2018/2/27 阿簡生物筆記: 以ImageJ手動挑選計算面積

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2007年9月7日

前幾天一位網友來信問一個ImageJ的使用方式。他作某種哺乳動物的消化道潰瘍研究，需要計算潰瘍處的總面

積。

如果用我先前提到計算葉面積的方式去作，很難成功。因為拍攝的照片的亮度不一、潰瘍的顏色也不同。用同一

個Threshold無法將所有的潰瘍處選出來，所以必須手動去挑選出需要的面積，不過還是會用到Threshold的設

定。

在經過他的同意之下，我用他寄給我的照片在這作說明。

以ImageJ開啟之後需要的圖檔，圖中深色的部位即是要計算的區域，我第一個要計算的是中間的潰瘍 File-->Open

調整為灰階 Image-->Type-->8 bit

以ImageJ手動挑選計算面積

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開啟Threshold Image-->Adjust-->Threshold

開啟ROI Manager Analyze-->Tools-->ROI Manager

透過調整Threshold讓大潰瘍區域變色

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用工具列的第八個Wand tool去點一下中央大潰瘍，點了之後就會在那個區域外面出現黃色圈選區（如上圖）

也可以是調整Threshold讓大潰瘍區域不變色，而其他區域變紅色。

選出第一個區域之後，在ROI Manager按下Add，就會出現第一個圈選區的資料

接著處理左下角的幾個小潰瘍，調整Threshold讓小潰瘍變紅色，然後用Wand tool點選。每點一次，就要到ROIManager去Add一次。

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將四處的潰瘍加入了ROI MAnager 之後就是要計算面積了。當然在一開始之前，應該先設定比例尺，才能算出

正確的面積。要計算面積只要點選Measre就可以了

點了之後就會出現Results 視窗，Area那一欄就是各處潰瘍的區域面積。

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