2015/1/30

第40回統合DBミーティングIntegrated MTG in NIBIO

1

本日の予定

• Sagace– アクセス解析

– 進捗報告

– 新規追加DBについて

• 医薬基盤研内のデータのRDF化

– 副作用データ→化合物→発現上昇／下降遺伝子の取得について

– Open TG-GATEsのRDFのSchema修正について

2

進捗報告

• PDBjでマークアップされたRDFa Liteを

検索結果に表示（開発版）

3

新規追加候補DB

• Genetics Home Reference

• がん研究データベース

• 化学物質の有毒性評価書

• VaDE

• 病理コア画像

• NBRP-Rat

• じん肺データベース

• 腰痛データベース

4

医薬基盤研内のデータのRDF化

• 「＊＊＊という副作用が報告された医薬品において，ラット／マウスに投与後，発現が上昇した遺伝子／下降した遺伝子」

• 上記を実行するアプリケーションを作成

5

SIDERのSchema （抜粋）

6

Open TG-GATEsのSchema（抜粋）

7

データの統合

8

イメージ図

9

実際に行ったこと

• 遺伝子発現のデータはOpen TG-GATEsのRDFに直接紐付けられていなかった。

• 実験条件を以下に固定– Repeat, Rat, in vivo, Liver, Middle, 15 day

• 遺伝子発現の上昇・下降条件を固定し，Toxygatesで使用しているプログラム経由で取得。– 条件：p-valueが小さい上位50位のうち

– log2foldの値 > 2 ：上昇

– log2foldの値 < -2 ：下降

10

Open TG-GATEsのSchema（抜粋）

11

SPARQLで確認

SELECT distinct ?gene ?compound

WHERE {

#from Open TG-GATEs

?exp dbowl:pubchem ?pubchem;

toxico:compound_name ?compound;

toxico:up_regulated_gene ?gene.

#from SIDER

?drug sider_vocab:pubchem-compound-id ?pubchem;

sider_vocab:side-effect ?side.

?side dcterms:title “headache"@en.

}

12

アプリケーション化

• PHPで実装

• 副作用の文字をクエリとして受け取り，その文字列をそのまま，SPARQLに投げる。

• JSONで結果を受け取り，その結果をパースして表示する。

13

SELECT distinct ?gene ?compound

WHERE {

#from Open TG-GATEs

?exp dbowl:pubchem ?pubchem;

toxico:compound_name ?compound;

toxico:up_regulated_gene ?gene.

#from SIDER

?drug sider_vocab:pubchem-compound-id ?pubchem;

sider_vocab:side-effect ?side.

?side dcterms:title "'.$keyword.'"@en.

}

デモ

14

Open TG-GATEsのSchema

の修正• 現在のRDFの問題点

– 実験条件とサンプルの情報が１つのRDFにまとめられている。

– 外部のRDFとの親和性が低い。• RDFのSchemaが分からないと統合しにくい。

– 文法上の間違いがある。

• 目標

– 修正して，ダウンロード可能な状態にする。

– アプリケーションでも利用しやすい状態にする。

15

16

Schemaの修正（素案）

今後の予定

• 次回 2月20日（金) or 27日（金）

• 国内版 BioHackathon

– 2月2日〜6日

17