代謝解析練習用データUpした

Tokyo  R  #48  LT  ni-y  

@siero5335

自己紹介 Twitter ID: @siero5335

仕事: 関東の大学で 　　 化学物質曝露影響の解析 　　 測定法の開発してます 　　 専門: 環境化学、分析化学

R→　測定結果のまとめに使用

時流に乗ってデータを公開してみたい 自分の分野独特のデータを出したい

自分の分野独特のデータを出したい 尿中の代謝物測定法を検討中

測定条件最適化のついでにデータを取ってみた

時流に乗ってデータを公開してみたい

250  μl  分取  ×  6 上清150μl  分取・ろ過・濃縮

測定方法

測定

食前食後に各1回採取

物質が検出されたピークを確認  数値データに変換

結果まとめをアップロード済み h+ps://gist.github.com/siero5335/c7323407e>2b0b20b55

何のデータ？

尿中にある化学物質を250種類程度測定した値 前処理前のrawデータ 新陳代謝に関係している物質を測定 食前食後を比較して増減を見ていけば食事の摂取で変動した代謝経路を追いかけられるかも？

簡単に解析してみた library(caret)    

y  <-­‐  metabolo_test[,2]  x  <-­‐  as.matrix(metabolo_test[,-­‐c(1,2)])  x1  <-­‐  t(x)  x2  <-­‐  na.omit(x1)  x3  <-­‐  t(x2)    

#randomforest  con<-­‐trainControl(method  ="LOOCV",                                      preProc  =  c("center",  "scale"))    

rfGrid  <-­‐  expand.grid(mtry  =  seq(1:6))    

rfmetabo  <-­‐  train(x3,y,                                  method  ="rf",                                  tuneGrid  =  rfGrid  ,                                trControl  =  con,  importance  =  TRUE)    

rfmetabo    

plot(varImp(rfmetabo),  top  =  10))  

mtry Accuracy Kappa

1 1 1

2 1 1

3 1 1

4 1 1

5 1 1

6 1 1

rfmetabo  

plot(varImp(rfmetabo),  top  =  10)

簡単に解析してみた library(caret)    

y  <-­‐  metabolo_test[,2]  x  <-­‐  as.matrix(metabolo_test[,-­‐c(1,2)])  x1  <-­‐  t(x)  x2  <-­‐  na.omit(x1)  x3  <-­‐  t(x2)    

#randomforest  con<-­‐trainControl(method  ="LOOCV",                                      preProc  =  c("center",  "scale"))    

rfGrid  <-­‐  expand.grid(mtry  =  seq(1:6))    

rfmetabo  <-­‐  train(x3,y,                                  method  ="rf",                                  tuneGrid  =  rfGrid  ,                                trControl  =  con,  importance  =  TRUE)    

rfmetabo    

plot(varImp(rfmetabo),  top  =  10))  

plot(varImp(rfmetabo),  top  =  10))  

Importance

N.Acetyl.L.alanineX4.Pyridoxic.acid

X3.methylphenylacetic.acidX7.methylguanosine

hydroxyprolineS.adenosyl.L.methionine

glucono.D.lactoneglucose.1.phosphate

Atrolactic.acidEpinephrine

90 92 94 96 98 100

エピネフリン  =  アドレナリン  血中に放出されると心拍数や血圧を上げ、瞳孔を開きブドウ糖の血中濃度（血糖値）を上げる作用などがある。空腹時放出。  

簡単に解析してみた library(caret)    

y  <-­‐  metabolo_test[,2]  x  <-­‐  as.matrix(metabolo_test[,-­‐c(1,2)])  x1  <-­‐  t(x)  x2  <-­‐  na.omit(x1)  x3  <-­‐  t(x2)    

#randomforest  con<-­‐trainControl(method  ="LOOCV",                                      preProc  =  c("center",  "scale"))    

rfGrid  <-­‐  expand.grid(mtry  =  seq(1:6))    

rfmetabo  <-­‐  train(x3,y,                                  method  ="rf",                                  tuneGrid  =  rfGrid  ,                                trControl  =  con,  importance  =  TRUE)    

rfmetabo    

plot(varImp(rfmetabo),  top  =  10))  

エピネフリン  =  アドレナリン  血中に放出されると心拍数や血圧を上げ、瞳孔を開きブドウ糖の血中濃度（血糖値）を上げる作用などがある。空腹時放出。    

食後おなかがいっぱいになって下がった？

Boxplot(Epinephrine~Food,  data=metabolo_test)

生体内代謝パスウェイ解析用パッケージ h+p://dgrapov.github.io/MetaMapR/

Enjoy  !

h+ps://gist.github.com/siero5335/c7323407e>2b0b20b55