Pentium Core 2 QUAD, 2.66 GHz tower PC, 8 GB RAM, 2.0 TB hard disk drive, 23" LCD monitor, US-keyboard, mouse, Windows 7 operating system. As this computer’s main task will be controlling the X-ray diffraction instrument, focus will be on a well-proven stable configuration over top-of-the-line specifications.

The PC shall host all software for data collection, processing, structure solution, and refinement as specified below.

Note:

Please, try to avoid offering other computer specs. Testing of an individualized system takes a lot of our resources.

19.SUPPORTThe supplier shall be able to demonstrate at least 100 installed and operational CCD or CMOS units used for small molecule crystallography, by providing a reference list.

Spare parts shall be stocked at the factory as well as in major service centers with provisions in place for same-day shipment.

The ability to provide technical support shall be demonstrated by provision of a list of applications scientists with experience in the crystallography of small molecules using the system offered.

The ability to provide field service shall be demonstrated by provision of a list of field engineers in our region who are trained to install and support the system’s technology.

While the system is under warranty the vendor shall provide a phone number for free-of-charge hot line support with phone-costs covered by the buyer.

The vendor shall grant access to an active electronic systems’ user groupto quickly address daily research problems in the single crystal X-ray diffraction. The access should be at no extra cost. Tenderers shall indicate how many membershave inscribedworldwide.

The vendor shall organize global and local users’ meetings on at least an annual basis for the presentation of new techniques and discussion of novel applications.

Telephone and E-mail support from SC-XRD service experts shall be provided while the system is under warranty. Additional supplier’s support using modern internet tools, such as webex ® for providing tips or showing novel features is a pro. Software and hardware manuals shall be regularly updated and available for download all time.

20.Electrical Power RequirementsPre-installation requirements shall be minimized. Therefore, an all-air cooled solution with single phase operation at 200-220V, 50/60Hz is preferred.

Note:

This is the standard in Europe, China, India, US and many other countries 16A or 20A circuit breakers are required. For the optional LT device a second, separately fused circuit is required.

21.Low temperature device (option)A low temperature (LT-) device using liquid nitrogen including all necessary electronics and a stand shall be supplied with the system. The system shall employ the reliable heat-exchanger principle to generate the cold gas stream which shall be protected by a surrounding outer gas stream. To minimize liquid nitrogen consumption (preferably less than 0.6 l/h) a compressor/air-dryer combination delivering a dew point < 220 K shall be provided. All required controller units shall mount underneath the goniometer table. Hoses and cables shall be sufficiently long to feed them through an X-ray safe labyrinth. Holes in the radiation safety enclosure might destroy radiation safety and shall be avoided. The LT-device shall not obstruct the instrument or shadow the detector. A liquid nitrogen storage dewar with a capacity of 60 liter shall be included. The system shall possess an automatic refill unit to mount on an external source of liquid nitrogen. For control and monitoring the device shall be comprehensively integrated within the software suite offered with the system of temperature from software. Temperature range shall be from 80 K up to 400 K with a stability of +/- 0.1 K. A minimum of 10 copper pins for mounting crystals shall be provided.

Related sales literature:

Product Sheet SC-XRD 45 KRYOFLEX II Low Temperature Attachment, DOC-S86-EXS045

The delivery of the low temperature device shall include a mount, which allows an easy and stable alignment of the device without limitation of goniometer movement and thus optimizing data completeness and resolution.

22.TrainingFor the system to be offered the supplier shall optionally quote professional training courses for users in operating, maintaining and trouble-shooting on both: an operator level as well as a technician level.