CytoscapeでChemoinformatics

2014.10.25

@fmkz___

自己紹介

• kzfm (@fmkz___)

– blog.kzfmix.com

– Shizuoka.py(次回は12/05)

• 研究所のインフラ構築をしています。

• Perl Python R Haskell

– (最近Rubyも)

今日のハンズオンのゴール

• Cytoscapeで化合物ネットワークが描けるようになる

• その他

– igraphでgml形式でファイル出力できる

– RDKitで化合物を取り扱えるようになる

Cytoscapeのインストール

http://www.cytoscape.org/

Chemviz2プラグインのインストール

Apps -> App managerから

準備完了☆

化合物データ

from pychembldb import *

#Inhibition of recombinant Syk

#Bioorg. Med. Chem. Lett. (2009) 19:1944-1949

assay = chembldb.query(Assay).filter_by(chembl_id="CHEMBL1022010").one()

for act in assay.activities:

if act.standard_relation == "=":

print act.compound.molecule.structure.molfile

print "\n> <pIC50>\n{}\n".format(9 - log10(act.standard_value))

print "$$$$"

ChEMBLからダウンロードしてもOK

データ

• https://github.com/kzfm/mishimasyk4

ケミカルスペース

ネットワークの作り方

ネットワークの作り方

ネットワークの作り方

ネットワークの作り方

こんな感じ

この先

• ネットワークの作り方

• ネットワークの分析

ネットワークの作り方

• 記述子ベース–フィンガープリント

–部分構造ベースのフィンガープリント

• グラフベース• GWT

• pyGWT書きたい

• Matched Molecular Pairs

ネットワーク分析

• これからやっていくべき

– iGraph

– networkx

補足

Pythonのインストール

• mac osxだったら入っています

• windowsはバイナリがあります

– https://www.python.org/

• pipも入れましょう

– http://pip.readthedocs.org/en/latest/installing.h

tml

RDKitのインストール

• ドキュメントを読んで頑張る

– http://www.rdkit.org/docs/Install.html