科研費データを元にしたネット ワーク解析による研...
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科研費データを元にしたネットワーク解析による研究者の可視化
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きっかけ
1
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ネットワーク解析
2
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中心性
3
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中心性
4
#����gDegree centralityh
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�.RV<�V�IB�*T�7V�Ii
�!d^ae���gEigenvector centralityh
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g/6QWTGh��<V�D��\S[MH�NPDZEi
�����gBetweenness centralityh
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�V�g&TZ=�hROTFZLXUAS[MH91T�%Ei
g&h�:0�V1ii
���UY)>FCZ… @��T38
分析のアウトライン
5
https://kaken.nii.ac.jp/
2015–2018���'.%"XML�&$,+.)
CSV��'.%����!��XML�������!������/ � ��0
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DBI, RMySQL, igraph
分析の具体的な方法
7
CSV�
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XML�
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XMLHExtensible Markup LanguageI��3� <��47828F��.9��1�;:9DG>=AC#%5��
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分析の具体的な方法：ファイルの準備
9
XML��� �Excel������!��� #��…��"
Erad �� �
50389001 ���� � ��
10589640 ���� �� ��
20648869 ��� �� ��
PI_Erad CI_Erad50389001 1058964050389001 2064886950389001 5042291530115871 1054211330115871 50422915
ids.csv
name_list.csv
分析の具体的な方法：Cytoscapeで可視化
11
https://cytoscape.org/
�File > Import > Network from File…��$ids.csv'�" #
���'*2-*��Source�Target'��&8��!PI'Source�CI'Target9
�
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�%���!��7
,)546/�(5+.63
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分析の具体的な方法：中心性の計算
12
��2?&�OLGUHigraph
https://www.r-project.org/
> install.packages(“igraph”) #igrah-CTINUS0@5*7*�> require(igraph) #igraphA�+?��82?> ids <- read.csv(“ids.csv”) #MUJA$:%;> ids <- graph.data.frame(ids, directed=T) #MUJAigraph6�+?��8 �V��)>W> ids.simp <- simplify(ids, remove.multiple=T, remove.loops=T) #�!�2?> ids.deg <- degree(ids.simp) #�����A" 2?> ids.deg #�#2?> write.csv(ids.deg, “ids_degree.csv”) #�����A�.�2> write.graph(ids.simp, “ids_simp.txt”, “ncol”) #�!�13FRPMUJA�.�2->Cytoscape
remove.loops
remove.multiplePBCS-�45*?PDSKA��15,/
�����9'betweenness(ids, directed=T)
��QENS���9'evcent(ids, directed=T) 6�<=@?(
分析の具体的な方法：Cytoscapeへ中心性を反映
13
�File > Import > Network from File…�!3ids_simp.ncol7�1�2
�Create new network collection.'5
�Advanced Options…!3Space/A:B<7�6Use first line as column names/A:B<7'
����!3Source,Target7�'5
R+��&(DK?0>HK>��4+�GB@"-#1� !3DK?"�)* 5/+�
�File > Import > Table from File…�!3ids_degree.csv7�1�2
ID"�89=J.���"C;>E89=J.-)* 5$,7��&*�OK7�'
IBF/�.��%6* 5Table Panel.DK?"��%65�
分析の具体的な方法：Cytoscapeへ中心性を反映
14
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��9NMS6��� �8�25��ECG.A?=,8��
"
#Size9&B��$RFL->xB��
%RFL->continuous mappingB��
/9��6:'�.1-37�3?84@'ECG.10-308�3?(IOSDRJD6���
�7��8)File > Import > Table from File…*->'idB 815'name_list.csvB�;�<
QJP9�8��0@5+?Table Panel8��9KTH.��0@?(
"RFL->�B��
!Label9&B��
#Passthrough MappingB��
ネットワーク
15
特徴的なネットワーク
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学内に限定した解析
19
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2007� ��2018� �����������������
地域の大学との解析
21
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���������
2007� �&2018� #����"�'��)�#����$('�����
まとめ
23
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• ��Z���VCH]4�+.W&$E� SF]�3�E,J^N
• J[U]"9E�7OE@���X�[DW�V/QDYK^UB
���X�_6KRB]WDn���T*=WA]�#Xn
l*=EA]ITX�MKY<7SXUBEm+._%)V5PRB]D_6L�#TU\�]n
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