· 2020-07-18 · life technologies holdings pte ltd block 33, marsiling industrial estate road 3...

MANUAL DO USUÁRIO

Instruções de Uso3500 Dx / 3500 xL Dx

INSTRUÇÕES DE USO | IVD

Publicação Número de Peça 4401688 Data de Revisão – Janeiro de 2012 (Revisão C).

Não pode ser utilizado

de Uso do Analisador Genético Série3500 Dx / 3500 xL Dx

Janeiro de 2012 (Revisão C).

Não pode ser utilizado nos Estados Unidos da América.

ético Série

CNPJ: 63.067.904/0001-54

Life Technologies Holdings Pte Ltd Block 33, Marsiling Industrial Estate Road 3 #05-03 Cingapura 739256

Senior Manager, European Regulatory Affairs Life Technologies Limited 3, Fountain Drive Inchinnan Business Park Paisley, PA4 9RF Escócia

O cliente é responsável por qualquer validação de análises e complacência com os requisitos regulamentares que estejam relacionados ao seus procedimentos e uso do instrumento. A informação contida neste documento pode ser alterada sem prévio aviso. A Life Technologies Corporation e/ou seus afiliados renuncia todas as garantias com relação a este documento, expressa ou implicada, incluindo mas não se limitando a aqueles relacionadas a comercialização ou aptidão para propósito particular. A extensão máxima permitida nos termos da lei, sob nenhuma circunstância deve a Life Technologies Corporation e/ou seus afiliados ser considerada responsável, tanto por meio de contrato, acordo, garantia ou qualquer outra forma de estatuto ou qualquer outra base para danos especiais, incidentais, indiretos, punitivos, múltiplos ou consequenciais em conexão com ou oriundas deste documento, incluindo mas não se limitando a utilização do mesmo.

AVISO AO COMPRADOR:

A compra deste produto não concede ou garante ao comprador quaisquer direitos adicionais, tanto expressamente como por implicação ou embargo (sem limitação) ao direito de transferir ou revender o produto de qualquer forma, o direito de utilizar o produto como agente terapêutico, ou de utilizar o produto para desempenhar outros testes sob contrato ou taxa por teste para ou em nome de terceiros. Para maiores informações relacionadas sobre os meios de obtenção de direitos adicionais, por favor, entre em contato pelo e-mail [email protected] ou pelo endereço Out Licensing, Out Licensing, Life Technologies, 5791 Van Allen Way, Carlsbad, California 92008.

LICENÇA DE USO LIMITADO:

Nenhum direito de revender este produto ou qualquer um de seus componentes é concedido expressamente, por implicação, ou por embargo. Para informações sobre os meios de obtenção de direitos adicionais, por favor, entre em contato com a Life Technologiespelo e-mail [email protected] ou pelo endereço Out Licensing, Out Licensing, Life Technologies, 5791 Van Allen Way, Carlsbad, California 92008.

MARCAS REGISTRADAS:

As marcars registradas ao longo deste documento são de propriedade da Life Technologies Corporation ou seus respectivos proprietários.

© 2012 Life Technologies Corporation. Todos os direitos reservados.

Sumário

Prefácio. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .03 Capítulo 1 Descrição do Instrumento e do Software. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .10 Capítulo 2 Iniciando o Sistema . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31

Capítulo 3 Configuração e Procedimento. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .54

Capítulo 4 Revisão de Resultados. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...92 Capítulo 5 Calibragem e Verificação de Desempenho. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116 Capítulo 6 Gerenciar Biblioteca de Recursos. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 159 Capítulo 7 Funções de Segurança do Usuário, Aud itoria e Assinatura Digital (Módulo SAE) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 203 Capítulo 8 Manutenção do Instrumento. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .235 Apêndice A Aplicação de Reagentes e Módulos de Proc essamento. . . . . . . . . . . . . . . . 267 Apêndice B Resolução de Problemas. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 275 Apêndice C Segurança . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .294

Prefácio

Informações de Segurança

Nota: Para informações gerais sobre segurança, veja este prefácio e “Segurança”. Quando um símbolo de perigo e letra e aviso aparecer ao lado do nome do produto químico ou ao lado do instrumento, veja a seção “Segurança” na página 309 para a lista completa de alertas sobre o produto químico ou instrumento.

Palavras de Alerta De

Segurança

Quatro palavras de alerta de segurança aparecem na documentação do usuário da Life Technologies em pontos do documento onde você precisa tomar cuidado com os perigos relevantes. Cada palavra de alerta – IMPORTANTE, CUIDADO, AVISO, PERIGO – implica um nível particular de observação ou ação, conforme definido abaixo:

IMPORTANTE! – Indica a informação que é necessária para a operação adequada do instrumento, utilização precisa do kit de química, ou utilização segura do produto químico.

CUIDADO! – Indica uma situação potencialmente nociva que, se não evitado, poderá resultar em lesão leve ou moderada. O mesmo pode ser utilizado para alertar contra práticas inseguras.

AVISO! – indica uma situação potencialmente nociva que, se não evitada, poderá resultar em morte ou lesão séria.

PERIGO! – Indica uma situação nociva eminente que, se não evitada, poderá resultar em morte ou lesão séria. Esta palavra de aviso deve ser limitada às situações mais extremas.

Exceto para a palavra de aviso IMPORTANTE , cada palavra de alerta de segurança em um documento da Life Technologies aparece com uma imagem de triângulo aberto que contém um símbolo de perigo. Estes símbolos de perigo são idênticos aos símbolos de perigo que são afixados aos instrumentos da Life Technologies (veja “Símbolos de Segurança”).

SDSs As SDS (Planilhas de Dados de Segurança) para qualquer produto químico fornecido pela Life Technologies ou Ambion são disponibilizados a você de graça 24 horas por dia. Para instruções sobre como obter as SDS, veja “SDS”.

IMPORTANTE! Para as SDS de produtos químicos não distribuídos pela Life Technologies ou Ambion, entre em contato com o fabricante do produto químico.

Uso pretendido

Etiquetas de Segurança no

Instrumento

As seguintes afirmações de CUIDADO, AVISO e PERIGO podem ser exibidos em instrumentos da Life Technologies em combinação com símbolos de segurança descritos na seção seguinte:

Símbolo de Perigo

Português

Francês

CUIDADO! Produtos químicos nocivos. Leia o material da Planilha de Dados de Segurança do Material (MSDSs) antes do manuseio.

ATTENTION! Produits chimiques dangereux. Lire les fiches techniques de sûreté de matériels avant toute manipulation de produits.

CUIDADO! Resíduo nocivo. Fazer referência a MSDS e regulamentação local para manusear e disposição final.

ATTENTION! Déchets dangereux. Lire les fiches techniques de sûreté de matériels et la régulation locale associées à la manipulation et l’élimination des déchets.

CUIDADO! Perigo potencial de escorregamento. ATTENTION! Risque potentiel d'avoir un sol glissant.

CUIDADO! Superfície quente. ATTENTION! Surface brûlante.

PERIGO! Alta voltagem. DANGER! Haute tension.

AVISO! Para reduzir as chances de choque elétrico, não remova as coberturas que requerem acesso de ferramentas. Nenhuma ferramenta útil ao usuário está em seu interior. Remeter a manutenção necessária ao pessoal de manutenção qualificado da Life Technologies.

AVERTISSEMENT! Pour éviter les risques d’électrocution, ne pas retirer les capots dont l’ouverture nécessite l’utilisation d’outils. L’instrument ne contient aucune pièce réparable par l’utilisateur. Toute intervention doit être effectuée par le personnel de service qualifié venant de chez Life Technologies.

CUIDADO! Radiação Classe 2 (II) visível e/ou invisível presente. Não olhe diretamente para o feixe ou diretamente com instrumentos óticos.

ATTENTION! Rayonnement visible ou invisible d’un faisceau. Ne pas regarder le faisceau directement ou au travers d’un instrument optique.

PERIGO! Radiação Classe 3 (III) visível e/ou invisível presente. Evite exposição direta ao feixe.

DANGER! Rayonnement visible ou invisible d’un faisceau de Classe 3B (III) en cas d’ouverture. Evitez toute exposition au faisceau.

AVISO! Objeto afiado. AVERTISSEMENT! Objet Sharp.

Uso pretendido

Uso Pretendido

O Analisador Genético Série 3500 Dx/3500 xL Dx da Applied Biosystems são produzidos para serem utilizados por operadores treinados na análise do DNA e RNA humano para detecção de alterações genéticas que podem levar a presença de doenças e susceptibilidade.

O controle padrão de sequenciamento já uma reação de sequenciamento de ciclo térmico seca e pronta para ser utilizada, que utiliza uma amostra de uma sequência conhecida contida em um modelo artificial de plasmídeo (veja o Apêndice A, Aplicação de Reagentes e Módulos de Processamento).

Os procedimentos descritos neste documento tem por intenção sua utilização apenas para diagnósticos in vitro.

A análise é realizada utilizando um instrumento próprio para diagnósticos in vitro e os seguintes acessórios próprios para sistemas de diagnóstico in vitro: Consumíveis, reagentes, análises, e o Software de Coleta de Dados Série 3500 Dx. Veja o Capítulo1, Descrição do Instrumento e Software para ver a lista de todos os acessórios apropriados para sistemas de diagnóstico in vitro.

A análise é verificada ao se gerar informações de sequenciamento a partir do material de controle primário, o BigDye® Terminator v.31 Kit padrão de Sequenciamento (Referência 440310)

Propósito deste Manual de Instruções

O Manual de Usuários do Analisador Genético Série 3500 Dx / 3500 xL Dx da Applied Biosystems fornece instruções passo a passo para preparar e analisar uma amostra. O manual fora concebido para ajuda-lo a aprender a utilizar o equipamento de forma adequada.

CUIDADO! A proteção fornecida pelo equipamento pode ser danificada se o instrumento for operado for a as especificações ambientais e de uso, se o usuário não prover manutenção adequada, ou se o equipamento for utilizado de forma não especificada pelo fabricante. (Life Technologies).

Uso pretendido

Público Alvo

Este manual de instruções é escrito para chefes de investigações e pessoal de laboratório que estão planejando manusear e manter o Analisador Genético 3500 Dx ou 3500 xL Dx.

Presunções

O Manual de Instruções do Analisador Genético Série 3500 Dx / 3500 xL Dx da Applied Biosystems presume que o seu Analisador Genético 3500 Dx ou 3500 xL Dx já tenha sido instalado por um representante de serviço autorizado da Life Technologies.

Este manual também presume que você possua conhecimento sobre os seguintes itens:

• Familiaridade com o Sistema Operacional Microsoft® Windows® Vista; • Conhecimentos das técnicas gerais para manusear amostras de DNA e

preparação das amostras para eletroforese. • Conhecimento geral sobre discos rígidos, armazenamento de dados, transferência

de arquivos e funções de copiar e colar (Copy e Paste).

Como Utilizar este Manual

Como utilizar este Manual de Instruções

Convenções de Texto Este manual utiliza as seguintes convenções:

• Texto em negrito indica uma ação do usuário. Por exemplo:

Digite 0, então pressione Enter para cada um dos campos remanescentes.

• Texto em itálico indica palavras novas ou importantes e também é utilizado para dar ênfase. Por exemplo: Antes de substituir os reagentes, sempre determina quais produtos químicos foram utilizados no instrumento.

• Um símbolo de seta para a direita (►) separa comandos sucessivos que você pode selecionar de um menu de rolagem ou menu de atalhos. Por exemplo: Selecione Arquivo►Abrir ►Ajustar Local. Clique com o botão direito na linha da amostra, então selecione Ver Filtro►Ver Todos os Procedimentos.

Palavras de Atenção ao

Usuário

Duas palavras de atenção ao usuário aparecem na documentação do usuário da Life Technologies. Cada palavra implica em um nível particular de observação ou ação conforme descrito abaixo:

Nota: Fornece informações que podem ser de interesse ou de ajuda mas que não sejam críticas à utilização do produto.

IMPORTANTE! Fornece informação que é necessária para a operação adequada do instrumento, utilização adequada do kit de química, ou utilização segura do produto químico.

Tabela de Siglas

A seguinte tabela explica as siglas utilizadas no Manual de Usuário do Analisador Genético 3500 Dx / 3500 xL Dx da Applied Biosystems.

Sigla Definição

ABC Reservatório do Tampão Ânodo

BDT Kit BigDye® Terminator

BDX BigDye® Xterminator™

Cap Capilares

CBC Reservatório do Tampão Cátodo

CV/Fitting Encaixe da Válvula de Verificação da bolsa

EPT Telemetria de Eletroforese

FR Repetição de Fábrica

MicroSeq® kit (or other product name)

Sequenciamento Microbiano

NIC Cartão de Interface de Rede

NT Tipo de Nucleóide

Cor de Base do Nucleotídeo (A, G, C, T)

Pe Probabilidade de Erro

PN Numero de Peça

Como Utilizar este Manual

Sigla Definição

QV Valor da Qualidade

REF Número de Referência (número de catálogo)

GM Software GeneMapper®

GMIDx GeneMapper® IDx

POP™ Polímero (Nome da marca do Polímero)

PPS Sistema de Proteção de Energia

SAE Segurança, Admionistração, Assinatura Eletrônica

Como obter suporte técnico

Para as informações mais atualizadas sobre os últimos serviços e suporte ao cliente para todas as localidades, favor acessar:

www.lifetechnologies.com

No website da Life Technologies, você pode :

• Acessar números de telefone e fax ao redor do mundo para entrar em contato com o Suporte Técnico e Escritórios de Vendas da Life Technologies

• Pesquisar as perguntas mais frequentes (FAQs). • Enviar uma pergunta diretamente ao Suporte Técnico. • Fazer o pedido de documentos de usuário da Life Technologies, SDS,

certificados de análise e outros documentos relacionados. • Fazer o Download de Documentos em PDF. • Obter informações sobre treinamento fornecido ao cliente. • Fazer o Download de atualizações e versões.

Como obter maiores

informações

Para informações detalhadas sobre como preparar a instalação, favor fazer referência ao Guia de Preparação do Local do Analisador Genético Série 3500 da Applied Biosystems (Referência 4401689).

Nota: O propósito do Manual de Preparação do Local é de ajudar você a prepara o seu local para a instalação do Analisador Genético 3500 Dx ou 3500 xL Dx. Para detalhes específicos sobre o sistema, por favor faça referência a este manual de usuário.

Descrição do Instrumento e do Software 1

Descrição do Sistema

Os Analisadores Genéticos Série 3500 Dx / 3500 xL Dx da Applied Biosystems possuem:

• Instrumento apropriado para diagnóstico in vitro (Analisador 3500 Dx ou 3500 xl DX); • Consumíveis apropriados para diagnóstico in vitro; • Reagentes apropriados para diagnóstico in vitro; • Acessórios de sistema apropriados para diagnóstico in vitro; • Analises apropriadas para diagnóstico in vitro; • Software de Coleta de Dados apropriado para diagnóstico in vitro (Software de Coleta de

Dados Série 3500 Dx); • O analisador 3500 Dx ou 3500 xL Dx é enviado com os seguintes

componentes de sistema:

• Instrumento de Eletroforese Capilar; • Conjunto 3500 Dx (8 Capilares) ou 3500 xL Dx (24 Capilares) e Polímero POP™ • Reagentes de Sequenciamento de DNA, e outros consumíveis para qualificação do

sistema. • Computador Dell com monitor de tela plana; • Software integrado para controle de instrumentos, coleta de dados, controle de qualidade e

base de amostras.

Os procedimentos descritos neste documento tem por intenção utilização para diagnósticos apenas. Nota: A informação de análise de fragmentos é providenciada para pesquisa apenas, não para uso em diagnósticos. Not for

diagnostic use


Descrição do Instrumento

O Analisador Genético 3500 Dx ou 3500 xL Dx é um instrumento de análise de DNA baseado em fluorescência que utiliza tecnologia de eletroforese capilar com 8 ou 24 capilares.

Nota: O propósito deste Manual de Preparação de Local é o de ajudar você a preparar o seu local para a instalação do Analisador 3500 Dx ou 3500 xL Dx. Para maiores detalhes sobre o seu sistema, por favor, faça referência ao manual do usuário.


Componentes Internos do Instrumento

Porta do Forno

Estrutura do Conjunto Capilar

Bloco de Aquecimento da Célula de Detecção Reservatório de Condensação do Forno

Reservatório do Tampão de

Cátodo (CBC)

Amostrador Automático

Mecanismo de Trava do Cabeçote do Conjunto

Bomba de Entrega de Polímero (PDP)

Reservatório da Armadilha de Água Residual Alavanca para instalar e remover a bolsa de polímero

Bolsa de Polímero

Encaixe da Válvula de Verificação (CV) Reservatório do Tampão Ânodo (ABC)

Bandeja de Gotejamento

Válvula Pino do Tampão

Figura 1 Componentes Internos do Instrumento


Peças do Instrumento e suas Funções

IMPORTANTE! Os Sistemas dos Analisadores Genéticos Série 3500 Dx e 3500 xL Dx da Applied Biosystems requerem instrumentos e acessórios apropriados para utilização em diagnósticos in vitro. Os acessórios não marcados como apropriados para diagnóstico in vitro não podem ser utilizados nos sistemas dos analisadores 3500 Dx ou 3500 xL Dx. Você poderá utilizar apenas acessórios que foram previamente verificados para utilização com os sistemas dos analisadores 3500 Dx ou 3500 xL Dx, e apropriados ao diagnóstico in vitro.

Tabela 1 Peças do Instrumento e suas Funções

Part

Function

Amostrador Automático Armazena as placas de amostras e Reservatório de Tampão Cátodo (CBC) e se move para alinhar as placas com os capilares.

Forno Mantém temperatura uniforme no conjunto de capilares.

Reservatório de Condensação do Forno

Coleta condensação do forno.

Bloco da Bomba Inclui a câmara de deslocamento da bomba, câmara de polímeros, vedação a prova d´água do pistão, acessório de encaixe de seringa (porta do conjunto), bloco de polímero inferior e CV/Encaixe (Verificar encaixe válvula da bolsa).

Detecção do Aquecedor de Célula do Bloco

Segura a célula de detecção para detecção a laser e mantém a célula detecção a temperatura de 50 °C.

Bomba de Entrega de Polímero Bombeia polímero no conjunto e permite a manutenção automatizada dos procedimentos.

Bloco de polímero inferior Contém a válvula de tampão, eletrodo ânodo, gaxeta de tampão, e suporta o reservatório de tampão ânodo.

Identificação por Frequência de Rádio (RFID)

Etiquetas RFID para ler as seguintes informações para consumíveis primários do instrumento:

• Números de Lote • Números de Série • Datas (expiração)

• Capacidade (uso)

• Os consumíveis primaries são:

• Conjunto Capilar • Reservatório de Tampão Cátodo (CBC) • Polímero POP ™

• Reservatório de Tampão Ânodo (ABC)

Conjunto de Capilares Possibilita a separação dos fragmentos de DNA fluorescentes por eletroforese. É uma unidade substituível composta por 8 ou 24 capilares (50 cm e 36 cm de comprimento).

Nota: Os capilares de 36 cm são para aplicações de HID apenas.

Reservatório de Tampão Ânodo (ABC) O Reservatório de Tampão Ânodo (ABC) contém 1x tampão para suportar todas as aplicações de eletroforese no instrumento. O mesmo possui uma câmara de transbordamento interna para manter altura constante do fluído.

Reservatório de Tampão Cátodo (CBC)

O Reservatório de Tampão Cátodo (CBC) contém 1 x tampão para suportar todas as aplicações de eletroforese do instrumento.

Bolsa de Polímero Fornece o polímero para a Bomba de Entrega de Polímero.


Tabela 1 Peças do Instrumento e suas Funções

Parte

Função

Reagente de Condicionamento A bolsa é utilizada para limpar a bomba de polímero, lavando a bomba de polímero entre trocas de tipos de polímero, e durante o desligamento do instrumento. A mesma possui volume adequado para uma única utilização.

Operação

O Analisador 3500 Dx ou 3500 xL Dx é um sistema de análise de DNA baseado em fluorescência que utiliza tecnologia eletroforese capilar comprovada com 8 ou 24 capilares.

O Analisador 3500 Dx ou 3500 xL Dx é totalmente automatizado, desde o carregamento da amostra até a análise de dados primária, para sequenciamento.

Nota: Neste documento, a análise primária para sequenciamento é referenciada como dados de base.

Nota: Neste documento, a análise primária para os procedimentos de análise de fragmento é referenciada como tamanho ou dados de tamanho.

Preparando Amostras

Quando as amostras de DNA são preparadas para sequenciamento (padrão de sequenciamento BigDye®) no Analisador Genético 3500 Dx ou 3500 xL Dx, corantes fluorescentes são anexados ao DNA. Para a maioria das aplicações, a amostra é desnaturada para que apenas uma única fita de DNA esteja presente.

Preparando o Instrumento

Duas calibragens são necessárias para preparar o instrumento para processar as amostras:

• Calibragem Espacial – Determina a posição da imagem de cada capilar no conjunto CCD. Para maiores informações, consulte “Calibragem Espacial” na página 128.

• Calibragem Espectral – Gera uma matriz para cada capilar que compensa a sobreposição de corante e é utilizada para converter dados de 20 cores em dados de 4, 5 ou 6 cores. Para maiores informações, consulte “Calibragem Espectral” na página 132.

Teoria de operação

Durante um Procedimento Durante um procedimento, o sistema:

• Prepara o capilar ao bombear solução de polímero nova sob alta pressão da bomba de entrega de polímero para a posição de resíduo no Reservatório de Tampão Cátodo (CBC).

• De forma eletrocinética, injeta a amostra nos capilares utilizando baixa voltagem por alguns segundos. Lava as pontas dos capilares na posição de enxague do CBC, e então retorna os capilares para a posição de tampão no CBC.

• Aumenta a voltagem até uma voltagem constante.

Um campo elétrico forte é criado entre a parte aterrada do Reservatório de Tampão Ânodo (ABC) e a voltagem negativa aplicada ao cabeçote de carga do conjunto capilar. Este campo puxa o DNA carregado negativamente por meio do polímero de separação. Os fragmentos menores migram mais rapidamente do que os fragmentos maiores e chegam ao detector primeiro.

Para assegurar a separação otimizada e manter a desnaturação do DNA, os capilares são termicamente controlados no forno e na célula de detecção. O forno possui uma unidade de aquecimento Peltier e ar circulado por ventoinha. O Peltier pode aquecer e esfriar o forno para manter as temperaturas dos sub ambientes, que são úteis para aplicações de não-desnaturação como a SSCP (Conformação de Polimorfismo de Fita Única).

• Na célula de detecção, o corante anexado ao DNA é excitado por um feixe estreito de luz laser. A luz laser é direcionada no plano dos capilares tanto por cima como por baixo. Uma pequena quantidade da luz de laser é absorvida pelos corantes e emitida como luz de comprimento de onda mais longas, em todas as direções.

• Captura da luz fluorescente nos equipamentos óticos do instrumento, enquanto bloqueando a luz laser. A luz passa pela grade de transmissão, que espalha a luz. A luz é capturada por um conjunto CCD resfriado de padrão científico. Para capilar, 20 zonas no CCD são coletadas para prover dados de 20 cores para cada capilar.

• Converte os dados de 20 cores em dados de múltiplos corantes para o procedimento todo. Para aplicações de sequenciamento, 4 corantes diferentes são utilizados para determinar as 4 bases, A, G, C e T.

Para aplicações de análise de fragmentos, até 6 corantes diferentes podem ser utilizados em um único procedimento para rendimento maior.

Resultados

O software gera um Eletroferograma (dispersão de intensidade) para cada corante baseado na migração dos fragmentos de DNA ao longo do processamento e gera os resultados de análise primária:

• Para aplicações de sequenciamento, o Eletroferograma é ajustado para compensar pequenas diferenças de mobilidade devido aos corantes, então a definição dos dados de base é realizada e os valores de qualidade são atribuídos.

Para a análise de fragmentos, o software utiliza o padrão de tamanho interno para determinar o tamanho do fragmento e o valor de qualidade do tamanho para cada pico.

Teoria de operação

Normalização

A função de normalização se aplica às aplicações de análise de fragmento.

Aspectos gerais da Função de Normalização

Para aplicações de análise de fragmentos, o Software de Coleta de Dados Série 3500 Dx inclui uma função de normalização para utilização com o GeneScan™ 600 Liz® Tamanho Padrão v2.0 (GS600 LIZ v2). Esta função atenua as variações de sinal associadas com o instrumento, conjunto de capilares, carga de sal de amostra, e variabilidade de injeção entre capilares e instrumentos. A normalização pode ser aplicada durante a análise primária de dados.

N ã o N o r m a l i z a d o

2000

N o r m a l i z a d o 2000

Instrumento A

1500

1000

Instrumento B

1500

1000

Instrumento A

Instrumento B

500 500

Figura 2 Comparação de resultados de análises de fragmentos com e sem a função de normalização. Para utilizar a função de normalização, prepare cada amostra com o GS600 LIZ v2 tamanho padrão, e então especifique a o padrão de tamanho de normalização apropriado para a análise primária do arquivo. O reagente GS600 LIZ v2 pode funcionar como um padrão interno para normalização da altura do sinal assim como um tamanho padrão para dimensionamento de pico.

Quando utilizar a Função de Normalização

O Software de Coleta de Dados Série 3500 Dx fornece três arquivos de definição de tamanhos padrão de normalização para que você possa especificar para a análise primária de amostras preparadas com o GS 600 LIZ v2 tamanho padrão e o conjunto de corantes G5:

• Fragmento: – GS600LIZ+Normalização

– GS600(60-600)LIZ + Normalização – Para aplicações que possuem os primeiros picos que obscurecem o 20 e 40 picos do GS600 LIZ v2 Tamanho Padrão.

Materiais para Operação de Rotina


Entre em contato com o seu Representante Técnico da Life Technologies, ou visite o website www.appliedbiosystems.com, e então clique em Produtos a fim de encomendar os materiais para o Analisador Genético Série 3500 Dx ou 3500 xL Dx.

Leitor de Códigos de Barras Externo

Um leitor de código de barras externo pode ser utilizado com o Analisador Genético Série 3500 Dx ou 3500 xL Dx para realizar a leitura do modelo da placa.

A Life Technologies recomenda o Leitor de Código de Barras Manual Modelo Symbol LS 1203 (figura ao lado), que é conectado ao computador do instrumento.

O leitor de códigos de barra permite que você realize a leitura dos códigos de barra em qualquer caixa de texto no Software de Coleta de Dados da Série 3500 Dx.

Para maiores detalhes sobre a instalação, utilização, capacidades de decodificação, e especificações do produto, veja a documentação que acompanha o produto.

Fonte de Energia Ininterrupta (UPS)

A perda de energia durante o processamento de amostras pode resultar na perda de dados. Para atender as preocupações com a perda de energia nos laboratórios, a Life Technologias recomenda a utilização de um Sistema de Proteção de Energia de Instrumentação (IPPS) em uso conjunto com o Analisador 3500 ou 3500 xL.

Se o seu laboratório possui um gerador de energia de emergência, um Sistema de Proteção de Energia (PPS) de backup alimentado por baterias é necessário para prover energia suficiente pelo tempo que levar até a energia provida pelo gerador de emergência seja gerada e esteja estabilizada. Nota: O instrumento, o computador, e o monitor deve estar conectado a tal Sistema PPS.

Se o seu laboratório não possuir um gerador de energia de emergência, um PPS pode prover proteção contra queda ou falta de energia por um período de tempo limitado. Para períodos mais longos, gabinetes opcionais de baterias podem ser adicionados a base da unidade PPS. Uma unidade PPS básica avaliada para 800W pode prover cerca 20 minutos de proteção de backup, e acima de 2 horas quando um único gabinete de bateria é adicionado. Nota: O rendimento da bateria pode ser afetado pela temperatura e pela idade da bateria, portanto, esses períodos de tempo não são garantidos.


Reagentes e Consumíveis do Instrumento

IMPORTANTE! Os Sistemas dos Analisadores Genéticos Série 3500 Dx e 3500 xL Dx da Applied Biosystems requerem instrumentos e acessórios apropriados para utilização em diagnósticos in vitro. Os acessórios não marcados como apropriados para diagnóstico in vitro não podem ser utilizados nos sistemas dos analisadores 3500 Dx ou 3500 xL Dx. Você poderá utilizar apenas acessórios que foram previamente verificados para utilização com os sistemas dos analisadores 3500 Dx ou 3500 xL Dx, e apropriados ao diagnóstico in vitro

Para reagentes específicos para aplicação, consumíveis, e módulos de processamento, veja o Apêndice A, Aplicação de Reagentes e Módulos de Processamento.

Reservatório do Tampão Ânodo (ABC) O ABC (Referência 4393925) contém um 1x tampão para suportar toda a aplicação de eletroforese no Analisador Genético 3500 Dx ou 3500 xL.

O ABC é fabricado em um reservatório pronto para uso e descartável, com uma etiqueta de identificação por rádio frequência (RFID) incorporada no rótulo. Possui um câmara de transbordamento interna para manter altura constante do fluído.

Para os seguintes perigos e/ou riscos, veja a descrição completa de alertas de segurança na seção “Alertas Específicos de Produtos Químicos” na página 330. AVISO! PERIGO QUÍMICO Reservatório de Tampão Ânodo (ABC).

Armazene o ABC a temperaturas de 2ºC a 8ºC até pronto para utilização. O reservatório fechado do ABC é estável nesta temperatura até a data de validade mostrada no rótulo. Uma vez que o selo é removido, o tampão de processamento fica estável a temperatura ambiente por até sete (7) dias. Assegure-se de que o selo permaneça no lugar até pouco antes de ser utilizado no instrumento.

Para assegurar desempenho otimizado, a utilização do ABC possui uma vida útil de 7 dias após ter sido instalado pela primeira vez ou 120 injeções no Sistema 3500 Dx (8 Capilares) ou 50 injeções no Sistema 3500 xL Dx (24 Capilares, o que ocorrer primeiro. Quando notificado do limite pelo software do instrumento, você deverá substituir o ABC por um novo antes de proceder com novas avaliações.

Para maiores detalhes, veja as instruções do produto que acompanham a embalagem do produto.

Veja “Substituir o Reservatório de Tampão Ânodo (ABC)” na página 258 para maiores instruções sobre como substituir o ABC.

Reagentes e consumíveis do instrumento

Reservatório do Tampão Cátodo (CBC)

O CBC (Referência 4408258) contém 1x tampão para suportar toda a aplicação de eletroforese no Analisador Genético 3500 Dx ou 3500 xL.

O ABC é fabricado em um reservatório pronto para uso e descartável, com uma etiqueta de identificação por rádio frequência (RFID) incorporada no rótulo. Possui dois lados separados:

• Um lado contendo 24 furos disponibiliza o tampão cátodo para a eletroforese. • O lado que contém 48 furos menores disponibiliza o líquido para a função de lavagem e

disposição do líquido de lavagem para enxaguar as pontas dos capilares e coletar resíduo de lavagem entre injeções.

Para os seguintes perigos e/ou riscos, veja a descrição completa de alertas de segurança na seção “Alertas Específicos de Produtos Químicos” na página 330. AVISO! PERIGO QUÍMICO Reservatório de Tampão Cátodo (CBC).

Armazene o CBC a temperaturas de 2ºC a 8ºC até pronto para utilização. O reservatório fechado do ABC é estável nesta temperatura até a data de validade mostrada no rótulo. Uma vez que o selo é removido, o tampão de processamento fica estável a temperatura ambiente por até sete (7) dias. Assegure-se de que o selo permaneça no lugar até pouco antes de ser utilizado no instrumento.

Para assegurar desempenho otimizado, a utilização do CBC possui uma vida útil de 7 dias após ter sido instalado pela primeira vez ou 120 injeções no Sistema 3500 Dx (8 Capilares) ou 50 injeções no Sistema 3500 xL Dx (24 Capilares, o que ocorrer primeiro). Quando notificado do limite pelo software do instrumento, você deverá substituir o ABC por um novo antes de proceder com novas avaliações.

Para maiores detalhes, veja as instruções do produto que acompanham a embalagem do produto. Veja “Substituir o Reservatório de Tampão Cátodo (CBC)” na página 259 para maiores instruções sobre como substituir o ABC.

Polímeros

O polímero utilizado no Analisador Genético Série 3500 Dx ou 3500 xL Dx esses disponível na forma de uma bolsa pronta para uso tanto com o polímero POP-6™ ou POP-7™ como matriz de separação.

IMPORTANTE! Não utilize a bolsa de polímero que fora instalado em um tipo de instrumento em outro tipo de instrumento. Por exemplo, se você instalar uma nova bolsa de polímero em um instrumento do Sistema 3500 Dx (8 Capilares), não utilize esta bolsa de polímero em um instrumento do Sistema 3500 xL Dx (24 Capilares).

A bolsa possui a quantidade adequada de polímero para suportar o número mencionado de amostras (384 ou 960) ou injeções e volume adicional para lidar com a instalação e configuração relacionadas as operações do guia de instalação. O rótulo possui uma etiqueta de identificação por rádio frequência (RFID) incorporada. Nota: A parte superior do encaixe da bolsa é selada com filme plástico, que pode ser removido antes da instalação direta no instrumento.


Para os seguintes perigos e/ou riscos, veja a descrição completa de alertas de segurança na seção “Alertas Específicos de Produtos Químicos” na página 330.

AVISO! PERIGO QUÍMICO. Polímeros POP-6™ e POP-7™.

Armazene o polímero a temperaturas de 2ºC a 8ºC até pronto para utilização. O reservatório fechado do polímero é estável nesta temperatura até a data de validade mostrada no rótulo.

Para maiores detalhes, veja as instruções do produto que acompanham a embalagem do produto.

Veja “Alterar Tipo de Polímero” na página 267 para maiores instruções sobre como substituir o tipo de polímero.

IMPORTANTE! Se você remover uma bolsa de polímero para armazenar, coloque a Tampa da Bolsa (Referência 4412619) na bolsa, e então coloque uma bolsa vazia (ou reagente de condicionamento) no conector para prevenir a dessecação de qualquer resíduo de polímero no conector. Siga as instruções no guia de instalação para assegurar a operação adequada da bolsa e do instrumento. Aplicações de Sequenciamento apropriadas para Diagnóstico In Vitro.

Os Polímeros POP-6™ e POP-7™ da Série 3500 Dx são recomendados para aplicações de sequenciamento.

Tabela 2 Polímeros utilizados com controle primário de sequenciamento padrão

Tipo de Polímero

Número da Peça

Instrumento Utilizado

Tempo de vida no instrumento ou o que vier

primeiro ‡

Limites da Bolsa

Não Pode

Exceder§

Opção do Usuário de Continuar #

POP-6™ ‡‡ (960) 4393711 3500 Dx (8-capilares) Menos de 7 dias ou 960 amostras ou 120 injeções

Data de Validade, Limite Amostra e/ ou Limite injeções

Limite de 7 Dias

POP-7™ (960) 4393713 3500xL Dx (24- capilares) Menos de 7 dias ou 960 amostras ou 50 injeções

POP-6™ ‡‡ (384) 4393716 3500 Dx (8- capilares) Menos de 7 dias ou 384 amostras ou 60 injeções


Limite de 7 Dias

POP-7™ (384) 4393709 3500xL Dx (24- capilares) Menos de 7 dias ou 384 amostras ou 20 injeções

‡ A bolsa de polímero inclui volume adicional para acomodar um número limitado de operações de instalação e guia de instalação. No entanto, se o número de operações de instalações exceder um certo limite, o número de amostras remanescentes ou injeções será reduzido. Por exemplo, se você processar a opção remoção total de bolhas no guia de remoção de bolhas mais de quatro vezes, ou processar outros guias de instalação excessivamente, o número de amostras ou injeções remanescentes será reduzido. Faça referência ao mostrador de polímero no painel de controle para o número atualizado de amostras remanescentes ou injeções a qualquer momento.

§ Substitua a bolsa antes de proceder adiante. # A Life Technologies certificou o polímero para um máximo de 7 dias no instrumento. ‡‡ A temperatura ambiente deve estar entre 15ºC até 25ºC POP-6™. O uso prolongado em temperaturas mais elevadas pode resultar

em comprimentos de leitura reduzidos, além do especificado pelo fabricante.


Uso Não Diagnóstico Aplicações de Análise de Fragmentos

Os polímeros apropriados ao Sistema da Série 3500, POP-6™ e POP-7™ são recomendados para análise de fragmentos.

Tabela 3 Polímeros usados para aplicações de análise de fragmentos

Tipo de Polímero

Número da Peça

Instrumento Utilizado

Tempo de vida no instrumento ou o que vier

primeiro ‡

Limites Controlados RFID

Não Pode Exceder §

Opção do Usuário de Continuar #

POP-6™ ‡‡ (960) 4393712 3500 Dx (8-capilares)

Menos de 7 dias ou 960 amostras ou 120 injeções


Limite de 7 Dias

POP-7™ (960) 4393714 3500xL Dx (24- capilares)


POP-6™ ‡‡ (384) 4393717 3500 Dx (8- capilares)



Limite de 7 Dias

POP-7™ (384) 4393708 3500xL Dx (24- capilares)


‡ A bolsa de polímero inclui volume adicional para acomodar um número limitado de operações de instalação e guia de instalação. No entanto, se o número de operações de instalações exceder um certo limite, o número de amostras remanescentes ou injeções será reduzido. Por exemplo, se você processar a opção remoção total de bolhas no guia de remoção de bolhas mais de quatro vezes, ou processar outros guias de instalação excessivamente, o número de amostras ou injeções remanescentes será reduzido. Faça referência ao mostrador de polímero no painel de controle para o número atualizado de amostras remanescentes ou injeções a qualquer momento.

§ Substitua a bolsa antes de proceder adiante. # A Life Technologies certificou o polímero para um máximo de 7 dias no instrumento. ‡‡ A temperatura ambiente deve estar entre 15ºC até 25ºC POP-6™. O uso prolongado em temperaturas mais elevadas pode resultar

em comprimentos de leitura reduzidos, além do especificado pelo fabricante.

Reagente de Condicionamento O reagente de condicionamento (Referência 4409543) para o Analisador Genético 3500 Dx ou 3500 xL Dx está disponível como uma bolsa pronta para uso. O reagente de condicionamento é utilizado para preparar a bomba de polímero, lavando a bomba de polímero entre trocas de tipos de polímero, e durante o desligamento do instrumento. A bolsa contém volume suficiente para uma única utilização.

A utilização do reagente de condicionamento é ditada pelo guia de instrumento. Instale a bolsa quando requisitado pelo guia do instrumento.

CUIDADO! Bolsas for a da validade não podem ser utilizadas no

instrumento. Uma vez instaladas no instrumento, a bolsa é válida apenas

para uma única aplicação apenas. Bolsa não reutilizável.

Para maiores detalhes, veja as instruções do produto inclusas na embalagem do produto.

Veja a seção “Utilizando o Reagente de Condicionamento” na página 271 para instruções sobre como utilizar o reagente de condicionamento de forma apropriada.


Hi-Di™ Formamida

A Hi-Di ™ Formamida (pacote com 4) em tubos de 5-ml (Referência 4440752) se trata de formamida altamente deionizada formulada com um estabilizador, pronta para uso como solvente de injeção para todas as aplicações no Sistema do Analisador Genético 3500 Dx ou 3500 xL Dx.

Para os seguintes perigos e/ou riscos, veja a descrição completa de alertas de segurança na seção “Alertas Específicos de Produtos Químicos” na página 330.

AVISO! PERIGO QUÍMICO. Hi-Di ™ Formamida.

Para maiores detalhes, veja as instruções do produto na embalagem do produto.

AVISO! Hi-Di™ Formamida fora da validade não pode ser utilizada no instrumento.

Aplicações de Sequenciamento Apropriadas para Diagnóstico In Vitro

A Hi-Di™ Formamida apropriada para o Sistema da Série 3500 Dx é utilizada para análise de sequenciamento de diagnósticos in vitro.

Tabela 4 Hi-Di™ Formamida utilizada em aplicações de sequenciamento de diagnóstico in vitro

Nome Hi-Di ™ Formamida Instrumento Número Peça Vida e Uso no Instrumento

Hi-Di™ Formamida – tubo de 5-ml (pacote de 4)

3500 Dx (8-capilares)

3500xL Dx (24- capilares)

4440752 24 horas

Uso Não Diagnóstico Aplicações de Análise de Fragmentos

A Hi-Di™ Formamida apropriada para o Sistema da Série 3500 pode ser utilizada na análise de fragmentos.

Tabela 5 Hi-Di™ Formamida utilizada em aplicações de análise de fragmentos

Nome Hi-Di ™ Formamida Instrumento Número Peça Vida e Uso no Instrumento

Hi-Di™ Formamida – tubo de 5-ml (pacote de 4)

3500 Dx (8-capilares) 3500xL Dx (24- capilares)

4440753 24 horas


Conjuntos Capilares

O conjunto capilar para o Sistema do Analisador Genético Série 3500 Dx ou 3500 xL Dx é instalado no instrumento e pronto para ser utilizado.

AVISO! AFIADO A ponta de descarga do conjunto capilar possui pontas pequenas mas afiadas e pode causar lesão perfurante.

Veja a seção “Para Substituir o Conjunto Capilar” na página 273 para maiores instruções sobre como substituir o conjunto capilar.

Aplicações de Sequenciamento apropriadas para diagnóstico in vitro.

O Sistema 3500 Dx (8 Capilares), 50 centímetros é utilizado para sequenciamento.

Tabela 6 Conjuntos Capilares utilizados para aplicações de sequenciamento apropriadas para diagnóstico in vitro

Nome do Conjunto

Capilar

Número da Peça Instrumento Utilizado Vida no

Instrumento


Opção do Usuário de Continuar ‡

8-Capilares, 36 cm 4404682 3500 Dx (8- Capilares) 160 injeções

De acordo com opção do usuário para continuar (160 injeções e data de validade)

8- Capilares, 50 cm 4404684

24- Capilares, 36 cm 4404686 3500xL Dx (24- Capilares)

24- Capilares, 50 cm 4404688

‡ A Life Technologies certifica o conjunto para 160 injeções.

Análise de Fragmen tos

The "3500 Series" marked 8- capillary (50 cm) can be used for fragment analysis.

Table 7 Conjuntos Capilares used for fragment analysis applications

Nome do Conjunto

Capilar

Número da Peça

Vida no Instrumento


Opção do Usuário de Continuar ‡

8-Capilares, 36 cm 4404683 160 injeções

De acordo com opção do usuário para continuar (160 injeções e data de validade)

8- Capilares, 50 cm 4404685

24- Capilares, 36 cm 4404687

24- Capilares, 50 cm 4404689

‡ A Life Technologies certifica o conjunto para 160 injeções.


Aspectos Gerais do Software de Coleta de Dados da Série 3500 Dx

Sobre o Software

O Software de Coleta de Dados da Série 3500 Dx coleta dados para o sequenciamento de diagnósticos in vitro utilizando um instrumento apropriado para diagnósticos in vitro assim como acessórios consumíveis.

Nota: O reagente apropriado para sequenciamento de diagnósticos in vitro é o BigDye® Terminator v3.1 do Kit de Sequenciamento Padrão (Referência 4404310).

O Software de Coleta de Dados da Série 3500 Dx pode também ser utilizado para pesquisar em aplicações de sequenciamento e análise de fragmento:

• Controla o instrumento e gera arquivos de dados de amostra:

- Sequenciamento (.ab1) - Análise de Fragmento (.fsa)

• Realiza a análise primária e fornece relatórios que avaliam a qualidade dos

dados:

- Sequenciamento – Dados de Base e Ajustes

- Análise de Fragmento – Detecção de Pico e Tamanho

Segue novamente a Nota:

Nota: A informação de análise de fragmentos é providenciada para pesquisa apenas, não para uso em diagnósticos.

Not for


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Partes do Software

Painel de Controle A primeira tela que aparece quando você inicia o Software de Coleta de Dados é a Tela do Painel de Controle (Figura 3 na Página 35).

Figura 3 Painel de Controle do Software de Coleta de Dados da Série 3500 Dx

O Painel de Controle lhe concede acesso rápido a informação e as tarefas que você precisa para Configuração e Procedimento: • Seta de Fluxo Principal - Avança para as telas onde você pode configurar, carregar e processor as

placas, e ver os resultados. • Barra de Menu – Acessa todas as outras partes/funções do software. A barra de menu é visualizada em

todas as telas. • Operações Comuns – Permite que você inicie rapidamente (carregar uma placa que fica nas

configurações), criar ou editar placas, ver os resultados, e acessar o fluxo de manutenção.


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• Vista Rápida – Mostra os mostradores que apresentam o uso remanescente de consumíveis e fornece o status das condições do instrumento. O uso de consumíveis é automaticamente rastreado pelo instrumento por meio das etiquetas de identificação por rádio frequência (RFID).

• Informações de Consumíveis – Fornece detalhes para os consumíveis instalados e indica se qualquer consumível está prestes a expirar (passar da validade) baseado nas etiquetas RFID.

• Notificações de Manutenção – Lista as tarefas programadas de manutenção. • Ícone de Ajuda – Mostra um tópico de ajuda específico a uma tela ou área da tela. Todas as telas

incluem os ícones de ajuda.

Para maiores informações, veja a seção “Verificando Status do Sistema no Painel de Controle”, na página 49.

Fluxo Principal de Trabalho Clique na seta de fluxo principal de trabalho na parte superior esquerda do Painel de Controle para acessar o Fluxo Principal de Trabalho.

O Fluxo Principal de Trabalho contém as telas onde você pode configurar, carregar e processar placas e ver os resultados.

Selecione uma tarefa no painel de navegação para acessar cada tela.

O painel de navegação do Fluxo Principal de Trabalho é projetado como um fluxo de tarefas. Cada tela contém um botão que você pode clicar para ir para a próxima tela no fluxo de trabalho.

Você pode selecionar Painel de Controle ou qualquer outro item no menu a qualquer momento para avançar para o Fluxo Principal de Trabalho.

O Fluxo Principal de Trabalho é descrito em “Configuração e Procedimento” na página 65, e em “Revisão de Resultados” na página 103.


22

Biblioteca de Fluxo de Trabalho Selecione a Biblioteca na barra de menu para acessar a biblioteca de fluxo de trabalho.

A biblioteca de fluxo de trabalho contém as telas onde você pode gerenciar as

avaliações, protocolos e outros itens que você pode utilizar para adquirir e processar os dados.

A Biblioteca de Fluxo de Trabalho contém:

• Itens que você selecionou quando configurou um procedimento: placas, avaliações, convenções de nome de arquivos e grupos de resultado.

• Itens que você selecionou quando criou a avaliação. IMPORTANTE! Uma placa de sequenciamento de diagnóstico in vitro permite

apenas a utilização de uma avaliação de diagnóstico in vitro.

– Protocolos de Instrumentos;

– Protocolos de Análise Primária – Dados de Base (sequenciamento)

– Uso Não Diagnóstico

Protocolos de Análise Primária – Dados de Tamanho (análise de fragmentos)

• Uso Não Diagnóstico Itens quando você cria o instrumento, dados de tamanho: Conjuntos de corante e tamanho padrão.

Você pode clicar em Fluxo de Trabalho Principal ou selecionar o Painel de Controle ou qualquer outro item no menu a qualquer momento para avançar para a Biblioteca de Fluxo de Trabalho.

A Biblioteca de Fluxo de Trabalho é descrita no Capítulo 6 “Gerenciar Biblioteca de Recursos” descrita em detalhes na página 171. Fluxo de ManutençãoSelecione Manutenção na barra de menu para acessar o fluxo de manutenção.

O Fluxo de Manutenção contém as telas onde você pode calibrar, checar o desempenho, realizar procedimentos de manutenção e acessar os registros sobre a manutenção e serviço do instrumento.

Você pode clicar em Fluxo de Trabalho Principal ou selecionar o Painel de Controle ou qualquer outro item no menu a qualquer momento para avançar para a Biblioteca de Fluxo de Trabalho.

O Fluxo de Manutenção é descrito no Capítulo 8 “Manutenção do Instrumento” na página 249.


23

Menu de Ferramentas Tools in the menu bar to access 3500 Dx Series Data Collection Software tools.

Tools provided are:

• Segurança, Auditoria e Assinatura Digital (se o seu sistema inclui o Módulo SAE)

• Trocar a Senha, que permite que você troque as senhas no programa.

• Ver Registros, que mostra os relatórios dos processos realizados no instrumento.

• Comandos Manuais que você pode usar para resolver problemas de desempenho do instrumento.

O Módulo SAE é descrito no Capítulo 7, “Utilizando as Funções de Segurança, Auditoria e Assinatura Digital (Módulo SAE)” na página 215. Menu de Gerenciamento

Selecione Gerenciar na barra de menu para acessar as funções de arquivo, restaurar e extrair.

As funções de Arquivar, Restaurar e Extrair são descritas no Capítulo 8, Manutenção do Instrumento. Menu Preferências Selecione Preferências na barra de menu para acessar os parâmetros, os quais você pode configurar como padrão.

As Preferências permitem que você configure o sistema e as configurações padrão de usuário para funções do tipo formato de data, localização de armazenamento dos arquivos de dados de amostras, exportar formatos de arquivos para dados de sequenciamento, e uma variedade de configurações específicas de sequenciamento.

Os padrões do sistema se aplicam a todos os usuários. As

configurações padrão de usuário se aplicam a:

•Todos os Usuários – se o seu sistema não possui o Módulo SAE. •Cada Usuário Conectado (Logged-in) – se o seu sistema possui o Módulo SAE.

O Menu Preferências é descrito em detalhes no Capítulo 2 “Iniciando o Sistema”.

Menu de Ajuda Selecione Ajuda na barra de menu do Software de Coleta de Dados Série 3500 Dx para acessar o menu de ajuda.


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O Menu Ajuda oferece acesso rápido a informações breves sobre como realizar as tarefas em uma determinada tela. Para maiores detalhes sobre as tarefas ou outras informações, por favor, faça referência aos capítulos deste manual de instruções.

Navegando o Software Do Painel de Controle

Para avançar para o Painel de Controle:

• Fluxo de Trabalho – Clique em . • Outras telas no software – Selecione itens na barra de menu.

Do Fluxo Principal de Trabalho

Para avançar para o Fluxo de Trabalho Principal:

• Painel de Controle – Clique em Painel de Controle.

• Outras telas no Fluxo de Trabalho Principal – Selecione os itens no painel de navegação. • Outras telas do software - Selecione itens da barra de menu.

Da Biblioteca ou Fluxo de Manutenção

Para avançar do Fluxo de Manutenção ou Biblioteca de Fluxo de Trabalho: •Painel de Controle – Clique em Painel de Controle.

•Outras telas no fluxo de trabalho – Selecione itens no painel de navegação.

•Fluxo de Trabalho Principal – Clique em Fluxo de Trabalho Principal no painel de navegação.

•Nas telas do software – selecione os itens da barra de menu.


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Utilizando o software sem um instrumento

Você pode instalar o Software de Coleta de Dados da Série 3500 Dx em um computador que não esteja conectado ao instrumento. Você pode utilizar esta versão independente do software para criar placas, protocolos, e outros itens de biblioteca, e revisar os resultados concluídos.

IMPORTANTE! Não selecione as funções relacionadas ao instrument na versão independente do software.

Iniciando o Sistema 2

Os procedimentos neste documento tem por intenção a utilização apenas para diagnóstico in vitro.


Nota: As informações de análise de fragmentos é fornecida para uso em pesquisa, e não para uso em diagnósticos.

Iniciando o Instrumento

Fluxo de Trabalho

Iniciando o Sistema:

1. Iniciando o Instrumento (página 43).

2. Iniciando o Computador (página 45).

3. Verificando as Notificações de Manutenção no Painel de Controle (página 50).

4. Checar Status de Consumíveis no Painel de Controle (página 52).

5. Reabastecendo os Consumíveis (página 54).

Configuração e Procedimento:

1. Preparar o Instrumento (página 67).

2. Pré Aquecer o Forno (página 67).

3. Preparando Placas de Amostras (página 68) e carregar o instrumento (página 78).

4. Ver i f icando o Status do Ins t rumento (página 78).

1. Criar ou importar placa (página 68).

2. Atribuindo Conteúdo a Placa (página 70).

3. Imprimir a distribuição da placa (página 75).

4. Conectando a Placa (Link) (página 76).

Início Rápido de Procedimento (página 80).

1. Carregando placas para procedimento e criar lista de injeções (página 81).

2. Rever e Modif icar a l ista de injeções(página 84).

3. Iniciando o Procedimento (página 86).

4. Verificar sequência ou qualidade da amostra e especificar reinjeções (página 88).

Revisão dos resultados de sequenciamento:

1. Revisão da Qualidade do Sequenciamento (página 106).

2. Especificar reinjeções (página 110).

3. Revisar Relatórios de Qualidade (página 111).

4. Exportando Resultados de Sequenciamento (página 113).

(Opcional) Imprimir ou Salvar (.pdf) relatórios de calibragem e desempenho para salvar com os resultados: • Calibragem Espacial (página 131) • Calibragem Espectral (página 146). • Verificação de desempenho padrão de instalação de sequenciamento (página 158).



1. Verifique se o instrumento está conectado a fonte adequada de energia.

CUIDADO! Não desembale ou conecte qualquer componente até que um

Representante Técnico da Life Technologies tenha configurado o sistema para a

voltagem de operação adequada.

Veja o Manual de Preparação do Local do Analisador Genético Série 3500 da Applied Biosystems (Referência 4401689) para maiores detalhes.

Nota: O propósito do Manual de Preparação do Local é o de ajudar você a preparar o seu local para a instalação do Analisador 3500 Dx ou 3500 xL Dx. Para detalhes específicos sobre o seu sistema, por favor leia este manual de instruções.

IMPORTANTE! Não renomeie o computador após o Software de Coleta de Dados Série 3500 Dx for instalado. O computador do instrumento recebeu um nome único. Alterar este nome poderá causar o mau funcionamento do Software de Coleta de Dados da Série 3500 Dx.

2. Inspecione o interior do instrumento. Assegure-se de que:

a. A porta do forno está devidamente fechada.

b. Nenhum objeto fora deixado ou esquecido no interior do instrumento.

IMPORTANTE! Objetos esquecidos no interior do instrumento podem causar danos.

3. Feche a porta do instrumento.

4. Ligue o instrumento.

a. Pressione o botão liga/desliga na parte frontal do instrumento e espere até a luz verde de status acender.

Nota: Se a porta estiver aberta enquanto o instrumento estiver ligado, a luz amarela irá continuar a piscar até que você feche a porta. Veja a Tabela abaixo.


b. Verifique o status do instrumento. Assegure-se de que a luz verde está acesa e não piscante como no item anterior. A tabela abaixo explica as luzes indicadoras de status para o instrumento.

Indicador

Status

Todas as luzes desligadas O instrumento está desligado.

Luz Verde Operacional (esperando processamento)

Botão de pausa do processo, de terminar o processo ou de parada de injeção (em SW) pressionado pelo usuário. Nota: Você pode apenas cancelar uma injeção quando a luz verde estiver piscante, e não enquanto estiver verde estática.

Luz Verde (piscante) Operacional (processamento sendo realizado)

Luz Amarela (piscante) Teste Automático de Inicialização em andamento

Processamento pausado

Porta aberta

Falha de processamento que não necessita reiniciar o instrumento.

Luz Amarela Modo de Espera (Standby)

Luz Vermelha Teste Automático falhou.

Falha no instrumento.

Necessita reiniciar o instrumento e o computador.

Iniciando o Computador


1. Ligue o Computador.

2. Ligue o monitor.

3. Na caixa de diálogo de Log On do Windows:

a. Insira o nome do usuário.

b. Se aplicável, insira a senha.

Nota: Se o computador estiver conectado a uma rede de internet ou rede interna, você não precisa fazer o log on na rede antes de iniciar o instrumento.

c. Clique em OK . Espere até que o computador termine a inicialização.

IMPORTANTE! O ícone de status no canto inferior direito da sua tela mostra que o Servidor Monitor 3500 está ativado quando o ícone aparece aqui. IMPORTANTE! Não feche este ícone. Se o fechar, isso irá prevenir o funcionamento adequado do software.

Faça Log On no Windows

Siga as instruções para fazer o Log On no sistema operacional do Windows.


Inicie o Aplicativo

Passo 1: Inicie o Daemon

Se o Daemon não iniciar automaticamente, para iniciar o Daemon manualmente: Iniciar ► Programas ► Applied Biosystems ► 3500 ► Daemon

Nota: Irá levar cerca de 15 segundos para o Daemon ser inicializado.

Passo 2: Inicie o Monitor do

Servidor

Se o Monitor do Servidor não iniciar automaticamente, inicie o Monitor do Servidor manualmente: Iniciar ► Programas ► Applied Biosystems ► 3500 ► Monitor do Servidor

Nota: Irá levar aproximadamente dois (2) minutos para o Monitor do Servidor ser inicializado. Durante este tempo, você irá ver o ícone de status mudar de um círculo vermelho com um X no meio (indicando que nem todos os serviços do Software 3500 estão carregados) para um ícone em forma de ampulheta aparecer na área de trabalho, ao lado do relógio.

Quando o Monitor do Servidor concluir o carregamento das configurações, o ícone em forma de ampulheta irá desaparecer, e um sinal de verificado na cor verde irá aparecer indicando que o Monitor de Servidor 3500 foi iniciado e que todos os serviços do Software 3500 está carregados e disponíveis ao usuário.

Passo 3: Inicie o

Aplicativo 3500 Dx

Inicie o aplicativo via:

Iniciar ► Programas ► Applied Biosystems ► 3500 ►3500 Dx


Tela de Apresentação Após você ter iniciado o Aplicativo 3500 Dx, a tela de apresentação do Software de Coleta de Dados da Série 3500 Dx ir aparecer. Esta tela irá permanecer ativa por alguns segundos até que a caixa de dialogo de Log In (Registro) do 3500 Dx apareça.

Após a tela de apresentação do Software de Coleta de Dados da Série 3500 Dx desaparecer, uma das seguintes ações irá ocorrer:

• O Painel de Controle aparece (veja a seção “Verificando Status do Sistema no Painel de Controle” na página 49).

• A Caixa de Log In aparece (veja a seção “Faça Log In” na página 48).


Faça Log In

Segurança, Auditoria e Assinatura

Digital

O módulo de Segurança, Auditoria e Assinatura Digital (SAE) é um componente opcional do Software de Coleta de Dados da Série 3500 Dx. Os usuários tem a opção de adquirir esta função e habilitar ou desabilitar a funcionalidade do SAE. Se a função SAE for habilitada, veja o Capítulo 7 “Funções de Segurança do Usuário, Auditoria e Assinatura Digital (Módulo SAE)” para configuração de usuário.

Após a tela de apresentação do Software de Coleta de Dados da Série 3500 Dx desaparecer, faça o Log In:

1. Insira o Nome do Usuário e a Senha na caixa de dialogo de Log In no Software 3500 Dx.

2. Clique em OK .

A tela de apresentação do Software de Coleta de Dados da Série 3500 Dx reaparece. Esta tela irá permanecer ativa por alguns segundos até o Software de Coleta de Dados da Série 3500 Dx carregar e abrir.

O Software de Coleta de Dados da Série 3500 Dx é iniciado e o Painel de Controle aparece.

IMPORTANTE! Se você fechar acidentalmente qualquer um dos serviços (por meio do Monitor de Servidor 3500), o sistema não irá funcionar. Para abrir um serviço que foi fechado, posicione o cursor no ícone de status, clique com o botão direito do mouse, vá em Serviços, e clique no serviço que foi acidentalmente fechado.

Verificando Status do Sistema no Painel de Controle


Painel de Controle, observações gerais

A primeira tela que aparece quando você inicia o Software de Coleta da Dados da Série 3500 Dx é o Painel de Controle (Figura 4 na página 49).

O Painel de Controle apresenta os mostradores, informações do instrumento, informações dos consumíveis e notificações de manutenção que fornecem uma visão geral rápida da utilização de cada consumível e o status do instrumento.

Os reservatórios dos consumíveis são dotados de etiquetas de identificação por rádio frequência (RFID) que identificam o consumível e permitem ao software monitorar o número de procedimentos ou dias restando, o número de dias no instrumento, a data de expiração, número de lote e número da peça.

Mostradores Informações do Instrumento Consumíveis

Notificações de Manutenção

Figura 4 Painel de Controle


Verificando as Notificações de Manutenção

A seção de Notificação de Manutenção mostra lembretes das tarefas programadas no calendário de manutenção (veja “Utilizando o Calendário de Manutenção” na página 253). Você pode configurar a hora exata para receber a notificação de manutenção em Preferências (veja “Configurando as Preferências Gerais na Página 56).

1. Painel de Revisão das Notificações de Manutenção.

2. Realize qualquer uma das tarefas de manutenção, e então clique em para marca-la como concluída (ou clique em para marca-la como não concluída se você não realizou a tarefa). As ações são registradas no Registro de Notificações (para maiores informações, veja a seção “Revisão do Registro de Notificações de Manutenção” , na página 279.

3. Realize qualquer uma das tarefas de manutenção diariamente, mensalmente ou trimestralmente que não estão listadas no painel de Notificações de Manutenção (veja a seção “Programação de Manutenção” na página 249). Quando você concluir uma tarefa, clique em para marca-la como concluída, ou clique em para marca-la como não concluída. As ações As ações são registradas no Registro de Notificações (para maiores informações, veja a seção “Revisão do Registro de Notificações de Manutenção” , na página 279.

4. Inspecione o interior do instrumento. Veja a seção “Iniciando o Instrumento” na página 43.

a. Se houver qualquer derramamento, limpe imediatamente. b. Se você observar qualquer vazamento ou resíduo já seco ao redor da

Válvula Pino de Tampão, verifique a válvula e o conjunto da alavanca de travamento. Se o vazamento persistir, entre em contato com a Life Technologies.


CV (Válvula de Verificação) Encaixe

Válvula Pino do Tampão


Checar Status de Consumíveis

IMPORTANTE! Os Dias Faltantes para os tampãos é atualizado apenas quando você clicar em “Atualizar” (Refresh) ou iniciar o procedimento. Como parte da inicialização diária, clique em Refresh para atualizar o status dos consumíveis.

1. Clique em Refresh para atualizar o status de consumíveis.

O painel de consumíveis mostra as datas de validade e os números de lote (leitura realizada pelas Etiquetas RFID nos reservatórios dos consumíveis).

2. Verifique os mostradores de consumíveis para ver o número de injeções, amostras ou dias restantes para um determinado consumível. A tabela abaixo apresenta uma lista de especificações para cada consumível.

Quando <10% do uso especificado do consumível estiver faltando, o mostrador se move para a zona vermelha de aviso. O consumível também é apresentado em vermelho no Painel de Consumíveis.

IMPORTANTE! A Life Technologies recomenda que você adicione uma notificação de manutenção no seu calendário para substituir o polímero e o tampão. Ajuste as notificações para que apareçam dois dias antes do polímero ser substituído.


Produto Consumível Limites No Instrumento (o

primeiro limite se aplica)

Notas

Polímero‡§ 8-cap Bolsa 960 amostras 960 amostras ou 120 injeções Utilizar dentro de 7 dias da instalação do instrumento.

O software permite que você continue o uso após 7 dias. No entanto, a Life Technologies aprova os polímeros por até 7 dias apenas no instrumento.

Bolsa 384 amostras 384 amostras ou 60 injeções

24-cap Bolsa 960 amostras 960 amostras ou 50 injeções

Bolsa 384 amostras 384 amostras ou 20 injeções

Tampãos 8-cap 7 dias ou 120 injeções Para assegurar o desempenho otimizado do tampão, o software requer a substituição do tampão– depois de até 7 dias.

24-cap 7 dias ou 50 injeções

Conjunto Capilar 160 injeções O software permite que você continue o uso após 160 injeções. No entanto, a Life Technologies aprova os conjuntos para até 160 injeções.

‡ O Contador de Amostras de Polímero decrementa apenas de septos que contenham amostras, mas o Contador de Injeção de Polímero decrementa para cada injeção, independente se todas os septos contém amostras. O limite de amostras e o limite correspondente de injeções podem não coincidir. Note que o limite de injeções inicial é superior do que o limite de amostras inicial.

Exemplo: Bolsa de 960 amostras em sistema de 24 capilares: Se os septos contém amostras para todas as injeções: 960 / 24 = 40 injeções. Se todos os septos não contém amostra para todas as injeções: 960/<24 = 40 + injeções, até o máximo de 50 injeções e um máximo de 960 amostras.

A bolsa de polímero inclui volume adicional para acomodar um número limitado de operações de instalação e guia de instalação. No entanto, se o número de operações de instalações exceder um certo limite, o número de amostras remanescentes ou injeções será reduzido. Por exemplo, se você processar a opção remoção total de bolhas no guia de remoção de bolhas mais de quatro vezes, ou processar outros guias de instalação excessivamente, o número de amostras ou injeções remanescentes será reduzido. Faça referência ao mostrador de polímero no painel de controle para o número atualizado de amostras remanescentes ou injeções a qualquer momento..

§ A temperatura ambiente deve estar entre 15ºC até 25ºC . O uso prolongado em temperaturas mais elevadas pode resultar em comprimentos de leitura reduzidos, além do especificado pelo fabricante.


Verificando os Níveis de Tampão

Verifique o nível dos tampãos. Verifique que o nível de tampão está no topo da linha de abastecimento (fill line) e verifique se a vedação está intacta. O menisco deve ficar alinhado até ou acima da linha de abastecimento (fill line).

IMPORTANTE! Não utilize se o nível de tampão estiver muito baixo ou se a vedação foi comprometida. Assegure-se de que o nível de tampão está alinha até ou acima da linha de abastecimento (fill line) e que a vedação está intacta.

Reabastecendo os Consumíveis

Conforme necessário, veja as seções:

• “Reabastecer de Polímero” na página 266.

• “Alterar Tipo de Polímero” na página 267.

IMPORTANTE! Utilize luvas enquanto manusear o polímero, o conjunto capilar, septos, ou CBC.

• “Substituir o Reservatório de Tampão Ânodo (ABC)” na página 258.

• “Substituir o Reservatório de Tampão Cátodo (CBC)” na página 259.

• “Abastecer o Conjunto Capilar com Polímero Novo” na página 272.

• “Para substituir o conjunto capilar” na página 273.

Vá para o Capítulo 3, “Configuração e Procedimento” na página 65.

Ajuste as preferências

Ajuste as Preferências

Aspectos Gerais

As preferências são configurações padrões ajustadas pelo usuário. Para acessar a caixa de diálogo das Preferências, selecione Preferências na barra de ferramentas. Você pode opcionalmente ajustar qualquer ou todas as preferências.

Nota: O campo “digite filtro de texto” no topo da caixa de dialogo não é utilizado.

Preferências do Sistema

Estas configurações são aplicadas a todos os usuários:

• Formato da Data;

• Configurações do Instrumento (nome do instrumento);

• Preferência de Programação (hora de acionamento das notificações de manutenção);

• Exportação da configuração de sequenciamento;

• Calibragem Espectral (número de eventos permitidos).


Preferências do Usuário

Estas configurações se aplicam a todos os usuários se o seu sistema não possui um Módulo Sae, mas são salvos individualmente para cada usuário se o seu sistema possui o Módulo SAE:

Nota: Para maiores informações sobre o Módulo SAE, veja o Capítulo 7 “Funções de Segurança, Auditoria e Assinatura Digital (Módulo SAE)” na página 215.

• Configuração da Placa

• Configuração dos Relatórios

• Configuração do procedimento

• Sequenciamento (configuração de revisão e relatório).

Configurando as Preferências Gerais

Preferências do Sistema

1. Na caixa de dialogo Preferências, clique nos seguintes itens:

• Formato da Data para justar o formato de data e hora do software.

• Configurações do Instrumento para configurar o nome do instrumento (aparece o Painel de Controle, relatórios, convenções de nomes de arquivos, detalhes do sensor do instrumento, visualização dos resultados de sequenciamento).

• Preferências de Programação para configurar a hora de acionar as notificações de manutenção apresentadas no Painel de Controle. (veja a seção “Verificando as Notificações de Manutenção” na página 50).


• Calibragem Espectral para diminuir o número de eventos permitidos de Calibragem Espectral (veja a seção “O que você ve durante a Calibragem Espectral” na página 141).

2. Clique em Aplicar para salvar as preferências do sistema (veja a seção “Preferências do Sistema” na página 56).

Preferências do Usuário 1. Na caixa de dialogo preferências, clique nos seguintes itens conforme necessário: • Configuração da Placa para configurar as configurações de:

– Tipo de placa e atributos quando você criar uma placa.

– Tipo de placa na caixa de diálogo Abrir Placa.

• Configurações de Relatórios para configurar a fonte padrão e o tamanho dos relatórios.

Nota: Você pode reajustar esta configuração em cada visualização de relatório.


• Run Setup (Criar Configurações) para ajustar o local de armazenamento padrão para os arquivos de dados de acordo com a convenção de nomes de arquivos e grupos de resultado.

Nota: Você pode pular essa configuração em convenções de nome de arquivos e grupos de resultado.

2. Clique em Aplicar (Apply) para salvar as preferências do usuário (veja a seção “Preferências do Usuário na página 56).

Configuração de Tabelas e

Gráficos de Preferência do Usuário

Os usuários podem também salver as preferências dos usuários enquanto visualizam tabelas e gráficos:

• Caixa de Diálogo de Configuração de Tabelas – Determina as colunas apresentadas na tabela e a ordem das colunas.

• Caixa de Diálogo de Configuração de Gráficos – Determina as configurações aplicadas aos gráficos.


Configurando as preferências de sequenciamento

Exportar (preferência do sistema)

A função exportar preferências configure o padrão para os tipos de arquivo a serem automaticamente exportados durante um processo de sequenciamento. Os arquivos exportados são armazenados no mesmo diretório dos arquivos .ab1 .

1. Na caixa de diálogo de Preferências, clique em Exportar na configuração do Sistema de Sequenciamento para abrir o painel de exportação.

2. Selecione os tipos de arquivos para exportar. Os arquivos exportados são armaenzados no mesmo diretório que os arquivos .ab1.

Tipo de Arquivo Descrição

*.annotation.txt Informação da aba de Anotações na tela de rastreamento de sequenciamentocomo dados de hora de coleta, hora de início, hora de término.

*.phd.1, *.scf Arquivos de sequenciamento.

*.fsta, *.qual, *.seq Arquivos de Referência – especificar Sequência completa ou Sequência Pós Revisão apenas

3. Clique em Aplicar (Apply) para salvar as preferências do Sistema (veja a seção “Preferências do Sistema” na página 56).

Rastreamento (preferência do usuário)

As configurações das preferências de rastreamento determinam a configuração padrão para representação de cores de nucleotídeos e barras de valores de qualidade na Tela de Rastreamento em Ver Resultados de Sequenciamento.

1. Na caixa de diálogo, clique em Rastrear (Trace) na configuração de Sequenciamento do Usuário para abrir o painel de Rastreamento.


2. Especificar as seguintes configurações.:

Configuração Descrição

NT (nucleotídeo) Cor de Base

Clique em um bloco de cor de Primeiro Plano ou Segundo Plano para Base NT ou Mista e então selecione a cor para a fonte de anotação ou a cor realçada para a fonte de anotação.

Cores de Base Pura e Base Mista QV

Configura as cores e as variações dos valores de qualidade para base pura e mista apresentadas na Tela de Rastreamento:

a. Clique na barra de cor de base pura ou mista para selecionar uma cor nova.

b. Posicione o mouse em cima da barra deslizante, e então arraste

para configurar uma nova variação.

A Life Technologies recomenda que você configure as seguintes

variações para Valores de Qualidade:

• Bases Puras: Baixo VQ ≤ 15, Médio VQ = 15 até 19, Alto VQ = 20+ (padrão)

• Bases Mistas: Baixo VQ ≤ 5, Médio VQ = 5 até 10, Alto VQ > 10 (investigue para determinar a melhor variação para a sua aplicação)

3. Clique em Aplicar (Apply) para salvar as preferências do Sistema (veja a seção “Preferências do Usuário” na página 57).


Imprimir Rastreamento (preferência de usuário)

As preferências de Imprimir Rastreamento determian a configuração para relatórios de rastreamento de sequenciamento.

1. Na caixa de diálogo de Preferências, clique em Trace Print (Imprimir Rastreamento) sob as configurações de Sequenciamento do Usuário, para abrir o painel para Imprimir o Rastreamento.

2. Especifique o tipo de dados de rastreamento, configuração especifica de impressão, e preferência de Escala Y para serem visualizadas no Relatório de Rastreamento.


Qualidade do Rastreamento (preferência do usuário)

As preferências de Qualidade controlam a variação de qualidade para:

• Relatório QC – Dados de Rastreamento e CRL

• Relatório de Placas – Dados de Rastreamento

1. Na caixa de dialogo de Preferências, clique em Qualidade do Rastreamento sob a configuração de Sequenciamento do Usuário para abrir o painel de Qualidade de Rastreamento.


2. Defina as cores e variações:

a. Clique emu ma barra de cores e selecione uma nova cor.

b. Posicione o cursor do mouse na barra deslizante, então arraste para definir uma nova variação.


Relatório de Qualidade de Rastreamento (preferência do usuário)

As preferências do Relatório de Qualidade de Rastreamento determinam o conteúdo e a formatação utilizada nos relatórios de QC, Placa, Qualidade do Rastreamento, CRL, QV20+ e Força do Sinal.

1. Na caixa de diálogo de Preferências, clique em Relatório de Qualidade do Rastreamento sob configurações de Sequenciamento do Usuário para abrir o painel do Relatório de Qualidade do Rastreamento.


2. Especifique as seguintes configurações.:


Classificar Dados

Classificar dados nos relatórios de Valor de Rastreamento, CRL, QV20+ e Força do Sinal, baseando-se em:

• Nome do Processo • Número do Capilar

Sinal baseado em

Basear os relatórios de Sinal em QC e força de Sinal em:

• Intensidade Média de Sinal Cru

• Taxa de Ruído para Média de Sinal Cru

Mostrar imagem por

Especificar a opção de imagem para Relatórios de Placas:

• Imagem maior sem nome de arquivo

• Imagem menor sem nome de arquivo.


42

Configuração e Procedimento 3



Nota: As informações de análise de fragmentos são fornecidas para uso em pesquisa, e não para uso em diagnósticos.

43

Iniciando o instrumento

Fluxo de Trabalho



















3. Iniciando o Procedimento (página 86).

4. Verificar sequência ou qualidade da amostra e especificar reinjeções (página 88).







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Preparar o instrumento

Preparar o Instrumento

1. No Painel de Controle, verifique o status dos consumíveis (ver seção “Checar Consumíveis” na página 52). Assegure-se de que:

• Os produtos consumíveis estão dentro da validade;

• O nível adequado de tampão está na linha de abastecimento (fill line) (ver seção “Verificando os Níveis de Tampão” na página 54).

2. Ajuste a temperatura forno, e então clique em Inicar Pré-Aquecimento (Start Pre-Heat):

• 60 °C – Polímero POP-7™

• 50 °C – Polímero POP-6™

Pré aqueça o forno e a célula de detecção enquanto você prepara um processo (a temperatura da célula de detecção é ajustada pelo software). O pré-aquecimento ajuda a diminuir efeitos sutis de migração no primeiro processo. A função de pré-aquecimento é desligada automaticamente após duas horas de inatividade do instrumento.

A Life Technologies recomenda que você pré-aqueça o forno por pelo menos 30 minutos antes de iniciar o processamento se o instrumento estiver frio.

3. Verifique a bomba em busca de bolhas e realize a operação de Remoção de Bolhas se necessário (veja a seção “ Removendo Bolhas da Bomba de Polímero” na página 272).

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Criando uma Placa

Nota: Se você estiver rodando uma versão independente do Software de Coleta de Dados Série 3500 Dx (uma versão que não esteja instalada no computador do instrumento), você pode criar placas, e então exporta-las para utiliza-las no computador do instrumento.

Criando uma Placa a partir de um modelo

O software para os instrumentos apropriados para diagnóstico in vitro incluem modelos de análises e modelos de placas que você poderá utilizar com ponto de partida para criar suas placas. Esses modelos de análises e placas são fornecidos pela Life Technologies.

Além de definir os parâmetros das placas, um modelo de placa poderá conter também uma lista das análises apropriadas para uma aplicação. Para maiores informações, veja a seção “Criando um Modelo de Placa” na página 99.

1. No Painel de Controle, clique em Criar uma Placa A partir de um Modelo para abrir a caixa de dialogo Abrir Modelo de Placa da Biblioteca.

a. Selecione o tipo de modelo. • Selecione Seq_Std_BDTv3.1-xL-POP-7™ polímero para os instrumentos de 24 capilares.

• Selecione Std_BDTv3.1-POP-7™ polímero para os instrumentos de 8 capilares.

Nota: O ícone aparece ao lado do nome do modelo. Uma etiqueta também será mostrada quando editar uma placa verificada.

b. Encontre modelos ao selecionar um atributo, inserindo o texto para busca, e então clique em Go. (Clique em Clear para limpar o campo e digite um critério de busca diferente).

c. Selecione o modelo, e então clique em Abrir (Open). 2. Na tela para Definir a Placa de Propriedades, selecione o tipo de placa.

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Criando uma placa

• 96 – Suporte de Placas de Reação Padrão 96 Septos. 8 Tubos de Tira padrão são também suportados com os retentores apropriados.

• 96-Tubo Rápido – Suporte de Placas de Reação Padrão de 96 Septos. 8 Tubos de Tira Rápido são também suportados com os retentores apropriados.

IMPORTANTE! A caixa ao lado da etiqueta IVD é selecionada pela configuração padrão. A seleção se aplica para realizar o processamento de análises apropriadas para diagnóstico in vitro utilizando o material de controle primário, o BigDye® Termiantor v3.1 Kit de Sequenciamento Padrão (Referência 4404310).

Nota: Se você desmarcar a opção IVD, uma mensagem de “Alteração de Fluxo de Trabalho” aparece pedido que você confirme realizar as alterações. Esta mensagem aparece quando a caixa IVD é clicada na página de Propriedades de Adicionar Placa, e quando você tentar adicionar uma nova análise, ou duplicar uma análise existente, em uma placa verificada. Para utilizar o instrumento para pesquisa, deselecionar.

3. Ajuste as propriedades remanescentes de placas.

a. No campo de Nome, insira o nome da placa.

b. Selecione o número de septos.

c. Selecione o Sequenciamento para o Tipo de Placa.

d. Assegure-se de que um Conjunto Capilar está ajustado para 50 cm.

e. Assegure-se que o tipo de Polímero é o POP-7™.

4. Selecione Salve.

4. Clique em Determinar o Conteúdo da Placa e importar placas.

Importar Placa 1. Faça um dos seguintes: • Criando uma placa em outro Sistema de Software de Coleta de Dados da Série

3500 Dx, então exporte (veja a seção “Importando e Exportando uma Placa” na página 99).

• Criando um Arquivo de Importação de Placa (veja a seção “Criando um Arquivo de Importação de Placa”).

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Criando uma placa

2. Acesse a tela de Determinar Conteúdo da Placa: Clique na seta do Fluxo de Trabalho Principal, no Painel de Controle, e então selecione Determinar Conteúdo de Placa no painel de navegação.

3. Clique em Importar , e então selecione o arquivo de importação de placa.

4. Clique em Determinar Conteúdo de Placa.

Atribuindo Conteúdo a Placa

IMPORTANTE! Para uma placa de diagnostico in vitro criada a partir de um modelo apropriado de diagnóstico in vitro, as análises, convenções de nomes de arquivos, e grupos de resultado são fornecidos, e podem ser atribuídos para todos os septos. Note que você pode apenas adicionar análises apropriadas para diagnóstico in vitro. Uma vez que você salve o Modelo de Placa como uma placa de diagnóstico in vitro para convenções de nomes de arquivo e grupos de resultado, do editor de placas que você pode ou criar um novo objeto ou selecionar de uma biblioteca e importar.

Você atribui a seguinte informação aos septos na placa antes de você processor uma placa:

• Nomes de Amostras e Tipos de Amostras (necessário) – Identifica as posições dos septos de cada amostra para coleta de dados e processamento.

• Análise (necessário) – Especifica os parâmetros para controle de coleta de dados e análise primária (dados de base ou tamanho). Todos os septos nomeados em uma placa devem ter uma avaliação designada. Para maiores informações sobre as análises, veja a seção “Biblioteca de Avaliações” na página 179.

• Convenção de Nomes de Arquivos (opcional) – Especifica nome do arquivo. Para maiores informações, veja a seção “Aspectos Gerais de Convenções de Nomes e Arquivos” na página 183.

• Grupo de Resultados (opcional) – Especifica o armazenamento de arquivos de dados de amostras. Para maiores informações sobre análises, veja a seção “Aspectos Gerais do Grupo de Resultados” na página 187.

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Atribuindo Conteudo a placa

Antes de você designar o conteúdo das placas

IMPORTANTE! Apenas uma análise apropriada para diagnóstico in vitro, avaliada para uso com o Analisador Genétrico 3500 Dx ou 3500 xL Dx pode ser designada a placa. Ligue para o seu representante da Life Technologies se você planeja adicionar a sua própria avaliação IVD ao Software.

IMPORTANTE! O sequinte é para uso não diagnóstico. É apenas para fins de pesquisa.

1. Acesse a tela de Designar Conteúdo a Placa (Figura 5 da página 72) a partir de:

• A tela Definir Propriedades da Placa ao clicar em Designar Conteúdo de Placa (descrito acima).

• O painel de navegação ao selecionar Designar Conteúdo de Placa no painel de navegação.

• O Painel de Controle ao clicar na seta de Fluxo de Trabalho Principal. , e então selecionando Designar Conteúdo de Placa no painel de navegação.

2. Criando uma Placa. Selecione os seguintes tópicos:

• “Criando uma nova placa”

• “Criando uma Placa a partir de um modelo”

• “Importar uma placa” • Ou selecionar Abrir Placa►Editar Placa Existente

2. Clique em Mostrar Septos para especificar os atributos a serem apresentados nos septos.

Figura 5 na página 72 mostra a Tela de Placa na tela de Designação de Conteúdo de Placa.

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Figure 5 – IVD Installation – Instalação IVD / Select assigned assays, file name conventions, e results groups – Selecionar avaliações designadas, conveções de nomes de arquivos e grupos de resultado.

Figura 5 Visão da Placa na tela de Designar Conteúdo da Placa

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Nomeando amostras e atribuindo tipos de amostras na visão das placas

Esta seção provê uma forma de nomear amostras e designar tipos de amostras. Para outras formas de nomear amostras, veja a seção “Utilizando a Visão de Placas” na página 94 e “Utilizando a Visão de Tabelas” na página 95.

Procedimento 1. Clique em um septo, então digite o nome da amostra diretamente no septo, e então pressione Enter. 2. Clique e arraste diversos septos.

3. Clique com o botão direito e selecione Fill (Preencher) ou Fill (Preencher Série) para popular os campos selecionados.

Nota: Para utilizar a opção Preencher Série, digite um número como o último caractere do septo nomeado. Você pode copiar e colar (Copy e Paste) os nomes das amostras ao invés de utilizar os comandos de preencher.

4. Na parte inferior direita da tela de função Designar Conteúdo de Placa, expanda o painel Customizar Informação de Amostras.

5. Na tela de visualização de placas, clique e arraste para selecionar septos de interesse.

6. Especifique o Tipo de Amostra para os

septos selecionados, e então pressione Enter.

7. (Opcional) Especifique os Campos e

Comentários Definidos pelo Usuário. Os Campos Definidos pelo Usuário contém atributos adicionais que você pode designar a uma placa são mostradas apenas na Tela de Visão de Tabela.

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8. Para análises de sequenciamento, especifique o Amplicon e Specimen (Espécie).

9. Repita a designação do Tipo de Amostra para todos os septos nomeados.

10. Vá para “Atribuir Avaliação, Convenção de Nomes de Arquivos, e Grupo de Resultados na Visão de Placas” na página 74.

Atribuir avaliação, convenção de nome de arquivos, e grupo de resultados na visão das placas

IMPORTANTE! Para uma placa de diagnóstico in vitro criada a partir de um modelo apropriado para diagnóstico in vitro, as análises, convenções de nome de arquivos, e grupos de resultado são fornecidos, e podem ser designadas para todos os septos. Note que você pode apenas adicionar avaliações aprovadas para diagnóstico in vitro. Uma vez que você tenha salvo os Modelos de Placa como uma placa de diagnóstico in vitro para convenções de nomes de arquivos e grupos de resultado, a partir do editor de placa você pode ou criar um novo objeto ou selecionar a partir de uma biblioteca e importar. Nota: Se uma avaliação, convenção de nome de arquivo, ou grupo de resultados não forem listados na placa, vá para a seção “Adicionar avaliações, convenções de nomes de arquivos, e grupos de resultado para uma placa” na página 97.

1. Selecione os septos para os quais deseja atribuir uma avaliação.

2. Habilitar a caixa de verificação com o nome da avaliação para designar a mesma aos septos selecionados.

Nota: Uso Não Diagnóstico para normalizar os dados de análise de fragmento, selecione uma avaliação que contenha um protocolo de dados de tamanho que especifica a normalização do padrão de tamanho.

3. (Opcional) Repita para a convenção de nomes e grupos de resultados.

4. Selecione Salvar Placa.

5. Vá para a seção “Imprimindo a distribuição da placa”.

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Como localizar os arquivos em convenção de

nomes e grupos de resultados

Se você não especificar uma convenção de nome de arquivo, os arquivos de dados são nomeados neste formato: <nome de amostra>_<septo>.

Se você não especificar o grupo de resultados, os arquivos são armazenados no local especificado na convenção de nome de arquivo ou em Preferências ► Usuário ► Processo (veja a seção “Preferências do Usuário” na página 56).

Se você especificar tanto a convenção de nome de arquivo e grupo de resultados, arquivos são armazenados na localidade especificada dos grupos de resultados.

Imprimindo a distribuição da placa

1. Na tela de Designar Placas para Processamento, clique em Ver Relatório de Gride de Placas.

Nota: Um relatório de 384 septos mostra a distribuição da placa em quatro quadrantes, distribuídos em quatro páginas.

2. Selecione Prever Impressão (Print Preview) ou Imprimir (Print) conforme necessário.

2. Para salvar o arquivo do relatório eletronicamente (.pdf), imprima o relatório e selecione CutePDF Writer como impressora.

4. Feche o Relatório.

5. Vá para a seção “Preparando e Carregando Placas de Amostras”.

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Preparando e Carregando Placas de Amostras

IMPORTANTE! Não utilize placas tortas ou danificadas.

Mapeamento de Capilar para

Placa

O mapeamento de capilar para placa para ordem padrão de injeção é mostrado abaixo. Se você alterar a ordem de injeção na lista de injeção, o mapeamento irá ser diferente dos exemplos mostrados abaixo.

• 96 – Suporta a placa de reação padrão de 96 septos. Tiras de 8 Tubos também são suportadas com os reservatórios adequados.

• 96-Tubo Rápido – Suporta a placa de reação rápida de 96 septos. Tiras de 8 tubos também são suportadas com os retentores apropriados.

Legenda – (esquerda para direita, de cima para baixo, em ordem) 1 – 8-capilares; Placa de 96 septos / 2 – 8 Capilares; Placa de 384 Septos. Não suportada pelos Analisadores Genéticos da Série 3500 Dx (8 Capilares) / 24-capilares; Placa de 96 Septos / 24-capilares; Placa de 384 septos.

Preparando Placas de Amostras

1. Amostras deve ser inseridas por meio de pipetas (veja a seção “Imprimindo a distribuição da placa” na página 75).

2. Centrifugue a placa brevemente.

3. Verifique se cada amostra está posicionada corretamente na parte mais inferior do septo.

IMPORTANTE! Se o reagente de quaislocalizados na parte mais inferior do septo, centrífuga e veja se cada amostra está posicionada corretamente na parte inferior do septo.

4. Armazene a placa em gelo at

Preparando Montagem das Placas

IMPORTANTplana. Não aqueça as placas que estiverem com os septos selados.

1. Alinhe os furos da tira de

septos com os furos da placa, então, pressione firmemente para baixo em direção a placa.

2. Coloque a placa de amostrasna placa de base.

IMPOde utilizar a placa de base correta para placas de base contra as tiras de 8 tubos e fixe as placas. base errada poderá comprometer o desempenho.

3. Fixe o retentor de placa (cobertura) na placa, septos e placa de base.

4. Verifique os furos não estiverm alinhados, remonte a montagem de placas.

IMPOe furos da tira de septos n

Preparando placas de amostras

Preparando Placas de Amostras

Amostras deve ser inseridas por meio de pipetas de acordo com a distribuição de placa abaixo (veja a seção “Imprimindo a distribuição da placa” na página 75).

Centrifugue a placa brevemente.

amostra está posicionada corretamente na parte mais inferior do septo.

Se o reagente de quaisquer septos contiverem bolhas ou nlocalizados na parte mais inferior do septo, centrifugue a placa brevemente, remova a placa centrífuga e veja se cada amostra está posicionada corretamente na parte inferior do septo.

Armazene a placa em gelo até que você prepare a placa e carregue a placa no instrumento.

Preparando Montagem das Placas

ANTE! Prepare a Montagem das Placas em um local limpo, com superfície plana. Não aqueça as placas que estiverem com os septos selados.

Alinhe os furos da tira de septos com os furos da placa,

ão, pressione firmemente para baixo em direção a placa.

Coloque a placa de amostras na placa de base.

IMPORTANTE! Assegure-se de utilizar a placa de base correta para placas de base contra as tiras de 8 tubos e fixe as placas. Utilizar a placa de base errada poderá comprometer o desempenho.

Fixe o retentor de placa (cobertura) na placa, septos e placa de base.

Verifique se os furos existentes na placa de retentor e a tira de septos estos furos não estiverm alinhados, remonte a montagem de placas.

MPORTANTE! As pontas do conjunto serão danificadas se o retentor de placa e furos da tira de septos não estiverem alinhados corretamente.

Amostra está na parte mais inferior do septo.

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de acordo com a distribuição de placa abaixo

amostra está posicionada corretamente na parte mais inferior do septo.

bolhas ou não estiverem centrifugue a placa brevemente, remova a placa da

centrífuga e veja se cada amostra está posicionada corretamente na parte inferior do septo.

é que você prepare a placa e carregue a placa no instrumento.

em um local limpo, com superfície plana. Não aqueça as placas que estiverem com os septos selados.

Retentor de Placa

Placa com Tira de Septos Placa de Base

Fixe o retentor de placa (cobertura) na placa, septos e placa de base.

placa de retentor e a tira de septos está alinhada. Se os furos não estiverm alinhados, remonte a montagem de placas.

As pontas do conjunto serão danificadas se o retentor de placa ão estiverem alinhados corretamente.

55


Carregue a placa no instrumento

1. Insira a placa no Amostrador automático com as etiquetas voltadas para você (ou para a porta do instrumento) e o canto entalhado da placa no canto entalhado do amostrador automático.

2. Feche a porta do instrumento e reinicialize o instrumento.

Verificando o Status do Instrumento

Verificando o Status do Instrumento no Painel de Controle. As temperaturas são apresentadas em vermelho a medida que aumentam até alcançar o ponto definido. Quando as temperaturas estiverem no ponto definido, as mesmas aparecem em verde. A temperatura poderá variar ligeiramente quando alcançar o ponto definido, uma vez que é necessário estabilizar a temperatura. A Life Technologies recomenda que você pré-aqueça o forno por pelo menso 30 minutos antes de começar a processar a amostra se o equipamento estiver frio. O pré-aquecimento reduz os efeitos da razão de migração do procedimento. (Se você iniciar procedimento enquanto os indicadores vermelhos estão acessos, o processamento não irá iniciar até que todos os indicadores fiquem verdes).

Figure – Instrument: Instrumento / State: Estado / Oven: Forno / Oven Door: Porta do Forno / Instrument Door: Porta do Instrumento / Oven Temperature : Temperatura do Forno / Detection Cell Temperature : Temperatura da Célula de Detecção / Set Temperature to: Ajustar Temperatura para / Start Pre-Heat: Iniciar Pré-Aquecimento.

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Conectando a Placa (Link)

1. Na tela de Designar Placas para Processamento, clique em Conectar Placa para Processamento (Link Plate for Run).

2. Veja a seção “Carregando placas para procedimento e criar lista de injeçõesna.

Nota: Como configurado, a Posição A da placa é selecionada.

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Início Rápido de Procedimento

Você pode iniciar um processo no Painel de Controle ao selecionar a placa com o conteúdo de placa já determinado.

Carregue a placa no instrmento antes de proceder (veja a Seção “Carregar a Placa no Instrumento” na página 78).

1. No Painel de Controle, clique em Início Rápido de Procedimento para mostrar a caixa de diálogo Selecionar Placa da Biblioteca.

2. (Opcional) Filtre as Placas Listadas:

a. Selecione um tipo de placa (você pode configurar o tipo de placa padrão em Preferências. Veja a seção “Especificando o tipo de placa padrão na caixa de dialogo Placa Aberta” na página 100).

b. Encontre a placa baseado no atributo ao selecionar qualquer atributo, inserindo texto para pesquisar, e então clique me Go. (Clique Limpar (Clear) para limpar o campo e inserir um novo critério de pesquisa).

3. Selecione a placa, e então clique em Carregar Placa.

4. Clique em Iniciar Processo de Carregar Placas na Tela de Processo.

IMPORTANTE! Demora cerca de 10 segundos para o instrumento inicializar após a porta do instrumento ser fechada. Não inicie o processo até a luz de status do instrumento estar verde. .

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Carregando placas para procedimento e criar lista de injeções


Carregue a placa no instrumento (veja seção “Carregue a placa no instrumento” na página 78) e conecte (link) a placa (veja seção “Conectando a Placa (Link)” na página 79) antes de proceder.

1. Acesse a função Carregar Placas na Tela de Processo (Figura 6 na página 81), a partir:

• Da tela de Designar Conteúdo das Placas ao clicar Conectar Placa para o Processo.

• Do Painel de Navegação ao selecionar Carregar Placas para o Processamento no painel de navegação.

• Do Painel de Controle ao clicar na seta de Fluxo de Trabalho Principal, e então selecionando a função Carregar Placas para o Processamento no painel de navegação.

3

4

5

2

6

Figura 6 Carregar Placas para o Processamento

2. Revise a informação de consumíveis e a informação de calibragem e assegure-se de que o status está aceitável para o processamento.

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3. Insira o Nome do Processamento ou utilize o nome padrão de processamento: <Selo de Início de Processamento no Instrumento com Data e Hora> AAAA-MM-DD-hh-mm-ss-SSS (milissegundos), por exemplo “Processamento 2009-02-05-15-03-42-096” onde a data de início do processamento é 5 de Fevereiro de 2009 e a data de início do processamento é 15:03:42:096. Nota: Um processamento no instrumento começa quando você clicar em Iniciar Processamento (na Tela de Carregar Placas para Processamento) e termina quando a última injeção na última placa for concluída. Por exemplo, se você conectar duas placas, e der início ao processamento, ambas as placas e quaisquer injeções em duplicata ou reinjeções farão parte do mesmo processamento de instrumento. Uma injeção é um conjunto de 8 ou 24 amostras (dependendo da configuração do instrumento), processada simultaneamente sob as mesmas condições.

IMPORTANTE! Demora cerca de 10 segundos para o instrumento inicializar após a porta do instrumento ser fechada. Não inicie o processo até a luz de status do instrumento estar verde.

Quando você acessar a tela de Carregar Placas para o Processamento ao clear em Carregar Placas para o Processamento na tela de Designar Conteúdo para as Placas, a placa é automaticamente conectada (link) (indicado pelo botão de Desconectar (Unlink) ativo).

4. Se necesário, clique em Desconectar (Unlink), e então siga o passo a passo

descritos em “Se uma placa não estiver conectada (link)” abaixo.

5. Conforme necessário, clique em Alternar Placas (Switch Plates) () para designar à placa a outra posição no amostrador

automático.

6. Clique em uma das seguintes opções:

• Criar Lista de Injeções – Mostra a tela de Prever Procedimento, onde você pode modificar a lista de injeções antes de iniciar o processamento. Veja a Seção “Revisar e modificar a lista de injeções no Prever Procedimento” na página 84.

• Iniciar Procedimento – Mostra a Tela de Monitorar Procedimento. Veja a seção “Monitorando o Procedimento” na página 86.

60


Se a placa não estiver conectada

Se você acessar a tela Carregar Placas para o Processamento a partir do painel de navegação, uma placa pode não estar conectada (indicado pelo botão Conectar (Link Plate) ativo).

Para conectar a placa:

1. Clique em Conectar Placa (Link Plate) para abrir a caixa de diálogo Selecionar Placa da Biblioteca.

2. Selecione a placa, e então clique em Conectar Placa (Link Plate).

3. Escolha entre as duas opções:

•Clique em Criar Lista de Injeções, e então vá para a seção “Revisar e Modificar a lista de injeções no Prever Procedimento” na página 84; OU

•Clique em Iniciar Procedimento (Start Run) e então vá para a seção “Monitorando o Procedimento” na página 86.

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Revisar e modificar a lista de injeções no Prever Procedimento

A tela de Prever Procedimento permite que você modifique a lista de injeções antes de iniciar o procedimento.

1. Acesse a tela Prever Procedimento (Figura 7 na Página 84) a partir:

• Da tela Carregar Placas para Procedimento ao clicar em Criar Lista de Injeções. • Do painel de navegação ao selecionar Prever Procedimento. • Do Painel de Controle ao clicar na seta de Fluxo Principal de Trabalho e selecionar Prever Procedimento no painel de navegação.

2. Clique no ícone acima da placa para especificar os atributos a serem mostrados na visão da placa.

3. Clique nas abas das placas para mostrar a Placa A ou Placa B.

Iniciando o Procedimento

2

3

4

Figura 7 Tela de Prever Processamento

62

Revisar e modificar a lista de injeções no Prever Procedimento

A tela de Prever Processamento contém uma lista de injeções e a visão da placa. A lista de injeções está conectada a visão da placa. Clique na injeção para selecionar os septos associados na visão da placa.

IMPORTANTE! Se a lista de injeções estiver vazia, assegure-se de que você clicou em Criar Lista de Injeções na tela de Carregar Placas para Processamento.

3. Para modificar a lista de injeção a qualquer momento antes do procedimento ou

durante o procedimento, selecione a injeção, então clique em Move para

Cima, Move para Baixo, e Deletar (Deletar) conforme necessário

Nota: As amostras com avaliações que especifiquem mais de um protocol de instrumentos são listados uma vez na lista de injeção para cada protocolo de instrumento.

4. Para especificar uma duplicate de injeção (uma injeção replicada que utiliza o mesmo protocolo de instrumento que a injeção original), seleciona a injeção e

então clique em . Os arquivos de dados de amostra para cada injeção duplicada pode ser salvo em uma pasta separada na paste de grupo de resultados se especificado no grupo de resultados. Para maiores informações, veja a seção “Grupo de Resultados Exemplo 2: Armazenar Reinjeções em pastas separadas” na página 192.

Nota: Para utilizar um protocolo diferente para uma injeção replicada, especifique a reinjeção na tela Monitorar Procedimento após você iniciar o procedimento.

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Monitorando o funcionamento

Iniciando o Procedimento

Quando a lista de injeções é configurada, clique em Iniciar Processamento. A tela Monitorar Procedimento abre automaticamente.

IMPORTANTE! Você deve especificar as reinjeções antes do processamento ser concluído.

Nota: Demora cerca de 10 segundos para o instrumento inicializar após a porta do instrumento ser fechada. Não inicie o processo até a luz de status do instrumento estar verde.

Monitorando o Procedimento

A tela Monitorar Processamento (Figura 8 na página 86) abre automaticamente quando você clica em Iniciar Processamento na tela de Carregar Placas para Processamento ou na tela Prever Processamento. A injeção atual é realçada em verde na visão de placa. A lista de injeção é conectada a visão de placa. Clique em uma injeção para selecionar os septos associados na visão de placa. A injeção selecionada é realçada em amarelo na visão de placa.

1

2

Figura 8 Tela Monitorar Processamento

Note: Amostras com avaliações que especifique mais de um protocol de instrumento são listados uma vez na lista de injeções para cada protocolo de instrumento.

1. Clique no botão de Configuração da Tabela, e então

especifique as colunas para mostrar ou esconder a lista de injeções.

64


2. Opcional:

• Clique no ícone acima da placa para especificar os atributos a serem mostrados na visão de placa. Além dos atributos disponíveis em Prever Processamento, um atributo de Sinalização (Flag) também fica disponível.

Se você selecionar o atributo de Sinalização (Flag), marcações amarelas ou vermelhas são mostradas para os septos com um valor médio de valor de qualidade (sequenciamento).

Ou

Valor de Qualidade de Tamanho (fragment) na variação de Falha ou Suspeita. As marcações vermelhas são mostradas para septos com dados fora da escala.

• Posicione o cursor do mouse acima do septo par aver detalhes da amostra.

Nota: As informações de análise de fragmentos são fornecidas para uso em pesquisa, e não para uso em diagnósticos.

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Verificar sequência ou qualidade da amostra e especificar reinjeções

Quando uma injeção é concluída, a mesma é marcada com o ícone nas colunas de Injeção e Análise. Se o software detectar um problema com dados fora de escala ou amostras de baixa qualidade, a amostra é marcada com o ícone .

Nota: Se as colunas de Injeção, Análise ou Marcações (Flags) não aparecerem, você pode clicar no botão de Configuração de Tabelas, e então selecionar as colunas na lista de injeções.

Verificar sequência ou qualidade da amostra

1. Expanda o painel de marcação (flag) na parte inferior direita da tela.

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Verificar sequência ou qualidade da amostra e especificar

A tabela de marcações (flags) mostra uma visão gearl da qualidade das amostras e identifica as amostras que podem precisar de investigação.

Uso Não Diagnóstico

Para mostrar as marcações de fragment, selecione ALL (Todas).

A tabela de marcações está conectada a visão de placa. Clique na marcação (flag) para selecionar o septo associado na visão de placa:

Nota: Se nenhuma das amostras está listada neste painel, nenhuma marcação foi encontrada e as amostradas passaram na verificação de qualidade.

• Todas as amostras foram aprovadas;

• Pelo menos uma amostra está na variação de suspeita e precisa de revisão;

• Pelo menos uma amostra está fora da escala ou está na variação de suspeita.

2. Para filtrar a tabela de marcação, selecione o tipo de marcação.

Para classificar a tabela, clique duas vezes no cabeçalho da

coluna. As macações que você irá ver na tabela de

marcação são:

Marcações/Símbolos Descrição

For a da Escala

(verde ou vermelho)

(vermelho) Pelo menos um dos dados na variação de análise saturou a câmera CCD. Nota: Na tela de visualização de resultados, uma amostra fora da escala é marcada com

o ícone .

Valor Médio de Qualidade (Sequenciamento)

(verde, amarelo, vermelho)

(amarelho) ou (vermelho) O valor de qualidade médio (baseado no CRL, Nota de rastreamento e resultados QV20+) está na variação de Suspeita ou Falha. Para maiores informações, consulte a tabela na página 208.

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Uso Não Diagnóstico Símbolos de Qualidade de Tamanho e Descrições

Marcações / Símbolos Descrição

Qualidade do Tamanho (fragmento)

(verde,amarelo, vermelho

(amarelo) ou (vermelho). A qualidade do tamanho está na variação de Suspeita ou de Falha. Para maiores informações, veja a Tabela 17 na Página 214. IMPORTANTE! A normalização não se aplica em amostras

com Qualidade de Tamanho sinalizadas em vermelho .

3. Clique emu ma linha na tabela de marcações (flag), e então clique na Aba de

Amostras (Sample) na Visão de Procedimentos do Instrumento para mostrar os dados associados na Visão de Amostra.

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Especificar reinjeções

Você pode especificar uma reinjeção antes do processamento ser concluído. Uma reinjeção fisicamente re-injeta todas as amostras no conjunto capilar. Você pode selecionar um protocolo de instrumento diferente daquele original de injeção e pode especificar se deseja coletar dados para todos ou apenas algumas amostras selecionadas no conjunto.

1. Selecione as injeções ou septos para re-injetar:

Nota: O ícone fica cinza se você selecionar uma injeção que contenha mais que um grupo de resultado, ou se você selecionou marcações na tabela de marcações que correspondem as amostras com diferentes grupos de resultados. Para habilitar a Reinjeção , selecione as amostras que especificam o mesmo grupo de resultados.

Para coletar dados de todos os septos em uma injeção.

1. Selecione a injeção na lista de injeções.

2. Clique em Re-injetar .

Para coletar dados para apenas septos específicos.

(Amostras com avaliações que especificam mais do que um protocolo de instrumento são listadas uma vez na lista de injeção para cada protocolo de instrumento). Você também pode especificar reinjeções para amostras específicas na Revisão de Resultados.

1. Selecione a injeção.

2. Selecione na vista de conjunto o capilar que corresponde ao septo ou amostra de interesse (veja “Vista de Conjunto” na página 101).

3. Clique em Re-injetar

Para coletar dados apenas de amostras que contém marcações.

1. Selecione as amostras na tabela de marcação (veja seção “Verificar sequência ou qualidade da amostra” na página 88).

2. Clique em Re-injetar

IMPORTANTE! Se você escolher a reinjeção manual, uma confirmação de alteração no fluxo de trabalho irá abrir.

2. Na caixa de dialogo de reinjeção, selecione as opções, e então clique em OK:

• O protocol para utilizar para a reinjeção: original, modificado, novo, ou um da biblioteca.

• Quando realizar a reinjeção.

Nota: Os arquivos de dados de amostra para cada reinjeção podem ser salvos em uma pasta separada na pasta de grupo de resultados se especificado no grupo de resultados. Para maiores informações, veja a seção “Grupo de Resultados Exemplo 2: armazenar reinjeções em pastas separadas” na página 192.

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Se você selecionou outro protocolo além do original

Se você selecionou um protocolo além do original, o software irá:

• Criar uma cópia da avaliação especificada para o septo re-injetado. (Original_Avaliação-1).

• Adicionar o protocol de instrumento novo ou modificado ao Original_Avaliação-1.

• Designar o Original_Avaliação-1 para o septo reinjetada apenas.

• Salvar a placa (o software não salva a cópia da avaliação na biblioteca).

Como as reinjeções são apresentadas na vistão de placa.

Se o atributo de Número de Injeção é selecionado para ser apresentado na visão de placa, o número da injeção original e a reinjeção é apresentado.

Nota: Se você selecionar apenas septos para a reinjeção (o que fisicamente re-injeta todas as amostras para o conjunto capilar mas coleta dados apenas para os septos selecionados), o número de reinjeções mostrados para todas as amostras na reinjeção, não apenas as amostras selecionadas para coleta da dados.

Amostra 1 selecionada para

reinjeção

Número de

reinjeção listado

para todas as

amostras na

reinjeção.

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Revisão das injeções concluídas em Revisão de Resultados


Você pode rever os resultados de qualquer injeção concluída. Selecione a injeção, e então clique em Revisão de Resultados. As amostras para a injeção são carregadas na Tabela de Revisão de Resultados. Para maiores informações, veja seção “Revisão dos Resultados de Sequenciamento” na página 105.

Iniciando e Interrompendo o Procedimento

Iniciando um Procedimento Você pode iniciar um processamento:

• Na tela de Carregar Placas para Processamento (veja “Carregando Placas para procedimento e criar listas de injeções” na página 81).

•Na tela de Revisar Processamento (veja a seção “Iniciando um Procedimento” na página 86).

Pausar e retomar um procedimento

Cancelar ou Terminar

Conforme necessário, clique em:

• Pausa – Paraliza o procedimento após a injeção atual ser concluída (o símbolo não aparece na lista de injeções porque a injeção continua até ser concluída).

• Retomar – Retoma o procedimento. Conforme necessário, clique em:

• Cancelar – Interrompe a injeção atual. Não clique em Deletar para interromper uma injeção.

IMPORTANTE! Você também pode interromper a injeção atual apenas quando o painel indicador frontal estiver com a luz verde piscando. Se você clicar em Cancelar quando a luz do painel estiver verde estática, a injeção física já fora concluída (apesar do software ainda estar processando a informação) e uma mensagem aparece indicando que não existe injeção sendo executada.

• Terminar – Interrompe o procedimento do instrumento. Terminar é

ativado quando um procedimento é pausado.

71


Mais funções em Atribuir Conteúdo de Placa

Utilizando a Visão de Placas

Nomear amostras na

Visão de Placas

Para nomear amostras na Visão de Placa:

Para nomear uma amostra

•Clique em um septo, então digite o nome da amostra diretamente no campo, e então pressione Enter. ou

• Copie e cole um nome de outro septo.

Para ajustar a direção do cursor quando pressionar Enter:

• Clique em para configurar a tecla Enter para mover o cursor verticalmente para próxima linha.

• Clique em para configurar a tecla Enter para mover o cursos horizontalmente para a próxima coluna.

Para nomear múltiplas amostras

Para nomear todos os septos ao mesmo tempo

1. Clique em septo nomeado.

2. Clique e arraste vários septos.

3. Clique com o botão direito do mouse e selecione Preencher (Fill) ou Preencher Série (Fill Series) para popular os campos selecionados.

Nota: Para utilizar a função Preencher Série, digite o número do último caractere do septo noemado). Você também pode copiar e colocar os nomes das amostras.

1. Selecione todos os septos. 2. Selecione avaliações, convenções de nome de arquivo, e grupos de resultado para a placa. 3. Insira o nome e selecione o tipo de amostra (no Painel de Customizar Informação da Amostra) para a placa inteira.

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Customizar a Visão de Placa

• Clique em Mostrar Septos para especificar os atributos mostrados nos septos.

• Clique em Selecionar Septos para selecionar septos com um atributo específico.

• Clique em Zoom In, Zoom Out e Fit conforme necessário.

Visualização do mapa de capilares

/ placas

Clique no Seleção de Conjunto para selecionar os septos por injeção. Clique novamente para desabilitar a seleção do conjunto.

Utilizando a Visão de Tabelas

1. Clique em Ver Tabela.

2. Clique no campo de Nome de Amostra, e então digite o nome.

3. Clique em ao lado de cada campo, e então selecione a configuração.

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4. Clique com o botão direito no cabeçalho da coluna, então selecione Fill ou Fill Series para popular os campos selecionados (para utilizar a função Fill Series, digite um número como o último dígito do septo nomeado).

Nota:Você pode clicar duas vezes no cabeçalho da coluna para classificar as colunas. A Classificação Múltipla de Colunas é permitida (veja a seção “Classificação Múltipla de Colunas” abaixo).

Separando e Customizando Tabelas

Classificação Múltipla de Colunas

Você pode Classificar qualquer tabela no software. A classificação múltipla de colunas é permitida:

• Clique duas vezes no cabeçalho da coluna para classificar a coluna. • Alt+Shift clique em outro cabeçalho de columa para classificar outra coluna. • Alt+Shift-clique em um terceiro cabeçalho de coluna para classificar a terceira coluna. Números no cabeçalho das colunas refletem a ordem de classificação.

•

Customizando Tabelas Você pode customizer qualquer tabela no software. Clique no botão de Configuração da Tabela e então especifique as colunas pra mostrar ou esconder.

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Adicionando avaliações, conveções de nomes de arquivo, e grupos de resultado a uma placa

IMPORTANTE! O seguinte é para uso não diagnóstico. O mesmo possui propósitos de pesquisa apenas.

Para fins de pesquisa apenas, você pode adicionar avaliações, convenções de nomes de arquivo, e grupos de resultado a uma placa.

Nota: Você é responsável pela validação de avaliações e complacência com qualquer requisito regulamentar que esteja relacionado aos seus procedimentos e utilização do instrumento.

1. Se nenhuma avaliação for listada na parte inferior da tela de Designar Conteúdo de Placas, adicione pelo menos uma avaliação. Você pode especificar diferentes avaliações para diferentes septos.

2. (Opcional) Se nenhuma convenção de nome de arquivo ou grupos de resultados forem listados na parte inferior da tela de Designar Conteúdo de Placa, adicione conforme necessário. As convenções de nomes de arquivos e os grupos de resultado são opcionais, mas são muito úteis para nomear e organizar os arquivos de dados.

Criando uma Placa para Importar

Not for diagnostic use

IMPORTANTE! O seguinte é para uso não diagnóstico. O mesmo possui propósitos de pesquisa apenas..

Criando uma Placa Importando um Modelo

Para fins de pesquisa apenas, o Software de Coleta de Dados Série 3500 Dx permite que você importe informações de uma placa de arquivos que você criou em outro aplicativo, além do Software de Coleta de Dados Série 3500 Dx.

Para criar um modelo para importer informações de placas, configura uma placa no Software de Coleta de Dados Série 3500 Dx, e então exporte o mesmo para criar um arquivo que contenha a informação de cabeçalho e coluna correta para importar:

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1. No painel de controle, clique em Criar Placa a partir de Modelo.

2. Na caixa de diálogo Abrir Modelo de Placa da Biblioteca: a. Selecione um filtro para mostrar o tipo de modelo de placa

do seu interesse.

b. Selecione o modelo de placa, e então clique em Abrir.

3. Insira o nome da placa, e então especifique o comprimento do capilar e tipo de polímero para a placa.

4. Clique em Designar Conteúdo de Placa.

5. Na tela de Designar Conteúdo de Placa, clique em Exportar .

Nota: Antes de clicar em Exportar, você pode designar outros elementos de placa ao modelo de placa importado descrito como “Atribuindo Conteúdo de Placa” na página 70.

6. Selecione o tipo de arquivo para importar o modelo de placa.

7. Insira o nome e localização do modelo de registro de placa.

8. Clique em Salvar(Salvar).

A imagem abaixo mostra o format da placa exportada.

Criando um Arquivo Importado de Placa

1. Abra o modelo de placa importado (veja “Criando uma Modelo Importado de Placa” na página 97).

2. Salve o modelo de placa importado com um novo nome.

3. Insira o nome das amostras (necessário).

4. (Opcional) Insira a informação nas colunas restantes.

Nota: Se você especificar uma avaliação, grupo de resultados, ou convenção de nome de arquivo, os nomes que você inserir devem coincidir exatamente com os itens existentes na biblioteca.

5. Salve o arquivo importado de placa.

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Editando uma Placa

Voceê pode editar uma placa:

• Da Biblioteca – Selecionar a placa, e então clicar em Editar .

• Do Painel de Controle – Clicar em Editar Placa Existente. • Da tela para Definir Propriedades da Placa– Selecione Abrir Placa ► Editar

Placa Existente. • Da tela de Designar Conteúdo de Placa – Selecionar Abrir Placa ►Editar

Placa Existente.

Importando e Exportando uma Placa

Você pode importar e exporter as placas:

• Da Biblioteca de Placas – Placas em format .xml para utilização em outro instrumento Analisador Genétrico 3500 Dx ou 3500 xL Dx. Veja a seção “Importando e Exportando uma Entrada da Biblioteca” na página 175.

• Da tela Definir Propriedades da Placa – Placas em arquivo no formato .txt, .csv e .xls – arquivos que você cria que contém informação de placa em um formato específico.

• Da tela Designar Conteúdo de Placa – Placas em arquivo no formato .txt, .csv e .xls – arquivos que você cria que contém informação de placa em um formato específico.

Criando um Modelo de Placa

IMPORTANTE! Você pode apenas criar um modelo de placa para diagnóstico in vitro utilizando uma avaliação apropriada para diagnósticos in vitro. Para criar um modelo de placa para fins de pesquisa apenas, leia as instruções a seguir.

IMPORTANTE! O sequinte é para uso não diagnóstico. É apenas para fins de pesquisa.

Uso Não Diagnóstico

Um modelo de placa contém configurações padrão que você pode editar quando você cria a placa a partir de um modelo.

1. Criando uma Placa (veja a seção “Criando uma nova placa” na página 177).

3. (Opcional) Adicione nomes de amostras e tipos de amostras (veja seção “Nomeando amostras e atribuindo tipos de amostras na visão das placas” na página 73).

4. (Opcional) Adicione avaliações, convenções de nomes de arquivos, e grupos de resultados apropriados para a aplicação deste modelo de placa (veja a seção “Adicionando avaliações, conveções de nomes de arquivo, e grupos de resultado a uma placa” na página 97).

Adicionar avaliações, convenções de nomes de arquivos, e grupos de resultados ao modelo da placa automaticamente mostra estes itens na tela de Designar Conteúdo de Placas quando você abrir o modelo da placa. Você não precisa adicionar esses itens da biblioteca para cada placa que você criar.

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• (Opcional) Clique em Mostrar Septos (Show In Wells) para especificar os atributos mostrados nos septos do modelo.

5. Selecione Salvar Placa►Salvar como Modelo. O software mostra o ícone de modelo abaixo da distribuição da placa.

Especificando o tipo de placa padrão para a caixa de diálogo Placa Aberta

Especificando o tipo de placa padrão para a caixa de diálogo Placa Aberta em Preferências.

Salvar Versão Eletrônica dos Relatórios

Quando você imprime qualquer relatório, você pode selecionar o programa CutePDF Writer como a impressora, para salvar o relatório no formato PDF (.pdf).

Mais funções no Carregar Placa para Procedimento

101


Atrelar uma placa da aba de placas recentes ou procedimentos recentes

Ao invés de clicar em Link para selecionar a placa, você pode clicar e arrastar da aba de Placas Recentes (placas pendentes) ou da aba Procedimento Recente (placas processadas).

Mais funções em Monitorar Procedimento

Revendo as Vistas de Procedimentos do Instrumento

Selecione uma injeção, então clique na aba de visualização de procedimentos do instrumento. Conforme necessário:

• Clique para zoom in e zoom out.

• Clique para desanexar a tela e mostra-la emu ma janela separada para que você possa movê-la pela tela.

Para localizar a janela desanexada, clique no ícone da barra de tarefas do 3500.

Visão do Conjunto A visão do conjunto apresenta os dados de cores (baseado na cor fluorescente predominante) para cada capilar como uma função do número de visualizações do instrumento (período de tempo). Ajuste o brilho e a cor utilizando a barra deslizante na parte superior da tela.


102

Visão de Amostra A visão de amostra apresenta as concentrações relativas de corante como uma função do número de visualizações do instrumento (período de tempo) para o capilar selecionado. Você pode selecionar e desmarcar as cores de corante a serem apresentadas.

Visão EPT A visão EPT ( sigla em Inglês para Telemetria Eletroforese) apresenta as condições dos dados do instrumento (energia do laser, temperaturas, voltagem eletroforese) como uma função do tempo. Na legenda do lado direito do gráfico de EPT, você pode selecionar e desmarcar os traços a serem mostrados no gráfico.

Revisão de Resultados 4



Nota: As informações de análise de fragmentos é fornecida para uso em pesquisa, e não para uso em diagnósticos.

. Not for diagnostic use

104

Start the instrument

Fluxo de Trabalho



















3. Iniciando o Procedimento (página 86). 4. Verificar sequência ou qualidade da amostra e especificar reinjeções (página 88).







105

Revisão dos Resultados de Sequenciamento


Acesso a Tela de Vista de Resultados de Sequenciamento

Acesso a Tela de Vista de Resultados de Sequenciamento:

• Pela tela de Monitoramento de Procedimento ao clicar em Revisão de Resultados.

• O painel de navegação ao selecionar Ver Resultados de Sequenciamento.

• O painel de controle ao clicar em Ver Resultados de Processamento.

Rever resultados para placa

em procedimento

atual

Se você acessar a Tela de Vista de Resultados de Sequenciamento enquanto um instrumento ainda está em processo, a Janela de Qualidade do Traço lista os resultados das injeções concluídas para o processo atual.

Selecione uma ou mais amostras, então clique em Abrir Traço para mostrar os dados no Painel de Traço.

Nota: A versão de dados de base listadas no protocolo de dados de base é limitada a um número de 3 dígitos. A versão listada em resultados de sequenciamento possui 4 dígitos. O quarto dígito é um número interno utilizado pelo software.

106


Revisão de amostras processadas anteriormente

Se você acessar a tela de visão de resultados de sequenciamento enquanto nenhum processo está sendo realizado e nenhuma placa está conectada, nenhuma amostra é listada. (Se a placa do processo mais recente está conectada, os resultados da placa são mostrados).

Para visualizar os resultados para outras amostras além daquelas do processo mais recente, clique em Importar , e então selecione as amostras que deseja rever.

Revisão da Qualidade do Sequenciamento

1. Abra a janela de Análise Métrica para revisar os resultados de dados de base e dados de tamanho da amostra.

2. Clique no botão de Configuração de Tabelas e então

especifique as colunas que deseja mostrar ou esconder. 4. Clique duas vezes no cabecalho da coluna para

Classificar as Colunas. A Classificação de Múltiplas Colunas é possível (veja a

seção “Classificar” na página 124).

4. Rever os Resultados: Resultado Descrição

Nota de Traço O valor de qualidade de dados de base médio (VQ) de bases na sequência de variação limpa de um traço.

A variação limpa é uma da sequência que permanece após excluir sequências de baixa qualidade ou propensas ao erro nas pontas de 5’ e 3’. A variação limpa é calculara pelos dados de base KB utilizando VQ.

CRL O segment mais longo ininterrupto de bases com Valor de Qualidade ≥ 20. Além de avaliar o VQ dos dados de base, o software considera oVQ de bases adjacentes dentro de +/- 20 bases, antes de incluir a base no comprimento contínuo de leitura.

QV20+ O número total de bases no traço inteiro que possuem valores de qualidade para dados de base iguais ou maiores que 20.

Qualidade da Nota de Traço Qualidade CRL Qualidade QV20

Verificação de aprovado/reprovado determinada pelas configurações do protocolo de dados de base na configuração de VQ.

Nota PUP Uma medida de ruído calculada como uma razão de sinal de fluorescência do pico secundário mais alto ao sinal de fluorescência da base principal de dados.

5. Revisão de avisos:

a. Vá para a direita da Tabela de Análise Métrica para visualizar a Coluna de Avisos.

b. Visualize a legenda de Status de Análise.

107


Revisão dos Traços

c. Revisão de Avisos:

Resultado Descrição

Sucesso Dados de Base de Tamanho bem sucedidos.

Sucesso com Aviso

Dados de base bem sucedido, de tamanho não bem sucedida. Mensagens de aviso são listadas na coluna de aviso/erro (posição padrão é a última coluna da tabela)

Falha Dados de Base de Tamanho falharam, sem geração de resultados.

Erro

Dados de Base de Tamanho falharam devido a erro interno do software, sem geração de resultados.

Não Classificado

Nenhuma análise realizada.

6. (Opcional) Clique em Minimizar e Restaurar para fechar e expandir a tabela de amostras.

1. Selecione as amostras de interesse na tabela de amostras, e então clique em Abrir Traço .

2. Selecione os itens da barra de ferramentas de traços para manipular os traços necessários. Posicione o cursor do mouse em cima do botão para ver a descrição do botão.

3. (Opcional) Modificar a visualização de traço:

• Utilize as opções de visualização de placas para mostrar até quatro traços ao mesmo tempo.

• Configure as cores em Preferências (veja seçõa “Configurar Preferências de Sequenciamento” na página 59).

108


4. Configure a categoria da base para o botão Tab.

5. Revisão dos Traços: pressione Tab para rever as bases da esquerda para a direita do traço. Pressione Shift+Tab para ir da direita para a esquerda.

Legenda: Place mouse pointer on bar to display QV value: Posicione o cursor do mouse na barra para mostrar o valor de VQ / Mixed Base: Base mista / Viewing Options: opções de visualização / Peak (analyzed data): Pico (dados analisados) / Place mouse pointer in trace to zoom: Posicione o cursor do mouse no traço para dar zoom / Move slider to scale vertically: mova a barra deslizante para ver a escala verticalmente.

6. Clique nas abas na parte inferior

do painel de traço para visualizar os diferentes tipos de dados.

109


VQ

Pe

VQ

Pe

1 79.0% 30 0.10%

5 32.0% 35 0.032%

10 10.0% 40 0.010%

15 3.2% 45 0.0032%

20 1.0% 50 0.0010%

25 0.32% 60 0.00010%

Entendendo Valores de Qualidade (QVs)

Variação do Valor de Qualidade

A Life Technologies recomenda as seguintes variações para os Valores de Qualidade (configurados em Preferências, veja a seção “Configurando as Preferências de Sequenciamento” na página 59):

• Bases Puras – Baixa QV ≤ 15, Média QV = 15 to 19, Alta QV = 20+ (padrão)

•Bases Mistas – Baixa QV ≤ 5, Média QV = 5 to 10, Alta QV >10 (investigar para determinar a melhro variação para a sua aplicação).

Nota: A probabilidade prevista de erro para dados de base é alta VQ > 10.

Nota: Você pode configurar o software para equilibrar (configurar a variação limpa) utilizando valores de qualidade no protocolo de dados de base (veja Capítulo 6, “Biblioteca de Protocolos de Dados de Base” (análise primária – sequenciamento) na página 204).

VQ de Base Pura vs Base Mista

As bases puras e as bases mistas possuem a mesma probabilidade de erro para os dados de base associados (10-q/10). Tome nota do seguinte:

• Bases puras de alta qualidade geralmente possuem VQ de 20 ou superior;

• A distribuição de valores de qualidade para bases mistas difere dramaticamente daquelas das bases puras.

• Para bases mistas, os valores de qualidade acima de 30 são raros.

• Bases mistas de boa qualidade podem receber valores de qualidade tão baixo quanto 5, porque a probabilidade de erro com bases mistas é maior. Reveja bases mistas com VQ entre 5 e 10.

Valores de Qualidade

(VQ) e probabilidade

de erro (Pe)

Miniaturas de Visualização

1. Clique em Visualizar Miniaturas (Thumbnails) para visualizar os resultados como miniaturas.

110


2. Classificar conforme necessário.

3. Para comparer o sinal ao longo das amostras da placa, selecione Escala Y Uniforme.

4. Clique Visualizar Tabelas para fechar o painel de miniaturas.

Especificar reinjeções

Antes do procedimento estar concluido, você pode selecionar uma amostra, e então clicar em Re-injetar.


Ver, imprimir e salvar (.pdf) relatórios de qualidade de traços

Visualiazar Relatórios de Traços

1. Clique em Visualizar Relatórios de Traços para ver os relatórios disponíveis de traços e imprima os relatórios que deseja. Você pode configurar os padrões de relatórios em Preferências (veja seção “Configurar Preferências de Sequenciamento” na página 59).

2. Selecionar o tipo de relatório e reveja o conteúdo de cada relatório. Veja seção “Opções de Relatórios” na página 112.

3. Modifique as configurações de relatório necessárias. Você pode especificar configurações adicionais de relatório em Preferências (veja seção “Imprimir Traço (preferências do usuário)” na página 61, “Qualidade do Traço (preferências do usuário)” na página 61 e “Relatório de Qualidade de Traço (preferência do usuário) na página 62.

4. Clique duas vezes em elementos diferentes no relatório para abrir a Janela de Traço e visualizar a amostra associada.

5. Para imprimir o relatório, clique em Imprimir , então veja ou imprima.

6. Para salvar o relatório eletronicamente(.pdf), imprima o relatório utilizando o CutePDF Writer como impressora.

7. Feche o Relatório.


Opções de Relatório • QC – um gráfico de barras de uma página que mostra as estatísticas de nota de traço assim como os resultados para cada amostra selecionada.

• Placa – uma página para cada placa para todas as amostras selecionadas que mostra a miniatura da localização do septo e traços de dados com cabeçalhos codificados com cores que refletem a qualidade da Nota de Traço.

• Nota de Traço, CRL , e QV20+ – um gráfico de barras de uma página que mostra as estatísticas e resultados para nota de traço, CRL ou QV20+ para cada amostra selecionada.

• Distribuição CRL – Um gráfico de uma página que mostra as estatísticas CRL e resultados de CRL para distribuição das amostras selecionadas.

• Força do Sinal – um parágrafo que mostra a força de sinal de corante de sequenciamento média para todas as amostras selecionadas.

1.


Exportando Resultados de Sequenciamento

1. Filtre a tabela de interesse.

2. Selecione uma opção de exportação: resultados, relatórios ou traços.

3. Selecione as opções de exportação e a localização para o arquivo exportado, e então clique em OK.

Os arquivos são exportados ao local especifico com as seguitnes convenções de nomes de arquivo:

• Resultados – export_ReportName.txt

• Relatórios – ReportName.* (* é o formato que você escolheu: .txt, .xls, .pdf, .html)

• Traços – FileName.* (*é o formato que você escolheu: .nota.txt, .phd.1, .scf, .fsta, .qual, .seq)


Revisão dos Resultados de Análise de Fragmento

IMPORTANTE! A seguinte informação não é para uso diagnóstico. Serve para propósitos de pesquisa apenas.

Acesso a Tela de Vista de Resultados de Fragmentos

Acesso a Tela de Vista de Resultados de Fragmentos:

• A tela de Monitoramento de Procedimento ao clicar em Revisar Resultados.


• No painel de navegação ao selecionar Ver Resultados de Sequenciamento.

• No Painel de Controle ao clicar em Visualizar Resultados de Procedimento.

Rever resultados para a placa em processamento atual

Se você accessar a tela de visualização de resultados de fragmentos enquanto o procedimento do instrumento está em progresso, a tabela de amostras irá listar os resultados para as injeções concluídas no procedimento atual.

Selecione uma ou mais amostras na tabela de amostras para visualizar os dados na visão de gráfico e visão de tabela.


Rever Amostras Previamente processadas

Se você acessou a tela de visualização de resultados de fragmentos quando não havia um procedimento em progresso ou nenhuma placa estava conectada, nenhuma amostra será listada (Se a placa do procedimento mais recente estiver conectada, os resultados dessa placa serão apresentados).

Para ver os resultados de outras amostras além daquelas do procedimento mais recente, clique em Importar e então selecione as amostras que deseja rever. Nota: Como padrão, a visualização de Amostras de Fragmento é selecionada.


Revisão da Qualidade da Amostra


1. Na tela de visualização de amostras, clique no

Botão de Configuração de Tabelas, e especifique as colunas que deseja mostrar ou ocultar.

2. Clique duas vezes nas colunas fora des escala, fragmento e SQ para classificar marcações de suspeita e falha para o topo da tabela.

A classificação de múltiplas colunas é permitida (veja “Classificar” na página 124).

Flag/Symbols Descript ion

For a de Escala

Pelo menos um ponto de dados na análise de variação saturou a câmera CCD. Nota: Na tela de monitoramento do procedimento, uma amostra fora

da escala é marcada com .

Desvio Espectral (análise de fragment apenas)

Pelo menos um pico contém um pico de desvio.

Um pico de desvio é identificado quando a altura do pico do menor pico é ≤ X% de e dentro de ±Y do ponto de dado do maior pico, onde X e Y são valores que você especificar. Veja o Capítulo 6, Gerenciar Biblioteca de Recursos.

Limite de Normalização • – Amostra foi coletada com padrão de tamanbho de normalização, Fator de Normalização de Amostra dentro da variação esperada.

• – Amostra foi coletada com o tamanho de normalização padrão, Fator de Normalização da Amoastra não está dentro da variação esperada.

• No Data – Normalização está habilitada, mas Qualidade do Tamanho é . • NO – Amostra não foi coletada com o padrão de tamanho de normalização.

• N/A – Amostra não foi coletada no Analisador Genético 3500 Dx ou 3500 xL Dx.

Para maiores informações, veja “Revisão dos Dados Normalizados” na página 117.

Nota: Se a qualidade de tamanho for , a normalização não é aplicada mesmo se o Fator de Normalização estiver dentro da variação esperada.

Qualidade do Tamanho

Nota: Se a qualidade de tamanho for , a normalização não é aplicada mesmo com fator de Normalização normal.

A qualidade do tamanho está na variação de suspeita ou falha.

Passe o cursor do mouse na marcação para mostrar o valor de Qualidade de Tamanho da Amostra. Veja o Capítulo 6, Gerenciar Biblioteca de Recursos.

3. Clique na marcação na tabela de amostras ou selecione amostras na tabela de amostras para mostrar os dados associados na Tela de Gráfico e Tela de Tabela de Tamanho.


4. (Opcional) Modifique a tela de amostra:

• Clique com o botão direito no campo de Tamanho Padrão para ver o tamanho padrão da amostra.

• Clique em Minimizar e Restaurar para fechar e expandir a tabela de amostras.

Revisão dos Dados Normalizados

IMPORTANTE! A seguinte informação não é para uso diagnóstico. Serve para propósitos de pesquisa apenas

A normalização é corrige as variações no instrumento, nos capilares e na injeção. Quando especificado no protoloco de análise primpário, o software calcula o fator de normalização para cada amostra. O fator de normalização é utilizado como um multiplicador para ajustar a altura do pico dos picos de amostras relativo aos picos de tamanho padrão do GS600 LIZ® V2.

Uma amostra é normalizada se for coletada com um padrão de tamanho de normalização (especificado no protoloco de análise primário [dados de tamanho ou QC] na avaliação).

Nota: Se a qualidade de tamanho for , a normalização não é aplicada mesmo se o Fator de Normalização estiver dentro da variação esperada. Assegure-se de que você utilize a normalização de tamanho padrão apropriada para a sua aplicação. Para maiores informações, veja a seção “Normalização dos Tamanhos Padrões Fornecidos” na página 201.

Como a normalização é

aplicada

Para normalizar, o software:

1. Determina se os dados foram coletados pelo Analisador 3500 Dx ou 3500 xL Dx.

2. Determina se a amostra foi coletada com arquivo de definição de normalização do padrão de tamanho (normalização está habilitada).

3. Se a normalização estiver habilitada, o software calcula o Fator de Normalização para a amostra utilizando fragmentos de múltiplos tamanhos padrão. O Fator de Normalização é calculado ao se dividir o Alvo de Normalização pelo altura média observada dos picos de fragmentos de tamanho padrão nas amostras.

4. Compara o Fator de Normalização da amostra aos limiares (configurados no protocolo do instrumento).

5. Se o Fator de Normalização calculado estiver dentro da variação normal do Fator de Normalização, multiplica-se a altura dos picos da amostra pelo Fator de Normalização calculado. Se o Fator de Normalização calculado estiver fora da variação do Fator de Normalização, múltipla a altura dos picos das amostras pelo limiar máximo ou mínimo do Fator de Normalização (por exemplo, se o Fator de Normalização variar entre 0.3 e 3.0 e o fator de normalização calculado é 5, o software aplica fator de normalização de 3.0).


6. Indica o estado de normalização da amostra na Coluna de Limite de Normalização na Tela de Amostras.

Revisão de Gráficos


1. Selecione as amostras de interesse na tabela de amostras.

2. Selecione os itens da barra de tarefas de gráfico para manipular o gráfico conforme necessário. Posicione o cursor do mouse sobre o botão para ver a descrição do mesmo.

IMPORTANTE! Se você viu primeiro uma amostra de 4 corantes, e depois uma amsotra de 5 corantes, você deve selecionar o 5º corante manualmente. O memso não é selecionado automaticamente quando você alterna para uma amostra de 5 corantes.

4. Aplicando configurações de escala aos gráficos:

Insira a variação para o eixo Y e eixo X, e então clique nos botões de Zoom.

IMPORTANTE! Você deve abrir as Configurações de Gráfico cada vez que você acessar a tela de Visualizar Resultados, e então clicar em Zoom. As configurações de escala não são automaticamente aplicadas quando você acessa esta tela, ou quando você clicar em Aplicar (Apply). Para aplicar aas configurações de escala a todas as amostras na tabela de amostras, selecione todas as amostras na tabela de amostras para mostra-las na tela de gráfico, especifique as configurações de escala, clique em Zoom, então clique em Página para Cima e Página para Baixo na janela de gráfico para ir de uma amostra a outra.

Se o botão estiver cinza, isso indica que a caixa de dialogo das configurações de gráfico está aberta. Cliqeu no ícone da barra de tarefas, e então selecione Configurações de Gráficos.


4. Exibir vários gráficos conforme necessário: nas Configurações de Plotagem mostrar guia, selecione

Checkerboard.

5. C l i q u e e m u m p i c o p a r a r o t u l a r ( p a r a r o t u l a r t o d o s o s p i c o s , ve r " Ro t u l a r P i c o s " n a p á g i n a 1 1 9 )

Zoom 1. Coloque o ponteiro do mouse sobre o topo da trama ou para a esquerda da trama no início da área que deseja ampliar, em seguida, clique para ativar o

ponteiro para .

2. Com o ainda acima da trama ou para a esquerda da trama, clique e arraste até o final da área que deseja ampliar. Não arraste para dentro da área da trama. Fazer

isso altera para que os volte para um ponteiro e não dê zoom como esperado.

Configurações de alteração de

trama

Clique em (Configurações de trama) na barra de ferramentas Plot View. Para obter informações sobre Configurações de Plotagem, clique em configurações das guias de plotagem.

Se o botão for cinza, indica que a trama de diálogo de configurações está aberta. Clique no ícone da barra de tarefa 3500, em seguida, selecione Configurações de Plotagemagem.

Amostras de sobreposição 1. Selecione amostras de Samples View para exibir as tramas.

2. Clique Sobrepor Todos. Quando Cores Combinadas for selecionado, o ponto de vista da trama mostra uma trama com todas as amostras e todos os corantes. Quando Cores Separadas é selecionado, a vista da trama mostra a trama por corante. Cada parcela de corante contém todas as amostras..

Etiquetar Picos 1. Selecione amostras de Samples View para exibir as tramas.

2. Clique em (Configurações de Plotagemagem) na barra de ferramentas de plotagem.

3. Na caixa de diálogo de configurações, selecione a guia Etiquetas.


4. Se você já tiver especificado as preferências padrão de rotulagem, em Opções de rotulagem::

a. Ativar Mostrar rótulos de

pico.

b. Clique Etiquetar Picos.

c. Clique em Aplicar.

IMPORTANTE!! Você deve abrir Configurações de Plotagemagem cada vez que você acessar a visualização da tela de resultados, então clique em Etiquetar Picos. As configurações de rotulagem não são aplicadas automaticamente quando você acessar essa tela, ou quando você clicar em Aplicar.

Se você não tiver especificado as configurações padrão de etiquetas:

a. Em Etiquetas para mostrar, selecionar os

rótulos necessários.

b. Em Opções de rotulagem:

– Ativar Show Peak Labels.

– Para identificar todos os picos com os rótulos selecionados, clique em rótulo de picos (certifique-se de que tudo está selecionado).

– Para identificar os picos selecionados, selecione a categoria a partir da lista Label Peaks (altura, área, tamanho), especifique o intervalo de etiqueta para a categoria selecionada (por exemplo, se você selecionar altura, especifique a faixa de altura dos picos a etiqueta), em seguida, clique Label Peaks.

–Ativar Manter os rótulos.

a. a. Clique em Salvar para Preferências para salvar essas configurações para uso futuro. Você pode alterar as preferências a qualquer momento.

b. Clique em aplicar.


Ver miniaturas Clique em Ver Miniaturas para exibir os traços das amostras selecionadas na vista, e as amostras dos corantes selecionado na exibição da trama.

Revisão do Dimensionamento

Não para uso em diagnostico.

IMPORTANTE!! O seguinte não é para uso em diagnóstico. É para utilização em investigação apenas.

A Tabela de Dimensionamento exibe todos os corantes para amostras de fragmentos.

Configuração de dimensionamento

1. Selecionar as amostras de interesse na tabela de amostras para exibir tramas.

2. Na tabela de dimensionamento, clique no botão Configurações, em seguida, especificar as colunas para mostrar ou esconder.

3. Filtre a tabela conforme necessário.

4. Clique duas vezes em cabeçalhos de coluna para classificar colunas. Classificação multi-coluna é suportada (ver "Classificar", na página 124).

5. Seleção de linhas na tabela de dimensionamento, clique em Label Selected Peaks..


Examine o tamanho padrão da trama

1. Na barra de ferramentas Plot View, desmarque todas as cores da tintura, exceto o tamanho, cor corante padrão (vermelho ou laranja).

2. Na tabela de dimensionamento, selecione os picos de tamanho padrão de interesse.

3. Clique Label Selected Peaks para rotular os picos de tamanho padrão no Plot View.

Nota: Se as etiquetas não são exibidas, clique em (Configurações de Plotagemagem) na barra de ferramentas Plot View, em seguida, selecione Mostrar nomes na guia Etiquetas. Clique em Salvar para Preferências para manter essa configuração.

4. Garantir que todos os picos do padrão de tamanho são presentes e corretamente rotulados.

Sobrepor a curva de dimensionamento

1 Clique em(Configurações de Plotagem) na barra de ferramentas Plot View.

2. Selecione Sobrepor Curva de Dimensionamento na guia Exibir.

Especificar re-injeções

Não para uso em diagnóstico

Antes da execução ser concluída, selecione uma amostra com suspeita ou bandeiras de falha, em seguida, clique em Re-inject.

Ver, imprimir, e salvar (.pdf) relatórios de qualidade de amostras

Não para uso em diagnostic.

1. Selecionar as amostras de interesse na tabela de amostras.

2. Clique em para ver os relatórios disponíveis para os traços e imprimir os relatórios que você deseja.

3. Selecione o tipo de relatório. Os relatórios são exibidos na Sizing Table View, na parte inferior da tela.

4. Modificar as configurações do relatório, conforme necessário.


5. Para imprimir o relatório, clique em Imprimir e, em seguida visualizar ou imprimir.

6. Para salvar o relatório eletronicamente (.pdf), imprimir o relatório e selecione CutePDF Writer como impressora.


7. Feche o relatório.

Opções de Relatório • Dimensionamento - Uma página por amostra selecionada que mostra a qualidade das faixas definidas no sizecalling, os valores de qualidade para a amostra, eo eletroferograma para a amostra. Trama de zoom não é retida no relatório..

• Sobrepor - Uma página para todas as amostras selecionadas, que mostra os corantes de tamanho padrão sobrepostas com as curvas de tamanho padrão..

• Placa - Uma página por placa para todas as amostras selecionadas, que mostra os traços delocalização em miniatura com um código de cores que refletem cabeçalhos de dimensionamento de qualidade. A trama de zoom não é retida no relatório..

Exportar resultados de dimensionamento



1. Define a tabela de dimensionamento, como descrito acima. Todas as linhas e colunas exibidas na tabela de dimensionamento são exportadas.

2. Clique Exportar Resultados.


Mais funções em Revisão de Resultados

Renomeando o Usuário

Nota: Alterações nos nomes de amostra são rastreadas somente se o seu sistema inclui o módulo SAE e auditoria estiver ativada em seu sistema..

1. Na coluna nome da amostra, selecione as amostras para mudar o nome, ou clique no cabeçalho da coluna Nome da Amostra para selecionar a coluna inteira.

2. Clique Renomear.

3. No campo de pesquisa, digite o nome da amostra a mudar.

4. No campo Renomear, digite o novo nome.

5. Clique em Procurar, clique em Renomear.

Classificar

Clique duas vezes em cabeçalhos de coluna para classificar. Classificação multi-coluna é suportada:

• Dê um duplo clique em um cabeçalho da coluna para classificar a coluna.

• Alt + Shift e clique em outro cabeçalho da coluna para classificar outra coluna.

• Alt + Shift e clique em um terceiro cabeçalho coluna para

classificar uma terceira coluna.

Modificar Dados de Sequenciamento

Modificar Dados de Sequenciamento

Para editar, modificar ou continuar a analisar dados de sequência, importar os arquivos de dados de exemplo para uma aplicação secundária de análise de software. tais como (para Sequenciamento) SeqScape ® Software v2.7 (ou superior), Variant Reporter ™ Software (v1.1 ou superior), e Análise de Sequência (SEQA) Software (v5.4 ou mais recente)

Modificar Dados de Análise de Fragmentos


Para editar, modificar ou continuar a analisar os dados da análise de fragmentos, importar os arquivos de dados de exemplo para uma aplicação secundária de análise de software, tais como (para análise de fragmento) GeneMapper ® Software v4.1 (ou posterior)

Calibragem e Verificação de Desempenho 5

Os procedimentos descritos neste documento são destinados para diagnóstico in vitro apenas.

IMPORTANTE!! Os sistemas Applied Biosystems 3500 Dx/3500xL Dx Genetic Analyzers exigem instrumentos e acessórios marcados para uso de diagnóstico in vitro. Acessórios não marcados para o diagnóstico in vitro não podem ser usados no 3500 Dx ou 3500xL Dx do analisador. Você só pode usar acessórios que tenham sido verificados para uso com 3500 Dx ou 3500xL Dx, e marcado para uso diagnóstico in vitro.

Nota: A informação de análise de fragmento é fornecida para uso em pesquisas, não para diagnóstico.

Calibração Espectral

Seção 1 Calibrar

Calibragem Espacial

O 3500 Dx Series Data Collection Software usa imagens recolhidas durante a calibragem espacial para estabelecer uma relação entre o sinal emitido por cada tubo capilar e da posição em que o sinal cai e é detectado pela câmara CCD.

Quando realizar a Calibragem Espacial

Realize uma calibração espacial depois de:

• Remover ou substituir a matriz capilar

• Abrir a porta do detector ou mover a célula de detecção

• Mover o instrumento

Realizando a Calibragem Espacial

IMPORTANTE!! Não abra a porta do instrumento durante uma calibragem espacial. Se o fizer, vai parar a execução e exigir que você reinicie o 3500 Dx Series Data Collection Software.

1. Acesse a tela de calibração espacial: Selecione Manutenção, em seguida, selecione Calibração espacial no painel de navegação.

Nota: A tela não apresenta resultados a menos que você já tenha realizado uma calibração espacial


2 3

4

2. Selecione Nenhum Preenchimento, ou selecione Preencher para preencher a

matriz de polímero antes de iniciar a calibração.

(Opcional) Selecione Executar Verificações QC se você quiser que o sistema verifique cada capilar contra a faixa especificada para o espaçamento e intensidade. Durante a calibração, o software calcula:

Atributo Cálculo Limiar

Altura media de pico

Soma de todas as

Alturas de pico

• 8-cap: 6400 RFU • 24-cap: 3000 RFU

Uniformidade (similaridade da altura de pico)

Desvio padrão

altura de pico média

0.2

Espaçamento Capilarspacing

max espaçamento – min espaçamento

2 pixels

3. Clique em Iniciar Calibração.

A tela atualiza os avanços de execução.

Se a média de qualquer um dos valores de QC excede o limite, uma mensagem de erro espacial QC é exibida.


Avaliando o Perfil da Calibragem Espacial

Quando a execução está completa::

1. Avaliar o perfil de calibração espacial para assegurar que você vê:

• Um pico afiado para cada capilar. Ombros pequenos são aceitáveis.

• Um marcador (+) no topo de cada pico. Sem marcadores off-Apex..

• Um perfil de mesmo pico (todos os picos sobre a mesma altura).

2. Se os resultados satisfazem os critérios acima, clique em aceitar os resultados. Se os resultados não cumprem os critérios acima, clique em Rejeitar resultados, em seguida, ir para "Solução de problemas de calibração espacial", na página 291..

Exemplo de Perfis Espaciais

8-capilar

24-capilares

Exportando os Resultados da Calibragem Espacial

To Exportando os Resultados da Calibragem Espacial:

1. Clique Export .

2. Insira um nome de arquivo para exportação.

3. Selecione o tipo de arquivo de exportação.

4. Clique Save


O arquivo de exportação contém os seguintes resultados:

• Número de capilares • Espaçador

• Posição (pixels) • Intensidade

Ver e imprimir o Relatório de Calibragem Espacial

Nota: Relatórios de calibragem espaciais e espectrais incluem a data na qual uma matriz capilar é instalada pela primeira vez no instrumento. Instalalação de relatórios padrão usam a data de instalação mais recente, se uma matriz capilar foi removida e reinstalada no aparelho.

1. Clique View Calibragem Espacial Report.

2. Na tela Report, Clique Em opções da barra de ferramentas para manipular o relatório como necessário.

Coloque o ponteiro do mouse sobre um item para uma descrição do item.

3. Para imprimir o relatório, Clique em Print .

4. Close the report.

Salvar o histórico de relatórios de calibragem (.pdf) para manutenção de registros

IMPORTANTE! Depois de realizar uma calibração, salvar o relatório de calibração

eletronicamente para fins de registro. O software não salva históricos de resultados da

calibração. Apenas o relatório mais recente é mantido no software.

1. Clique View Calibragem Espacial Report.

2. Clique Print .

3. Na caixa de diálogo da impressora, selecione CutePDF Writer como impressora.

4. Especifique o nome e local do relatório.


Calibragem Espectral

IMPORTANTE! A calibragem espectral para uso diagnóstico in vitro requer o diagnóstico in vitro marcado BigDye ® Terminator v3.1 de sequenciamento padrão.

A calibragem espectral cria uma matriz de convolução, que compensa a sobreposição de corantes (reduz dados em bruto a partir do instrumento) em 4-corante, 5-corante, 6-corante, ou de dados armazenados em cada arquivo AnyDye de amostra.

Quando realizar a Calibragem Espectral

Realizando a Calibragem Espectral para cada conjunto de corante / tipo de polímero que você usará:

• Sequenciamento de conjunto de corante / tipo de polímero

Realize a calibragem espectral quando:

• Usar um conjunto de corante que você não tenha previamente calibrado • Mudar a matriz capilar • Mudar o tipo de polímero • Tiver um técnico para realizar um procedimento de serviço óptico, tal como o realinhamento ou substituição da câmara CCD ou laser ou espelhos no instrumento • Ver uma diminuição na separação espectral (pull-up/pull-down em picos) nos dados brutos ou analisados

Nota: Se você estiver usando o sequenciamento padrão v3.1 ou v1.1 sequenciamento

padrão e deseja executar uma verificação de desempenho de uma calibração espectral,

você pode pular este processo, e executar a Verificação de Desempenho de

Sequenciamento. Se você selecionar Manter Dados de Calibração espectrais na

verificação de desempenho, o software é executado para uma calibração espectral

para o conjunto de corante E ou Z durante uma verificação de sequenciamento e

permite que você salve os dados de calibração espectrais. Para mais informações,

consulte "Executar o sequenciamento de instalação de verificação padrão de

desempenho", na página 149.


Vezes estimadas de execução

Padrão Tipo de Polímero

Duração (min.)

Padrão de sequenciamento POP-7 < 40

POP-6 < 135

Use apenas para pesquisas.

Padrão Tipo de Polímero

Duração (min.)

Padrão de matriz Qualquer ≤ 30

Prepare-se para a calibração espectral


1. Se você não tiver feito isso, execute uma calibração espacial (ver "calibração espacial").

2. No Dashboard, verificar o estado dos consumíveis ("Verificação do status de

consumíveis"). Garantir que

• Consumíveis não estão vencidos • injeções adequadas permanecem para consumíveis

3. Assegurar que os níveis de tampão estão nas linhas de enchimento ("Verificar os

níveis de tampão de preenchimento"). 4. Regule a temperatura do forno, em seguida, clique em Start Pre-heat:

• 60 ° C - POP-7 ™ polímero • 50 ° C - POP-6 ™ polímero

Pré-aqueça o forno e detecção de célula, enquanto você se prepara para uma execução (temperatura da célula de detecção é definida pelo software). Pré-aquecimento ajuda a mitigar efeitos sutis da primeira migração. A função de pré-aquecimento desliga automaticamente após 2 horas Life Technologies recomenda que você pré-aqueça o forno por pelo menos 30 minutos antes de começar uma execução, se o instrumento estiver frio.

5. Verifique a montagem da bomba por bolhas e execute o assistente de remoção de

bolha, se necessário (ver "Remova as bolhas da bomba de polímero".


Prepare a placa de calibração padrão

IMPORTANTE! Não use placas deformadas ou danificadas.

1. Preparar o padrão de calibração, tal como descrito na inserção do produto padrão. Veja o Apêndice A, Aplicação de Reagentes e executar Módulos para números de peça padrão.

Conjunto de corantes

Padrão

Z BigDye ® Terminator (BDT) v3.1 Sequenciamento padrão

Lista de conjuntos de corante e padrões utilizados para PESQUISA

Conjunto de corantes

Padrão

E BigDye ® Terminator (BDT) v1.1 Sequenciamento padrão ‡

E BigDye ® Terminator (BDT) v1.1 Matrix Padrão

Z BigDye ® Terminator (BDT) v3.1 Matrix Padrão

F DS-32 Matrix Padrão

E5 DS-02 Matrix Padrão

G5 DS-33 Matrix Padrão ‡ Código do Produto: 4404312.Para mais detalhes consulte o folheto do produto (4404319)

2. Carregar os padrões em posição de injeção 1 na placa de calibragem espectral:

IMPORTANTE! Você não cria uma placa para a calibração. O software utiliza posições pré-determinadas para a calibração. Você não pode especificar a localização padrão na placa. Se você não colocar padrões de calibração nas posições indicadas, a calibração falhará.

8-capilar 96-placa

A1 a H1

24 capilar 96-placa

A1 a H1, A2 a H2, e A3 a H3

24 capilar 384-placa Nota: placas de 38 não são suportadas em instrumentos 8-capilares.

As colunas 1, 3 e 5 em filas A, C, E, G, I, K, M, O

• 96 - Suporta placa de 96 poços de reação padrão. Tubos de 8suportadas com retentores apropriados. • 96-Fast Tube- Suporta placa de 96 poços de reação. Tubos de 8suportados com retentores

3. Centrifugar brevemente a placa que contém

os padrões.

4. Verificar se cada amostra é posicionada corretamente no fundo do seu poço.

IMPORTANTE! Se os reagentes de qualquer bem contiverem bolhas ou não estiverem localizados no fundoplaca centrifugar brevemente, remover o prato da centrífuga, e verificar que cada amostra está corretamente posicionada no fundo do seu poço.

5. Armazenar a placa em gelo até se preparar o conjunto da placa e a placa de carga do

instrumento.

Preparar a montagem

da placa

IMPORTANTE! Preparar a placa de montagem em superfície limpa e nivelada. Não aqueça placas que são selados com septos

1. Alinhar os orifícios na tira de septos com as cavidades da placa, em seguida, pressionar firmemente para baixo sobre a placa.

2. Colocar a placa da amostra para dentro da base da placa.

IMPORTANTE! Certifique-se de usar a base correta para placa placas padrão versus 8 tubos de faixas e placas rápidas. Utilizando a base placa errada pode afetar o desempenho.

3. Encaixar a placa de retenção (tampa) sobre a placa, septos e base de placa.

4. Verificar se os furos da placa de fixação e a tira de septos estão alinhados. Se não alinhados, remontar e

IMPORTANTE! As dicas de matriz serão danificadas se o retentor da placa e buracos dos septos tira não se alinham corretamente.


Suporta placa de 96 poços de reação padrão. Tubos de 8-tiras padrão também são suportadas com retentores apropriados.

Suporta placa de 96 poços de reação. Tubos de 8-tiras também são suportados com retentores apropriados.

Centrifugar brevemente a placa que contém

Verificar se cada amostra é posicionada corretamente no fundo do seu poço.

Se os reagentes de qualquer bem contiverem bolhas ou não estiverem localizados no fundo do poço, a placa centrifugar brevemente, remover o prato da centrífuga, e verificar que cada amostra está corretamente posicionada no fundo do

Armazenar a placa em gelo até se preparar o conjunto da placa e a placa de carga do

IMPORTANTE! Preparar a placa de montagem em superfície limpa e nivelada. Não aqueça placas que são selados com septos

Alinhar os orifícios na tira de septos com as cavidades da placa, em seguida, pressionar firmemente para

Retentor de placa

Colocar a placa da amostra para Placa com septos tira

se de usar a base correta para placa placas padrão versus 8 tubos de faixas e placas rápidas.

ndo a base placa errada pode afetar

Base da Placa

Encaixar a placa de retenção (tampa) sobre a placa, septos e base de placa.

Verificar se os furos da placa de fixação e a tira de septos estão alinhados. Se não alinhados, remontar e montar o conjunto da placa.


Amostra encontra

fundo do poço


tiras padrão também são

tiras também são

prato da centrífuga, e verificar que cada amostra está corretamente posicionada no fundo do


IMPORTANTE! Preparar a placa de montagem em superfície limpa e nivelada. Não aqueça

Retentor de placa

Placa com septos tira

Base da Placa


Verificar se os furos da placa de fixação e a tira de septos estão alinhados. Se não

IMPORTANTE! As dicas de matriz serão danificadas se o retentor da placa e buracos dos

Amostra encontra-se no

fundo do poço

Calibração Spectral

Colocação da placa no instrumento

1. Coloque a placa no amostrador automático com as etiquetas frontais (ou a porta do instrumento) e o canto chanfrado da placa no canto cortado do amostrador automático.

2. Feche a porta do instrumento reinicializar o instrumento.

Realize uma calibração espectral IMPORTANTE! Não altere as configurações de assinatura eletrônica

durante uma calibração espectral.

IMPORTANTE! Se você alterar o tipo de polímero, calibrações espectrais para o tipo de polímero original não são mantidas.

1. Acesse a tela de calibração espectral: Selecione Manutenção, em seguida, selecione Calibração Espectral no painel de navegação.

Nota: A tela não apresenta resultados até que você execute uma calibração espectral. Para ver os dados de calibração anteriores, clique em Exibir histórico.


2. Selecionar o número de poços na placa de calibração espectral e especificar a localização da placa no instrumento.

Nota: Você não cria uma chapa para a calibração. O software utiliza posições pré-determinadas para a calibração. Você não pode especificar a localização padrão na placa.

3. Selecione o padrão de química e do conjunto de corante para o qual você está executando a calibração.

Nota: Se a lista de corante estiver vazia, garantir que o seu instrumento é configurado com um tipo de polímero compatível e comprimento capilar para o padrão de química selecionado.

IMPORTANTE! Para calibrar um conjunto personalizado usando AnyDye, primeiro criar o conjunto de corante (veja "Criar um conjunto de novo corante" na página 198), em seguida, selecione o nome do corante personalizado definido a partir da lista de conjunto de corantes. A seleção AnyDye na lista do Conjunto de corante contém as configurações padrão. Se não corresponder ao corante define personalizado criado com o modelo AnyDye do corante do conjunto.


4. (Opcional) Selecione Allow Borrowing. Selecionar esta opção instrui o software a substituir automaticamente informações de falha capilares com informações de uma passagem adjacente capilar com o valor mais alto de qualidade. Para mais informações, consulte "O que se vê durante uma calibração espectral" na página 141.

5. Clique em Start Run. Ocorrerá o seguinte:

• O sistema define três injeções (ver "O que se vê durante uma calibração espectral" na página 141 para obter informações sobre o número de injeções realizadas).

• Os dados de Execução capilares atualizações após cada injeção ser completada.

• As atualizações de status durante Run 1.

IMPORTANTE! A barra de status não é atualizada durante Run 2 ou Run 3.

• Capilares aprovados ou reprovados são mostrados em verde e vermelho, respectivamente. Capilares emprestados são mostrados em amarelo com uma seta indicando o capilar adjacente a partir do qual os resultados foram emprestados.

Para apresentar o resultado de cada capilar (dados espectrais, qualidade, valor e número de condição) abaixo da tabela de resultados de execução, clique em um capilar na tabela.

Nota: Os resultados exibidos ao clicar em um capilar emprestado são os resultados aprovados emprestados do capilar adjacente. Para determinar o motivo da falha de um capilar, ver o relatório de calibração espectral. "Visualizar e imprimir um relatório de calibração espectral" na página 146

Para todas as injeções de calibração espectrais (mesmo capilares que são verdes na linha geral), avaliar os dados, conforme descrito na próxima seção.


Valores de qualidade espectral e números

de condição

Valor de qualidade espectral Um valor de qualidade espectral reflete a confiança de que os sinais de emissão de corante individuais podem ser separados a partir do sinal medido, em geral de fluorescência. É uma medida da consistência entre a matriz final, e os dados a partir dos quais foi calculado. Um valor de qualidade de 1,0 indica alta consistência, proporcionando uma matriz ideal sem picos pull-up/pull-down detectados. Em casos raros, um valor de alta qualidade pode ser computado para uma matriz pobre. Isto pode acontecer se o padrão de matriz contém artefatos, que conduzem à criação de um ou mais picos extras. O pico extra faz com que o pico verdadeiro do corante deva ser dispensado pelo algoritmo, e pode levar a um valor de maior qualidade do que seria calculado com o pico correto. Portanto, é importante inspecionar visualmente o perfil espectral de calibração para cada capilar (ver "Avaliar os dados de calibração espectral" na página 140).

Número de condição Um número de condição indica que a quantidade de sobreposição entre os picos de corante nos espectros de emissão de fluorescência dos corantes no conjunto de corante. Se não houver uma sobreposição de um conjunto de corante, o número de condição é de 1,0 (condições ideais), o valor mais baixo possível. O número de condição aumenta com o aumento da sobreposição de pico. As faixas que o software utiliza para determinar se um tubo capilar passa ou falha são:

Conjunto de corante Valor mínimo de qualidade Número máximo de condição

Z 0.95 5.5

Para a pesquisa, os intervalos que o software usa para determinar se um capilar é aprovado ou reprovado são:

Conjunto de corante

Valor mínimo de qualidade Número máximo de condição

E 0.95 5.5

E5 0,95 6,0

F 0,95 8,5

G5 0,95 13,5

J6 0,95 8,0

AnyDye 0,8 (padrão) 20,0 (padrão)

Seção 1 Calibração

Avaliar os dados de calibração espectrais

IMPORTANTE! Não aceite uma calibração espectral até você examinar os dados para todos os capilares.

Quando uma calibração espectral é concluída com êxito, a linha geral exibe resultados verdes, vermelhos, ou amarelos. Para cada capilar: 1. Clique um capilar para exibir os dados espectrais em bruto e de um

tubo capilar.

2. Verificar que os dados satisfazem os seguintes critérios:

Atributo Critério de aceitação Exemplo

Ordem dos picos no perfil espectral da esquerda para a direita

• 4-corante: azul-verde-amarelo-vermelho • 5-corante: azul-verde-amarelo-vermelho-laranja

Ordem dos picos no perfil de dados brutos da esquerda para a direita

• Sequenciamento (matriz padrão apenas): - 4-corante: vermelho-amarelo-azul-verde

• A análise do fragmento:

- 4-corante: vermelho-amarelo-verde-azul - 5-corante: laranja-vermelho-amarelo-verde-azul

Picos estranhos nos dados crus de perfil

Nenhum Nota: O perfil pode incluir picos E5 estranhos no exterior da região do pico de matriz que pode ser ignorado.



Morfologia de pico no perfil espectral

• Não se sobrepõe brutas, mergulhos, ou outras irregularidades.

• Picos separados e distintos

Nota: Os perfis de G5 (mostrado à direita), F, e J6 podem não ser tão suaves como os perfis para os outros conjuntos de corantes (mostrados acima) devido ao efeito de binning variável (uma característica que reduz a variação de sinal entre os corantes de diferentes eficiências fluorescentes).

3. Conforme necessário, aumentar os vestígios do perfil espectral para determinar se

os dados satisfazem os critérios:

a. Colocar o ponteiro acima da parte superior da trama para a esquerda ou da trama, no início da área que pretende aumentar, então clique para

girar o ponteiro .

b. Com o ainda acima da parcela ou para a esquerda da trama, clique e arraste até o final da

área que você quer dar o zoom. Não arraste a dentro da área do lote. Se o fizer, as alterações de volta para um ponteiro e

não zoom como esperado.

Você também pode clicar em botões de zoom e encaixar para ampliar. 4. Se os dados para todos os capilares cumprem os critérios acima, clique em aceitar

os resultados. 5. Se todos os dados capilares não cumprem os critérios acima, clique em Rejeitar

resultados, em seguida, vá para "resolução de problemas de calibração espectral".

O que se vê durante uma calibração espectral A calibração espectral configura automaticamente três injeções. O número de injecções realizadas depende: • Do número de capilares que passam ou falham durante uma injeção • Se você selecionar a opção Permitir Empréstimos

Nota: A primeira vez que você realizar uma calibração espectral (para cada conjunto de corante) após a instalação de uma nova matriz capilar, você pode perceber picos suspenso (ou picos de imagem no espelho). Embora o funcionamento esteja em curso, estes picos de pull-down eventualmente são corrigidos. Uma vez que a execução é completada o electroferograma, os picos de pull-down desaparecem.


Compartilhamento de informação capilar

A calibração espectral pode compartilhar informações capilares: • Entre as injeções - Se um capilar em uma injeção não cumprir o valor de qualidade espectral e

limites de condição de número mostrados na página 139, o software utiliza automaticamente a

informação de que capilar em uma injeção diferente. • Dentro de uma injeção - Se um capilar em uma injeção não cumprir o valor de qualidade espectral

e número de condição de limites mostrados na página 139 e a opção Permitir empréstimo é

selecionada, o software também pode usar a informação de um capilar para a esquerda ou para a direita de que capilar, se os valores são maiores do que aqueles para que capilar numa injeção diferente.

Calibração espectral com empréstimo

desativado

Quando Empréstimos está desativado, todos os capilares devem passar (conhecer o valor da qualidade espectral e limites de número de condição) para a calibração de passar

Injeção 1

• O software avalia o valor da qualidade e número de condição de todos capilares. • Se todos passam capilares, a calibração está completa, e injeções de 2 e 3 não são

executadas. • Se qualquer falha capilares, a injeção de 2 é realizada.

Injeção 2 • O software avalia o valor de qualidade para cada capilar através injeções 1 e 2 e usa as informações provenientes do capilar com a Valor da mais alta qualidade.

• Se todos os capilares passar agora, a calibração é completa e injeção de 3 não é realizada.

• Se o capilar mesma falha em ambos injeção 1 e 2, a injeção 3 é realizada.

Injeção 3

• O software avalia o valor de qualidade para cada capilar através injecções de 1, 2, e 3, e a informação a partir do capilar com a Valor da mais alta qualidade.

• Se todos os capilares passar agora, a calibração passa. • Se o capilar mesmo falhar na injecção de 1, 2, ou 3, a calibração falhar.

Calibração espectral com Empréstimo

Habilitado

Quando empréstimo é ativado, todos os capilares têm de passar (conhecer o valor da qualidade espectral e limites de número de condição), dentro dos limites de endividamento: • 8-capilares instrumentos - Um evento empréstimo adjacente-capilar permitido • 24 capilares instrumentos - até três eventos ao lado-capilares empréstimos

permitidos (número de eventos permitidos empréstimos pode ser diminuído em Preferências).

Injeção 1

• O software avalia o valor de qualidade e número de condição de todos os capilares.

• Se todos passam capilares, a calibração está completa, e injeções de 2 e 3 não são executadas.

• Se qualquer falha capilares, o software toma emprestado de um capilar adjacente.

• Se, após empréstimo,> 1 ou> 3 falhas capilares, a injeção de 2 é realizada.

Injeção 2 • O software avalia os valores de qualidade entre capilares adjacentes em injeção 2 e para cada capilar através injeções 1 e 2 e as informações com o maior valor de qualidade para cada capilar.

• Se passar toda capilares, a calibração estiver completa e injecção 3 não é realizada.

• Se, após empréstimo,> 1 ou> 3 capilares da injeção de 1 ou 2 não passar, injecção 3 é realizada.


Injeção 3

• O software avalia os valores de qualidade entre capilares adjacentes em injeção 3 e para cada capilar através injeções 1, 2, e 3, então a informação com o valor mais alto de qualidade para cada capilar.

• Se todos os capilares passar agora, a calibração passa. • Se, após empréstimo,> 1 ou> 3 capilares a partir da injeção 1, 2, ou 3

não passar, a calibração falhar.

Exemplo de dados espectrais de calibração Conjunto Z de corantes

para sequenciamento padrão


Conjunto E de corantes para

sequenciamento padrão

Conjunto de corantes G5 a

partir do conjunto padrão Não para uso em diagnóstico de Matriz DS-33


Conjunto de corantes E5 a partir do conjunto padrão de Matriz DS-02

Exportar resultados da calibração espectral

Para exportar os resultados de calibração espectrais: 1. Clique em Exportar resultados de calibração espectrais. 2. Especifique um nome de arquivo de exportação e localização. 3. Clique em Salvar.

O arquivo de exportação contém os seguintes resultados: • Número Capilar • Valor da Qualidade • Número de condição • Altura Pico • Número de Scan • Razão da falha • Emprestado de capilar • Execução da Injeção


Visualizar e imprimir um relatório de calibração espectral

Nota: Relatórios de calibração espacial e espectral incluem a data na qual uma matriz capilar é instalada pela primeira vez no instrumento. Relatórios de instalação padrão usam a data de instalação mais recente, se uma matriz capilar foi removida e reinstalada no aparelho.

1. Clique em Exibir Relatório de Calibração Espectral.

2. Na tela Relatório, clique em Opções da barra de ferramentas para manipular o

relatório como necessário. Coloque o ponteiro do mouse sobre um item para uma descrição do item.

3. Para imprimir o relatório, clique em Imprimir. 4. Feche o relatório.


Salvar relatórios de calibração históricos (.pdf) para fins de registro

IMPORTANTE! Depois de realizar uma calibração, salve o relatório de calibração eletronicamente para manutenção de registros. O software não salva os resultados de calibração históricos. Apenas a calibração espectral mais recente para cada conjunto de corante é mantido no software.

1. Clique em Exibir Relatório de Calibração Espectral. 2. Clique em Imprimir. 3. Na caixa de diálogo da impressora, selecione CutePDF Writer como

impressora. 4. Especifique um nome e local para o relatório.

Ver o histórico de calibração espectral

Selecione Exibir Histórico, em seguida, selecione um conjunto de corante para visualizar o histórico de calibração associado.

Execute a verificação do padrão de desempenho de sequenciamento de instalação

Seção 2 - Verificação de desempenho

A verificação de desempenho permite que você periodicamente autoverifique o sistema de instrumentos usando o padrão Life Technologies.

Execute a verificação do padrão de desempenho do sequenciamento de instalação

Quando executar IMPORTANTE! O diagnóstico sequencial in vitro de instalação de verificação padrão de desempenho requer o diagnóstico in vitro marcado BigDye ® Terminator v3.1 sequenciamento padrão.

Quando o instrumento está instalado, o engenheiro de serviço executa um padrão de sequenciamento de instalação para verificação de desempenho padrão. Life Technologies recomenda que você execute o sequenciamento mensalmente para verificar se o instrumento atende às especificações de comprimento ler. A verificação de desempenho tem uma opção para incluir e salvar a calibração espectral. Se você selecionar esta opção e você aceitar o sequenciamento, você não precisa executar a calibração espectral (descrito em "calibração espectral" na página 132) para conjunto Z de corante. Você ainda precisa executar calibrações espectrais para outros conjuntos de corantes. A verificação de desempenho é aplicação-específica. Se você vai executar aplicações gerais de sequenciamento com o POP-7 ™ polímero e com o POP-6 ™ polímero, instalar o polímero apropriado e executar verificações de desempenho distintas.

Vezes estimadas de execução

Sequenciamento geral - 45 minutos

Seção 2 Verificação de desempenho

Preparo para verificação de desempenho padrão do sequenciamento de instalação

Preparar o instrumento 1. No Dashboard, verificar o estado dos consumíveis ("Verificação do status de consumíveis"). Garantir que • Consumíveis não estão vencidos

• injeções adequadas permanecem para consumíveis

2. Assegurar que os níveis de tampão estão nas linhas de enchimento

("Verificar os níveis de tampão de preenchimento").

3. Para sequenciamento geral POP-7 polímero, pré-aqueça o forno a 60°C Pré-

aqueça o forno e detecção de célula, enquanto você se prepara para uma execução (temperatura da célula de detecção é definida pelo software). Pré-aquecimento ajuda a mitigar efeitos sutis da primeira migração. A função de pré-aquecimento desliga automaticamente após 2 horas Life Technologies recomenda que você pré-aqueça o forno por pelo menos 30 minutos antes de começar uma execução, se o instrumento estiver frio.

4. Verifique a montagem da bomba por bolhas e execute o assistente de

remoção de bolha, se necessário (ver "Remova as bolhas da bomba de polímero").

Prepare a placa de instalação padrão



Aplicação Padrão

Sequenciamento geral (Pop 7 polymar, 50-cm capilar)

Z BigDye ® Terminator (BDT) v3.1 padrão

2. Carregar os padrões em posição de injeção 1 na placa de calibragem espectral:


8-capilar 96-placa

A1 a H1

24 capilar 96-placa

A1 a H1, A2 a H2, e A3 a H3


24 capilar 384-placa Nota: placas de 38 não são suportadas eminstrumentos 8-capilares.

• 96 - Suporta placa de 96 poços de reaç

são suportadas com retentores apropriados.• 96-Fast Tube-

suportados com retentores apropriados.

3. Centrifugar brevemente a placa que contém os p

4. Verificar se cada amostra é posicionada corretamente no fundo do seu poço.

IMPORTANTE! Se os reagentes de qualquer bem contiverem bolhas ou não estiverem localizados no fundo do poço, a placa centrifugar brevemente, remover o prato da cecorretamente posicionada no fundo do seu poço.


instrumento.

Preparar a montagem da

placa

IMPORTANTE! Preparar a placa de que são selados com septos.



IMPORTANTE! Certifiquea base correta para placa placas padrão versus 8 tubos deplacas rápidas. Utilizando a base placa errada pode afetar o desempenho.

3. Encaixar a placa de retenção (tampa) sobre a placa, se

Nota: placas de 38 não são suportadas em


Suporta placa de 96 poços de reação padrão. Tubos de 8-tiras padrão também são suportadas com retentores apropriados.

Suporta placa de 96 poços de reação. Tubos de 8-suportados com retentores apropriados.

Centrifugar brevemente a placa que contém os padrões.


! Se os reagentes de qualquer bem contiverem bolhas ou não estiverem localizados no fundo do poço, a placa centrifugar brevemente, remover o prato da centrífuga, e verificar que cada amostra está corretamente posicionada no fundo do seu poço.


IMPORTANTE! Preparar a placa de montagem em superfície limpa e nivelada. Não aqueça placas que são selados com septos.

Alinhar os orifícios na tira de septos com as cavidades da placa, em seguida, pressionar firmemente para baixo sobre a

Colocar a placa da amostra para a base da placa.

Certifique-se de usar a base correta para placa placas padrão versus 8 tubos de faixas e placas rápidas. Utilizando a base placa errada pode afetar o


tiras padrão também

-tiras também são

bem contiverem bolhas ou não estiverem localizados no fundo do poço, a placa centrifugar ntrífuga, e verificar que cada amostra está


montagem em superfície limpa e nivelada. Não aqueça placas

ptos e base de placa.

Amostra encontra-se no

fundo do poço

Retentor de placa

Placa com septos

tira

Base da Placa


4. Verificar se os furos da placa de fixação e a tira de septos estão alinhados. Se não

alinhados, remontar e montar o conjunto da placa.




2. Feche a porta do instrumento reinicializar o

instrumento.

Execute o sequenciamento de instalação de verificação de padrão de desempenho

1. Acesse a tela padrão de sequenciamento de instalação (Figura 9 na página 153): Selecione Manutenção, em seguida, selecione Sequencing Install Standard no painel de navegação.

2. Selecione o tipo de química:

Sequenciamento Geral.

3. Selecione o tipo de placa e a posição da placa no instrumento.

Nota: Você não cria um prato para a verificação de desempenho. O software usa posições pré-determinadas para a execução. Você não pode especificar a localização padrão na placa.


Figura 9 Tela de Sequenciamento de Instalação Padrão

4. (Opcional) Se você ainda não executou uma calibração espectral, selecione Manter dados spectrais de calibração para salvar a sequência de execução de instalação padrão (se passar) como uma calibração espectral. Geral Sequenciamento com BDTv3.1 instalação padrão e POP-7 ™ polímero gera um corante Z definir calibração espectral.

Nota: O registro de calibração espectral só será salvo se a opção Mantenha Calibração espectral de dados estiver marcada na tela. Se você decidir desmarcar a opção, crie uma calibração em separado a partir do menu Manutenção.

5. Clique em Iniciar, Executar.

IMPORTANTE! Não aceite um padrão de execução de sequenciamento de instalação até examinar os dados.


O que se vê durante uma execução

O sistema realiza uma execução, em seguida, avalia:

• Os dados espectrais, se você especificou para manter os dados espectrais • Os dados da sequência

Os Dados de Execução Capilares (Figura 10 na página 154) atualizados após a execução é completado:

• O estado de calibração espectral é exibido na primeira linha da tabela de resultados

de execução. Capilares aprovados e recusados no longo desempenho são mostrados em verde e vermelho, respectivamente, para os critérios de CRL. Capilares emprestados (espectral apenas) são mostrados em amarelo com uma seta indicando o capilar adjacente a partir do qual os resultados foram emprestados. O resultado espectral para cada capilar é exibido abaixo da tabela de resultados de execução.

Nota: Ao clicar será exibido os capilares emprestados, não falhou, de dados. Para obter informações sobre o porquê de um capilar ter falhado, procure no Relatório de Sequenciamento detalhado da instalação padrão.

• O status d sequenciamento padrão é exibido na terceira linha da tabela de

resultados de execução (CRL aprovação / reprovação).

• Valor a qualidade e o número de Condição para cada capilar é exibida abaixo da tabela.

Figura 10 Sequenciamento de instalação padrão - dados capilares


Como o software determina a aprovação ou reprovação de capilares para a calibração espectral

O software avalia o valor de qualidade e número de condição para cada capilar (para mais informações, consulte "Valores qualidade espectral e números de condição".

Empréstimo é automaticamente ativado: 1 caso de empréstimo é permitido para instrumentos de 8-capilares, até 3 eventos de financiamento para 24 capilares instrumentos. Para mais informações, consulte "compartilhamento de informações capilar". O número de eventos de empréstimo pode ser diminuído - ver "preferências do utilizador".

Limiares utilizados pelo software de passa / falha são:

As faixas que o software utiliza para determinar se um tubo capilar passa ou falha são:


Z 0.95 5.5

Para a pesquisa use apenas.


E 0.95 5.5

Como o software determina a aprovação e reprovação de capilares para sequenciamento de verificação de desempenho

O software calcula o comprimento de leitura Contígua para cada capilar. Capilares que estão abaixo do limiar de falha. Os demais resultados que o software exibe são apenas para informação.


Comprimento de leitura contígua (CRL)

O maior segmento ininterrupto de bases com um valor de qualidade média (QV) ≥ 20. Além de avaliar a QV de uma chamada, o software considera a QV de bases adjacentes dentro de uma tolerância de ± 20 pb média móvel para determinar um comprimento de leitura contígua com base nos valores de qualidade: o software inicia a partir da extremidade 5 ', e calcula o QV média através de um tamanho de janela de 20 em movimento, deslizando um bp de cada vez, com a extremidade 3 '.A resultante maior segmento contíguo é determinado como a CRL.

CRL passa / falha • Geral sequenciamento - Capilares com uma CRL ≤ 500 pb falham.

Apenas a título informativo - Com base no alinhamento da sequência de amostras de base chamado com

a referência conhecido da instalação de sequenciação padrão.

CRL Precisão pares de base

A precisão CRL é determinada por comparação de pares de bases entre a amostra de base de chamada e a sequência de referência conhecida para o padrão de instalação dentro da região contígua leitura comprimento calculado (tal como descrito na definição acima de CRL).

Comprimento de leitura

O comprimento de leitura (em bases) em que a precisão de vocação base é ≥ 98,5%. O valor do comprimento de leitura para esta informação é derivada de precisão Basecall, não de valor de qualidade.



Pares de bases de precisão (Precisão de Leitura Comprimento)

A Precisão das pares de base é determinada por comparação de pares de bases entre a amostra e a sequência de referência conhecida para o padrão de instalação na gama de comprimento de leitura (ver as definições de pontuação, na parte superior da tela para a gama de comprimento de leitura) com ≥ precisão de 98,5% na sequência de chamada, quando comparado com a sequência de referência).

CRL Mediana e desvio SD Desvios médio e padrão para todos os capilares.

Avaliar dados de sequenciamento da instalação padrão

Quando uma sequência de execução de instalação padrão é concluída com sucesso, o CRL Passou / Falhou exibe resultados verde ou vermelho. Para cada capilar: 1. Clique em um capilar para exibir os perfis espectrais e crus de dados para um capilar. 2. Verificar se os dados satisfazem os seguintes critérios:


Ordem dos picos no perfil espectral (pixel vs intensidade) da esquerda para a direita

4-corantes: azul-verde-amarelo-vermelho

Picos estranhos no perfil de dados brutos (intensidade vs scan)

Nenhum Nenhum

Morfologia do pico no perfil espectral (intensidade vs pixel)

• Nenhuma sobreposição brutas, mergulhos, ou outras irregularidades. • Picos separados e distintos • Ápices de Pico são separados e distintos (as caudas se sobrepõem)

3. (Opcional) Comente a precisão CRL para determinar as discrepâncias da sequencia de referência:. Para a sequenciação Geral, o intervalo é de 40-539 pb. Se você observar grandes discrepâncias (por exemplo, 5 a 10 bases contíguas erroneamente chamadas no meio de uma sequência), reveja os dados. Se vir um pico de dados brutos maior do que os picos adjacentes com base puxe em todos os canais 4 de corantes de cor, podendo indicar a presença de uma bolha. Verifique a bomba, execute o assistente de remoção de bolhas (ver "Remova as bolhas da bomba de polímero", na página 272), em seguida, repetir a execução, conforme necessário. 4. Se os dados para todos os capilares cumprirem os critérios acima, clique em aceitar os resultados. 5. Se os dados para o número desejado de capilares não satisfazem os critérios acima (7 capilares para instrumentos 8-capilares capilares, 21 para 24 capilares) Instrumentos:

a. (Opcional) Se você deseja gerar um relatório para a calibração da falha, clique em Ver Relatório Resumido ou Ver Relatório detalhado antes de clicar em rejeitar resultados. Para salvar o relatório eletronicamente, selecione CutePDF como a impressora.


b. Clique rejeitar resultados. Para obter informações de resolução de problemas, consulte "Solução de problemas de sequenciamento de instalação padrão".

IMPORTANTE! Se você rejeitar os resultados, a calibração espectral não é salvo.

Exemplos de resultados de sequenciamento de instalação padrão

Ver padrões de execução de sequenciamento de instalação anteriores

Selecione Exibir Histórico, em seguida, selecione uma instalação padrão para visualizar as informações de calibração associadas.


Visualizar e imprimir um relatório de instalação de sequenciamento padrão

IMPORTANTE! Garantir que todos os corantes são selecionados antes de visualizar o relatório. O relatório poderá conter dados incompletos se todos os corantes não forem selecionadas.

Observe o seguinte:

• Instale relatórios padrão incluem a data de instalação mais recente, se uma matriz

capilar foi removida, em seguida, reinstalada no aparelho. Relatórios de calibração espacial e espectral incluir a data em que a matriz capilar é instalado no instrumento para a primeira vez.

• A classificação na tela de instalação padrão não é aplicada para o relatório.

• Você pode gerar um relatório para um padrão de instalação falha e executar antes

de clicar em rejeitar resultados. 1. Clique em Exibir Relatório Resumido ou Ver Relatório Detalhado. 2. Na tela Relatório, clique em Opções da barra de ferramentas para manipular o

relatório como necessário. Coloque o ponteiro do mouse sobre um item para uma descrição do item.

3. Para imprimir o relatório, clique em Imprimir. 4. Para salvar o relatório eletronicamente (.pdf), imprimir o relatório e selecione

CutePDF Writer como impressora.



Salvar relatórios de desempenho histórico de cheques (.pdf) para fins de registro

IMPORTANTE! Depois de realizar uma verificação de desempenho, salvar o relatório de verificação de desempenho para fins de registro eletronicamente. O software não salvar os resultados de calibração históricos. Apenas a calibração mais recente espectral para cada conjunto de corante é mantida no software.

1. Clique em Exibir Relatório Resumido ou Ver Relatório Detalhado. 2. Clique em Imprimir. 3. Na caixa de diálogo da impressora, selecione CutePDF Writer como impressora. 4. Especifique um nome e local para o relatório.


Executar a análise do fragmento de instalação de verificação de desempenho padrão

IMPORTANTE! O seguinte não é para uso em diagnóstico. É para utilização em investigação apenas.

Quando executar

Quando o instrumento está instalado, o engenheiro de serviço executa uma análise de fragmentos de instalação de verificação de desempenho padrão de instalação. A Life Technologies recomenda que você execute o fragmento de instalação padrão de desempenho cheque mensal para verificar se o instrumento está em conformidade com a precisão da análise fragmento de dimensionamento, dimensionamento, alcance e especificações de altura de pico.

IMPORTANTE! A verificação de desempenho é de aplicação específica. Se você alterar o comprimento do polímero e capilar, você deve executar uma verificação de desempenho novamente.

Tempo estimado de execução 30 minutos Prepare-se para instalar o fragmento de verificação de desempenho padrão



1. Se você não tiver feito isso, execute uma calibração espacial (ver "calibração espacial". 2. No Dashboard, verificar o estado dos consumíveis ("Verificação do status de

consumíveis"). Garantir que: • Consumíveis não estão vencidos • injeções adequadas permanecem para consumíveis 3. Assegurar que os níveis de fluido estão nas linhas de enchimento ("Verificar os níveis

de tampão de preenchimento". 4. Definir a temperatura do forno para 60 ° C, em seguida, clique Start Pre-heat.

Pré-aqueça o forno e detecção de célula, enquanto você se prepara para uma execução (temperatura da célula de detecção é definida pelo software). Pré-aquecimento ajuda a mitigar efeitos sutis da primeira migração. A função de pré-aquecimento desliga automaticamente após 2 horas.

Life Technologies recomenda que você pré-aqueça o forno por pelo menos 30 minutos antes de começar uma execução, se o instrumento estiver frio.


5. Verifique a montagem da bomba por bolhas e execute o assistente de remoção de

bolha, se necessário (ver "Remova as bolhas da bomba de polímero").

Prepare a placa de instalação

padrão



Aplicação Padrão de Instalação

Análise de fragmentos (G5 conjunto corante, POP-7 ™ polímero, 50 cm capilar)

GeneScan ™ Instalação padrão DS-33

2. Carregar os padrões em posição de injeção 1 na placa


8-capilar 96-placa

A1 a H1

24 capilar 96-placa

A1 a H1, A2 a H2, e A3 a H3

24 capilar 384-placa Nota: placas de 384 não são suportadas em instrumentos 8-capilares.


3. Centrifugar brevemente a placa que contém os padrões.


4. Verificar se cada amostra é posicionada

corretamente no fundo do seu poço.

IMPORTANTE! Se os reagentes de qualquer bem contiverem bolhas ou não estiverem localizados no fundo do poço, a placa centrifugar brevemente, remover o prato da centrífuga, e verificar que cada amostra está corretamente posicionada no fundo do seu poço.


instrumento.

Preparar a montagem da placa

IMPORTANTE! Preparar a placa de montagem em superfície limpa e nivelada. Não aqueça placas que são selados com septos.

1. Alinhar os orifícios na tira de septos

com as cavidades da placa, em seguida, pressionar fipara baixo sobre a placa.



IMPORTANTE! Certifiquea base correta para placa placas padrão versus 8 tubos de placas rápidas. Utilizando a base placa errada pode afetar o desempenho.


5. Verificar se os furos alinhados, remontar e montar o conjunto da placa.



Se os reagentes de qualquer bem contiverem bolhas ou não estiverem

lizados no fundo do poço, a placa centrifugar brevemente, remover o prato da centrífuga, e verificar que cada amostra está corretamente posicionada no fundo do seu


Preparar a placa de montagem em superfície limpa e nivelada. Não aqueça placas que são selados com septos.

Alinhar os orifícios na tira de septos com as cavidades da placa, em seguida, pressionar firmemente para baixo sobre a placa.

Alinhar os orifícios na tira de septos com as cavidades da placa, em seguida, pressionar firmemente para baixo sobre a placa.

Colocar a placa da amostra para dentro da base da placa.

Certifique-se de usar base correta para placa placas

padrão versus 8 tubos de faixas e placas rápidas. Utilizando a base placa errada pode afetar o


Verificar se os furos da placa de fixação e a tira de septos estão alinhados. Se não alinhados, remontar e montar o conjunto da placa.

As dicas de matriz serão danificadas se o retentor da placa e buracos dos septos tira não se alinham corretamente.

lizados no fundo do poço, a placa centrifugar brevemente, remover o prato da centrífuga, e verificar que cada amostra está corretamente posicionada no fundo do seu


Preparar a placa de montagem em superfície limpa e nivelada. Não aqueça


da placa de fixação e a tira de septos estão alinhados. Se não

As dicas de matriz serão danificadas se o retentor da placa e

Retentor de placa Placa com septos tira Base da Placa




2. Feche a porta do instrumento reinicializar o instrumento.

Executar a análise de fragmento de instalação de verificação de desempenho padrão

IMPORTANTE! O seguinte não é para uso em diagnóstico. Apenas para pesquisas.

1. Acesse o Fragmento de instalação padrão na tela padrão: selecione Manutenção, em seguida, selecione Fragment Install Standard no painel de navegação.

2. Selecione o tipo de placa e a posição da placa no

instrumento.

Nota: Você não cria um prato para a verificação de desempenho. O software usa posições pré-determinadas para a execução. Você não pode especificar a localização padrão na placa.

3. Clique em Iniciar Execução.


O que se vê durante uma execução


O sistema executa uma execução e indica o número de alelos observados e picos de tamanho padrão. Os dados de Execução de capilares exibem atualizações após a execução completa. O número de tamanho padrão observado e picos de alelos são mostrados. Os resultados de cada alelo são mostrados na parte inferior da tela na tabela Informações Executar.

Número de picos por capilar Plotagem e informações de tamanho / altura de alelo para o capilar selecionado Resultados dos alelos para todos os capilares


Como o software determina a aprovação e reprovação dos capilares para a verificação de desempenho do fragmento

IMPORTANTE! O seguinte não é para uso em diagnóstico. É para utilização em pesquisas apenas.

O software avalia picos nos dados de cada capilar. Para ser identificado como um alelo possível, os picos devem estar dentro das seguintes faixas (tamanho do alelo nominal, ou o tamanho binário de referência, é codificado):

• Todos os marcadores ± 0,7 pb de tamanho nominal para o alelo

Para todos os picos que estão dentro da gama de tamanho nominal, o software calcula a média da altura dos picos e a precisão de dimensionamento. Picos que atingem os limiares abaixo passam.

Resultado Descrição Limiar

Altura Média do Pico A média de altura de picos para pico de alelos observados dos capilares incluídos.

Fragmento:> 175 RFU

Precisão dos tamanhos Desvios padrão dos fragmentos alélicos observados.

≤ 0,15 para os alelos esperados

Passa / Falha Alelos com uma precisão de dimensionamento e altura média de pico que não atendam aos limites de falha. Nota: Verifique os dados para os alelos que falham, como descrito abaixo.


Apenas para informação

Tamanho Nominal Tamanho de pico de fragmento alélico esperado (bp).

Principal A média de tamanho do fragmento médio para os picos de alelos observados.

Altura de pico % > Min Percentagem mínima de picos de alelos observados com uma altura de pico acima do limiar mínimo

Exatidão de tamanho Diferença entre o tamanho do alelo e o tamanho médio de alelo.


Avaliar dados padrão de instalação do fragmento


1. Analisar o número de picos de padrão de tamanho e de alelos encontrados para

cada capilar.

Previsão

Observado

1. Se o número esperado de alelos e picos de tamanho padrão são encontrados, clique

Aceitar os resultados. Se o número esperado de alelos e picos de tamanho padrão não são encontrados, solucionar isso como descrito abaixo.

Solução de problemas 1. Clique em um capilar com menos do que o número esperado de picos para exibir

informações detalhadas para cada alelo na tabela abaixo de plotagem.

2. Clique duas vezes na coluna Tamanho para classificar os resultados e identificar os alelos que não foram encontrados. Um valor do tamanho "0" indica que o alelo cai fora da janela do tamanho esperado (tamanho nominal ± 0,7 bp).

3. Solucionar problemas de falha de dados:

a. Analisar a instalação dos arquivos de dados padrão em seu software de análise

secundário (GeneMapper® Software v4.1 ou mais recente; GeneMapper® ID-X Software Software v1.2 ou mais recente usando Identifiler® kit de painéis e lixeiras).

b. Avaliar os dados de falhas e examinar os alelos não encontrados pelo 3500 Dx

Series Data Collection Software..

c. Se os alelos estão devidamente incluídos no software de análise secundário, você pode:

- Desmarcar a marcar seleção por capilar. - Clicar em Recalcular. - Aceitar os resultados da instalação padrão. Se os alelos não são devidamente incluídos:


- (Opcional) Clique em Ver Relatório detalhado para salvar um registro da

execução falha. Para salvar o relatório eletronicamente (.pdf), e imprimir o relatório selecione CutePDF Writer como impressora. Para mais informações, consulte "Salvar relatórios de histórico de avaliação de desempenho (.pdf) para manutenção de registros".

- Clique em rejeitar resultados. - Execute novamente a instalação padrão para determinar se o problema pode

ser causado por preparação de amostras, uma injeção pobre, um problema de capilar, ou um problema no sistema (que pode exigir manutenção de instrumentos). Para maiores informações, veja o Apêndice B, Solução de problemas.

Exemplos de resultados de instalação padrão de fragmentos


Ver padrões de instalação de execução anteriores

Selecione Exibir Histórico, em seguida, selecione uma instalação padrão para visualizar as informações de calibração associadas.


Visualizar e imprimir um relatório de fragmento de instalação detalhado padrão


IMPORTANTE! Garantir que todos os corantes são selecionados antes de visualizar o relatório. O relatório conterá dados incompletos se todos os corantes não forem selecionados.

Observe o seguinte:

• Instalação de relatórios padrão inclui os dados de instalação mais recentes, se uma matriz

capilar foi removida, em seguida, reinstalada no aparelho. Relatórios de calibração espacial e espectral incluem a data em que a matriz capilar é instalada no instrumento pela primeira vez.

• A classificação na tela de instalação padrão não é aplicada para o relatório. • Para gerar um relatório para uma execução instalação padrão, você deve fazer isso antes de

clicar em rejeitar resultados.

1. Clique em Exibir Relatório detalhado.

2. Na tela Relatório, clique em Opções da barra de ferramentas para manipular o relatório como necessário. Coloque o ponteiro do mouse sobre um item para uma descrição do item.

3. Para imprimir o relatório, clique em Imprimir.



Salvar histórico de relatórios de desempenho (.pdf) para fins de registro

IMPORTANTE! Depois de realizar uma verificação de desempenho, salvar o relatório de verificação de desempenho para fins de registro eletronicamente. O software não salva os históricos de resultados de calibração. Apenas a calibração mais recente espectral para cada conjunto de corante é mantida no software

1. Clique em Exibir Relatório detalhado. 2. Clique em Imprimir. 3. Na caixa de diálogo da impressora, selecione CutePDF Writer como impressora. 4. Especifique um nome e local para o relatório.

Gerenciar os Recursos da Biblioteca 6

Os procedimentos descritos neste documento são destinados para diagnóstico in vitro (IVD) apenas.

IMPORTANTE! Os sistemas Applied Biosystems 3500 Dx/3500xL Dx Genetic Analyzers exigem instrumentos e acessórios marcados para uso de diagnóstico in vitro. Acessórios não marcados para o diagnóstico in vitro não podem ser usados no 3500 Dx ou 3500xL Dx do analisador. Você só pode usar acessórios que tenham sido verificados para uso com 3500 Dx ou 3500xL Dx, e marcado para uso diagnóstico in vitro

Nota: As informações de análise de fragmentos são fornecidas para fins de pesquisa, não de diagnóstico.

Capitulo 6 Gerenciar os recursos da biblioteca

Visão geral das bibliotecas

O fluxo de trabalho da biblioteca contém as telas onde você administra ensaios, protocolos e outros itens que você usa para adquirir e processar dados.

O fluxo de trabalho da Biblioteca contém:

• Os itens que você seleciona quando você configura uma execução:

- Placas (fornecidas pela Life Technologies) - Ensaios - Convenções de nomes de arquivos opcionais - Grupos de resultados opcionais

• Os itens que você seleciona quando você cria um ensaio:

- Protocolos de Instrumento - Principais protocolos de análise - Basecalling (sequenciação) - Principais protocolos de análise – Sizecalling (análise de fragmento)

• Itens que você seleciona quando cria protocolos de instrumento

- Conjuntos de corantes - Padrões de tamanho

Fornecidos de fábrica, modelos e itens bloqueados

As bibliotecas do 3500 Dx Series Data Collection Software incluem itens de fábrica, desde que são otimizados para aplicações diferentes (por exemplo, os protocolos de instrumentos com módulos de execução e os protocolos específicos de análise primária com configurações específicas). Você pode usar os itens fornecidos pela fábrica diretamente.

Se os itens fornecidos pela fábrica não se adequam às suas necessidades, você pode modificar os itens de fábrica prestados, ou criar novos itens.

As entradas na biblioteca podem ser marcadas com os seguintes símbolos:

• Fornecidos pela fábrica. Não podem ser editados ou apagados. Fornece

ensaios IVD marcados e modelos de placas. Ligue para o seu representante Life Technologies se você planeja designar seus ensaios como um ensaio IVD marcado.

• Fornecidos pela fábrica. Não podem ser editados ou apagados. • Modelo. • Bloqueado. Se o seu sistema inclui o módulo SAE, pode ser desbloqueado e

modificado apenas pelo usuário que a criou, o administrador, ou outro usuário com permissões de desbloqueio. Para mais informações, consulte o Capítulo 7, "Funções de Segurança de Uso, Auditoria, e E-Sig (SAE Module)".


Procedimentos gerais de biblioteca

Bibliotecas de acesso

Selecione Biblioteca na barra de menu para acessar o fluxo de trabalho da biblioteca.

O fluxo de trabalho da Biblioteca contém as telas onde você administra ensaios, protocolos e outros itens que você usa para adquirir e processar dados.

O fluxo de trabalho da Biblioteca contém:

• Os itens que você selecionar quando

você configurar para uma execução: placas, ensaios, convenções nome do arquivo, e grupos de resultados.

• Os itens que você selecionar quando

você cria um ensaio:

- Protocolos de Instrumento - Principais protocolos de análise - Basecalling (sequenciação) - Principais protocolos de análise - sizecalling (análise de fragmento)

• Os itens que você selecionar quando você criar protocolos sizecalling

instrumento: - Conjuntos de corante - Padrões de tamanho

Você pode clicar em Fluxo de trabalho principal, ou selecione Dashboard ou qualquer outro item de menu a qualquer momento para avançar a partir do fluxo de trabalho da biblioteca.


Criar uma nova entrada de uma fábrica-modelo fornecido, ou a entrada bloqueada

IMPORTANTE! A auditoria de um item depende se ele é criado diretamente da biblioteca ou de dentro de outro item (por exemplo, você pode criar um ensaio diretamente da biblioteca, ou dentro de uma placa na tela de atribuição de conteúdo). Para mais informações sobre a auditoria, consulte "Rever o histórico de auditoria".

1. Selecione a entrada fornecida de fábrica na biblioteca. 2. Clique em Duplicar. O software cria uma "cópia" do item que duplicado. 3. Selecione a opção "Copiar de" item, clique em Editar. 4. Digite um nome para o item. 5. Modificar os parâmetros conforme necessário (consulte a seção apropriada de

informações). 6. Clique em Salvar.

Excluir uma entrada de biblioteca

IMPORTANTE! A auditoria de um item depende se ele é criado diretamente da biblioteca ou de dentro de outro item (por exemplo, você pode criar um ensaio diretamente da biblioteca, ou dentro de uma placa na tela de atribuição de conteúdo). Para mais informações sobre a auditoria, consulte "Rever o histórico de auditoria".

Nota: Você não pode excluir ** ou ** itens fornecidos de fábrica.

Selecione um item, clique em Excluir.

Eliminar uma entrada de biblioteca não afeta os itens existentes que contenham a entrada. (Quando você seleciona um item para incluir em um item de nível superior, uma cópia desse item está incluída no item de nível superior. Por exemplo, quando se seleciona um protocolo de instrumento para incluir em um ensaio, uma cópia do protocolo de instrumento está incluída no ensaio. Se você excluir o protocolo de instrumento, a cópia do protocolo de instrumento no ensaio permanece intacta.)

Para obter informações sobre como os itens excluídos são rastreados em auditoria, consulte "ação de Auditoria".

Procedimentos Gerais de Biblioteca

Editar uma entrada de biblioteca

IMPORTANTE! A auditoria de um item depende se ele é editado diretamente da biblioteca ou de dentro de outro item (por exemplo, você pode editar um ensaio diretamente da biblioteca, ou dentro de uma placa nar tela Designar Conteúdo de Placa). Para mais informações sobre a auditoria, consulte "Rever o histórico de auditoria".

1. Selecione um item, clique em Editar.

2. Modificar os parâmetros conforme necessário.

3. Clique em Salvar.

Importar e exportar uma entrada de biblioteca

Você pode importar e exportar arquivos .xml para uso com outros instrumentos de análise 3500 Dx ou 3500xL Dx:

• Importar - Clique em Importar, selecione o arquivo .xml para importação. Se todos os itens do arquivo de importação existem na biblioteca, o software exibe uma mensagem e lhe dá a opção de substituir ou ignorar o item.

• Exportar - Selecione uma ou mais entradas, em seguida, clique em Exportar, em seguida, especifique um local para o arquivo de exportação. Para selecionar múltiplas entradas, clique Shift para selecionar entradas contíguas, clique Ctrl para selecionar entradas não contíguas.

Ver histórico de auditoria e de assinatura eletrônica para as entradas de biblioteca

Nota: Um administrador também pode visualizar históricos de auditoria e de assinatura eletrônica, o módulo SAE. Para mais informações, consulte o Capítulo 7, "Funções de Segurança, Auditoria, e E Sig (SAE Module)".

Para visualizar o histórico de auditoria ou de assinatura eletrônica para uma entrada de biblioteca:

1. Selecione o item na biblioteca.

2. Clique em Exibir histórico de Auditoria ou Ver Histórico de Assinatura Eletrônica (ativo somente se o item selecionado é habilitado para e-SIG).

Nota: Itens fornecidos pela fábrica não listam a data de criação do histórico de auditoria. Se você duplicar um desses itens, o novo item conterá um histórico de auditoria, que começa com a data de duplicação listada como a data de criação.

3. Para mais informações, consulte "Exibir históricos de auditoria".


Ordenar, filtrar e pesquisar entradas de biblioteca

Classificação Clique duas vezes em coluna para classificar. Multicolunas de classificação são permitidas:

• Dê um duplo clique em um cabeçalho da coluna para classificar a coluna. • Alt + Shift e clique em outro cabeçalho da coluna para classificar outra

coluna. • Alt + Shift e clique em um terceiro cabeçalho para classificar uma terceira

coluna. Números nos cabeçalhos de coluna refletem a ordem de classificação.

Filtrar

Você pode selecionar um tipo de aplicação a partir da lista de filtro para exibir apenas as placas para o aplicativo selecionado.

Pesquisar

Em cada biblioteca, você pode selecionar uma categoria para pesquisa, digitar o texto a pesquisar. A lista de categorias corresponde aos cabeçalhos de coluna em cada biblioteca. Clique em Ir para pesquisar. Clique em Limpar para remover os critérios de pesquisa.

Personalize uma tabela da biblioteca Clique no botão Configurações de mesa, em seguida, especificar as colunas para mostrar ou esconder. Clique em: • Aplicar - Para usar as

configurações para esta sessão. • Salvar em Preferências – Para

salvar para uso futuro por todos os usuários. Se o seu sistema inclui o módulo SAE, preferências são salvas para o usuário logado.

• Restaurar Padrões - Para restaurar as configurações padrão de fábrica.

Biblioteca de placas

Biblioteca de placas

A biblioteca de placas contém todas as placas que foram salvas no software (placas que foram executadas e placas que ainda não foram executadas).

Visão geral da placa

Definição placa Uma placa associa atributos de amostra (de informações de amostra e análise de

informações) com uma posição. Uma placa define como as amostras são analisadas durante a eletroforese capilar e como os arquivos de amostra são nomeados e armazenados após a análise.

Quando você cria uma placa, você especifica:

• Tipo de placa (sequenciamento) • Não é para uso em diagnóstico. Tipo de placa (fragmento, mista) • Número de poços, o comprimento capilar e tipo de polímero

Quando você configura uma placa para uma execução, você adiciona ensaios, convenções de nome opcional de arquivos e grupos opcionais de resultados para poços na placa. Se adicionar estes itens a partir da biblioteca, uma cópia dos itens é adicionada à placa, e pode ser modificada de forma independente a partir dos itens originais armazenados na biblioteca. Para obter informações sobre como as alterações são controladas se a auditoria estiver habilitada, consulte "Ação de Auditoria".

Modelos de placa A biblioteca inclui modelos de placas que são otimizados para aplicações diferentes

(por exemplo, placas definidas com o polímero e o comprimento capilar) que você pode usar para criar novas placas.

Criar uma nova placa


1. Acessar a biblioteca de Placas.

2. Clique em Criar.

O software passa para o fluxo de trabalho principal e exibe a tela Definir Propriedades de Placa (Figura 11 na página 178).

Nota: Você também pode acessar a tela de definição das propriedades de placa a partir do Dashboard e a tela de Atribuição de Propriedades de Placa.


3. Para criar uma nova placa, especifique as

configurações (Tabela 8). Para criar uma nova placa baseada em uma placa existente, clique em Nova Placa, em seguida, selecione uma opção. Selecione uma placa, clique em Abrir, em seguida, especifique as configurações.

Para obter informações sobre outras opções de criação da nova placa, veja:

• "Criar uma placa a partir de um modelo".

• "Criar uma placa para importar" (para criação de nova placa a partir da opção de Arquivo de Formato Padrão)

4. Selecione a opção Salvar.

Figura 11 Definir propriedades de Placa Tabela 8 Definir Propriedades de Placa


Detalhes placa

Nome da placa. Os nomes devem ser únicos.

Número de poços • 96 poços - para o padrão de placas de 96 poços - 96 - Suporta placa de 96 poços de reação padrão. Tubos de 8-tira padrão também são suportados com retentores apropriados. • Tubo de 96 Fast - Para placas de 96 poços Fast e tubos 8-tira - 96 - Fast Tube - Suporta 96-poços Fast de reação. 8-tira tubos também são suportados com retentores apropriados. • 384 poços - 384 poços

Tipo de placa • Sequenciamento • Análise de fragmento • Misto (Seq + Frag)

Comprimento capilar e polímero Comprimento capilar e do tipo de polímero, com o qual a placa será usado

Proprietário, código de barras, descrição (opcional)

Entradas de texto opcionais Você pode usar essas entradas para procurar placas na biblioteca de placas e nos diários de execução (Ferramentas – Ver registros).

Biblioteca de Ensaios

Biblioteca de Ensaios

Visão geral de ensaios

Um ensaio contém o protocolo de instrumento (conjunto de corante e configuração de execução) e protocolo de análise primária necessária para coletar dados e Basecall ou sizecall de uma amostra. Ensaios, Convenções de nome do arquivo, e Grupos de Resultados já podem ser listados no modelo da placa quando você cria uma placa de um modelo.

Nota: Se nenhum ensaio estiver na lista, adicione pelo menos um ensaio.

IMPORTANTE! Utilize ensaios de diagnóstico in vitro pretendidos para sistemas de análise 3500 Dx ou 3500xL Dx.

Um ensaio contém:

• Um ou mais protocolos de instrumentos adequados para a amostra de

conjunto de tipo / corante para a qual o ensaio será usado • Um protocolo de análise primária que depende da sua aplicação:

- Sequenciamento - protocolo de Basecalling - Fragmento - protocolo Sizecalling

Os ensaios são exigidos para todos os tipos de aplicação. Você deve atribuir um ensaio para todos os poços de exemplo incluídos em uma placa antes de ligar uma placa e executá-lo.

Quando você cria um teste, você adiciona um ou mais protocolos de instrumento e um protocolo de análise primária. Se adicionar estes itens a partir da biblioteca, uma cópia dos itens é adicionada ao ensaio, e pode ser modificada de forma independente a partir dos itens originais armazenados na biblioteca. Para obter informações sobre como as alterações são controladas se a auditoria estiver habilitada, consulte "ação de Auditoria".


Criar um novo ensaio Não para uso em diagnóstico


Para a pesquisa use apenas, se ensaios fornecido de fábrica não atenderem às suas necessidades, você pode criar novos testes.

Nota: Você é responsável pela validação de ensaios e de conformidade com os requisitos regulatórios que dizem respeito aos seus procedimentos e uso de instrumentos.

1. Acesse a biblioteca de ensaios.

2. Clique em Criar.

Nota: Você também pode criar um ensaio da tela Atribuir Conteúdo de Placa.

3. Na caixa de diálogo Criar Novo Ensaios, selecione um tipo de aplicação: Sequenciamento, Fragmento. A tela muda dependendo do tipo de aplicação que você selecionar (Figura 12 mostra a tela de sequenciamento).

4. Especifique as configurações (ver Tabela 9).

Biblioteca de ensaios

5. Salve o ensaio:

• Se você está criando o ensaio da Biblioteca, clique em Salvar. • Se você está criando o ensaio da tela de Atribuição de Conteúdo de Placa,

clique

Aplicar à Placa ou Salvar na biblioteca.

Figura 12 Criar novo ensaio - sequenciamento - as mudanças de área destacadas com base no tipo de aplicativo

Tabela 9 Configurações de ensaio


Nome do ensaio Nome do ensaio. Os nomes devem ser únicos.

Bloqueado Quando ativado, permite a entrada a ser desbloqueada e modificada apenas pelo usuário que a criou, o administrador, ou outro usuário com permissões de desbloqueio. Útil quando o sistema inclui o módulo SAE (descrito no Capítulo 7, "Funções de Segurança de Uso, Auditoria, e E-Sig (SAE Module)".

Cor Código de cores para o ensaio quando ele é exibido na tela Atribuição de Conteúdo de Placa (se a Cor do Ensaio é selecionada para a mostra em poços).

Biblioteca de ensaios

Tabela 9 – Configurações de ensaio (continuação)


Tipo de Aplicação • Sequenciamento • Análise de fragmentos

Você deseja atribuir protocolos de instrumentos múltiplos para este ensaio?

Quando você selecionar Sim, permite que você selecione ou crie protocolos de instrumentos adicionais para o ensaio. O software cria uma injeção para cada protocolo de instrumentos especificada num ensaio.

Protocolo de Instrumento

Protocolo de Instrumento para coleta de dados. Para obter informações, consulte "Biblioteca de protocolo de instrumento".

Sequenciamento

• Protocolo de Basecalling

Protocolo para análise primária (basecalling e corte) e de determinação de qualidade. Para obter informações, consulte a "Biblioteca de protocolos de Basecalling” (análise primária - sequenciamento)".

Fragmento

• Protocolo de Sizecalling

Protocolo para análise primária (detecção de pico e dimensionamento) e determinação de qualidade. Para obter informações, consulte a "Biblioteca de protocolos de Sizecalling (análise primária - fragmento)".

Biblioteca de nomes de arquivos

Biblioteca de nomes de arquivos

Visão geral de nome de arquivo

A Convenção Nome do arquivo (FNC) especifica a convenção de nomenclatura para arquivos de dados de amostra. Ela é um componente opcional de uma placa.

Se você não especificar uma convenção de nome de arquivo, arquivos de dados são nomeados neste formato:

<sample name> _ <well>

A extensão do arquivo é determinada pela aplicação que você executar:

• Sequenciamento - .ab1 (você também pode definir preferências para exportar

formatos de arquivo adicionais. Consulte "Definir preferências de sequenciamento", na página 59.)

• Análise de fragmentos - .fsa

Nota: A localização do arquivo especificado em uma convenção de nome do arquivo é usada somente se um grupo de resultados não é especificado para um poço.

Quando você configura uma placa para uma execução, você pode opcionalmente adicionar convenções de nome de arquivo para a chapa. Se adicionar o item da biblioteca, uma cópia do item é adicionada à placa, e pode ser modificada de forma independente a partir do item original armazenado na biblioteca. Para obter informações sobre como as alterações são controladas se a auditoria estiver habilitada, consulte "Ação de Auditoria".

Criar uma convenção de novo nome de arquivo

Se as convenções fornecidas de fábrica convenções não atenderem às suas necessidades, você pode criar convenções de novo nome de arquivo:

1. Acesse a Biblioteca de Convenções de

Nome de Arquivo.

2. Clique em Criar.

Nota: Você também pode criar uma convenção de nome de arquivo da tela Atribuição de Conteúdo de Placa.


3. No caixa de diálogo Criar Novas Convenções de Nome de Arquivo (Figura 13), selecione os atributos e os delimitadores (ver Tabela 10).

Conforme você selecionar atributos, o software exibe uma pré-visualização do nome do arquivo.

4. Para adicionar os delimitadores entre os itens da lista de Atributos Selecionados:

a. clique Ctrl ou Shift para selecionar dois ou mais atributos.

b. Selecione um delimitador.

c. Selecione Adicionar entre atributos na caixa de seleção.

d. Clique em Adicionar.

5. Salve a convenção do nome do arquivo:

• Se você estiver criando a convenção de nome de arquivo da Biblioteca, clique em

Salvar. • Se você está criando o ensaio da Tela de Atribuição de Conteúdo, clique Aplicar a

Placa ou Salvar na Biblioteca.

Convenção de nome de arquivos da biblioteca

Figura 13 Criar Convenção de Novo Nome de Arquivo


Tabela 10 Configurações de Convenções de Nome de Arquivo


Nome Nome da convenção. Os nomes devem ser únicos.


Cor Código de cores para a convenção do nome do arquivo quando ele é exibido na tela Conteúdo Atribuir Plate (se o arquivo Cor Convenção Nome é selecionado para a mostra em poços).

Visualização de nome Interativamente exibe os atributos que você selecionar.

Atributos disponíveis • Nome Amplicon (Personalizar Informações de amostra em sequenciamento de ensaios) • Nome do Protocolo de Análise - (primário análise de protocolo) • Nome de Ensaio • Número Capilar • Campos de texto (até 3) • Data de Execução • Número de Injeção • Nome do Instrumento • Protocolo de Instrumento • Nome do proprietário (proprietário da placa) • Nome da Placa

• Tipo de polímero • Nome da execução • Tipo de amostra • Nome da amostra (Personalizar amostra de Informações no seqüenciamento ensaios) • Tempo de execução (tempo de funcionamento de início) • Integer Selo exclusivo do Tempo - (seqüência numérica em milissegundos, que não correspondem ao tempo atual) • Campos definidos pelo usuário (até 5; especificado no Atribuir Conteúdo Plate, ver página 73) • Nome de Usuário (disponível apenas quando a segurança é habilitado no módulo SAE) • Posição do poço

IMPORTANTE! O comprimento máximo permitido de um nome de arquivo, incluindo o caminho, é de 240 caracteres. O software avisa se as suas seleções possivelmente irá exceder o máximo, mas permite que você salve a convenção nome do arquivo. No entanto, você vai ver um pré-seleção de erro de validação quando você começar uma execução, se o nome do arquivo vai ultrapassar 240 caracteres.

Símbolos delimitadores Símbolos que você pode incluir no nome do arquivo: Traço (-), Ponto (.), sublinhado (_), Mais (+), dólar ($).

Personalizar Texto Texto para exibir para os campos de atributos personalizados de texto.

Local do arquivo O local do arquivo na convenção do nome do arquivo é usado somente se nenhum grupo de resultados é especificado para um poço Os resultados de localização do arquivo de grupo substitui o Nome do arquivo no local de arquivo

Biblioteca de Grupo de Resultado


Visão geral do grupo de resultados

Um grupo de resultados é usado para nomear, classificar e personalizar as pastas em que os arquivos de dados de amostra são armazenados. Ela é um componente opcional de uma placa.

Nota: A localização do arquivo especificado em um grupo de resultados substitui o local do arquivo na convenção de nome do arquivo especificado para um poço.

Quando você configurar uma placa para uma execução, você pode, opcionalmente, adicionar grupos de resultados de poços na placa. Se adicionar o item da biblioteca, uma cópia do item é adicionada à placa, e pode ser modificada de forma independente a partir do item original armazenada na biblioteca. Para obter informações sobre como as alterações são controladas se a auditoria estiver habilitada, consulte "Ação de Auditoria" na página 230.

Criar um grupo de novos resultados

Se os grupos de fábrica oferecidos não atenderem às suas necessidades, você pode criar novos grupos de resultados:

1. Acessar a Biblioteca de

Resultados.

2. Clique em Criar.

Nota: Você também pode criar um grupo de resultados da Tela de Atribuição de Conteúdo.


3. Na caixa de diálogo Criar Grupo de Resultados (Figura 14), selecionar atributos e os delimitadores (ver Tabela 11).

Conforme você selecionar atributos, o software exibe uma pré-visualização do nome do grupo de resultados.

4. Para adicionar os delimitadores entre os itens da lista de Atributos Selecionados:

a. clique Ctrl ou Shift para selecionar dois ou mais atributos. b. Selecione um delimitador. c. Selecione Adicionar entre atributos da caixa de seleção. d. Clique em Adicionar.

5. Salvar o grupo de resultados:

• Se você está criando o grupo de resultados da Biblioteca, clique em Salvar. • Se você está criando o grupo de resultados da Tela de Atribuição de Conteúdo,

clique em Aplicar para Placa ou Salvar na biblioteca.

Os resultados substituem o Nome do arquivo local de arquivo Convenção.


Figura 14 Criar Novo Grupo de Resultados

Grupo de Resulto da Biblioteca

Tabela 11 Configurações do grupo de resultados


Nome Nome do grupo de resultados. Os nomes devem ser únicos. O Nome do grupo de resultados é um atributo obrigatório, você não pode remover esse atributo na lista de atributos selecionados.


Cor Código de cores para a convenção do nome do arquivo quando ele é exibido na tela Conteúdo Atribuir Plate (se o arquivo Cor Convenção Nome é selecionado para a mostra em poços).

Visualização de nome Interativamente exibe os atributos que você selecionar.

Atributos disponíveis • Nome do grupo de resultados (obrigatório) • Nome Ensaio • Número de Injeção • Nome do IP (protocolo de instrumento) • Registrado em Nome de Usuário (disponível apenas quando a segurança estiver ativada no SAE Módulo

• PA Protocolo Nome (análise primária) • Nome da Placa • Prefixo • Início Instrumento Executar data / hora • Sufixo

Delimitadores

Símbolos que você pode incluir no nome do arquivo: Traço (-), Ponto (.), sublinhado (_), Mais (+), dólar ($).

Texto de Prefixo / Sufixo Texto para exibir para os campos de prefixo ou sufixo de atributos.

Selecione opção de reinjeção de opção de pasta

• Armazena arquivos de exemplo de reinjeção em uma pasta separada de reinjeção (mesmo nível de injeção de pastas)

• Armazena arquivos de exemplo de reinjeção com arquivos de exemplo originais (mesmo nível)

Opção de seleção de pasta

Localização: • Localização de arquivo padrão (especificado em Preferências – Usuário -

Executar) • Local comum Opções de subpastas • Incluir um instrumento de pasta nome de execução (nome de execução pode

ser definido pelo usuário nas placas de carga para a tela Run) • Inclua uma pasta de nome fe grupos de resultados • Incluir uma pasta de injeção

Grupo de Resulto da Biblioteca

Exemplo 1 de grupo de resultados: armazenar arquivos por nome de placa

Dois grupos padrão de fábrica são fornecidos e que armazenam arquivos de dados de exemplo pelo nome da placa:

• A Figura 15, mostra os resultados fornecidos de fábrica PN_Injfolder_RG e as pastas

criadas quando ele é usado. Este grupo de resultados cria uma pasta para cada injeção.

• A Figura 16, mostra os resultados fornecidos de fábrica PN_RG e as pastas criadas

quando ele é usado. Este grupo de resultados não cria uma pasta para cada injeção. Todas as amostras para uma placa são armazenadas na mesma pasta. Se você incluir duas placas em uma execução, uma pasta separada é criada para cada prato.

Figura 15 grupo de resultados PN_Injfolder_RG


Figura 16 grupo de resultados PN_RG

Exemplo 2 do Grupo de Resultados: Armazenar reinjeções em pastas separadas

Figura 17 mostra um exemplo de grupo que especifica os resultados de uma amostra local de armazenamento do arquivo:

C: \ Exemplo \ instrumento pasta de execução (IR) \ nome da pasta do grupo de resultado

[nome do grupo de resultados + início instrumento execução carimbo de data / hora +

registrado no nome do usuário] \ nome de injeção ou reinjeção do nome da pasta.

Os números na figura relacionam os elementos do grupo de resultados com os elementos na hierarquia de ficheiros criados por um funcionamento que utiliza este grupo de resultados (Figura 20).


Figura 17 Exemplo de grupo de resultados

A Figura 18 mostra a lista de injeção para uma execução que especifica duplicado e reinjeções.

Os números na figura relacionam os elementos da lista de injeção com os elementos na hierarquia de arquivos criado por este funcionamento (Figura 20).

Figura 18 Exemplo de lista de Injeção

A Figura 19 mostra um exemplo de convenções nome de arquivo que especifica uma sintaxe nome da amostra de:

nome da amostra. (primário) de análise de protocolo de tempo name.unique de selo inteiro

Os números na figura relacionam os elementos da convenção nome do arquivo com os arquivos criados por uma execução que usa a convenção de nome de arquivo (Figura 20).


Figura 19 Exemplo de nome de convenções de arquivo

A Figura 20 mostra as pastas e arquivos gerados pelo grupo de resultados, convenção de nome do arquivo, nome de execução, e as injeções mostradas na Figura 17 na página 193, Figura 18 na página 193, e Figura 19 na página 194.

Figura 20 A hierarquia de pastas e exemplo de nomeação de arquivo.

1 Um local de arquivo do grupo de resultados

2 Instrumento de pasta de Nome do grupo de resultados

3 Resultados de pasta de nome do grupo do grupo de resultados

4 pasta de injeção do grupo resultados Duplicar injeções indicadas com _n onde n é o número de repetições.

5 Nome de execução (padrão ou definido pelo usuário) da lista de injeção

6 Resultados sintaxe do nome do grupo de grupo de resultados

7 Sintaxe do nome do arquivo de convenções nome do arquivo

Biblioteca de protocolo de instrumento


Visão geral do protocolo de instrumento

Um protocolo de instrumento contém os parâmetros que controlam o aparelho durante a aquisição de dados. Um protocolo de instrumento é um elemento necessário de um ensaio para todas as aplicações.

Quando você cria um teste, você adiciona um ou mais protocolos de instrumentos para o ensaio. Se adicionar estes itens a partir da biblioteca, uma cópia dos itens é adicionada ao ensaio, e pode ser modificada de forma independente a partir dos itens originais armazenadas na biblioteca. Para obter informações sobre como as alterações são controladas se a auditoria estiver habilitada, consulte "Ação de Auditoria".

Criar um novo protocolo de instrumento


Se os protocolos de instrumento fornecidos pela fábrica não atenderem às suas necessidades, você pode criar protocolos novos de instrumento:

1. Acesse a biblioteca de protocolos de

Instrumento.

2. Clique em Criar.

3. Na caixa de diálogo de Criação de Novo Protocolo de Instrumento (Figura 21), selecione um tipo de aplicação: O sequenciamento. A lista de seleção de módulo de execução é filtrada com base no aplicativo que você selecionar. Selecione o fragmento conforme o tipo de

aplicação.

4. Especifique as configurações (Tabela 12). 5. Salve o ensaio:

• Se você está criando o ensaio da Biblioteca, clique em Salvar. • Se você está criando o ensaio da Tela de Atribuição de Conteúdo, clique

Aplicar a Placa ou Salvar na biblioteca.


Figura 21 Criar Novo Protocolo de Instrumento


Configurações de protocolo de instrumento

Tabela 12 Configurações de protocolo de instrumento


Tipo de Aplicação • Sequenciamento • Não para análise de diagnóstico. Análise de fragmento

Comprimento capilar, Polimero, Conjunto de corante

Comprimento capilar, tipo de polímero, e um conjunto de corante com que o protocolo se rá usado

Executar módulo Módulos fornecidos pela fábrica que especificam os parâmetros de controle de instrumentos. Para mais informações, consulte "Executar módulos".

Nome do Protocolo Nome do protocolo. Os nomes devem ser únicos.

Bloqueado Quando ativado, permite a entrada a ser desbloqueada e modificada apenas pelo usuário que a criou, o administrador, ou outro usuário com permissões de desbloqueio. Útil quando o sistema inclui o módulo SAE (descrito no Capítulo 7, "Funções de Segurança Uso, Auditoria, e E-Sig (SAE Module)".

Descrição Texto de entrada opcional.

Temperatura do forno (°C)

Definir a temperatura para forno principal ao longo de execução.

Voltagem de execução (KVolts)

Amostra final de eletroforese de tensão de separação.

Prerun de tensão (KVolts)

Ajuste da tensão de pré-execução antes da injeção da amostra.

Voltagem de injeção (KVolts)

Ajuste da tensão de injeção para injeção da amostra.

Duração da execução (seg)

Duração é recolhida após a voltagem ser aumentada para a tensão de funcionamento e a operação iniciada.

Tempo de pré-execução (seg)

Prerun tempo de tensão.

Tempo de injeção (seg) Tempo de injeção da amostra

Dados de atraso (seg) Tempo desde o início da separação do início da recolha de dados de exemplo

Opções avançadas - Não mude a menos que recomendado de outra forma pelo pessoal de suporte da Life Technologies

Tensão de tolerância (KVolts)

Variação máxima permitida.

# de passos de Tensão (nk)

Número de passos rampa de tensão para alcançar a tensão de execução.

Intervalo de passo de tensão (seg)

Tempo de espera em cada passo a rampa de tensão.

Primeira leitura (ms) O intervalo de tempo para um ponto de dados a ser produzido. Primeiro tempo de leitura deve ser igual ao tempo de leitura Segundo.

Segunda leitura (ms) O intervalo de tempo para um ponto de dados a ser produzido. O tempo de leitura segundo deve ser igual ao tempo de Primeira Leitura.


Biblioteca de conjuntos de corantes

Visão geral do conjunto de corantes

Um conjunto de corantes define o seguinte para um protocolo de instrumento:

• Cor ou Cores de corante • Ordem dos picos no padrão de corantes • Parâmetros de análise espectral

Quando você cria um protocolo de instrumento, você adiciona um conjunto de corante ao protocolo. Se adicionar o item da biblioteca, uma cópia do item é adicionada ao ensaio, e pode ser modificada de forma independente a partir do item original armazenada na biblioteca. Para obter informações sobre como as alterações são controladas se a auditoria estiver habilitada, consulte "Ação de Auditoria" na página 230.

Criar um conjunto novo de corante

Se os conjuntos de fábrica não atenderem às suas necessidades, você pode criar novos conjuntos de corantes:

1. Acesse a biblioteca de conjunto de

corantes.

2. Clique em Criar.

3. Na caixa de diálogo de criação de novo conjunto (Figura 22 na página 199).

4. Especifique as configurações (Tabela 13

na página 200).


Conjunto de cores da biblioteca

Figura 22 Criar novo conjunto de corante


Tabela 13 Configuração de conjunto de corantes


Nome de conjunto de corante

Nome do conjunto de corante. Os nomes devem ser únicos.

Bloqueado

Quando ativado, permite a entrada a ser desbloqueada e modificada apenas pelo usuário que a criou, o administrador, ou outro usuário com permissões de desbloqueio. Útil quando o sistema inclui o módulo SAE (descrito no Capítulo 7, "Funções de Segurança Uso, Auditoria, e E-Sig (SAE Module)".

Química O padrão para a qual você está criando o conjunto de corante: Sequenciamento padrão ou norma Matrix

Modelo de conjunto de corante

Fornecido de fábrica em que basear o conjunto de corante. O modelo de qualquer corante pode ser utilizado para aplicações que não usam todas as cores de corantes contidos nos kits padrão de matriz utilizadas para a calibração espectral.

Organizar Corantes Exibe os corantes e a ordem de pico para o modelo de conjunto de corante selecionado. Editáveis somente para o modelo AnyDye: • Seleção de corantes - Especifica os corantes para usar para calibração • Seleção reduzida - Especifica os corantes utilizados nos exemplos Por exemplo, se você usar o kit de tintura 5 e têm amostras com picos apenas azuis, você pode "reduzir" ou deconvolute com azul e laranja (tamanho padrão) corantes apenas.

Parâmetros Especifica o valor de Qualidade requisitos, número de condição, Scan, e sensibilidade para o conjunto de corante.

Notas Entrada de texto opcional.

Biblioteca de padrões de tamanho

Visão geral de padrão de tamanho

Um padrão de tamanho define os tamanhos dos fragmentos conhecidos. Ele é usado para gerar uma curva padrão. A curva padrão é usada para determinar o tamanho das amostras desconhecidas.

Quando você cria um sizecalling (fragmento) protocolo, você adiciona um tamanho padrão para o protocolo. Se você adicionar esse item da biblioteca, uma cópia do item é adicionada ao protocolo, e pode ser modificada de forma independente a partir dos itens originais armazenados na biblioteca. Para obter informações sobre como as alterações são controladas se a auditoria estiver habilitado, consulte "Ação de Auditoria".

Biblioteca de padrãos de tamanho

Padrões de tamanho de normalização fornecidos Não para uso em diagnóstico


A biblioteca contém padrões de fábrica normalizados que você pode usar para normalizar os dados da análise de fragmentos. Para a análise de fragmento: • GS600LIZ + Normalização • GS600 (60-600) LIZ + Normalização - Para aplicações que têm picos de primers que obscurecem os picos de 20 e 40-mer do tamanho padrão do GS600. A Normalização corrige instrumento, capilar, e a variabilidade da injeção. Para cada amostra, o software calcula um fator de normalização com base numa definição de limiar. O fator de normalização é usado como um multiplicador para ajustar a altura do pico dos picos da amostra em relação ao LIZ GS600 ® v2.0 picos do padrão de tamanho.

IMPORTANTE! A normalização não é aplicada a amostras com falta de qualidade de dimensionamento. Selecione um tamanho de arquivo de definição de padrões adequados para a sua aplicação que as amostras com precisão de tamanhos. Por exemplo, se seu aplicativo inclui pequenos fragmentos que podem ser obscurecidos por picos de primers, ou fragmentos grandes, que não podem estar presentes devido a taxas mais lentas de migração, especifique um tamanho de arquivo de definição padrão que elimina esses fragmentos de dimensionamento.

Não Normalizado Normalizado

Para mais informações, consulte "Rever dados normalizados".


Criar um padrão de tamanho novo

Se os padrões de tamanho fornecidos de fábrica não atenderem às suas necessidades, você pode criar novos padrões de tamanho:

1. Acesse a biblioteca de padrões de

tamanho.

2. Clique em Criar.

3. Na caixa de diálogo de Criar Novo Padrão de Tamanho (Figura 22), digite um nome de tamanho padrão.

4. Opcional

• Marque a caixa de seleção

Bloqueada. Quando ativado, permite a entrada a ser desbloqueada e modificada apenas pelo usuário que a criou, o administrador, ou outro usuário com permissões de desbloqueio. Útil quando o sistema inclui o módulo SAE (descrito no Capítulo 7, "Funções de Segurança de Uso, Auditoria, e E-Sig (SAE Module)".

• Digite uma descrição.

5. Selecione uma cor de corante.

6. Digite tamanhos da lista à esquerda. Tamanhos separados por uma vírgula, espaço ou retorno.

7. Clique em Adicionar Tamanhos.


Biblioteca de padrão de tamanho

Figura 23 Criar Novo Padrão de Tamanho

Modificar um padrão de tamanho de normalização da fábrica


1. Selecionar um padrão de tamanho de normalização fornecido pela fábrica (indicados

no nome com "+Normalização.")

2. Clique em Duplicar.

3. Edite a cópia do padrão de tamanho normalizado. Os picos de tamanho padrão usados para normalizar os dados são exibidos em cinza e não são editáveis.



Biblioteca de protocolos de basecalling (análise primária – sequenciamento)

Visão geral do protocolo de basecalling

Um protocolo de basecalling é o protocolo de análise primária necessária para a sequenciação de aplicações.

Um protocolo de basecalling define as configurações usadas pelos basecallers de sequenciamento para atribuir chamadas de base para cada pico detectado e atribuir um valor de qualidade:

• As definições de Análise • As faixas para as bandeiras de sequenciamento de qualidade exibidas em Exibir

Resultados

Quando você cria um ensaio de sequenciamento, você adiciona um protocolo de basecalling para o ensaio. Se adicionar o item da biblioteca, uma cópia do item é adicionada ao ensaio, e pode ser modificada de forma independente a partir do item original armazenada na biblioteca. Para obter informações sobre como as alterações são controladas se a auditoria estiver habilitada, consulte "ação de Auditoria".

Crie um novo protocolo de basecalling

Se o protocolo de basecalling fornecido de fábrica não atender às suas necessidades, você pode criar novos protocolos de basecalling:


Basecalling.

2. Clique em Criar.

3. Na aba Configurações de Análise da caixa de diálogo de Criar Novo Protocolo de Basecalling (Figura 24 na página 205), especifique as configurações (ver Tabela 14 na página 205).

4. Clique em Configurações do QV. Na aba

Configurações QV da caixa de diálogo Criar Novo Protocolo de Basecalling (Figura 25 na página 207), em seguida, especifique as configurações e Tabela 15 na página 208).



Figura 24 – Criar Novo Protocolo de Basecalling - Configurações Análise Tabela 14 – Protocolo de Basecalling - Configurações de análise


Nome de conjunto de corante

Nome do conjunto de corante. Os nomes devem ser únicos.

Bloqueado

Quando ativado, permite a entrada a ser desbloqueada e modificada apenas pelo usuário que a criou, o administrador, ou outro usuário com permissões de desbloqueio. Útil quando o sistema inclui o módulo SAE (descrito no Capítulo 7, "Funções de Segurança Uso, Auditoria, e E-Sig (SAE Module)".

Descrição Texto de entrada opcional.

Basecaller Algoritmo de Basecalling utilizado para identificar as bases. Nota: A versão do basecaller listada no protocolo de basecalling é um número de 3 dígitos. A versão apresentada nos resultados de sequenciamento é um número de 4 dígitos. O quarto dígito é um número interno usado pelo software.

Arquivo de mobilidade Compensa diferenças de mobilidade entre os corantes e os iniciadores, corrigindo o código de cores para a química usada para marcar o DNA durante o processamento do aparelho.



Limiar de qualidade • Atribuição de Basecall (bases ambíguas): - Não atribua N’s aos basecalls - Atribuir N para basecalls com QV <15 - Bases com uma QV menos do que o limite de exposição N em vez da letra de base • A base final - última base na qual executar o basecalling: - No PCR Parar - Depois de um número X de Bases - Depois de um número X de Ns em X número de Bases - Depois de um número X de Ns Nota: Se você tem produtos de PCR curtos, selecione o Em PCR Parar.

Limiar de bases mista Quando ativado, permite que o software determine a altura do pico secundário, onde a posição de base é considerada uma base potencial mista. Ajuste este parâmetro, arrastando a barra na tela ou digitando um valor numérico.

Escala de dados analisados

Determina a escala dos traços processados. Este parâmetro não afeta a precisão do basecalling. • Perfil Verdadeiro - Os traços processados são dimensionados de maneira uniforme de modo que a altura média dos picos na região de sinal mais forte é aproximadamente igual a um valor fixo. O perfil dos traços processados será muito semelhante à dos traços primas. • Perfil Plano - Os traços processados são dimensionadas semi-localmente, de modo que a altura média dos picos em qualquer região é aproximadamente igual a um valor fixo. O perfil dos traços processados será plana em escala intermédia (> cerca de 40 bases).

Métodos de alcance limpos

• Use faixa mínima e máxima - Especifica a primeira e última base do intervalo a considerar, ou apara o número especificado de bases da extremidade 3'. • Use valores de qualidade - Define uma janela com um número especificado de permissão de baixa qualidade bases removendo bases até que haja <X número de bases por Z número de bases com QV <Y. • Use identificação de células N - Define uma janela com um determinado número de chamadas de base permitidas e ambíguas (NS) removendo bases até que haja <X número de Ns por Y de bases.


Figura 25 Criar Novo Protocolo de Basecalling - Configurações QV Definições de QV são valores de qualidade utilizados nas seguintes telas: • Tela de Execução - O estado da bandeira QV:

- Se todos os três valores estão na faixa de passagem, a bandeira QV no monitor de execução será (verde).

- Se os valores estão na faixa de suspeito, a bandeira QV no monitor de execução será (amarelo).

- Se algum valor não está na faixa de falha, a bandeira QV no monitor de execução será (vermelha).

• Ver Resultados de Sequenciamento – Tabela de Resultados de Análise Métrica – O estado de

aprovação / verificação / falha de Qualidade de Rastreamento, Qualidade CRL, e QV20 + resultados de qualidade.


Tabela 15 Protocolo de Basecalling - configurações QV


Comprimento de leitura contígua

O maior segmento ininterrupto de bases com um valor de qualidade média (QV) ≥ 20. Além de avaliar a QV de uma chamada, o software considera a QV de bases adjacentes dentro de uma tolerância de ± 20 pb média móvel para determinar um comprimento de leitura contígua com base nos valores de qualidade: o software começa a partir da extremidade 5', e calcula a média QV através de um tamanho de janela de 20 em movimento, deslizando um bp de cada vez, com a extremidade 3 '.A resultante maior segmento contíguo é determinado como a CRL.

Ponto de traços

O valor da qualidade média de Basecall (QV) de bases na sequência da faixa clara de um traço.

QV20 + O número total de bases no rastreamento inteiro com valores de qualidade ≥ 20.


Biblioteca de protocolos de sizecalling (análise primária - fragmento)


Visão geral do protocolo de sizecalling

Um protocolo de sizecalling é o protocolo de análise primária necessária para aplicações de fragmento.

Um protocolo de sizecalling define a detecção de pico, dimensionamento e valores de qualidade.

Quando você cria um ensaio fragmento, você adicionar um protocolo de sizecalling para o ensaio. Se adicionar o item da biblioteca, uma cópia do item é adicionada ao ensaio, e pode ser modificada de forma independente a partir do item original armazenada na biblioteca. Para obter informações sobre como as alterações são controladas se a auditoria estiver habilitada, consulte "Ação de Auditoria".

Crie um novo protocolo de sizecalling

Se os protocolos de sizecalling fornecidos de fábrica não atenderem às suas necessidades, você pode criar novos protocolos de sizecalling:


sizecalling.

2. Clique em Criar.

3. Na aba Configurações de Análise da caixa de diálogo de criação de novos protocolos de sizecalling (Figura 26 na página 210), especifique as configurações (ver Tabela 16 na página 210).

4. Clique em Configurações de QC. Na aba

Configurações QC da Nova caixa de diálogo Criar Protocolo de Sizecalling (Figura 27 na página 213), em seguida, especifique as configurações e Tabela 17 na página 214).



Figura 26 Criar Novo Protocolo de Sizecalling – Configurações de Análise

IMPORTANTE! A normalização, não é aplicada a amostras com bandeiras de Qualidade de tamanho. Especificar definições de análise que detectam com precisão e tamanho padrão, tamanho e configurações de QC com passagem adequada de falhas de intervalos. O 3500 Dx Series Data Collection Software não suporta a reanálise de dados com novas configurações.

Tabela 16 - Protocolo de Sizecalling - Configurações de análise


Nome do Protocolo Nome do protocolo. Os nomes devem ser únicos.

Descrição Entrada de texto opcional.

Padrão de tamanho Definição de padrão de tamanho no software que corresponde ao conjunto de corante utilizado na química. Para aplicar a normalização, selecione um tamanho padrão de normalização (ver "padrões de tamanho de normalização fornecidos").


Tabela 16 - Protocolo de Sizecalling - Configurações de análise (continuação)


Faixa de análise Especifique o intervalo (em pontos de dados) para analisar: • Faixa Total para analisar a região de varredura completa como coletados pelo instrumento de análise genética, incluindo o pico de primer. • Faixa Parcial para analisar apenas os pontos de dados dentro de um intervalo especificado. Digite o ponto de Início em pontos de dados após o pico de primer e antes do pico padrão exigido. Digite um ponto de parada após o fragmento de tamanho padrão exigido passado. Iniciar pontos de parada podem variar de instrumento para instrumento e plataforma para plataforma. Exibir dados brutos para determinar o intervalo de análise apropriado. Os pontos de dados fora do intervalo especificado de análise são ignorados. Nota: Certifique-se de que a Faixa de análise contém todos os fragmentos de tamanho padrão incluído no intervalo de dimensionamento especificado abaixo.

Intervalo de tamanho

Especifique o intervalo de tamanho (em pares de bases) apropriado para o kit que você está usando: • Todos os tamanhos para o software para analisar fragmentos de todos os tamanhos na escala de Análise. • Tamanhos parciais para o software para analisar apenas fragmentos dentro de um intervalo especificado. Digite um tamanho inicial e tamanho de paragem apropriada para o tamanho padrão usado.

Método de Size Calling

• Local do sul - (padrão) Determina os tamanhos de fragmentos usando a relação recíproca entre o comprimento do fragmento e mobilidade eletroforética. • Terceiro quadrante solicitado por último - usa análise de regressão para construir um tamanho melhor de ajuste para curva. • Segundo quadrante solicitado por último - usa análise de regressão para construir um tamanho melhor de ajuste para curva. • Interpolação cúbica - Força a curva de dimensionamento através de todos os pontos conhecidos do padrão de tamanho selecionado. • Método Global ao Sul - Compensa fragmentos padrão com mobilidade eletroforética anômala (semelhante a métodos menos quadrantes).

Pico Primer

Se os picos de primers em picos do aplicativo obscuras de interesse, selecione Presente. A Seleção de Presente instrui o algoritmo para ignorar picos de primers. Picos de primers ainda são exibidos no rastreamento. Nota: Se esta definição não permite a detecção dos picos de 20 e 40-mer para amostras que usam o padrão de tamanho GS600 LIZ, correndo amostras com a normalização + GS600 (60-600) LIZ pode permitir a detecção dos picos.

Limiares de amplitude de pico

Especifique o limite (RFU) para a detecção de pico para cada cor do corante. Picos abaixo do limiar não são detectados. Por exemplo, se você usar os valores padrão de 175, picos com alturas iguais ou maiores que 175 são detectados. Picos com alturas inferiores a 175 ainda são exibidos nas tramas do eletroferograma mas não são detectados ou rotulados. Nota: Define os limites de amplitude de pico para 175 em seu método de análise GeneMapper® Software.

Suavização Selecione uma opção para suavizar o contorno de picos e reduzir o número de falsos picos detectados: • Nenhum (padrão) para não aplicar suavização. Melhor se os dados aparecem nítidos, picos estreitos de interesse. • Luz para proporcionar os melhores resultados para os dados típicos. Luz suave reduz ligeiramente a altura de pico. • Pesado para dados muito claros, picos estreitos de interesse. Alisamento pesado pode reduzir significativamente a altura do pico.


Tabela 16 - Protocolo de Sizecalling - Configurações de análise (continuação)


Janela de baseline

Especificar uma janela para ajustar os sinais de linha de base de todos os corantes de cores detectados ao mesmo nível para comparação uma melhoria da intensidade de sinal. Observe o seguinte: • A janela de linha de base pequena em relação à largura de um aglomerado, ou um agrupamento de picos espacialmente próximos, podem resultar em alturas de pico mais curtos. • Janelas maiores de base em relação aos picos a ser detectados podem criar uma linha de base elevada, o que resulta em picos que são elevados ou não resolvidos para a linha de base.

Largura Mínima de Pico Especifique a menor largura de pico na altura máxima para a detecção de pico. A gama é de 2 a 99 pontos de dados.

Grau Polinomial

O grau polinomial não pode ser maior do que o tamanho da janela de pico. Ajustar para afetar a sensibilidade de detecção de pico. Você pode ajustar este parâmetro para detectar uma diferença de um único par de base, minimizando a detecção de efeitos de ombro e / ou ruído. O detector de pico calcula a primeira derivada da curva polinomial ajustada aos dados dentro de uma janela que é centrada em cada ponto de dados na faixa de análise. Usando curvas com valores maiores permite a curva polinomial para mais próximo do sinal e, por conseguinte, capta mais da estrutura de pico no electroferograma. Para obter informações sobre grau de polinômio otimização e tamanho da janela do Pico, consulte

Tamanho da Janela de pico Digite uma largura de janela em pontos de dados para a sensibilidade de detecção de pico. Se mais de um vértice do pico está dentro da janela, todos são rotulados como um único pico. Observe o seguinte: • O valor máximo é o número de pontos de dados entre os picos. • A configuração de Tamanho Pico janela é limitado a números ímpares. Para aumentar a sensibilidade de detecção de pico: Aumente o grau polinomial, diminuir o tamanho da janela de pico. Para diminuir a sensibilidade de detecção de pico: Diminua grau polinomial, aumente o tamanho da janela de pico

Declive de limiar de início e fim de pico

• Iniciar o pico - O pico inicia-se quando a primeira derivada (declive da tangente) no início do sinal de pico antes do ponto de inflexão torna-se igual ou superior ao "Peak Start" valor. Este limiar é definido como 0 por padrão, o que significa que o pico normalmente começa no ponto mais à esquerda em que a inclinação da tangente é mais próximo de 0 ° (linha horizontal). Um valor diferente de 0 move o ponto de início de pico para seu centro. O valor digitado deve ser não-negativo. • Fim do pico - O pico termina quando a primeira derivada (declive da tangente) no fim do sinal de pico após o ponto de inflexão torna-se igual ou superior ao "pico" valor. Este valor é definido como 0, por defeito, o que significa que o pico normalmente termina no ponto mais à direita, onde a inclinação da tangente é mais próximo de 0 ° (linha horizontal). Um valor diferente de 0 move o ponto final de pico para seu centro. O valor informado neste campo deve ser não-positivo.


Figura 27 - Protocolo de Sizecalling - Configurações de QC

IMPORTANTE! A normalização, não é aplicada a amostras com bandeiras de qualidade de tamanho. O 3500 Dx não suporta reanálise de dados com novas configurações.


Tabela 17 - Protocolo de Sizecalling - configurações QC Configuração Descrição

Qualidade de tamanho

Digite a Faixa de baixa qualidade ou de aprovação para a bandeira SQ exibida nos resultados Ver Fragmento. Os resultados que estão dentro da faixa de passagem são sinalizados como (Passou). Os resultados que estão dentro da faixa de baixa qualidade são sinalizadas como (Baixa Qualidade). Resultados que estão entr a passagem e varia de baixa qualidade são marcados (Verificar). Por exemplo, com uma faixa de passagem de 0,75 a 1,0 e um Intervalo de qualidade baixo de 0,0 a 0,25, acima de qualquer resultado é 0,75, um resultado de 0,25 ou inferior é, e qualquer resultado entre 0,26 a 0,74 é. Como qualidade de tamanho é determinada O algoritmo de Qualidade Tamanho avalia a semelhança entre o padrão dos fragmentos do corante padrão de tamanho especificado na definição de padrão de tamanho e a distribuição real dos picos de padrão de tamanho da amostra, calcula um SQ intercalar (um valor entre 0 e 1).

Suponha Linearidade

Define o intervalo esperado linear. Útil em padrões de fragmentos de grande tamanho em que a não-linearidade poderia ser esperado

Pull-Up

Digite a razão de pull-up e tolerância para pull-up de identificação de pico. Um pico de pull-up é identificado quando a altura do pico do pico menor é a seguinte: • ≤ X% (razão de pull-up) do pico principal e • Dentro de ±Y ponto de dados (pull-up scan) do pico principal Quando pelo menos um pico é identificado como um pico de pull-up, a bandeira (Verificar) é exibida para a bandeira da qualidade espectral pull-up nos resultados Ver Fragmento.

Nota: Se você estiver executando uma versão única do 3500 Dx Series Data Collection Software (uma versão que não está instalado no computador do instrumento), você pode criar placas e protocolos, em seguida, exportá-los para uso no computador instrumento.

Segurança de uso, Auditoria, e E-Sig

(SAE Module) 7

Os procedimentos descritos neste documento são destinados para diagnóstico in vitro (IVD) somente.

IMPORTANTE! Os sistemas Applied Biosystems 3500 Dx/3500xL Dx Genetic Analyzers exigem instrumentos e acessórios destinados para uso diagnóstico in vitro. Acessórios não destinados para o diagnóstico in vitro não pode ser usado no 3500 Dx ou 3500xL Dx do analisador. Você só pode usar acessórios que tenham sido verificados para uso com 3500 Dx ou sistemas 3500xL Dx, e marcado para uso diagnóstico in vitro.

Nota: As informações de análise de fragmentos são fornecidas para fins de pesquisa, não de diagnóstico.

Seção 1 Administradores


Visão geral dos administradores de segurança do sistema, auditoria e assinatura eletrônica

A SAE módulo (Segurança, Auditoria, E-Signature) é um componente opcional do 3500 Dx Series Data Collection Software. O módulo SAE oferece as seguintes funcionalidades:

• Sistema de segurança - Controles de acesso do usuário ao software. A conta de

usuário padrão Administrador é fornecido, e contas de usuários e permissões adicionais podem ser definidos pelo usuário.

Segurança do sistema pode ser ativado ou desativado globalmente.

• Auditoria - Faixas de alterações feitas itens da biblioteca, as ações realizadas pelos

usuários, e alterações nas configurações do SAE.O software automaticamente auditorias algumas ações silenciosamente. Você pode selecionar outros itens para auditoria e especificar o modo de auditoria. Fornece relatórios para itens da biblioteca auditadas,mudanças SAE e ações.

A auditoria pode ser ativada ou desativada globalmente e por tipo de registro. Ele é ativado por padrão global.

• Assinatura eletrônica (e-sig) - Determina se os usuários são permitidos, solicitado

ou necessário para fornecer um nome de usuário e senha quando executar determinadas funções. Pode ser configurado para que uma lista predefinida de funções possa ser realizada somente se os dados utilizados para as funções é assinado (por exemplo, você pode executar uma placa somente se os dados de calibração para o sistema tenha sido assinado. Pode ser configurado para exigir várias assinaturas e exigir que os usuários específicos ou usuários com permissões específicas para assinar.

Assinatura eletrônica pode ser ativada ou desativada globalmente. Ele é ativado por padrão global.

Exemplo de aplicações É possível configurar o módulo de SAE em uma variedade de formas:

• Exigir que os usuários efetuem o login, e deixar de auditoria e e-sig desativados. • Permitir que somente determinados usuários criem ou modifiquem os protocolos. • Permitir que somente determinados usuários aprovem amostras de avaliação.

Configure o sistema de segurança


Acesse a tela de segurança e ative ou desative a segurança A tela de Segurança permite desativar e ativar restrições de segurança, controle e políticas de segurança para todas as contas de usuário, e configurar notificações de eventos de segurança quando ocorrem certos eventos. A segurança é ativada por padrão.

IMPORTANTE! Se você desativar a segurança, você desativa funções de auditoria e de assinatura eletrônica. No entanto, quando você desativar a segurança, não há registro de auditoria gerado para indicar que a auditoria e as funções de assinatura eletrônica são desativadas

1. Acesse a tela de segurança.

2. Clique em Desativar ou Ativar (Figura 28 na página 217). Observe o seguinte:

• Desativar Segurança inativa Auditoria e

assinatura eletrônica. • Os comandos de ativação e desativação

são cinza quando a execução está em andamento. • O software exige que você digite seu nome de usuário e senha

quando você ativar a segurança. • Quando a segurança está desativada, o não é ativo em partes mais

baixas da tela.

Figura 28 - Segurança - ativar ou desativar


Definir configuração de conta e as políticas de segurança

Políticas de segurança se aplicam a todas as contas de usuário.

1. Em Configuração de Conta, especificar limites de nome de usuário.

IMPORTANTE! O software permite os espaços nos nomes de usuários (Definir espaçamento NO nome). Use espaços em nomes de usuário com cautela. Para obter informações, consulte "Espaços em nomes de usuário".

2. Especifique os caracteres permitidos em nomes de usuário: espaços e alfa,

caso numérico, superior / inferior, e caracteres especiais (vírgulas, pontos, hífens, sublinhados e tils).

3. Especificar limites de senha. 4. Especifique os caracteres necessários em senhas: espaços e alfa, caso

numérico, superior / inferior, e caracteres especiais (qualquer espaço não-alfa, ou caracteres não-numéricos).

5. Especifique reutilização de senha. Você não pode desativar a restrição de reutilização da senha.

6. Sob Políticas de Segurança, especifique a expiração da senha, suspensão da conta, e as configurações de tempo limite da sessão.

Nota: A sessão expira enquanto uma execução está em andamento, se o período de tempo limite é ultrapassado e não há nenhuma atividade outro usuário.

7. Clique em Setup Messaging Notification Settings para especificar quando e

como notificar o administrador de eventos de segurança determinados. Para mais informações, consulte "Configurar notificações de mensagens".

8. Condições de Ensaio: Clique em Salvar configurações.


As novas configurações são aplicadas para o usuário logado na próxima vez que o usuário fizer login

Espaços no nome do usuário Se você permitir espaços em nomes de usuário, esteja ciente das seguintes questões:

• Liderança e espaços em nomes de usuário são difíceis de detectar na tela ou em relatórios impressos.

• O número de espaços consecutivos em um nome de usuário é difícil de determinar na tela ou em relatórios impressos.

Espaços em nomes de usuário podem causar confusão na busca de uma auditoria ou E-Sig de registro associado a um nome de usuário. Para encontrar um registro associado a um nome de usuário, você deve especificar o nome de usuário exatamente, incluindo principal, consecutivo, e espaços.

Configure notificações de mensagens 1. Na tela de Segurança (Figura 28), clique em Notificações de mensagens de

configuração para exibir a caixa de diálogo de Instalação de Notificações.

2. Selecione os eventos de notificação: • # falhou autenticações sobre determinado intervalo de tempo - Um

usuário tenta fazer login com uma senha incorreta. A mensagem indica o número de autenticações falhadas.

• Tempo limite da sessão para um usuário - Nenhuma atividade ocorreu em uma conta de usuário para o período especificado de inatividade.

• Suspensão da conta para autenticação falhou - O usuário excede o número máximo permitido de autenticações falhadas (tentativas de login com uma senha incorreta).

• Notificação para ativação SAE - A segurança foi ativada ou desativada.


3. Selecione o método de notificação: • Diálogo com pop-up – O software exibe imediatamente uma

mensagem pop-up ao usuário atual se um evento for acionado pelo usuário atual. A mensagem instrui o usuário a informar o evento ao administrador do sistema.

• Mensagem quando o administrador registra – Se um evento aciona a

notificação, a próxima vez que qualquer usuário com função de Administrador se registra, o software exibe uma lista desses eventos, indicando a hora em que cada evento ocorreu e o usuário que acionou o evento.

O administrador tem a opção de reconhecer o evento, o que o remove da lista de notificações.

4. Clique OK .

Gestão de contas de usuário

Criar ou Editar Conta de Usuário

O software inclui uma conta de usuário de administrador padrão com permissões (definidas pela função do usuário da conta) para realizar todas as funções do software. Essa conta não pode ser modificada.

Criar uma conta de usuário

1. Acesse a tela de usuários.

2. Clique Criar para exibir a caixa de diálogo de novo usuário.

Gestão de Contas do Usuário

3. Digite o nome do usuário, a senha, primeiro nome, inicial do nome do meio (opcional) e sobrenome. Clique em um campo para exibir os limites de campo, que estão especificados em configurações de segurança.

Nota: Primeiro nome, inicial do nome do meio, e sobrenome são usados para criar o nome completo do usuário, que é exibido como o nome do usuário registrado. O nome, que é exibido como o nome do usuário registrado.

Nota: Não é possível mudar o nome do usuário após salvar a conta do usuário.

4. Selecione Pre-expired para requerer que a conta do usuário especifique uma nova senha no primeiro log-in. A data do ‘Password Expires On’ está especificada em configurações de segurança.

5. Selecione a função do usuário (descrita em “Crie ou edite uma função de usuário” na página 222) e o status da assinatura eletrônica (determina se uma conta de usuário tem permissão de assinar objetos eletronicamente). Deixe o status em Active.

6. (Opcional) Digite o e-mail (somente para informação), telefone, e comentários.

7. Clique em Salvar. Se o botão Salvar estiver cinza, indica uma digitação inválida em algum campo. Clique em um campo para exibir os limites, depois faça uma digitação válida. A tela de usuários exibe as seguintes informações de cada conta de usuário:

• Nome completo • Função • Status • Senha vencida

(verdadeiro=yes, falso=no) • Modificada em

• Data de mudança da senha (pelo

usuário ou administrador) • Email (somente p/ registro) • Telefone • Comentários


Editar uma conta de usuário

1. Na tela de usuários, selecione uma conta de usuário, e clique Edit.

Nota: Se você selecionar vários usuários, somente ‘Status’ e ‘Role’ (função) serão mudados.

2. Edite as configurações conforme necessário. Não é possível editar o nome de usuário de um usuário já existente.


Ativar uma conta de usuário suspensa

1. Selecione o usuário. 2. Clique em Edit . 3. Mude o status de Suspenso para Ativo (Suspended to Active).

Deletar (desativar) uma conta de usuário

Não é possível deletar um usuário porque os registros do usuário são necessários para auditoria. Para desabilitar uma conta de usuário, desative-a.

1. Selecione o usuário. 2. Clique em Edit . 3. Mude o status de ativo para inativo. 4. Clique em Salvar.

Determinar o nome do usuário registrado Para exibir o nome completo do usuário conectado, posicione a setinha do mouse no menu ‘Logout’. O nome completo do usuário conectado é exibido também na tela ‘Load Plates for Run’ e na tela ‘Monitor Run’.

Criar ou editar uma função de usuário

Funções de usuário determinam as permissões relativas à conta de um usuário.

Três funções de usuário padrão estão incluídas no software. Você pode modificar duas delas, e pode criar suas próprias funções com configurações customizadas, conforme necessário: • Administrador (não pode ser editado nem deletado) • Cientista • Técnico


Para determinar as permissões para essas funções ou para editar essas funções, selecione a função e clique em Edit .

Criar uma função de usuário 1. Acesse a tela de funções (Roles).

2. Clique em Criar .

3. Digite um nome de função e (opcional) comente.

4. Selecione permissões (veja Tabela 18). Para selecionar todas as permissões de uma categoria, selecione a caixa de seleção próxima à categoria.

5. Clique em Salvar Role. Tabela 18 Permissões de função de usuário

Categoria Permissões

Configuração Criar placa/modelo de placa

Executar (Run) • Editar nome de instrumento padrão • Gerenciar lista de injeção • Duplicar injeção • Re-injetar

Análise primária Editar nomes de amostras Exportar resultados sequenciais

• Ensaio • Convenção de nome de arquivo • Grupo de resultados • Protocolo de instrument • Protocolo de AP (análise primária: Basecalling) • Padrão de tamanho • Definição de tintura Protocolo AP (análise primária: sizecalling)

• Criar • Editar • Deletar • Importar • Exportar

Seção Administradores

Tabela 18 Permissões de função de usuário (continua ção)

Categoria Permissões

Placas e modelos • Editar • Deletar • Importar • Exportar

Bloquear/desbloquear • Ensaio • Convenção de nome de arquivo • Grupo de resultados • Protocolo de instrumento • Protocolo de AP • Padrão de tamanho • Definição de tintura

Preferências • Editar sistema de preferências • Exportar sistema de preferências • Importar sistema de preferências • Exportar preferências de usuário (todas)

Calibragens • Realizar calibragem espacial • Realizar calibragem espectral

Verificação de desempenho Executar verificação de desempenho nos padrões de instalação

Arquivamento • Arquivar • Limpar • Restaurar

Configuração SAE • Configurar SAE • Logar sessões de usuário expiradas

Editar função de usuário

1. Na tela de funções, selecione uma função de usuário e clique em

Edit.

2. Editar configurações conforme necessário. Não é possível editar a função de usuário administrador.


Visualizar e imprimir relatório de usuário

1. Selecione tab User ou Roles tab. Clique em View Report.

2. Na tela Relatório, clique nas opções da barra de ferramentas para trabalhar o relatório conforme necessário. Posicione a seta do mouse sobre um item para obter a descrição do item.

3. Para imprimir o relatório, clique Print. Feche o relatório.


Salvar cópias eletrônicas (.pdf) do relatório

Para salvar o relatório eletronicamente (.pdf), imprima o relatório e selecione CutePDF Writer como impressora.

Exemplos de relatórios


Gestão de Auditoria

Acessar a tela de auditoria e habilitar ou desabili tar auditoria

A tela Audit controla o status de auditoria (habilitado/desabilitado), os eventos que são auditados, e os motivos disponíveis para os usuários quando o modo ‘audit’ é fixado em ‘Prompt’ ou ‘Required’.

Auditoria é habilitada normalmente.

IMPORTANTE! Se desabilitar a segurança, você desativa as funções ‘audit’ e assinatura eletrônica. Não será gerado registro de auditoria para a desativação das funções de auditoria e assinatura eletrônica quando você desabilita a segurança.

1. Acesse a tela ‘Audit’.

2. Clique em ‘Disable’ ou ‘Enable’ (Figura 29).

Obs: Qdo auditoria é desabilitada o não fica ativado nas partes inferiores da tela.

Figura 29 - Audit – desabilitar ou habilitar

Gestão de Auditoria

Selecionar Objetos para Auditoria

1. Selecione os objetos e ações para auditoria e o modo de cada item habilitado.

Tipo de objeto (registros de auditoria exibidos em Histórico de Auditoria do

Objeto)

Tipo de ação (registros de auditoria exibidos em ‘Action Log’)

• Definição de tintura • Padrão de tamanho • Protocolo de instrumento • Protocolo de AP(análise primária) • Ensaio • Modelo de placa • Convenção de nome de arquivo • Grupo de resultados • Placa • Arquivos de amostra

• Exportar ensaio • Exportar registro de placa

Nota: Para obter uma lista de itens que passam por auditoria pelo sistema silenciosamente além dos itens configuráveis listados acima, veja “Geração de relatórios de auditoria”.

2. Defina o Modo Audit para cada item que você habilita para auditoria:

• Prompt – O evento é auditado, um prompt de motivo é exibido, mas o usuário pode cancelar e continuar sem digitar um motivo.

• Required – O evento é auditado, um prompt de motivo é exibido, e o usuário deve especificar um motivo.

• Silent – O evento é auditado, não é exibido nenhum prompt de motivo.

3. Clique em “Salvar Settings”.


Criação de configurações de motivo de auditoria

Você pode criar, modificar e deletar os motivos disponíveis para seleção na caixa de diálogo ‘Audit Reason’ (exibida quando um usuário realiza uma ação auditada).

1. Para requerer que os usuários selecionem um motive pré-definido na caixa de diálogo ‘Audit Reason’ (exibida quando o usuário realiza uma ação auditada), Habilite a caixa de seleção ‘User must select a reason’. Usuários não podem digitar um motivo.

2. Conforme necessário, clique em Criar , ou selecione um motivo, e clique em Edit ou Deletar.

Gerar relatórios de auditoria

Geração de relatórios de auditoria

Exibição de históricos de auditoria

1. Acesse a tela ‘Audit Reports’.

Nota : Para acessar a tela ‘Audit Reports’, a função do usuário de uma conta deve especificar a permissão Configurar SAE. Usuários sem a permissão Configurar SAE podem visualizar os históricos de auditoria dos objetos em entradas individuais nas bibliotecas selecionando entradas, e clicando em ‘View Audit History’ (veja “Visualização de históricos de auditoria e assinatura eletrônica”.

2. Selecione um tab para exibir: • Object Audit History – A auditoria mais recente

de todos os objetos de usuários (amostras e objetos na Biblioteca) que foram auditados.

• System Configuration History – Registros de configuração SAE, incluindo hitórico de auditoria para cada conta de usuário.

• Action log – Eventos de auditoria especificados pelo sistema.

3. (Opcional): • Classifique a tabela. Veja “Classificação de múltiplas colunas”. • Especifique filtros (faixa de data, nome de usuário, ação, tipo de objeto ou registro, nome de

objeto ou registro, motivo), e clique em Go.

Nota: O campo ‘Reason’no Histórico de Configuração do Sistema não é usado.

• Selecione um registro, e clique em Show Object History ou Show Audit Details. • Na caixa de diálogo ‘history’, selecione um registro e clique em

Show Audit Details. • Clique em Table Settings, e especifique as colunas para exibir

ou esconder.


Revisão do histórico de auditoria do objeto

Auditoria de registros ‘Object Audit History’ lista a audição mais recente dos objetos de usuário listados abaixo (amostras e objetos nas bibliotecas) que foram auditados.

• Definição de tintura • Padrão de tamanho • Protocolo de instrumento • Protocolo AP (análise primária)

• Ensaio • Modelo de placa • Convenção de nome de arquivo • Grupo de resultados • Placa • Arquivos de amostra

Auditoria de ação As ações possíveis para todos os objetos são atualizadas, criadas e deletadas. Registros de auditoria são gerados nas seguintes condições:

Ação Descrição

Atualizar A auditoria de atualizações depende de se o objeto está modificado ou se foi sobregravado: • Modificado – Um registro é criado quando um objeto é modificado. • Atualizado – Não é criado registro quando um objeto está sobregravado na biblioteca. Exemplo: Você cria uma placa, e depois cria um grupo de resultados de dentro da placa e salva na biblioteca. Depois você abre a placa, edita o grupo de resultados de dentro da placa e salva na biblioteca. Uma mensagem indica que o grupo de resultados já existe e pergunta se você quer sobregravá-los. Você clica sim. Essa ação é considerada uma criação de um novo grupo de resultados, não uma modificação do grupo de resultados existente. Não é criado nenhum registro atualizado, é gerado um registro criado.

Criar Um registro é criado quando você: • Cria um item na biblioteca. • Cria um item de dentro de outro item. • Modifica um item de dentro de outro item e sobregrava o item na biblioteca quando o salva (como descrito em “Updated” acima).

Deletar A auditoria de itens deletados depende do item deletado: • Itens na biblioteca – É retido um registro até que seja deletado da biblioteca. A deletação do item da biblioteca não é auditada. Por exemplo, se você deletar um tamanho padrão da biblioteca, nenhum registro de auditoria da deletação é listado no Histórico de Auditoria do Objeto. • Itens dentro de outros itens – A deletação de um item de dentro de um outro item é auditada.

Exibição do histórico do objeto

Para exibir o histórico de um objeto, selecione o objeto, e clique em Show Object History .

O histórico do objeto mostra o histórico de auditoria do objeto e de todos os objetos contidos no objeto selecionado. Por exemplo, quando você cria um ensaio, uma cópia do protocolo de instrumento e o protocolo de análise primária (e portanto a definição de tintura, e padrão de tamanho) são incluídos no objeto do ensaio. Os objetos contidos dentro de um objeto têm históricos de auditoria diferentes dos históricos de auditoria dos objetos armazenados na biblioteca.


Revisão do histórico de configuração do sistema

O Histórico de Configuração do Sistema lista registros de configuração de SAE.

Nota: O campo 'Reason' no Histórico de Configuração do Sistema não é usado.

Tabela 19 Auditoria – histórico de configuração do sistema

Tipo de registro

Ação

Corresponde a

Configurações de segurança

Atualizar • Habilitar segurança • Desabilitar segurança • Modificar políticas de segurança: • Configurações expiradas da sessão

Configurações da conta Atualizar • Modificar configurações de nome de usuário • Modificar configurações de senha • Modificar políticas de segurança: • Expiração da senha • Suspensão de conta

Motivo de auditoria para mudança

Atualizar Modificar motivo para mudança

Criar Criar motivo para mudança

Deletar Deletar motivo para mudança

Configurações de auditoria

Atualizar Habilitar auditoria Desabilitar auditoria

Tipo de auditoria Atualizar • Modificar configurações de auditoria

Tipo de auditoria Atualizar • Modificar configurações de auditoria • Criar motivo para mudança • Deletar motivo para mudança

Função de assinatura eletrônica

Atualizar • Modificar o número de assinaturas ou as autoridades para a função “prompt before” (avisar antes) • Modificar o status habilitado das funções “check before” ou “prompt before”

Configurações de assinatura eletrônica

Atualizar • Habilitar assinatura eletrônica • Desabilitar assinatura eletrônica

Tipo de assinatura eletrônica

Atualizar • Modificar configurações de assinatura eletrônica • Modificar o status habilitado de tipo de assinatura eletrônica

Atribuição de função Criar • Criar uma nova conta de usuário • Atribuir uma função de usuário diferente para uma

conta de usuário existente

Deletar Atribuir uma função de usuário diferente a um usuário existente

Permissões de função Atualizar Modificar permissões de função de usuário

Criar Criar uma função – cria um registro de atribuição de função para cada permissão de uma função

Deletar Deletar uma função de usuário - criar um registro de deletação de função para cada permissão na função deletada


Tabela 19 Auditoria – histórico de configuração de sistema (continuação)

Tipo de registro (continuação)

Ação

Corresponde a

Conta de usuário Atualizar • Editar • Suspender

Criar Criar nova conta de usuário

Função de usuário Atualizar Modificar função de usuário

Criar Criar função de usuário

Deletar Deletar função de usuário

Revisão do protocolo de ação

O protocolo de ação lista os eventos de auditoria especificados pelo sistema.

Todos os itens no protocolo de ação são auditados silenciosamente, exceto os itens anotados como configuráveis. Itens configuráveis podem incluir comentários no protololo de ação.

Tabela 20 Auditoria – protocolo de ação

Categoria

Ação

Ensaio Ensaio exportado com sucesso

Nota: Somente um registro de auditoria é gerado se você exportar vários ensaios.

Log In • Usuário registrado • Falha no login • Usuário desligado

Assistentes de manutenção • Iniciada remoção de balões do assistente • Iniciado assistente de entrada de matriz de nivelamento • Iniciada mudança de assistente de tipo de polímero • Iniciada mudança de assistente de matriz • Iniciado reabastecimento de assistente de polímero • Iniciado assistente de preenchimento de polímero • Executar assistente de lavagem com água

Placa Placa exportada com sucesso

Nota: Somente um registro de auditoria é gerado se você exportar várias placas.

Executar • Iniciar • Pausar • Retomar • Parar (Abortar injeção) • Terminar (lista de injeção)

Configuração de SAE • Exportar

Registros de auditoria do sistema • Arquivar • Limpar • Restaurar


Table 20 Audit – action log (cont inued)

Categoria Ação

Registros de Ação do Sistema • Arquivar • Limpar • Restaurar

Perfil do usuário • Exportar

Visualização e impressão de relatórios de auditoria

1. Exibir os registros de interesse conforme descrito acima.

2. Filtrar a lista para diminuir o tempo necessário para gerar relatórios.

IMPORTANTE! Você não pode cancelar um relatório depois de ter clicado o botão de visualização.

3. Clique em View Audit Summary Report or View Audit Detailed Report.

4. Na tela Relatório, clique nas opções da barra de ferramentas para manipular o relatório conforme a necessidade. Posicione a seta do mouse sobre um item para obter a descrição do item.

5. Para imprimir o relatório, clique em Print .


6. Para salvar o relatório eletronicamente (.pdf), imprima o relatório e selecione t CutePDF

Writer como impressora.



Arquivar, limpar e restaurar registros de auditoria

A função de arquivamento de auditoria gera uma cópia dos registros de auditoria. A função limpar faz uma cópia dos registros de auditoria e depois os deleta. Você pode usar a função Restaurar para restaurar registros de auditoria que foram limpos.

Arquivar e limpar Para arquivar ou limpar(deletar) seletivamente a configuração do sistema ou registros de auditoria de ação:

1. Selecione registros na tela apropriada.

2. Clique em Archive Audit Records ou Purge Audit Records.

3. Se você selecionar Arquivar, especifique um local e nome para o arquivo .asz.

Restaurar Para restaurar a configuração do sistema ou registros de auditoria de ação, clique em Restore, e selecione o arquivo .asz a ser restaurado.

Exportar registros de auditoria

Conforme necessário, você pode exporter registros de auditoria para um arquivo .txt a fim de poder proceder a manipulação adicional e fazer relatórios fora do Software de Coleta de Dados Série Dx 3500.

1. Exiba os registros de interesse conforme descrito acima.

2. Clique em Export Audit Records.

3. Especifique um nome e local para a exportação do arquivo .txt.


Nota: Se você exportar registros de auditoria para amostras que não estão em seu local original (amostras que foram deletadas ou removidas), será exibida uma mensagem de erro. Retorne os arquivos de dados de amostra para o local original, e então exporte novamente.


Gestão de assinatura eletrônica

Acesse a tela de configurações de assinatura eletrônica e habilite ou desabilite a assinatura

IMPORTANTE! Se você desabilitar a segurança, você desativará as funções auditoria e assinatura eletrônica. Nenhum registro de auditoria será gerado para a desabilitação das funções de auditoria e assinatura eletrônica quando você desabilita a segurança.

1. Acesse a tela de configurações de assinatura eletrônica.

2. Clique em Disable ou Enable (Figura 30).

Nota: Quando a assinatura eletrônica

é desabilitada, o fica inativo na parte inferior da tela.

Figura 30 Assinatura eletrônica – habilitar ou desabilitar

Gerenciar assinatura eletrônica

Selecionar as ações que permitem assinatura

IMPORTANTE! Não mude as configurações de assinatura eletrônica durante uma calibragem spectral.

1. Selecione a caixa de selecção próxima a um item na lista de tipos de assinatura para identificar eventos para os uais permitir a assinatura eletrônica (veja tabela 21, página 238). Essa seleção ativa o botão de Assinatura Eletrônica para os itens selecionados; é necessário uma ass. eletrônica para essas seleções.

2. (Opcional) Para cada item que você selecionar, opcionalmente:

a. Na parte superior direita da tela, selecione uma função pela qual o sistema irá pedir uma ass. eletrônica. Essa seleção apresenta um prompt para ass. eletrônica. Essa seleção apresenta um prompt de ass. Eletrônica aos usuário quando eles realizam uma função. Usuários podem assinar ou podem continuar sem assinar.

b. Na parte inferior direita da tela, selecione uma função (iniciar execução) antes da qual o sistema fará a verificação das ass. eletrônicas necessárias (veja Tabela 22). Essa seleção apresenta um prompt de ass. eletrônica aos usuários quando eles iniciam uma execução se não tiverem sido feitas assinaturas previamente. Usuários devem assinar para continuar. Para as funções “check before” (verificar antes), você pode também:

• Mudar o número de assinaturas requisitadas. • Definir uma autoridade especial para uma assinatura: clique no

campo ‘Authorities Required’, e selecione a conta de usuário ou a função de usuário para requerer assinatura eletrônica para essa função. Normalmente, cada assinatura requerida não precisa de autoridade especial; qualquer usuário pode assinar.

• Clique em Apply.

Seção 1 Adminitradores

2a

2b

1. Clique em Salvar Settings.

Normalmente, nenhum tipo de ass. eletrônica está habilitado.

Tabela 21 Configurações de ass. eletrônica para abrir o prompt depois

Tipo de Ass. eletrônica

Função para abrir o prompt depois

Aprovar definição de tintura Salvar

Aprovar padrão de tamanho Salvar

Aprovar calibragem espacial Aceitar

Aprovar calibragem espectral Aceitar

Aprovar protocolo de instrumento Salvar

Não para diagnóstico Salvar

Aprovar protocolo sizecall

Aprovar protocolo basecall Salvar

Aprovar padrão de tamanho Salvar

Aprovar calibragem espacial Aceitar

Aprovar calibragem espectral Aceitar

Aprovar protocolo de instrumento Salvar

Não para diagnóstico Salvar

Aprovar Protocolo Sizecall

Aprovar Protocolo Basecall Salvar

Aprovar Protocolo GeneMapper® Salvar

Gerenciar assinatura eletrônica

Tabela 21 Configurações de ass. eletrônica para abr ir o prompt depois (continuação)


Função para abrir o prompt

depois

Aprovar Protocolo GeneMapper® IDX

Salvar

Aprovar Protocolo SeqScape Salvar

Aprovar Ensaio Salvar

Aprovar modelo de placa Salvar

Aprovar Placa Salvar

Aprovar Amostra Salvar

Aprovar Resultados de padrão de instalação de sequenciamento

Aceitar

Não para diagnóstico Aceitar

Aprovar resultados de padrão de instalação de fragmento

Tabela 22 Configurações de ass. eletrônica para ver ificar depois


Função para verificar antes

Assinaturas e autoridades

requeridas (padrões se habilitadas)

Aprovar Calibragem Espacial Iniciar Run (execução)

1 assinatura, quaisquer autoridades (qualquer

usuário, qualquer função de usuário)

Aprovar Calibragem Espectral

Aprovar Calibragem Espacial

Aprovar Calibragem Espectral

Aprovar Plate

Aprovar Padrão de Instalação Sequencial Resultados

Não para diagnóstico Aprovar instalação de fragmento Standard Resultados


Como o software abre um prompt de ass. eletrônica antes de um ‘run’

Se o sistema está configurado para verificar se os dados foram assinados antes de iniciar um ‘run’ e os dados para a execução não estão assinados, é exibida uma mensagem quando o usuário clica em start Run.

Exemplo O sistema de ass. eletrônica é configurado para solicitar assinaturas de dois usuários (uma da conta de usuário Administrador, e outra de qualquer conta de usuário com função cientista) para uma calibragem especial antes de poder ser usada em um ‘run’ (execução). A calibragem espacial não foi assinada. Um usuário inicia um ‘run’. A seguinte mensagem é exibida:

Antes que o ‘run’ possa iniciar, os seguintes usuários devem assinar: • O usuário administrador • Qualquer outro usuário com função Cientista especificada e assinatura

eletrônica habilitada em sua conta de usuário Se um usuário não corresponder aos sinais de critérios especificados, esta mensagem é exibida novamente.

Gerar relatórios de assinatura eletrônica

Gerando Relatórios de Assinaturas Digitais

Geração de relatório de ass. eletrônica

1. Acesse a tela ‘E-Signature Reports’.

2. (Opcional): • Especifique filtros (intervalo de data, nome do

usuário, ação, tipo de objeto, nome de objeto), e clique em Go.

• Selecione um registro e clique em Show Object History. • Na caixa de diálogo de histórico, selecione um

registro, e clique em Show E-Signature Details. • Clique duas vezes nos cabeçalhos da coluna para

classificar. A classificação de várias colunas tem suporte (ver “Classificação em várias colunas).

• Customize a tabela (veja “Customizar tabelas”, página 96).

3. Os registros exibidos ( se estiverem especificados nas configurações de ass. eletrônica) são:

• Aprovar definição de tintura • Aprovar padrão de tamanho • Aprovar calibragem espacial • Aprovar calibragem espectral • Aprovar protocolo de instrumento • Aprovar protocolo Basecall

• Aprovar ensaio • Aprovar modelo de placa • Aprovar Placa • Aprovar amostra • Aprovar resultados de padrão de instalação de sequenciamento

• Não para diagnóstico Aprovar protocolo Sizecall


Visualização e impressão de relatórios de ass. elet rônica


Nota: Filtre a lista para diminuir o tempo requerido para gerar relatórios.

2. Clique em View E-Sig Summary Report ou View E-Sig Detailed Report.

3. Na tela de relatório, clique nas opções da barra de ferramentas para manipular o relatório conforme a necessidade. Posicione a seta do mouse sobre um item para obter a descrição do item.

4. Para imprimir o relatório, clique em Print.

5. Para salvar o relatório eletronicamente (.pdf), imprima o relatório e selecione CutePDF Writer como impressora.

Gerar relatórios de assinatura eletrônica


Exportar registros de ass. Eletrônica

Conforme necessário, você pode exportar registros de ass. eletrônica para um arquivo .txt, para manipulação e elaboração adicional for a do Software de coleta de dados série 3500 Dx.


2. Clique em Export E-Sig Records.

3. Especifique um nome e local para a exportação do arquivo .txt.

4. Clique em Save.


Exportar e importar configurações de contas de usuá rio, segurança, auditoria, e assinatura eletrônica

Exportar 1. Em qualquer tela no modulo SAE, clique em Export no painel de navegação.

2. Selecione os itens a serem exportados:

• Perfis de usuário – Contém todas as configurações nas seguintes telas:

– Editar Usuário – Todas as contas de usuário com status ativo – Função de usuário – Todas as funções de usuário e permissões

relacionadas (no caso de uma conta de usuário especificar uma função de usuário que não existe no sistema para o qual você importa os perfis)

• Configuração de sistema – Contém todas as configurações nas seguintes telas:

– Segurança – Preparação da conta e políticas de segurança – Auditoria – Objetos selecionados para auditoria, modos de auditoria e

motivos – Configurações de ass. eletrônica – Objetos selecionados para ass.

eletrônica, funções, número de assinaturas e autoridade – Funções de usuário – Todas as funções de usuário e permissões

relacionadas

3. Clique em Export .

4. Especifique o nome e local para o arquivo exportado .dat, e clique em Save. Uma mensagem é exibida quando a exportação está concluída.

Importar 1.

2. Selecione o arquivo.dat para importar, e clique Open. Uma mensagem será exibida perguntando se você deseja sobregravar a configuração do sistema atual. Clique Yes.

Se já existirem quaisquer contas de usuário no sistema, você é avisado para sobregravar ou pular cada conta.

Em qualquer tela no modulo SAE, clique Import no painel de navegação.

Visão geral de usuário de segurança, trilha de auditoria e assinatura eletrônica

Seção 2 Usuários

Visão geral de usuário de segurança, trilha de audi toria e ass. eletrônica do sistema

O modulo Segurança, Auditoria e Ass. eletrônica (SAE) provê a seguinte funcionalidade:

• Segurança do sistema – Controla o acesso do usuário ao software. • Auditoria – Rastreia mudanças feitas nos itens da biblioteca, ações realizadas por usuários, e

mudanças nas configurações SAE. • Assinatura eletrônica (e-sig) – Pede aos usuários para fornecer um nome de usuário e

senha quando realiza certas funções.

Dependendo do modo como seu administrador configura essas funções, você poderá ver as seguintes caixas de diálogo e prompts quando usar o software.

Segurança

Log In Se a segurança estiver habilitada em seu sistema, você deve fornecer um nome de usuário e senha para acessar o software.

Seu acesso às funções do software baseia-se nas permissões relacionadas à sua conta de usuário. Funções para as quais você não tem permissão ficam acinzentadas.

Se seu sistema estiver configurado para expiração de senha, você será lembrado periodicamente a mudar sua senha. Se seu sistema está configurado para monitorar log falhos em tentativas, você seu acesso ao software será bloqueado, se você digitar seu nome de usuário ou senha incorretamente um número de vezes especificado.

Permissões Se sua conta de usuário não tem permissão para realizar qualquer função no software, os comandos do menu ficam acinzentados.

Determinar o nome do usuário logado

Para exibir o nome completo do usuário logado, posicione a seta do mouse no menu Logout. O nome completo do usuário logado também é exibido na tela ‘Load Plates for Run’ e na tela Monitor Run.

Seção 2 Usuários

Mude sua senha quando ela expirar

Suspensão de conta

Quando sua senha estiver perto de expirar, uma mensagem será exibida quando você fizer o log in.

Para mudar sua senha, selecione Tools�Change Password.

Digite sua senha atual, e entre sua nova senha duas vezes, e clique em OK .

Se seu sistema está configurado para suspender uma conta de usuário devido a logins falhos, e você entrar um nome de usuário e senha incorretos mais vezes do que o permitido, sua conta de usuário é suspensa, e a caixa de diálogo Log In indicará que sua conta está inativa.

Há duas formas de ativar uma conta suspensa: • Você pode esperar até que o período de suspensão termine. • Um administrador pode mudar o status da conta de Suspensa para Ativa.

Nota: Enquanto um usuário está suspenso, outro usuário pode clicar em Reset, fazer o log in e substituir o usuário suspenso.

Expiração de sessão Se seu sistema está configurado para expirer e não houver atividade de usuário no tempo especificado, a caixa de diálogo Log In indicará que a sessão do usuário expirou. Você deverá entrar seu nome de usuário e senha para acessar o software.

Nota: O administrador ou outro usuário com permissão para fazer log in em sessões expiradas pode clicar em Reset, e fazer o login.

Auditoria

Auditoria

Se seu sistema está configurado para auditoria, você pode ser lembrado de especificar um motivo quando fizer certas mudanças no software.

Com base na configuração do seu sistema, você pode selecionar um motivo ou digitar um motivo para a mudança.

Assinatura eletrônica

Se seu sistema está configurado para assinatura eletrônica, você poderá ser lembrado de fornecer seu nome de usuário e senha quando realizar certas ações no software.

Se um item está configurado para pedir duas assinaturas, os assinantes não precisam assinar ao mesmo tempo. Quando o primeiro assinante assinar, o status da ass. eletrônica fica fixado em Partially Signed (assinado parcialmente). Quando o segundo assinante assinar, o status da ass. eletrônica fica fixado em Signed (assinado).

Você poderá também obter permissão para assinar objetos como placas, calibragens, ou outros itens da biblioteca. Se a assinatura eletrônica estiver habilitada para itens, qualquer um dos itens abaixo pode se aplicar:

• O botão de ass. eletrônica éhabilitado na biblioteca ou calibragem. • Você é lembrado de assinar conforme descrito em “Como o software abre prompts de

assinatura eletrônica antes de um run” na página 240.

Seção 2 Usuários

• A caixa de diálogos Open Plates (abrir placas) ou a biblioteca exibem uma coluna "Is signed" que reflete o status da assinatura eletrônica de um item.

Manutenção do Instrumento 8

Os procedimentos neste documento são destinados a uso In-Vitro Diagnostic (IVD) apenas.

IMPORTANTE! Os sistemasdos analisadores genéticos Applied Biosystems 3500 Dx/3500xL Dx requerem instrumentos e acessórios marcados para uso em diagnóstico in vitro. Os acessórios não marcados para uso de diagnóstico in vitro não podem ser usados nos sistemas analisadores 3500 Dx ou 3500xL Dx. Você só poderá usar acessórios que foram verificados para uso com sistemas analisadores 3500 Dx ou 3500xL Dx, e marcados para uso diagnóstico in vitro.

Nota: Informações de análise de fragmento são fornecidas para uso de pesquisa.

Cronograma de manutenção

Esta seção lista as tarefas comuns necessárias para manter seu Applied Biosystems 3500 Dx/3500xL Dx Genetic Analyzers em boas condições de uso.

O painel, juntamente com os dados digitados na seção cronograma da manutenção planejada, fornece um resumo abrangente das tarefas de manutenção.

AVISO! Use proteção apropriada, incluindo luvas, óculos de laboratório, e capa sempre que trabalhar com fluidos usados neste instrumento, ou partes que possam entrar em contato com esses fluidos.

IMPORTANTE! Use somente os agentes de limpeza descritos neste manual. O uso de agentes de limpeza não descritos neste manual pode danificar o instrumento.

Para informações sobre tratamento de falhas no instrumento, veja Anexo B, “Tratamento de falhas”.

Capítulo 8 Manutenção do instrumento

Revisão de notificações de manutenção

Reveja a lista de notificações de manutenção no painel diariamente, e realize as tarefas agendadas.

Quando você concluir uma tarefa, clique para marcá-la como concluída, clique para marcá-la como dispensada.

Nota: Tarefas concluídas ou dispensadas são removidas da seção de notificação de manutenção, e não aparecem novamente a menos que sejam tarefas repetidas. Tarefas dispensadas podem ser logadas no log de notificações.

Todas as ações são registradas no log de notificações. Veja “Revisão do log de notificações de manutenção”.

Tarefas de manutenção diária de instrumento Limpe os conjuntos, o container de tampão ânodo, e container de tampão cátodo, e certifique-se de que a parte externa dos conjuntos está seca.

IMPORTANTE! Use somente os agentes de limpeza descritos neste manual. O uso de agentes de limpeza não descritos neste manual pode danificar o instrumento.

Tarefa Frequência Para mais informações, veja.

Cheque os consumíveis no painel – Confira os medidores no painel para ver o status do container de tampão ânodo, contêiner de tampão cátodo, e polímero.

Antes de cada ‘run’

“Checar consumíveis no painel”.

Inspecione visualmente o nível de fluido dentro do container de tampão ânodo e do container de tampão cátodo. O fluido deve estar alinhado com a marca de enchimento.

“Mudar o container de tampão ânodo (ABC)”

Assegure que os conjuntos de placas estão montados apropriadamente. IMPORTANTE! Alinhe os orifícios no retentor de placa com os orifícios dos septos para evitar danos às pontas capilares.

“Preparar o conjunto de placas”

Assegure que os conjuntos de placas e o container de tampão cátodo estão posicionados na plataforma de placas apropriadamente. Elas devem estar assentadas com segurança na plataforma

“Carregar a placa no instrumento”

Assegure que a alavanca de travamento do conjunto sobre o conjunto capilar está segura.

Capítulo 1, Descrição de instrumento e software.

Tarefas de manutenção


Verifique se há bolhas no bloco da bomba e canais. Nota: Use o assistente Remove Bubble para remover bolha.

Diariamente ou antes de cada

‘run’

“Remover bolhas da bomba de polímero”

Verifique o cabeçalho fim de carregamento para garantir que as pontas capilares não estão amassadas ou danificadas.

“Para mudar o conjunto capilar”

Assegure que o bloco de bombas não está na posição posterior.

Diariamente Capítulo 1, Descrição de instrumento e software

Limpe as superfícies do instrumento tirando resíduos ressecados, tampão respingado ou sujeiras.

“Limpeza de instrumento de rotina”

Verifique vazamentos e resíduos ressecados em volta da válvula do pino tampão, verifique a válvula, e a alavanca de travamento do conjunto. IMPORTANTE! Se persistir o vazamento, entre em contato com Life Technologies.

“Verificar notificações de manutenção”

Tarefas semanais de manutenção de instrumento


Verifique as condições de armazenagem dos conjuntos usados para garantir que a ponta do conjunto está coberta no reservatório.

Semanalmente “Checar conjuntos capilares armazenados”

“Checar conjuntos capilares armazenados” página 261 “Lavagem da câmara da bomba e canais”.

Use uma esponja de laboratório para limar o conjunto do pino da válvula do contêiner de tampão ânodo sobre a bomba de entrega de polímero.


Reinicie o computador e instrumento. “Reiniciar o instrumento”.


Tarefas da Manutenção mensal de Instrumentos


Limpe com jato d´água o coletor da bomba Mensalmente ou conforme necessário

“Limpar o coletor de água (coletor da bomba)”.

Esvazie o container de condensação e o container de resíduos do coletor de água. O container de resíduos fica à direita do bloco da bomba.


Substitua os septos do contêiner de tampão cátodo. “Mudar o contêiner de tampão cátodo (CBC)”.

Execute uma checagem de desempenho. “Calibrar e checar o desempenho”

Limpe o auto-amostrador “Limpeza de instrumento de rotina”

Limpe a bandeja coletora

Verifique o espaço do disco “Monitorar o espaço do disco”.

Desfragmentar a unidade de disco rígido Mensalmente Antes que a fragmentação atinja 10%.

“Desfragmentar a unidade de disco rígido do computador”

Tarefas de manutenção trimestral


Execute checagem de desempenho A cada três meses “Calibrar e checar o desempenho”.

Tarefas planejadas de manutenção anual

Chame seu representante da Life Technologies para agenda a manutenção planejada anual.

Use o calendário de manutenção

Tarefas de manutenção de instrumento feitas conforme a necessidade


Mudar a bandeja. Conforme necessário

“Limpeza de instrumento de rotina”.

Remover polímero seco das pontas dos capilares com um limpador sem fiapos umectado com água desionizada

Arquivar e limpar objetos da biblioteca

Painel�gerenciar�Arquivar ou Limpar

“Gestão de recursos da biblioteca”.

Use o calendário de manutenção

O calendário de manutenção é uma visualização diária ou mensal das tarefas de manutenção de rotina programadas para o seu instrumento. Quando uma tarefa deve ser realizada, é listada na lista de notificações de manutenção no painel (veja “Revisão do Log de notificações de manutenção”).

Visualização do calendário

Para ir ao cronograma a partir do painel:

1. No painel, clique na tecla de alternância Maintain Instrument.

As opções de manutenção planejada aparecem no painel esquerdo, em destaque abaixo: O painel fornece a lista atual de notificações de manutenção, conforme mostrado. Clique em para obter mais informações.

2. A partir do painel esquerdo, em manutenção planejada, clique em

Schedule.

3. Clique em no canto esquerdo superior de Schedule para obter mais informações. Além disso, a Life Technologies sugere que você acrescente as tarefas de manutenção regular listadas abaixo ao calendário de manutenção.


Entradas padrão do calendário

Um conjunto de tarefas recomendadas pela Life Technologies é programado no calendário, marcadas com FR (repetição de fábrica) na visualização mensal e F (fábrica) na visualização diária. As tarefas de repetição especificadas pelo usuário são marcadas com R (Repetição) na visualização mensal, veja figura abaixo.

Você pode mudar a prioridade das tarefas de fábrica, mas não pode removê-las do calendário ou alterar a frequência de exibição das notificações das tarefas.

Além disso, a Life Technologies sugere que você acrescente ao calendário de manutenção:

• As tarefas de manutenção regular. • Uma tarefa de manutenção para substituir um consumível com base em sua

data de instalação (por exemplo, criar uma tarefa para substituir o polímero dois dias antes de o polímero expirar)

Criar entradas de calendário

Para criar uma nova tarefa programada, clique em Criar e siga os prompts. Abaixo temos um exemplo dos eventos programados no calendário.

Os tabs de mês e dia permitem que você visualize seu cronograma em diferentes formatos. Clique em Detach para mover a janela do calendário.

Revisão do log de notificações de manutenção


O log de notificações é um histórico de todas as mensagens de notificações e a ação realizada para a tarefa (concluída ou dispensada). Você pode usar esta opção para rever uma informação prévia de execução.

O painel fornece uma lista de notificações de rotina atual e manutenção, conforme explicado abaixo.

A classificação de várias colunas tem suporte (veja “Classificação de várias colunas”). Para ir para o Log de notificações a partir do painel: 1. Clique em Maintain Instrument

2. A partir do painel esquerdo, em Planned Maintenance, clique em Notifications Log,

clique em no canto superior esquerdo do log de notificações para obter mais informações. O log de notificações fornece as seguintes informações de cada evento:

A hora da notificação é determinada em preferências. A partir do painel, clique em Preferences, para abrir a caixa de diálogo Preferences , clique em Scheduler Preference, e siga os prompts.

Notificação Descrição

Nome O nome do evento

Prioridade A prioridade do evento.

Data da notificação A data da notificação.

Status O status atual do evento.

Usuário O nome do usuário.

Confirmação de Data/Hora A data e a hora em que o evento foi confirmado.

Descrição A descrição do evento.


Procedimentos operacionais do instrumento

A operação diária do instrumento envolve a realização das seguintes tarefas:

Checar consumíveis no painel

• Mudar o contêiner de tampão ânodo (ABC) • Mudar o contêiner de tampão cátodo (CBC) • Mudar o polímero • Usar o reagente de condicionamento • Encher a série capilar com polímero novo • Remover bolhas

A seção de visualização rápida do painel fornece as informações necessárias para operar o instrumento.

As informações exibidas dentro da visualização rápida são geradas automaticamente, via leitor de identificação por radiofrequência (RFID).

Use as informações apresentadas na seção visualização rápida antes e depois de realizar uma tarefa de manutenção.


Medidores Informações do instrumento Ajuda Consumíveis Notificações de manutenção


Mudar o contêiner de tampão ânodo (ABC)

Para os seguintes riscos, veja as descrições de alerta de segurança completas em “Alertas químicos específicos”, página 330.

AVISO! PERIGO QUÍMICO. Contêiner de Tampão ânodo (ABC).

Para obter mais detalhes, veja Capítulo 1, “Reagentes e consumíveis do instrumento”, página 28. Contaminação pode causar dados de baixa qualidade. Para evitar a contaminação, use polímero, tampão ânodo, tampão cátodo e reagente de condicionamento genuínos e embalados.

1. Remova o ABC da armazenagem.

2. Verifique a data de expiração no rótulo do ABC para certificar-se de que não expirará antes

ou durante o uso.

3. O ABC refrigerado deve voltar à temperatura ambiente antes de ser usado pela primeira vez. Não remova o selo antes de concluir o passo 5 abaixo.

IMPORTANTE! Garanta que todo o tampão seja removido para o lado maior do ABC antes de remover o selo.

4. Verifique se o nível do tampão está na linha de enchimento ou acima dela e se o selo está intacto.

IMPORTANTE! Não use se o nível do tampão estiver muito baixo ou se o selo estiver comprometido. Uma tolerância de enchimento de ± 1 mm é aceitável.

5. Incline levemente o ABC (como mostrado na figura abaixo) para certificar-se que a maior parte do tampão está no lado maior do contêiner. Deve haver menos de 1 ml de tampão restante no lado menor do contêiner.

6. Verifique se o tampão está na linha de enchimento.

7. Retire o selo da parte de cima do ABC.


8. Coloque o ABC na extremidade do ânodo do

instrumento, abaixo da bomba.

IMPORTANTE! O rótulo RFID deve estar de frente para o instrumento (e não para você) para garantir que as informações do RFID sejam lidas com precisão pelo instrumento.

9. Feche a porta do instrumento para reiniciar.

Nota: Se você não fechar a porta do instrumento para reiniciar, precisará clicar em Refresh a partir do painel.

10. Clique em Refresh a partir do painel para atualizar a tela.

11. Verifique a seção Visualização rápida do painel para obter o status atualizado após mudar o

ABC.

Mudar o contêiner de tampão cátodo (CBC)

Para os seguintes riscos, veja as descrições de alerta de segurança completas em “Alertas químicos específicos”.

AVISO! PERIGO QUÍMICO. Contêiner de Tampão cátodo (CBC).

Para obter mais detalhes, veja Capítulo 1, “Reagentes e consumíveis do instrumento”, página 28.

Contaminação pode causar dados de baixa qualidade. Para evitar a contaminação, use polímero, tampão ânodo, tampão cátodo e reagente de condicionamento genuínos e embalados.

Use peças e reagente genuínos. O uso de peças ou reagentes inadequadas causa dados de baixa qualidade ou danifica o instrumento.

1. Remova o CBC da armazenagem. 2. Verifique a data de expiração no rótulo do CBC para certificar-se de que não expirará antes ou

durante o uso. 3. O CBC refrigerado deve voltar à temperatura ambiente antes de ser usado pela primeira vez. 4. Limpe a condensação sobre o CBC exterior com um tecido de laboratório sem fiapos.


5. Verifique se o nível do tampão está na linha de enchimento ou acima dela e se o selo está intacto.

IMPORTANTE! Não use se o nível do tampão estiver muito baixo ou se o selo estiver comprometido. Uma tolerância de enchimento de ± 0,5 mm é aceitável.

Nota: O menisco deve estar na linha de enchimento ou acima dela.

6. Incline o CBC para frente e para trás suavemente e com cuidado para garantir que o tampão fique distribuído uniformemente no topo das placas.

Nota: Se você não inclinar o CBC para frente e para trás, o tampão fica preso nas placas, devido à tensão da superfície.

7. Verifique se o tampão está na linha de enchimento ou acima dela.

8. Quando estiver pronto para instalar o CBC, coloque o contêiner em uma superfície plana (como uma bancada de laboratório) e retire o selo.

9. Limpe qualquer tampão no topo do CBC com um

tecido sem fiapos. Certifique-se de que o topo do contêiner está seco.

IMPORTANTE! Falha na realização desta ação pode resultar em formação de arcos e interrupção da execução.

10. Coloque os septos apropriados em ambos os lados do CBC.

a. Alinhe os septos do tampão (a parte simétrica

0 sobre os 24 orifícios do CBC.

b. Empurre os septos levemente para os orifícios para iniciar e depois empurre firmemente para assentar os septos.


11. Instale o CBC no autoamostrador.

Nota: Quando estiver instalado adequadamente, ele irá clicar no autoamostrador já que os tabs estão encaixados no lugar.

12. Feche a porta do instrumento para reiniciar.


14. Verifique a seção Visualização rápida do painel para obter o status atualizado após mudar o CBC.

Verificar as séries capilares armazenadas

AVISO! A extremidade da carga da série de capilares tem extremidades pequenas mas ásperas e podem causar ferimento.

IMPORTANTE! Use proteção apropriada, incluindo luvas, óculos de laboratório, e capa sempre que trabalhar com fluidos usados neste instrumento, ou partes que possam entrar em contato com esses fluidos.

Quando a série capilar estiver instalada, os eletrodos da base são inseridos no CBC. Os eletrodos do topo conectam com a bomba de entrega de polímero. A Life Technologies recomenda manter os eletrodos na base na bandeja com 1 tampão em execução. Para maiores detalhes, veja Capítulo 1, “Reagentes e consumíveis do instrumento”.

IMPORTANTE! Mantenha a extremidade de carregamento da série capilar 1X do tampão em execução para evitar que o polímero seque dentro dos capilares. Se o nível de fluido for baixo, acrescente água destilada (DI) à solução tampão.

Consulte o assistente capilar de instalação para obter mais instruções sobre como armazenar a série capilar.


Lavar o coletor de água (coletor da bomba)

O coletor de água deve ser limpo com jato uma vez por mês para prolongar a vida da bomba e para limpar qualquer polímero diluído.

Limpe com jato de água destilada ou deionizada e certifique-se de que a água flua para dentro do contêiner de transbordamento. Desfaça-se do excesso de água (dentro do contêiner de transbordamento ). Veja “Segurança química geral”.

Nota: Deixe o coletor cheio com água destilada ou deionizada.

1. Encha a seringa plástica Luer lock de 20 mL fornecida (no kit de limpeza PDP, 4359572) com água destilada ou deionizada. Tire as bolhas da seringa.

IMPORTANTE! Não use seringa menor que 20 mL. Isso poderia gerar pressão excessiva dentro do coletor.

2. Anexe a seringa ao acessório Luer voltado para frente no topo do

bloco da bomba. Segure o acessório com uma mão enquanto passa a seringa sobre o acessório com a outra mão.

1X tampão em execução e água destilada (DI)


3. Abra o acessório Luer segurando o corpo do acessório e girando-o para afrouxar. Anexe a seringa e gire no sentido anti-horário aproximadamente meia volta.

IMPORTANTE! NÃO USE FORÇA EXCESSIVA quando empurrar o êmbolo da seringa pois pode danificar os selos do coletor. Faça um jorro de aproximadamente 30 segundos de 5 mL de água destilada ou deionizada através do coletor.

Nota: Como o volume do coletor de água é de aproximadamente 325 µL, um volume relativamente pequeno de água é adequado para completar o jato. Entretanto, um volume maior só melhora o jorro, desde que a força e a taxa de fluxo sejam mantidas dentro dos limites dados acima.

4. Remova a seringa do acessório Luer. Segure o acessório com uma mão enquanto gira a seringa no sentido anti-horário com a outra mão.

5. Feche o acessório Luer girando levemente no sentido anti-horário até que o acessório fique

selado contra o bloco.

Limpeza de instrumento de rotina


1. Certifique-se de que as portas do forno e dos instrumentos estão fechadas. 2. Pressione o botão da bandeja em frente do instrumento para mover o auto amostrador para

a posição dianteira.

IMPORTANTE! Use somente os agentes de limpeza descritos neste manual. O uso de agentes de limpeza não descritos neste manual pode danificar o instrumento. Entre em contato com seu representante de vendas da Life Technologies se tiver qualquer dúvida.

3. Limpe qualquer líquido sobre o autoamostrador ou em sua volta, usando um tecido sem fiapos.

4. Limpe cristais acumulados do polímero sobre o instrumento, incluindo as pontas capilares,

com água deionizada e tecido sem fiapos.

5. Limpe o plugue da série.

6. Limpe as bandejas coletoras com água deionizada, ou etanol (absoluto), e tecido sem fiapos.

Nota: A bandeja coletora pode ser removida.


Mova e nivele o instrumento

CUIDADO! PERIGO DE LESÃO FÍSICA. Não tente levantar o instrumento ou quaisquer objetos pesados a menos que tenha recebido treinamento. O levantamento incorreto pode causar dor e às vezes lesão permanente na coluna. Use técnicas apropriadas quando levantar ou mover o instrumento. São necessárias duas ou três pessoas para levantar o instrumento, dependendo do peso do instrumento.

1. Remova os seguintes componentes do instrumento: • Conjuntos de placa do autoamostrador. • CBC do autoamostrador. • Série capilar: clique em assistentes Shutdown the Instrument in the Maintenance. Veja

“Para desligar o instrumento” página 274. • Reservatório de tampão ânodo.

2. Desligue o disjuntor na parte de trás do instrumento.

3. Desconecte o cabo de energia e o cabo Ethernet.

IMPORTANTE! Enquanto estiver movendo o instrumento, evite qualquer choque ou vibração.

4. Mova o instrumento. 5. Gire as pernas do instrumento para nivelar o instrumento.

Para mover o canto do instrumento... Gire a perna...

Para cima Para a direita (sentido horário)

Para baixo Para a direita (sentido anti-horário)

Use o wizard de manutenção para realizar operações

Use os assistentes de manutenção para realizar operações

Sobre assistentes de manutenção

Para ativar os assistentes de manutenção no painel, clique na tecla de alternância Maintain Instrument.

A função "assistentes de manutenção do software de coleta de dados" permite que você realize operações necessárias para sustentar o instrumento.

Sem seguir necessariamente uma ordem, estas operações incluem o seguinte:

• Instalar uma série de capilares • Remover bolhas da bomba de polímero • Lavar a câmara e canais da bomba • Encher a série com polímeros novos • Reabastecer o polímero instalado no instrumento • Mudar o tipo de polímero instalado no instrumento com a opção de mudar a série de

capilares. • Desligar o instrumento.

IMPORTANTE! Uma vez iniciado, o Assistente de operações não pode ser cancelado.

IMPORTANTE! Após realizar uma lavagem de condicionamento, certifique-se de que o nível do tampão dentro do ABC está na linha de enchimento ou acima dela, antes do próximo passo com exceção do assistente de lavagem da bomba e canais.


Reenchimento do polímero

IMPORTANTE! Não use uma bolsa de polímero que foi instalada em um tipo de instrumento em outro tipo de instrumento. Por exemplo, se você instalar uma nova bolsa de polímero originalmente em um instrumento 3500 Dx (8-capilares), não use subsequentemente a mesma bolsa de polímero em um instrumento 3500xL Dx (24-capilares), ou vice versa. Fazer isso pode resultar em número de amostras/injeções inferior ao especificado.

Para os seguintes riscos, veja as descrições completas de alerta em “Alertas químicos específicos”, página 330.

AVISO! PERIGO QUÍMICO. Polímeros POP-4®, POP-6™, e POP-7™.

Para maiores detalhes, veja Capítulo 1, “Descrição de instrumento e software”..

Se você estiver substituindo apenas o mesmo tipo de polímero, siga os procedimentos abaixo:

IMPORTANTE! Se você remover uma bolsa de polímero para armazenagem, coloque uma tampa (REF 4412619) sobre a bolsa, e coloque uma bolsa vazia (ou reagente de condicionamento) sobre o conector para evitar o dessecamento de qualquer polímero residual sobre o conector.

Use o wizard de mautenção para realizar operações

1. Na tela do assistente de manutenção, clique em Replenish Polymer.

Nota: O assistente Replenish Polymer leva de 10 a 20 minutos para concluir.

2. Siga os prompts na janela do assistente Replenish Polymer.

3. Clique em Refresh a partir do painel para

atualizar a tela.

4. Verifique a seção ‘visualização rápida’ do painel para obter o status atualizado depois de reabastecer o polímero.

Mudar o tipo de polímero


Para os seguintes riscos, veja as descrições completas de alerta em “Alertas químicos específicos”, página 330.

AVISO! PERIGO QUÍMICO. Polímeros POP-4®, POP-6™, e POP-7™.

IMPORTANTE! Se você remover uma bolsa de polímero para armazenagem, coloque uma tampa (REF 4412619) sobre a bolsa, e coloque uma bolsa vazia (ou reagente de condicionamento) sobre o conector para evitar o dessecamento de qualquer polímero residual sobre o conector.


Para maiores detalhes, veja Capítulo 1, “Reagentes e consumíveis do instrumento”.

IMPORTANTE! Se o polímero secar no equipamento ou na abertura da bolsa, o polímero seco impede o equipamento da bolsa de fechar adequadamente a tampa interna. Se isso acontecer, a bolsa de polímero não poderá mais ser usada. Quando a bolsa for removida, cubra o equipamento com uma bolsa nova, vazia ou de condicionamento. Para evitar a secagem, o equipamento da bolsa deve ser coberto com uma tampa de bolsa (REF 4427991).

Nota: Bolsas vencidas não podem ser usadas no instrumento.

1. Remova o polímero da armazenagem 4 °C.

2. Espere o polímero refrigerado ficar na temperatura ambiente antes de usar.

3. Verifique a data de expiração no rótulo da bolsa para ter certeza de que não está vencida antes de usar.

IMPORTANTE! Não use se a bolsa e/ou o rótulo estiverem danificados ou se estiver faltando o selo do topo.

4. Retire o selo do topo do equipamento da bolsa.

Nota: Você pode ocasionalmente observar uma pequena gota de polímero dentro do equipamento ( resíduo do processo de enchimento da bolsa). Isso não deve causar problemas de desempenho.

5. Deslize o equipamento da bolsa para a abertura do conjunto da alavanca. Empurre a alavanca para cima para encaixar a bolsa na extremidade do conector da bomba do instrumento.

Nota: O rótulo RFID deve estar voltado para o instrumento (não para você) para garantir que as informações de RFID serão lidas com precisão pelo instrumento.

6. Se uma bolsa parcialmente usada for removida para uso posterior, use a tampa sugerida para ligar a abertura do equipamento e armazenar a bolsa nas condições de armazenagem recomendadas.

Use o Wizard de manutenção para realizar operações

7. A partir da tela do assistente de manutenção, clique em Change Polymer Type.

IMPORTANTE! Esta função permite que você mude o tipo de polímero instalado no instrumento com a opção de mudar as séries de capilares.

Nota: O assistente Change Polymer Type leva de 60 a 70 minutos para completar.

8. Siga os prompts na janela do assistente Change Polymer Type.

Nota: mudar o polímero requer o uso de um reagente de condicionamento. Veja “Use o reagente de condicionamento”.

9. Clique em Refresh a partir da tela para atualizar a tela.

10. Verifique a seção Quick View do painel

para obter o status atualizado após trocar o polímero.


Polímero parcialmente usado


Se uma bolsa parcialmente usada for removida para uso posterior, use a tampa sugerida para ligar a abertura do equipamento e armazenar a bolsa nas condições de armazenagem recomendadas. A tampa da bolsa é vendida separadamente (4412619).

Se você remover uma bolsa de polímero para armazenagem, coloque uma tampa de bolsa (REF 4412619) sobre a bolsa, e depois coloque uma bolsa vazia (ou reagente de condicionamento) sobre o conector para evitar a dessecação de qualquer polímero residual sobre o conector. Se o polímero secar no equipamento ou na abertura da bolsa, o polímero seco impede o equipamento da bolsa de fechar adequadamente a tampa interna. Se isso acontecer, a bolsa de polímero não poderá mais ser usada.

IMPORTANTE! Siga as instruções do assistente para garantir a instalação e operação adequadas da bolsa e do instrumento.

Lavar a câmara da bomba e canais

Nota: O assistente Wash Pump and Channels leva mais de 40 minutos para completar.

1. A partir da tela Maintenance Wizards, clique em Wash Pump e Channels.

2. Siga os prompts na janela Wash Wizard window.

Use o Wizard de manutenção para realizar operações

Use o reagente de condicionamento

Para obter mais detalhes, veja Capítulo 1, “Reagentes e consumíveis do instrumento”.

IMPORTANTE! Bolsas vencidas não podem ser usadas no instrumento. Uma vez instalada no instrumento, a bolsa só deve ser usada uma vez.

O uso do reagente de condicionamento é comandado pelos assistentes do instrumento. A contaminação pode causar dados de baixa qualidade. Para evitar a contaminação, use polímero, tampão ânodo, tampão cátodo e reagente de condicionamento genuínos e embalados.

Use peças e reagente genuínos. O uso de peças ou reagentes inadequadas causa dados de baixa qualidade ou danifica o instrumento.

Consulte o Capítulo 3, “Configurar e Executar”, página 65 para obter instruções sobre escorva da bomba e iniciar a execução.

A seção Quick View do painel fornece as informações necessárias para uso do reagente de condicionamento.

Nota: Instale a bolsa somente quando for requisitado pelo assistente.

Colocar o reagente de condicionamento no instrumento

1. Verifique a data de vencimento no rótulo antes de usar para certificar-se de que não está

vencido.

IMPORTANTE! Não use se a bolsa/rótulo estiver danificado ou se estiver faltando o selo do topo.

2. Retire o selo no topo do equipamento da bolsa do reagente de condicionamento.

3. Insira o equipamento da bolsa na abertura do mecanismo da alavanca da bomba. Empurre a

alavanca para encaixar a bolsa na extremidade da bomba do instrumento.

Nota: O rótulo RFID deve estar voltado para o instrumento (não para você) para garantir que as informações de RFID serão lidas com precisão pelo instrumento.

4. Siga o assistente para obter mais instruções.


6. Verifique a seção Quick View do painel para obter o status atualizado do reagente de

condicionamento.


Encher a série de capilares com polímero novo

Para os seguintes riscos, veja as descrições completas de alerta em “Alertas químicos específicos”.

AVISO! PERIGO QUÍMICO. Polímeros POP-4®, POP-6™, e POP-7™

Para mais detalhes, ver Capítulo 1, “Reagentes e consumíveis do instrumento”. O enchimento da série de capilares com polímero novo é comandado pelos assistentes do instrumento.

1. Para encher a série de capilares com polímero novo (mesmo

tipo de polímero) clique em Fill the Array with fresh Polymer.

2. Siga os prompts na janela do assistente Fill Array.


4. Verifique a seção Quick View do painel para obter o status atualizado após o enchimento da série de capilares com polímero novo.

Remover bolhas da bomba do polímero

Remova as bolhas da passagem de fluido da bomba do polímero antes de cada execução. Veja “Tarefas diárias de manutenção de instrumento”, página 250 para obter mais informações.

IMPORTANTE! Use luvas ao manipular o polímero, a série de capilares, os septos, ou o CBC.

1. Para remover bolhas da passagem de fluido da bomba do polímero que viajam da bolsa do polímero através da bomba, da entrada da série, e do contêiner de tampão ânodo, clique em Remove Bubbles.

Nota: O assistente Bubble Remove leva de 5 a 15 minutos para completar.

Use o Wizard de Manutenção para realizar operações

2. Siga os prompts na janela do assistente Bubble Remove.


para obter o status atualizado da bolsa do polímero após remover as bolhas da passagem de fluido da bomba do polímero.

Para mudar a série de capilares

AVISO! SHARP A extremidade da carga da série de capilares tem pontas pequenas mas ásperas e pode causar ferimentos.


IMPORTANTE! Verifique o cabeçalho da extremidade de carregamento para certificar-se de que as pontas dos capilares não estão amassadas ou danificadas.

Para mais detalhes, veja Capítulo 1, “Reagentes e consumíveis do instrumento”.

1. A partir da tela Maintenance Wizards clique em Install Capillary Array.

Nota: O assistente Install Capillary Array leva de 15 a 45 minutos para completar.


2. Siga os prompts na janela do assistente Install Capillary Array.


para obter o status atualizado da série de capilares.

Para desligar o instrumento

Use o assistente de desligamento do instrumento para desligamento de curto e longo prazo.

1. A partir da tela Maintenance Wizards screen, clique em Shutdown the Instrument.

Nota: O assistente Instrument Shutdown leva 60 minutos para completar.

2. Siga os prompts na janela do assistente Instrument Shutdown.

Realize o procedimento apropriado de desligamento com base nas informações da seguinte tabela:

IMPORTANTE! Coloque uma bolsa de reagente de condicionamento sobre o instrumento quando realizar o desligamento do instrumento.

Manutenção do computador

Se o instrumento for ficar sem uso por ... Realize este procedimento de desligamento ...

Não mais que uma semana Nenhuma ação é necessária.

1 a 2 semanas IMPORTANTE! Mantenha a extremidade de carga da série de capilares em 1x tampão para evitar que o polímero seque nos capilares. Se o nível do fluido estiver baixo, acrescente água destilada à solução tampão. Instale o novo CBC quando estiver pronto para concluir as execuções.

Por mais de duas semanas Longo prazo. Veja abaixo sobre desligamento de instrumento de longo prazo.


Esta seção lista as tarefas comuns necessárias para manter o computador do seu analisador 3500 Dx ou 3500xL Dx em boas condições de uso.

Nota: Se a energia for interrompida, o computador deve ser reiniciado.

Para obter informações sobre tratamentos de falhas, veja Anexo B, “Tratamento de Falhas”.

Desinstalar o software

Quando você desinstala o software, você é lembrado de fazer um backup da memória de dados (o diretório que contém todos os itens da biblioteca que você criou, como placas e protocolos).

IMPORTANTE! Não faça o backup da memória de dados no diretório de instalação. O diretório de instalação é deletado durante o processo de desinstalação.

Arquivar, limpar e restaurar dados

• Arquivar – Faz uma cópia dos dados em um arquivo externo que você poderá salvar em outro local.

• Limpar – Permite que você Deletar (limpe) itens criados por usuários armazenados na biblioteca. Itens fornecidos pela fábrica não são deletados. Você tem a opção de arquivar os itens também.

• Restaurar – Restaura os dados arquivados de volta ao sistema.

IMPORTANTE! Essas funções afetam itens armazenados na biblioteca (memória de dados). Essas funções não afetam arquivos de dados de amostra.

Frequência A Life Technologies recomenda a limpeza dos objetos da biblioteca a cada três meses.


Arquivar itens da biblioteca Esta função arquiva itens armazenados na biblioteca. Para arquivar registros de auditoria, veja Capítulo 7, “Arquivar, limpar e restaurar registros de auditoria”.

1. Acesse a tela Archive.

2. Especifique a categoria e faixa de data, e clique em OK.

3. Especifique um local e nome do arquivo para arquivamento (.dsz), e clique em Save. Uma mensagem é exibida quando o arquivo está completo.

IMPORTANTE! Não especifique x:\Applied Biosystems\3500\datastore como local para arquivamento. Se o fizer, seu arquivo poderá ser deletado se você desinstalar o software e não fizer o backup da memória de dados.

Se você especificar um local no qual você não tem permissão de salvar, uma mensagem de advertência é exibida e dá a você a opção de salvar em outro local.

Arquivar arquivos de dados Há duas maneiras de arquivar os arquivos de dados.

1. Inicie�Sistema�Painel de controle e Backup�Manutenção e Centro de Restauração OU

Programas�Acessórios�Ferramentas do sistema�Backup

2. Use pasta de arquivo backup ou opções de backup do computador.

Nota: Se você exportar registros de auditoria para amostras que não estão em seu lugar original (amostras que foram deletadas ou movidas), será exibida uma mensagem. Retorne os arquivos de dados de amostra para os seus locais originais, e exporte novamente.

Restaurar Esta função restaura itens na biblioteca. Para restaurar registros de auditoria, veja Capítulo 7, “Arquivar, limpar e restaurar registros de auditoria”.

1. Acesse a função Restore.


2. Selecione o arquivo (.dsz) a ser restaurado, e clique em Open. Se o arquivo contiver itens que existem no sistema, será exibida uma mensagem.

3. Selecione uma opção para continuar. É exibida uma mensagem quando a restauração está concluída.

Limpar Esta função limpa (deleta) itens armazenados na biblioteca. Para limpar registros de auditoria, veja Capítulo 7, “Arquivar, limpar e restaurar registros de auditoria”.

1. Acesse a função Purge.

2. Clique Yes na mensagem de alerta Purge declarando que você está prestes a deletar permanentemente todos os arquivos da biblioteca.

3. Especifique a categoria e faixa de data, e clique em OK.

4. Clique Yes na mensagem de alerta Purge.

Quando todos os registros são deletados, uma mensagem de alerta é exibida.

Monitorar o espaço do disco

Garanta espaço suficiente no drive fazendo o seguinte regularmente:

• Arquivar dados • Deletar arquivos desnecessários • Esvaziar o lixo • Desfragmentar os drives


Disco rígido e status Verifique manualmente espaço de disco disponível no Drive D.

Para verificar o status, vá para My Computer�mouse direito e clique em C

drive�Select Properties�Clique tab General.

Nota: O software de coleta de dados irá notificá-lo quando estiver de 70-75% cheio. Com 78% cheio, o software não irá iniciar uma execução.

Se houver espaço insuficiente:

• Arquive os arquivos de amostra. • Deletar os dados do arquivo de amostra do drive D e

esvazie os conteúdos da lixeira.

Desfragmentar o disco rígido do computador

Esta opção pode ser definida como lembrete no programador. A fragmentação de arquivos diminui o desempenho do software de coleta de dados e o sistema operacional do computador. Os programas levam um tempo maior para acessar arquivos realizando várias operações de busca dos fragmentos.

Vá para Start�Programs�Accessories �System Tools�Disk Defragmenter e siga os prompts.

Nota: Você pode clicar em Analyze para ver se deve desfragmentar ou não.

Verifique o espaço disponível em todos os drives

Antes de uma execução, o software de coleta de dados verifica o espaço de disco livre. Se o espaço de disco livre adequado não está disponível para armazenar os dados, o software de coleta de dados exibe a seguinte mensagem: Remove data: the drive is getting full (remova os dados; o drive está ficando cheio)

Visualize os erros que aparecem para erros gerados e na janela Event Log. Veja Anexo B, “Tratamento de Falhas”.

Verifique também a luz de status no canto inferior esquerdo da janela de coleta de dados para ver se ela pisca em vermelho.



O log de notificações é um histórico de todas as mensagens de notificação e a ação realizada para a tarefa (concluída ou dispensada). Você pode usar essa opção para rever uma informação prévia de execução.

O painel fornece uma lista de notificações atuais de rotina e manutenção, conforme explicado abaixo.

A classificação de várias colunas tem suporte (veja “Classificação de várias colunas”). Para ir para o log de notificações a partir do painel:

1. Clique em Maintain Instrument

2. A partir do painel esquerdo, em Planned Maintenance, clique em Notifications Log Clique

em no canto superior esquerdo do log de notificações para obter mais informações. O log de notificações fornece as seguintes informações de cada evento:

Notificação Descrição

Nome O nome do evento.

Prioridade A prioridade do evento.

Data da notificação Data da notificação.

Status O status atual do evento.

Usuário O nome do usuário.

Confirmação de data/hora A data e hora de confirmação do evento.

Descrição A descrição do evento.

O tempo de notificação é determinado em Preferences. A partir do painel, clique em Preferences, para abrir a caixa de diálogo Preferences, clique em Scheduler Preference, e siga os prompts.


Log de serviço

O log de serviço é um registro de serviço do instrumento, e é usado e concluído pelo engenheiro de serviço da Life Technologies na hora do serviço.

Para ir para o log de serviço a partir do painel:

1. Clique em Maintain Instrument

2. A partir do painel esquerdo, em under Planned Maintenance, clique em Service Log Clique no canto superior esquerdo do log de serviço para obter mais informações.

A tela do log de serviço contém o histórico de todos os eventos de serviço ocorridos no sistema, começando com o evento mais recente, e fornece as seguintes informações de cada evento:

Evento Descrição

Número do ticket O número atribuído ao evento.

Tipo do serviço O tipo de serviço solicitado.

Data de ocorrência do evento A data de ocorrência do evento.

Data de início do serviço Data de início do serviço.

Data do fim do serviço Data do fim do serviço.

Engenheiro de serviço Nome do engenheiro de serviço.

Motivo O motivo para logar o evento

Comentários Quaisquer comentários adicionais.

Aplicação de Reagentes e Módulos de Execução A

Os procedimentos deste documento são destinados somente para uso diagnóstico in-vitro (IVD).

IMPORTANTE! Os sistemas dos analisadores genéticos Applied Biosystems 3500 Dx/3500xL Dx requerem instrumentos e acessórios marcados para uso em diagnóstico in vitro. Os acessórios não marcados para uso de diagnóstico in vitro não podem ser usados nos sistemas analisadores 3500 Dx ou 3500xL Dx. Você só poderá usar acessórios que foram verificados para uso com sistemas analisadores 3500 Dx ou 3500xL Dx, e marcados para uso diagnóstico in vitro.


Apêndice A Aplicação de reagentes e módulos de execução

Reagentes e consumíveis de análise de sequenciamento

IMPORTANTE! A calibragem spectral para uso IVD requer padrão de sequenciamento BigDye® Terminator v3.1 marcado com diagnóstico in vitro

Nota: Para obter a data de vencimento de vida em prateleira do reagente ou consumível, veja o rótulo do pacote.

A tabela a seguir mostra todos os reagentes e consumíveis para análise de sequenciamento.

Tabela 23 Reagentes e consumíveis de análise de sequenciamento

Nome Número da peça

Condições de armazenagem

Sobre vida útil em prateleira do

instrumento em temperatura

ambiente

BigDye® Terminator (BDT) v3.1 Cycle Sequencing Kit 24 reações

4337454 -15 °C a -25 °C 24horas


4337455 -15 °C a -25 °C 24horas


4337456 -15 °C a -25 °C 24horas


4337457 -15 °C a -25 °C 24horas


4337449 -15 °C a -25 °C 24horas


4337450 -15 °C a -25 °C 24horas


4337451 -15 °C a -25 °C 24horas


4337452 -15 °C a -25 °C 24horas

Reagentes e consumíveis de análise de fragmento

Tabela 24 Padrões de sequenciamento





ambiente

BigDye® Terminator (BDT) v3.1 Sequencing Standard (leitura longa)

4404312 -15 °C a -25 °C 24horas

BigDye® Terminator (BDT) v1.1 Sequencing Standard (leitura longa)

4404314 -15 °C a 25 °C 24horas

BigDye® Terminator (BDT) v3.1 Matrix Standard 4336974 2 °C a -8 °C 24horas

BigDye® Terminator (BDT) v1.1 Matrix Standard 4336824 2 °C a -8 °C 24horas

Reagentes e consumíveis de análise de fragmento

IMPORTANTE! Os seguintes consumíveis são apenas para pesquisa.


A tabela a seguir mostra todos os reagentes e consumíveis para análise de fragmento. Tabela 25 Consumíveis e reagentes de análise de fragmento para pesquisa





ambiente

Fragment Analysis Matrix Standards (5-Dye) -DS-02 4323050 2 a 8°C 24horas

Fragment Analysis Matrix Standards (4-dye) - DS-32 4345831 2 a 8°C 24horas

Fragment Analysis Matrix Standards (5-Dye) -DS-33 4345833 2 a 8°C 24horas

Fragment Analysis Installation kit (5-Dye) -DS-33 4376911 2 a 8°C 24horas

GS120LIZ Size Standard 4324287 2 a 8°C 24horas

GS500ROX Size Standard 401734 2 2 a 8°C 24horas

GS600 LIZ Size Standard v2 (for Normalization) 4408399 2 a 8°C 24horas

GS1200 LIZ Size Standard 4379950 2 a 8°C 24horas


Definições de tintura de análise de sequenciamento para aplicações de sequenciamento


A tabela a seguir mostra a definição de tintura para aplicações de sequenciamento.

Nota: O uso de diagnóstico in vitro das aplicações de sequenciamento é demonstrado usando o material primário de controle, o BigDye® Terminator v3.1 Sequencing Standard Kit (REF 4404310).

Tabela 26 Definições de tintura para várias aplicações

Definição de tintura Nome da aplicação

Z (3.1 BigDye® Terminator) Sequenciamento de DNA

Definições de tintura de análise de sequenciamento para aplicações de sequenciamento

IMPORTANTE! A definição de tintura de sequenciamento a seguir é usada apenas para pesquisa.

A tabela a seguir mostra todas as definições de tintura para aplicações de sequenciamento de pesquisa.

Tabela 27 Definições de tintura para várias aplicações

Definição de tintura Nome da aplicação

E (v1.1 BigDye® Terminator) Sequenciamento rápido de DNA

Definições de tintura de análise de fragmento para todas as outras aplicações

Definições de tintura de análise de fragmento para todas as outras aplicações

IMPORTANTE! As definições de tintura a seguir são usadas apenas para pesquisa.


A tabela a seguir mostra todas as definições de tintura para análise de fragmento.

Tabela 28 Definições de tintura de análise de fragmento para pesquisa

Definição de tintura Aplicação

E5 Kit SNaPshot®

G5 Dimensionamento de DNA para química de 5 tinturas

J6 Dimensionamento de DNA para química de 6 tinturas

F Dimensionamento de DNA para química de 4 tinturas

Qualquer tintura Dimensionamento de DNA


Módulos de execução

Série de capilares e polímero (módulos de execução de análise de sequenciamento)

Decida qual combinação de série de capilares e polímero combina com suas especificações de resolução e desempenho, a partir da tabela abaixo.

Tabela 29 Série de capilares e polímero (módulos de execução de análise de sequenciamento)

Tipo de módulo de execução &

Nome do modulo de execução

Configuração 23 horas produtividade operacional‡ Desempenho

Comprimento capilar (cm)

Tipo de polímero

Tempo de execução (min)


3500xL Dx (24-capilares)

Comprimento de leitura continua

(CRL)§

Sequenciamento rápido RapidSeq50_POP7

50 POP-7™ ≤40 ≥280 ≥840 ≥500

Sequenciamento padrão StdSeq50_POP6

50 POP-6™ ≤135 ≥80 ≥240 ≥600

Sequenciamento ligeiro FastSeq50_POP7

50 POP-7™ ≤65 ≥168 ≥504 ≥700

Sequenciamento padrão StdSeq50_POP7

50 POP-7™ ≤125 ≥88 ≥264 ≥285

Sequenciamento de leitura curta ShortReadSeqPOP7

50 POP-7™ ≤30 ≥368 ≥1104 ≥300

BigDye® XTerminator™ Sequenciamento rápido RapidSeq_BDX_50_POP7

50 POP-7™ ≤40 ≥280 ≥840 ≥500

BigDye® XTerminator™ Sequenciamento padrão StdSeq_BDX_50_POP6

50 POP-6™ ≤140 ≥80 ≥240 ≥600

BigDye® XTerminator™ Sequenciamento ligeiro FastSeq_BDX_50_POP7

50 POP-7™ ≤65 ≥168 ≥504 ≥700

Módulos de execução

Tabela 29 Série de capilares e polímero (módulos de execução de análise de sequenciamento) (continuação)



Configuração 23 horas produtividade operacional‡ Desempenho


Tipo de polímero

Tempo de execução (min)


3500xL Dx (24-capilares)

Comprimento de leitura continua

(CRL)§

BigDye® XTerminator™ Sequenciamento padrão StdSeq_BDX_50_POP7

50 POP-7™ ≤125 ≥88 ≥264 ≥850

BigDye® XTerminator™ Sequenciamento de leitura curta ShortReadSeq_BDX_POP7

50 POP-7™ ≤30 ≥398 ≥1104 ≥300

‡ Produtividade operacional (Amostras / Dia): O número total de amostras executadas em 23 horas (0.5 hora para

interação do usuário e 0,5 hr para aquecimento). § O número máximo de bases contíguas na sequência analisada com uma media QV ≥20, calculada sobre uma janela

corrediça 20 pares base de largura de uma amostra de sequenciamento Padrão de leitura longa. Esse cálculo inicia com número de base 1. O comprimento de leitura é contado a partir da base do meio da primeira janela boa para a base do meio da última janela boa, onde janela boa é aquela na qual a media é QV ≥20.


Série de capilares e polímero (módulos de execução de análise de fragmento)

O que se segue é usado somente para pesquisa.

Tabela 30 Série capilar e polímero (módulos de execução de análise de fragmento)



Configuração 23 horas produtividade operacional‡

Desempenho


Tipo de polímero

Tempo de execução

(min)


3500xL Dx (24-

capilares)

Variação

§

Precisão de

dimensionamento#

50bp-

400bp

401bp-

600bp

601bp-

1200bp

Análise de Fragmento FragmentAnalysis50_POP7

50 POP-7™ ≤40 ≥280 ≥840 ≤40 a ≥520 <0.15 <0.30 NA‡‡

Análise de Fragmento FragmentAnalysis50_POP6

50 POP-6™ ≤100 ≥112 ≥336 ≤20 a ≥550 <0.15 <0.30 NA‡‡

Análise de Fragmento longo LongFragAnalysis50_POP7

50 POP-7™ ≤125 ≥88 ≥360 ≤40 a ≥700 <0.15 <0.30 <0.45

SNaPshot® SNaPshot50_POP7

50 POP-7™ ≤30 ≥376 ≥1104 ≤40 a ≥120 <0.50 NA‡‡ NA‡‡

‡ Produtividade operacional (Amostras / Dia): O número total de amostras executadas em 23 horas (0.5 hora para

interação do usuário e 0,5 hr para aquecimento). § Variação de resolução: A variação de bases na qual a resolução (interval de espaço de pico dividido pela largura de

pico na metade máxima em uma amostra padrão de tamanho GS600 ou GS1200 LIZ com uma adequação de terceira ordem) é ≥1. A tabela mostra a faixa de resolução em ≥90% das amostras.

# Precisão de dimensionamento: Desvio padrão de tamanhos para um alelo em padrão instalado DS-33 dimensionado com o padrão tamanho GS600 LIZ ao longo de múltiplos capilares na mesma execução. Para uma injeção passar, 100% dos alelos nessa injeção devem satisfazer as especificações de precisão de dimensionamento intra-execução. A tabela mostra a precisão de dimensionamento de 100% de alelos em ≥90% das amostras.

‡‡ Não aplicável devido ao tamanho dos fragmentos coletados na execução.

Tratamento de falhas B

Se você encontrar qualquer evento imprevisto e potencialmente perigoso enquanto opera o instrumento, desligue a chave de energia, tire o plugue do instrumento, e chame seu representante de serviços Life Technologies.

IMPORTANTE! Veja Anexo C, “Segurança” na página 309 para obter informações e diretrizes de segurança de instrumentação e química.

Os procedimentos neste documento são destinados somente para uso em diagnóstico in-vitro (IVD).



Apêndice B Solução de problemas

Tratamento de falha do instrumento

Sintoma Causa possível Ação Luz amber (piscando) Execução pausada Terminar execução

Porta aberta Fechar a porta do instrumento

Falha de execução que não requer reiniciar o instrumento

Conduzir outra execução

Luz de status do instrumento piscando em vermelho

Erro do instrumento 1. Desligar o instrumento. 2. Ligar o instrumento. 3. Reiniciar o computador

“Um erro do instrumento foi detectado.”

Falha no circuito do monitor do instrumento

Reiniciar o computador

Ícone de status do Software de Coleta

de dados Série 3500 Dx é em vez

de .

Um ou mais serviços são interrompidos.

Clique com o botão direito do mouse o ícone de status, e selecione Services. Se um item não mostrar uma marca de conferência, clique no item para iniciar o serviço.

“Incapaz de transmitir dados de medições. Excesso de tampão de dados externos

Erro de comunicação Reiniciar o instrumento e o computador.

Mensagem de descarga elétrica durante execuções.

O tampão ABC pode estar baixo Substituir o ABC. Assegure que o ABC está sendo substituído por notificações do Software de coleta de dados Série 3500 Dx

Tratamento de falhas de calibragem especial

Tratamento de falhas de calibragem especial

Sintoma Causa possível Ação “Start” o botão de calibragem espacial está desabilitado.

Falha de comunicação entre o Software de coleta de dados e o instrumento

Reiniciar o instrumento e o computador. Verifique a conexão do cabo NIC.

Picos incomuns ou linha plana para a calibragem espacial.

Instalação inadequada da célula de detecção: a célula de detecção na série não está assentada apropriadamente.

Desinstale, e reinstale a série: Reinstale a célula de detecção para reposição e certifique-se de que está na posição correta. Se a calibragem falhar novamente: 1. Encha os capilares com polímero 2. Repita a calibragem espacial

O instrumento pode precisar de mais tempo para alcançar estabilidade. Um instrumento instável pode causar uma linha plana sem picos na visualização espacial.

Repita a calibragem espacial.

Capilar quebrado devido a mau enchimento da série.

Verifique se há capilar quebrado, especialmente na área da célula de detecção. Se necessário, substitua a série de capilares usando o assistente.

Resultados de calibragem persistentemente ruins.

Série de capilares ruim. Substitua a série de capilares, e repita a calibragem. Chame o representante da Life Technologies se os resultados não melhorarem

Mensagem de “Erro de calibragem espacial”. O instrumento não pode realizar calibragem espacial com o enchimento da série.

Reagente de condicionamento está instalado.

Substitua o reagente de condicionamento por um polímero apropriado.


Tratamento de falha de calibragem espectral

Sintoma Causa possível Ação

Sem sinal Preparação incorreta da amostra Substitua as amostras por amostras novas preparadas com Formamida Hi-Di™ nova.

Bolhas em poços de amostras Centrifugue as amostras para remover bolhas

As pontas dos capilares podem não estar tocando as amostras

Verifique o volume das amostras, se não tiver resultado, chame o representante da Life Technologies.

As pontas dos capilares podem estar chocando a base dos poços. Autoamostrador alinhado incorretamente.

Chame o representante da Life Technologies.

Se a calibragem espectral falhar, ou se houver uma mensagem “Não foram encontrados arquivos espectrais”.

Capilar bloqueado Reencha a série de capilares. Você pode ter que instalar uma nova série ou considerar aquela série não utilizável para fins de planejamento de execuções.

Arquivo de química, def de tintura, e/ou mód de execução selecionado incorretos.

Corrija os arquivos e re-execute a calibragem.

Enchimento insuficiente de série. Verifique se há capilares quebrados e reencha a série de capilares. Se necessário, substitua por um novo lote.

Padrões de matriz expirados ou reagentes velhos.

Verifique a data de vencimento e condições de armazenagem dos padrões da matriz e/ou reagentes.

Erro de dados – Um ou mais picos caem abaixo da amplitude mínima necessária de 750

Um ou mais picos caem abaixo da amplitude mínima necessária de 750.

Re-execute os padrões espectrais, e se necessário, aumente a quantidade de padrão espectral acrescentado.

Picos nos dados ou mensagem de erro. “Bad dye order detected” (Detectada ordem de tintura ruim)

Polímero expirado Substitua o polímero c/ lote novo usando o assistente de polímero

Bolhas no sistema de polímero Selecione o assistente de remoção de bolhas para limpar as bolhas.

Possíveis depósitos de contaminantes ou cristais no polímero.

Deixe o polímero em temperatura ambiente; não o aqueça. Substitua o polímero se estiver expirado.

Linha de base elevada. Calibragem espectral ruim. Realize nova calibragem espectral.

Histórico de calibragem espectral não exibe previamente calibragem de execução.

Se você mudar o tipo de polímero, as calibragens espectrais do tipo de polímero original não são mantidas.

Nenhuma ação.

Picos abaixados (imagem espelhada) A primeira vez que realizar uma calibragem espectral (para cada definição de tintura) após instalar uma nova série de capilares, você poderá observar picos abaixados (ou picos em imagem espelhada). Esses picos abaixados eventualmente se corrigirão uma vez concluída a execução.

Nenhuma ação.

Tratamento de falhas padrão de sequenciamento instalado

Tratamento de falhas padrão de sequenciamento instalado


Nenhum sinal Preparação incorreta de amostra Substitua as amostras por amostras novas preparadas com Formamida Hi-Di™ nova


As pontas dos capilares podem não estar tocando as amostras.


As pontas dos capilares podem estar encostando a base dos poços Autoamostrador alinhado incorretamente.


Se o padrão instalado de sequenciamento (verificação de desempenho) falhar. Falha capilar • se houver mais de um capilar falho (para 8-capilares). • se mais de três capilares falhos (para 24-capilares). Botão de aceitação não está ativo, mas o botão de rejeição está ativo..


Arquivo de química, def de tintura, e/ou mód de execução selecionado incorretos.

Corrija os arquivos e re-execute a calibragem

Enchimento insuficiente de série. Verifique se há capilares quebrados e reencha a série de capilares.


Verifique a data de vencimento e condições de armazenagem dos padrões da matriz e/ou reagentes. Se necessário, substitua por um novo lote.

Polímero expirado. Substitua o polímero c/ lote novo usando o assistente de reabastecimento polímero

Bolhas no sistema de polímero. Selecione o assistente de remoção de bolhas para limpar as bolhas.




Tratamento de falhas padrão instalado de fragmento


Relatório do fragmento contém páginas em branco ou informações incompletas

As tinturas não foram todas selecionadas antes de você gerar o relatório.

Selecione todas as tinturas, e gere o relatório

Nenhum sinal Preparação incorreta de amostra Substitua as amostras por amostras novas preparadas com Formamida Hi-Di™ nova


As pontas dos capilares podem não estar tocando as amostras.


As pontas dos capilares podem estar encostando a base dos poços. Autoamostrador alinhado incorretamente.


Se o padrão instalado de fragmento (verificação de desempenho) falhar.


Enchimento insuficiente de série. Verifique se há capilares quebrados e reencha a série de capilares.


Verifique a data de vencimento e condições de armazenagem dos padrões da matriz e/ou reagentes. Se necessário, substitua por um novo lote.

Polímero expirado Substitua o polímero c/ lote novo usando o assistente de reabastecimento polímero

Bolhas no sistema de polímero. Selecione o assistente de remoção de bolhas para limpar as bolhas.



Tratamento de falhas de contêiner de tampão ânodo

Tratamento de falhas de contêiner de tampão ânodo

Veja também “Tratamento de falhas de dados/eletroferograma”, página 298.

Sintoma Possível causa Ação

Falha na eletroforese. Tampão abaixo da linha de enchimento (quantidade inadequada de tampão).

Assegure que o nível do tampão está na linha de enchimento ou acima dela. IMPORTANTE! Não use se o nível do tampão estiver muito baixo ou se o selo estiver comprometido.

Tratamento de falhas de contêiner de tampão cátodo

Veja também “Tratamento de falhas de dados/eletroferograma”, página 298.


Falha na eletroforese. Tampão abaixo da linha de enchimento (quantidade inadequada de tampão).

Assegure que o nível do tampão está na linha de enchimento ou acima dela. IMPORTANTE! Não use se o nível do tampão estiver muito baixo ou se o selo estiver comprometido.


Tratamento de falhas em RFID

Sintoma Possível causa Ação Incapaz de ler informações em RFID. “Falha na leitura do tag RFID”

Pacote de consumível instalado inadequadamente ou rótulo com defeito. Bolsa de polímero / reagente de condicionamento mal orientada.

Certifique-se que o rótulo RFID não está visivelmente danificado e o pacote de consumível está instalado apropriadamente. Assegure que o rótulo está fechado, e em paralelo ao instrumento. Reposicione ou reinstale o consumível, e clique em Refresh no painel. Se não houver resultados, reinicie o instrumento e o computador. Se não houver resultados, instale um novo consumível (se disponível) e chame o representante para substituição

Conecte um tratamento de falhas de placa

Sintoma Possível causa Ação Placa não conecta. Não foi realizada calibragem

especial/espectral 1. Realize a calibragem especial 2. Reconecte a placa (s).

Placa foi conectada, mas está desconectada agora.

Se você acessar as placas de carregamento para a tela Executar a partir do painel de navegação, uma placa pode não ser conectada (indicado pelo botão Link ativo).

Acesse as placas de carregamento para tela executar a partir do painel de navegação e lique em Link Plate.

Mensagem “Nenhuma placa na posição A”.

Você carregou a placa fisicamente na posição B (posição da placa B) e tenta conectar a placa.

Clique em link Plates e conecte a placa diretamente à posição B (posição da placa B). Follow the prompts.

Mensagem “Nenhuma placa detectada”

A placa está na posição B. Coloque a placa na posição A.

Como pesquisar e usar os arquivos de log

O Software de coleta de dados Série 3500 Dx gera os seguintes arquivos log que você visualiza usando um editor de texto como o Wordpad:

• 3500UsageStatistics.txt–Fornece um resumo do número de placas executadas, e o

número de tipos (sequenciamento e fragmento) Armazenado em: x:\Applied Biosystems\3500\UsageData

• 3500ConsumableAtualizars.txt– Fornece um resumo de informações e datas de

instalação de consumíveis. Armazenado em: D:\Applied Biosystems\3500\LogFiles

Visualizador de detalhes do sensor

Visualização de detalhes do sensor

Clique em View Instrument Sensor Details no painel para exibir informações do instrumento.

O status de execução do instrumento é exibido enquanto uma execução está em andamento.

Figura 31 Detalhes do sensor do instrumento


Tratamento de falhas de dados/eletroferograma


Sinal muito alto Concentração muito alta de amostra Diluir a amostra

Diminuir o tempo de injeção.

Muito DNA adicionado à reação, resultando em distribuição irregular de sinal.

Otimizar condições de reação.

Nenhum sinal. Reação falha. Repetir reação.

Capilar bloqueado. Reencha a série de capilares. Você pode ter que instalar uma nova série ou considerar aquela série não utilizável para fins de planejamento de execuções.

Pontas de série de capilares dobradas Substitua a série de capilares.

Série de capilares trincada ou quebrada.

Inspecione visualmente a série de capilares, incluindo a área da janela do detector para checar sinais de quebra.

Sinal fraco. Formamida degradada. Use uma alíquota fresca de formamida Hi-Di™

Amostra insuficiente: erro pipetagem Aumentar a quantidade de DNA acrescentado

Amostra com alta concentração de sal.

Diluir com água destilada ou deionizada.

Dessalinizar usando um método de purificação de coluna.

Mistura insuficiente Turbilhone a amostra completamente, e então centrifugue o tubo para condensar a amostra no fundo do tubo.

Ampliação fraca do DNA. Reamplie o DNA.

Verificar a qualidade do DNA

Autoamostrador fora de calibragem. Verifique o volume das amostras. Se o sinal ainda estiver fraco, chame o representante da Life Technologies.

Linha de base elevada

Possível contaminante na passage do polímero.

Use o reagente de condicionamento para lavar o polímero

Possível contaminante ou depósitos de cristais no polímero.

Deixe o polímero em temperatura ambiente.

Substitua o polímero, caso esteja vencido.

Calibragem spectral ruim Realize nova calibragem spectral

Perda de resolução Muita amostra injetada. Diluir a amostra e reinjetar.

Água de baixa qualidade. Use água destilada ou deionizada

Polímero degradado Use um suprimento fresco de polímeros

Série capilar usada em mais de 160 injeções.

Substitua com nova série capilar

Formamida degradada. Prepare Formamida Hi-Di™ fresca e reprepare as amostras.

Alta concentração de sal nas amostras Use um protocolo recomendado para remoção de sal.

Dilua os sais em água

Solução de problemas com dados / eletroferograma


Baixa resolução em alguns capilares

Enchimento insuficiente de série de capilares

Reencha a série de capilares e procure vazamento de polímeros. Se o problema persistir, chame o representante Life Technologies

Reinjete as mesmas amostras

Amostras de baixa qualidade Verifique a preparação da amostra.

Vazamento no sistema. Aperte os conectores e a alavanca da série

Sem corrente. Tampão insuficiente no ABC. Assegure que o tampão está cheio até a linha de enchimento.

Bolhas presentes no bloco de polímeros inferior e/ou série e/ou canais.

Pause a execução e inspecione as bolhas escondidas nos conectores dos tubos. Selecione o assistente de remoção de bolhas para remover as bolhas

Corrente alta. Polímero degradado Abra um suprimento fresco de polímeros e use o assistente de polímero.

Formação de arcos no bloco de polímero inferior.

Inspecione o bloco de polímero inferior para descoloração ou dano. Substitua o bloco de polímero inferior se necessário.

Corrente flutuante Bolha no bloco de polímero Pause a execução e inspecione as bolhas escondidas nos conectores dos tubos. Selecione o assistente de remoção de bolhas para remover as bolhas.

Pode haver um vazamento lento no sistema.

Verificar vazamentos nos blocos de polímero. Aperte todos os acessórios.

Tampão insuficiente no ABC. Assegure que o tampão está cheio até a linha de enchimento.

Formação de arco Verifique umidade nos septos e em volta deles, o CBC, o forno, e o autoamostrador.

Fraco desempenho da série de capilares usada em menos de 100 execuções.

Amostras de baixa qualidade, possíveis problemas de limpeza.

Dessalinizar as amostras usando um protocolo recomendado de purificação.

Formamida de baixa qualidade. Prepare Formamida Hi-Di™ fresca e reprepare as amostras.

Vazamento no sistema. Aperte os conectores e a alavanca da série.

Tempo de migração torna-se cada vez mais lento.

Vazamento no sistema. Aperte os conectores e a alavanca da série.

Enchimento inadequado do sistema com polímeros

A bomba de entrega de polímeros pode necessitar de reparos. Se a questão persistir, chame o representante Life Technologies.

Tempo de migração torna-se cada vez mais rápido.

Água no sistema do polímero, resultando em polímerodiluído.

Use o assistente de remoção de bolhas para acrescentar polímeros ao sistema.

Vazamento na válvula do tampão. Verifique a válvula do pino do tampão e veja se fecha corretamente.



Picos grandes no eletroferograma.

Dados fora da escala. Dilua a amostra e reinjete a amostra.

Possível contaminante na amostra Reampliar o DNA.

Re-naturação da amostra. Desnature por aquecimento a amostra em formamida de boa qualidade e coloque imediatamente no gelo.

Picos exibem um ombro nas aplicações do software GeneMapper® ID-X Software

Re-naturação da amostra. Desnature por aquecimento a amostra em formamida de boa qualidade e coloque imediatamente no gelo.

Mensagens de erro: • "Vazamento detectado durante entrega de polímero" • "Vazamento detectado durante compressão da bolha" A execução aborta.

Bolha no sistema de polímero. Selecione o assistente de remoção de bolhas para remover as bolhas.

Vazamento no sistema de polímero Verifique se há vazamentos. Se ocorreu vazamento de polímero, faça uma lavagem com água e lave o coletor da bomba usando o kit de limpeza fornecido.

Vazamento da válvula do tampão Verifique a válvula do pino do tampão e veja se fecha corretamente. Limpe a válvula do pino do tampão. Assegure que o cronograma de manutenção de notificações do software de coleta de dados série 3500 Dx é seguido.

Enchendo a série durante a instalação da série.

Executar enchimento de série com assistente de polímero fresco, ou executar assistente de mudança de tipo de polímero.

Célula de detecção presa É difícil remover quando se está mudando a série de capilares.

Célula de detecção colocada incorretamente.

Para afrouxar a célula de detecção 1. Desfaça a alavanca da série e empurre o bloco de polímeros em direção ao primeiro chanfro. 2. Mantenha os dois lados da série de capilares em volta da área da célula de detecção e faça uma pressão suave nos dois lados. 3. Solte.

Corrente de Eletroforese instável

Bolhas no sistema de polímeros Selecione o assistente de remoção de bolhas para limpar as bolhas.

Falha de EletroforeseTampão . Tampão abaixo da linha de enchimento.

Não deixe o tampão derramar no excess. Se isso ocorrer, mova o tampão de volta para o reservatório principal.

Solução de problemas com dados / eletroferograma

Tratamento de falhas do painel

Sintoma Possível causa Ação O valor dos dias remanescentes de tampão/polímero não atualiza automaticamente.

Os dias remanescentes dos tampões atualizam quando você clica em Refresh ou Start A Run.

Como parte da partida diária, clique em Refresh para atualizar o status do tampão.

Tratamento de falhas da placa de carregamento

Sintoma Possível causa Ação Verificação de validação pré-execução não exibe uma data para um consumível.

O software não exibe uma data se essa for idêntica à data anterior. No exemplo abaixo, as datas de instalação e substituição recomendadas para o tampão cátodo são idênticas às do tampão ânodo

Nenhuma ação.

Conectar/desconectar Mensagem de erro de placa.

Leia os detalhes. Clique em Details para determinar a causa do erro. Quando a placa estiver carregada satisfatoriamente, a tela Load Plates for Run é exibida.


Sintoma Possível causa Ação Mensagem “Nenhuma placa na posição A”.

Você carregou a placa fisicamente na posição B (posição B da placa) e tenta conectar a placa.

Clique em Link Plates e conecte a placa diretamente à posição B (posição B da placa). Siga os prompts.

Mensagem “Nenhuma placa detectada”

A placa está na posição B Coloque a placa na posição A

Não para diagnóstico Mensagem “Necessária verificação de desempenho de fragmento”

Execução de módulos de fragmento após carregar a placa.

Mude o polímero para POP-7™. Executar verificação de desempenho de análise de fragmento.

Mensagem “Necessária verificação de desempenho de sequenciamento” Após carregar Mensagem

Execução de módulos de sequenciamento (POP-6) após carregar a placa.

Mudar o polímero para POP-7™. Executar verificação de desempenho de sequenciamento

‘Load plate’ ou ‘Load Plate for Run’.a placa.

Problemas de desempenho. Clique em OK e siga os prompts.

Monitorar execução de tratamento de falhas

Sintoma Possível causa Ação Botão de re-injeção é escurecido quando você seleciona uma injeção

Injeção contém amostras com ensaios que especificam mais de um protocolo do instrumento.

Selecione na lista de injeção a injeção com o protocolo de instrumento de interesse, selecione na visualização da série o capilar que corresponde ao poço em questão, e clique em Re-inject.

A execução do instrumento entra em estado de pausa inesperadamente.

Processo de leitura /escrita RFID Verifique o painel. Resfrie o RFID se ele não resfriar, reinicie o computador e o instrumento.

Iniciar a execução não responde O instrumento não foi inicializado. O instrumento leva aproximadamente 10 segundos para inicializar depois que a porta é fechada. Não inicie uma execução até que a luz de status do instrumento esteja verde.

Solução de problemas com o monitor

Sintoma Possível causa Ação Mensagem “Necessária verificação de desempenho de fragmento”

Execução de módulos de fragmento após carregar a placa

Mude o polímero para POP-7™. Executar verificação de desempenho de análise de fragmento.

Mensagem “Necessária verificação de desempenho de sequenciamento” após carregar a placa

Execução de módulos de sequenciamento (POP-6) após carregar a placa.

Mudar o polímero para POP-7™. Executar verificação de desempenho de sequenciamento


Tratamento de falhas de resultados de revisão

Sintoma Possível causa Ação Picos não são rotulados quando você acessa a tela.

Rótulos não são aplicados automaticamente

Veja “Rotular picos”, página 119.

Configurações de gráfico de escala x e y não são aplicadas quando você clica em Apply.

As configurações de escala só são aplicadas quando você clica em Zoom.

Clique em Zoom.

Rever Detalhes de mensagem de erro

Mensagens de erro no software de coleta de dados série 3500 Dx incluem um botão de detalhes. Clique em Details para exibir mais informações sobre uma mensagem de erro.

Tratamento de falhas de auditoria

Sintoma Possível causa Ação “Exportar não concluiu com sucesso ”

Você exportou registros de amostras que não estão em seu lugar original (amostras foram deletadas ou removidas).

Retorne os arquivos de dados da amostra para seu local original e exporte novamente.

Solução de problemas de assinatura eletrônica

Tratamento de falhas de assinatura eletrônica

Sintoma Possível causa Ação O prompt de assinatura eletrônica é exibido quando você edita comentários da amostra

O prompt de assinatura eletrônica é exibido para comentários da amostra, independente da configuração da assinatura eletrônica

Nenhuma ação

Tratamento de falhas de comandos manuais

Sintoma Possível causa Ação Quando você seleciona os commandos Tools >Manual, fixa comando definido para consumíveis, e seleciona um comando de leitura , a informação exibida não é legível.

O feedback dos comandos de tag vermelho dos consumíveis não exibe informação válida.

Consulte o painel para informações de tag RFID de consumíveis


Miscelânea

Sintoma Possível causa Ação Cristais de polímero sobre a válvula do pino do tampão.

Vazamento da válvula do tampão. Limpar a válvula do pino do tampão. Assegure que o cronograma de manutenção de notificações do software de coleta de dados série 3500 Dx é seguido.

Fluido não passa pela bomba e através do ABC de polímero ou bolsa de condicionamento.

Não se aplica Chame o representante da Life Technologies.

Mensagem de descarga elétrica durante execuções.

O ABC pode estar baixo . Substitua o ABC. Substitua o ABC conforme as notificações do software de coleta de dados série 3500 Dx.

Vazamento detectado durante compressão de bolha ou durante enchimento da série.

Vazamento no sistema. Execute o assistente de remoção de bolhas. Garanta que não há bolhas na bomba. Se o problema persistir, use a bolsa de condicionamento para lavagem com água. Use o assistente de polímero de reabastecimento para encher a bomba e a série com polímero.

Somente algumas injeções de uma série são completadas.

O software de coleta de dados série 3500 Dx nunca muda para a próxima injeção.

Verifique a conexão entre o instrumento e o computador e reinicie os dois. Configure as injeções novamente e inicie as execuções. Mensagem "Injection failed”.

Após algumas injeções completas.

RFID capilar não pode ser lido

Quando você clica em Refresh no painel, e as informações de consumíveis são listadas como "Unknown."

Conexão entre computador e instrumento.

Mensagem “Instrumento não conectado” Após iniciar o software de coleta de dados série 3500 Dx

Mensagem “Excesso de dados de tampão interno”


Reiniciar o instrumento

Reinicie o instrumento quando:

• Há um erro fatal indicado pela luz vermelha de status • o instrumento não responde ao software de coleta de dados.

Dois procedimentos podem reiniciar o instrumento:

Reiniciar com o botão Reset 1. Desligue o computador.

2. Feche as portas do instrumento.

3. Reinicie o instrumento com o botão Reset conforme mostrado.

Nota: O botão Reset é acessível através de uma pequena bola à esquerda do botão da bandeja.

Reset button

Reiniciar desligando

1. Desligue o computador.

2. Feche as portas do instrumento.

3. Desligue o instrumento pressionando o botão on/off na frente do instrumento.

4. Ligue o instrumento e espere até que a luz indicative fique verde.

5. Ligue o computador.

6. Lance o software de coleta de dados (Aplicações do console de serviço iniciam automaticamente).

IMPORTANTE! Espere até o computador ter reiniciado totalmente antes de prosseguir.

Segurança C

Os procedimentos neste documento são destinados somente para uso em diagnóstico in-vitro (IVD).


Nota: Informações de análise de fragmento são fornecidas para uso de pesquisa, não para diagnóstico.

Apêndice C Segurança

Segurança de instrumentação

Símbolos nos instrumentos

Símbolos elétricos nos instrumentos

A tabela a seguir descreve os símbolos elétricos que podem ser exibidos nos instrumentos Life Technologies.

Símbolos

Descrição

Interruptor de luz.

Indica a posição de ligado no disjuntor

Indica a posição de desligado do disjuntor

Condição de espera. Tensão perigosa pode estar presente se essa opção está em espera.

Indica a posição ligado / desligado de um interruptor principal.

Indica um terminal que pode ser ligado à terra do sinal de referência de outro

instrumento. Este não é um terminal de terra protegida.

Indica um terminal de aterramento de proteção que deve ser ligado à terra

antes de quaisquer outras conexões elétricas são feitas para o instrumento.

Indica um terminal que pode receber ou fornecer corrente alternada ou

tensão.


Símbolos de segurança A tabela a seguir descreve os símbolos de segurança que podem ser exibidos nos instrumentos Life Technologies. Cada símbolo pode aparecer só ou com texto que explica o perigo relevante. Esses símbolos podem aparecer também próximos a DANGERS (perigos), WARNINGS (alertas), e CAUTIONS (cuidados) que ocorrem no texto deste documento e de outros documentos de apoio a produto.

Símbolo Descrição

Indica que você deve consultar o manual para obter mais informações e para ter os cuidados necessários.

Indica a presença de perigo de choque elétrico e recomenda ter precaução.

Indica a presença de superfície quente ou outro perigo de alta temperatura recomenda ter precaução.

Indica a presença de laser dentro do instrumento e recomenda ter precaução.

Indica a presença de perigo biológico e recomenda ter precaução.

Indica a presença de objeto pontiagudo e perfurante e recomenda ter precaução.


Símbolos de conformidade

A tabela a seguir descreve símbolos que podem ser exibidos nos instrumentos, consumíveis ou reagentes Life Technologies.

Símbolos Descrição

APARELHO DE DIAGNÓSTICO MÉDICO IN VITRO

CÓDIGO BATCH Este símbolo é acompanhado por código do lote de fabricação e indica o número de lote.

RISCOS BIOLÓGICOS

Conformité Européenne Este selo indica conformidade europeia.

APENAS PARA AVALIAÇÃO DE DESEMPENHO IVD Símbolo de avaliação de desempenho IVD.

VEJA AS INSTRUÇÕES ANTES DE USAR

CONTÉM O SUFICIENTE PARA <n> TESTES

DATA DE FABRICAÇÃO

NÃO REUTILIZE Deve ser usado apenas uma vez.

REPRESENTANTE AUTORIZADO NA COMUNIDADE EUROPEIA O nome e o endereço do representante autorizado na União Europeia irá aparecer próximo a este símbolo.

FABRICANTE O nome e o endereço do fabricante irá aparecer ao lado desta símbolo.

NÚMERO DO CATÁLOGO O número de catálogo do fabricante irá aparecer depois ou abaixo deste símbolo.


Símbolos Descrição

NÚMERO DE SÉRIE

LIMITE DE TEMPERATURA

LIMITE MÁXIMO DE TEMPERATURA

LIMITE MÍNIMO DE TEMPERATURA

USADO POR


Símbolos ambientais em instrumentos

O símbolo seguinte aplica-se a todos os produtos elétricos e eletrônicos da Life Technologies colocados no mercado europeu depois de 13 de agosto de 2005.

Símbolo Descrição

Não descarte este produto como lixo comum. Siga ordens locais de resíduos municipais de disposições de descarte adequados para reduzir o impacto ambiental dos resíduos de equipamentos elétricos e eletrônicos (REEE). Clientes da União Europeia: Ligue para a Life Technologies local no Serviço de Cliente para pegar equipamentos e reciclagem. Veja o site Vida Tecnologias para uma lista de escritórios de atendimento ao cliente na União Europeia.

O 3500 Dx/3500xL Dx Genetic Analyzers contém avisos nos locais mostrados abaixo:

Locais de avisos de laser

Na célula de detecção, conforme mostrado.


Segurança de instrumentação geral

CUIDADO! PERIGO DE DANO FÍSICO. Utilize este produto somente conforme especificado neste documento. Usar este instrumento de uma maneira não especificada pela Life Technologies pode resultar em ferimentos ou danos ao instrumento.

CUIDADO! PERIGO DE DANO FÍSICO. Usar este instrumento de uma maneira não especificada pela Life Technologies pode resultar em ferimentos ou danos ao instrumento.

Movimentar e levantar o aparelho

CUIDADO! PERIGO DE DANO FÍSICO. O instrumento deve ser movido e posicionado apenas pelos funcionários ou fornecedores especificados no guia aplicável do local de preparação. Se você decidir levantar ou mover o instrumento depois de ter sido instalado, não tente levantar ou mover o aparelho sem a ajuda dos outros, o uso de equipamento móvel apropriado, e técnicas de elevação adequadas. Levantamento indevido pode causar lesão nas costas, dolorosa e permanente. Dependendo do peso, mover ou levantar um instrumento pode exigir duas ou mais pessoas.

Mover e levantar computadores e monitores

ATENÇÃO! Não tente levantar ou mover o computador ou o monitor sem a ajuda dos outros. Dependendo do peso do computador e / ou do monitor, podem ser necessárias duas ou mais pessoas.

Coisas a considerar antes de levantar o computador e / ou o monitor: • Certifique-se de que você tem um controle seguro e confortável no computador ou o

monitor quando levantar. • Certifique-se de que o caminho de onde o objeto está para onde ele está sendo movido é

livre de obstruções. • Não levantar um objeto e torcer o tronco ao mesmo tempo. • Mantenha sua coluna em uma boa posição neutra ao levantar com as pernas. • Os participantes devem coordenar levantar e mover intenções com o outro antes de

levantar e carregar. • Em vez de levantar o objeto da caixa de embalagem, cuidadosamente incline a caixa de

lado e mantê-lo parado enquanto alguém desliza o conteúdo da caixa. Operação do instrumento

Certifique-se de que as pessoas que operarem o instrumento:

• Receberam Instruções em ambas as práticas gerais de segurança para laboratórios e

práticas de segurança específicos para o instrumento. • Leram e entenderam as instruções de segurança aplicáveis (SDSs). Veja “SDSs” na

página 326.


Limpeza ou descontaminação do instrumento

CUIDADO! Antes de utilizar um método de limpeza ou descontaminação além dos recomendados pelo fabricante, verifique com o fabricante que o método proposto não irá danificar o equipamento.

Segurança de perigo físico

Partes móveis ATENÇÃO! PERIGO DE DANOS FÍSICOS. Mantenha as mãos afastadas das partes móveis durante a operação do instrumento. Desligue a alimentação antes de consertar o instrumento.

Solventes e fluidos pressurizados

ATENÇÃO! PERIGO DE DANOS FÍSICOS. Sempre use óculos de proteção ao trabalhar com solventes ou quaisquer fluidos pressurizados.

Segurança elétrica

ATENÇÃO! CHOQUE ELÉTRICO. Choque elétrico grave pode resultar de operar os analisadores genéticos sem seus painéis de instrumentos. Não remova painéis de instrumentos. Contatos de alta voltagem são expostos quando os painéis de instrumentos são retirados do instrumento.

Energia ATENÇÃO! RISCO ELÉTRICO. Aterramento do circuito de continuidade é necessário para o funcionamento seguro do aparelho. Nunca operar o equipamento com o condutor de aterramento desconectado.

ATENÇÃO! RISCO ELÉTRICO. Use cabos de linha corretamente configurados e aprovados para o fornecimento de tensão em suas instalações.

ATENÇÃO! RISCO ELÉTRICO. Ligue o sistema a uma tomada devidamente aterrada com capacidade de corrente adequada.

Sobrevoltagem Os analisadores têm uma categoria de instalação (sobretensão) de II, e está classificado como equipamento portátil.


Segurança com lasers Classificação do laser

Os analisadores 3500 Dx/3500xL usam laser de estado sólido.

As especificações são: • Comprimento de onda 505nm • Energia de saída 20mW

As especificações do LED são:

• Emissor de cor branca natural • Intensidade luminosa de 250 Cd

Em condições normais de operação, o instrumento é classificado como um produto laser Classe I. Quando travas de segurança estão desativadas durante certos procedimentos de serviço, o laser pode causar danos permanentes nos olhos, e, portanto, é classificada sob essas condições como um laser de Classe 3B.

CUIDADO! LASER. O uso de controles, ajustes ou execução de procedimentos diferentes

daqueles aqui especificados pode resultar em exposição perigosa à radiação. Requisitos de segurança do laser

Para garantir o funcionamento do laser:

• O sistema deve ser instalado e mantido por um representante do serviço de Life

Technologies. • Todos os painéis de instrumentos devem estar no local no instrumento enquanto o

instrumento está operando. Quando todos os painéis estão instalados, não existe actualmente radiação detectável. Se qualquer painel é removido quando o laser está em funcionamento (durante o serviço com segurança interliga desativado), você poderá ser exposto a emissões laser em excesso do

Avaliação 3B classe. • Não remova as etiquetas de segurança ou desativar bloqueios de segurança.

Informações adicionais de segurança

Consulte a documentação fornecida com o laser para obter informações adicionais sobre os regulamentos de segurança do governo e da indústria. Além disso, observe os avisos de laser fornecidos em “Os analisadores 3500 Dx/3500xL contém avisos nos locais abaixo:” na página 314.

ATENÇÃO! PERIGO LASER. Lasers podem queimar a retina, causando cegueira permanente.

Nunca olhe diretamente para o feixe de laser. Remover jóias e outros itens que podem refletir o feixe em seus olhos. Não remova a parte superior do instrumento ou painéis frontais. Use proteção adequada para os olhos e colocar um sinal de alerta de laser na entrada do laboratório, se os painéis superior ou frontal são removidos para o serviço.


Segurança do scanner a lase do código de barras

Usar um scanner de código de barras é opcional. Classificação do laser

O scanner de código de barras deve ser classificados como Classe 2 (II) laser.

Requisitos de segurança do laser

Classe 2 (II) são lasers de baixa potência, de luz visível que podem danificar os olhos. Nunca olhe diretamente para o feixe de laser. O scanner é projetado para impedir o acesso humano a níveis prejudiciais de luz durante a operação normal, manutenção do usuário, ou durante operações de manutenção prescritos.

ATENÇÃO! PERIGO LASER. Lasers classe 2 (II) podem causar danos para os olhos. Evite olhar para um feixe classe 2 (II) de laser ou apontar um feixe de laser de Classe 2 (II) para os olhos de outra pessoa.

Segurança na estação de trabalho

Configuração ergonómica correta de sua estação de trabalho pode reduzir ou prevenir os efeitos, tais como fadiga, dor e tensão. Minimizar ou eliminar esses efeitos, configurando sua estação de trabalho para promover posições neutras ou relaxadas de trabalho.

CUIDADO! PERIGO DE MOVIMENTO OSTEOMUSCULARE E REPETITIVO. Estes riscos são causados por fatores de risco que incluem mas não estão limitados a movimentos repetitivos, postura desajeitada, esforço vigoroso, mantendo posições estáticas insalubres, a pressão de contato, e fatores ambientais da estação de trabalho.

Para minimizar os riscos de movimento músculo-esqueléticas e repetitivo:

• Utilize equipamentos que confortavelmente o apoia em posições neutras de trabalho e permiten a acessibilidade adequada para o teclado, monitor e mouse.

• Posicione o teclado, mouse e monitor para promover corpo e cabeça

relaxados.

Segurança química

Segurança química

Segurança química geral

Aviso de perigo químico

AVISO! PERIGO QUÍMICO. Antes de manipular quaisquer produtos químicos, consulte a floha de dados de segurança (SDS) fornecida pelo fabricante, e observe todas as precauções relevantes.

AVISO! PERIGO QUÍMICO. Todos os produtos químicos do instrumento, incluindo líquidos nas linhas são potencialmente perigosos. Sempre identifique quais produtos químicos foram usados no instrumento antes de mudar os reagentes ou os componentes do instrumento. Use óculos de proteção, vestuário de proteção e luvas quando trabalhar no instrumento.

Diretrizes de segurança química

Para minimizar os perigos dos produtos químicos: • Leia e entenda as folhas de dados de segurança (SDSs) fornecidas pelo

fabricante antes de armazenar, manuear ou trabalhar com quaisquer químicos ou materiais perigosos. (Veja “SDSs” página 326.)

• Minimize o contato com os químicos. Use equipamento de proteção individual adequado ao manipular os químicos (por exemplo, óculos de segurança, luvas ou vestuário de proteção). Para obter diretrizes de segurança adicionais, consulte a SDS.

• Minimize a inalação de químicos. Não deixe recipientes químicos abertos. Use somente com ventilação adequada (por exemplo, capela). Para obter diretrizes de segurança adicionais, consulte a SDS

• Verifique regularmente vazamentos ou derramamentos. Se ocorrer vazamento ou derramamento, siga os procedimentos de limpeza do fabricante conforme recomendado na SDS.

• Esteja em conformidade com todas as leis e regulamentações locais, estaduais ou nacionais relativas a armazenagem, manipulação e descarte de produtos químicos.


SDSs Sobre SDSs Fabricantes de produtos químicos fornecem folhas atuais de dados de segurança (SDSs)

nas remessas de químicos perigosos para novos clientes. Eles fornecem também SDSs nas primeiras remessas de químicos perigosos para um cliente após a atualização de uma SDS. As SDSs fornecem informações necessárias para armazenar, manipular, transportar e descartar os químicos com segurança. Cada vez que você recebe uma nova SDS embalada com um produto químico perigoso, substitua a SDS apropriada em seus arquivos.

Obtenção de SDSs

A SDS de qualquer produto químico fornecido pela Life Technologies está disponível gratuitamente 24 horas por dia. Para obter SDSs:

Entre em contato com o Suporte da Life Technologies.

Nota: No caso das SDSs de químicos não distribuidos pela Life Technologies, entre em contato com o fabricante.

Segurança química

Segurança de lixo químico

Perigos do lixo químico

ADVERTÊNCIA! LIXO PERIGOSO. Consulte as SDSs e regulamentações locais de manipulação e descarte.

AVISO! LIXO QUÍMICO PERIGOSO. Lixo produzido por instrumentos da Life Technologies são potencialmente perigosos e podem causar lesão, doença ou morte.

AVISO! PERIGO DE ARMAZENAGEM DE QUÍMICO. Nunca colete ou armazene lixo em recipient de vidro devido ao risco de quebrar ou despedaçar. Vidros de reagentes podem rachar e vazar. Cada garrafa que vai para o lixo deve ser guardada em contêiner de segurança de polietileno de baixa densidade com a tampa travada e as alças na posição vertical. Use proteção para os olhos, roupas e luvas quando manipular o reagente e as garrafas descartadas.

Diretrizes de segurança de lixo químico

Para minimizar os perigos do lixo químico: • Leia e entenda as folhas de dados de segurança (SDSs) fornecidas pelo

fabricante antes de armazenar, manuear ou descartar lixo químico. • Providencie contêineres de lixo primário e secundário. (um contêiner de lixo

primário contém o lixo imediato. O contêiner secundário contém derramamentos ou vazamentos do contêiner primário. Os dois contêineres devem ser compatíveis com o material do lixo e devem satisfazer requisitos federais, estaduais e locais de armazenagem de contêiner.)

• Minimize o contato com os químicos. Use equipamento de proteção individual adequado ao manipular os químicos (por exemplo, óculos de segurança, luvas ou vestuário de proteção). Para obter diretrizes de segurança adicionais, consulte a SDS.

• Minimize a inalação de químicos. Não deixe recipientes químicos abertos. Use somente com ventilação adequada (por exemplo, capela). Para obter diretrizes de segurança adicionais, consulte a SDS.

• Manipule lixos químicos em uma capela. • Depois de esvaziar um contêiner de lixo, sele-o com a tampa fornecida. • Descarte os conteúdos da bandeja e garrafa descartadas de acordo com as boas

práticas de laboratório e regulamentações ambientais e de saúde locais, estaduais ou nacionais.

Descarte do lixo Se o lixo potencialmente perigoso for gerado quando operar o instrumento, você deve:

• Caracterizar (por análise, se necessário) o lixo gerado pelas aplicações, reagentes

e substratos particulares usados no laboratório. • Garanta saúde e segurança para todo o pessoal do laboratório.


• Garanta que o lixo do instrumento é armazenado, transferido, transportado, e descartado de acordo com todas as regulamentações locais, estaduais e/ou nacionais.

IMPORTANTE! Materiais radioativos ou bioperigosos podem requerer manipulação especial e limitações de descarte podem se aplicar.

Segurança de risco biológico

Biorrisco geral AVISO! BIORRISCO. Amostras biológicas como tecidos, fluidos corporais, agentes infecciosos e sangue de humanos e outros animais têm o potencial de transmitir doenças infecciosas. Siga todas as regulamentações aplicáveis locais, estaduais, e/ou nacionais. Use equipamento protetor adequado que inclui , dentre outros itens: óculos de proteção, protetor facial, roupas/jaleco de laboratório, e luvas. Todo o trabalho deve ser conduzido em instalações equipadas apropriadamente e com uso de equipamento de segurança adequado (por exemplo, dispositivos de contenção física). Os indivíduos devem ser treinados de acordo com os requisitos regulatórios aplicáveis e da empresa/instituição antes de trabalhar com materiais potencialmente infecciosos.

Alertas de segurança

Alertas de segurança

Para definições de palavras de alerta IMPORTANTE, ADVERTÊNCIA, AVISO, e PERIGO, veja “Palavras de alerta de segurança”, página 13.

Alertas químicos

Para definições de palavras de alerta IMPORTANTE, ADVERTÊNCIA, AVISO, e PERIGO, veja “Palavras de alerta de segurança”, página 13.

Alertas gerais para todos os químicos


IMPORTANTE! Use somente os agentes de limpeza descritos neste manual. O uso de agentes de limpeza não descritos neste manual pode danificar o instrumento. Entre em contato com seu representante de vendas da Life Technologies se tiver qualquer dúvida.

• Leia a SDS deste produto, e siga as instruções de manipulação. • Evite inalação, contato com olhos, pele, roupas, e exposição prolongada ou

repetida. • Consumíveis têm vida limitada. O excesso de uso das partes pode gerar dados de

baixa qualidade.


Alertas químicos específicos

AVISO! PERIGO QUÍMICO. POLÍMERO POP-4®. Causa irritação nos olhos, pele e trato respiratório. Evite respirar o vapor. Use ventilação adequada.

AVISO! PERIGO QUÍMICO. POLÍMERO POP-6™. Causa irritação nos olhos, pele e trato respiratório. Evite respirar o vapor. Use ventilação adequada.

AVISO! PERIGO QUÍMICO. POLÍMERO POP-7™. Prejudicial por inalação e se for engolido. Causa irritação nos olhos, pele e trato respiratório. NÃO prove ou engula. Evite respirar o vapor (ou pó). Mantenha o contêiner bem fechado. Use ventilação adequada. Lave abundantemente depois de manipular.

AVISO! PERIGO QUÍMICO. Hi-Di™ Formamide. Causa irritação nos olhos, pele e trato respiratório. Possível risco de desenvolvimento e defeito de nascimento. Evite respirar o vapor. Use ventilação adequada.

AVISO! PERIGO QUÍMICO. Contêiner de tampão ânodo (ABC). Pode causar irritação nos olhos, pele e trato respiratório. Evite respirar o vapor. Use ventilação adequada

AVISO! PERIGO QUÍMICO. Contêiner de tampão cátodo (CBC). Pode causar irritação nos olhos, pele e trato respiratório. Evite respirar o vapor. Use ventilação adequada

AVISO! PERIGO QUÍMICO. 1✕ GA Tampão/EDTA. Pode causar irritação nos olhos, pele e trato respiratório. Evite respirar o vapor. Use ventilação adequada.


Alertas de instrumentação

Alertas gerais de instrumentação


Alertas específicos de instrumentação


O instrumento usa laser em estado sólido. Em condições normais de operação, o instrumento é categorizado como produto de laser Classe I / LED. Quando travamentos de segurança são desabilitados durante determinados procedimentos, o laser pode causar dano permanente aos olhos, e portanto, é classificado sob essas condição como laser de Classe 3B

ADVERTÊNCIA! Uso de controles ou ajustes ou desempenho de procedimentos diferentes dos especificados aqui pode resultar em exposição à radiação.

Parâmetro de laser

Comprimento de onda 505nm, Potência de energia de 20mW

Parâmetro LED

Emissão de cor branca natural, Intensidade luminosa 250 Cd.


Documentação

Documentação relacionada

Os seguintes documentos são enviados juntamente com o sistema:

Documento Número da parte Descrição

Cartão de referência dos analisadores genéticos de biossistemas aplicados 3500 Dx/3500xL D

x 4401764 • Fornece um fluxograma sobre como executar suas amostras e instrumento

• Fornece uma tabela de tarefas de manutenção e

• Contém o guia de referência do software de coleta de dados

Guia de preparação de sítio do analisador genético de biossistemas aplicados série 3500 (REF 4401689) Nota: O objetivo do Guia de Preparação de Sítio é ajudar a preparação do sítio para instalação do analisador 3500 Dx ou 3500xL Dx. Para detalhes sobre o sistema, consulte este guia do usuário.

4410689 Fornece informações sobre requisitos de espaço, ambientais, e elétricos necessários para suportar os analisadores genéticos 3500 Dx/3500xL Dx.

Versões em PDF deste guia, bem como o Cartão de Referência Rápida e a declaração de garantia estão disponíveis no CD de instalação do software dos analisadores genéticos de biossistemas aplicados 3500 Dx/3500xL Dx, que será enviado junto com o sistema.

Nota: Para documentação adicional, veja “Como obter apoio”.


Obtendo informações do sistema de ajuda

A interface do software de coleta de dados série 3500 Dx tem instruções que orientam o usuário ao longo das tarefas básicas do fluxo de trabalho e informações extensivas de ajuda para decisões e operações complexas. Usuários podem acessar essas instruções clicando no ícone de

ajuda .

O analisador 3500 Dx ou 3500xL Dx tem um sistema de ajuda que descreve como usar cada função da interface do usuário. Acesse o sistema de ajuda fazendo uma das opções seguintes:

• Clique nas telas da janela do software de coleta de dados série 3500 Dx.

• Selecione Help>Help Contents. • Pressione F1.

Você pode usar o sistema de ajuda para encontrar tópicos de interesse:

• Revendo os conteúdos • Pesquisando um tópico específico • Buscando um índice em ordem alfabética

Sede 5791 Van Allen Way | Carlsbad, CA 92008 USA Telefone +1 760 603 7200 | Ligue gratuitamnte para USA 800 955 6288 Para suporte, visite www.lifetechnologies.com/support www.lifetechnologies.com

________________________

Amanda Sancho de Paiva Responsável técnica substituta CRF-SP 52016

_________________________

Elizabeth Woch Representante Legal CPF 085.886.938-10

· 2020-07-18 · life technologies holdings pte ltd block 33, marsiling industrial estate road 3...

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