mzCloud™ の使用法mzCloud™ の使用法

サーモフィッシャーサイエンティフィック株式会社

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目次

• ウェブサイトとData viewer

• ライブラリの概要

• データの見方

• 登録スペクトルの表示について• 登録スペクトルの表示について

• Quick searchによる化合物検索

• ライブラリに対する検索方法

• Spectral Search

• Tree Search

• Structure Search

• Peak Search

• Managing and Editing Searches

• スペクトルデータの比較• スペクトルデ タの比較

• Breakdown Curves

• mzCloudのデスクトップアプリのインストール

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• rawファイル以外のマススペクトルの検索

ウェブサイトとData viewer (https//www.mzCloud.org)

https//www mzCloud orghttps//www.mzCloud.org

mzCloudアプリケーションの利用には、MicrosoftSilverlightのインストールが必要ですSilverlightのインスト ルが必要です。

サポートされているブラウザ:

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ウェブサイトとData viewer (https//www.mzCloud.org)

ナビゲーションバー

クリック

ライブラリ

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ウェブサイトとData viewer (https//www.mzCloud.org)

さまざまな検索

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Data ViewerをクリックするとmzCloud Libraryが閲覧できます

をクリックしデータベースに入ります

① 初めてライブラリを閲覧する場合、Microsoft®

Sil li ht™ l i をダウンSilverlight™ plug-inをダウン

ロードするかポップアップがでます。

② Silverlightがインストールされるとライブラリが開きます

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ライブラリの概要

現在はReferenceライブラリが使用可能です

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ライブラリに登録された化合物リスト 左のリストから選択した化合物の情報

データの見方: HCD and CID data, MS2 and MSn

MSnスペクトルツリー (HCD MS2, CID MSn)Collision Induced DissociationCollision-Induced Dissociation

Higher-energy Collisional Dissociation

Low Resolution Spectra

High Resolution Spectra

Any additional conditions e.g. different isolation width, wide band activation, various solvents, pH…

上記のスペクトルツリーから選択したマススペクトル

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上記のスペクトルツリ から選択したマススペクトル

データの見方: Extensive Metadata

Metadata：エントリされている化合物・スペクトルの付加情報

スペクトルツリーや個々のスペクトルは独自のURLが登録

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データの見方: Filtered and Recalibrated

すべてのスペクトルは生データ（Raw）のシグナルす てのス クトルは生デ タ（Raw）のシグナルを除去して表示Filtered: ノイズシグナル除去Recalibrated: 質量誤差補正

RRaw

Filtered

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データの見方: Optimizing the View

クリックすると化合物リストが縮小スペクトルを大きく表示できる

それぞれのパネルはドラッグすることで

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それぞれのパネルはドラッグすることでサイズ変更可能

登録スペクトルの情報について

スペクトルツリー中のクリ クしたスペクトルがクリックしたスペクトルが下に表示されます

プルダウン

プルダウン あるいは < or > ボタンをクリックすることで、

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興味のあるマススペクトルを選択できます。

Quick searchによる化合物検索

Quick Searchを使って化合物名や質量で検索可能

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Quick searchによる化合物検索例

検索ワードを入力してEnter例として ”Leuc” を検索

M t d t のS も検Meta dataのSynonymsも検

索するので、化合物名に”Leuc”が含まれていないAdenineもヒット

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ヒットした化合物数の表示

Spectral Search

Search 横の▼をクリックすると、さまざまな検索法が表示されるさまざまな検索法が表示される

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Single Spectrum Search

をクリ ク

Qual BrowserあるいはMassFrontierからスペクトルをPaste

Spectrumをクリック右のWindowが表示

FreeStyleでmzCloudSearchをクリックするとSpectrum Search画面に自動的にPasteされます

注意: データはセントロイドのフォーマットが対

応しております。プロファイルのフォーマットの場合、MassFrontierでデータを開いてから、ス

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ペクトルをPasteしてください。

Spectral Search: スペクトルのコピーし方

Mass Frontier 7.0 SR3 Qual BrowserMass Frontier 7.0 SR3 Qual Browser

Chromatogram ProcessorでRawファイルを開き解析したいスペクトルを表示します

スペクトル上で右クリックMass Frontier: Copy Copy MS Spectrum to mzCloud.

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Qual Browser: Export Clipboard (Exact or Nominal Mass: データに応じて)

Single Spectrum Search

スペクトルをコピー後、Pasteをクリック

mzCloud がペーストしたデータからAccuracyを読み込めなかった場合、mass accuracy toleranceを入力します。推奨値 – Accurate Mass

• Th: 0.0015 to 0.0025.• ppm: 5. m/z 100以下のフラグメントイオンがある場合、ppmのマストレランスは非常にシビアになるので、Thの設定を推奨。

推奨値 – Nominal Mass• mmu: 250

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mmu: 250.• Th: 0.25. 250 mmu と同じトレランス

Single Spectrum Search Window

設定が終了するとスペクトルが表示

検索結果の絞込みを行いたい場合、プレカーサーイオンのm/zを設定（任意）

前ページのAccuracyの設定と同じ

ノイズカットの閾値Num. of highest peaks:高強度からN番目までのイオンで検索Intensity ThresholdAutomaticとManualを選択。通常Automaticを使用

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Automaticを使用

Spectral Search: 検索結果

検索条件の設定後、OKをクリックすると結果の表示MS2スペクトル検索でL-Tryptphanがヒット

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Tree Search

Treeをクリック右のWindowが表示

MassFrontierからスペクトルをPaste

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Tree Search: スペクトルツリーのコピーし方

MassFrontier 7.0 SR2でMSnデータを開き、Component detectionを行うことでMSn スペクpトルツリーを作成可能スペクトル上で右クリック

Copy Copy MS Tree to mzCloudCopy Copy MS Tree to mzCloud

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Tree Search Window

設定が終了するとスペクトルツリーが表示

未知化合物の検索の場合、部分構造情報が得られる S b t t Id tifi ti が

ノイズカットの閾値

が得られる、Substructure Identificationが有用

ノイズカットの閾値Num. of highest peaks:高強度からN番目までのイオンで検索Intensity Thresholdスペクトルツリーの検索ではAutomaticを推奨

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Tree Search Results

ワインサンプルをイオントラップで分析した整数質量データの検索結果Epicatechinがヒット

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Epicatechinがヒット

Tree Search Results – MS2

MS2 vs MS2 の比較

クエリのスペクトルをクリックすると、最も類似性の高いライブラリのスペクトルが自動で表示

ライブラリにライブラリに登録されたスペクトル

差スペクトル

クエリスペクトル

差ス クトル

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Tree Search Results – MS3

クエリのMS3をクリック。自動で相同性の高いライブラリMS3が表示される

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Structure Search

構造から検索Identify: クエリの構造と完全一致した化合物の検索Substructure: クエリの構造を部分構造として持つ化合物の検索

Structureをクリック右のWindowが表示

New: Structural Editorが開くOpen: .molファイルを開くPaste: molファイルをペーストPaste: .molファイルをペ ストPrevious Structure：既に一度検索している場合は呼び出し可能

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Structure Search: Structure Editor

構造を入力してOKをクリック

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Structure Search: Substructure 検索結果の例

赤で示す構造が赤で示す構造がクエリ構造

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Peak Search

m/zおよびシグナル強度を設定し、特徴なフラグメントイオンを持つ化合物の検索特徴なフラグメントイオンを持つ化合物の検索

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Peak Search Window

フラグメントイオンの検索はフラグメントイオンの検索は必ずMsnを選択

フラグメントイオンの情報を設定Thermoではない他社の装置をお使いの場合、Intensityの幅は広めに設定

注意: Min.intensityとMax. intensityの幅

が狭すぎると、化合物がヒットしにくくなるので注意

Tips: Min. intensityを低く設定（1-5%）し、複数のイオン（3-6イオン）で検索すると、

偽陽性は多くなるが、関連化合物を検出できる可能性が高まる

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Peak Search: 検索例

トリプル四重極測定したテストステロンのプロダクトイオン情報を参考に、m/z 97と109を設定

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Peak Search Results

クエリのピークがヒットした化合物を表示

ヒットしたピークを赤く表示

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Managing and Editing Searches: 検索履歴

②Edit search optionsをクリックすると検索条件を再設定できます

①検索履歴は保存されています過去の履歴をクリックすることで検索結果を再表示できます。検索結果を再表示できます。

＊注意検索結果はブラウザを開いている間は保存されますが。ブラウザを閉じると削除されますブラウザを閉じると削除されます

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Managing and Editing Searches: 検索条件の再設定例

部分構造検索のクエリ構造を編集します

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Managing and Editing Searches: 検索条件の再設定例

新しい条件に見合う化合物のみがヒットします

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スペクトルデータの比較

ライブラリに登録されたスペクトル同士の比較

エントリされている化合物・スペクトルの付加情報

比較したいスペクトルを選択・表示させ、右上のCompareをクリック

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スペクトルデータの比較

“Compare selected library spectrum”をクリックすると選択していたスペクトルが表示される

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スペクトルデータの比較

選択していたスペクトルの表示

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スペクトル表示後、比較対象をリストから選択

スペクトルデータの比較: Library vs. Library Comparison

QuercetinとEpicatechinのHCD MS2 at 50% NCEの比較結果QuercetinとEpicatechinのHCD MS at 50% NCEの比較結果

異なるスペクトルを比較したい場合、DiscardをクリックしてQueryを削除し再度、スペクトルを選択

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Breakdown Curve

プルダウンからBreakdown curveを選択

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Breakdown Curveの表示

表示データの選択

Breakdown curveの表示

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HCD Breakdown Curve

スペクトルはCID（イオントラップのMSn）とHCD（コリジョンセルのMS2）、シグナル強度は絶対値と相対値を表示できる

同じ化合物の相対表示と絶対表示

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Breakdown Curve Interactivity

Breakdown curveをクリックするとその

エネルギーのマススペクトルも自動表示（プ ダクトイオ も同色 紐付け）

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（プロダクトイオンも同色で紐付け）

mzCloudのデスクトップアプリのインストール

デスクトップにBrowserと独立したmzCloudアプリをインストールできる

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Desktop Application

注意: ライブラリをローカルインス

トールしたわけではないので、ネト クが なが な とットワークがつながっていないと

使用できません。使い方はブラウザから立ち上げたData viewerと同じです

デスクトップアイコン

同じです。

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rawファイル以外のマススペクトルの検索: 使用できるフォーマット

Openをクリック

表示されるファイルフォーマットでMS2スペクトルを保存いただき、

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読み込むことで検索可能

Excelを使った簡易検索

左の行にm/z、右の行にイオン強度を記載した2行のデータを作成デ ピ

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データをCtl+Cでコピーします。（上記は適当な数値を使ってます）

Excelを使った簡易検索

① ②

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mzCloudを開き① SearchのSpectrumをクリック ② pasteをクリック

Excelを使った簡易検索: マストレランスの設定

ポ プ プ がポップアップウィンドウとしてマストレランスの設定が表示数値とプルダウンから“単位”を設定 ⇒ OKをクリック

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スペクトルの表示

極性

プリカーサーイオンのm/z（任意）

Threshold（任意）

Excelで示していたスペクトルが表示されます。極性、（任意で）プリカーサーイオンのm/zとThresholdを設定して ”OK”をクリ クすると検索できます

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設定して、”OK”をクリックすると検索できます。