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Rendre les standards de description de biopuces accessibles:
réalisation d'un module de conversion inter-standard
Pierre Marguerite – DESS Bioinformatique Lille
EBI – Microarray Informatics Team
4 mai– 31 octobre 2004
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04/10/2004 - DESS Bioinformatique Pierre Marguerite
Microarray Informatics Team2
Sommaire
• L’Institut Européen de Bioinformatique
• l’équipe informatique Microarray
• La standardisation des données de biopuces?
• Le projet•Les standards de description d’agencement•Contribution
•Bilan
Heidelberg
HinxtonUK
Monterotondo
Hamburg
Grenoble
Service Research Training Industry
European Molecular Biology Laboratory
EBI
Services Banques de données
Recherche en bioinformatique et en biologie moleculaire
IndustriePromouvoir des standards
Formation
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04/10/2004 - DESS Bioinformatique Pierre Marguerite
Microarray Informatics Team4
Heidelberg
HinxtonUK
Monterotondo
Hamburg
Grenoble
Service Research Training Industry
European Molecular Biology Laboratory
EBI
Services Banques de données
Recherche en bioinformatique et en biologie moleculaire
IndustriePromouvoir des standards
Formation
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Microarray Informatics Team6
l’équipe Microarray MicroArray Informatics Team
• les résultats d’expériences de biopuces
• Une petite équipe : 26 développeurs, annotateurs, doctorants
• Un projet ArrayExpress – Banque de données publique de données de biopuces
– Déclinaison en toxicogénomique et nutrigénomique
• MGED– Standardisation des données de biopuces
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Microarray Informatics Team7
ArrayExpress
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l’équipe Microarray MicroArray Informatics Team
• les expériences de biopuces -> petite équipe : 26 développeurs, annotateurs
• Un projet ArrayExpress – Banque de données publique de données de
biopuces– Déclinaison en toxicogénomique et nutrigénomique
• Le consortium MGED– Standardisation des données de biopuces
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Microarray Informatics Team9
la standardisation ?• Hétérogénéité des applications et des techniques• Des éléments non pris en compte
=> expériences non comparables
• Nombreux formats de données– Même données -> beaucoup de manipulation
• Différents termes -> pour la même signification
• Le même terme -> des concepts différents
MAGE
Ontologie MGED
Recommandations MIAME
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Le projet
• Un constat : de plus en plus de données à traiter et un manque d’outils
• Outil de conversion des fichiers de description d’agencement
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Microarray Informatics Team11
Outil de conversion
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Les descriptions d’agencement• Informations initiales avant une expérience
– méta données (contacts, un numéro de version, …)– Feature: position sur une lame de biopuces, définie par
ses coordonnées– Reporter: élément déposé sur une feature, qui a
certaines caractéristiques,– Composites: séquences composites entre les « reporter
» vers une entité biologique. • 2 formats:
– MAGE-ML :XML– ADF (Array Design File) : fichiers tabulaires
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MAGE-ML (MAGE-OM)
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MAGE-ML (suite)
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Microarray Informatics Team15
Array Design File
adh
adr
adc
Header
contacts
Informations techniques
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Microarray Informatics Team16
Array Design File
adr
adc
Feature /Reporter
FeaturesReporters
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Microarray Informatics Team17
Array Design File
Composite
CaractéristiquesLiens avec les reporters
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Contribution• Application
– indépendante (pas de DB)
– Multi plateforme
• En 2 étapes:– Validation
– conversion
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Validation (une étape obligatoire)
• Analyse syntaxique et lexicale des données– Définition de règles de validation – Utilisation de fichiers XML pour décrire les
structures des fichiers de données (ADF)
Vérification des termes de la ontologie MGEDVérification des banques de données approuvées
Rapport d’erreurs pour correction (standardisation des données)
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Implémentation - choix techniques
-Utilisation de MAGE-stk (perl ou Java)-Simplicité d’installation-Multi plateforme
- Multiples formats de sortie
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Microarray Informatics Team21
Problèmes rencontrés• Mémoire
– Beaucoup de données– Et leur redondance
• Flexibilité– Acceptation et correction d’éléments incorrects– Nouvelles versions des formats de descriptions– Support minimum pour futurs applications des
biopuces
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Microarray Informatics Team22
Une adresse : http://www.ebi.ac.uk/adf
http://www.ebi.ac.uk/adf/
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Microarray Informatics Team23
Bilan• Bilan pour l’équipe
– Premier outil de vérification complète des données de description
– Soulager le travail des annotateurs en déplaçant la validation des données de description à la source (biologistes ou fabricants)
• Un bilan personnel positif, mais douloureux– 6 mois en Angleterre– Gestion de projet– Nombreux contacts
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Microarray Informatics Team24