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配座探索
文責: 神田隼也
2019-10-7
・デスクトップに計算用のフォルダを作成(名前は英語にする)
・作図
計算したい分子構造を「ChemDraw」で作成しコピー
「Chem3D」にペースト
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Chem3D 上で「MM2」→「Minimize Energy」→「run」
「File」→「Save As」
名前を付け、最初に作成したフォルダに MDL ファイル (拡張子 MOL ) で保存
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・「CONFLEX」 をダブルクリック
左上の「CONFLEX」を使う
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・設定(最初の一回だけ行えばよい)
「>>」→ 「Applications」→「Scheme Editor」を選択
Scheme Editor
「conflex」を選択 → 上部の「+」をクリック
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新しい列の Keywords に好きな名前を付ける (画像では Conformation search)
Key-Values に「search」(小文字)と入力、キーボードの Enterキーを押す
Keywordsの自分が作成した名前をクリック →「+」をクリック
Keywords に「CONFLEX TIME=1D MMFF94s SEL=20」→ Enter キー → 保存
(TIME: コンフォメーションサーチを行う時間
SEL: 最安定から何キロカロリー不安定な構造までひろうか)
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デフォルトで存在している「Conformation Search」を選択 → 「-」をクリック
「Delete」をクリック
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・配座探索
「File」 → 「Open」→ 最初に作成した拡張子 MOLファイルを開く
分子が表示される。デフォルトは「Ball and Stick」
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・表示形式の変更(変更しなくても良い)
「▼」→「Wire Frame」を選択
「Calculation」 → 「CONFLEX」
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CONFLEX Settings が開く
Calculation Type: 先ほど作成したコマンドを選択「画像では Conformation search」
「Submit」をクリック
Job Manager が開く
State が「Finished」に変わったら計算完了
・計算結果の削除
計算結果はアプリを閉じても残り続ける。
削除したい結果を選択して「Delete from list」で削除できる。
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・最初に作成したフォルダを開く
拡張子 ini を開く →「CONFLEX TIME=1D MMFF94s SEL=20」を確認
内容が異なる場合、計算の設定が間違っているので設定を修正する
・拡張子 sdf ファイルを規定で開くように設定 (一回行えば良い)
拡張子 sdf ファイルを右クリック → プログラムから開く → 別のプログラムを選択
BARISTA をクリック → 「このアプリ…」の右に✓をつける → 「OK」
次からは、拡張子 sdf ファイルをダブルクリックで開ける
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・BARISTA
拡張子 sdf ファイルを開く
画面〇から安定構造の候補が確認できる
・次のいずれかの方法で安定構造を確認する
1.「+」をクリック → 安定構造の候補が現れる
2.画面中央上の「▼」をクリック→ 安定構造の候補が現れる
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・保存
安定構造の候補から保存したい構造を選択
「File」 → 「Export」 → 「MDL-MOL File」
ファイル名は変更せず → 保存
ファイル名は 1 番目なら「xx_0001.mol」2 番目なら「xx_0002.mol」で保存される
以降保存した構造を用いて Gaussian で構造最適化を行う
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・参考
file:///C:/CONFLEX/doc/CONFLEX_Manual.pdf
file:///C:/CONFLEX/doc/CONFLEX_Tutorials.pdf