mobilne elementy genetyczne; organizacja materiału
TRANSCRIPT
Nukleosomy
1
Plan wykładu:
Budowa chromatyny - nukleosomy
Wpływ nukleosomów na replikację i transkrypcję
Metody pozwalające na wyznaczanie miejsc wiązania nukleosomów
Charakterystyka obsadzenia nukleosomów w genomach
eukariotycznych
Struktury chromatyny wyższego rzędu
2
http://www.accessexcellence.org/AB/GG/nucleosome.html 3
Preparaty mikroskopii elektronowej – lata 1973-1975
•http://cellbio.utmb.edu/cellbio/nucleus2.htm
4
Zmiany struktury chromatyny
Zmiany struktury chromatyny są zazwyczaj wprowadzane w
ściśle uporządkowany sposób i stanowią kluczowy element
regulacji procesów przebiegających w jądrze komórkowym:
transkrypcji, replikacji, rekombinacji, naprawy DNA
prawidłowy przebieg tych procesów zwykle wymaga
rozluźnienia struktur chromatynowych:
5
Nukleosom zbudowany jest z rdzenia białkowego, z około
147 bp DNA owiniętego wokół rdzenia oraz z 50 bp DNA
łącznikowego
Rdzeń składa się z dwóch kopii każdego z histonów
H2A, H2B, H3 i H4
Poza rdzeniem nukleosomu dołączony jest histon H1
DNA
histon H1
histon H2A
histon H2B
histon H3
histon H4
http://fermat-2.cer.jhu.edu/~as410610/lecture_pdf/What_is_the_organization_of_a_eukaryote_.PDF
Struktura Krystaliczna Nukleosomu
Luger K, Mader AW, Richmond RK, Sargent DF, Richmond TJ. Nature 1997 Sep18;389(6648):251-60 7
Nukleosomy i replikacja
8 Groth et al., Cell 128, 721–733, February 23, 2007
Nukleosomy i transkrypcja
9
Transkrypcja
• Kluczowym etapem regulacyjnym większości genów jest transkrypcja
• Regulacja z reguły na poziomie inicjacji transkrypcji
• Czynniki cis – sekwencje regulatorowe w obrębie promotorów i enhancerów (wzmacniaczy)
• Czynniki trans – białka wiążące się z sekwencjami regulatorowymi (elementami cis)
10
Czynniki cis
Hartwell, Hood, Goldberg, Reynolds, Silver, Veres. Genetics. From Genes to Genomes. Copyright © The McGraw-Hill Companies, Inc.
11
Czynniki trans
Hartwell, Hood, Goldberg, Reynolds, Silver, Veres. Genetics. From Genes to Genomes. Copyright © The McGraw-Hill Companies, Inc.
12
Transkrypcja: wpływ struktury chromatyny
Hartwell, Hood, Goldberg, Reynolds, Silver, Veres. Genetics. From Genes to Genomes. Copyright © The McGraw-Hill Companies, Inc.
13
Chromatyna
Wyznaczanie miejsc wiązania nukleosomów
Detekcja sekwencji
DNA związanych z
nukleosomami
(Southern, PCR,
sekwencjonowanie)
Trawienie chromatyny nukleazą mikrokokalną
Wyznaczanie miejsc wiązania nukleosomów
Mnase -seq
15
Nukleosomy a transkrypcja
• Schemat otwartych (A) i zamkniętych (B) promotorów.
• Typowa mapa pozycyjna nukleosomów na otwartym promotorze pokazuje wyraźne wyróżnienie locus genowego przez obecność rejonów 5’ i 3’ wolnych od nukleosomów (NDR).
• 5’ NDR sąsiaduje z silnie związanymi nukleosomami
(TSS) - miejsce startu transkrypcji
G. Arya et al. jbsd 2010 16
Zmiany położenia nukleosomów w chromatynie
• A. Schemat ułożenia nukleosomów w chromatynie
• B. Silnie zlokalizowane i rozmyte nukleosomy.
• C. Nukleosomy a miejsca wiązania czynników transkrypcyjnych.
G. Arya et al. jbsd 2010
Zmiany położenia nukleosomów
wprowadzane m.in. przez
kompleksy remodelujące
Nukleosomy a transkrypcja
17
Nukleosomy a transkrypcja
18
Model Inicjacji transkrypcji
19 Bing Li, Michael Carey, and Jerry L. Workman. Cell 128, 707–719, February 23, 2007
Model elongacji transkrypcji
20 Bing Li, Michael Carey, and Jerry L. Workman. Cell 128, 707–719, February 23, 2007
Domeny funkcjonalne i izolatory
• Izolatory oddzielają domeny funkcjonalne w chromatynie
• Białka wiążące się z izolatorami uniemożliwiają interferencję regulatorów z sąsiedniej domeny (innych genów)
Izolator
Izolator
21
Domeny funkcjonalne i izolatory
22
Rando OJ, Chang HY (2009) Annu Rev Biochem.;78:245-71
Co decyduje o miejscu wiązania nukleosomu?
23 Kevin Struhl & Eran Segal. Nature structural & molecular biology VOLUME 20 NUMBER 3 MARCH 2013
Co decyduje o miejscu wiązania nukleosomu?
24 Kevin Struhl & Eran Segal. Nature structural & molecular biology VOLUME 20 NUMBER 3 MARCH 2013
25
Co decyduje o miejscu wiązania nukleosomu?
26
Kevin Struhl & Eran Segal. Nature structural & molecular biology VOLUME 20 NUMBER 3 MARCH 2013
Kuangyu Yen , Vinesh Vinayachandran , Kiran Batta , R. Thomas Koerber , B. Franklin Pugh
Cell Volume 149, Issue 7 2012 1461 - 1473
27
Co decyduje o miejscu wiązania nukleosomu?
http://mcb.illinois.edu/faculty/profile/cmizzen
Struktury chromatyny wyższego rzędu
28
29
Dwa podstawowe stany chromatyny
Euchromatyna Heterochromatyna
dostępna, plastyczna
niedostępna, nieplastyczna
Komórki: macierzyste młode nowotworowe
Komórki: zdeterminowane, zróżnicowane normalne
Komórki hematopoetyczne szpiku kostnego
Proerytroblast Późny erytroblast Granulocyt Monocyt
NATURE REVIEWS | MOLECULAR CELL BIOLOGY | VOLUME 1 | NOVEMBER 2000 | 137
30
Izolacja skondensowanej i otwartej chromatyny
31 Kimura et al., 1983; Fisher and Felsenfeld, 1986; Gilbert and Allan, 2001; Kim and Clark 2002
Struktura 30nm
32
David J. Tremethick Cell 128, February 23, 2007
Domeny chromatynowe
33
Peter Fraser & Wendy Bickmore. NATURE Vol 447 May 2007
Jądro komórkowe - superdomeny i terytoria chromosomowe
34
Giacomo Cavalli & Tom Misteli. Nature structural & molecular biology VOLUME 20 MARCH 2013
35
Giacomo Cavalli & Tom Misteli. Nature structural & molecular biology VOLUME 20 MARCH 2013
Pętle genowe i chromatynowe